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葡萄风信子MaMYB1基因的克隆及表达分析



全 文 :第42卷 第11期
2014年11月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.42 No.11
Nov.2014
网络出版时间:2014-10-16 13:55 DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.11.088
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/doi/10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.11.088.html
葡萄风信子MaMYB1基因的克隆及表达分析
 [收稿日期] 2013-08-09
 [基金项目] 国家自然科学基金项目“单子叶植物蓝色花形成关键转录因子基因克隆与功能分析”(31170652)
 [作者简介] 姜 玲(1988-),女,四川岳池人,在读硕士,主要从事园林植物分子育种研究。E-mail:30678517@163.com
 [通信作者] 刘雅莉(1960-),女,陕西西安人,教授,硕士,硕士生导师,主要从事园林植物遗传育种研究。
E-mail:lyl6151@126.com
姜 玲a,b,刘雅莉a,b,娄 倩a,c,焦淑珍a,b,权永辉a,b
(西北农林科技大学a旱区作物逆境生物学国家重点实验室,b林学院,c园艺学院,陕西 杨凌712100)
[摘 要]  【目的】克隆葡萄风信子 MYB转录因子基因(MaMYB1),并对其进行生物信息学和表达模式的分
析。【方法】以开蓝色花的葡萄风信子品种“亚美尼亚”为材料,利用RACE技术得到其 MaMYB1基因cDNA全长,
对其进行生物信息学分析,利用酵母单杂交方法检测其转录激活活性,并用实时定量PCR方法分析该基因在根、茎、
叶及不同发育时期花中的表达特性。【结果】通过RACE-PCR,克隆得到953bp的MaMYB1基因,其开放阅读框长
750bp,编码249个氨基酸,推测的蛋白分子质量约为27.7ku,理论等电点为9.3。MaMYB1基因编码的蛋白序列中
具有2个典型的 MYB结构域R2和R3,且在R3结构域下游含有与BHLH蛋白结合的[D/E]Lx2[R/K]x3Lx6Lx3R
结构域。MaMYB1与玉米ZmP1及拟南芥 MYB12的关系较近。酵母单杂交检测表明:MaMYB1具有转录激活活
性。实时定量PCR分析结果表明:MaMYB1在不同组织中均有表达,以在花中表达量较高,且在花不同发育时期表
达量差异显著。【结论】从葡萄风信子中克隆到1个新的MYB基因MaMYB1;推测该基因可能参与了葡萄风信子花
发育过程的调控。
[关键词] 葡萄风信子;MYB转录因子;基因克隆;表达分析
[中图分类号] S682.2+9 [文献标志码] A [文章编号] 1671-9387(2014)11-0156-07
Cloning and expression of MaMYB1 gene in Muscari botryoides
JIANG Linga,b,LIU Ya-li a,b,LOU Qiana,c,JIAO Shu-zhena,b,QUAN Yong-hui a,b
(aState Key Laboratory of Crop Stress Biology in Arid Areas,b College of Forestry,
c College of Horticulture,Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:【Objective】A novel MYB transcription factor was isolated from grape hyacinths and its bio-
logical information and expression pattern were analyzed.【Method】The blue grape hyacinths variety
‘Muscari armeniacum’was selected as material.The ful-length sequence of MYBgene was obtained using
RACE method,which was designated as MaMYB1,and biological information analysis was performed.The
transcriptional activity of the MYB protein was detected by yeast expression system,and the expression
pattern in root,stem,leaf,and flowers at different stages was analyzed by real-time PCR.【Result】The
ORF of MaMYB1was 750bp,encoding 249amino acids.Sequences analysis showed that the deduced pro-
tein molecular weight of the gene was 27.7ku,the theoretical isoelectric point was 9.3,and the proteins
contained two conserved MYB domains near the N-terminus and a BHLH binding motif([D/E]Lx2[R/K]
x3Lx6Lx3R)in R3domains.Bioinformatics analysis showed that MaMYB1had close homolog with ZmP1
from Zea mays and MYB12fromArabidopsis thaliana.The transcriptional activation activity of MaMYB1
protein was confirmed by the yeast system.The result of real time-PCR analysis showed the gene was pre-
dominantly expressed in flower tissues and changed significantly during flower development.【Conclusion】
One novel gene encoding MYB protein,MaMYB1,was isolated from grape hyacinths.Bioinformatics analy-
sis and real time-PCR analysis showed that MaMYB1may be involved in the regulation of flower develop-
ment.
