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Isolation of ammonium-tolerant mutant of Escherichia coli for succinic acid production by metabolic evolution

进化代谢选育高浓度NH+4耐受型产丁二酸大肠杆菌



全 文 :第 13卷第 6期
2015年 11月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 13 No􀆰 6
Nov􀆰 2015
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2015􀆰 06􀆰 010
收稿日期:2015-03-19
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2013CB733901);江苏省高校优势学科建设工程
作者简介:管  钊(1989—),男,江苏南通人,硕士研究生,研究方向:生物工程;姜  岷(联系人),教授,E⁃mail:jiangmin@ njtech.edu.cn
进化代谢选育高浓度 NH+4 耐受型产丁二酸大肠杆菌
管  钊,吴明科,陈吴方,陈美丽,马江锋,姜  岷
(南京工业大学 生物与制药工程学院 材料化学工程国家重点实验室,江苏 南京 210009)
摘  要:利用大肠杆菌厌氧制备丁二酸过程中,采用氨水作为 pH调节剂不仅可以中和酸性产物还可提供无机氮,
被菌体利用,然而高浓度 NH+4的积累会抑制菌体生长及代谢产酸的能力。 为增强大肠杆菌对高浓度 NH

4的耐受
性,以(NH4) 2HPO4为 NH

4供体,通过在连续培养装置中不断提高(NH4) 2HPO4浓度,以获得可耐受 0􀆰 53 mol / L
NH+4的产丁二酸大肠杆菌。 结果表明:突变株在 0􀆰 53 mol / L NH

4胁迫下,摇瓶厌氧发酵 72 h,细胞干质量浓度
(DCW)可达 1􀆰 82 g / L,丁二酸产量为 11􀆰 72 g / L,分别比出发菌株提高了 1􀆰 6和 4􀆰 6倍。 进一步地,在 5 L发酵罐上
考察其利用氨水调节 pH 生产丁二酸的能力,厌氧发酵 90 h,丁二酸质量浓度达到 27􀆰 32 g / L,生产强度为 0􀆰 30
g / (L·h),比出发菌株分别提高 88􀆰 1%和 87􀆰 5%。
关键词:进化代谢;耐铵;丁二酸;大肠杆菌
中图分类号:TQ921        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2015)06-0055-06
Isolation of ammonium⁃tolerant mutant of Escherichia coli for
succinic acid production by metabolic evolution
GUAN Zhao,WU Mingke,CHEN Wufang,CHEN Meili,MA Jiangfeng,JIANG Min
(State Key Laboratory of Materials⁃Oriented Chemical Engineering,College of Biotechnology
and Pharmaceutical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 210009,China)
Abstract:During the process of succinic acid production by Escherichia coli,ammonia was adopted as pH
regulator, not only could neutralize organic acid but also as nitrogen source for growth. However,high
concentration of NH+4 would seriously inhibit the growth and metabolic capability of the strain.To improve
the tolerance of E. coli towards high amount of NH+4, metabolic evolution was used for isolation of
ammonium⁃tolerant mutants by enhancing the concentration of NH+4 gradually which was provided from
(NH4) 2HPO4 .Finally,a mutant which could tolerant 0􀆰 53 mol / L NH

