免费文献传递   相关文献

Development of a Real-time Turbidimeter-based LAMP Method for Detection of NPTⅡ Gene in the Genetically Modified Plant

LAMP实时浊度法检测转基因植物NPTⅡ基因



全 文 :·技术与方法·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2014年第3期
收稿日期 : 2014-01-08
基金项目 :国家质检总局科技计划项目(2011IK255)
作者简介 :邝筱珊,女,工程师,硕士,研究方向 :食品安全检测 ;E-mail :carrolkuang@163.com
通讯作者 :冯家望,男,研究员,硕士,研究方向 :食品安全检测 ;E-mail :fjwzhuhai@yahoo.com.cn
近 10 多年来,转基因植物培育取得巨大突破,
在改善农作物抗虫特性中发挥了明显的作用,也显
露出巨大的潜力。然而,人们对转基因植物的安全
性仍然存在着争论。面对生物基因工程技术对我国
经济利益带来的冲击和国外转基因产品对生态环境
和消费者可能带来的风险,转基因植物的快速筛
查方法的研究具有重要的意义[1]。转基因植物的
品种多样,在检测未知转基因植物之前需要进行
筛选检测以确认是否含有转基因成分进而鉴定其
品 系[2]。 新 霉 素 -3- 磷 酸 转 移 酶 基 因(Neomycin
LAMP 实时浊度法检测转基因植物 NPT Ⅱ基因
邝筱珊  胡松楠  王小玉  唐食明  成晓维  冯家望
(珠海出入境检验检疫局技术中心,珠海 519015)
摘 要 : 根据转基因植物常用的选择标记基因 NPT Ⅱ(HE582394.1)的序列,设计 6 条特异性 LAMP 引物,利用实时浊度
仪对反应体系中扩增产物的实时监控筛选出最佳引物,最终建立转基因植物 NPT Ⅱ基因的 LAMP 检测方法,并对该方法的特异性、
灵敏度、稳定性进行了评价。结果表明,该方法能够特异性检出含有 NPT Ⅱ基因的植物及其加工产品,特异性高,灵敏度达 0.5%。
对转基因玉米 MON863(含 NPT Ⅱ基因)含量为 10%、1%、0.5%、0%(W/W)的样品 DNA 分别进行扩增,其稳定性好,无假阳
性和假阴性。所建立的 LAMP 方法适用于特异性筛选检测含 NPT Ⅱ基因的植物及其加工样品。
关键词 : 环节导等温扩增法(LAMP)实时浊度仪 新霉素 -3- 磷酸转移酶基因 转基因 检测
Development of a Real-time Turbidimeter-based LAMP Method for
Detection of NPT Ⅱ Gene in the Genetically Modified Plant
Kuang Xiaoshan Hu Songnan Wang Xiaoyu Tang Shiming Cheng Xiaowei Feng Jiawang
(The Inspection Technical Center of Zhuhai Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau,Zhuhai 519015)
Abstract:  According to NPT Ⅱ gene(HE582394.1), the common selective marker gene of genetically modified plant(GMP),
six specific primers were designed. A loop-mediated isothermal amplification(LAMP)method for screening GMP was established. Real-
time monitoring of the LAMP reaction was achieved by a turbidimeter. Specificity, sensitivity, stability and repeatability of this method were
tested. The results showed that the method can specifically detect NPT Ⅱ gene, and the detection sensitivity of the method was 0.5%. With the
genetically modified maize MON863(NPT Ⅱ positive)samples of 10%, 1%, 0.5%, 0%(W/W)as templates, stability and repeatability
testing was conducted, and false negative rate was 0. The results showed that the LAMP method is suitable for specifically detecting NPT Ⅱ gene
in GMP.
