免费文献传递   相关文献

Quantification of bacteria responsible for endogenous microbial enhanced oil recovery

内源微生物驱油功能菌定量化分析技术



全 文 :第 14卷第 3期
2016年 5月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 14 No􀆰 3
May 2016
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2016􀆰 03􀆰 005
收稿日期:2016-02-14
基金项目:国家高技术研究发展计划(863计划)(2013AA064401)
作者简介:胡  婧(1980—),女,河南许昌人,博士,研究方向:微生物采油,E⁃mail:tomatohu@ 163.com
内源微生物驱油功能菌定量化分析技术
胡  婧,吴晓玲
(1􀆰 中国石油化工股份有限公司 胜利油田分公司 石油工程技术研究院,山东 东营 257000)
摘  要:为了解决培养法无法对油藏内驱油功能菌进行定量检测的难题,利用荧光定量 PCR 技术,通过对功能基
因进行定量实现了油藏内产脂肽菌、产甲烷菌的定量化检测,其中产脂肽菌选择 srfA 基因、产甲烷菌选择 mcrA 基
因。 结果发现,该方法具有很好的特异性和重复性,标准曲线的相关系数达到 0􀆰 99以上,扩增效率达到 100%。 在
检测未知样品时,证实该方法的检测下限可以达到 10 拷贝 / μL。 利用该技术监测了胜利油田沾三区块驱油一口油
井(Z3 X24)在内源微生物驱油过程中 2种功能菌的定量化变化,数据表明:内源激活前期,产脂肽菌密度快速升
高到 104拷贝 / μL,内源激活后期,厌氧的产甲烷古菌密度升高到 104拷贝 / μL,该数据表明微生物驱油过程中存在
好、厌氧菌的演替规律,将 2种菌的定量检测结果与现场油井的产量进行对比,发现油井日油水平的动态变化与这
2种菌的动态变化存在明显对应关系。 该研究建立的功能菌定量化检测技术为内源微生物驱油现场实施效果的准
确预测及驱油机理分析提供了一个有效的分析手段,可以进一步提高微生物驱油工艺措施的针对性和有效性。
关键词:产脂肽菌;产甲烷菌;定量化检测
中图分类号:TE357􀆰 9        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2016)03-0023-04
Quantification of bacteria responsible for endogenous
microbial enhanced oil recovery
HU Jing,WU Xiaoling
(Research Institute of Petroleum Engineering Technology,Shengli Oilfield Company,Sinopec,Dongying 257000,China)
Abstract:We used the rapid SYBR􀳏 Green fluorescent quantitative real⁃time PCR technique to detect
lipopeptide producing bacteria and methanogenic archaea present in the reservoir. The recombinant
plasmid containing srfA and mcrA gene was used as standards to generate a standard curve for lipopeptide
producing bacteria and methanogenic archaea. The sensitivity, reproducibility and specificity of the
technique were evaluated.The correlation coefficient(R2) of the standard curve was above 0􀆰 99 and the
amplification efficiency reached 100%. To detect unknown samples, the detection limit of the method
reached 10 copies / μL.Water samples collected in the oil well Z3⁃X24 located in Zhan3 block of Shengli
oilfield were detected using the technique.The concentration of lipopeptide producing bacteria increased to