4 was obtained.The results showed
when under 0􀆰 53 mol / L NH+4 in flask,dry cell weight of the mutant reached 1􀆰 82 g / L and succinic acid
concentration reached 11􀆰 72 g / L within 72 h fermentation,which was 1􀆰 6⁃ and 4􀆰 6⁃fold compared with
the parent strain respectively. Furthermore,the ability of the mutant using ammonia as pH regulator for
succinic acid production was investigated in a 5⁃L fermentor.After 90 h fermentation,concentration and
productivity of succinic acid reached 27􀆰 32 g / L and 0􀆰 30 g / (L·h),which were increased by 88􀆰 1% and
87􀆰 5% compared with the parent strain.
Keywords:metabolic evolution; ammonium⁃tolerant; succinic acid; Escherichia coli
    丁二酸(琥珀酸)作为一种重要的 C4 平台化合
物,是制备可降解生物材料的主要原料,被广泛应
用于食品、农业、医药等行业,具有广阔的市场前
景[1]。 目前,丁二酸的生产方法主要有化学合成和
生物合成法。 与化学合成法相比,生物合成法具有
对环境污染小、反应条件温和、能耗低等优点,因此
受到越来越多研究人员的关注[2-3]。 丁二酸生产的
优 良 菌 株 主 要 有 产 琥 珀 酸 厌 氧 螺 菌
(Anaerobiospirillum succiniciproducens) [4]、产琥珀酸
放线杆菌(Actinobacillus succinogenes) [5]、产琥珀酸
曼氏杆菌(Mannheimia succiniciproducens) [6]及大肠
杆菌(Escherichia coli) [7],其中大肠杆菌由于其遗传
背景清晰和营养成分需求简单等特点,已成为研究
的热点。
丁二酸是二元羧酸,发酵过程中大量积累会酸
化发酵培养基,因此需不断添加碱调节剂维持中性
的发酵环境。 常用的碱中和剂主要有钠盐、镁盐和
氨水等[8]。 相比于其他碱中和剂,利用氨水调节 pH
具有碱消耗量少、副产物单一、下游产物分离提取
简单等优点[9]。 此外,发酵液中的 NH+4还可作为氮
源被大肠杆菌吸收利用[10],减少整个发酵过程中氮
源的供给。 然而,胞外高浓度 NH+4会抑制菌株生长
及代谢。 黄静等[11]报道,在大肠杆菌E. coli TRTH
发酵生产 L 色氨酸中,当发酵液中 NH+4浓度达到
120 mmol / L时,发酵液中丙酮酸、乳酸及乙酸浓度
有所增加,细胞质粒稳定性下降,导致菌体生长提
前结束,耗糖速率降低,色氨酸合成受阻。 Lebrihi
等[12]研究发现,大环内酯类抗生素生物合成亦受到
NH+4浓度影响,5 mmol / L 的 NH

4浓度即可显著抑制
合成前体酸的酶系统,造成大环合成所需要的前体
酸供应不足,从而影响大环内酯类抗生素的生物合
成。 因此,为实现大肠杆菌利用氨水调节生产丁二
酸,需提高其对高浓度 NH+4的耐受能力。
进化代谢是一种适应性进化的方式[13],在驯化
过程中,由于细菌具有传代速度快、数量大等优点,
因此适应新环境的细菌能够获得生长优势,从而在
新环境下生存,而不能适应新环境的菌体,由于生
长速度慢,很快被优势菌体所淘汰[14-15]。 此方法目
前主要适用于下面两个方面的菌种选育,一是筛选
能够抵抗某种物质或产物压力的抗逆菌株,如改善
大肠杆菌在丁二酸生产中 Na+的抑制[16]。 二是筛
选能快速利用一些廉价生物质的菌株,如改善菌株
对生物质的利用效率[17]。
笔者以大肠杆菌 BER208 为出发菌株,其在专
一性厌氧条件下,比大肠杆菌 AFP111 具有更快的
生长速率和更高的葡萄糖代谢能力。 采用适应性
进化的方法,以(NH4) 2HPO4为筛选压力,通过逐渐
增加培养基中 NH+4浓度,以得到高浓度 NH

4耐受型
丁二酸生产菌株。
1  材料与方法
1􀆰 1  菌株
大肠杆菌 Escherichia coli BER208,由笔者所在实
验室成员自主筛选并保存,其保藏编号为 CCTCC
M 2012351。
1􀆰 2  培养基
种子培养基( g / L):蛋白胨 10,酵母粉 5,NaCl
5,卡那霉素 0􀆰 03,氯霉素 0􀆰 025。
筛选平板培养基(g / L):蛋白胨 10,酵母粉 5,
NaCl 5,卡那霉素 0􀆰 03,氯霉素 0􀆰 025,琼脂 20。 加入
(NH4)2HPO4调节 NH

