全 文 :第39卷第2期
2016年3月
河 北 农 业 大 学 学 报
JOURNAL OF AGRICULTURAL UNIVERSITY OF HEBEI
Vol.39No.2
Mar.2 0 1 6
文章编号:1000-1573(2016)02-0015-06 DOI:10.13320/j.cnki.jauh.2016.0027
拟南芥NF-YC9重组蛋白的制备
张晓娅, 张国芳, 司 琪, 崔素娟, 赵红桃
(河北师范大学 生命科学学院,河北石家庄 050024)
摘要:NF-YC9是模式植物拟南芥核因子Y家族成员之一,在开花调控等过程中发挥重要作用,但其蛋白的特
性及其作用的分子机制尚待探究。本文首先扩增获得了NF-YC9基因的序列,采用重组技术构建了与麦芽糖
结合蛋白 MBP编码基因融合的重组表达载体,将其转化到大肠杆菌BL21中,进行了 MBP-NF-YC9融合蛋白
的诱导表达,并借助直链淀粉亲和层析介质纯化技术获得了电泳纯的 MBP-NF-YC9重组蛋白,以备进一步对
NF-YC9蛋白的生化特性进行全面检测。
关 键 词:拟南芥;NF-YC9;重组蛋白;工程菌;MBP;亲和纯化
中图分类号:Q78 文献标志码:A
收稿日期:2015-11-20
基金项目:河北省普通高等学校高层次人才科学研究项目(GCC2014029);青年拔尖人才项目(BJ2014040)部分资助.
作者简介:张晓娅(1991-),女,河北省沧州人,河北师范大学2015届本科生.张晓娅和张国芳为同等贡献作者.
张国芳(1989-),女,河北省邢台人,在读博士生,从事植物发育生物学研究.
通讯作者:崔素娟(1966-),女,河北省石家庄人,教授,从事植物发育生物学与表观遗传学研究.
赵红桃(1983-),女,河北省石家庄人,博士,从事表观遗传学与植物抗逆研究.E-mail:zhaohongtao325@126.com
Preparation of Arabidopsis NF-YC9 recombinant protein from
the engineering bacteria
ZHANG Xiao-ya,ZHANG Guo-fang,SI Qi,CUI Su-juan,ZHAO Hong-tao
(Colege of Life Science,Hebei Normal University,Shijiazhang 050024,China)
Abstract:NF-YC9,as one member of NF-Y family,playes an important role in regulating
flowering time of Arabidopsis.In this experiment,the gene sequence of NF-YC9 was ampli-
fied and cloned by RT-PCR,and then fused with the gene encoding maltose-binding protein
(MBP)by using Gateway system.Then the plasmid p MBP-NF-YC9was transformed into the
engineering E.coli strain BL21.The optimum condition for the soluble MBP-NF-YC9was es-
tablished in the study.With the use of amylase-resin,the recombinant MBP-NF-YC9proteins
were purified and detected by SDS-PAGE.The purified recombinant protein wil facilitate our
further understanding about the biochemical characteristics of Arabidopsis NF-YC9.
