全 文 ：书广 西 植 物 Ｇｕｉｈａｉａ　３２（５）：６１７－６２３　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 　 ２０１２年 ９ 月 　
ＤＯＩ：１０．３９６９／ｊ．ｉｓｓｎ．１０００－３１４２．２０１２．０５．０１１
横断山区高山绣线菊的谱系地理学研究
张发起１，２，高庆波１，段义忠１，张得钧１，陈世龙１＊
（１．中国科学院 高原生物适应与进化重点实验室，中国科学院 西北高原生物研究所，
青海 西宁８１０００１；２．中国科学院 研究生院，北京１０００３９）
摘　要：横断山区作为青藏高原东南部主要的一个冰期避难所，第四纪冰期气候的变化对该地区的植物地理
分布和居群遗传结构都产生了重要的影响。为了揭示该地区物种分布的分子系统地理学结构，选取在该地区
广泛分布的一种高山灌木－高山绣线菊的叶绿体ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ序列进行研究。采集了１５个居群１８２个个体进
行测序，共发现７个单倍型。总的遗传多样性较高（ＨＴ＝０．８０９），但居群内遗传多样性较低（ＨＳ＝０．２３６）。分
子变异分析（ＡＭＯＶＡ）结果表明分布区内高山绣线菊的遗传变异主要存在于居群间（８４．４８％），且居群间的
遗传分化很高（ＧＳＴ＝０．７０８，ＦＳＴ＝０．８４４７６，ＮＳＴ＝０．８６３），有着显著的谱系地理学结构（ＮＳＴ＞ＧＳＴ，Ｐ＜０．０１）和
较低的居群间平均基因流（Ｎｍ＝０．０９）。单倍型的系统进化树和进化分支网络分析得到了相似的拓扑结构，７
种单倍型都按照地理分布聚为三支：横断山区西部、横断山区东部以及两者的交接地带。本研究推测该物种
在横断山区存在多个冰期避难所，而没有表现出大规模的种群集体扩张和迁移的现象。青藏高原隆升、第四
纪气候的反复波动以及横断山区特殊的地理环境使得原来连续的居群片段化，并发生范围扩张，从而塑造了
高山绣线菊的现代生物地理分布格局。
关键词：高山绣线菊；谱系地理学；叶绿体ＤＮＡ；ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ；横断山区
中图分类号：Ｑ１６，Ｑ９４８　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１０００－３１４２（２０１２）０５－０６１７－０７
＊ Ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙｏｆ　Ｓｐｉｒａｅａ　ａｌｐｉｎａ（Ｒｏｓａｃｅａｅ）
ｉｎ　Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ
ＺＨＡＮＧ　Ｆａ－Ｑｉ　１，２，ＧＡＯ　Ｑｉｎｇ－Ｂｏ１，ＤＵＡＮ　Ｙｉ－Ｚｈｏｎｇ１，
ＺＨＡＮＧ　Ｄｅ－Ｊｕｎ１，ＣＨＥＮ　Ｓｈｉ－Ｌｏｎｇ１＊
（１．Ｋｅｙ　Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ　ｏｆ　Ａｄａｐｔａｔｉｏｎ　ａｎｄ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｐｌａｔｅａｕ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｎｏｒｔｈｗｅｓｔ　Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｐｌａｔｅａｕ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｃｈｉｎｅｓｅ　Ａｃａｄｅｍｙ
ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｘｉｎｉｎｇ　８１０００１，Ｃｈｉｎａ；２．Ｇｒａｄｕａｔｅ　Ｓｃｈｏｏｌ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｃｈｉｎｅｓｅ　Ａｃａｄｅｍｙ　ｏｆ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｂｅｉｊｉｎｇ　１０００３９，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：Ｔｈｅ　Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ　ａｎｄ　ａｄｊａｃｅｎｔ　ｒｅｇｉｏｎｓ　ｈａｖｅ　ｂｅｅｎ　ｓｕｇｇｅｓｔｅｄ　ａｓ　ｔｈｅ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｒｅｆｕｇｉａ　ｌｏｃａｔｅｄ　ｉｎ　ｔｈｅ