4终浓度为 0􀆰 12 ~ 0􀆰 53 mol / L,
用 NaOH调节 pH 6􀆰 6~6􀆰 8。
发酵培养基(g / L):一水合柠檬酸 3􀆰 0,Na2HPO4·
7H2O 3􀆰 0,KH2PO4 8􀆰 0,NH4Cl 0􀆰 2,(NH4)2SO40􀆰 75,
MgSO4·7H2 O 1􀆰 0,CaCl2·2H2 O 0􀆰 01,CoCl2·6H2 O
0􀆰 001 75,ZnSO4·7H2O 0􀆰 000 5,CuCl2·2H2O 0􀆰 000 25
mg / L,Na2MoO4·2H2O 0􀆰 000 5,MnSO4·H2O 0􀆰 002 5
mg / L,H3BO3 0􀆰 000 12,Al2(SO4)3·7H2O 0􀆰 001 77,Fe
(III)citrate 0􀆰 016 1,VB10􀆰 02,生物素 0􀆰 002,卡那霉素
0􀆰 03,氯霉素 0􀆰 025。 121 ℃高压灭菌 15 min。
厌氧摇瓶发酵培养基:30 mL发酵培养基,添加
16 g / L碱式 MgCO3,30 g / L葡萄糖。
1􀆰 3  培养方法
1)种子培养  从保存在-80 ℃冻存管中的菌株
中,按 1%的接种量接入装液量为 5 mL 的试管中,
37 ℃、200 r / min过夜培养,作为一级种子。 将试管
中的一级种子,以 1%的接种量转接到装液量为 100
mL的 500 mL 三角瓶中,37 ℃、200 r / min 培养 6 h,
作为二级种子。
2)厌氧摇瓶发酵   将二级种子按照 10%的接
种量接入到装有 30 mL 发酵培养基的血清瓶中,通
入无菌 CO2 2 min以维持厌氧环境,37 ℃、200 r / min
培养 72 h。
3)发酵罐培养  采用发酵培养基,在 5 L 发酵
罐中进行,装液量为 2 L,接种量为 10%。 通入
100%无菌过滤 CO2进行厌氧发酵,通气量为 0􀆰 1
65 生  物  加  工  过  程    第 13卷 
vvm(每分钟通气量与罐体实际料液体积的比值),
温度 37 ℃,搅拌转速 150 r / min,用 50%氨水控制
pH为 6􀆰 6。
4)突变株的筛选   将进化代谢装置中出现的
突变株进行无菌取样,然后在不同 NH+4浓度的筛选
平板上涂布,放入厌氧培养箱中培养,选出菌落饱
满的单菌落,并进行多次传代培养,将生长迅速,生
长性能稳定的菌株进行厌氧摇瓶发酵,37 ℃、200
r / min培养 72 h,HPLC检测各菌株发酵性能。
1􀆰 4  分析检测
1)葡萄糖的测定  利用 SBA240C型生物传感分
析仪(山东省科学院生物研究所)测定葡萄糖。
2)菌体密度测定  Spectrumlap 752S 型紫外 可
见分光光度计(上海棱光技术有限公司),在波长 600
nm处测定吸光值。 细胞干质量浓度(DCW)的计算
是 10 mL的发酵液,10 000 r / min离心 10 min,蒸馏水
洗涤菌体 2次,烘干至恒质量后称质量。 每个 OD600
相当于 0􀆰 4 g / L DCW。
3)发酵液中有机酸的测定   高效液相色谱法
(HPLC)检测,色谱分析仪为美国 Dionex Ultimate
3000 系列;色谱柱为 Prevail Organic Acid,流动相
为 25 mmol / L KH2PO4,pH 2􀆰 5,流速 1􀆰 0 mL / min,
紫外检测波长 215 nm;进样量 20 μL,控制柱温为
25 ℃。
2  结果与讨论
2􀆰 1  NH+4 浓度对 E.coli BER208 产丁二酸的影响
采用厌氧血清瓶发酵,考察不同浓度 NH+4对
E.coli BER208 生长和发酵性能的影响,结果见图
1。 由图 1 可知,当 NH+4从 0 逐渐增加到 0􀆰 03
mol / L时,菌株的生长和产酸性能不断提高,当
NH+4浓度达到 0􀆰 03 mol / L时,菌株 DCW 和丁二酸
产量达到最高,此时 DCW 为 1􀆰 49 g / L,丁二酸产
量为 21􀆰 32 g / L。 随着 NH+4浓度的继续增加,菌株
的生长和产酸开始受到抑制。 当 NH+4浓度达到
0􀆰 53 mol / L 时,菌体 DCW 和丁二酸产量分别为
0􀆰 36 g / L和 2􀆰 56 g / L,与 0􀆰 03 mol / L 的浓度下相
比,分别降低了 75􀆰 8%和 88􀆰 0%。 这结果说明,低
浓度的 NH+4可以为菌体的生长提供氮源,从而有
利于菌体的生长。 而高浓度 NH+4对 E.coli BER208
生长和产酸造成了抑制。 因此需提高菌体对 NH+4
的耐受能力。
图 1  NH+4浓度对菌株 BER208生长和产酸性能的影响
Fig􀆰 1  Effects of NH+4 concentration on cell growth and
succinic acid production by E􀆰 coli BER208
2􀆰 2  进化代谢选育耐铵型产丁二酸大肠杆菌突变株
进化代谢育种系统是一个连续培养装置,通过
不断补加含有高浓度 NH+4的发酵培养基并逐步提
高 NH+4的浓度筛选高浓度 NH

