全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA 44(5): 449 ̄454(2014)
收稿日期: 2013 ̄09 ̄18ꎻ 修回日期: 2014 ̄04 ̄08
基金项目: 国家“973”项目(2013CB127705)ꎻ国家“863”子课题(2012AA101503)ꎻ陕西省科技统筹项目(2012KTCL02-10)ꎻ国家自然科学
基金项目(31071652)ꎻ高等学校学科创新引智计划(No. B07049)资助
通讯作者: 王保通ꎬ教授ꎬ主要从事小麦病害综合治理研究ꎻTel:029 ̄87092601ꎬE ̄mail: wangbt@nwsuaf.edu.cnꎻ
李 强ꎬ副研究员ꎬ主要从事小麦抗病遗传机制研究ꎻE ̄mail: qiangli@nwsuaf.edu.cn
第一作者: 郭 婧ꎬ女ꎬ河南省林州市人ꎬ硕士研究生ꎬ主要从事小麦条锈菌生理小种监测研究ꎻE ̄mail: guojing198844@163.comꎮ
doi:10.13926 / j.cnki.apps.2014.05.001
小麦条锈菌新菌系 V26的 SCAR检测标记
郭 婧ꎬ 李敏州ꎬ 夏 滔ꎬ 李高宝ꎬ 申雪雪ꎬ 樊 玉ꎬ 李 强∗ꎬ 王保通∗
(旱区作物逆境生物学国家重点实验室 /西北农林科技大学植物保护学院ꎬ杨凌 712100)
摘要:建立小麦条锈菌生理小种的快速分子检测技术体系对小麦条锈菌的监测和防治策略的制定具有重要价值ꎮ 条锈菌
V26是近年来出现的ꎬ对我国目前小麦抗病育种中普遍应用的抗条锈病基因 Yr26具有毒性的新菌系ꎮ 该菌系的出现ꎬ对我
国当前小麦生产、抗病育种都造成了严重威胁ꎮ 本研究选用 189条随机引物对 CYR29、CYR31、CYR32、CYR33、T4、Su11 ̄4
和 V26等 7个条锈菌生理小种(菌系)进行了扩增ꎬ筛选 V26的特异性 RAPD片段ꎬ并对其进行克隆和测序ꎮ 根据测序结
果ꎬ设计并合成 SCAR特异性引物ꎬ 将 V26的 RAPD标记转化为稳定的 SCAR标记ꎮ 使得对该菌系的快速检测成为可能ꎬ
同时也将会为条锈菌新小种的监测提供更为准确的科学依据ꎮ
关键词:小麦条锈菌ꎻ 新菌系 V26ꎻ RAPDꎻ SCARꎻ 分子标记
Race ̄specific SCAR marker for new strain V26 of Puccinia strifformis f. sp. tritici in
China GUO Jingꎬ LI Min ̄zhouꎬ XIA Taoꎬ LI Gao ̄baoꎬ SHEN Xue ̄xueꎬ FAN Yuꎬ LI Qiangꎬ WANG
Bao ̄tong(State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas / College of Plant Protectionꎬ Northwest A&F Universi ̄
tyꎬ Yangling 712100ꎬ China)
Abstract: Developing specific markers for detecting Pst new pathotype is very important to monitor and con ̄
trol wheat stripe rust. V26ꎬ a new Pst pathotype appears in recent yearsꎬ has virulence to stripe rust resistance
gene Yr26 which is widely used in wheat breeding programs in China. The emergence of V26 has posed a seri ̄
ous threat to wheat production and breeding in our country. To develop specific marker for detecting V26ꎬ ge ̄
nomic DNA of seven Pst races CYR29ꎬ CYR31ꎬ CYR32ꎬ CYR33ꎬ T4ꎬ Su11 ̄4 and V26 was amplified with
189 random primersꎬ and the special fragment of V26 was cloned and sequenced. According to the sequence
resultsꎬ SCAR primers were designed and amplified in these Pst races again. The specific SCAR marker of
V26 makes it possible for the rapid detection of V26 and will provide more accurate scientific basis for the mo ̄
nitoring of new Pst pathotypes.
