全 文 :西北林学院学报 2015,30(2):15~21
Journal of Northwest Forestry University
doi:10.3969/j.issn.1001-7461.2015.02.03
葡萄风信子转录因子MaMYB2的克隆及表达模式分析
收稿日期:2014-05-14 修回日期:2014-08-25
基金项目:国家自然科学基金项目“单子叶植物蓝色花形成关键转录因子基因克隆与功能分析”(31170652)。
作者简介:李志根,男,在读硕士,研究方向:园林植物分子育种。E-mail:lizhigen2049@163.com
*通信作者:刘雅莉,女,教授,硕士,硕士生导师,研究方向:园林植物遗传育种。E-mail:lyl6151@126.com
李志根1,2,刘雅莉1,2*,杨慧萍1,2,刘妮妮1,2
(1.旱区作物逆境生物学国家重点实验室,西北农林科技大学/农业部西北地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室,
陕西 杨陵712100;2.西北农林科技大学 林学院,陕西 杨陵712100)
摘 要:试验从葡萄风信子“亚美尼亚”中利用RACE技术克隆了一个 MYB类转录因子,命名为
MaMYB2,Genebank登陆号为 KJ744038。克隆到的 MaMYB2全长711bp,开放阅读框为600
bp,编码199个氨基酸,推测的蛋白分子量约为22.34ku,理论等电点为5.46,保守域具有DNA结
合位点;与矮牵牛(AAF66730.1)关系最近;核定位试验表明 MaMYB2蛋白定位在细胞核中;实时
定量PCR分析了MaMYB2在葡萄风信子“亚美尼亚”不同组织部位中的表达模式,结果不同组织
中均有表达,在花中表达量最高,且随着花色变深表达量逐渐升高。结果表明,MaMYB2有可能参
与了葡萄风信子中花青素积累的转录调控。
关键词:葡萄风信子;MYB转录因子;基因克隆;表达模式分析
中图分类号:S718.3 文献标志码:A 文章编号:1001-7461(2015)02-0015-07
Identification of a MYB Transcription Factor and Analysis of Its Expression in
Grape Hyacinths(Muscari botryoides)
LI Zhi-gen1,2,LIU Ya-li 1,2*,YANG Hui-ping1,2,LIU Ni-ni 1,2
(1.State Key Laboratory of Crop Stress Biology in Arid Areas,Northwest A&F University/Key Laboratory of Horticultural Plant
Biology and Germplasm Innovation in Northwest China,Ministry of Agriculture,Yangling,Shaanxi 712100,China;
2.College of Forestry,Northwest A&F University ,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:In this study,we isolated a novel MYB transcription factor from Grape Hyacinths,named
MaMYB2and then analyzed its biological information and expression pattern.The ORF of MaMYB2was
600bp and encoding 199amino acids.Sequences analysis showed that the deduced protein molecular
weight of the gene was 22.34ku.MaMYB2protein was localized in the nucleus when it was transiently
expressed in onion epidermal cels.Real-time quantitative PCR analysis revealed that MaMYB2transcrip-
tion increased in flowers compared with other organs.The gene expression level in flower tissues increased
significantly during flower development,which is consistent with the blooming progress.