4耐受型生产菌株,结
图 2  进化代谢连续培养过程
Fig􀆰 2  The operational process of adaptive evolution
果见图 2。 菌体在 0􀆰 12 mol / L NH+4胁迫下,丁二酸浓
度比 0􀆰 03 mol / L NH+4下低,抑制程度明显(图 1),故
以 0􀆰 12 mol / L 的 NH+4为筛选初始浓度。 由图 2 可
知:培养基中添加 0􀆰 12 mol / L 的 NH+4为初始筛选浓
度,经过不断的连续培养,在 650 h 时,菌体密度和耗
糖都达到最大,表明在此浓度下,菌体产生突变体,适
75  第 6期 管  钊等:进化代谢选育高浓度 NH+4耐受型产丁二酸大肠杆菌
应当前培养基中的 NH+4浓度,从而维持正常的生长状
况,此时培养基中的 NH+4筛选浓度达到 0􀆰 53 mol / L。
从反应器中进行无菌取样,涂布在含有不同浓度 NH+4
培养基的筛选平板上进行多次传代培养。 根据菌体
的生长速度和菌落的直径,筛选出 5 株菌株,进行血
清瓶厌氧发酵,结果见表 1。
表 1  突变株与出发菌株产酸效果对比
Table 1  Comparison of succinic acid production between mutants and parent strain
g·L-1
菌株 ρ(DCW) ρ(丁二酸) ρ(乙酸) ρ(丙酮酸) ρ(糖耗)
BER208 1􀆰 14 2􀆰 56 0􀆰 51 0􀆰 92 8
BER528 1􀆰 82 11􀆰 72 2􀆰 69 7􀆰 37 28
BER228 1􀆰 26 6􀆰 27 1􀆰 32 3􀆰 65 17
BER008 2􀆰 28 10􀆰 73 0􀆰 48 7􀆰 79 26
BER603 1􀆰 74 8􀆰 97 2􀆰 97 8􀆰 27 26
BER524 1􀆰 49 7􀆰 53 1􀆰 62 3􀆰 77 18
    由表 1可知:在 NH+4浓度为 0􀆰 53 mol / L的条件
下,出发菌株 BER208 的生长明显受到抑制,DCW
为 1􀆰 14 g / L,丁二酸的产量低下,仅为 2􀆰 56 g / L。 而
经适应性进化筛选的突变株,生长和发酵性能均明
显优于出发菌株。 其中突变株 BER528 的 DCW 可
达到 1􀆰 82 g / L,丁二酸产量为 11􀆰 72 g / L,比出发菌
株分别提高了 1􀆰 60 倍和 4􀆰 58 倍。 然而,所有突变
株代谢产物中均出现了丙酮酸积累,其中突变株
BER528的丙酮酸产量达到 7􀆰 37 g / L,是出发菌株
的 8倍,可能原因为高浓度 NH+4存在下,菌体通过代
谢产物分布变化提高胞内 ATP 的供给水平,协助菌
株对抗 NH+4胁迫。 由大肠杆菌葡萄糖代谢可知,1
分子磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)转化为 1 分子丙酮酸
过程生成 1分子 ATP,而大肠杆菌厌氧代谢过程中,
PEP 转化为草酰乙酸主要由磷酸烯醇式丙酮酸羧化
酶(PPC)催化,其过程中无 ATP 的生成,故 1 分子
PEP 转化生成 1 分子丁二酸过程中没有 ATP 的生
成[18]。 因此,菌体通过改变代谢流分布生成丙酮酸,
为菌体提供更多的能量供给,提高了菌体在高浓度