Key words:  Loop-mediated isothermal amplification(LAMP)real-time turbidimeter NPTII Genetically modified organisms
Detection
phosphotranferase gene,NPT Ⅱ)是转基因植物研发
时常用的选择标记基因,如转基因油菜籽、番茄、
马铃薯、玉米等,因此 NPT Ⅱ是转基因植物筛选检
测时的关键基因之一[3]。
目前常用的转基因产品检测方法主要有酶联免
疫检测(ELISA)[4]、试纸条[5]、定性 PCR[6]、荧
光定量 PCR[7]、免疫 PCR[8] 检测等技术。ELISA
方法针对外源蛋白进行检测,当外源蛋白不表达或
者因加工造成破坏时便无法检出 ;定性 PCR、免
疫 PCR 法灵敏度低,操作繁琐。荧光定量 PCR 法
2014年第3期 61邝筱珊等 :LAMP 实时浊度法检测转基因植物 NPT Ⅱ基因
是目前使用最广泛的方法,灵敏度高却需要高成本
的试剂及仪器设备。生物传感器[9]和基因芯片技
术[10]受成本高、影响因素较多等均未得到广泛使
用。 环 介 导 等 温 扩 增 法(Loop mediated isothermal
amplification,LAMP)[11]针对靶基因的 6 个区域设
计 4 条特异的引物,利用链置换 DNA 聚合酶在恒温
条件保温几十分钟,完成核酸扩增反应。该技术具
有反应时间短、不需要 PCR 仪、加染料或直接通过
肉眼即可判断结果等特点,大大缩短了检测时间。
本研究针对转基因检测常用的筛选基因 NPT Ⅱ设计
特异性 LAMP 引物,建立 LAMP 快速检测方法,并
对该方法的特异性、灵敏度和稳定性进行评价。
1 材料与方法
1.1 材料
1.1.1 试 验 材 料 转 基 因 标 准 品 :转 基 因 玉 米
MON810、NK603、MON863、GA21、MON88017、
C B H 3 5 1 、 B T 1 1 、 B T 1 7 6 、 M M 8 8 、 T 2 5 A 、
MON88017、MON832、MON802、MON80100, 转 基
因 大 豆 GTS40-3-2、MON89788、DP356043, 转 基
因油菜 RT73、转基因甜菜 H7-1、转基因小麦 B73-
6-1,转基因土豆 EH92-527-1,购于上海惠诚生物科
技有限公司。转基因水稻 KF6、BT63、KMD1,由
中国检验检疫科学研究院馈赠。非转基因植物及食
品样品实验室留样或超市购得。
1.1.2 主要试剂及仪器 DNA 提取试剂盒 Biosprint
15 DNA plant kit,QIAGEN 公司。Bst DNA polymerase
large fragment,New England Biolabs 公 司 ;甜 菜 碱
(Betaine),10×ThermolPol 缓 冲 液,Sigma 公 司 ;
dNTPs,宝生物工程(大连)有限公司 ;SYBR Green
I 荧光染料,厦门致善生物科技有限公司 ;LAMP 引
物,宝生物工程(大连)有限公司。
LAMP 实时浊度仪 LA-320C,日本荣研化学株
式会社 ;紫外分光光度计 NanoDrop,美国 Thermo
公司;实时荧光定量 PCR 仪 7500Fast,美国 ABI 公司。
1.2 方法
1.2.1 LAMP 引物设计 根据 LAMP 引物设计的原
则, 针 对 GenBank 公 布 的 NPT Ⅱ 序 列(Accession
no. HE582394.1),使用在线设计软件 Primer Explorer
version4 和 LAMP Designer 软 件 设 计 特 异 引 物, 设
计多套 LAMP 引物,经筛选获得一套特异性引物
(表 1)。
表 1 NPT Ⅱ基因 LAMP 引物序列
引物名称 序列信息(5-3)
外引物 1(F3) CTCGACGTTGTCACTGAAG
外引物 2(B3) TGATGCTCTTCGTCCAGA
内引物 1(FIP) TAGCCGGATCAAGCGTATGCTCATCTCACCTTG-
CTCCT
内引物 2(BIP) CCATTCGACCACCAAGCGACATCCTGATCGACA-
AGACC
环引物 1(LF) TTGCATCAGCCATGATGGATA
环引物 2(LB) CGTACTCGGATGGAAGCC
1.2.2 样品 DNA 提取 将样品置粉碎机中碾磨至粉
末状,商品化粉末标准品直接取样,称取 100 mg 样
品进行 DNA 提取。DNA 提取步骤按试剂盒的说明
书进行,所提取的 DNA 经紫外分光光度计检测浓度
