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Ｎｏｖ．２０１２
ｄｏｉ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１６７２－３６７８．２０１２．０６．０１５
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ＬＩＵＬｉｍｉｎｇ１，２，ＬＩＵＴｉｎｇ１，２，ＺＯＵＷｅｉ１，２
（１．ＳｔａｔｅＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＦｏｏｄＳｃｉｅｎｃｅａｎｄＴｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＪｉａｎｇｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｕｘｉ２１４１２２，Ｃｈｉｎａ；
２．ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＩｎｄｕｓｔｒｉａｌＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＥｄｕｃａｔｉｏｎ，ＪｉａｎｇｎａｎＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｗｕｘｉ２１４１２２，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｉｎｏｒｄｅｒｔｏｆｕｒｔｈｅｒｉｎｃｒｅａｓｅｔｈｅｅｆｉｃｉｅｎｃｙｏｆｍｉｃｒｏｂｉａｌｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇｐｒｏｃｅｓｓ，ａｋｅｙｓｔｅｐｗａｓｔｏ
ｉｍｐｒｏｖｅｔｈｅｍｉｃｒｏｂｉａｌｐｈｅｎｏｔｙｐｅ．Ｃｏｍｂｉｎｅｄｗｉｔｈｔｈｅｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｂａｓｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ，ａｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌ
ｉｃｍｏｄｅｌｐｒｏｖｉｄｅｄａｇｌｏｂａｌｐｌａｔｆｏｒｍｆｏｒｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｕｎｄｅｒｓｔａｎｄｉｎｇ，ｍａｎｉｐｕｌａｔｉｏｎａｎｄｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｏｆｔｈｅ
ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌｓｔｒａｉｎｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌｆｕｎｃｔｉｏｎｓ．Ｉｎｔｈｉｓｐａｐｅｒ，ｔｈｅｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｐｒｏｃｅｓｓｏｆｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌ
ｉｃｍｏｄｅｌｗａｓｆｉｒｓｔｌｙｄｅｓｃｒｉｂｅｄ．Ａｎｄｔｈｅｎｔｈｅｐｒｉｎｃｉｐｌｅ，ｔｈｅｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ，ａｎｄｔｈｅａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｃｏｎ
ｓｔｒａｉｎｔｂａｓｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｆｏｒｔｈｅｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｍｏｄｅｌｗｅｒｅｏｕｔｌｉｎｅｄ．Ｆｕｒｔｈｅｒｍｏｒｅ，ｔｈｅｐｒｏｓｐｅｃｔｉｖｅ
ａｎｄｔｈｅｔｅｎｄｅｎｃｙｏｆａｌｇｏｒｉｔｈｍｓｗｅｒｅｇｉｖｅｎ．
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｍｏｄｅｌ；ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｂａｓｅｄａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ；ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌｓｔｒａｉｎ
　　
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［１］　ＯｔｅｒｏＪＭ，ＮｉｅｌｓｅｎＪ．Ｉｎｄｕｓｔｒｉａｌｓｙｓｔｅｍｓｂｉｏｌｏｇｙ［Ｊ］．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ
Ｂｉｏｅｎｇ，２０１０，１０５（３）：４３９４６０．
［２］　ＰｒｉｃｅＮＤ，ＲｅｅｄＪＬ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ．Ｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｏｄｅｌｓｏｆｍｉｃｒｏ