NH+4胁迫下的耐受性能。
2􀆰 3  突变株 BER528传代稳定性的研究
考察突变株 BER528 的遗传稳定性,将突变株
在平板上反复划线纯化,连续传代 30 次,每隔 5 次
在添加了 0􀆰 53 mol / L NH+4的血清瓶中厌氧发酵 72
h,结果如图 3 所示。 由图 3 可知,突变株 BER528
具有比较稳定的生长和产酸遗传特性,可以用于进
一步的研究。
图 3  突变株 BER528遗传稳定性试验
Fig􀆰 3  Succinic acid⁃producing stability of
BER528 during generation
2􀆰 4  突变株和出发菌株在不同浓度的 NH+4条件下
发酵产酸效果
    进一步考察突变菌株 BER528 和出发菌株
BER208在不同 NH+4浓度下的发酵水平,结果如图 4
所示。 由图 4可知:对于出发菌株 BER208,在 NH+4
浓度为 0􀆰 1 mol / L 时,丁二酸产量最高 ( 13􀆰 24
g / L)。 当 NH+4浓度上升至 0􀆰 2 mol / L 时,丁二酸产
量迅速降低为 5􀆰 63 g / L。 这表明 0􀆰 2 mol / L NH+4已
对菌体造成较大的伤害。 随着 NH+4浓度的继续上
升,丁二酸产量继续下降,但下降趋势变缓,在 0􀆰 5
mol / L NH+4浓度下,丁二酸质量浓度为 2􀆰 56 g / L,比
在 0􀆰 2 mol / L浓度下的结果下降了 54􀆰 5%。 而突变
菌株 BER528 对 NH+4的耐受能力明显增强,在 0􀆰 2
mol / L NH+4浓度下,菌株丁二酸为 13􀆰 66 g / L,比出
发菌株提高了 2􀆰 4 倍。 随着 NH+4浓度的增加,突变
85 生  物  加  工  过  程    第 13卷 
菌株丁二酸产量虽不断下降,但下降趋势较缓,进
一步表明该突变菌株在高浓度 NH+4胁迫下的抗逆
性能有所提高。
图 4  NH+4浓度对突变株 BER528和出发菌株
BER208产丁二酸生产性能的影响
Fig􀆰 4  Effects of NH+4 concentration on succinic
acid production in BER528 and BER208
2􀆰 5  氨水调节对菌株生长及产酸的影响
根据血清瓶厌氧摇瓶发酵的结果,采用氨水为
pH调节剂,考察菌株在 5 L发酵罐中一步厌氧发酵
性能。 出发菌株 BER208 和突变菌株 BER528 发酵
结果分别如图 5 和图 6 所示。 由图 5 和图 6 可知:
出发菌株 BER208在 60 h 处耗糖速率减慢,虽然生
物量并没有太大的变化,但菌株积累丁二酸开始变
得缓慢。 经计算,此时发酵液中的 NH+4浓度为 0􀆰 21
mol / L,已经达到出发菌株的 NH+4耐受极限。 经 90 h
发酵后,丁二酸终质量浓度达到 14􀆰 52 g / L。 而突变
菌 BER528生长及产酸性能明显优于出发菌株。 其
中发酵至 60 h 时,菌株耗糖能力未出现明显下降,
计算得到此时发酵液中的 NH+4浓度为 0􀆰 35 mol / L,
低于菌株 NH+4耐受极限 0􀆰 53 mol / L。 继续发酵至
90 h终止时,相关指标结果见表 2。 由表 2 可知,突
       
