全 文 :书羊草Δ1吡咯琳5羧酸合成酶(犔犮犘5犆犛1)
基因的克隆与分析
张乐新1,2,苏蔓1,马甜1,3,马兴勇1,闫学青1,2,
彭献军1,陈双燕1,程丽琴1,刘公社1
(1.中国科学院植物研究所资源植物研发重点实验室,北京100093;2.中国科学院研究生院,
北京100049;3.宁夏大学农学院,宁夏 银川750021)
摘要:羊草具有耐寒、耐盐和耐旱等特点,是一种兼具经济价值和生态价值的多年生重要牧草。脯氨酸是植物在渗
透胁迫下积累的主要渗透调节物质之一。Δ1吡咯啉5羧酸合成酶(P5CS)是脯氨酸的谷氨酸合成途径中的关键
酶。根据前期Solexa测序结果的数据,设计同源引物,从羊草中克隆了一个犘5犆犛基因,该基因cDNA序列全长
2197bp,推断其编码730个氨基酸,根据序列比对将其蛋白命名为LcP5CS1。同源性分析表明:犔犮犘5犆犛1与单子
叶植物短柄草犘5犆犛的同源性为95%,而与双子叶植物的犘5犆犛同源性较低。表达模式分析表明,在叶鞘、叶和茎
中,犔犮犘5犆犛1均有较高表达;在冷、ABA、盐和干旱胁迫下,该基因明显受胁迫诱导,并随胁迫时间的延长,其表达量
总体呈上调趋势。对羊草人工创伤处理后的Solexa测序差异表达数据分析表明:犔犮犘5犆犛1在处理2和6h后表达
量明显提高,推测羊草创伤处理后体内脯氨酸含量升高可能是其耐牧的一种适应性机制。
关键词:羊草;胁迫;P5CS;表达模式
中图分类号:S543+.903;Q943.2 文献标识码:A 文章编号:10045759(2013)04019708
犇犗犐:10.11686/cyxb20130424
低温、盐和干旱等是严重影响植物生长的逆境胁迫因子,是我国农作物产量和播种面积的主要限制因素。脯
氨酸(proline)是植物在逆境胁迫下积累的主要渗透胁迫物质之一,其在植物体内起调节细胞渗透压、保护蛋白质
分子、清除活性氧等作用,从而维持植物逆境条件下正常生长[1,2]。植物积累脯氨酸能力的高低,与植物抗逆性
的强弱有直接关系。
在植物体内,脯氨酸的合成主要有鸟氨酸/精氨酸和谷氨酸2个途径。逆境胁迫下谷氨酸途径是合成脯氨酸
的主要途径[3,4]。Δ1吡咯琳5羧酸合成酶(P5CS)是谷氨酸合成途径中的限速酶,它是一个双功能酶,具有谷氨
酸激酶和谷氨酶-γ-半醛脱氨酶活性,催化脯氨酸合成的前2步反应,同时它又可以被其产物脯氨酸反馈抑
制[4,5]。因此,犘5犆犛被认为是一个重要的抗逆相关基因。
羊草(犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊)隶属于禾本科赖草属,是欧亚大陆草原区东部和蒙古草原的建群种。作为我国北
方干旱、半干旱草原的乡土草种,在环境的选择压力下,形成了广泛的逆境适应能力。其抗寒冷、耐盐碱[6,7],但
不耐涝或严重干旱,培育高抗逆性羊草,无疑会带来巨大的经济效益和生态效益[8]。由于植物的抗旱、耐盐碱性
状是多基因控制的数量性状,给通过杂交育种提高作物的抗逆性带来很大困难,而通过基因工程来改良作物的抗
逆性却为全面提高作物抗性提供了可能。通过转基因增加植物犘5犆犛基因的表达量,从而提高植物积累脯氨酸
的能力,是培育综合抗逆境植物的一条有效途径[9]。目前,羊草犘5犆犛基因的克隆与功能研究还未见报道。本研
究利用二代454测序技术结果结合RT-PCR扩增法克隆了羊草犘5犆犛基因,并初步验证了其在植物体内和逆
境条件下的表达模式,以期探索其功能。
第22卷 第4期
Vol.22,No.4
