全 文 :基因组学与应用生物学,2012年,第 31卷,第 3期,第 257-262页
Genomics and Applied Biology, 2012, Vol.31, No.3, 257-262
研究报告
Research Report
拟南芥 Psrp-4基因参与光合作用机制的研究
左然 徐美玲 温泽文 张东远 *
山东省能源资源重点实验室,中科院青岛生物能源与过程研究所,青岛, 266101
*通讯作者, zhangdy@qibebt.ac.cn
摘 要 叶绿体核糖体是植物特有的细胞器之一,其主要功能是合成质体基因编码的蛋白质。已有研究表明
在叶绿体核糖体内含有 6 个质体特有蛋白 PSRP (plastid-specific ribosomal protein),分别命名为 PSRP1~
PSRP6。然而,这些蛋白在叶绿体蛋白合成过程以及光合作用中的作用机制研究尚处初级阶段。在本研究中,
为了阐明 PSRP-4 蛋白在叶绿体发育过程中的作用机制,我们利用 Gateway 系统构建了 Psrp-4 基因
(At2g38140)的 RNAi表达载体,转化野生型拟南芥后获得了 Psrp-4基因表达量明显降低的 psrp-4突变体。
研究结果表明:psrp-4突变体比野生型生长略微缓慢,但叶片颜色与野生型差别不大,能够进行正常的光合
作用。在高光胁迫条件下,测定 psrp-4突变体光合化学效率,发现与野生型差异不明显;进一步的蛋白免疫
印记实验证明 Psrp-4基因表达量的降低对 PSⅡ反应中心 D1蛋白的周转也没有明显影响。因此,推测
PSRP-4蛋白可能不是叶绿体蛋白合成以及光合作用的正常进行所必需的。
关键词 叶绿体核糖体,高光胁迫, Psrp-4基因,拟南芥
Studies on the Functions of Plastid-specific Ribosomal Protein 4 Gene
(Psrp-4) of Arabidopsis in Photosynthesis
Zuo Ran Xu Meiling Wen Zewen Zhang Dongyuan *
1 Shandong Provincial Key Laboratory of Energy Genetics, Qingdao Institute of Bioenergy and Bioprocess Technology, Chinese Academy of Sciences,
Qingdao, 266101
* Corresponding author, zhangdy@qibebt.ac.cn
DOI: 10.3969/gab.031.000257
Abstract Chloroplast ri bosome is an organelle which is specific to plants. Its main function is to synthetize
proteins encoded by plastogenes. Study shows that chloroplast ribosome contains six PSRPs (plastid-specific
ribosomal proteins), named as PSRP1~PSRP6; however, the study on the functions of those proteins in
photosynthesis and protein synthesis in chloroplast is still in its infancy. To investigate the roles of Psrp-4 in
chloroplast development, RNAi vector of Psrp-4 gene (At2g38140) which was subsequently transformed into wild
type Arabidopsis was constructed using Gateway technology. psrp-4 mutant showedsignificant reduction in
expression level. Our results indicated that the growth rate of psrp-4 mutants was slightly lower than the wild
types; however, the leaf color of mutant and wild type plants were identical and photosynthesis in the mutant
plants proceeded normally. Under high light treatment, photosynthesis efficiency of psrp-4 mutant plants was
similar to that of wild-type plants. Further western blot analysis showed that the turnover rate of D1 protein, the
PSⅡ reaction center, was not significantly affected by the down-regulation of the Psrp-4 gene. The results above
suggested that PSRP-4 might not play a pivotal role in protein synthesis or photosynthesis in chloroplast.