Keywords:Arabidopsis thaliana;NF-YC9;recombinant protein;engineering bacteria;MBP;
affinity purification
核因子Y(Nuclear factor Y,NF-Y)家族是广
泛存在于动植物中的转录因子家族之一[1],具有发
育及逆境胁迫适应等多种生物学功能[2-5]。与动物
相比,高等植物基因组中含有较多的 NF-Y成员编
河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
码基因,其中模式植物拟南芥中预测含有36个NF-
Y成员,分为 NF-YA、NF-YB和 NF-YC三个亚家
族[6]。NF-YA可以通过其N端的2个功能保守的
结构域与NF-YB以及NF-YC相互作用,而C端结
构域可以与 DNA相互作用,NF-YB和 NF-YC的
保守结构域也包括一些和DNA相互作用的基序,
并且三个亚家族成员间可通过蛋白质直接相互作用
形成三聚体[7-10]。已有文献报道,NF-Y亚家族成员
具有不同的组织表达特异性[11],一些成员功能冗余
地参与模式植物拟南芥的开花调控[2]。但在植物
中,NF-Y成员是如何参与植物的生长发育调控的
过程,尚不清楚。NF-YC9是拟南芥13个 NF-YC
成员之一,在拟南芥的根、叶及花等组织中广泛表
达[11],这预示着它可能参与植物多个器官生长发育
过程。本实验室前期酵母双杂交文库筛选研究表
明,植物特有转录因子家族成员LCU(Leaf Curling
Upward)及其突变蛋白lcu与拟南芥多个 NF-YC
成员可能存在直接的相互作用,其中就包括 NF-
YC9[12]。本试验将借助工程菌重组表达、亲和层析
纯化获得可溶性的 NF-YC9与麦芽糖结合蛋白
(Maltose-binding protein,MBP)的重组融合蛋白,
将用于进一步分析 NF-YC9与LCU/lcu或其它转
录因子蛋白或靶基因DNA序列的结合,这将利于
对NF-YC9的生化特性及生物学功能分子机制的
了解。
1 材料与方法
1.1 材料
所用的拟南芥(Arabidopsis thaliana)幼苗cD-
NA,大肠杆菌菌种E.coli DH5α和BL21及其感受
态菌为本实验室保存;入门载体pENTRTM/SD/D-
TOPO ,Directional TOPO Cloning Kit和Gate-
way LR Clonase Ⅱ Enzyme Mix 为invitrogen
(http://www.lifetechnologies.com)产品;目标载
体GW-pMal-c2 X 由河北师范大学汤文强教授提
供;引物合成及 DNA 测序由上海生工(http://
www.sangon.com)完成;直链淀粉树脂(Amylase
resin)为NEB(http://www.NEB.com)产品。
1.2 方法
1.2.1 TOPO定向克隆NF-YC9编码序列 以10d
龄拟南芥幼苗的cDNA为模板,以5′端添加了CACC
的正向引物GW-NF-YC9F(5′-caccATGGATCAA-
CAAGACCATGGAC-3′)及 反 向 引 物 GW-NF-
YC9R(5′-CTAATTTTCCTGGTCAGGTTGGTC-
3′)为引物对,用FastPfu进行PCR扩增。用胶回
收试剂盒回收目的片段,利用pENTRTM Directional
TOPO Cloning Kits,与入门载体pENTRTM/SD/
D-TOPO进行TOPO cloning反应,热激法转化E.
coli DH5α感受态[13],在含有50μg/mL 卡那霉素
(Kannamycin,Kana+)的 LB(Luria-Bertani,1%
Tryptone、0.5% Yeast Extract、1% NaCl)固体培
养基上筛选阳性克隆,采用菌体PCR鉴定[13]及提
取质粒的PstⅠ和NcoⅠ双酶切鉴定是否获得入门
载体pTOPO NF-YC9,若符合预期,再经 DNA测
序确定 PCR 扩增的编码序列(Coding sequence,
CDS)是否正确。
1.2.2 Gateway系统的LR反应 将鉴定正确的
入门载体pTOPO NF-YC9与目标载体GW-pMal-
c2X 进 行 LR 重 组 反 应,热 激 转 化 大 肠 杆 菌
DH5α[13],在含有50μg/mL氨苄霉素(Ampicilin,
