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Genome-wide identification and comparative analysis of defensin genes from Chinese cabbage and Arabidopsis thaliana

结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析



全 文 :植物病理学报
ACTA PHYTOPATHOLOGICA SINICA  43(4): 368 ̄375(2013)
收稿日期: 2012 ̄10 ̄20ꎻ 修回日期: 2013 ̄04 ̄15
基金项目: 浙江省公益性技术应用研究计划项目(2012C32011)ꎻ 台州市科技计划项目(121KY16)
第一作者: 蒋 明ꎬ 男ꎬ 浙江嵊州人ꎬ 博士ꎬ 副教授ꎬ 主要从事植物发育生物学及其分子调控研究ꎻ E ̄mail: jiangming1973@139. comꎮ
结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析
蒋 明1ꎬ 张志仙2ꎬ 钱宝英1ꎬ 李金枝1
( 1台州学院生命科学学院ꎬ 临海 317000ꎻ 2 台州市农业科学研究院ꎬ 临海 317000)
摘要:植物防御素是一类富含半胱氨酸的小分子蛋白ꎬ在抗病反应中起着重要作用ꎮ 本研究以结球白菜和拟南芥基因组序
列为材料ꎬ利用生物信息学手段进行基因鉴定、染色体定位和进化分析ꎮ 结果表明ꎬ结球白菜有 11 个防御素基因成员ꎬ数
量少于拟南芥(15 个)ꎬ基因组 DNA全长 183 ~ 637 bpꎬ开放阅读框全长 183 ~ 363 bpꎻ除结球白菜 Bra029208 序列外ꎬ其余
防御素基因均有 1 个内含子ꎻ基因定位结果表明ꎬ一些基因成簇分布ꎬ推测由串联重复所致ꎬ拟南芥的 3 号、结球白菜的 1、
4、5 和 10 号染色体均没有防御素基因的分布ꎻ进化分析结果表明ꎬ26 个防御素成员可分为三大类ꎬⅠ类有 10 条序列ꎬⅡ类
13 条ꎬⅢ类最少ꎬ仅 3 条ꎮ
关键词:结球白菜ꎻ 防御素基因ꎻ 序列分析ꎻ 染色体定位ꎻ 进化分析
Genome ̄wide identification and comparative analysis of defensin genes from Chi ̄
nese cabbage and Arabidopsis thaliana  JIANG Ming1ꎬ ZHANG Zhi ̄xian2ꎬ QIAN Bao ̄ying1ꎬ
LI Jin ̄zhi1   ( 1College of Life Scienceꎬ Taizhou Universityꎬ Linhai 317000ꎬ Chinaꎻ 2Taizhou Academy of Agricultural Re ̄
searchꎬ Linhai 317000ꎬ China)
Abstract: Plant defensins are low ̄molecular ̄weight cysteine ̄rich proteinsꎬ and play important roles in disease
resistance response. Defensin gene identificationꎬ chromosomal location and evolution analysis were performed
by bioinformatics methods taking genome sequences of Chinese cabbage and Arabidopsis thaliana as materials.
The results revealed 11 defensin gene members in Chinese cabbageꎬ less than those in A. thaliana (15) . The
full genomic DNA was 183 -637 bp in length with open reading frames varying from 183 -363 bp. All defen ̄
sin genes contained an intron except Bra029208 from Chinese cabbage. Chromosomal location results showed
few sets of genes clustered on chromosomesꎬ and this phenomenon was speculated to be caused by tandem re ̄
peat. Evolutionary analysis indicated that the 26 defensin members could be divided into 3 types. There were
10 and 13 members in type Ⅰ and type Ⅱ defensinꎬ respectively. Howeverꎬ only 3 members were found in
type Ⅲ defensin.
Key words: Chinese cabbageꎻ defensin geneꎻ sequence analysisꎻ chromosomal locationꎻ evolution analysis
中图分类号: S436. 3          文献标识码: A          文章编号: 0412 ̄0914(2013)04 ̄0368 ̄08
    植物受病原菌侵染ꎬ一系列防卫反应被激活ꎬ
类黄酮、酚类、萜类和生物碱类物质大量产生ꎬ以阻
碍或减缓病原菌在植物体内生长与繁殖[1ꎬ2]ꎮ 植
保素、木质素和防御素等都是防卫反应过程中诱导
或积累的重要抗病物质ꎬ它们在抗病反应中起着重
要的调控作用[3 ~ 5]ꎮ 植物防御素是一类富含半胱
氨酸的小分子碱性蛋白ꎬ保守区由 45 ̄54 个氨基酸
残基组成ꎬ它们的分子结构与昆虫、哺乳动物和真
菌的防御素相仿ꎬ大部分植物防御素具有抗菌活
性[6]ꎬ一些则与抗虫、耐重金属和抗冻等相关[7 ~ 9]ꎮ
将萝卜防御素基因 RsAFP2 导入烟草ꎬ提高了对赤
星病菌(Alternaria longipes)的抗性[10]ꎻ将二月兰
 