Keywords Chloroplast ribosome, High light stress, Psrp-4 gene, Arabidopsis
基金项目:本研究由国家自然基金面上项目(31070217)资助
叶绿体是光合作用发生的主要场所。除了进行
光合作用外,叶绿体还参与氨基酸、脂肪酸、维生素
以及次级代谢产物等许多重要细胞组分的合成
(Neuhaus and Emes, 2000)。叶绿体蛋白由叶绿体基因
基因组学与应用生物学
Genomics and Applied Biology
和核基因共同编码完成,其中一百多个蛋白是在叶绿
体核糖体中合成(Martin et al., 2002)。已有研究表明叶
绿体核糖体共有 6个特有蛋白,它们由核基因编码,并
命名为 PSRP,编号 1 至 6 (plastid-specific ribosomal
protein 1 to 6) (Yamaguchi and Subramanian, 2000)。
PSRP-4蛋白是叶绿体核糖体上的特有蛋白之
一。对菠菜叶绿体核糖体蛋白研究表明 PSRP-4是
30S小亚基里带正电荷最多的蛋白,该蛋白与极端嗜
热菌(Thermos thermophilus) 30S亚基核糖体小蛋白具
有高度同源性(Leontiadou et al., 2001)。拟南芥中共发
现两个 Psrp-4同源序列,其中一个与菠菜 Psrp-4基
因高度同源,命名为 Ath-Psrp-4 (GeneBank登录号为
AT2g38140)。Ath-PSRP-4蛋白前体包含 50个氨基酸
的转运肽,并且具有另外两个特点:即与富含赖氨酸精
氨酸 Thx蛋白高度同源以及富含脯氨酸疏水结构域。
另一个同源基因为假定基因,命名为 Ath-Psrp-4h
(GeneBank登录号为 AT2g2129),该假基因在拟南芥
的 EST数据库中尚且没有确定转录本(Yamaguchi and
Subramanian, 2003),Ath-PSRP-4h假定蛋白转运肽更
短,推测其可能是线粒体蛋白。然而,关于 Ath-PSRP-4
蛋白在叶绿体蛋白合成以及光合作用中的作用机制尚
无报道。
基因缺失突变体是目前基因功能研究的有效手
段之一。其中 RNAi技术作为一项快速、高效及便于操
作的技术,是创制基因缺失突变体的重要方法(Han-
non, 2002),在植物基因功能的研究得到广泛的应用
(Chuang andMeyerowitz, 2000)。
本文通过对 Psrp-4 基因进行序列分析,利用
Gateway系统(Earley et al., 2006)构建该基因的 RNAi
载体并转化拟南芥,分析了基因对拟南芥光合作用的
影响,为进一步探究核糖体的分子调控机制及其在叶
绿体蛋白周转中的作用奠定基础。
1结果与分析
1.1 Psrp-4基因分析及克隆
Psrp-4基因在拟南芥中全长为 730 bp,含有 3
个外显子(图 1A)。Psrp-4基因序列及其氨基酸序列
分析表明,该基因 cDNA全长 556 bp,其中 ORF (the
open reading frame)编码一条约为 118个残基的蛋白
质。提取野生型拟南芥总 RNA,进行 1%琼脂糖凝胶
电泳检测共得到 3条带,分别为 28S RNA、18S RNA
和 5S RNA。其中,28S RNA与 18S RNA的亮度比例
约为 2:1,OD260/OD280 比值在1.9~2.0 之间,表明总
RNA 质量较好(图 1B)。用本实验设计的引物进行
PCR扩增 Psrp-4基因 RNAi片段,并经电泳检测,得
到一条分子量为 150 bp左右的条带(图 1C),片段大
小与预测相同。
1.2利用Gateway技术构建 Psrp-4基因 RNAi载体
BP反应后阳性克隆检测:将克隆得到的 Psrp-4
基因 RNAi片段与 Gateway入门载体 pGWC-T进行
连接反应,转化大肠杆菌(E. coli) DH5α感受态,涂布
抗生素平板,随机挑取单克隆并进行菌体 PCR反应,
经琼脂糖凝胶电泳检测,PCR产物片段大小与目的基
因片段一致(图 2A)。将检测所得阳性克隆测序,测序
结果经比对与目的序列相同,表明 RNAi片段已成功
插入到入门载体中,命名为 Psrp-4-RNAi-pGWC。利
用该质粒进行后续 LR反应后,再次转化大肠杆菌(E.