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA
197-204
2013年8月
收稿日期:20120905;改回日期:20121019
基金项目:国家自然科学基金项目(31170316和30970291)资助。
作者简介:张乐新(1986),男,山东高密人,硕士。Email:zhanglexin123@163.com
通讯作者。Email:liugs@ibcas.ac.cn;lqcheng@ibcas.ac.cn
1 材料与方法
1.1 材料
羊草种子来源于本实验室保存,表达分析所用幼苗为所保存种子萌发。用于组织特异性分析的羊草种植于
中国科学院植物研究所羊草种质圃。
1.2 试剂
cDNASynthesisKit,pMD18Tvector,T4ligationkit购自Takara公司;Trizol总RNA提取试剂盒,质粒
DNA提取试剂盒购自百泰克公司。
1.3 方法
1.3.1 羊草LcP5CS1的cDNA片段克隆和分析 2010-2012年,本实验室为研究羊草耐牧机理,对羊草人工
创伤处理后的Solexa测序的差异表达数据结果进行分析发现:contig05946在处理2和6h后表达量分别上升了
1.64和2.02倍,对contig05946在NCBI中Blast比对结果显示:其与二穗短柄草(犅狉犪犮犺狔狆狅犱犻狌犿犱犻狊狋犪犮犺狔狅狀)
预测的犘5犆犛有90%的同源性,与本实验室所登录的甜高粱(犛狅狉犵犺狌犿犫犻犮狅犾狅狉)的犛犫犘5犆犛1有87%的同源性,推
测其为羊草的犘5犆犛1。根据已有的甜高粱犛犫犘5犆犛1的结果和前人的研究结果,犘5犆犛1基因是一个胁迫诱导基
因,故采用冷处理后的羊草幼苗,提取RNA进行下一步基因克隆试验。羊草植株以及羊草种子来源于本实验
室。用于组织特异性分析的羊草种植于中国科学院植物研究所羊草种质圃。
以冷处理12h的羊草幼苗为材料,提取总RNA,进行1.2%的琼脂糖凝胶电泳检测。
据本实验室测序结果,结合已公开的玉米(犣犲犪犿犪狔狊)、水稻(犗狉狔狕犪狊犪狋犻狏犪)、甜高粱的犘5犆犛1的cDNA序列
寻找保守区域,根据保守区域序列设计引物,具体的引物序列如下:
S15′GAATGGGCAGGGGTGGCAT3′;S25′CCTCATTGCAAAGGAAGATCC3′。
以提取羊草幼苗的总RNA为模板,用PrimeScript1stStrandcDNASynthesizedKit试剂盒(Takara公司)
并参照试剂盒说明书,反转合成第一链cDNA。以上述获得的第一链cDNA为模板,用S1和S2组成的引物对进
行PCR扩增,PCR反应体系为25μL,其中各组分如下:cDNA模板、S1与S2各1μL,10×Buffer2.5μL,dNTP
混合物(10mmol/L)2μL,Taq酶0.25μL,ddH2O12.25μL;反应条件为:94℃ 预变性5min;94℃30s,55℃30
s,72℃2.5min,共35个循环;最后72℃ 延伸10min。
反应结束后,对PCR扩增产物进行1.2%琼脂糖凝胶电泳检测,检测是否扩增到目的片段。回收并纯化
PCR产物按照说明书进行。连接反应按照PMD18T载体(Takara公司)试剂盒说明书进行。连接产物转化大
肠杆菌DH5α感受态细胞(北京全式金生物技术有限公司),筛选阳性克隆进行菌液PCR鉴定,提取阳性克隆的
质粒进行测序,对测序结果进行BLAST分析。
1.3.2 LcP5CS1生物信息学分析 用DNAMAN和 OMIGA软件对犔犮犘5犆犛1基因及其编码的蛋白进行序列