  4 期     蒋 明ꎬ等:结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析
防御素基因导入甘蓝型油菜(Brassica napus)ꎬ对
菌核病 ( Sclerotinia sclerotiorum)的抗性显著增
强[11]ꎻ利用花粉管通道法将兔防御素 NP ̄1 基因导
入小麦品种 G8901ꎬ增强了对白粉病、叶锈病和条
锈病的免疫力与抗性[12]ꎮ
近年来ꎬ在银杏(Ginkgo biloba)[13]、玉米(Zea
mays)[14]、蒺藜苜蓿(Medicago truncatula)[15]、山葵
(Wasabia japonica)[16]、药西瓜 (Colocynthis citrul ̄
lus)[17]、小麦 (Triticum aestivum)[9] 和油棕 (Elaeis
guineensis)[18]等植物中克隆到了防御素或类防御素
基因ꎮ 在十字花科植物二月兰(Orychophragmus vio ̄
laceus)、拟南芥 (Arabidopsis thaliana)、结球白菜
(B􀆰 rapa ssp. pekinensis)和萝卜(Raphanus sativus)中
也有此类基因克隆的报道[11ꎬ 19 ~21]ꎮ 结球白菜又名大
白菜ꎬ为十字花科(Cruciferae)芸薹属叶用蔬菜ꎬ原产
我国ꎬ由于营养丰富、风味独特ꎬ深受消费者的喜爱ꎬ
有“菜中之王”的美称ꎮ 结球白菜的基因组测序已经
顺利完成[22]ꎬ为基因克隆、进化分析和全基因组鉴定
奠定了基础ꎮ 本研究以结球白菜和拟南芥基因组数
据为材料ꎬ进行防御素基因的挖掘、鉴定和比较分析ꎬ
为基因克隆、表达分析和功能鉴定提供参考ꎮ
1  材料与方法
1. 1  材料
拟南芥防御素基因来自 TAIR 网站( http: / /
www. arabidopsis. org )ꎬ共 15 条 ( AT1G19610、
AT1G55010、 AT1G75830、 AT5G44420、 AT5G444 ̄
30、AT2G26010、AT2G26020、AT1G61070、AT5G ̄
63660、AT2G02100、AT2G02120、AT2G02130、AT ̄
2G02140、AT4G30070、AT5G38330)ꎬ结球白菜基
因组数据来自 BRAD 网站(http: / / brassicadb. org /
brad / index. php)ꎮ
1. 2  防御素基因的鉴定
以 15 条拟南芥防御素基因序列为参照ꎬ利用
BLAST工具在本地检索结球白菜基因组数据库
(P =0. 001)ꎬ手工剔除无完整开放阅读框(Open
reading frameꎬ ORF)的序列ꎮ 候选序列翻译成蛋
白质后ꎬ利用 SMART 在线工具(http: / / smart. em ̄
bl ̄heidelberg. de)检测结构域ꎬ并去除重复序列ꎮ
1. 3  防御素基因结构预测与染色体定位
GSDS(http: / / gsds. cbi. pku. edu. cn)是分析基
因结构的网站ꎬ将编码区序列和基因组序列粘贴到
相应的输入框中ꎬ获得拟南芥和结球白菜防御素基
因的内含子和外显子分布图ꎮ 根据结球白菜和拟南
芥染色体长度、基因位点等信息ꎬ利用软件 Map ̄
Chart 2. 2将防御素基因标注到相应的染色体上ꎮ
1. 4  系统发育树的构建
用 Clustal X 1. 81 对结球白菜和拟南芥的防御
素蛋白序列进行联配ꎬ比对时使用默认参数ꎮ 利用
MEGA 4. 0 生成系统发育树ꎬ采用邻接法(Neigh ̄
bor ̄joining method)自举检测 1 000 次ꎬ其他参数为
默认值ꎮ
2  结果与分析
2. 1  防御素基因的序列特征
经 tBLASTn检索、SMART在线工具鉴定结构
域和手工去除冗余序列ꎬ共得到 11 条结球白菜防
御素基因序列(Bra008225、Bra008226、Bra026615、
Bra029208、 Bra024110、 Bra024832、 Bra003740、
Bra015809、Bra015811、Bra016501 和 Bra017421)ꎬ
它们的基因组 DNA 全长 183 ~ 637 bpꎬORF 全长
183 ~ 363 bpꎮ 拟南芥共有 15 条防御素基因序列ꎬ
基因组 DNA 全长 326 ~ 942 bpꎬORF 全长 222 ~
390 bp(表 1)ꎮ 利用 GSDS 服务器分析结球白菜
和拟南芥防御素基因的结构ꎬ结果表明ꎬ除结球白
菜的 Bra029208 外ꎬ其余序列均具有 1 个内含子ꎬ
而 Bra029208 没有内含子(图 1)ꎮ
2. 2  防御素基因的染色体定位
根据染色体长度、基因位点等信息ꎬ利用 Map ̄
Chart软件将防御素基因定位到染色体上ꎮ 结果表
明ꎬ拟南芥的防御素基因分布在 1、2、3 和 5 号染色
体ꎬ其中 2 号染色体上最多ꎬ有 6 个ꎬ1 号和 5 号染
色体次之ꎬ均为 4 个ꎬ3 号染色体未检测到防御素
基因的分布ꎮ 有 3 组基因成簇分布(AT2G02100、
AT2G02120、AT2G02130 和 AT2G02140ꎻAT2G26010
和AT2026020ꎻAT5G44420和AT5G44430)(图2)ꎮ 结
球白菜的防御素基因分布在 2、3、6、7、8 和 9 号染色
体ꎬ2号染色体上最多ꎬ有 4 个ꎬ7 号染色体次之ꎬ为 3
个ꎬ3、6、8和 9号染色体均只有 1个ꎬ而其他染色体未
检测到防御素基因ꎬ有 2组基因成簇分布(Bra008226
和 Bra008 ̄225、Bra015811和 Bra015809)(图 3)ꎮ
963
 