coli) DH5α感受态并涂布抗生素平板。
LR反应后阳性克隆检测:为检测目的 RNAi片段
是否成功插入到 RNAi载体即 pJawoh18载体中,挑
取克隆菌液,进行 PCR扩增检测。结果表明,PCR产
物片段与目的片段序列大小相同(图 2B)。测序正确,
命名该表达载体为 Psrp-4-pJawoh18。
转化:将 Psrp-4-pJawoh18表达载体电击转化农
杆菌(Agrobacterium tumefaciens) GV3101,PCR 扩增
检测,获得阳性克隆(图 2C)。选取阳性克隆测序,表明
得到成功转化的农杆菌。
1.3转基因植株的获得及表达分析
pJawoh18载体携带除草剂抗性标记基因 Bar,喷
图 1 Psrp-4基因分析及 RNAi片段克隆
注 : A: Psrp-4 基因结构分析及 RNAi 引物设计位点 ; B: 总
RNA琼脂糖凝胶电泳图; C: Psrp-4 基因 RNAi片段 PCR 扩
增(Marker: DL2000)
Figure 1 Psrp-4 gene analysis and RNAi clone
Note: A: Analysis of Psrp-4 gene structure and primer sites de-
signed for RNAi fragment cloning; B: Gel electrophoresis of total
RNA; C: PCR products of Psrp-4 RNAi fragment (Marker:
DL2000)
258
洒 Basta后非转基因植株(即野生型拟南芥)枯化死亡,
而转基因植株抗除草剂,叶片颜色为绿色,可正常生长
(图 3A)。通过此方法鉴定并获得 5株转基因植株。
为鉴定 Psrp-4基因的表达量,以 Actin基因作
为内参基因,对 5棵阳性植株进行了半定量 PCR。分
析结果显示 Psrp-4基因在 5个转基因拟南芥中都能
正常转录表达,但表达量不同程度地低于野生型拟
南芥(图 3B),说明在转基因植株中该基因的表达受
到了抑制。我们选择 Psrp-4基因表达抑制最为强烈
的 2号转基因植株作为后续的实验材料,并命名为
psrp-4突变体。
1.4野生型和 psrp-4突变体植株生长曲线测定
在正常生长条件下,突变体和野生型的幼苗在培
养间生长 3周后,psrp-4突变体比野生型植株略小,叶
片颜色正常,可进行正常的光合自养(图 4A);在生长过
程中突变体植株的叶面积增长速率要比野生型的稍微
缓慢,但差别不明显(图 4B),与表型观察结果相同。结
果说明,在正常培养条件下,psrp-4突变体可进行正常
生长,与野生型拟南芥相比没有明显区别。
1.5强光诱导 psrp-4突变体的光抑制情况
我们将野生型和 psrp-4突变体的离体叶片分别
强光胁迫(1 200μmol·m-2·s-1)处理 1~4 h后,检测其最
大光化学效率(Fv/Fm)的变化(图 5A)。经过 4 h高光处
理后,psrp-4突变体的最大光化学效率降低速度及下
降幅度与野生型相比均无明显的变化。结果表明,与野
生型相比,psrp-4突变体的 PSⅡ对光能的利用效率变
化不大,光系统的电子传递正常,没有受到损伤。
为了进一步检测 PSⅡ反应中心D1蛋白和D2蛋
图 2 Psrp-4基因 RNAi载体构建
注: A: BP反应后阳性克隆的验证; B: LR反应后阳性克隆 P
CR检测; C: Psrp-4基因 RNAi载体 PCR鉴定(2%琼脂糖电泳
分析, Marker: DL2000)
Figure 2 Construction of Psrp-4 RNAi vector
Note: A: PCR detection of positive clones derived from BP reac-
tion; B: PCR detection of positive clones derived from LR reac-
tion; C: PCR identification of Psrp-4 gene RNA interference vec-