Key words:Muscari botryoides;MYB transcription factor;gene cloning;expression pattern
  葡萄风信子(Muscari botryoides)是天门冬科
葡萄风信子属的一种多年生草本观花地被植物,其
因开较为稀少的蓝紫色花而深受人们喜爱。植物的
花色是多种因子共同作用的结果,但绝大多数植物
的花色是由细胞中的特定花色素而决定。花色素的
合成主要受2类基因的调控,一类是结构基因,负责
编码花色素生物合成的催化酶;另一类是调节基因,
其编码的转录因子可应答外界刺激,调控基因时空
表达[1]。在调控色素合成的因子中,以对 MYB转
录因子的研究最为广泛,目前报道的几乎所有的花
色素合成途径都受到 MYB转录因子的调控[2]。
MYB转录因子是植物中最大的转录因子家族
之一,它广泛参与植物色素合成、细胞分化与发育、
信号转导以及抗逆抗病等次生代谢过程的调控[3]。
根据DNA结合功能域中不完全重复序列数目的不
同,MYB转录因子可分为3个亚族(1R、2R 和
3R)[3-4]:有 1 个重复的 MYB 类似蛋白被称为
MYB1R,有2个重复的为R2R3-MYB,有3个重复
的为 MYB3R[2]。在 MYB转录因子中,R2R3-MYB
转录因子在植物的调控中起着重要的作用。自Paz-
Ares等[5]从植物中分离到第1个 MYB转录因子以
来,大量 MYB类因子被分离和鉴定[6]。近年来,科
研人员在苹果[7-8]、龙胆[9]、百合[10]等植物中也克隆
和鉴定出色素合成相关的R2R3-MYB转录因子,而
关于葡萄风信子色素合成的调节基因及其功能的研
究还未见报道。本研究从葡萄风信子中克隆出1个
MYB转录因子基因,并对其进行生物信息学和表达
模式分析,以期为明确该基因在葡萄风信子花发育
过程中的调控作用奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料与试剂
以开蓝色花的葡萄风信子品种‘亚美尼亚’
(Muscari armeniacum)为试验材料,试验种球采自
西安植物园,种植于西北农林科技大学人工气候室。
将葡萄风信子花发育过程分为4个时期(S1.未着
色,S2.开始着色,S3.完全着色未开放,S4.完全着
色开放),并分别采集这4个时期的花及根、茎、叶组
织,用液氮冷冻处理后,于-80℃冰箱中保存备用。
PrimeScript RT reagent kit试剂盒、SMART-
er TM RACE cDNA扩增试剂盒、实时定量PCR试剂
盒SYBR Premix Ex TaqTMⅡ和克隆载体pMD19-T
vector均购于大连TaKaRa公司;RNA快速提取试
剂盒购于北京百泰克公司;DNA回收试剂盒购于
TIANGEN公司;Matchmaker System 3酵母杂交
试剂盒购于Clontech公司。PCR扩增引物的合成
与扩增产物序列测定由北京奥科生物技术有限公司
完成。
1.2 方 法
1.2.1 植物各组织总RNA的提取 根据RNA快
速提取试剂盒说明书提取葡萄风信子不同组织的
RNA,用1%琼脂糖凝胶电泳检测其质量,于-80
℃冰箱中保存,以备后期RACE扩增和实时定量分
析用。
1.2.2 葡萄风信子 MYB 基因全长序列的克隆 
前期,本课题组对葡萄风信子转录组进行了测序,目
的是通过筛选获得与葡萄风信子花发育相关的转录
因子基因。根据转录组测序结果,将筛选出的葡萄
风信子 MYB 基因暂命名为MaMYB1。为了获得
MaMYB1基因全长,用该基因的已知序列(转录组
测序获得)设计特异性引物(表1),参考SMART-
er TM RACE cDNA 扩增试剂盒说明书,准备3′-
RACE-Ready cDNA 和5′-RACE-Ready cDNA 进
行PCR反应。3′RACE的反应体系为25μL,其中
PCR-Grade water 17.25μL,10×Advantage 2PCR
Buffer 2.5μL,dNTP Mix 0.5μL,50×Advantage
2Polymerase Mix 0.5μL,将其混合液涡旋混匀,瞬
时离心;在混合液中加入3′-RACE-Ready cDNA 1.