ｂｉａｌｃｅｌｓ：ｅｖａｌｕａｔｉｎｇｔｈｅｃｏｎｓｅｑｕｅｎｃｅｓｏｆｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓ［Ｊ］．Ｎａｔ
ＲｅｖＭｉｃｒｏｂｉｏｌ，２００４，２（１１）：８８６８９７．
［３］　ＺｅｎｇｌｅｒＫ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ．Ａｒｏａｄｍａｐｆｏｒｔｈｅｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔｏｆｃｏｍ
ｍｕｎｉｔｙｓｙｓｔｅｍｓ（ＣｏＳｙ）ｂｉｏｌｏｇｙ［Ｊ］．ＮａｔＲｅｖＭｉｃｒｏｂｉｏｌ，２０１２，１０
（５）：３６６３７２．
［４］　ＨｅｎｒｙＣＳ，ＤｅＪｏｎｇｈＭ，ＢｅｓｔＡＡ，ｅｔａｌ．Ｈｉｇｈｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔｇｅｎｅｒａ
ｔｉｏｎ，ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎａｎｄａｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｍｏｄｅｌｓ
［Ｊ］．ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２８（９）：９７７９８２．
［５］　ＴｈｉｅｌｅＩ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ．Ａｐｒｏｔｏｃｏｌｆｏｒｇｅｎｅｒａｔｉｎｇａｈｉｇｈｑｕａｌｉｔｙｇｅ
ｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎ［Ｊ］．ＮａｔＰｒｏｔｏｃ，２０１０，５（１）：
９３１２１．
［６］　ＯｒｔｈＪＤ，ＣｏｎｒａｄＴＭ，ＮａＪ，ｅｔａｌ．Ａｃｏｍｐｒｅｈｅｎｓｉｖｅｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅ
ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｏｆＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ２０１１［Ｊ］．ＭｏｌＳｙｓｔ
Ｂｉｏｌ，２０１１，７：５３５．
［７］　ＦｅｉｓｔＡＭ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ．Ｔｈｅｇｒｏｗｉｎｇｓｃｏｐｅｏｆａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｏｆｇｅ
ｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓｕｓｉｎｇＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ［Ｊ］．
ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００８，２６（６）：６５９６６７．
［８］　ＯｂｅｒｈａｒｄｔＭＡ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ，ＰａｐｉｎＪＡ．Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓｏｆｇｅｎｏｍｅ
ｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ［Ｊ］．ＭｏｌＳｙｓｔＢｉｏｌ，２００９，５：３２０．
［９］　ＰｒｉｃｅＮＤ，ＰａｐｉｎＪＡ，ＳｃｈｉｌｉｎｇＣＨ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｉｃｒｏｂｉ
ａｌｉｎｓｉｌｉｃｏｍｏｄｅｌｓ：ｔｈｅｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓｂａｓｅｄａｐｐｒｏａｃｈ［Ｊ］．Ｔｒｅｎｄｓ
Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２００３，２１（４）：１６２１６９．
［１０］　ＰａｒｋＪＭ，ＫｉｍＴＹ，ＬｅｅＳＹ．Ｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｓｂａｓｅｄｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅ
ｍｅｔａｂｏｌｉｃｓｉｍｕｌａｔｉｏｎｆｏｒｓｙｓｔｅｍｓｍｅｔａｂｏｌｉｃｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ［Ｊ］．Ｂｉｏ
ｔｅｃｈｎｏｌＡｄｖ，２００９，２７（６）：９７９９８８．
［１１］　ＹａｎｇＬ，ＣｌｕｅｔＷＲ，ＭａｈａｄｅｖａｎＲ．ＥＭＩＬｉＯ：Ａｆａｓｔａｌｇｏｒｉｔｈｍｆｏｒ
ｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｓｔｒａｉｎｄｅｓｉｇｎ［Ｊ］．ＭｅｔａｂＥｎｇ，２０１１，１３（３）：
２７２２８１．
［１２］　ＺｈｕａｎｇＫ，ＶｅｍｕｒｉＧＮ，ＭａｈａｄｅｖａｎＲ．Ｅｃｏｎｏｍｉｃｓｏｆｍｅｍｂｒａｎｅ
