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作 者 ：董伯佺

期 刊 ：吉林大学 2013年 09期 页码：73

关键词：节节麦基因组；FM-index；BWT算法；CAP3算法；重叠群；数据平台；

摘 要 ：本文主要的任务是构建节节麦基因组数据平台。节节麦基因组通过Solexa测序技术得到短序列片段的集合。本文采用改进的重叠群构建算法（BCA）把这些基因组短序列组装成重叠群。BCA算法采用的组装策略是先比对再组装的策略。重叠群的构建主要分成三个步骤，首先采用Burrows-Wheeler transform算法和FM-index算法把基因组短序列与参考序列压缩后再进行比对，达到初步组装的目的，然后通过筛选程序将质量值较低的序列去除掉，以免污染最后的运行结果，最后用筛选后的序列片段作为输入文件，通过CAP3组装的方法构建重叠群。实验证明，BCA算法构建的重叠群无论是在片段的长度还是准确度上，都有较为...

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