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Phylogeny and function characterization of DREB transcription factors in Leymus chinensis

羊草DREB转录因子的系统发育和功能研究



全 文 :书羊草犇犚犈犅转录因子的系统发育和功能研究
马兴勇1,2,彭献军1,2,苏蔓1,2,张乐新1,2,周庆源1,
陈双燕1,程丽琴1,刘公社1
(1.中国科学院植物研究所资源植物研发重点实验室,北京100093;2.中国科学院研究生院,北京100049)
摘要:羊草是兼具经济价值和生态价值的重要牧草,具有耐寒、耐旱和耐盐碱的特点。在植物应对非生物胁迫的过
程中,DREB转录因子起到关键作用。然而,目前在GenBank的核酸数据库和EST数据库中羊草仅有2条DREB
序列,其中只有1个DREB基因的功能得到实验验证。本研究从羊草转录组测序数据中1次挖掘了26条DREB
EST。用羊草EST和拟南芥基因组中DREB基因的蛋白序列构建了系统发育树,犔犮犇犚犈犅21位于第4类群,是
DREB2类转录因子基因。通过RACE,获得了犔犮犇犚犈犅21编码区全长(Genbank登入号:JN860437)。荧光定量
PCR结果表明,其表达受干旱和高盐诱导。另外,通过酵母单杂交实验证明了犔犮犇犚犈犅21具有转录激活功能;通
过表达GFP融合蛋白证明其专一性定位在细胞核中。总之,犔犮犇犚犈犅21是一个具有转录激活功能和细胞核专一
定位能力的转录因子,可能在植物应对干旱和高盐胁迫的过程中起作用。本实验结果丰富了羊草抗逆基因数据
库,为植物改良提供了基因资源。
关键词:羊草;DREB;渗透胁迫;系统发育
中图分类号:S543+.903;Q943.2  文献标识码:A  文章编号:10045759(2012)06019008
  干旱、高盐和低温等非生物胁迫影响植物的生长发育,植物中相应发生一系列分子水平的变化来适应胁
迫[1]。转录因子调控逆境相关基因在特异时空内表达,是植物响应逆境的一个重要组成部分[2]。DREB(dehy
drationresponsiveelementbindingproteins)是植物中已知的与非生物胁迫相关的最重要的转录因子基因之
一[1]。DREB转录因子分为DREB1和DREB2两类,分别在植物响应低温胁迫和渗透胁迫的过程中起作用[3]。
DREB转录因子通过与启动子上的DRE/CRT元件结合,激活下游一系列与非生物胁迫相关基因的表达[1]。基
因芯片分析表明,两类DREB转录因子的下游基因有重叠的部分但并不完全相同[4]。DREB2类转录因子除了
响应渗透胁迫外,也响应高温胁迫。另外,有些DREB转录因子基因的表达受放牧[5]或创伤的诱导[6]。拟南芥
(犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)[3]、水稻(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪)[7]和玉米(犣犲犪犿犪狔狊)[8]等植物中克隆到的DREB转录因子,已被
证明可以用来提高植物的抗逆能力。许多研究者已经将该类基因转化到各种草坪草及牧草之中,并成功获得了
综合抗性增强的转基因植株[9]。
羊草(犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊)隶属禾本科(Gramineae)赖草属,在我国东北和内蒙古有广泛分布[10]。羊草兼具重
要的经济价值和生态价值,是一种非常重要的乡土草。羊草具有发达的根茎,可以通过根茎进行无性繁殖[11]。
羊草具有耐寒和耐盐碱的特点,对NaCl、Na2CO3 处理的最高耐受浓度可分别达到600和175mmol/L[12]。虽然
羊草具有很好的抗逆能力,但是关于其抗逆分子机理的研究较少。目前,羊草中仅有几丁质酶ClassⅡ、乙醛脱氢
酶、光系统Ⅱ外周蛋白和VATPase等少数基因被克隆[1317]。作者所在的实验室也成功地克隆并鉴定了羊草中
的1个DREB转录因子基因[5]。目前羊草的基因组信息相对较少,这限制了羊草抗逆分子机理的研究和相关基
因的克隆。通过构建cDNA文库并对部分cDNA克隆测序来获得ESTs,是获得基因组信息的有效方法[18]。Jin
等[19]构建了碱性环境胁迫下羊草叶和根的cDNA文库,并测序得到了1228条ESTs。王丽娟等[20]通过构建羊