25μL,GSP引物(MaMYB1-3′RACE)0.5μL以及
UPM引物2.5μL。5′RACE末端的扩增体系同3′
RACE端扩增体系,模板为5′-RACE-Ready cD-
NA,GSP引物为 MaMYB1-5′RACE。5′RACE和
3′RACE扩增程序均为94℃变性30s,67℃ 退火
30s,72℃ 延伸2min,25个循环。对3′RACE和
5′RACE的扩增产物进行1%琼脂糖凝胶电泳后回
收测序。用seqman软件将得到的序列与已知的
EST序列(转录组测序获得)进行拼接,查找拼接后
序列的开放读码框,在开放阅读框两端设计引物
751第11期 姜 玲,等:葡萄风信子MaMYB1基因的克隆及表达分析
(MaMYB1-F-S 和 MaMYB1-F-A),PCR 扩 增
MaMYB1基因cDNA的全长。PCR反应体系为:
10×Buffer 2.5μL,dNTP(2.5mmol/L)2μL,
MaMYB1-F-S 1μL,MaMYB1-F-A 1μL,Taq 酶
0.25μL,ddH2O 17.25μL。扩增程序为:94℃3
min;94℃30s,58℃退火30s,72℃延伸1min,30
个循环;72℃10min。对扩增产物进行1%的琼脂
糖凝胶电泳后回收测序。
表1 MaMYB1基因克隆及表达分析所用引物
Table 1 Primers used in MaMYB1gene cloning
and expression analysis
引物名称
Primer
引物序列(5′→3′)
Primer sequence(5′→3′)
MaMYB1-3′RACE CACGAACAAGGGGGCGTGGACAAG
MaMYB1-5′RACE CGGAACCCGATAGCGCTTCTCATGGT
MaMYB1-F-S  ATGGGGAGGTCGCCATGCT
MaMYB1-F-A  TCAAACGCTTCTGTAGTCCAGGAGCC
pGBKT7-M-S  CCATGGATGGGGAGGTCGCCATGC
pGBKT7-M-A GGATCCTCAAACGCTTCTGTAGTC-CAGGAG
MaMYB1-RT-S  GGGGGCGTGGACAAAGG
MaMYB1-RT-A  AGGTCGGGGCGGAGGTA
Actin-S  GCCTGCCATGTATGTTGCG
Actin-A  CGGAGCTTCCATTCCGATC
1.2.3 MaMYB1基因序列分析 用ORFfinder在
线分析MaMYB1基因的开放阅读框,并推测该基
因所编码的氨基酸序列,分析蛋白质分子质量大小
及等电点;用 Mega 5.0软件对其进行系统进化分
析;利用DNAman软件对 MaMYB1蛋白序列与已
知的部分 MYB蛋白序列进行比对分析。用Blastp
(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)将推测
的蛋白序列与NCBI上的同源序列进行比对。
1.2.4 MaMYB1基因的转录激活活性分析 用带
有酶切位点的引物pGBKT7-M-S和pGBKT7-M-A
(表1)将 MaMYB1克隆进pGBKT7载体中,构建
pGBKT7-MaMYB1载体;同时扩增GAL4基因,克
隆到pGBKT7载体中作阳性对照。将上述重组质
粒和空载体PGBKT7转化酵母 AH109感受态细
胞,然后涂布于一缺培养基(SD/-Trp)上,30℃培养
3d。将于SD/-Trp培养基上生长的转化子划线接
种于含有 X-α-gal的三缺培养基 (SD/-Trp-His-
Ade)中,通过显色情况检测其转录激活活性。
1.2.5 MaMYB1基因的表达特性分析 以葡萄风
信子Actin基因为内参基因,设计其特异引物 Ac-
tin-S和 Actin-A(表1)。根据 MaMYB1序列设计
定量引物 MaMYB1-RT-S 和 MaMYB1-RT-A(表
1)。参照PrimeScript RT reagent kit操作说明,将
葡萄风信子‘亚美尼亚’的根、茎、叶以及不同发育时
期(S1,S2,S3,S4)花的RNA反转录为cDNA,反应
体系为:5×PrimeScript Buffer 4μL,PrimeScript
RT Enzyme 1μL,Oligo dT Prime 1μL,Random 6
mers 1μL,加入1 000ng的RNA,然后加入Rnase