生物信息学分析,预测其氨基酸序列、分子量和等电点。用在线BLAST工具(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/
Blast.cgi)分析犔犮犘5犆犛1基因的结构域、同源性和系统进化树。
1.3.3 LcP5CS1组织特异性表达模式分析 在羊草的开花期进行取样,从同一株上分别提取叶、叶鞘、茎、穗、
根、根茎和根茎芽7个不同部位的材料提取总RNA之后,利用cDNASynthesisKit(Takara)试剂盒反转录合成
cDNA。根据羊草Actin基因序列设计内参引物;以Actin基因作为内标对不同组织的cDNA 模板进行半定量,
0.8%琼脂糖凝胶电泳并拍照。利用凝胶成像系统自带软件分析扩增产物的浓度,以调整模板量。多次重复,以
减小操作所引起的误差。
内参Actin引物:1:5′TGGACTCTGGTGATGGTGTGAG3′;2:5′GTGCTAAGGGAGGCAAGGATG3′。
犔犮犘5犆犛1引物:1:5′GTCGGCACCGCTATTGTC3′;2:5′GCCAAACTGTCGTTATCCC3′。
内参反应条件:94℃5min;94℃30s,55℃30s,72℃30s,26个循环。
犔犮犘5犆犛1反应条件:94℃10min;94℃30s,55℃30s,72℃90s,35个循环,每种材料重复3次。
1.3.4 LcP5CS1在不同胁迫条件下的表达模式分析 将羊草种子置4℃春化2d,将种子播种于装有蛭石的培
养皿中,置光照培养箱中。正常萌发之后,将幼苗转移到装有白蛭石的塑料盆内(10cm×10cm),于25℃/18℃
891 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
(昼/夜)温室下正常生长,光照16h,每盆9株。
将上述正常生长8周的羊草幼苗分别进行不同的胁迫处理:冷(4℃)、脱落酸ABA(100μmol/L)于处理的
0,1,3,8,12,24h取材;盐(250mmol/LNaCl)处理,于处理的0,1,2,4,8,12,24,48h取材;干旱(断水)处理,于
断水0,1,2,3,4,5,6d取材,分别提取以上处理材料的总RNA,利用cDNASynthesisKit(Takara)反转录合成
cDNA第一链,用于RT-PCR分析不同胁迫、不同时间的表达量。引物及反应条件同1.3.3。
1.3.5 LcP5CS1及谷氨酸合成途径酶(P5CDH、PDH)在创伤处理后的表达分析 正常生长8周的羊草幼苗,
将其叶片进行针刺创伤处理,处理后2,6,24h分别取材,迅速冻于液氮中,保存于-70℃,备用。提取以上处理
材料的总RNA,送去生物芯片上海国家工程研究中心进行Solexa测序。对创伤处理后不同材料脯氨酸代谢相
关基因:Δ1吡咯啉5羧酸合成酶(Δ1proline5carboxylatesynthase,P5CS)、脯氨酸脱氢酶(prolinedehydro
genase,PDH)和二氢吡咯啉5羧酸脱氢酶(P5Cdehydrogenase,P5CDH)表达进行分析。
2 结果与分析
2.1 羊草犔犮犘5犆犛1的cDNA片段克隆
所提取的RNA有2条明显的电泳条带(图1),从上到下依次为28SRNA和18SRNA,表明获得了纯度较
高、较完整的总RNA。
根据实验室高通量测序结果和已公开的P5CS残基序列的保守区域,设计引物扩增获得了长度约为2200
bp的目的片段,结果如图2所示。测序后进行 BLAST 分析,该片段长2197bp。将其编码基因命名为