Amp+)的LB平板上筛选阳性克隆,菌体PCR鉴
定[13]及对提取的质粒进行 Hind Ⅲ和NcoⅠ双酶
切鉴定,对符合预期的单克隆质粒再次进行 DNA
测序检验序列及阅读框是否正确。
1.2.3 重组蛋白的诱导表达 挑取热激法转入重
组表达载体的大肠杆菌BL21的阳性单克隆于3
mL含有Amp+的LB培养液中,37℃过夜,第2天
接种于150mL含有Amp+的LB培养液中,37℃
下进行扩培,直至OD600吸光值达到0.4~0.6之
间,取出1mL作为诱导前的样品,之后分别添加诱
导剂异丙基硫代半乳糖苷(Isopropylβ-D-1-thioga-
lactopyranoside,IPTG),使其终浓度为0.1或0.5
mmol/L,分别在不同温度下诱导培养5h,每小时
留取1mL培养物。余下的菌体离心后去上清,沉
淀冻存在-20℃。
1.2.4 大肠杆菌蛋白的制样及电泳 全蛋白(Total
protein,T)的快速制样:将收集的1mL大肠杆菌各种
样本经12 000r/min,4℃离心2min,去上清,加100
μL 2×蛋白样品缓冲液重悬菌体沉淀,充分振荡混匀
后,于100℃水浴5~10min,12 000r/min离心5
min,上清即可进行蛋白质的十二烷基磺酸钠-聚丙烯
酰胺凝胶电泳(Sodium dodecyl sulfate polyacrylamide
gel electrophoresis,SDS-PAGE)[14]。
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第2期 张晓娅等:拟南芥NF-YC9重组蛋白的制备
可溶性上清蛋白及包涵体沉淀蛋白的制样:菌
体裂解采用溶菌酶分解细菌壁和超声波破碎DNA
方法,具体操作如下:取-20℃冻存的菌体,冰浴中
用10mL CB (Column buffer,20mmol/L Tris-
HCl、pH7.4、0.2mol/L NaCl、1mmol/L EDTA、
1mmol/L PMSF及1mg/mL溶菌酶)重悬菌体,
4℃放置30min后使用细胞超声破碎仪破碎DNA
(30W 功率、超3s、停5s)约10~15min(冰上操
作,注意勿产生气泡),至菌破碎液可成滴滴下为止。
将超声后的样品于4℃12 000r/min离心15min,
将上清(soluble,s)与沉淀(insoluble,i)蛋白分别进
行SDS-PAGE电泳。
采用Laemmli系统的非连续胶SDS-PAGE电
泳[14],其中浓缩胶为4%,分离胶为12%。电泳后
的凝胶经考马斯亮蓝G250染色、脱色后,进行凝胶
扫描取图。
1.2.5 直链淀粉介质亲和层析 参照NEB生产商
提供的 MBP亲和纯化使用手册进行实验(http://
www.neb.com/products/e8200-pmal-protein-fu-
sion-and-purification-system)。
2 结果与分析
2.1 NF-YC9基因的编码序列分析及蛋白特性
预测
首先从拟南芥研究数据平台TAIR网(http://
www.arsbidopsis.org)中获得如下信息,拟南芥
NF-YC9 (NUCLEAR FACTOR Y,SUBUNIT
C9)蛋白也被称为 HAP5C(HEME ACTIVATED
PROTEIN 5C),其基因编号为AT1G08970,蛋白编
码序列CDS包括696个碱基,预测编码的蛋白包括
231个氨基酸(图1),蛋白相对分子量为25.64
kDa,等电点4.88。这些均为后续的引物设计、CDS
序列克隆及载体构建酶切分析及蛋白的诱导表达提
供了理论依据。
借助Omiga软件翻译的NF-YC9蛋白的氨基酸信息(上行),氨基酸以单字母表示.
图1 NF-YC9的CDS及氨基酸序列信息
Fig.1 The coding sequence and amino acid sequence of NF-YC9
2.2 NF-YC9CDS片段的扩增
以拟南芥幼苗cDNA为模板,采用方法1.2.1
给出的引物对,经过PCR获得NF-YC9CDS的扩
增产物,扩增产物经1%琼脂糖凝胶电泳进行检测
(图2),在约700bp处有明显的特异条带,与预期条
带大小一致,并对该条带进行了回收,回收产物量
829.5ng,浓度约为23.7ng/μL。 泳道1,DNA MarkerⅢ;泳道2,PCR扩增产物。^ 示上样孔;
#示约700bp的NF-YC9CDS条带;*示引物二聚体.