ｓｏｕｔｈｅａｓｔ　ｏｆ　Ｑｉｎｇｈａｉ－Ｔｉｂｅｔ　Ｐｌａｔｅａｕ．Ｃｌｉｍａｔｅ　ｃｈａｎｇｅ　ｉｎ　ｔｈｅ　Ｑｕａｔｅｒｎａｒｙ　Ｇｌａｃｉａｌ　Ｐｅｒｉｏｄ　ｈａｓ　ａｎ　ｉｍｐｏｒｔａｎｔ　ｅｆｆｅｃｔ　ｏｎ　ｓｐａ－
ｔｉａｌ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｏｆ　ｐｌａｎｔ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ　ｔｈｅｒｅ．Ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ，ｔｈｅ　ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｖａｒ－
ｉａｔｉｏｎ　ｏｆ　ａ　ｐｅｒｅｎｎｉａｌ　ｓｈｒｕｂｂｙ　ｓｐｅｃｉｅｓ　ｗｅｒｅ　ｅｘａｍｉｎｅｄ．Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｄａｔａ　ｗｅｒｅ　ｏｂｔａｉｎｅｄ　ｆｒｏｍ　１８２ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ　ｏｆ　１５ｇｒｏｕｐｓ
ｃｏｖｅｒｉｎｇ　ｔｈｅ　Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ．Ａｎｄ　７ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｗｅｒｅ　ｄｅｔｅｃｔｅｄ．Ｔｈｅ　ｔｏｔａｌ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＨＴ＝０．８０９）ｗａｓ　ｈｉｇｈ
ｗｈｉｌｅ　ｔｈｅ　ｗｉｔｈｉｎ－ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ（ＨＳ＝０．２３６）ｗａｓ　ｌｏｗ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｖａｒｉａｔｉｏｎ　ａｎａｌｙｓｉｓ（ＡＭＯＶＡ）ｒｅｓｕｌｔｓ　ｒｅｖｅａｌｅｄ
ａ　ｈｉｇｈ　ｌｅｖｅｌ　ｏｆ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ（８４．４８％）ａｍｏｎｇ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅ　ｅｓｔｉｍａｔｅｓ　ｏｆ　ｉｎｔｅｒｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ
ｗｅｒｅ　ｖｅｒｙ　ｈｉｇｈ（ＧＳＴ＝０．７０８，ＦＳＴ＝０．８４４７６，ＮＳＴ＝０．８６３）．Ｆｕｒｔｈｅｒ，ｔｈｅ　ｈｉｇｈｅｒ　ＮＳＴｔｈａｎ　ＧＳＴｓｕｇｇｅｓｔｅｄ　ａ　ｄｉｓｔｉｎｃｔｌｙ
ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｉｃａｌ　ｐａｔｔｅｒｎ　ｗｈｅｒｅａｓ　ｔｈｅ　ｖａｌｕｅ　ｏｆ　ａｖｅｒａｇｅ　ｇｅｎｅ　ｆｌｏｗ（Ｎｍ＝０．０９）ｗａｓ　ｌｏｗ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ　ｏｆ
＊ 收稿日期：２０１２－０３－１８　　修回日期：２０１２－０５－１４
基金项目：国家自然科学基金（３０９７０２０４）［Ｓｕｐｐｏｒｔｅｄ　ｂｙ　ｔｈｅ　Ｎａｔｉｏｎａｌ　Ｎａｔｕｒａｌ　Ｓｃｉｅｎｃｅ　Ｆｏｕｎｄａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｃｈｉｎａ（３０９７０２０４）］
作者简介：张发起（１９８３－），男，山东泰安人，博士研究生，主要研究方向为植物分子遗传多样性，（Ｅ－ｍａｉｌ）ｚｈａｎｇｆａｑｉ２０１０＠１２６．ｃｏｍ。
＊通讯作者：陈世龙，博士，研究员，主要研究方向为高山植物的进化与适应，（Ｅ－ｍａｉｌ）ｓｌｃｈｅｎ＠ｎｗｉｐｂ．ａｃｓ．ｃｎ。
ｔｈｅ　７ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｈａｄ　ｓｉｍｉｌａｒ　ｔｏｐｏｌｏｇｙ　ｗｉｔｈ　Ｍａｘｉｍｕｍ　ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ（ＭＬ）ｔｒｅｅ　ａｎａｌｙｓｅｓ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ａｎａｌｙｓｅｓ　ｏｆ
ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｉｎｄｅｎｔｉｆｉｅｄ　３ｍａｊｏｒ　ｃｌｕｓｔｅｒｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｒｅｃｏｖｅｒｅｄ　ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ：ｅａｓｔ，ｗｅｓｔ　ａｎｄ　ｔｈｅ　ｔｈｉｒｄ　ｏｎｅ　ｉｎ　ｂｅｔｗｅｅｎ　ｔｈｅ　ｆｉｒｓｔ
ｔｗｏ．Ｏｕｒ　ｒｅｓｕｌｔｓ　ｉｎｄｉｃａｔｅｄ　ｔｈａｔ　ｔｈｅｒｅ　ｗｅｒｅ　ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ｒｅｆｕｇｉａ　ｆｏｒ　ｔｈｉｓ　ｓｐｅｃｉｅｓ　ｄｕｒｉｎｇ　ｔｈｅ　ｇｌａｃｉｃａｌ　ｓｔａｇｅｓ．Ｗｅ　ｆａｉｌｅｄ　ｔｏ　ｄｅ－
ｔｅｃｔ　ｔｈｅ　ｌａｒｇｅ－ｓｃａｌｅ　ｉｎｔｅｒｇｌａｃｉａｌ　ｏｒ　ｐｏｓｔｇｌａｃｉａｌ　ｒａｎｇｅ　ｅｘｐａｎｓｉｏｎ　ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｐｅｃｉｅｓ．Ｔｈｅ　ｓｐｅｃｉａｌ　ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｉｃ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｏｆ
Ｓ．ａｌｐｉｎａ　ｍａｙ　ｈａｖｅ　ｒｅｓｕｌｔｅｄ　ｆｒｏｍ　ａ　ｃｏｍｂｉｎａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｕｐｌｉｆｔ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｑｉｎｇｈａｉ－Ｔｉｂｅｔ　Ｐｌａｔｅａｕ，Ｑｕａｔｅｒｎａｒｙ　ｃｌｉｍａｔｉｃ　ｏｓｃｉｌａ－
ｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｃｏｍｐｌｅｘ　ｔｏｐｏｌｏｇｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ．
Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：ｐｉｒａｅａ　ａｌｐｉｎａ；ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ；ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ＤＮＡ；ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ；Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ
　　青藏高原是全世界最高最大的高原，海拔高度
平均在４　０００ｍ以上，被喻为“世界屋脊”、“地球第
三极”，其自然环境和生态系统在全球占有特殊地
位，是全球气候与环境变化最为强烈的地区（李文华
等，１９９８）。横断山区位于青藏高原的东南部，通常
为四川、云南两省及西藏自治区东部一系列南北走
向山脉的总称，其山岭海拔２　０００～６　０００ｍ（施雅风
等，１９９８）。该地区是我国东部太平洋区与西部古地
中海区间的交接过渡地带，地质结构最为复杂（潘裕
生，１９８９），多数地区存在纵向平行的山脉及被其分
割而成的河谷，从而形成了强烈的片段化生境。该
地区是全球公认的２５个生物多样性的热点地区中
的一个，包含了很多当地特有种（Ｍｙｅｒｓ等，２０００）。
青藏高原的隆升伴随着强烈的第四纪冰川发育过
程，尽管青藏高原地区的山地冰川（ｚｈｅｎｇ　＆ Ｒｕｔ－
ｔｅｒ，１９９８）不像欧洲、北极或者北美那样发生大规模
的冰盖，但气候的反复波动及高原隆升使得该地区
发生了多次植被类型的转换（唐领余等，１９９６），形成
了年轻的植物区系，并分化出许多适应于高原独特
环境的特有种和分化程度不是很高的特有属，如毛
茛科（Ｒａｎｕｎｃｕｌａｃｅａｅ）的翠雀属（Ｄｅｌｐｈｉｎｉｕｍ）、乌头
属（Ａｃｏｎｉｔｕｍ），龙胆科（Ｇｅｎｔｉａｎａｃｅａｅ）的龙胆属（Ｇｅｎ－
ｔｉａｎａ）和獐芽菜属（Ｓｗｅｒｔｉａ）等。吴征镒（１９８７）提出，
青藏高原东南部的横断山区是第四纪冰期高原核心
层面地区甚至北温带植物的避难所，冰期后成为现代
北温带植物的重要起源地和辐射地之一。
叶绿体ＤＮＡ（ｃｐＤＮＡ）是高等植物细胞核外的