犔犮犘5犆犛1。
图1 犚犖犃提取电泳
犉犻犵.1 犚犖犃犲犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊
图2 犘犆犚产物检测
犉犻犵.2 犃犵狉狅狊犲犵犲犾犲犾犲犮狋狉狅狆犺狅狉犲狊犻狊狅犳犘犆犚狆狉狅犱狌犮狋
2.2 LcP5CS1的生物信息学分析
2.2.1 犔犮犘5犆犛1基因的序列分析及其编码蛋白的结构功能预测 利用 DNAMAN 和 OMIGA 软件对
犔犮犘5犆犛1的全长cDNA序列进行生物信息学分析:该序列全长2197bp,自5′端第3位~第2195位为ORF,推
断其编码730个氨基酸,推测其分子量为78.887kDa,等电点为6.69。犔犮犘5犆犛1的结构示意图如图3所示。氨
基末端第21位~第295位氨基酸残基为AAK超家族的保守结构域,自氨基末端310位~710位为ALDHSF
超家族的保守结构域,自氨基末端第22位~第730位氨基酸残基为P5CS多重结构域序列。用在线BLAST工
具(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)分析LcP5CS1的结构域。结果表明:该蛋白属于P5CS多重结构
域,表明该蛋白是P5CS家族中的一员。
2.2.2 LcP5CS1同源基因的序列分析 将犔犮犘5犆犛1的氨基酸序列与水稻和拟南芥(犃狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪)的
P5CS比对。结果显示犔犮犘5犆犛1包含高等植物P5CS蛋白质具有6个主要功能域:ATP结合位点、2个亮氨酸结
构域、NAD(P)H结合域、谷氨酰基酶(GK)结构域和谷氨酸半醛(GSA)结构域(图4)。表明LcP5CS1可能在羊
草脯氨酸合成中起作用,除其中一个亮氨酸结构域,其他功能区均较为保守。
991第22卷第4期 草业学报2013年
图3 犔犮犘5犆犛1的保守结构域
犉犻犵.3 犘狌狋犪狋犻狏犲犮狅狀狊犲狉狏犲犱犱狅犿犪犻狀狊狅犳犔犮犘5犆犛1
图4 羊草犔犮犘5犆犛1的氨基酸序列与拟南芥和水稻犘5犆犛氨基酸序列比对
犉犻犵.4 犆狅犿狆犪狉犻狊狅狀狅犳狋犺犲犱犲犱狌犮犲犱犪犿犻狀狅犪犮犻犱狊犲狇狌犲狀犮犲狊狅犳犔犮犘5犆犛1狑犻狋犺犃.狉犪犫犻犱狅狆狊犻狊狋犺犪犾犻犪狀犪犪狀犱犗.狊犪狋犻狏犪
LcP5CS1:羊草犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊;AtP5CS1:拟南芥犃.狋犺犪犾犻犪狀犪;OsP5CS:水稻犗.狊犪狋犻狏犪.
002 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
2.2.3 LcP5CS1与P5CS类蛋白序列的同源性及系统进化树分析 利用在线BLAST工具对犔犮犘5犆犛1与植物
中其他已克隆的P5CS氨基酸序列进行同源性分析比对:表明犔犮犘5犆犛1与单子叶植物二穗短柄草P5CS的同源
性分别为95%;而与双子叶植物,例如拟南芥、甜瓜(犆狌犮狌犿犻狊犿犲犾狅)等的P5CS同源性相对较低。进化树分析
(图5)表明:P5CS类蛋白在进化过程中出现了较大差异,单子叶植物的P5CS聚为一类,双子叶植物的P5CS也
聚为一类。
图5 进化树分析
犉犻犵.5 犃狀犪犾狔狊犻狊狅犳犲狏狅犾狌狋犻狅狀犪狉狔狋狉犲犲
横线边数据表示可信度 Thevaluesmeancredibility.