Key words: Puccinia striiformis f. sp. triticiꎻ V26 new strainꎻ RAPDꎻ SCARꎻ molecular marker
中图分类号: S435.121.42 文献标识码: A 文章编号: 0412 ̄0914(2014)05 ̄0449 ̄06
小麦条锈病是我国小麦上的重要病害之一ꎬ在
我国小麦主产区如甘肃、四川、陕西、云南、贵州、青
海、湖北、河南等省份危害严重ꎬ特别是在大流行年
份造成巨大的产量和经济损失ꎮ 目前ꎬ防治小麦条
锈病的主要途径是以培育和利用抗病品种为主的
综合防治[1]ꎮ 然而ꎬ条锈菌生理小种的毒性变异、
新小种的产生和发展是导致小麦品种抗锈基因失
效从而丧失抗病性的主要因素[2]ꎮ 因此ꎬ开展对
植物病理学报 44卷
小麦条锈菌新的生理小种的检测及流行预报成为
防治小麦条锈病、指导小麦抗病品种选育和布局的
重要环节[3]ꎮ 从 1975 年开始ꎬ小麦条锈菌生理小
种的监测工作就在全国范围内进行ꎬ但由于小麦条
锈菌的寄生专化性高ꎬ 无法进行人工培养ꎬ而生理
小种的常规鉴定与监测方法繁杂、费工费时ꎬ准确
性也易受到鉴定条件的影响ꎮ 因此ꎬ 急需科研工
作者寻找到一种简便、快速、准确性高的新方法ꎮ
近年来ꎬ随着分子生物学技术的迅速发展ꎬ分
子标记技术已经广泛应用于病原菌分类及毒性变
异、致病性分化及演变、群体遗传学及遗传育种研
究中ꎬ为深入认识寄主和病原物相互作用的本质提
供了新的途径[4]ꎮ Shan等[5]分析了中国小麦条锈
菌 13个分离系的 RAPD 谱型ꎬ认为小种间及小种
内存在遗传变异ꎻCao等[6]对目前中国小麦条锈菌
的主要优势菌系进行了 RAPD 片段的规模筛选ꎬ
找到了条中 31号、条中 29号、条中 23号和水源类
型 4个流行生理小种的特异性 RAPD标记ꎬ表明通
过寻找小麦条锈菌生理小种的特异性 RAPD 片
段ꎬ能够建立起中国小麦条锈菌生理小种的分子检
测体系ꎻKang等[7]、Cao等[8]分别获得了小麦条锈
菌条中 29 号、条中 31 号生理小种的特异性条带ꎬ
并建立了 SCAR标记ꎻZhang等[9]也应用此方法建
立了小麦条锈菌条中 32号生理小种的分子检测体
系ꎮ
小麦条锈菌 V26 致病类型是 2009 年在四川
首次发现的对小麦抗条锈病基因 Yr26 具有毒性的
新菌系[10]ꎬ目前已扩展至全国 9 个省(区) [11]ꎬ并
有进一步扩大趋势ꎬ对小麦安全生产及抗病育种工
作造成较大威胁ꎬ因此ꎬ建立 V26 快速分子检测体
系就显得尤为必要ꎮ 本研究以当前一些主要小麦
条锈菌生理小种及致病类型为对照ꎬ利用 RAPD
技术筛选条锈菌新菌系 V26 的特异性 RAPD 片
段ꎬ并将其转化为稳定的 SCAR 标记ꎬ研究结果有
利于小麦条锈菌新菌系 V26的快速分子检测ꎮ
1 材料与方法
1.1 材料
供试菌系为小麦条锈菌新菌系 V26 及
CYR29、CYR31、CYR32、CYR33、Su11 ̄4 和 T4 的
单孢菌系[12]ꎬ由西北农林科技大学植物保护学院
太白小麦条锈病野外观测实验站提供ꎮ 各生理小
种(菌系)采用常规方法在鉴别寄主上进行鉴定确
认后ꎬ 在感病品种辉县红上繁殖ꎬ 收集新鲜夏孢
子备用ꎮ
1.2 小麦条锈菌基因组 DNA的提取