104 copies / μL in the early stage of endogenous activation, while the concentration of methanogenic
archaea increased to 10 copies / μL in the late stage of endogenous activation. The data confirmed there
was a good successive ruler between aerobic and anaerobic bacteria in the process of MEOR.We found a
correlatin between these two functional bacteria dynamics and the oil production. These results are
essential for understanding oil⁃displacement mechanism of indigenous MEOR and providing scientific
guidance to the performance of MEOR technology in the future􀆰
Keywords:lipopeptide producing bacteria; methanogenic archaea; quantitative detection
    油藏内的微生物是微生物驱油技术的物质基
础,通过激活或注入油藏内具有特定功能的细菌,
通过它们自身及产生的代谢产物来提高原油采收
率,所以定量检测驱油功能菌的密度变化是微生物
驱油效果预测及现场实施方案调整的基础[1-4]。 油
藏中大部分的细菌在室内都是不可培养的,利用传
统的培养法只能定量检测油藏中小于 1%的细菌,
故急需建立一种快速、准确的油藏功能菌定量检测
方法[5-6]。
荧光定量 PCR 技术 ( real⁃time quantivative
polymerase chain reaction,RT PCR)是在普通 PCR
技术基础上发展起来的核酸定量技术,在 PCR反应
体系中添加荧光基团,通过荧光信号的累积来实时
监控 PCR的进程,最后通过荧光阈值的循环数和已
知标准质粒的浓度与循环阈值构建的标准曲线对
未知样品的其实浓度进行定量[7-10]。 目前,该方法
是定量检测环境样品中不同细菌的最准确和最灵
敏的方法,已广泛应用于肠道、食品、土壤中特定类
群细菌的定量检测[11-15]。 该方法在油藏微生物上
的应用不多,Li等[16]利用该技术检测了油藏中的厌
氧氨氧化菌,发现检测的 17个油藏样品中有 9个含
有丰富的氨氧化菌。 司风彬[17]利用 RT PCR技术
构建了油藏嗜烃菌的定量检测技术,分析了新疆六
口区 4口油井在采油过程中该菌密度变化,并与传
统的最大或然数(MPN)计数进行比较,确定了 RT
PCR技术在进行油藏功能菌检测时的可行度。
本文中,笔者利用 RT PCR技术构建了油藏产
甲烷菌以及产脂肽菌的定量检测方法,并将该方法
应用到胜利油田沾 3区块内源微生物驱油的油水井
监测中,通过检测数据的分析明确这两种功能菌与
现场生产动态之间的关系,以期为沾 3 区块微生物
驱油效果的分析提供可靠的数据支撑。
1  材料与方法
1􀆰 1  标准质粒构建
根据产脂肽菌及产甲烷菌的代谢功能,选择相应
的功能基因为检测目标,产脂肽菌选择 srfA基因,产
甲烷菌选择 mcrA基因。 选取普遍存在于胜利油藏的
芽胞杆菌属和甲烷嗜热杆菌属的细菌[18]作为构建标
准质粒的细菌,分别为本实验室在胜利油藏筛选的枯
草芽胞杆菌 (Bacillus subtilis)和热自养甲烷杆菌
(Methanothermobacter thermautotrophicus),其中 SrfA
基因的扩增引物为 srfA F 5′ CAAAAKCGCAKCA⁃
TACCACKTTGAG3′和 srfA R 5′ TCATARAGCGG⁃
CAYATATTGATGC 3′,mcrA 的扩增引物为 mcrA
F 5′RCGTTCATBGCGTAGTTVGGRT 3′和 mcrA
R 5′GGTGGTGTMGGDTTCACMCARTA 3′,所有
引物委托 TaKaRa公司合成。 扩增程序:预变性 98 ℃
5 min;98 ℃ 15 s 、60 ℃ 30 s、72 ℃ 30 s,该步骤循环
35次;72 ℃延伸 10 min。 扩增后的标准质粒构建委
托 TaKaRa公司进行。
1􀆰 2  现场样品处理及 DNA提取
实验所用油藏水样来自胜利油田沾 3 区块的 1
口油井(Z3 X24),油水样从井口直接采集到无菌
的样品桶中。 为了减低井口的污染,每次取样前排
掉 2 L左右的油水样后再进行水样采集,每个样品