并稀释至 100 ng/μL,于 -20℃保存备用。
1.2.3 LAMP 扩增反应 反应总体积为 25 μL,包括
10×Thermol Buffer 2.5 μL、 内 引 物 FIP 和 BIP(40
μmol/L)各 1.0 μL、外引物 F3 和 B3(10 mol/L)各 0.5
μL、FLP 和 BLP(20 μmol/L)各 1.0 μL、dNTPs(10
mmol/L)4.0 μL、甜菜碱(5 mol/L)5.0 μL、硫酸镁
(150 mmol/L)1.0 μL、Bst DNA 聚合酶(8 U/μL)1.0
μL、模板 DNA(约 100 ng/μL)2.0 μL,用灭菌去离
子水补齐到 25.0 μL,充分混匀。采用 LAMP 实时浊
度法,将混合物置于 LAMP 浊度仪反应孔中,63℃
恒温反应 90 min,最后 80℃下保温 5 min 以结束反应,
若发生扩增反应,则会产生白色焦磷酸镁沉淀,根
据浊度仪反映的实时浊度判断结果 ;采用 LAMP 显
色法,则预先将 1 μL 的显色液点在管盖中间,小心
盖紧管盖,避免显色液掉入反应液中,反应完后倒
转离心管,让管盖的显色液加入到混合液中,若发
生扩增反应,则显色液从橙色变成绿色。每次反应
设置阳性对照(MON863),阴性对照(Bt63)及空白
对照(超纯水)。
1.2.4 特异性试验 利用建立的 LAMP 实时浊度法,
分别对多种常见转基因植物及加工产品,非转基因
植物及加工产品进行检验,并与 LAMP 显色法和实
时荧光 PCR 法的结果作比对,以评价该方法的特
异性。
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第3期62
1.2.5 灵敏度试验 取 10% 转基因玉米 MON863 标
准品,与非转基因玉米以不同比例充分混合均匀,
制备成添加浓度分别为 0.01%、0.05%、0.1%、0.5%、
1% 和 5% 的 MON863 阳性模拟样品,按照 LAMP 实
时浊度法进行检测,以评价该方法的灵敏度。
1.2.6 稳定性试验 利用建立的 LAMP 实时浊度法,
分别对 3 个不同浓度(空白样品 0%、添加水平 0.5%、
1%)的 MON863 阳性模拟样品及 10%MON863 标准
品进行检测,每个样品重复 20 次,并与 LAMP 显色
法和实时荧光 PCR 法的结果作比对。
2 结果
2.1 LAMP引物筛选结果
用 10% 的转基因玉米 MON863 标准品作为阳
性模板进行引物的初步筛选,试验结果显示引物
NPT Ⅱ -5 发生了扩增反应,出峰时间为 45 min 左右,
峰高为 0.15,出峰时间和峰高值都适中。进而引入
环引物对反应进行优化,由图 1 可知,NPT Ⅱ -5 引
入环引物后,出峰时间提前至 20 min 左右,可以初
步将反应时间定在 45 min 进行后续试验。
应,即与显色法结果一致。表明该方法可以检测出
转基因含量低至 0.5% 的玉米 MON863,灵敏度较高。
0:00
0
0.05
0.10
0.15
0.25
0.20
Tu
rb
id
ity
-0.05
9:00 18:00 27:00 36:00
Time min:sec
CH1
CH2
CH3
CH4
CH3 CH4
CH1 :NPT Ⅱ 阴 性 对 照(BT11 阳 性 样 本 );CH2 :空 白 对 照(ddH2O);
CH3-4 :MON863 阳性样本
图 1 引物 NPT- Ⅱ的 LAMP 试验结果
2.2 特异性试验结果
表 2 显示 LAMP 实时浊度法对多种类型样品的
检验结果与 LAMP 显色法及实时荧光 PCR 法的结果
符合率为 100%,表明该方法特异性良好。
2.3 灵敏度试验
LAMP 实时浊度法结果(图 2)显示转基因玉米
MON863 的 10% 标准品、5% 模拟样品、1% 模拟样品、
0.5% 模拟样品出现阳性扩增,且反应管出现显色反
0:00
0
0.05
0.10
0.15
0.25
0.20
Tu
rb
id
ity
-0.05
9:00 18:00 27:00 36:00
Time min:sec
CH3 CH5
CH1
CH2
CH3
CH4
CH5
CH6
CH7
CH8
CH6
CH4
CH1
CH1 :阳性对照(MON863 阳性样本);CH2 :空白对照(ddH2O);
CH3 :10% MON863 标 准 品 ;CH4 :5% MON863 样 本 ;CH5 :1%
MON863 样本 ;CH6 :0.5% MON863 样本 ;CH7 :0.1% MON863 样
本 ;CH8 :0.05% MON863 样本