参考 Han[13]的方法做了适当改进:取 25 mg
条锈菌夏孢子放入 1.5 mL 的离心管中ꎬ在冰上用
电钻反复研磨至粉状ꎬ然后加入 800 μL 预冷的提
取缓冲液 ( 100 mmol / L Tris ̄HCl pH 8. 0ꎻ 150
mmol / L NaClꎬ100 mmol / L EDTA) 充分混匀ꎬ置
于 65℃水浴 1 hꎬ每隔 10 min 混匀 1 次ꎻ加入等体
积酚:氯仿:异戊醇= 25:24:1 的混合物和氯仿:异
戊醇= 24:1 的混合物抽提纯化ꎻ再加入 2 倍体积
的异丙醇混匀于-20℃沉淀 DNAꎻ最后用 75%乙
醇洗涤后干燥ꎬ加入适量 TE 溶液溶解ꎻ采用紫外
分光光度法测定 DNA提取的质量与浓度ꎮ
1.3 小麦条锈菌的 RAPD分析
用 10 bp的随机引物(上海生工生物工程有限
公司合成)对 7 个小麦条锈菌生理小种进行大量
扩增ꎬRAPD 的反应体系为 15 μL: 10 × reaction
buffer 1.5 μL、MgCl2(25 mmol / L)1.2 μL 、dNTPs
(10 mmol / L ) 0.3 μL、Taq DNA 聚合酶(5 μL / L
购自北京奥科鼎盛生物科技有限公司)0.08 μL、引
物 (10 ng / μL) 0.6 μL 、模板 DNA (50 ng / μL)
1 μL、ddH2O 10.32 μLꎮ 每次反应均设立无菌去
离子水为阴性对照ꎮ 扩增在 PCR 热循环仪(型号
为伯乐 S1000)上进行ꎬ扩增程序为:94℃ 5 minꎻ
94℃ 30 sꎬ35℃ 40 sꎬ72℃ 90 sꎬ44个循环ꎻ72℃ 10
minꎻ4℃终止ꎮ 扩增产物用 1.5%琼脂糖凝胶、1×
TAE电泳缓冲液电泳分离ꎬ以 ULTRA -URLET
PRODUCTS凝胶成像系统记录分析 RAPD谱型ꎮ
1.4 特异片段的回收、纯化、克隆和测序
在长波紫外光下切取各小种特异性条带ꎬ用
DNA纯化回收试剂盒(天根生化科技有限公司)
回收、纯化特异性片段ꎮ
采用 pGEM ̄T Easy 载体(天根生化科技有限
公司)进行特异性片段的克隆ꎬ具体反应体系为
10 μL:2×rapid ligation buffer 5 μLꎬ T4 DNA连接
酶 1 μLꎬ目的 DNA片段 3 μLꎬpGEM ̄T Easy 载体
1 μLꎬ4℃连接 12 hꎮ 以大肠杆菌 DH ̄5α 为宿主
菌ꎬ制备感受态ꎮ
054
5期 郭 婧ꎬ等:小麦条锈菌新菌系 V26的 SCAR检测标记
连接产物的转化及蓝、白斑筛选重组质粒参考
文献[14]方法进行ꎻ将连接产物转化大肠杆菌 DH ̄
5α感受态细胞中ꎬ 进行蓝、白斑筛选重组质粒ꎮ 用
无菌牙签挑选白色重组菌落ꎬ 用天根生化科技有限
公司的质粒提取试剂盒提取质粒ꎮ 反应体系为 20
μL: 10×buffer 2.0 μL、EcoR iv(10 U / μL)1.0 μL、
质粒 1.0 μg、100×BSA 0.20 μL、补水至 20 μLꎬ 37℃
酶切 2.5~ 3 hꎮ 用 10g / L 琼脂糖凝胶、1×TAE 电泳
缓冲液电泳分析酶切产物ꎻ酶切鉴定出目的 DNA片
段后ꎬ交上海生工生物工程有限公司测序ꎮ
1.5 SCAR 标记的转化、鉴定