植物病理学报 43 卷073
 
  4 期     蒋 明ꎬ等:结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析
Fig. 1  Gene structure of defensin genes from Chinese cabbage and Arabidopsis thaliana
The boxes indicate exonsꎬ and the lines show introns
Fig. 2  Chromosomal locations of defensin genes from Arabidopsis thaliana
Fig. 3  Chromosomal locations of defensin genes from Chinese cabbage
173
 
植物病理学报 43 卷
2. 3  防御素基因的进化分析
利用 Clustal X软件对拟南芥和结球白菜的防
御素蛋白序列进行多重比对ꎬ结果表明ꎬ26 条序列
的长度范围为 60 ̄129ꎬ存在 8 个保守的半胱氨酸残
基ꎬ分别位于 36、90、99、103、114、124、126 和 130
(图 4)ꎮ 利用 MEGA 软件生成进化树ꎬ26 个氨基
酸序列分成 3 大类ꎬ即 Defensin Ⅰ、Ⅱ和ⅢꎬⅠ类有
10 条序列ꎬⅡ类 13 条ꎬⅢ类最少ꎬ仅 3 条(图 5)ꎮ
每个大类可分为若干亚类ꎬⅠ类的 Bra017421、
AT2G02130 与 Bra024832、AT2G021120 与 AT2G02100、
Bra029208与AT5G02140聚为 3个亚类ꎬ而 Bra026615、
AT1G61070和AT2G02140处于不同分支ꎬ单独成一个
Fig. 4  Sequence comparison of defensin proteins from
Chinese cabbage and Arabidopsis thaliana
273
 