草叶片cDNA文库并测序得到了285条ESTs。然而,通过这种方法获得的ESTs数量仍然是有限的。目前,
190-197
2012年12月
   草 业 学 报   
   ACTAPRATACULTURAESINICA   
第21卷 第6期
Vol.21,No.6
收稿日期:20111205;改回日期:20120312
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2007CB108905)和国家自然科学基金(31170316)资助。
作者简介:马兴勇(1984),男,河北南宫人,硕士。Email:xingyongma@126.com
通讯作者。Email:lqcheng@ibcas.ac.cn,liugs@ibcas.ac.cn
GenBank的核酸数据库(nucleotidedatabase)中仅有羊草序列72条,EST数据库(dbEST)中仅有羊草序列
1692条,2个数据库共有2条DREB序列。DREB转录因子属于ERF家族中的DREB亚家族,在拟南芥基因组
中该亚家族有57个成员。据此,羊草DREB亚家族基因序列尚有潜力可挖。作者所在实验室对羊草转录组进
行了高通量测序,获得了大量EST。本研究通过构建系统发育树,对EST数据中的DREB转录因子基因进行系
统挖掘,并选择其中的犔犮犇犚犈犅21基因进行功能验证。
1 材料与方法
1.1 材料
羊草和拟南芥,2010年种植于中国科学院植物研究所培养室,恒温23℃,16h光照,8h黑暗。
1.2 方法
1.2.1 高通量测序 羊草种植在塑料钵中,8周大的幼苗(4叶期)用于实验。幼苗经低温和干旱处理,取样,混
合后提取RNA。经反转录,建库,使用454GSFLX进行测序(测序工作由中国科学院国家基因研究中心完成)。
测序数据通过GoPipe进行GO(geneontology)分析,通过NCBI的blast进行核酸和蛋白的同源性分析,通过与
CDD数据库比对进行KOG(clustersofeukaryoticorthologousgroups)分析。
1.2.2 RACE 羊草幼苗经400mmol/LNaCl处理,提取总RNA,经反转录的cDNA第一链为模板。采用
Clontech公司的RACE试剂盒。犔犮犇犚犈犅21基因引物和UPM引物序列分别为:5′TGAAGTTATCCCTATT
GCTCCGCATGAC3′;5′CTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGT3′。
1.2.3 荧光定量PCR 对于盐胁迫,将羊草幼苗根部浸入400mmol/LNaCl溶液,干旱胁迫用20%PEG6000
模拟,ABA处理使用浓度为100μmol/L,低温处理将羊草苗放进4℃冰箱。4种处理后,分别在0,1,3,8,12和
24h时取材,提取RNA。经DNaseI消化的RNA反转录成cDNA,使用两步法进行荧光定量PCR。基因特异
引物:5′TAAACCCGTCATCGCCATCT3′,5′CCTGGAAGTATCCCAACCAAA3′;内参(actin)引物:5′CT
GTTCTTGGCAGTCTCCAGCTC3′,5′GTGCTTTCCCTCTATGCAAGTGGT3′。
1.2.4 酵母单杂交 犔犮犇犚犈犅21基因经SalI和PstI酶切后,连接到酵母表达载体pBridge的SalI和PstI酶
切位点间,得到重组载体pBridgeBD犔犮犇犚犈犅21。重组载体pBridgeBD犔犮犇犚犈犅21转化含有 His3和LacZ报
道基因的酵母AH109株系。用pBridge空载体转化酵母AH109株系作为负对照,用转有犅犇犔犮犇犚犈犅3犪的
AH109株系作为阳性对照。转化方法参照Clontech试剂盒的酵母转化方法。将上述3个转化酵母菌株在不含
His和Trp的SD培养基上进行划线培养。培养3d的酵母用于含有Xgal的Zbuffer显色。
1.2.5 拟南芥转化及筛选 利用pCAMBIA1302的犖犮狅I和犛狆犲I位点,构建了pCAMBIA130235S::犔犮犇犚犈犅21
GFP。将构建的载体转化农杆菌EHA105,用花序侵染法转化拟南芥[21]。使用含25mg/L潮霉素的 MS培养
基,筛选得到35S::犔犮犇犚犈犅21GFP阳性拟南芥株系。
1.2.6 荧光观察 取在筛选培养基上生长4d的35S::犔犮犇犚犈犅21GFPT1代阳性植株,压片,使用ZEISS
LSM510META激光共聚焦显微镜观察。
1.2.7 系统发育树构建 通过blast分析,筛选羊草转录组测序数据中的ERF家族基因,结合拟南芥ERF家族