根据测序结果ꎬ用 Primer Premier 5.0 引物设
计软件设计 PCR 特异性引物ꎬ由上海生工生物工
程公司合成ꎮ 优化确立相应引物对的最佳 PCR 反
应条件ꎬ用事先准备好的 7个小麦条锈菌菌系标样
进行验证ꎬ 并设立空白对照ꎬ 明确 SCAR 标记的
应用价值ꎮ
2 结果与分析
2.1 条锈菌特异性条带的筛选
本研究共筛选 RAPD 随机引物 189 条ꎬ 其中
引物 S1390(5′ ̄TGGTCGGGTG ̄3′)扩增得到条锈
菌新菌系 V26 的特异性条带ꎬ片段大小约为
1 200 bp(图 1)ꎮ 经多次 RAPD重复扩增表明ꎬ 该
条带扩增量大且稳定ꎬ 在供试的其他条锈菌中均
无此扩增产物ꎮ
2.2 条锈菌 V26特异性片段的克隆和序列分析
对条锈菌 V26用随机引物 S1390 扩增得到的
特异性条带进行回收ꎬ并克隆于载体 pGEM ̄Tꎬ酶
切鉴定出目的片段后ꎬ送交上海生工生物工程有限
公司测序ꎬ测序用载体通用引物 M13F(5′ ̄CGC ̄
CAGGGTTTTCCCAGTCACGAC ̄3′ )和M13R(5′ ̄
AGCGGATAACAATTTCACACAGGA ̄3′ )进行双
向测序ꎬ测序结果用 DNAMAN 软件整合ꎬ获得该
片段的全序列见图 2ꎮ
序列全长为 1 208 bpꎬ该序列经 NCBI 检索未
见较长同源序列ꎬ该序列已在 GeneBank 上登陆ꎬ
其登录号为 KC524506ꎮ
2.3 条锈菌 V26 SCAR标记的转化、鉴定
依据得到的特异性条带的序列ꎬ用 Primer
Premier 5.0引物设计软件设计 1对 20 bp / 20 bp的
PCR引物(命名为 V26SP)ꎬ其碱基序列为:
V26SP ̄1:5′ ̄CTGTAAAGCGGATAAAGGAA ̄3′
V26SP ̄2:5′ ̄CATAAGAGCCACACTTGACC ̄3′
对 V26SP ̄1与 V26SP ̄2引物组合的 PCR反应
条件进行了实验优化ꎬ用该引物进行 PCR 扩增:反
应体系为 15 μLꎬ分别在 PCR 管中依次加入:
10×reaction buffer 1.5 μL、5U / μL 的 Taq DNA 聚
合酶 0. 15 μL、 25 mmol / L 的 MgCl2 0. 9 μL、 10
mmol / L的 dNTPs 0.3 μL、10 ng / μL 的上游引物
和下游引物各 0.75 μL、50 ng / μL 的 DNA1.5 μLꎬ
最后用灭菌 ddH2O补齐至 15 μLꎮ 离心 10 s后ꎬ在
PCR热循环仪(型号为 S1000)上进行扩增ꎬ扩增程
序为:94℃ 5 minꎻ94℃ 1 minꎬ57℃ 1 minꎬ72℃ 90 sꎬ
共 34个循环ꎻ72℃延伸 10 minꎬ4℃终止ꎮ
利用上述优化反应体系对 7 个小麦条锈菌进
行 SCAR标记验证 ꎮ结果表明 ꎬ从接菌 7 d后开
Fig. 1 RAPD figure of the wheat strip rust ( the figure was amplified by S1390)
M : DL ̄2000 markerꎻ1 ̄8 : T4ꎬ Su11 ̄4ꎬ V26ꎬ CYR29ꎬ CYR31ꎬ CYR32ꎬ CYR33ꎬ ddH2O pattern of CK.