Key words:Muscari armeniacum;MYB transcription factor;gene cloning;expression pattern
葡萄风信子(Muscari armeniacum)是天门冬
科葡萄风信子属的一种多年生草本观花地被,它以
其较为特有的蓝紫色花色而深受人们喜爱。葡萄风
信子40多个种具有不同程度的蓝色[1],这为研究单
子叶植物蓝色形成机理提供了理想的材料。植物的
花色是多种因子共同作用,从而导致细胞中特定花
色素积累的结果。花色素的合成主要是受2类基因
的调控,一类是结构基因,编码花色素生物合成的催
化酶;另一类是调节基因,有些调节基因编码的转录
因子能够应答外界刺激,调控基因时空表达[2]。在
调控色素合成的基因中,MYB转录因子研究最为
广泛,目前报道的几乎所有的花色素合成途径都受
到 MYB转录因子的调控[3]。
MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族
之一,它广泛参与植物多种次生代谢过程的调控,例
如:色素合成,细胞的分化与发育,信号转导以及抗
逆抗病等[4]。根据在DNA结合功能域中不完全重
复序列的数目,MYB转录因子可分为3个亚族
(1R,2R和3R)[5]。有1个重复的 MYB类似的蛋
白被称为 ‘MYB1R’,有 2 个重复的为 ‘R2R3-
MYB’,有3个重复的为‘MYB3R’[3]。自Paz-Ar-
es[6]等从玉米中分离到第一个 MYB 转录因子以
来,大量MYB类基因被分离和鉴定[7]。近年来,在
苹果[8-9],龙胆[10],百合[11]等植物中也克隆和鉴定出
调控色素合成相关基因的 MYB 类型转录因子,此
外,也有MYB类型转录因子调控黄酮醇[12]、大豆中
不饱和脂肪酸生物合成的报道[13]。在葡萄风信子
关于其花色成因分子机理的报道则并不多见,与此
同时,葡萄风信子组织培养的器官发生和体胚发生
调控已经有了较为成熟的技术[14],可以为葡萄风信
子的后续转基因验证提供技术支撑。
课题组前期建立了蓝色葡萄风信子花组织转录
组 数 据 库 (NCBI BioProject Accession:PRJ-
NA218154,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/bio-
project/PRJNA218154),筛选出了若干有可能参与
调控花青素生物合成的MYB转录因子。本研究以
葡萄风信子“亚美尼亚”(M.armeniacum)为材料,
根据前期获得的 MYB 基因片段序列设计特异引
物,利用RACE技术从花瓣中克隆 MYB基因cD-
NA全长,并通过实时荧光定量PCR分析该基因在
葡萄风信子不同组织中的表达模式,验证其转录激
活活性和核定位性质,为进一步研究 MYB 基因的
生物学功能和加深对葡萄风信子蓝色花色形成分子
机制的理解奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料与试剂
试验于2013年在西北农林科技大学旱区作物
逆境生物学国家重点实验室进行。材料是由西安植
物园提供的葡萄风信子“亚美尼亚”(M.armenia-
cum)。根据花器官形态,分为5个花发育时期:时
期1(S1),完全未着色的花蕾;时期2(S2),开始着色
的花蕾;时期3(S3),完全着色未开放的花蕾;时期4
(S4),完全开放的花蕾;时期5(S5),衰败的花蕾。
分别采集5个发育时期的花蕾,根,茎,叶,于液氮中
速冻后置于-80℃冰箱中备用。
所用试剂:RNA提取试剂盒购自北京百泰克生
物技术有限公司;SMARTTMRACE cDNA Ampli-
fication Kit购自 Clontech 公司;PrimeScriptTM