2.3 犔犮犘5犆犛1的组织特异表达模式分析
分别提取羊草叶、叶鞘、茎、穗、根、根茎芽和根茎7个不同部位的 RNA 进行半定量 RT-PCR,分析
犔犮犘5犆犛1在羊草不同器官中的表达模式。结果(图6)表明,犔犮犘5犆犛1在羊草的各组织中均有表达,其中在叶、叶
鞘、茎3个部位表达较高,根茎、根芽茎中表达量次之,穗中表达较弱,在根中表达最弱。表明羊草正常生长情况
下,犔犮犘5犆犛1在羊草的各组织中组成型表达,在地上部器官中表达量较高,但在地下部特别是根中表达量较低。
2.4 犔犮犘5犆犛1在逆境胁迫下的表达模式分析
分别提取冷、ABA、盐和干旱胁迫处理羊草材料的RNA进行RT-PCR。分析了不同处理时间下犔犮犘5犆犛1
的表达情况。结果(图7)显示,犔犮犘5犆犛1的表达量随处理时间的延长呈现逐渐增加的趋势,未经处理的幼苗,
犔犮犘5犆犛1表达量均较弱。以上结果表明,犔犮犘5犆犛1的表达受冷、ABA、盐和干旱胁迫的诱导。
102第22卷第4期 草业学报2013年
图6 犔犮犘5犆犛1的组织特异性表达分析
犉犻犵.6 犜犺犲狅狉犵犪狀狊狆犲犮犻犳犻犮犲狓狆狉犲狊狊犻狅狀狆犪狋狋犲狉狀狅犳犔犮犘5犆犛1
图7 不同非生物胁迫处理下羊草犔犮犘5犆犛1的表达
犉犻犵.7 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀犾犲狏犲犾狊狅犳犔犮犘5犆犛1犻狀犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊犪狋犱犻犳犳犲狉犲狀狋狋犻犿犲犪犳狋犲狉犪犫犻狅狋犻犮狊狋狉犲狊狊
(a):4℃;(b):ABA;(c):NaCl;(d):干旱Drought.
2.5 犔犮犘5犆犛1及谷氨酸合成途径酶(P5CDH、PDH)
在创伤处理后的表达分析
对创伤处理后羊草不同时间点材料进行Solexa
测序分析基因差异表达情况,根据差异表达数据结果,
分析了与脯氨酸代谢相关基因在创伤处理后的表达量
变化情况。P5CS催化谷氨酸磷酸化及合成谷氨酸γ
半醛还原,P5CS催化的头两步反应是谷氨酸合成途
径的限速步骤。脯氨酸的降解发生在线粒体中,是脯
氨酸合成的相反步骤,由脯氨酸脱氢酶(prolinedehy
drogenase,PDH)和 二 氢 吡 咯 啉5羧 酸 脱 氢 酶
(P5Cdehydrogenase,P5CDH)催化。
本实验结果显示,P5CS和P5CDH在创伤处理后
2和6h都有不同倍数的上调,而降解途径的PDH则
表现出下调的表达(表1)。
表1 创伤后谷氨酸合成途径中酶的表达变化
犜犪犫犾犲1 犈狓狆狉犲狊狊犻狅狀犮犺犪狀犵犲狊狅犳犲狀狕狔犿犲狊犻狀
犵犾狌狋犪犿犪狋犲狆犪狋犺狑犪狔犪犳狋犲狉狑狅狌狀犱犻狀犵
Unigenes及注释
Unigenesand
annotation
变化倍数(log2ratio)
Foldchange(log2ratio)
2h 6h 24h
contig05946P5CS 1.643117 2.0165175 -1.182344
contig06481P5CDH 2.085505 2.3333746 -
contig06482P5CDH - 1.2402652 -0.922414
contig06484P5CDH - 1.6187768 -
contig23472PDH -0.654736 -0.696373 -1.021372
3 讨论
犘5犆犛已被证实在许多植物中均存在2个同源基因,分别为犘5犆犛1和犘5犆犛2[1015]。在拟南芥敲除犘5犆犛1
突变体中,胁迫诱导的脯氨酸合成减少,对盐胁迫更敏感,且积累了活性氧物质。而犘5犆犛2突变体则在种子发育
后期引起败育。拟南芥P5CS酶表现出非冗余的功能,犘5犆犛1不足以补偿犘5犆犛2失活引起的缺陷[12]。水稻胁
迫诱导基因犗狊犘5犆犛2在水稻抗盐和抗低温耐受中是必需的[13]。Mattioli等[15]的研究还表明犘5犆犛1与犘5犆犛2
在拟南芥花器官转换过程中功能重合。但在胚胎发育过程中功能不同,犃狋犘5犆犛2在胚胎形成和细胞分裂的脯氨
酸中有特殊作用。在羊草中可能也存在2个不同的犘5犆犛基因,在本试验中已经证明犔犮犘5犆犛1是一个胁迫诱导
基因,在羊草对低温、ABA、盐和干旱胁迫的响应中有明显的诱导表达,而犔犮犘5犆犛2的功能还有待于进一步研究
202 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4
验证。
过表达犘5犆犛1基因能提高作物的抗逆能力。陈吉宝等[16]证明在拟南芥中的超表达普通菜豆(犘犺犪狊犲狅犾狌狊
狏狌犾犵犪狉犻狊)犘狏犘5犆犛1基因改善了转基因植株的抗旱性和耐盐性。已有研究证明在土豆(犛狅犾犪狀狌犿狋狌犫犲狉狅狊狌犿)[17]、
水稻[18,19]和小麦[20]中过表达犘5犆犛基因,提高了转基因植株的脯氨酸含量和植株抗逆性。转豇豆(犞犻犵狀犪狌狀