基因的蛋白序列构建了邻接树(neighborjoiningtree)。参考已有的研究,鉴定了羊草DREB转录因子基因所在
的分支。利用羊草和拟南芥中DREB转录因子蛋白序列再次构建邻接树。序列比对使用 MUSCLE[22],比对后
的序列用BioEdit进行编辑[23]。使用 MEGA5构建邻接树,设置bootstrap重复次数为1000[24]。
2 结果与分析
2.1 羊草DREB转录因子的系统发育研究
通过Roche454测序技术,作者所在实验室对羊草转录组进行了测序。经过对测序数据分析,得到属于羊草
DREB转录因子亚家族的EST26条。采用邻接法,利用羊草EST和拟南芥基因组中的DREB亚家族基因的蛋
白序列,构建了系统发育树。参照已有的研究,将羊草DREB亚家族EST分为4个类群[25](图1)。羊草DREB
转录因子在4个类群有较均匀地分布,这说明DREB转录因子亚家族在羊草和拟南芥基因组中是保守的。同时
也表明,本测序数据覆盖度好,拼接准确。在构建的系统发育树中,DREB1/CBF类转录因子位于第3类群,
191第21卷第6期 草业学报2012年
DREB2类转录因子位于第4类群。DREB1/CBF类转录因子和DREB2类转录因子分别在植物耐低温和耐渗透
胁迫中起作用。目前,对位于第1类群基因功能的研究较少,第2类群基因的功能还不清楚。
在拟南芥中,犇犚犈犅2犃(犃狋5犵05410)基因受干旱和高盐胁迫诱导,过表达后可以提高拟南芥耐干旱和高盐胁
迫的能力[26]。在构建的系统发育树中,与At5g50410同源性最高的是犔犮犇犚犈犅21,它们都位于第4类群。通过
RACE得到了犔犮犇犚犈犅21的编码区全长,并对其功能进行了深入研究。
图1 羊草和拟南芥犇犚犈犅转录因子系统发育树
犉犻犵.1 犘犺狔犾狅犵犲狀犲狋犻犮狋狉犲犲狅犳犇犚犈犅狋狉犪狀狊犮狉犻狆狋犻狅狀犳犪犮狋狅狉狊犻狀犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊犈犛犜狊犪狀犱犃.狋犺犪犾犻犪狀犪犵犲狀狅犿犲
2.2 犔犮犇犚犈犅21编码区全长的获得
通过转录组测序,得到的犔犮犇犚犈犅21EST长度为486bp。通过NCBI中的blast分析,其与大麦(犎狅狉犱犲狌犿
狏狌犾犵犪狉犲)和小麦(犜狉犻狋犻犮狌犿犪犲狊狋犻狏狌犿)的DREB基因具有很高同源性,可能包括CDS3′末端。根据犔犮犇犚犈犅213′
端序列,设计了5′引物进行RACE,得到了900bp左右的特异性扩增片段(图2)。PCR产物回收并测序,得到的
5′序列与原序列拼接得到总长为949bp的序列。用DNAMAN软件对得到的序列进行ORF预测,并与大麦同
源基因比较,结果表明其具有完整的CDS(GenBank登入号为:JN860437)。犔犮犇犚犈犅21编码1个由278个氨基
酸残基组成的蛋白。利用NCBI的CDD数据库工具对其进行保守结构域预测,结果显示其第76~139位氨基酸
残基构成一个典型的AP2保守结构域。
2.3 犔犮犇犚犈犅21在胁迫条件下的表达模式
对羊草幼苗分别进行PEG、ABA、NaCl和低温处理,在0,1,3,8,12和24h等6个时间点分别取材,用于荧
光定量PCR分析(图3)。结果表明,犔犮犇犚犈犅21表达受PEG、ABA和NaCl的诱导,3种处理下,mRNA的积累
291 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.6
量分别在24,12和3h达到高峰。另外,犔犮犇犚犈犅21的表达基本不受低温诱导。
2.4 犔犮犇犚犈犅21的转录激活功能
一个转录因子起作用需要结合特定的启动子,并激活或抑制下游基因的表达。使用酵母单杂交系统,证明了
犔犮犇犚犈犅21具有激活功能。首先,将犔犮犇犚犈犅21克隆到pBridge载体上,并转化酵母AH109。得到的阳性酵母
菌株能够在不含 His和Trp的SD培养基上生长。而且,阳性菌株在划线培养后,经含有Xgal的Zbuffer显色
后变蓝。转犅犇犔犮犇犚犈犅3犪AH109株系作为阳性对照得到了类似结果[5]。而转有pBridge空载体的 AH109
作为阴性对照,不能在缺少His和Trp的SD培养基上生长。以上结果说明,犔犮犇犚犈犅21具有转录激活能力(图
4)。然而与对照相比,犔犮犇犚犈犅21的激活能力明显较弱。
图2 犔犮犇犚犈犅21的5′犚犃犆犈扩增结果
犉犻犵.2 犃犿狆犾犻犳犻犲犱狉犲狊狌犾狋狊狅犳犔犮犇犚犈犅21犫狔5′犚犃犆犈.
