作 者 ：郑觉非
期 刊 ：华中农业大学 2015年 02期 页码：54
关键词：三维基因组；染色体交互；基因组组装；植物基因组；拟南芥；
摘 要 ：近年来高通量测序技术发展迅速,相比以往,DNA测序成本更低,效率更高,规模也越来越庞大。但如何利用基本骨架(scaffolds)在染色体上水平组装出高质量基因组一直是基因组测序工作面临的难题。利用高通量染色体构象捕获技术(Hi-C),研究者对人类、小鼠和果蝇中的细菌人工染色体(BACs)进行了de novo组装,其组装准确率达到95%以上。为了检验该策略在植物基因组组装中的可行性和有效性,我们以Landsberg erecta(Ler)生态型拟南芥为例,开展了如下研究。1)通过基于高通量测序的Hi-C技术,我们在两组技术重复实验中共获得了102,232,785条长度为100 bp的pair-e...