RT reagent Kit ,pMD19-T,SYBR? Premix Ex
TaqTM II为 TaKaRa公司产品;所用引物合成及
测序由北京奥科生物公司完成。
1.2 方法
1.2.1 葡萄风信子总 RNA的提取与 MYB 基因
cDNA全长的克隆 采用北京百泰克生物技术有限
公司的多糖多酚植物总RNA快速提取试剂盒从葡
萄风信子“亚美尼亚”的根,茎,叶以及花不同发育时
期(S1-S5)提取总RNA,1%琼脂糖凝胶电泳检测,
利用 TaKaRa PrimeScriptTMRT-PCR Kit试剂盒
进行RT-PCR反应合成cDNA,-80℃冰箱保存以
备RACE扩增和实时定量分析使用。
以葡萄风信子“亚美尼亚”转录组测序获得的
MYB序列片段分别设计3’RACE和5’RACE引物
MaMYB-3’GSP和MaMYB-5’GSP引物(表1),参
照Clontech公司的 RACE试剂盒对已经提取的
RNA分别进行RACE反转录获得5’-RACE-Ready
cDNA和3’-RACE-Ready cDNA,以之为模板,按
照SMARTerTM RACE cDNA Amplification Kit
试剂盒快速扩增cDNA末端,反应体系为25μL。
反应程序为:94℃预变性3min,(94℃变性30s,
68℃退火30s,72℃延伸3min)20cycles,72℃延伸
2min。扩增产物用1%琼脂糖凝胶电泳检测,回收
纯化目的条带后,与pMD19-T连接,16℃过夜连
接,12h后,将5μL连接产物转化20μL大肠杆菌
感受态细胞Top10中,经带有氨苄抗生素的平板上
筛选蓝白斑阳性克隆,挑取白色菌落于100mg·
L-1氨苄液体LB培养基中,37℃,180rpm培养10
~12h,菌液PCR鉴定重组质粒后,由北京奥科鼎
盛测序部测序。测序后,将获得的3’和5’片段进行
拼接。拼接后的序列找到其ORF并设计全长引物
MaMYB2-F和 MaMYB2-R(表1),以普通反转录
cDNA为模板,反应体系为25μL,其上下游引物各
1μL,cDNA模板1μL,ddH2O 9.5μL,Quick Taq
HS DyeMix 12.5μL。反应程序为94℃预变性5
min;94℃30s,57℃30s,72℃1min,循环30次;
72℃延伸10min,4℃反应结束测序后得到葡萄风
信子 MYB基因的全长序列[15]。
1.2.2 生物信息学分析 开放阅读框的查找用
NCBI中的 ORF Finder(http://www.ncbi.nlm.
nih.gov/projects/gorf/)在线工具完成;利用 Ex-
PASy工具包中的ProtParam(http://web.expasy.
org/protparam/)程序分析核酸及编码的氨基酸序
61 西北林学院学报 30卷
列的组成成分及理化性质;同源序列的搜索用 NC-
BI数据库中的Blastp(http://blast.ncbi.nlm.nih.
gov/Blast.cgi?PAGE= Proteins)完 成,运 用
DNAMAN软件对同源序列作多重比对;系统进化
树的构建运用 MEGA5.0软件完成;运用ProtScale
(http://web.expasy.org/protscale/)在线工具预
测 MYB蛋白的亲水性/疏水性[15];利用 TMpred
(http://www.ch.embnet.org/software/TM-
PRED_form.html)在线工具分析 MYB蛋白的跨膜
结构域;利用PSORT Ⅱ Prediction(http://psort.
hgc.jp/form2.html)在线工具进行亚细胞定位分
析;MYB蛋白二级结构和三级结构由SOPMA(ht-
tp://npsa-pbil.ibcp.fr/cgi-bin/npsa_automat.pl?