Free dH2O至总体积为20μL。反应条件为:37℃
15min,85℃5s。以反转录后的cDNA为模板,参
考SYBR Premix Ex TaqTMⅡ操作说明,在 BIO-
RAD Cycler IQ5荧光定量PCR仪上进行实时荧光
定量PCR。其反应体系为:SYBR Premix Ex Taq
10μL,上、下游引物各0.8μL,模板cDNA 1μL,加
水至总体积为20μL。反应程序为94℃30s;94℃
15s,58℃30s,45个循环,每个反应重复3次。
2 结果与分析
2.1 MaMYB1全长序列的获得
3′RACE结果在约1kb处有一条带(图1-A),
而5′RACE在约2kb和500bp各有一条带(图1-
B),其中2kb处的条带为非特异扩增产物。将1kb
和500bp处的片段与原有的 EST序列拼接在一
起,获得一条长953bp的序列,利用ORF finder软
析分析其开放阅读框,根据开放阅读框两端序列设
计引物,经PCR扩增获得一条长约750bp的序列
(图1-C)。
2.2 MaMYB1基因编码蛋白的生物信息学分析
利用ORFfinder软件对MaMYB1基因序列进
行分析,发现其开放阅读框长750bp,编码249个氨
基酸,其蛋白分子质量约为27.7ku,等电点为9.3。
推测该基因编码的部分氨基酸序列如图2所示。
MaMYB1与部分已知的R2R3-MYB蛋白氨基酸序
列的比对结果(图2)表明,在该序列 N端有2个典
型的 MYB结构域(R2和R3),该结构域与部分已
报道的 MYB转录因子结构域有很高的相似性,在
R2结构域中,从推测的第17个氨基酸开始每隔19
个氨基酸就有1个色氨酸残基;在R3结构域中,第
1个色氨酸被苯丙氨酸取代,之后每隔18个氨基酸
就有1个色氨酸残基;在此R3结构域内,还存在1
个与BHLH 蛋白结合的结构域[D/E]Lx2[R/K]
x3Lx6Lx3R,而在与原花青素和花青素合成相关的
MYB转录因子中该结构域是一常见特征[11-15]。因
此可以推断克隆的转录因子为典型的 R2R3-MYB
转录因子。将序列提交 NCBI Blastp发现,其蛋白
序列与可可树(Theobroma cacao)MYB蛋白的相似
性为63%,与苹果(Malus domestica)和黄瓜(Cucu-
851 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
mis sativus)MYB 蛋白的相似性均为 64%。将
MaMYB1与其他物种的 MYB蛋白进行进化分析,
结果(图3)表明,MaMYB1与玉米的ZmP1以及拟
南芥的 MYB12关系较近。
图1 葡萄风信子MYB基因的RACE-PCR以及CDNA全长电泳结果
A.MaMYB1的3′RACE结果;B.MaMYB1的5′RACE结果;
C.MaMYB1cDNA全长的扩增结果;M.DNA Marker Trans Plus 2000
Fig.1 Electrophoresis results of MYBgene RACE-PCR and cDNA ful length
A.3′RACE amplification product of MaMYB1;B.5′RACE amplification product of MaMYB1;
C.Ful length PCR amplification product of MaMYB1;M.DNA Marker Trans Plus 2000
图2 MaMYB1蛋白部分序列与其他已知 MYB序列的比对
参比 MYB蛋白对应的基因序列GenBank登录号:拟南芥AtPAP1和AtPAP2分别为AF325123和AF325124,矮牵牛AN2为AF146702,
金鱼草AmROSEA1和AmROSEA2分别为DQ275529和DQ275530,玉米ZmC1为 M37153,文心兰OgMYB1为ABS58501,
蝴蝶兰PsUMYB6为FJ039860;黑色区域代表氨基酸同源性为100%;灰色区域代表氨基酸同源性为75%;三角形示色氨酸残基;
R2、R3为典型的 MYB结构域;下划线处为与BHLH结合的结构域[D/E]Lx2[R/K]x3Lx6Lx3R;方框中为KPRPR[S/T][F/L]结构域
Fig.2 Comparison of MaMYB1with other R2R3-MYB proteins