另一类遗传系统。ｃｐＤＮＡ在绝大多数被子植物中
为母系遗传，不通过花粉遗传而只通过种子遗传，有
性生殖时不发生重组（Ｍｏｇｅｎｓｅｎ等，１９９６）。ｃｐＤ－
ＮＡ在植物中为单倍体基因组，分子量小，结构简
单，但包含大量的ＤＮＡ成分。ｃｐＤＮＡ进化速率较
慢（Ｗｏｌｆｅ等，１９８７），使得ｃｐＤＮＡ可能保留经过长
期变迁的植物的遗传结构（Ｅｎｎｏｓ等，１９９９）。ｃｐＤ－
ＮＡ由于这些优越性，成为目前植物分子系统地理
学研究中最常用的分子遗传标记。尽管我国分子系
统地理学研究晚于欧美国家，但近几年来发展迅速，
针对青藏高原物种的分子系统地理学研究正在陆续
展开。Ｗａｎｇ等（２００９）和Ｇａｏ等（２００９）分别对露蕊
乌 头 （Ａｃｏｎｉｔｕｍ　ｇｙｍｎａｎｄｒｕｍ）和 西 川 红 景 天
（Ｒｈｏｄｉｏｌａ　ａｌｓｉａ）的研究表明，青藏高原东南部边缘
地区和高原台面存在多个避难所，冰期时高原台面
的居群并没有退缩到高原东南部边缘的避难所内，
而是在高原台面上几个相互隔离的避难所单独保存
下来。而对祁连圆柏（Ｊｕｎｉｐｅｒｓｕｓ　ｐｒｚｅｗａｌｓｋｉｉ）、青
海云杉（Ｐｉｃｅａ　ｃｒａｓｓｉｆｏｌｉａ）、狭蕊龙胆（Ｍｅｔａｇｅｎｔｉａｎ
ｓｔｒｉａｔａ）等是在青藏高原东南部边缘地区是物种在
第四纪冰期的避难所，高原台面的居群是间冰期或冰
后期由东南部避难所扩散而来（Ｚｈａｎｇ等，２００５；Ｍｅｎｇ
等，２００７；Ｃｈｅｎ等，２００８）。偏花报春（Ｐｒｉｍｕｌａ　ｓｅｃｕｎ－
ｄｉｆｌｏｒａ）的主要分布区都是在横断山区，研究表明横
断山区是第四纪冰期的避难所，并且可能存在多个地
理隔离的避难所，由于横断山区特殊、复杂的地理环
境以及气候变迁，阻隔了种群的基因交流及迁移，从
而形成了物种的现代分布（Ｗａｎｇ等，２００８）。
高山绣线菊（Ｓｐｉｒａｅａ　ａｌｐｉｎａ）隶属于蔷薇科
（Ｒｏｓａｃｅａｅ）绣线菊属（Ｓｐｉｒａｅａ），落叶灌木，广布于
青藏高原东部２　９００～４　６００ｍ的山地阴坡、半阳
坡、潮湿滩地及高海拔的山地阳坡，另外在西藏，四
川，甘肃，陕西，蒙古及俄罗斯等地也有分布（俞德
浚，１９７４），在整个横断山区有着广泛的分布。蔷薇
科中最古老的亚科绣线菊亚科共有２２属２６０余种，
我国有８属１００余种，全为落叶性（本亚科包括常绿
和落叶两大类群，后者为进化类群），绣线菊属又是
绣线菊亚科中最原始的属，在系统进化过程中，衍生
出形态各异而亲缘关系紧密的绣线菊种类（陆玲娣，
１９９６）。在本研究中，我们选取了ｃｐＤＮＡ的非编码
区ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ片段对高山绣线菊的１５个居群１８２
个个体测序，进行谱系地理学的研究，揭示遗传变异
在居群内和居群间的分布式样，并探讨该物种的冰
期避难所及冰期后的迁移路线，有助于更好地了解
该地区植物区系格局的形成以及植物的进化历史。
８１６ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３２卷
１　材料和方法
１．１实验材料
本研究材料采自西藏东部、四川西部及青海东南
部。每个居群随机采样６～１５个个体，居群内采样个
体之间至少相隔１００ｍ以上，共取得高山绣线菊１５
个居群１８２个个体（表１，图１）。新鲜叶片被采集后，
迅速用硅胶干燥。凭证标本存于中国科学院西北高
原生物研究所青藏高原生物标本馆（ＨＮＷＰ）。
图１　高山绣线菊居群采样点及叶绿体ＤＮＡ单倍型分布图　（居群编号（Ｐ１－Ｐ１５）与表１的编号一致）
Ｆｉｇ．１　Ｔｈｅ　ｓａｍｐｌｅｄ　ｌｏｃａｔｉｏｎｓ　ａｎｄ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｐＤＮＡ　ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｗｉｔｈｉｎ　ａｎｄ　ａｍｏｎｇ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　ｏｆ
Ｓ．ａｌｐｉｎａ　（Ａｌ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｃｏｄｅｓ　ｆｒｏｍ　１ｔｏ　１３ａｒｅ　ａｃｃｏｒｄａｎｔ　ｗｉｔｈ　Ｔａｂｌｅ　１）
表１　高山绣线菊１５个居群材料来源及叶绿体ＤＮＡ单倍型（Ｓ１－Ｓ７）的遗传多样性（Ｈｄ）组成和频率
Ｔａｂｌｅ　１　Ｏｒｉｇｉｎ　ｏｆ　ｍａｔｅｒｉａｌｓ，ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ　ｏｆ　ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ（Ｈｄ）ａｎｄ　ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ／
ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ　ｆｒｏｍ　ｃｐＤＮＡ　ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ（Ｓ１－Ｓ７）ｉｎ　１５ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａ
编号
Ｎｏ．
（Ｐ．）
采集地
Ｌｏｃａｌｉｔｙ
凭证标本
Ｖｏｕｃｈｅｒ
Ｒｅｆ．
经度
Ｌａｔｉｔｕｄｅ
（Ｅ）
纬度
Ｌｏｎｇｉｔｕｄｅ
（Ｎ）
海拔
Ａｌｔｉｔｕｄｅ
（ｍ）
样本数
Ｓａｍｐｌｅ
ｓｉｚｅ
单倍型
Ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ
（频率Ｆｒｅｑｕｅｎｃｉｅｓ，％）
单倍型多
样性指数
Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈｄ
核苷酸多
样性指数
Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｎ
Ｐ１ 西藏类乌齐 Ｃｈｅｎ２００７０３５　 ３０°２１′ ９６°２７′ ４　２９０　 １２ Ｓ５（４１．７），Ｓ６（５８．３） ０．５３０３±０．０７６４　 ０．０００５７３
Ｐ２ 西藏类乌齐 Ｃｈｅｎ２００７０４３　 ３１°３２′ ９６°２２′ ４　２１０　 １２ Ｓ５（５８．３），Ｓ６（４１．７） ０．５３０３±０．０７６４　 ０．０００５７３
Ｐ３ 西藏丁青 Ｃｈｅｎ２００７０５４　 ３１°０５′ ９６°２４′ ４　４１０　 １２ Ｓ５（５０），Ｓ６（５０） ０．５４５５±０．０６１５　 ０．０００５９０
Ｐ４ 西藏八宿 Ｃｈｅｎ２００７１７９　 ３０°０７′ ９７°１７′ ４　３２０　 １４ Ｓ３（１００） ０ ０
Ｐ５ 西藏昌都 Ｃｈｅｎ２００７２０５　 ３１°１１′ ９７°０２′ ３　３８０　 ９ Ｓ３（１００） ０ ０
Ｐ６ 西藏江达 Ｃｈｅｎ２００７２１０　 ３１°２１′ ９７°４２′ ４　４９０　 ６ Ｓ１（１００） ０ ０
Ｐ７ 西藏江达 Ｃｈｅｎ２００７２１８　 ３１°２０′ ９８°０３′ ４　３６０　 １０ Ｓ１（１００） ０ ０
Ｐ８ 西藏德格 Ｃｈｅｎ２００７２３９　 ３１°５７′ ９８°５４′ ４　４１０　 ７ Ｓ１（１００） ０ ０
Ｐ９ 西藏德格 Ｃｈｅｎ２００７２４４　 ３２°０３′ ９９°０１′ ４　５７０　 １２ Ｓ１（８３．３），Ｓ７（１６．７） ０．３０３０±０．１４７５　 ０．０００３２８
Ｐ１０ 四川石渠 Ｃｈｅｎ２００７２５１　 ３２°３０′ ９８°２７′ ４　３８０　 １３ Ｓ１（１００） ０ ０
Ｐ１１ 四川炉霍 Ｃｈｅｎ０６３１８　 ３１°３７′ １００°４３′ ３　４６０　 １５ Ｓ１（４０），Ｓ２（６０） ０．５１４３±０．０６９０　 ０．０００５５６
Ｐ１２ 四川理塘 Ｃｈｅｎ０６２８０　 ２９°３８′ １００°２１′ ３　８９１　 １５ Ｓ１（６．７），Ｓ２（９３．３） ０．１３３３±０．１１２３　 ０．０００１４４
Ｐ１３ 四川雅江 Ｃｈｅｎ０６３０７　 ３０°０４′ １０１°２０′ ４　２８０　 １５ Ｓ２（１００） ０ ０
Ｐ１４ 青海称多 Ｃｈｅｎ２００７０２５　 ３３°１１′ ９７°２４′ ４　０４０　 １５ Ｓ１（４０），Ｓ３（６０） ０．５１４３±０．０６９０　 ０．００１１１２
Ｐ１５ 青海囊谦 Ｃｈｅｎ０６０３７　 ３１°５８′ ９６°３０′ ４　３２０　 １５ Ｓ４（６６．７），Ｓ５（３３．３） ０．４７６２±０．０９２０　 ０．００１０３０
Ｔｏｔａｌ　 １８２　 ０．７９５９±０．０１３８　 ０．００２２７７
９１６５期　　　　　　　　　　张发起等：横断山区高山绣线菊的谱系地理学研究
１．２ＤＮＡ的提取和ＰＣＲ扩增
基因组 ＤＮＡ 的提取采用改进的 ＣＴＡＢ 法
（Ｄｏｙｌｅ　ＪＪ　＆Ｄｏｙｌｅ　ＪＬ，１９８７）。对ｃｐＤＮＡ的ｔｒｎＬ－
ｔｒｎＦ片段进行ＰＣＲ扩增。ＰＣＲ扩增反应体系为２５
μＬ：２．５μＬ的１０×ＰＣＲ缓冲液（含１．５ｍｍｏｌ／Ｌ
ＭｇＣｌ２），０．２μＬ　１０ｍｍｏｌ／Ｌ　ｄＮＴＰ，正反引物（５
ｐｍｏｌ／Ｌ）各０．８μＬ，Ｔａｑ　ＤＮＡ聚合酶１个单位，１０
～２０ｎｇ的总ＤＮＡ模板，最后用双蒸水补足２５μＬ。
扩增反应程序为：９４℃预变性４ｍｉｎ；接以３０个循