采集 10 L油水样,当天运回实验室,样品处理前保
存在-4 ℃。
油藏油水样中的菌体通过高速离心 ( 12 000
r / min、15 min)进行收集,为了减少原油对菌体的吸
附,每次离心前在离心杯中加入 50 mL石油醚,离心
后油水分离,细菌沉淀于离心杯底。 为了收集足够
多的菌体,每个样品都重复离心 6 L 液体。 菌体
DNA的提取利用 AxyPrep 基因组提取试剂盒。 提
取后的 DNA 溶解在 100 μL 的 TE 缓冲液中,利用
nanodrop进行浓度检测后置于-70 ℃保存,作为后
期功能菌基因 RT PCR反应的模板[19]。
1􀆰 3  荧光定量 PCR反应
RT PCR 反应利用的仪器为 Bio⁃Rad 公司的
IQ5。 反应试剂为 Bio⁃Rad 公司的 SYBR􀳏 Green
supermix,反应体系为未知样品模板以及标准质粒,样
品都为 1 μL,引物终浓度为 1 pmol / L, 10 μL
supermix,最后用灭菌的去离子水调整体系到 20 μL。
反应程序:95 ℃ 3 min; 95 ℃ 10 s,60 ℃ 30 s,收集荧
光,扩增 40个循环;溶解曲线分析,60 ℃逐渐升温到
95 ℃,每隔 0􀆰 5 ℃收集一次荧光。 标准质粒与未知
样品同时进行反应,浓度梯度选择 1×108、1×106、1×
104和 1×102拷贝 / μL。 荧光定量 PCR反应后数据分
析由 Bio⁃Rad iQ5荧光定量 PCR 仪自带的分析软件
完成,现场检测样品可以根据其 Ct值(每个反应管内
42 生  物  加  工  过  程    第 14卷 
的荧光信号达到设定阈值时所经历的循环数)在生成
的标准曲线上查到对应的基因拷贝数。
2  结果与讨论
2􀆰 1  标准曲线构建
利用荧光定量 PCR 技术构建了油藏水样中产
脂肽菌及产甲烷菌的定量化检测方法,利用 2 种微
生物构建的标准曲线见图 1。 由图 1 可以看出,构
建的产脂肽菌和产甲烷菌的基因定量标准曲线具
有很好的线性关系,R2均大于 0􀆰 99,荧光定量 PCR
的反应效率很高,都在 100%以上。
图 1  srfA和 mcrA基因的标准曲线
Fig􀆰 1  Standard curve for srfA and mcrA
2􀆰 2  定量方法评价
2􀆰 2􀆰 1  特异性检测
利用反应过程中的溶解曲线考察了 2个基因检
测引物的特异性,结果见图 2。 由图 2 可以看出,2
个功能基因荧光定量扩增的溶解曲线都是单一峰,
说明所用的扩增引物产生的扩增条带单一,没有非
特异性扩增,而且 2个反应的扩增溶解(TM)值都在
80~90 ℃之间,排除了扩增的片段是引物二聚体的
可能性。 从该结果可以看出,扩增用引物具有很好
的扩增特异性,保证了检测结果的准确性。
图 2  srfA和 mcrA引物扩增的溶解曲线
Fig􀆰 2  Melting curves for srfA and mcrA
2􀆰 2􀆰 2  重复性检测
取检测用标准质粒高、中、低 3 个密度梯度(1×
106、1×104和 1×102拷贝 / μL)各 1 μL 做模板进行
PCR反应,每个梯度做 3 个平行样,通过软件计算
Ct值,结果见表 1和表 2。 由表 1和表 2 可知:随着
质粒密度的降低,Ct 值逐渐增大,低浓度重复实验
间的 Ct值较大,但都小于 2%,在误差允许范围内,
说明建立的荧光定量 PCR 检测方法对高、中、低 3
种不同密度的产脂肽菌和产甲烷菌的检测结果均
具有很好的重复性。
2􀆰 3  现场油藏水样分析
利用该方法检测了沾 3区块内源微生物驱油过
程中产甲烷菌及产脂肽菌的变化趋势,现场样品提
取 DNA后进行荧光定量 PCR 的反应曲线见图 3。
从图 3可以看出,该方法可以满足现场油藏水样中
的 2种功能菌的定量检测,最低检测下限达到了 10
52  第 3期 胡  婧等:内源微生物驱油功能菌定量化分析技术
            表 1  srfA 重复性实验结果
Table 1  Results of srfA reproducibility evaluation
菌密度 /
(拷贝·μL-1) Ct值
变异系数
(CV) / %
1×106 15􀆰 52 15􀆰 34 15􀆰 31 0􀆰 602 574
1×104 21􀆰 69 21􀆰 86 21􀆰 48 0􀆰 716 995
1×102 29􀆰 52 28􀆰 47 28􀆰 71 1􀆰 554 400
表 2  mcrA 重复性实验结果
Table 2  Results of mcrA reproducibility evaluation
菌密度 /
(拷贝·μL-1) Ct值
变异系数
(CV) / %
1×106 14􀆰 33 14􀆰 58 14􀆰 52 0􀆰 736 098
1×104 21􀆰 33 21􀆰 56 21􀆰 41 0􀆰 444 801