图2 琼脂糖凝胶电泳示NF-YC9 CDS序列PCR扩增产物
Fig.2 Agarose gel electrophoresis of NF-YC9
CDS after PCR amplification
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河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
2.3 pTOPO NF-YC9入门载体的鉴定
将目的片段与入门载体pENTRO/SD/D-TO-
PO(图3A)进行定向反应,产物转化大肠杆菌感受
态,对克隆进行菌体PCR(图3B)。在检测的21个
克隆菌中,除1、5、12、16、19外均在700bp左右处
扩增出目的条带;选取4、21号单克隆菌提取质粒,
进行NcoⅠ和PstⅠ双酶切鉴定(图3C),结果显示
4和21号克隆菌质粒均可切出约550bp大小条带,
符合预期条带大小;利用 TOPO载体上 M13正向
及反向引物进行DNA测序,结果显示21号质粒中
NF-YC9CDS序列完全正确。至此获得了pTOPO
NF-YC9入门载体。
A.pTOPO/SD/D-TOPO图谱(左)及部分序列信息(右);B.pTOPO NF-YC9菌体PCR电泳图,M.DNA MarkerⅢ;1~21,菌体单克隆的编
号;C.4和21克隆的NcoⅠ和PstⅠ双酶切产物电泳。^ 示上样孔;#菌体PCR扩增条带;*示引物二聚体;**示酶切后的载体片段;***示酶
切下的目的片段.
图3 pTOPO NF-YC9入门载体的构建及酶切鉴定
Fig.3 pTOPO NF-YC9construction and identification
2.4 p MBP-NF-YC9表达载体的鉴定
方法2.2所述的LR反应之后,菌体PCR鉴定
获得了较多的p MBP-NF-YC9可能的阳性克隆(图
4A)。随后通过限制性内切酶HindⅢ 和NcoⅠ对
其中的8号克隆进行双酶切鉴定(图4B),切出约
800bp大小条带,符合预期条带大小。进一步DNA
测序结果显示其中的NF-YC9CDS序列正确,并且
以正确的阅读框融合在麦芽糖结合蛋白编码基因
(malE)后,至此获得了p MBP-NF-YC9重组表达
载体。MBP与NF-YC9蛋白间的连接氨基酸有25
个,预测 MBP-NF-YC9融合蛋白的分子量应为
70.2kDa。
A.菌体PCR产物琼脂糖电泳图.M.DNA MarkerⅢ;1~20,菌体单
克隆的编号,20和21分别为阳性和阴性对照;B.8号克隆的 Hind
Ⅲ和NcoⅠ双酶切鉴定电泳图。^ 示上样孔;#示菌体PCR扩增目的
条带;*示引物二聚体;**示酶切后的载体片段;***示酶切下的目
的片段.
图4 p MBP-NF-YC9的鉴定
Fig.4 Identification of p MBP-NF-YC9
2.5 MBP-NF-YC9重组蛋白的诱导表达条件摸索
及纯化
将构建好的工程菌进行培养,加不同浓度的
IPTG诱导剂,分别在30℃和37℃条件下振荡培
养,每小时取样一次,制样后进行SDS-PAGE(图
5),结果显示30℃和37℃下,IPTG浓度为0.1或
0.5mmol/L的条件下诱导1h,在约70kDa处有明
显的诱导条带,随着温度的升高、IPTG浓度的增加
及诱导时间的延长,该诱导蛋白条带量明显增加。
图5 温度、诱导剂IPTG及培养时间
对 MBP-NF-YC9表达的影响
Fig.5 The influence to the MBP-NF-YC9expression by
temperature,IPTG and incubation time
图A和B分别为30℃和37℃条件下诱导 MBP-NF-YC9重组蛋白
的菌体全蛋白SDS-PAGE电泳图。图A中1为诱导前;图A中2和
图B中3为标准分子量蛋白(170、130、100、70、55、40、35、25kDa);
图A中3、5、7、9、11和图中B中1、4、6、8、10为0.1mmol/L IPTG
诱导1~5h;图 A中4、6、8、10、12和图B中2、5、7、9、11为0.5
mmol/L IPTG诱导1~5h.