ｏｃｃｕｐａｎｃｙａｎｄｒｅｓｐｉｒｏｆｅｒｍｅｎｔａｔｉｏｎ［Ｊ］．ＭｏｌＳｙｓｔＢｉｏｌ，２０１１，
７：５００．
［１３］　ＢｅｇＱＫ，ＶａｚｑｕｅｚＡ，ＥｒｎｓｔＪ，ｅｔａｌ．Ｉｎｔｒａｃｅｌｕｌａｒｃｒｏｗｄｉｎｇｄｅｆｉｎｅｓ
ｔｈｅｍｏｄｅａｎｄｓｅｑｕｅｎｃｅｏｆｓｕｂｓｔｒａｔｅｕｐｔａｋｅｂｙＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉａｎｄ
ｃｏｎｓｔｒａｉｎｓｉｔｓｍｅｔａｂｏｌｉｃａｃｔｉｖｉｔｙ［Ｊ］．ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵＳＡ，
２００７，１０４（３１）：１２６６３１２６６８．
［１４］　ＯｒｔｈＪＤ，ＴｈｉｅｌｅＩ，ＰａｌｓｓｏｎＢＯ．Ｗｈａｔｉｓｆｌｕｘｂａｌａｎｃｅａｎａｌｙｓｉｓ
［Ｊ］．ＮａｔＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌ，２０１０，２８（３）：２４５２４８．
［１５］　ＢｕｒｇａｒｄＡＰ，ＮｉｋｏｌａｅｖＥＶ，ＳｃｈｉｌｉｎｇＣＨ，ｅｔａｌ．Ｆｌｕｘｃｏｕｐｌｉｎｇａ
ｎａｌｙｓｉｓｏｆｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ［Ｊ］．
ＧｅｎｏｍｅＲｅｓ，２００４，１４（２）：３０１３１２．
［１６］　ＤｅｌｇａｄｏＪ，ＬｉａｏＪＣ．Ｉｎｖｅｒｓｅｆｌｕｘａｎａｌｙｓｉｓｆｏｒｒｅｄｕｃｔｉｏｎｏｆａｃｅｔａｔｅ
ｅｘｃｒｅｔｉｏｎｉｎＥｓｃｈｅｒｉｃｈｉａｃｏｌｉ［Ｊ］．ＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌＰｒｏｇ，１９９７，１３（４）：
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［１７］　ＭａｈａｄｅｖａｎＲ，ＳｃｈｉｌｉｎｇＣＨ．Ｔｈｅｅｆｅｃｔｓｏｆａｌｔｅｒｎａｔｅｏｐｔｉｍａｌｓｏｌｕ
ｔｉｏｎｓｉｎｃｏｎｓｔｒａｉｎｔｂａｓｅｄｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃｍｏｄｅｌｓ［Ｊ］．
ＭｅｔａｂＥｎｇ，２００３，５（４）：２６４２７６．
［１８］　ＣｈｕｎｇＢＫ，ＳｅｌｖａｒａｓｕＳ，ＡｎｄｒｅａＣ，ｅｔａｌ．Ｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａｂｏｌｉｃ
ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎａｎｄｉｎｓｉｌｉｃｏａｎａｌｙｓｉｓｏｆｍｅｔｈｙｌｏｔｒｏｐｈｉｃｙｅａｓｔＰｉｃｈｉａ
ｐａｓｔｏｒｉｓｆｏｒｓｔｒａｉｎｉｍｐｒｏｖｅｍｅｎｔ［Ｊ］．ＭｉｃｒｏｂＣｅｌＦａｃｔ，２０１０，９：５０．
［１９］　ＫｕｍａｒＶＳ，ＤａｓｉｋａＭＳ，ＭａｒａｎａｓＣＤ．Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎｂａｓｅｄａｕｔｏ
ｍａｔｅｄｃｕｒａｔｉｏｎｏｆｍｅｔａｂｏｌｉｃｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｏｎｓ［Ｊ］．ＢＭＣＢｉｏｉｎｆｏｒｍａ
ｔｉｃｓ，２００７，８：２１２．
［２０］　ＢａｒｕａＤ，ＫｉｍＪ，ＲｅｅｄＪＬ．Ａｎａｕｔｏｍａｔｅｄｐｈｅｎｏｔｙｐｅｄｒｉｖｅｎａｐ
ｐｒｏａｃｈ（ＧｅｎｅＦｏｒｃｅ）ｆｏｒｒｅｆｉｎｉｎｇｍｅｔａｂｏｌｉｃａｎｄｒｅｇｕｌａｔｏｒｙｍｏｄｅｌｓ
［Ｊ］．ＰｌｏＳＣｏｍｐｕｔＢｉｏｌ，２０１０，６（１０）：ｅ１０００９７０．
［２１］　ＬｕｎＤＳ，ＲｏｃｋｗｅｌＧ，ＧｕｉｄｏＮＪ，ｅｔａｌ．Ｌａｒｇｅｓｃａｌｅｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ
ｏｆｇｅｎｅｔｉｃｄｅｓｉｇｎｓｔｒａｔｅｇｉｅｓｕｓｉｎｇｌｏｃａｌｓｅａｒｃｈ［Ｊ］．ＭｏｌＳｙｓｔＢｉｏｌ，
２００９，５：２９６．
［２２］　ＫｕｍａｒＶＳ，ＭａｒａｎａｓＣＤ．ＧｒｏｗＭａｔｃｈ：ａｎａｕｔｏｍａｔｅｄｍｅｔｈｏｄｆｏｒ
ｒｅｃｏｎｃｉｌｉｎｇｉｎｓｉｌｉｃｏ／ｉｎｖｉｖｏｇｒｏｗｔｈｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎｓ［Ｊ］．ＰｌｏＳＣｏｍｐｕｔ
Ｂｉｏｌ，２００９，５（３）：ｅ１０００３０８．
［２３］　ＹｉｚｈａｋＫ，ＢｅｎｙａｍｉｎｉＴ，ＬｉｅｂｅｒｍｅｉｓｔｅｒＷ，ｅｔａｌ．Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｎｇｑｕａｎ
ｔｉｔａｔｉｖｅｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓａｎｄｍｅｔａｂｏｌｏｍｉｃｓｗｉｔｈａｇｅｎｏｍｅｓｃａｌｅｍｅｔａ
ｂｏｌｉｃｎｅｔｗｏｒｋｍｏｄｅｌ［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２０１０，２６（１２）：
ｉ２５５２６０．
［２４］　ＳｅｇｒｅＤ，ＶｉｔｋｕｐＤ，ＣｈｕｒｃｈＧＭ．Ａｎａｌｙｓｉｓｏｆｏｐｔｉｍａｌｉｔｙｉｎｎａｔｕｒａｌ
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