图 2 引物 NPT Ⅱ -5 灵敏度试验结果
2.4 稳定性试验
采用本研究建立的方法分别对 10%MON863 标
准品和 3 个不同浓度(空白样品 0、添加水平 0.5%、
1%)的模拟样品进行检测,每个样品重复 20 次。
结果(表 3)显示 4 个浓度的 LAMP 实时浊度法试
验结果重复性好,与 LAMP 显色法的结果一致,假
阳性率和假阴性率为 0。
3 讨论
随着转基因植物种植面积的持续增加[12],以及
转基因植物中性状基因叠加的新趋势,转基因植物
的检测工作带来了新的挑战[13],迫切需要建立一种
快速、准确、特异、灵敏的筛检方法。
本试验建立了转基因植物常用的标记筛选基
因 NPT Ⅱ 的 LAMP 方 法, 在 4 条 LAMP 引 物 的 基
础上加入了 2 条环状引物,进一步促进扩增且减少
了反应时间,1 h 内完成反应。该方法的最低检出
限为 0.5%,满足目前各国及地区对转基因食品进行
标识的最低含量阈值要求[14]。LAMP 法对其它不含
NPT Ⅱ基因的转基因植物及非转基因植物及其加工
产品均无扩增信号,对实际样品的检测结果也与实
时荧光 PCR 法一致,可见该方法具有很高的特异性。
LAMP 技术具有方便简单、灵敏度高、特异性
强、成本较低等优点。仅需在水浴锅或金属加热块
2014年第3期 63邝筱珊等 :LAMP 实时浊度法检测转基因植物 NPT Ⅱ基因
表 2 LAMP 实时浊度法特异性检测结果
样品类别 样品名称 转基因特征 LAMP 实时浊度法 LAMP 显色法 实时荧光 PCR 法
非转基因样品(10
份)
燕麦(D1) 非转基因 - - -
小麦(D2) 非转基因 - - -
玉米(D3) 非转基因 - - -
大豆(D4) 非转基因 - - -
大米(D5) 非转基因 - - -
豆浆(1567) 非转基因 - - -
米粉(1568) 非转基因 - - -
麦片(1569) 非转基因 - - -
薯片(1570) 非转基因 - - -
米线(1571) 非转基因 - - -
不含 NPT Ⅱ基因
的转基因样品(16
份)
籼米(211) Bt63 - - -
大豆(212) GTS-40-3-2 - - -
大豆(213) DP356043 - - -
大豆(214) MON89788 - - -
玉米(215) BT11 - - -
玉米(216) GA21 - - -
玉米(217) MON88017 - - -
玉米(218) BT176 - - -
玉米(219) T25 - - -
玉米(220) NK603 - - -
玉米(221) CBH351
土豆(1201) EH92-527-1 - - -
小麦(1338) B73-6-1 - - -
油菜(1339) RT73 - - -
甜菜(1340) H7-1 - - -
水稻(1356) KF6 - - -
水稻(1357) KMD1 - - -
含 NPT Ⅱ基因的
转基因成分样品
(10 份)
玉米(B1) MON832 + + +
玉米(B2) MON802 + + +
玉米(B3) MON80100 + + +
玉米(B4) MON863 + + +
玉米(B5) MM88(MON863×MON810) + + +
玉米粉(C1) MON863 + + +
玉米羹(C2) MON863 + + +
玉米球(C3) MM88(MON863×MON810 + + +
饲料(C4) MON863 + + +
玉米片(C5) MON863 + + +
表 3 LAMP 实时浊度法稳定性试验结果
检测方法
阳性样品数 / 试验样品数
标准品(10%) 模拟样品(1%) 模拟样品(0.5%) 空白样品(0%)
LAMP 实时浊度法 20/20 20/20 20/20 0/20
LAMP 显色法 20/20 20/20 20/20 0/20
实时荧光 PCR 法 20/20 20/20 20/20 0/20
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2014年第3期64
的恒温条件下便能满足反应条件。可以直接肉眼观
察反应后反应液的浊度或者指示剂的颜色变化来判
定结果,比较方便。反应后不需要开盖检测结果,
能避免开盖形成的气溶胶污染,减少假阳性的产生。
LAMP 作为转基因检测技术的强大优势,尤其适合
在食品检测部门和基层检测机构进行快速甚至现场
筛检,值得推广和应用。
4 结论
采 用 LAMP 实 时 浊 度 法 建 立 的 转 基 因 植 物
NPT Ⅱ基因检测方法,45 min 内可完成扩增反应,
对 36 种植物样品的检测结果均与预期相符,检测灵