page=/NPSA/npsa_sopma.html)和 Phyre(ht-
tp://www.sbg.bio.ic.ac.uk/~phyre/)在线工具
完成。
1.2.3 MaMYB2蛋白的亚细胞定位分析 在去除
终止密码子的MYB基因的开放阅读框两侧设计引
物(表1),分别加XbaⅠ、KpnⅠ2个酶切位点,扩增
MYB序列,提取质粒,与载体PBI221-GFP进行酶
切连接,得到重组质粒。材料选用新鲜洋葱,于超净
工作台内剥取鳞片内表皮,接种于高渗培养基(MS
无机盐、40g/L甘露醇、0.7%agar)平板上,预培养
4~6h,供基因枪轰击用。参照Schwinn[16]et al方
法制备基因枪微弹,同时参照PSD-1000说明书,用
PDS 1000/He型基因枪(Bio-Rad)轰击洋葱表皮。
转化完成后的材料转入等渗培养基(MS无机盐、30
g/L蔗糖、0.7%agar)继续培养16h后,用激光共
聚焦荧光显微镜(LSM-510META)进行观察并采集
图像,激发光波长为488nm。
1.2.4 MaMYB2基因的表达模式分析 将反转录
得到的葡萄风信子“亚美尼亚”根、茎、叶,以及花蕾
不同发育时期(S1,S2,S3,S4,S5)cDNA作为模板,
荧光定量PCR在BIO-RAD Cycler IQ5荧光定量
PCR仪上进行,方法参照TaKaRa公司的荧光定量
试剂盒SYBR? Premix Ex TaqTM II说明书。反
应体系为20μL,反应程序为:94℃,3min;94℃15
s,58℃30s,45个循环,每个反应重复3次。定量
RT-PCR软件会自动生成溶解曲线,标准曲线和扩
增曲线。同时阀值(Ct值)由IQ5软件自动产生。
每个样品设置3个生物学重复,mRNA的相对比值
依据Livak and Schmittgen进行计算。内参基因为
葡萄风信子Actin基因。取平均值运用Origin 8.0
软件进行数据处理。定量RT-PCR反应所需的引
物见表1。
表1 基因克隆及表达分析所用引物
Table 1 Primers used in gene cloning and expression analy
引物名称Primer 引物序列Primer sequence(5’-3’) 用途 Aim
MaMYB2-3’GSP AAGCCACAGCCTCAGAGCATCCCCCG RACE
MaMYB2-5’GSP ACCCCGCACGCCGCAATGCCATCACA
MaMYB2-F ATGTCGAGGACTGAAGGCC 全长克隆
MaMYB2-R CTAAATAGAATCGAAATCAAACCAAAG
Actin-F GCCTGCCATGTATGTTGCG 实时定量
Actin-S CGGAGCTTCCATTCCGATC
MaMYB2-RT-F GTCATTAAGCCACAGCCTCAGA 实时定量
MaMYB2-RT-R CCTTCATTCACCATGCCACCC
PBI221-MaMYB2-F TCTAGAATGTCGAGGACTGAAGGCC 亚细胞定位
PBI221-MaMYB2-R GGTACCAATAGAATCGAAATCAAACCAAAG
2 结果与分析
2.1 葡萄风信子MYB基因全长克隆与序列特征
提取葡萄风信子“亚美尼亚”花蕾总 RNA(图
1D),根据转录组测序获得的MYB序列片段设计末
端特异引物 MYB-5’GSP,MYB-3’GSP(表1),以
5’-RACE-Ready cDNA和3’-RACE-Ready cDNA
为模板,按照RACE试剂盒操作步骤,分别扩增得
到一条1 482bp(图1)和687bp(图1A)大小的条
带(图1B)。测序后拼接,分析其完整的开放读码框
并设计全长引物 MaMYB-F和 MaMYB-R(表1),
经过PCR扩增得到了1条长711bp的cDNA序列
(图1C),命名为MaMYB2。
序列分析表明,其全长711bp,包含1个长度为
32bp的5’非翻译区和79bp的3’非翻译区,包括完
整的开放阅读框(ORF),长度为600bp,编码1个含
有199个氨基酸的蛋白质,将序列登陆了Genebank,
登陆号为KJ744038。用在线分析工具ProtParam分
析表明,理论分子量为22.34kD,理论等电点(PI)为