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第2期 张晓娅等:拟南芥NF-YC9重组蛋白的制备
采用溶菌酶及超声破碎仪破碎诱导5h的细
菌,离心分别获取上清和沉淀蛋白,经SDS-PAGE
检测表明(图6),在30℃和37℃条件下,与0.5
mmol/L IPTG诱导相比,0.1mmol/L时诱导蛋白
的可溶性较好;37℃0.5mmol/L IPTG 诱导时蛋
白的可溶性有减少趋势;30℃IPTG 浓度为0.5
mmol/L时可溶性蛋白较多,但可能是这一孔道蛋
白上样量明显增多造成的,因此综合表达总量和可
溶性蛋白量,拟选30℃条件下,0.1mmol/L IPTG
诱导为后续纯化蛋白时的表达条件。
泳道s和i分别表示菌体裂解后离心获得的上清可溶性及沉淀重组
蛋白;M标准分子量蛋白;<示 MBP-NF-YC9重组蛋白.
图6 SDS-PAGE示可溶性 MBP-NF-YC9
表达的适宜条件
Fig.6 SDS-PAGE analysis of the suitable condition
for soluble MBP-NF-YC9
对30℃0.1mmol/L IPTG诱导2h的可溶性
上清蛋白,进行了直链淀粉的亲和层析纯化条件摸
索(图7),SDS-PAGE检测表明,获得了纯度及浓度
较高的可溶性 MBP-NF-YC9重组蛋白。
泳道1和2分别指示诱导前后的菌体全蛋白;泳道3和4分别
指示诱导菌体裂解后的离心上清及沉淀蛋白;泳道5表示上样时亲
和柱的流出液;泳道6和7分别指示分步洗涤时的第1及6次流出
液;泳道8~12为分步洗脱蛋白<示 MBP-NF-YC9重组蛋白;★示
杂蛋白或降解的重组蛋白.
图7 MBP-NF-YC9重组蛋白的纯化过程
的SDS-PAGE检测
Fig.7 SDS-PAGE analysis of MBP-NF-YC9
purification process
3 讨论与结论
Gateway克隆技术是invitrogen公司的专利,
是基于λ噬菌体的位点特异性重组反应开发出来
的。本研究通过Gateway系统的TOPO定向克隆,
快速获得了pTOPO NF-YC9入门载体,通过入门
载体与目的载体的LR重组反应,获得了工程菌表
达载体pMBP-NF-YC9。Gateway系统的重组载体
构建与经典克隆的酶切-连接等多步骤相比,只需一
步在重组酶催化下的生化反应便能达到目的,但对
于本身含有与重组位点类似的片段或结构复杂的片
段可能还会受影响。本研究表达载体的成功构建说
明NF-YC9CDS序列适用于Gateway系统,这为后
续NF-YC9各种原核及真核表达载体的构建提供
了便利。
MBP是一种工程菌表达蛋白常用的大分子融
合标签蛋白,其分子量约为40kDa,该标签蛋白有
助于融合蛋白的可溶性,借助直链淀粉亲和介质也
较容易进行纯化,并且作为对照的 MBP蛋白自身
也很容易获得,因此本文选择构建、成功诱导并纯化
获得了一定量的可溶性 MBP-NF-YC9融合蛋白。
通过对诱导剂浓度、培养时间及温度等诱导条件的
摸索,表明MBP-NF-YC9重组蛋白在菌体中存在着
可溶性形式,更多的存在于包涵体沉淀中,但通过亲
和层析富集仍然可以获得一定量、能够满足后续的
蛋白互作或与DNA序列结合分析。卫静等采用经
典的酶切连接方式,获得了拟南芥 NF-YC的另一
个成员 NF-YC2(AT1G56170)的工程菌表达载体
pET-48bNF-YC,通过诱导表达仅获得了包涵体中
存在的融合 His标签蛋白的重组蛋白[15],虽然后续
可进行包涵体蛋白的复性,但程序复杂,抗体制备尚
可用,但若用于分子间互作分析难度更大。
虽然本试验纯化获得了一定量的可溶性的
MBP-NF-YC9的融合重组蛋白,但纯化体系还需要
进一步优化,如洗涤时有很多的目标蛋白也被洗去,
这可能是蛋白样品过载,也可能是洗涤缓冲液中添
加的Triton X-100带来的 MBP与直链淀粉介质的
亲和力降低造成的,这可以通过增加不影响 MBP
与柱介质结合的NaCl盐浓度或延长洗涤时间来代
替;洗脱峰管不集中的问题,则可以通过提高麦芽糖
的浓度来尝试能否解决;对于纯化蛋白条带中还含
有的小分子蛋白,通过免疫印迹判断是杂蛋白还是
91
河 北 农 业 大 学 学 报 第39卷
降解的目的蛋白,并注意纯化过程中保持低温及蛋
白酶抑制剂的使用。总之,本研究应是首次报道可
溶性NF-YC9重组蛋白的纯化,这将对深入认识
NF-YC9的生化特性及生物学作用分子机制及其它
NF-Y家族成员的重组蛋白制备提供参考。
参考文献:
[1] Riechmann J L,Heard J,Martin G,et al.Arabi-
dopsis transcription factors:genome-wide compara-
tive analysis among eukaryotes[J].Science,2000,
290(5499):2105-2110.