154
植物病理学报 44卷
始采集的条锈菌标样都可以扩增到条带ꎬ并且
V26SP ̄1 / V26SP ̄2引物可以扩增到小麦条锈菌新
菌系 V26的 SCAR 特异性条带ꎬ其他菌系及健康
叶片中均未扩增出条带ꎮ 由于从 7 d 后开始采集
到的标样都可以扩增出条带ꎬ且扩增效果一致ꎬ
图 3为最早一次扩增效果图ꎮ
Fig. 2 Sequence of polymorphic fragment amplified by RAPD primer S1390
Fig. 3 SCAR figure of the wheat strip rust
M: DL ̄600 markerꎻ 1 ̄8: Healthy pattern of CKꎬ V26ꎬ T4ꎬ Su11 ̄4ꎬ CYR29ꎬ CYR31ꎬ CYR32ꎬ CYR33.
254
5期 郭 婧ꎬ等:小麦条锈菌新菌系 V26的 SCAR检测标记
3 讨论
小麦条锈菌生理小种类型繁多ꎬ 变异大ꎬ 组
成复杂ꎬ 常多个生理小种并存ꎬ 混合发生[15]ꎮ 研
究表明[16]ꎬ 病菌小种类型的变异和数量变化是引
起小麦品种抗锈性减弱的主要因素ꎮ 小麦抗条锈
病基因 Yr26 在我国目前小麦抗病育种中应用普
遍ꎬ含有 Yr26血缘及其衍生系血缘的小麦品种在
我国小麦主产区已经有相当的种植面积ꎮ 对 Yr26
具有毒性的条锈菌新菌系 V26 的出现和发展ꎬ无
疑对我国目前小麦安全生产造成了巨大的潜在危
胁ꎮ 如果 V26 继续发展成为优势流行小种ꎬ极可
能引起我国大范围小麦品种的抗病性“丧失”ꎬ从
而导致新一轮条锈病大流行ꎮ 因此ꎬ加强对大面积
推广及后备小麦品种条锈菌新菌系 V26 的监测ꎬ
对指导小麦抗病育种以及品种合理布局均具有重
要意义ꎮ 多年来ꎬ 小麦条锈菌生理小种的监测一
直采用传统方法即利用鉴别寄主鉴定条锈菌生理
小种ꎬ虽然对条锈病预测、抗锈育种和指导大田防
治发挥了重要作用ꎮ 但是由于条锈菌的高度专化
性ꎬ必须在活体上进行生长和繁殖ꎬ因此监测工作
相对繁琐、费时和易受环境条件等限制ꎬ对大量标
样进行病原菌监测和快速鉴定ꎬ尤其是新小种类型
的监测造成很大的困难ꎮ 近年来ꎬ 科研工作者把
小麦条锈菌的常规监测方法和现代分子标记技术
有机地结合起来ꎬ改变了以往常规小麦条锈菌生理
小种鉴定工作的难度ꎬ大大缩短了条锈菌鉴定的时
间ꎬ并能全面了解病菌群体的遗传结构与动态变
化[17、18]ꎮ
本研究参考条中 29[7]、条中 31[8]、条中 32[9]
等生理小种分子检测体系的构建方法ꎬ选用 189 条
随机引物对小麦条锈菌新菌系 V26 及 6 个对照菌
系进行了 RAPD分析ꎮ 其中随机引物 S1390 扩增
得到了 V26的特异性条带ꎮ 但由于 RAPD技术极
不稳定ꎬ 因此在寻找小麦条锈菌不同生理小种的
特异性标记时ꎬ将不稳定的 RAPD 标记转化为更
加稳定的 SCAR 标记是十分有必要的ꎬ这不仅避
免了 RAPD技术对实验程序和条件变化敏感的缺
陷ꎬ而且能够对条锈菌 V26 进行准确的鉴定ꎬ该
SCAR标记的获得为我国小麦条锈菌新菌系 V26
的分子检测奠定了基础ꎮ 本研究结果同时表明ꎬ通
过扩大随机引物的筛选规模ꎬ有可能找到中国小麦
条锈菌主要生理小种的特异 RAPD 标记ꎬ并建立
主要生理小种的分子辅助检测体系ꎬ 结合小麦条
锈菌常规的小种鉴定ꎬ可及时、大规模地监测我国
小麦条锈菌群体的组成ꎬ从而为小麦品种合理布局
和抗病品种的选育及条锈病的控制提供科学依据ꎮ
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责任编辑:张宗英 曾晓葳
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