犵狌犻犮狌犾犪狋犪)犘5犆犛基因的萝卜(犇犪狌犮狌狊犮犪狉狅狋犪)也表现出对盐害抗性的提高[21]。羊草抗寒、耐盐碱,抗逆性能优
良,其犔犮犘5犆犛1的克隆与功能分析为利用基因工程改良农作物奠定了基础。
在羊草创伤处理后,P5CS和P5CDH都呈现出上调表达的趋势,PDH则表现出下调的表达趋势。说明创伤
胁迫下,在胞质中P5C的积累增加,脯氨酸的降解减慢,而线粒体内的P5C降解速度加快,位于线粒体内的谷氨
酸增加。说明在创伤处理后,植物体增加脯氨酸的含量是植物对抗外界伤害的一种形式。羊草创伤处理后体内
脯氨酸含量升高可能是其耐牧的一种适应性机制。
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犆犾狅狀犻狀犵犪狀犱犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳狋犺犲Δ1狆狔狉狉狅犾犻狀犲5犮犪狉犫狅狓狔犾犪狋犲狊狔狀狋犺犲狋犪狊犲(犔犮犘5犆犛1)犳狉狅犿犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊
ZHANGLexin1,2,SUMan1,MATian1,3,MAXingyong1,YANXueqing1,2,
PENGXianjun1,CHENShuangyan1,CHENGLiqin1,LIUGongshe1
(1.KeyLaboratoryofPlantResources,InstituteofBotany,ChineseAcademyofSciences,
Beijing100093,China;2.GraduateUniversityofChineseAcademyofSciences,Beijing
100049,China;3.AgriculturalColege,NingxiaUniversity,Yinchuan750021,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊istoleranttohighsalinity,droughtandcoldstresses.Itisanimportantperennial
plantwitheconomicandecologicalvalue.Prolineisoneofthemainregulatorsinmanyplantsunderosmotic
stresses.Δ1pyrroline5carboxylatesynthetase(P5CS)isakeyregulatoryenzymethatplaysacrucialrolein
prolinebiosynthesisbytheglutamatepathway.Basedonanalysisofsolexasequencingdata,a犘5犆犛genefrom
犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊wasclonedbyRT-PCRusinghomologousprimers.ThecDNAsequencewas2197bpinlength
andputativelytranslatedto730aminoacids.Basedonthesequencealignmentresults,theproteinwasnamed
LcP5CS1.Thehomologybetween犔犮犘5犆犛1andBd犘5犆犛1was95%,but犔犮犘5犆犛1hadlowhomologywith
P5CSfromdicotyledons.Analysisexpressionprofilesof犔犮犘5犆犛1revealedthat犔犮犘5犆犛1washighlyexpressed
inleafsheaths,stemsandleaves.Incoldconditions,ABA,saltanddroughtstress,itwassignificantlyin
ducedwithtime,andtheexpressionlevelsof犔犮犘5犆犛1wereupregulated.TheresultsofSolexasequencingfor
wounded犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊showedthat犔犮犘5犆犛1wasupregulated,andtheincreasedprolinein犔.犮犺犻狀犲狀狊犻狊may
contributetoitsstresstolerance.
犓犲狔狑狅狉犱狊:犔犲狔犿狌狊犮犺犻狀犲狀狊犻狊;stress;P5CS;expressionprofiles
402 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.4