The above proteins include AtPAP1(AF325123)and AtPAP2(AF325124)in Arabidopsis thaliana,AN2(AF146702)in Petunia hybrid,
AmROSEA1(DQ275529)and AmROSEA2(DQ275530)in Antirrhinum majus,ZmC1(M37153)in Zea mays,OgMYB1(ABS58501)
in Oncidium hybridum,and PsUMYB6(FJ039860)in Phalaenopsis aphrodite.Tryptophan residues are indicated by triangles;
identical residues are in black,conserved residues are in gray;R2and R3are typical MYB domain structures.
The bHLH binding motif[D/E]Lx2[R/K]x3Lx6Lx3Ris underlined and KPRPR[S/T][F/L]motif is in box
951第11期 姜 玲,等:葡萄风信子MaMYB1基因的克隆及表达分析
图3 MaMYB1与 其他 MYB蛋白的系统分析
参比蛋白基因在GenBank的登录号:金鱼草PHAN、VENOSA、ROSEA1、ROSEA2和 MYB305分别为AJ005586、
DQ275531、DQ275529、DQ275530和JQ0958,拟南芥AS1、MYB2、TT2、GL1、WER、MYB24、PAP1和
PAP2分别为O80931、D14712、AJ299452、M79448、AF126399、AAM63674、AF325123和AF325124,
大麦GAMYB为X87690,玉米RS2、P1、C1和PL分别为AF143447、U57002、
M37153和 AF015268,葡萄 MYBA1-1为AB073010,矮牵牛AN2为AF146702
Fig.3 Phylogenetic tree of MaMYB1and MYB proteins from other plants
The genes and their Accession numbers in the GenBank database are:PHAN(AJ005586),VENOSA(DQ275531),ROSEA1
(DQ275529),ROSEA2(DQ275530)and MYB305(JQ0958)in Antirrhinum majus,AS1(O80931),MYB2(D14712),TT2(AJ299452),
GL1(M79448),WER(AF126399),MYB24(AAM63674),PAP1(AF325123)and PAP2(AF325124)in Arabidopsis thaliana,
GAMYB(X87690)in Hordeum vulgare,RS2(AF143447),P1(U57002),C1(M37153)and PL(AF015268)in Zea mays,
MYBA1-1(AB073010)in grape(Vitis vinifera),and AN2(AF146702)in Petunia hybrid
2.3 MaMYB1的转录激活活性分析
将筛选的转化子在一缺培养基和三缺培养基上
培养,结果(图4)显示,阴性对照只能在一缺培养基
(SD/-Trp)上生长,不能在三缺培养基(SD/-Trp-
His-Ade)上生长,说明其无转录激活活性;而pG-
BKT7-MaMYB1转化子同阳性对照在一缺和三缺
培养基上都能生长,并能使转化子在 X-α-gal存在
的情况下显色变蓝。此结果证明,MaMYB1转录因
子具有转录激活活性。
2.4 MaMYB1在葡萄风信子中的组织表达谱
利用实时定量PCR对MaMYB1在不同组织中
的表达情况进行分析,结果(图5)表明,在葡萄风信
子根、茎、叶以及花组织中都检测到 MaMYB1的表
达,其中以花中的表达量较高。MaMYB1的表达量
随花发育过程的推进呈现先升高后降低的变化趋
势,在刚开始着色(S2)表达量最高;从S1到S2期,
MaMYB1的表达量显著增加,S2期表达量约是S1
期表达量的9倍。可见MaMYB1在花组织中高表