 1:犔犮犇犚犈犅215′RACE结果5′RACEof犔犮犇犚犈犅21gene;M:DL2000PlusDNAMarker.
图3 胁迫和犃犅犃处理下犔犮犇犚犈犅21的表达模式
犉犻犵.3 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀狆犪狋狋犲狉狀狊狅犳犔犮犇犚犈犅21犻狀狉犲狊狆狅狀狊犲狋狅狏犪狉犻狅狌狊狋狉犲犪狋犿犲狀狋狊
 a:20%PEG6000;b:100μmol/LABA;c:400mmol/LNaCl;d:低温Lowtemperature(4℃).
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2.5 犔犮犇犚犈犅21的亚细胞定位
通过潮霉素筛选,得到了T1代转35S::犔犮犇犚犈犅21GFP和35S::犌犉犘的拟南芥阳性苗。转基因拟南芥苗
经压片后,在激光共聚焦显微镜下观察。在转35S::犌犉犘的拟南芥中,绿色荧光在细胞质和细胞核中均有分布。
在转35S::犔犮犇犚犈犅21犌犉犘的拟南芥中,绿色荧光只分布在细胞核中。以上结果表明,犔犮犇犚犈犅21专一性定位
在细胞核中(图5)。
图4 酵母单杂交
犉犻犵.4 犗狀犲犺狔犫狉犻犱狊狔狊狋犲犿狅犳狔犲犪狊狋
 a:为在选择性培养基上划线培养3天的酵母Growthofyeastcelsonselectivemediumfor3d;b:酵母显色反应Theassayofreporteractivity.1:
转BD犔犮犇犚犈犅21的酵母菌株YeaststrainscarryingBD犔犮犇犚犈犅21;2:正对照Positivecontrol;3:负对照Negativecontrol.
图5 犔犮犇犚犈犅21亚细胞定位
犉犻犵.5 犛狌犫犮犲犾狌犾犪狉犾狅犮犪狋犻狅狀狅犳犔犮犇犚犈犅21
 A~C:转35S::犔犮犇犚犈犅21GFP的拟南芥犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊transformedwith35S::犔犮犇犚犈犅21GFP;D~F:转35S::GFP的拟南芥犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊
transformedwith35S::GFP。在激光共聚焦显微镜下,观察转基因的拟南芥幼苗。表达35S::犔犮犇犚犈犅21GFP的幼苗,绿色荧光只存在于细胞核
中;表达35S::GFP的幼苗,荧光在整个细胞中均有分布The犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊seedingswereobservedunderlaserconfocalmicroscopy.Celsexpressing
the犔犮犇犚犈犅21GFPfusiongeneshowedGFPfluorescenceonlyinthenucleus(AC),whilecelsexpressingGFPaloneshowedGFPfluorescence
throughouttheentirecel(DF).