[2] Kumimoto R W,Zhang Y,Sieferts N.NF-YC3,
NF-YC4and NF-YC9are required or CONSTANS-
mediated,photoperiod-dependent flowering in Ara-
bidopsis thaliana [J].the Plant Journal,2010,63
(3):379-391.
[3] Hou X,Zhou J,Liu C,et al.Nuclear factor Y-medi-
ated H3K27me3demethylation of the SOC1locus or-
chestrates flowering responses of Arabidopsis [J].
Nature communications,2014,5:4601.
[4] Xu L,Lin Z,Tao Q,et al.Multiple NUCEAR
FACTOR Y transcription factors respond to abiotic
stress in Brassica napus L.[J].PLOS ONE,2014,
9(10):e111354.
[5] Chen M,Zhao Y,Zhou C,et al.Overexpression of a
NF-YC transcription factor from Bermuda grass confers
tolerance to drought and salinity in transgenic rice[J].
Plant Biotechnology Journal,2014,13(4):482-491.
[6] Edwards D,Murray JA,Smith A G.Multiple genes
encoding the conserved CCAAT-box transcription fact
or complex are expressed in Arabidopsis[J].Plant
Physiology,1998,117(3):1015-1022.
[7] Arents G,Moudrianakis E N.The histone fold:A u-
biquitous architectural motif utilized in DNA compac-
tion and protein dimerization[J].Proceedings of the
National Academy of Sciences USA,1995,92(24):
11170-11174.
[8] Baxevanis A D,Arents G,Moudrianakis E N,et a1.
A variety of DNA-binding and multimeric proteins
contain the histone fold motify [J].Nucleic Acids
Research,1995,23(14):2685-2691.
[9] Zemzoumi K,Frontini M,Belorini M,et a1.NF-Y
histone fold helices help impart CCAAT specificity
[J].Journal of Molecular Biology,1999,286(2):
327-337.
[10] Mantovani R.The molecular biology of the CCAAT-
binding factor NF-Y[J].Gene,1999,239(1):15-27.
[11] Siefers N,Dang K K,Kumimoto R W,et al.Tissue-
specific expression patterns of Arabidopsis NF-Y
transcription factors suggest potential for extensive
combinatorial complexity [J].Plant Physiology,
2009,149(2):625-641.
[12] 胡霖.拟南芥lcu互作蛋白的筛选[D].石家庄:河
北师范大学,2011.
[13] J.萨姆布鲁克 D.W.拉塞尔.分子克隆实验指南
[M].北京:科学出版社,2008.93-96.
[14] Laemmli U K.Cleavage of structural proteins during
the assembly of the head of bacteriophage T4 [J].
Nature,1970,227(5259):680-685.
[15] 卫静,李长江,刘亚静,等.拟南芥转录因子 NF-YC
的原核表达及多克隆抗体制备[J].生物技术通报,
2012(3):57-62.
(编辑:李 川)
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