达,且在花的不同发育时期表达量差异显著,推测该
基因可能在花中起调控作用。
3 讨 论
转录因子也称反式作用因子,是能够与基因启
动子区域中的顺式作用元件发生特异性作用的
DNA结合蛋白,它们之间以及与其他相关蛋白之间
的相互作用可激活或抑制某些基因的转录[16]。其
中R2R3-MYB型转录因子作为 MYB蛋白最大的
一类,主要参与植物花青苷的代谢调节[17]。
061 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
图4 MaMYB1的转录激活活性分析
A.pGBKT7-GAL4(阳性对照);B.pGBKT7-MaMYB1;
C.pGBKT7空载体(阴性对照)
Fig.4 Transcriptional activation assay of the MaMYB1
protein by yeast expression system
A.pGBKT7-GAL4(positive control);B.pGBKT7-MaMYB1;
C.pGBKT7(negative control)
图5 MaMYB1在不同组织和花发育时期中的表达特性
R.根;S.茎;L.叶;S1.未着色花;S2.刚开始着色花;
S3.完全着色未开放花;S4.完全着色开放花
Fig.5 MaMYB1gene expression in different tissues
and different flower stages
R.Root;S.Stem;L.Leaf;S1.Unpigmented flower;
S2.Slightly pigmented flower;S3.Just before anthesis flower;
S4.Fuly opened flower
  本研究结果表明,MaMYB1基因与已知的
R2R3-MYB有很高的同源性。此外,有报道指示,
调节花色素生物合成的 R2R3-MYB转录因子与
BHLH转录因子密切相关[18-19],如玉米的 ZmC1
和BHLH[20],矮牵牛的 AN2MYB与 AN1/JAF13
BHLHs[21],以及金鱼草的 ROSEA1、ROSEA2与
VENOSA MYBs等[22]。这些 MYB转录因子都需
要与BHLH形成二聚体的形式来发挥其调节功能。
而MaMYB1基因的R3结构域内也存在着1个与
BHLH蛋白结合的结构域,由此可推断,MaMYB1
在起调控功能的时候,可能需要与BHLH 蛋白结
合,才能更好地起到转录调节的作用,但该转录因子
是否与花色素的合成调控有关,还有待进一步研究。
此外,学者们在对R2R3-MYB结构的研究中发
现,在R2R3区域外存在1个与调节花色素相关的
结构域KPRPR[S/T][F/L][2,23]。但是从单子叶植
物中克隆到的 R2R3-MYB转录因子,如文心兰的
OgMYB1[24]、蝴蝶兰的 PsUMYB6[25]以及玉米的
ZmC1都未发现该结构域,表明在单子叶和双子叶
植物中,与色素调节相关的 MYB转录因子存在着
一定的差异[26]。本研究结果显示,在 MaMYB1氨
基酸序列中未发现KPRPR[S/T]结构域。
调节类黄酮合成的R2R3-MYB转录因子有不
同的亚族,如矮牵牛的AN2、拟南芥的PAP1、PAP2
和TT2,它们在花、果实、种子和内果皮的花色素和
原花色素的生物合成中起着重要作用。玉米的
ZmC1、P1 以 及 拟 南 芥 的 MYB11、MYB12 和
MYB111基因有着相似的功能,它们与幼苗和内果
皮的黄酮醇和鞣红物质的合成有关[9]。本研究结果
表明,MaMYB1与玉米P1和拟南芥 MYB12的关
系较近,说明 MaMYB1对类黄酮的合成可能有调
节作用。
实时定量PCR分析结果表明,MaMYB1基因
在花中的表达量高于其他组织,且在花发育过程中
表达量有显著变化,因此可以推测,MaMYB1主要
在花中发挥表达调控功能。
根据本研究结果,笔者推测 MaMYB1基因可
能在葡萄风信子的花中发挥调控功能,且有可能与
类黄酮的合成相关。下一步的研究是构建该基因的
表达载体,通过转化模式植物,进一步探究其在生物
体中的调控功能。
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261 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