1×102 26􀆰 82 27􀆰 13 27􀆰 94 1􀆰 729 814
图 3  沾 3 X24油井产出液中功能基因与日油的变化
Fig􀆰 3  Relationship between two functional bacteria
changes and field production performance
拷贝 / μL,说明该方法具有很高的灵敏性。 实施内
源微生物激活前,Z3 X24 的产出液中产甲烷菌功
能基因 mcrA的密度很低,只有 102拷贝 / μL,SrfA 基
因在初始样中检测不到。 激活剂注入后检测发现,
产脂肽菌的密度快速升高,到 2013年 4月份升高到
104拷贝 / μL, 而产甲烷菌升高的幅度较产脂肽菌
小,2013年 4月份密度接近 103拷贝 / μL。 随着这 2
种菌密度的升高,该井日油水平从 2011 年的 2 t / d
升高到 2013 年 7 月的 6􀆰 6 t / d,产量有了明显的改
善。 2013年 10月份,由于激活剂注入量的降低,造
成 2013年 11月份 srfA和 mcrA的密度明显降低,现
场日油水平减低到 1􀆰 3 t / d。 随着后期恢复正常的
激活剂注入,srfA 和 mcrA 呈现明显的升高趋势,该
阶段 mcrA 的增长幅度大于 srfA,到 2014 年 10 月,
mcrA密度接近 104拷贝 / uL。 srfA 密度在后期呈现
波动,较之前有所降低。 随着产甲烷古菌密度的升
高,X24日油水平也逐渐升高,到 2014 年 7 月,日油
水平升高到 8􀆰 5 t / d。 可以看出现场油井产出液中
srfA和 mcrA 基因的变化与原油产量之间存在一定
的对应关系,这也证实了该油井产量的改善确实与
现场激活剂注入后内源菌的激活有关。 通过以上 2
种功能菌与现场生产动态之间的关系可以有效预
测现场实施效果并开展针对性的方案调整。
检测过程中,这 2 种功能菌的变化与内源激活
的好、厌氧菌接替规律吻合,前期好氧类的产脂肽
菌被快速激活,产生生物类表面活性剂以及小分子
酸等代谢产物来乳化原油,提高原油采收率;当好
氧类细菌的代谢产物积累到一定程度后会激活油
藏内的厌氧类功能菌,如产甲烷古菌,这些厌氧细
菌利用好氧阶段产生的代谢产物,产生甲烷等生物
气体,改善原油流动性,提高原油采收率。
3  结论
利用 RT PCR技术实现了油藏样品中产甲烷
菌和产脂肽菌的定量检测,检测下限达到了 10 拷
贝 / μL,而且具有快速、特异性强和重复性好的优
势。 利用所建立方法分析了胜利油田沾 3区块实施
内源微生物驱油前后 2 种功能菌的动态变化,通过
分析发现:实施前 2种菌的浓度都很低,激活剂注入
后好氧类产脂肽菌首先被激活,到后期厌氧类产甲
烷菌被激活,符合微生物驱油好厌氧菌接替的规
律。 同时分析发现,沾 3 区块油井原油产量的动态
变化与功能菌的变化有明显的对应关系,利用这种
关系可以对微生物现场实施的效果进行预测并为
后期实施方案的调整提供理论依据。
参考文献:
[ 1 ]   谷峻,石成芳,吴晓磊,等.油藏微生物群落研究的方法学[ J] .
生态学报,2007,1(1):323⁃328.
[ 2 ]   刘金峰,牟伯中.油藏极端环境中的微生物[ J] .微生物学杂
志,2004,24(4):31⁃34.
[ 3 ]   高配科,马挺,刘如林.油藏微生物的代谢特征和生态结构调
控[J] .微生物学报,2011,51(6):711⁃717.
[ 4 ]   高彩霞.油藏环境微生物组成及功能特征的研究[D].上海:
华东理工大学,2011.
[ 5 ]   李辉,牟伯中.油藏微生物多样性的分子生态学研究进展[ J] .
微生物学通报,2008,35(5):803⁃808.
[ 6 ]   李辉,林匡飞,牟伯中,等.培养法和免培养法联合检测油藏
环境烃降解菌和产甲烷菌群多样性 [ J] .微生物学通报,
2011,38(1):21⁃28.
(下转第 32页)
62 生  物  加  工  过  程    第 14卷 
有较大幅度的提升,累积增油 10 278 t,按递减计算
增油 14 169􀆰 8 t,表明注入营养后有益菌被大量激
活,起到了良好的增油效果。 通过对比生化指标与
增油效果,烃氧化菌所占比例与增油效果有较好的
对应关系,应重点分析该指标的变化,为今后微生
物驱油效果评价提供良好的借鉴。
参考文献:
[ 1 ]  王红波,彭晓钟,吴运强.克拉玛依油田六中区地层水内源微
生物激活现场试验[J] .新疆石油地质,2011,32(5):523⁃524.
[ 2 ]   隋同花,邓新颖,冯新永,等.改善聚合物驱油效果的调整措
施[J] .油气田地面工程,2006,25(7):13⁃14.
[ 3 ]   李红,邓泳,孟亚玲.新疆油田高含水油藏本源微生物驱矿场
试验研究[ J] .南开大学学报(自然科学版),2013,46(1):
108⁃111.