变株 BER528丁二酸的产量为 27􀆰 32 g / L,生产速率
为 0􀆰 30 g / (L·h),而出发菌株 BER208丁二酸产量为
14􀆰 52 g / L,生产速率为 0􀆰 16 g / (L·h)。 这结果表明,
突变株 BER528的丁二酸产量和生产强度分别比出
发菌株提高 88􀆰 2%和 87􀆰 5%。 可见,经适应性驯化选
育所得菌株具备了利用氨水调节合成丁二酸的能力。
图 5  出发菌株 BER208生长及产酸结果
Fig􀆰 5  Time course of cell growth and production of
succinic acid in the anaerobic fermentation
by E.coli BER208
图 6  突变株 BER528生长及产酸结果
Fig􀆰 6  Time course of cell growth and production of
succinic acid in the anaerobic fermentation
by E. coli BER528
表 2  出发菌株 BER208与突变株 BER528厌氧发酵产丁二酸结果对比
Table 2  Comparison of succinic acid production between BER208 and BER528 during anaerobic fermentation
菌株 ρ(丁二酸) /(g·L-1)
ρ(乙酸)
(g·L-1)
ρ(丙酮酸) /
(g·L-1)
丁二酸生产强度 /
(g·L-1·h-1)
BER208 14􀆰 52 1􀆰 74 2􀆰 45 0􀆰 16
BER528 27􀆰 32 4􀆰 83 8􀆰 08 0􀆰 30
3  结论
1)利用适应性进化的方法,筛选得到 1 株能够
耐受 0􀆰 53 mol / L NH+4的一步厌氧高产丁二酸大肠
杆菌 E. coli BER528。 经多次传代培养,其生长和产
酸能力稳定,可用于进一步研究。
2)突变株 BER528在添加 0􀆰 53 mol / L NH+4的摇
瓶中厌氧发酵 72 h,DCW 达到 1􀆰 82 g / L,丁二酸产
量为 11􀆰 72 g / L,生长能力和丁二酸合成能力分别是
出发菌株的 1􀆰 6和 4􀆰 6倍。
95  第 6期 管  钊等:进化代谢选育高浓度 NH+4耐受型产丁二酸大肠杆菌
3) 在 5 L 发酵罐中进一步地考察突变株
BER528利用氨水调节 pH 发酵性能,厌氧发酵 90
h,DCW为 1􀆰 22 g / L,丁二酸产量达到 27􀆰 32 g / L,丁
二酸的生产速率为 0􀆰 30 g / (L·h)。 丁二酸产量和
生产速率分别比出发菌株提高 88􀆰 2%和 87􀆰 5%。
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(责任编辑  荀志金)
06 生  物  加  工  过  程    第 13卷