tor (2% agarose gel electrophoresis, Marker: DL2000)
白含量的变化,我们进而提取经强光处理后的野生型
和 psrp-4突变体拟南芥叶片的类囊体膜进行蛋白免
疫印记分析。结果发现,强光处理条件下,psrp-4突变
体中 D1蛋白和D2蛋白的变化情况与野生型拟南芥
的基本一致(图 5B)。
2讨论
近年来,植物叶绿体研究被越来越多的学者所重
视,拟南芥基因组序列分析表明,约 1/5的核基因编码
的产物定位于叶绿体(Leister, 2003),大部分功能尚不
明确(Friso et al., 2004)。叶绿体核糖体是植物特有的细
胞器核糖体,研究证实许多叶绿体核糖体组成蛋白在
叶绿体蛋白的合成和光合作用过程中起着重要的作
用。玉米 PRPS17基因突变后,造成 PSⅡ复合物的数量
图 3转基因植株的获得与分析
注 : A: Basta 筛选转基因植株 ; B: Psrp-4 基因的半定量
RT-PCR检测(1~5为转基因拟南芥; WT:野生型拟南芥)
Figure 3 Obtainment and analysis of transgenic plants
Note: A: Basta resistance screening for transgenic plants; B: Se-
mi-quantitation RT-PCR detection of Psrp-4 gene expression
(1~5: Transgenic Arabidopsis; WT: Wild-type Arabidopsis)
拟南芥 Psrp-4基因参与光合作用机制的研究
Studies on the Functions of Plastid-specific Ribosomal Protein 4 Gene (Psrp-4) of Arabidopsis in Photosynthesis 259
基因组学与应用生物学
Genomics and Applied Biology
减少,并影响光合电子的传递(Schultes et al., 2000);在
拟南芥中,PRPL11被敲除后,叶片颜色及生长速率发
生变化(Pesaresi et al., 2001),而 PRPS21被敲除后,植
株光合作用受到抑制(Morita-Yamamuro et al., 2004)。
在拟南芥中,Psrp-4有两个基因拷贝,AT2g38140、
AT2g2129和 AT2g2129为假基因,在拟南芥的 EST数
据库中尚且没有确定转录本。因此我们对 AT2g38140
进行了基因克隆与 RNAi载体构建,并进行了光合相
关功能研究。
研究结果显示,在正常生长条件下,与野生型相
比,psrp-4突变体生长速度有所减慢,但差异并不明
显,说明在正常生长条件下 Psrp-4基因对拟南芥植株
的生长发育的作用并不显著。
光是光合作用所必需的,但若光强过高,会造成光
胁迫。光系统Ⅱ (PSⅡ)是执行光诱导电荷分离和电子
传递的基本单位,该系统对高光胁迫敏感,因而我们将
野生型拟南芥和 psrp-4突变体的离体叶片进行高光
处理后,测定其最大光化学量子产量(Fv/Fm)。结果显
示,相比于野生型拟南芥,psrp-4突变体的光系统没有
图 4 野生型和 psrp-4突变体植株表型及生长曲线
注: A:正常生长 5周的野生型与 psrp-4突变体; B:野生型与
psrp-4突变体生长曲线
Figure 4 Phenotype and growth rate of WT and psrp-4 mutant
plants
Note: A: Phenotype of 5-week-old WT and psrp-4 mutant under
normal conditions; B: Growth kinetics of psrp-4 mutant and
WT plants
图 5强光胁迫条件下 psrp-4突变体 PSⅡ的活性变化及反应
中心 D1蛋白的降解
注 : A : 野生型 (方形 )和 psrp-4 突变体 (圆形 )在强光