[ 4 ]   张廷阁.本源微生物激活体系研究[D].廊坊:中国科学院研
究生院(渗流流体力学研究所),2006:21⁃30.
[ 5 ]   谷峻,石成芳,吴晓磊,等.油藏微生物群落研究的方法学[ J] .
生态学报,2007,27(1):324⁃328.
[ 6 ]   国家能源局 􀆰 微生物驱油技术规范:SY / T 6888—2012[ S].
北京:石油工业出版社,2012.
[ 7 ]   齐香君,徐婷婷.定量测定铜绿假单孢菌发酵液中鼠李糖脂
的方法学研究[J] .陕西科技大学学报,2010,28(6):39⁃42.
[ 8 ]   中国石油天然气总公司.油田动态分析技术要求: SY /
T6225—1996[S].北京:石油工业出版社,1996.
[ 9 ]   柯从玉,吴刚,游靖.微生物驱油产出液中有机酸的监测及对
提高采收率的作用研究[ J] .西安石油大学学报(自然科学
版),2013,28(3):54⁃58.
[10]   包木太,牟伯中,王修林.采油微生物代谢产物分析[ J] .油田
化学,2002,19(2):188⁃192.
[11]   孔祥平,包木太,马代鑫.油田水中细菌群落分析[ J] .油田化
学,2003,20(4):372⁃376.
[12]   向廷生,冯庆贤,NAZINA N T.大港孔店油田内源微生物代谢
产物监测分析[J] .石油天然气学报,2006,28(5):128⁃131.
[13]   何江川,王元基,廖广志,等.油田开发战略性接替技术[M].
北京:石油工业出版社,2013:28⁃34.
[14]   舒福昌,佘跃惠,冯庆贤,等.大港孔店油田本源微生物代谢
产物监测分析[J] .石油天然气学报(江汉石油学院学报),
2006,28(5):128⁃131.
(责任编辑  管珺)
􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌􀤌
(上接第 26页)
[ 7 ]  陈旭,齐凤坤,康立功,等.实时荧光定量 PCR 技术研究进展
及其应用[J] .东北农业大学学报,2010,41(8):148⁃155.
[ 8 ]   袁亚男,刘文忠.实时荧光定量 PCR技术的类型、特点与应用
[J] .中国畜牧兽医,2008,35(3):27⁃30.
[ 9 ]   李安,谢金文,魏加贵,等.荧光定量 PCR 技术在分子检测上
的研究进展[J] .中国畜牧兽医,2009,4(4):73⁃76.
[10]   陈英剑,胡成进,赵苗青. SYBR Green 实时荧光定量 PCR 技
术平台的建立[J] .实用医药杂志,2004,21(11):997⁃999.
[11]   魏春花,曾文炉,周启星,等.荧光定量 PCR 技术在环境领域
的应用[J] .中国环境监测,2012,28(4):48⁃53.
[12]   徐娜娜.实时荧光定量 PCR技术用于土壤中小麦纹枯病菌的
定量检测及动态分析[D].泰安:山东农业大学,2014.
[13]   赵洁,马晨,席晓敏,等.实时荧光定量 PCR 技术在肠道微生
物领域中的研究进展[J] .生物技术通报,2014(12):61⁃66.
[14]   杨美芬,王玉明,黄永坤,等.用细菌 16S rRNA 荧光定量 PCR
法检测肠道菌群的变化[ J] .中国微生态学杂志,2006,18
(4):266⁃269.
[15]   TUBNER S. Enumeration of 16S rDNA of desulfotomaculum
lineage 1 in rice field soil by real⁃time PCR with SybrGreenTM
detection[J] .J Microbiol Methods,2002,50(2):155⁃164.
[16]   LI H,CHEN S,MU B Z,et al.,Molecular detection of anaerobic
ammonium⁃oxidizing ( anammox ) bacteria in high⁃temperature
petroleum reservoirs[J] .Microb Ecol,2010,60(4):1⁃13.
[17]   司风彬.油藏环境中烷烃单加氧酶基因定性、定量以及转录
水平分析[D].天津:南开大学,2011.
[18]   宋智勇,郝滨,赵凤敏,等.胜利油田水驱油藏内源微生物群
落结构及分布规律[ J] .西安石油大学学报(自然科学版),
2013,28(4):44⁃50.
[19]   王萍,乔勇升,韩芷玲.猪源性成分检测中 3种 DNA提取方法
比较[J] .生物加工过程,2015,13(6):61⁃64.
(责任编辑  荀志金)
23 生  物  加  工  过  程    第 14卷