  4 期     蒋 明ꎬ等:结球白菜和拟南芥防御素基因的鉴定与比较分析
Fig. 5  Phylogenetic tree of defensins constructed with Neighbour ̄joining method
亚 类ꎮ Ⅱ 类 的 AT1G75830、 AT2G26010、
AT5G44430、AT5G44420 与 AT2G26020、AT1G19610
与 Bra016501、Bra003740与 Bra008226以及 Bra015809
与 Bra015811 聚为 4 个亚类ꎬ其他成员分别处于不
同分支ꎮ Ⅲ类仅 3 个成员ꎬ先是 Bra024110 与
AT4G30070 聚为一组ꎬ而后与 AT5G38330 聚为
一类ꎮ
3  讨论
植物防御素是一类小分子蛋白质ꎬ大部分具有
广谱抗菌活性ꎬ在防卫反应中起着重要作用[23]ꎮ
防御素的三维结构( three ̄dimensional structureꎬ3 ̄D
结构)由 1 个 α ̄螺旋和 3 个 β ̄折叠构成ꎬ8 个保守
的半胱氨酸由二硫键连接ꎬ形成稳定的 βαββ 结
构[24]ꎮ 尽管它们具有相似的化学构成和 3 ̄D 结
构ꎬ但它们的氨基酸组成和生物活性各异[25]ꎮ 近
年来ꎬ已从多种植物中克隆到了防御素基因:Shen
等[13]从银杏中克隆到 1 个防御素基因ꎬ该基因的
CDS全长为 243 bpꎬ编码 80 个氨基酸ꎬ该基因在
损伤或茉莉酮酸甲酯处理时上调表达ꎮ Balandin
等[14]从玉米中分离到 1 个防御素基因ꎬ该基因编
码 108 个氨基酸ꎬ基因产物在种子发育早期对种胚
起保护作用ꎮ 防御素基因在结球白菜中也有克隆
(BrD1)ꎬ该基因对应本文的 Bra015811ꎬ遗传转化
结果表明ꎬ转 BrD1 基因的水稻抗褐飞虱(Nilapar ̄
vata lugens)能力增强[20]ꎮ 本研究以拟南芥防御素
基因序列为参照ꎬ从结球白菜中鉴定出 11 条序列ꎬ
它们的编码氨基酸长度为 60 ̄129ꎬ不同类型的防御
素序列之间存在较大差异ꎮ 但是ꎬ它们均含 8 个保
守的半胱氨酸残基ꎬ这些基因在抗病反应中的功
能ꎬ尚待进一步研究ꎮ
基因家族成员来自同一祖先ꎬ在漫长的进化
过程中ꎬ通过复制事件形成的一组结构相似、功
能相仿的基因ꎬ基因复制是进化的动力之一[26] ꎮ
拟南芥和芸薹属植物的亲缘关系较近ꎬ尽管基因
组大小存在较大差异ꎬ但基因相似性达 87% [27] ꎮ
防御素广泛分布在植物和动物中ꎬ土曲霉(Aspergillus
terreus)中也发现了类似的蛋白结构ꎬ说明防御素
是一类古老的分子[28]ꎮ 根据氨基酸序列比对结
果ꎬHarrison等将植物防御素分为 2 类ꎬ分类结果
与生物活性具有相关性[29]ꎻDe Samblanx等则根据
抗菌活性把防御素分为 3 类[21]ꎮ 在本研究中ꎬ拟
南芥和结球白菜的防御素基因分属 3 种不同类型ꎬ
序列组成、数量等存在一定的差异ꎮ 另外ꎬ一些基
373
 
植物病理学报 43 卷
因成簇分布在染色体上ꎬ推测结球白菜祖先种与拟
南芥分化后ꎬ防御素基因发生了不同程度的复制和
丢失事件ꎮ
以拟南芥和结球白菜基因组为材料ꎬ利用生物
信息学手段鉴定了结球白菜的防御素基因ꎬ并将它
与拟南芥的防御素基因进行了比对和序列分析ꎬ为
基因克隆、表达、功能验证和转基因抗病材料的创
制奠定了基础ꎮ
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