环的９４℃加热变性１ｍｉｎ，５４℃低温退火５０Ｓ，７２
℃适温延伸４５ｓ；最后７２℃延伸７ｍｉｎ结束。ＰＣＲ
产物用０．７％的琼脂糖凝胶进行电泳检测。扩增产
物采用ＣＡＳｐｕｒｅ　ＰＣＲ　Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｋｉｔ试剂盒（上海
中科开端生物芯片科技股份有限公司）纯化。纯化
后的产物由北京三博远志生物技术有限责任公司进
行双链测序。
１．３数据分析
植物叶绿体ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ序列采用Ｃｌｕｓｔａｌ　Ｘ软
件进行对位排序，并加以手工校对（Ｔｈｏｍｐｓｏｎ等，
１９９７）。运用 ＭＥＧＡ　４．０．１软件统计序列的碱基组
成（Ｂａｓｅ　ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ），ＤｎａＳＰ４．０（Ｒｏｚａｓ等，２００３）
软件统计序列的变异位点（ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｃ　ｓｉｔｅｓ）并确
定单倍型（ｈａｐｌｏｔｙｐｅ）。利用ＰＥＲＭＵＴ软件计算
居群内平均遗传多样性（ａｖｅｒａｇｅ　ｇｅｎｅ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ
ｗｉｔｈｉｎ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ，ＨＳ）、总的遗传多样性（ｔｏｔａｌ
ｇｅｎｅ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，ＨＴ）、居群间遗传分化系数ＧＳＴ（ｃｏ－
ｅｆｆｉｃｉｅｎｔ　ｏｆ　ｇｅｎｅ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ；Ｒａｙｍｏｎｄ　＆Ｒｏｕｓ－
ｓｅｔ，１９９５）和ＮＳＴ（Ｇｒｉｖｅｔ　＆Ｐｅｉｔ，２００２）值。使用Ｕ－
统计方法对ＧＳＴ和ＮＳＴ进行比较（１　０００次重复的置
换检验）。
应用 ＡＲＬＥＱＵＩＮ 软件包ｖｅｒｓｉｏｎ　３．０１（Ｅｘ－
ｃｏｆｆｉｅｒ等，２００６）计算每个居群的单倍型多样性
（ｈａｐｌｏｔｙｐｅ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｈｄ）、核苷酸多样性（ｎｕｃｌｅｏ－
ｔｉｄｅ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ，ｎ）（Ｎｅｉ，１９８７）。利用软件包中的
ＡＭＯＶＡ（Ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｖａｒｉａｎｃｅ）分析方
法分别检测材料在分布区内居群内和居群间的遗传
变异水平，以及单倍型分布的ＦＳＴ评价（Ｗｅｉｒ　ａｎｄ
Ｃｏｃｋｅｒｈａｍ，１９８４）以进一步分析居群的分化程度（１
０００次置换检验）。在本研究中，我们假设ｃｐＤＮＡ
变异处于漂变－迁移平衡（ｄｒｉｆｔ－ｍｉｇｒａｔｉｏｎ　ｅｑｕｉｌｉｂ－
ｒｉｕｍ），则物种水平上居群间的平均基因流 Ｎｍ
（Ｎｅｉ，１９８７）通过Ａｒｌｅｑｕｉｎ软件包检测得到的ＦＳＴ值
进行计算，在单倍体中Ｎｍ 的计算公式为：Ｎｍ＝（１
－ＦＳＴ）／２ＦＳＴ（Ｓｌａｔｋｉｎ，１９９５）。Ｔａｊｉｍａ（１９８９）两种
无限突变位点模型的中性检验方法检测及岐点分布
都在ＤｎａＳＰ　４．０程序中完成。
单倍型之间的网络关系通过软件 ＮＥＴＷＯＲ
ＶＥＲ．４．２．０．１构建。从ＧｅｎＢａｎｋ中调取与高山绣
线菊亲缘关系远近不同的三条序列Ｓｐｉｒａｅａ　ｂｅｔｕｌｉ－
ｆｏｌｉａ（ＡＪ３９０３６８），Ｒｏｓａ　ｃａｌｉｆｏｒｎｉｃａ（ＡＦ３４８５６７）和
Ｓｏｒｂａｒｉａ　ｓｏｒｂｉｆｏｌｉａ（ＡＦ３４８５６９；Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ 等，
２０００；Ｐｏｔｔｅｒ等，２００２）作为外类群，利用ＰＡＵＰ＊
４．０软件（Ｓｗｏｆｆｏｒｄ，２００３）构建基因树。最大似然
（ＭＬ）树的构建使用启发式搜索，树二等分再连接
分支交换（ＴＢＲ），各种核苷酸替代同等加权。得到
的一致性系统树分支的可靠性使用 “靴带”（Ｂｏｏｔ－
ｓｔｒａｐ）分析，用１　０００次重复来检验单倍型各分支的
支持率值。
２　结果与分析
２．１序列变异
对１５个居群１８２个个体的ｔｒｎＬ－Ｆ片段进行测
序，用Ｃｌｕｓｔａｌ　Ｘ软件对位排列后的矩阵长度为９２５