(1 200 μmol·m-2·s-1) 处理条件下 PSⅡ的最大光化学效率
(Fv/Fm)的变化;B:在林可霉素存在条件下,强光(1200μmol·m-2·s-1)
处理时 PSⅡ中心 D1, D2蛋白的含量变化
Figure 5 PSⅡ activity changes and degradation of D1 protein, the
PSⅡ reaction center, under photoinhibition conditions
Note: A: PSⅡ photosynthesis efficiency (Fv/Fm) changes of WT
(squares) and psrp-4 mutant (circles) under high light illumina-
tion (1 200 μmol·m-2·s-1); B: Amount changes of D1 and D2
proteins in PSⅡ reaction center under high light illumination
(1 200 μmol·m-2·s-1) in the presence lincomycin
明显的变化。同时,D1蛋白的快速周转是 PSⅡ的重要
修复机制(Long et al., 1994)。而 D2蛋白的降解速度则
远比D1蛋白低。为了证明 PSⅡ蛋白是否发生了变化,
我们以 D2蛋白作为D1蛋白降解的参照,进行了蛋白
免疫印记实验。实验发现,与野生型拟南芥相比,
psrp-4突变体 PSⅡ的核心蛋白 D1/D2并未发生明显
变化,这与上述光化学效率的实验结果是一致的。
以上实验数据说明,在转基因植株中,Psrp-4基因
的表达受到了抑制,但其生长发育和光系统特征与野
生型相比均无明显变化,说明 Psrp-4基因在光系统中
并未起到重要的作用。但是由于 RNAi并未完全敲除
Psrp-4基因,可能较低表达量的 Psrp-4基因即可满足
植物生长发育的需要,因此需要进一步的实验如定购
T-DNA插入突变体等进行验证。这些初步的研究结
果,为进一步认识和了解 Psrp-4基因在拟南芥中的作
260
用机制创造了条件。
3材料与方法
3.1植物材料、菌株和质粒
拟南芥为野生型 Col-0 (Arabidopsis thaliana)、
pGWC-T载体、pJawoh18载体为实验室所有;大肠杆
菌(E. coli) DH5α购自 TaKaRa公司,农杆菌 GV3101
为实验室保存。
3.2试剂与酶
植物总 RNA提取试剂盒、DNA快速回收试剂
盒、质粒提取试剂盒、胶回收试剂盒等购自北京天根
生化试剂有限公司;PCR试剂、SolutionⅠ、反转录试
剂盒等购自 TaKaRa公司;引物合成和测序由华大基
因完成。
3.3总RNA提取及 cDNA的合成
总 RNA 的提取参照 RNA prep pure Plant Kit
(QIANGEN)说明书进行;cDNA合成按 PrimeScriptⅡ
1st Strand cDNASynthesis Kit (TaKaRa)说明合成。
3.4目的基因片段克隆及序列测定
根据 NCBI中公布的拟南芥(Arabidopsis thaliana)
Psrp-4基因(GenBank登录号为AT2G38140)的 3UTR
区保守区设计 1对特异性 PCR引物 F:5-ATGAGA
TTCTTCACTTGTTGTC-3;R:5-AAAGACTCAAT
GATTCATAAAGA-3。利用该对引物,以上述制备
好的拟南芥的 cDNA 为模板进行 PCR 扩增。PCR
反应程序为:95℃预变性 5 min;95℃变性 30 s,
52℃退火 30 s,72℃延伸 45 s,共 29 个循环;72℃
延伸 5 min。2%琼脂糖凝胶电泳检测 PCR产物后,
切胶回收目的条带并进行纯化,利用紫外分光光度
计测定产物浓度。
3.5利用 Gateway技术构建 Psrp-4基因 RNAi载体
BP反应:配制以下连接反应体系:pGWC-T 1 μL
(约 50 ng),Solution Ⅰ 5 μL,Psrp-4基因 PCR 回收