5.46,其不稳定系数为38.37,属于稳定蛋白。
71第2期 李志根 等:葡萄风信子转录因子MaMYB2的克隆及表达模式分析
M:DNA标准分子量(Trans2KPlus);A:MaMYB2的5’RACE电泳结果;B:MaMYB2的3’RACE电泳结果;
C:MaMYB2的cDNA全长扩增结果;D:不同组织部位RNA提取电泳图;1~8:根、茎、叶以及S1-S5。
图1 RACE-PCR以及cDNA全长电泳结果
Fig.1 Electrophoresis results of RACE-PCR and cDNA ful length
小写字母代表5’和3’非翻译区;起始密码子用下划线表示,终止密码子用*表示,同时加下划线。
图2 葡萄风信子MaMYB2的cDNA序列及其推定的氨基酸序列
Fig.2 The cDNA and deduced amino acid sequences of MaMYB2genes from M.armeniacum
2.2 葡萄风信子 MaMYB2编码的蛋白同源性及
其进化分析
在NCBI上将葡萄风信子MaMYB2推导的氨
基酸序列与其他近20种植物的蛋白序列进行
Blastp 比 对 分 析 表 明,MaMYB2 与 矮 牵 牛
(AAF66730.1)的同源性最高,为82%;与百合
(Lilium brownii var.viridulum)、耧斗菜(Aquile-
gia viridiflora)、夏堇(Torenia fournieri)、苹果
(Malus pumila)、番茄(Lycopersicon esculentum)、
草莓(Fragaria×ananassa)、大丽花(Dahlia pin-
nata)、扶桑花(Hibiscus Rosa-sinensis)等其他18种
植物 MYB转录因子的同源性都在43%~82%。对
葡萄风信子 MaMYB2蛋白序列分析发现,在保守
域上具有典型 HTH 结构可与DNA相结合区域,
表明其很可能具有转录调控作用。进一步对多种植
物的基因进行了聚类 分析,发现其 与 矮 牵 牛
(AAF66730.1)、番茄属(ACT36610.1)等相关基因
关系最近,其次为陆地棉(Gossypium hirsutum)、可
可树(Theobroma cacao)等,但在拟南芥上没有发现
与之高度同源的基因,可能是由于葡萄风信子作为
单子叶植物与双子叶植物拟南芥亲缘关系差别大
所致。
81 西北林学院学报 30卷
氨基酸序列相同的部分用黑色阴影表示;相近的部分用灰色阴影表示;黑色三角标示差异氨基酸。
图3 MaMYB2与其他植物的 MYB氨基酸序列比较
Fig.3 Amino acid sequence alignment among MaMYB2and MYB proteins from other plant species
图4 MaMYB2蛋白与其他物种的 MYB蛋白的系统进化树,圆形标记处为 MaMYB2
Fig.4 Phylogenetic tree of MaMYB2protein and MYB proteins from other species
91第2期 李志根 等:葡萄风信子转录因子MaMYB2的克隆及表达模式分析
2.3 MaMYB2蛋白的生物信息学分析
利用ProtScale分析,MaMYB2编码的蛋白亲
水性最大值2.144,位于第136位谷氨酸,最小值为
-2.956,位于第107位色氨酸。在整个肽链中亲水
性氨基酸残基比疏水性氨基酸残基多,由此推测葡
萄风信子 MaMYB2基因编码的蛋白为亲水性蛋
白。同时运用TMpred程序对MaMYB2编码的蛋
白的跨膜结构进行了预测,发现不具有跨膜螺旋结
构,表明该蛋白很有可能不会分布在细胞膜上,这与
转录因子基因在细胞核中表达并且起作用的性质相
一致,后续的亚细胞定位试验也印证了其分布位置。
SOPMA预测的 MYB蛋白二级结构结果表
明,MaMYB2编码的199个氨基酸残基中,α-螺旋
(Alpha helix)占28.14%,延伸链(Extend strand)
占14.07%,β-转角(Beta turn)6.53%,无规则卷曲
(Random coil)占51.26%。预测的蛋白质三级结构
中具有明显的螺旋-转角-螺旋结构(HTH),同多