个位点。统计所有个体的ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ序列发现，（Ａ
＋Ｔ）含量为６８．７％，（Ｇ＋Ｃ）含量为３１．３％。用
ＤｎａＳＰ４．０软件检测出７个单倍型，这７个单倍型的
变异位点都是由碱基置换引起的（表２）。
２．２多样性指数和遗传结构分析
高山绣线菊的１５个居群总的单倍型多样性指
数Ｈｄ 为０．７９５９±０．０１３８，核苷酸多样性指数ｎ为
０．００２２７７。在检测出的７个单倍型中，单倍型Ｓ１出
现的频率最高，有５９个个体拥有此单倍型。每个居
群的遗传多样性（Ｈｄ）、核苷酸多样性指数（ｎ）、单倍
型组成及频率见表１，单倍型的地理分布情况见图１。
　　通过ＰＥＲＭＵＴ程序计算得出高山绣线菊居群
内平均遗传多样性 ＨＳ 值（０．２３６）、总的遗传多样性
ＨＴ 值（０．８０９）、居群间遗传分化ＧＳＴ（０．７０８）和 ＮＳＴ
值（０．８６３）。使用Ｕ－统计方法对高山绣线菊横断山
区单倍型变异的地理结构进行检验后发现ＮＳＴ极显
著的大于ＧＳＴ（Ｐ＜０．０１），表明高山绣线菊在横断山
区亲缘关系相近的单倍型发生于同一居群中，居群
间的遗传分化水平较高（ＧＳＴ＝０．７０８），并且存在着
明显的分子系统地理学关系（Ｐｏｎｓ　＆Ｐｅｔｉｔ，１９９６）。
分子变异分析（ＡＭＯＶＡ）的结果表明，居群间的遗
传变异为８４．４８％，而居群内遗传变异为１５．５２％，
０２６ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３２卷
表２　高山绣线菊叶绿体ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ片段７个单倍型的序列变异位点
Ｔａｂｌｅ　２　Ｖａｒｉａｂｌｅ　ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｓｉｔｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ａｌｉｇｎｅｄ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｐａｃｅｒ　ｉｎ　７ｃｈｌｏｒｏｔｙｐｅｓ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａ
单倍型
Ｈａｐｌｏｔｙｐｅ
变异位点 Ｖａｒｉａｂｌｅ　Ｓｉｔｅｓ
ｔｒｎＬ　３４８　 ４８７　 ７３０　 ７４３　 ７５１　 ７９７　 ｔｒｎＦ　８５９
Ｓ１ Ｇ Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ｔ　 Ｔ　 Ｃ
Ｓ２ Ｇ Ａ　 Ｇ　 Ａ　 Ｔ　 Ｔ　 Ｃ
Ｓ３ Ｇ Ａ　 Ｇ　 Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ｃ
Ｓ４ Ｔ Ａ　 Ａ　 Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ａ
Ｓ５ Ｔ Ｔ　 Ａ　 Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ｃ
Ｓ６ Ｔ Ａ　 Ａ　 Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ｃ
Ｓ７ Ｇ Ａ　 Ｇ　 Ｔ　 Ｔ　 Ａ　 Ｃ
ＦＳＴ＝０．８４４７６（Ｐ＜０．００１）（表３），进一步揭示了高
山绣线菊的遗传变异主要存在于居群间，而且具有
较高的居群分化水平。假设该片段变异处于漂变－
迁移平衡（ｄｒｉｆｔ－ｍｉｇｒａｔｉｏｎ　ｅｑｕｉｌｉｂｒｉｕｍ），则基于ＦＳＴ
值估算出物种水平上居群间的平均基因流值（Ｎｍ）
为０．０９。说明居群间基因交流不频繁。
表３　高山绣线菊叶绿体ＤＮＡ序列
分子变异分析（ＡＭＯＶＡ）结果
Ｔａｂｌｅ　３　Ｒｅｓｕｌｔｓ　ｏｆ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｖａｒｉａｎｃｅ（ＡＭＯＶＡ）ｏｆ　ｃｐＤＮＡ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
ｄａｔａ　ｆｒｏｍ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａ
变异来源
Ｓｏｕｒｃｅ　ｏｆ　ｖａｒｉａｔｉｏｎ
自由度
ｄ．ｆ．
方差
ＳＳ
变异成分
ＶＣ
变异比
例 （％）
居群间Ａｍｏｎｇ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　１４　 １６１．７４３　０．９４１６８　８４．４８