产物 3 μL,终体积 10 μL。25℃反应 4 h。转化大肠
杆菌 DH5α感受态,并涂布含有 Amp 的 LB平板,
待转化菌落长出后,随机挑取单克隆,进行 PCR 鉴
定后送往华大基因测序。
提取经测序验证的阳性克隆菌液质粒作为入
门载体,进行 LR反应。
LR反应:在 0.5 mL离心管中配制以下反应体
系(总体积 5 μL):入门载体克隆 1 μL (30~50 ng),
pJawoh18 vector 1 μL (30~50 ng),LR Enzyme Mix
1 μL,ddH2O 2 μL。25℃水浴 4 h,转化大肠杆菌
DH5α感受态,经菌液 PCR 鉴定后测序。提取测序
正确的阳性克隆菌液质粒即为重组载体。
3.6农杆菌及拟南芥的遗传转化
将重组载体通过电击法转化农杆菌菌株GV3101,
采用花序滴定法转化野生型拟南芥。收取转化后拟南
芥种子并充分干燥,置 4℃春化 48 h后均匀播撒于培
养土中,7 d 后待幼苗子叶完全张开时喷洒浓度为
0.1%的 Basta溶液进行转基因植株筛选。
3.7半定量 PCR (Semi-quantitation RT-PCR)分析
通过半定量 RT-PCR法对转基因拟南芥 Psrp-4
基因的表达量进行分析,采用相关试剂盒进行野生型
拟南芥和转基因植株叶片的总 RNA提取与 cDNA合
成。根据目的基因设计特异引物 P4rtF:5-CTCAGC
CCAACTAAACCAT-3;P4rtR:5-CACCTATCAGG
CACACCTT-3。以肌动蛋白基因 Actin5 为内参照
基因,引物序列为 AcF:5-TCTTCTTCCGCTCTTTC
TTTCC-3;AcR:5-TCTTACAATTTCCCGCTCTGC-
3。RT-PCR扩增程序为 94℃预变性 5 min;94℃变
性 30 s,60℃退火 45 s,72℃延伸 45 s,28 个循环;
72℃ 10 min。根据电泳检测的结果调整模板浓度,
直至各样品的 Actin5基因的扩增条带亮度一致,然
后利用 psrp-4 引物扩增调整过的模板 32 个循环,
进行电泳检测基因表达量。
3.8生长曲线测定
分别选取 10 株突变体和野生型拟南芥植株,
从长出两片真叶时开始测定,测定生长在同一位置
的 2 片叶,将叶片固定在滤纸上并用铅笔描出轮
廓,按轮廓剪下滤纸片后称重并与单位面积重量换
算得出叶面积。计算公式:叶面积=(剪下滤纸片的重
量×单位面积)/单位面积重量。并以叶面积为纵坐
标,测定时间点为横坐标,绘制植株生长曲线图。
3.9高光胁迫实验
取温室中培养 5 周的转基因植株与野生型植
株完全展开的叶片,将离体叶片叶面向上浸于水
中,室温条件下,用强度为 1 200 μmol·m-2·s-1光照
处理相应时间。利用荧光测定仪 PAM-2000测定相
关指标。测定后,立即将叶片投入液氮速冻后置
-80℃冻存,直至后续实验使用。
拟南芥 Psrp-4基因参与光合作用机制的研究
Studies on the Functions of Plastid-specific Ribosomal Protein 4 Gene (Psrp-4) of Arabidopsis in Photosynthesis 261
基因组学与应用生物学
Genomics and Applied Biology
3.10蛋白免疫印记分析
分别提取转基因植株与野生型拟南芥的类囊
体膜,采用 Laemmli (1970)系统进行 SDS-PAGE 电
泳,通过 Bio-rad装置将 SDS-PAGE凝胶上的蛋白
进行转膜。经封闭液封闭后,加入蛋白特异性一抗,
进行过夜处理。最后加入辣根过氧化物酶二抗,反应
2 h。经发光液发光后用 X-ray底片曝光处理。
作者贡献
左然完成该研究的实验结果分析及写作工作;
徐美玲主要参与了该研究的实验内容;温泽文参与
实验数据分析;张东远对本研究进行了实验设计。
致谢
本研究获得国家自然基金面上项目(31070217)
资助。感谢匿名评审专家的评审建议和修改建议。
参考文献
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