数报道的 MYB转录因子结果相一致(图5)。
图5 MaMYB2蛋白的三级结构预测
Fig.5 The structural prediction of MaMYB2protein
2.4 葡萄风信子 MaMYB2蛋白的亚细胞定位
利用PSORT Ⅱ Prediction对 MaMYB2表达
产物进行了亚细胞定位预测,发现在细胞核中有定
位信号。为了确定其在细胞内的定位,构建了亚细
胞定位的表达载体pBI221-MaMYB2-GFP。利用
基因枪转化洋葱表皮细胞后在激光共聚焦显微镜下
观察,pBI221-MaMYB2-GFP融合蛋白定位于细胞
核中(图6)。
2.5 组织中的表达特性分析
利用实时定量PCR对 MaMYB2在不同组织
中的表达情况进行分析。结果表明,在根、茎、叶以
及各个时期花组织中都检测到 MaMYB2的表达,
在花中的表达量较高。而就花的不同发育时期而
言,其表达量也不相同,其中,S5表达量最高,S1表
达量最低,且从S1~S5随着花发育MaMYB2表达
量逐渐升高(图7),与花发育阶段具有明显的正相
关,且与花色由浅及深的表型相一致(图7),此外,
花组织的各个时期均高于根、茎、叶中的表达。
绿色荧光显示靶蛋白的位置
图6 MaMYB2蛋白的亚细胞定位
Fig.6 Subcelular localization of MaMYB2protein
葡萄风信子花发育各个时期,依次为S1,S2,S3,S4,S5。
图7 MaMYB2在不同组织和不同花时期中的表达特性
Fig.7 Result of gene expression in different tissues
and different stage of flowers
3 结论与讨论
转录因子也称反式作用因子,是指能够与基因
启动子区域中顺式作用元件发生特异性相互作用的
DNA结合蛋白,通过它们之间以及与其他相关蛋白
之间的相互作用激活或抑制某些基因的转录。通过
前期 对 花 瓣 组 织 转 录 组 的 测 序 结 果 筛 选 出
MaMYB2基因,克隆全长并对其做序列和表达特性
分析。
本试验中,我们克隆到了1个MYB转录因子,具
有典型的螺旋-转角-螺旋结构,在DNA结合域中
具有高度保守的色氨酸残基。全长711bp,开放阅读
框为600bp,编码199个氨基酸,与已知物种的MYB
保守结构域的比对结果表明,MaMYB2基因与已知
的R2R3-MYB有很高的同源性。蛋白生物信息学分
析表明其为亲水性蛋白,不具有跨膜结构。
02 西北林学院学报 30卷
此外,有报道称在调节花色素生物合成中的
R2R3-MYB转录因子与 BHLH 转录因子密切相
关。Weiss D[17]等认为,R2R3-MYB转录因子往往
与BHLH转录因子相互作用形成转录复合物,共同
调节生物体内花青素的合成。例如金鱼草Rosea1,
Rosea2和Venosa MYBs[18],玉米的ZmC1 MYB和
ZmB bHLH,以及矮牵牛的AN2和AN1/JAF13
bHLHs等[19]。这些 MYB 转录因子都需要与
BHLH形成二聚体的形式来发挥其调节功能。而
MaMYB2基因在保守域内存在着一个与BHLH蛋
白结合的结构域,由此可推断,MaMYB2在起调控
功能的时候,可能需要与BHLH蛋白的结合,才能
发挥或更好地起到转录调节的作用。
为了阐明克隆到的转录因子的表达部位,构建
了PBI221-MYB-GFP融合质粒,基因枪法转化洋葱
表皮细胞激光共聚焦显微镜下观察,绿色荧光出现
在细胞核中,表明该基因定位于细胞核中,确实在细
胞核中行使转录调控的功能。
实时定量PCR分析结果表明,MaMYB2在花
中的表达高于其他组织,且随着花发育,花色不断加
深,MaMYB2的表达量也有着显著的升高,因此推
测,MaMYB2可能是在花中起着表达调控功能,并
与花青素的合成相关,与苜蓿属中的有关报道相一
致[20]。
通过前期的筛选以及序列和表达模式的分析,
推测MaMYB2基因可能是在葡萄风信子的花中起
调控功能,且有可能与花青素的合成相关。没有转
化目标植物进行基因功能验证是本试验的不足。下
一步,构建植物表达载体,寻找相互作用的BHLH
转录因子是以后的工作重点。
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