敏度达 0.5%(W/W),对转基因玉米 MON863 含量
为 10%、1%、0.5%、0%(W/W)的样品 DNA 分别
进行 20 次重复扩增,假阳性和假阴性率为 0%。
参 考 文 献
[1] 郭桦 , 郭祀远 . 转基因食品安全性的探讨[J]. 现代食品科技 ,
2007, 23(8):71-73.
[2] 李俊 , 郑秀丽 , 邓平建 , 等 . 商品化转基因植物的外源基因及其
检测技术[J]. 中国农业科技导刊 , 2008, 10(3):31-39.
[3] Fuchs RL, Ream JE, Hammond BG, et al. Safety assessment
of the neomycin phosphotransferaseII(NPTII)protein[J].
Biotechnology, 1993, 11(13):1293-1543.
[4] Asensio L, Gonzalez I, Garcia T, et al. Determination of food
authenticity by enzme-linked immunosorbent assay(ELISA)[J].
Food Control, 2008, 19 :1-8
[5] 丁耀魁 , 沈娟 , 马黎黎 . 快速检测试纸条法在大豆转基因检测
中的应用[J] . 粮油食品科技 , 2010, 18(2):45-46.
[6] Morisset D, Stebih D, Cankar K, et al. Alternative DNA amplification
methods PCR and their application in GMO detection:a review[J].
Eur Food Res Technol, 2008, 277 :1287-1297.
[7] Hernandez M, Esteve T, Prat S, et al. Development of real-time PCR
systems based on SYBR® Green I, AmplifluorTM and TaqMan® techno-
logies for specific quantitative detection of the transgenic maize event
GA21[J]. Journal of Cereal Science, 2004, 39(1):99-107.
[8] Liu G, Su W, Xu Q, et al.Liquid-phase hybridization based PCR
ELISA for detection of genetically modified organisms in food[J].
Food Control, 2004, 15(4):303-306.
[9] Volpe G, Ammid NH, Moscone D, et al. Development of an immuno-
magnetic electrochemical sensor for detection of BT CRY1AB/CRY-
1AC proteins in genetically modified corn samples[J].Anal Lett,
2006, 39(8):1599-1609
[10] Leimanis S, Hernandez M, Fernandez S, et al. A microarray based
detection system for genetically modified(GM)food ingredients
[J].Plant Molecular Biology, 2006, 61(1):123-139.
[11] Notomi T, Okayama H, Masubuchi H, et al.Loop-mediated isothe-
rmal amplification of DNA[J].Nucleic Acids Research, 2000, 28
(12):e63.
[12] Clive J. 2011 年全球生物技术/转基因作物商业化发展态
势[J]. 中国生物工程杂志 , 2012, 32(1):1-14.
[13] 李全芬 , 李志辉 , 王慧翌 , 等 . 转基因生物检测技术研究进
展[J]. 中国畜牧兽医 , 2011, 38(1):152-156.
[14] 陈超 , 展进涛 . 国外转基因标识政策的比较及其对中国转基因
标识政策制定的思考[J]. 世界农业 , 2007, 11(7):17-20.
(责任编辑 李楠)