491 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.6
3 讨论
对拟南芥和水稻基因组中DREB的系统发育研究表明,DREB转录因子亚家族的多数类群在2种植物中同
时存在,在进化上是保守的[25]。所以新测序物种DREB转录因子的分析,可以参照拟南芥和水稻中的研究,如在
小麦[27]和玉米[28]研究中的应用。本研究共得到26条DREB转录因子EST,参照拟南芥中DREB转录因子的系
统发育研究,将羊草DREB亚家族EST分为4个类群[25]。其中位于第一和第二类群的共有11条,在拟南芥和
水稻中,对 DREB亚家族这2个类群中基因的研究较少,它们的功能还不清楚[25]。DREB1类转录因子和
DREB2类转录因子分别位于第3和第4类群,犔犮犇犚犈犅21位于第四类群,属于 DREB2类转录因子。多数
DREB2类转录因子的表达受干旱和高盐胁迫诱导,如AtDREB2A、AtDREB2B和OsDREB2A等[3,7,29]。然而,
OsDREB2B和ZmDREB2A的表达响应干旱和高盐胁迫诱导的同时,也受低温胁迫的诱导[8,29]。与多数DREB
转录因子类似,犔犮犇犚犈犅21的表达受干旱和高盐胁迫的诱导,基本不受冷诱导。另外,犔犮犇犚犈犅21具有转录激活
功能和核定位能力。因此,犔犮犇犚犈犅21很可能在植物应对干旱和高盐胁迫的过程中起作用。
在拟南芥、水稻和玉米等植物中已克隆得到了多个DREB转录因子基因,然而牧草中的研究还比较少[9]。
基因组信息的匮乏,限制了羊草DREB转录因子基因的克隆和功能研究。本研究发掘的26条DREB转录因子
EST,丰富了羊草原来仅有2条DREB的核酸和EST数据库,为进一步研究DREB转录因子在植物耐低温和渗
透胁迫过程中的作用奠定了基础。另外,有些DREB转录因子的表达受刈割或创伤的诱导,如Peng等[5]报道了
犔犮犇犚犈犅3犪的表达受刈割的诱导,Hong和Kim[6]报道了犆犪犇犚犈犅犔犘1的表达受创伤的诱导。对犔犮犇犚犈犅21
在刈割下的表达进行了半定量PCR分析,发现其表达量没有明显变化(结果未列出)。因此,羊草DREB家族亚
家族基因中有的与创伤或刈割有关,有的未必有关,这方面的研究有助于理解羊草耐牧的分子机理。
基因工程在最近20年取得了迅猛发展,具有在分子水平上定向改造遗传性状的优势,在牧草新品种培育研
究中的应用也越来越广[30]。一些基因已被用于基因工程改良羊草,如 Wang等[31]通过组成型表达犜犪犔犈犃3基
因,提高了羊草的耐旱能力。与单个功能基因相比,通过转化DREB转录因子基因,可以激活下游一系列抗逆相
关基因的表达,从而能提高植物的综合抗性。因此,羊草DREB转录因子用于基因工程改良是非常好的选择。
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691 ACTAPRATACULTURAESINICA(2012) Vol.21,No.6
犘犺狔犾狅犵犲狀狔犪狀犱犳狌狀犮狋犻狅狀犮犺犪狉犪犮狋犲狉犻狕犪狋犻狅狀狅犳犇犚犈犅狋狉犪狀狊犮狉犻狆狋犻狅狀犳犪犮狋狅狉狊犻狀犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊
MAXingyong1,2,PENGXianjun1,2,SUMan1,2,ZHANGLexin1,2,ZHOUQingyuan1,
CHENShuangyan1,CHENGLiqin1,LIUGongshe1
(1.R&DLaboratoryofPlantResources,InstituteofBotany,ChineseAcademyofSciences,
Beijing100093,China;2.GraduateSchooloftheChineseAcademyof
Sciences,Beijing100049,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊isaneconomicalyandecologicalyimportantgrassthatistoleranttosalt,drought
andcoldstresses.DREBareimportanttranscriptionfactorsinplantstressresponses.However,therewere
onlytwogenesof犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊intheGenBanknucleotideandESTdatabasesandonlyoneofthemhadfurther
study.Theidentificationof26犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊DREBESTswerereportedfromanalysisoftranscriptomesequen
cingdata.Aphylogenetictreewasinferredfromproteinsequencesofthe26犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊DREBtranscription
factorscomparedwithal DREBtranscriptionfactorsinthe犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪genome.犔犮犇犚犈犅21be
longedtogroupIV,andwasamemberofDREB2s.RACE wasusedtoamplifythefullengthCDSof
犔犮犇犚犈犅21(GenBankaccessionnumber:JN860437).qRTPCRresultsconfirmedthat犔犮犇犚犈犅21wasin
ducedbydroughtandhighsalinitystresses.Transcriptionalactivationof犔犮犇犚犈犅21wasshownbyyeastone
hybridsystem,andnuclearlocalizationof犔犮犇犚犈犅21wasconfirmedbyexpressionofGFPfusion.Insumma
ry,犔犮犇犚犈犅21showednuclearspecificlocalizationandtransactivationactivity,andmayplayrolesinresponse
todroughtandhighsalinitystressesof犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊.Newmembershavebeenaddedtothefamilyofstressre
latedgenesin犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊,and犔犮犇犚犈犅21couldbeusedtoimprovestresstoleranceinplantsthroughgenetic
engineering.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊;DREB;osmoticstress;phylogeny
791第21卷第6期 草业学报2012年