居群内 Ｗｉｔｈｉｎ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　１６７　 ２８．９００　０．１７３０５　１５．５２
总计 Ｔｏｔａｌ　 １８１　１９０．６４３　０１．１１４７４
固定指数Ｆｉｘａｔｉｏｎ　ｉｎｄｅｘ　 ＦＳＴ＝０．８４４７６（Ｐ＜０．００１）
　　在种的水平上对叶绿体 ＤＮＡ进行的岐点分布
分析，得到的曲线为多峰曲线（图２），背离了对快速
扩张模型的假设，这个结果在两种基于无限位点非
重组模型的中性检验 Ｔａｊｉｍａ’ｓ　Ｄ＝１．５６１０９（Ｐ＞
０．１０）、Ｆｕ　ａｎｄ　Ｌｉ’ｓ　Ｄ＝１．１４８０７（Ｐ＞０．１０）中得到
了支持，中性检验结果均为正值显示我们所采样的
高山绣线菊种群由于长期的地理隔离增加了居群间
的分歧。
２．３单倍型之间的系统发育分析
ＮＥＴＷＯＲＫ软件对高山绣线菊ｃｐＤＮＡｔｒｎＬ－
ｔｒｎＦ的７种单倍型（Ｓ１－Ｓ７）进行进化分支网络分
析，构建出这７种单倍型的中央连接网络图，其拓扑
结构如图３所示。
　　以选取的３种与高山绣线菊亲缘关系远近不同
的蔷薇科植物作为外类群，对叶绿体ＤＮＡｔｒｎＬ－Ｆ
片段检测到的７种单倍型进行系统发育重建，得到最
图２　高山绣线菊１８２个个体ｔｒｎＬ－Ｆ片段序列
数据的岐点分布图　Ｅｘｐ：期望值；Ｏｂｓ：观测值。
Ｆｉｇ．２　Ｍｉｓｍａｔｃｈ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｄａｔａ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｔｒｎＬ－Ｆ　ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｆｒｏｍ　４５９ｉｎｄｉｖｉｄｕａｌｓ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａ
Ｔｈｅ　ｔｈｉｎ　ｌｉｎｅ　ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ　ｔｈｅ　ｅｘｐｅｃｔａｔｉｏｎ；ｔｈｅ
ｄｏｔｔｅｄ　ｌｉｎｅ　ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ　ｔｈｅ　ｏｂｓｅｒｖｅｄ　ｖａｌｕｅ．
图３　横断山区高山绣线菊的７种
单倍型的进化分支网络图
Ｆｉｇ．３　Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　７ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ
ｄｅｔｅｃｔｅｄ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａｉｎ　Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｓ
大似然树（ＭＬ），其拓扑结构如图４所示。高山绣线
菊１５个居群的７个单倍型分化为三个主要的分支，
分别是Ｓ４、Ｓ５及Ｓ６（８４％）聚为一支（ＣｌａｄｅⅠ），拥有这
些单倍型的居群全部在整个采样范围中处于西部，东
部地区居群中出现的单倍型Ｓ１、Ｓ２和Ｓ７（５２％）聚为
另一支（ＣｌａｄｅⅡ），而单倍型Ｓ３单独成一支（Ｃｌａｄｅ
Ⅲ），其出现的居群在前两个分支分布范围的交接处。
１２６５期　　　　　　　　　　张发起等：横断山区高山绣线菊的谱系地理学研究
图４　高山绣线菊７种单倍型 （Ｓ１－Ｓ７）的最大
似然 （ＭＬ）树　分支上的数字表示１　０００次
重复得到的靴带分析支持率（ＢＳ）
Ｆｉｇ．４　Ｍａｘｉｍｕｍ　ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ（ＭＬ）ｔｒｅｅ　ｔｏｐｏｌｏｇｙ　ｏｆ
７ｈａｐｌｏｔｙｐｅｓ　ｏｆ　Ｓ．ａｌｐｉｎａ　Ｎｕｍｂｅｒｓ　ａｂｏｖｅ　ｂｒａｎｃｈ
ａｒｅ　ｍａｘｉｍｕｍ　ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ　ｂｏｏｔｓｔｒａｐ　ｓｕｐｐｏｒｔ（ＢＳ）
３　结论与讨论
居群分化是由居群空间上的隔离，突变后环境因
子的差异造成选择差异，随机的遗传漂变以及基因流
的隔离从而导致居群遗传结构的空间异质性（Ｊａｃｑｕｅ－
ｍｙｎ等，２００４））。基于１４０个物种的数据研究，获得
了对叶绿体ＤＮＡ标记的平均的居群间的遗传分化
（ＧＳＴ）是０．６４６（Ｐｅｔｉｔ等，２００５）在我们的研究结果中，
居群间的遗传分化（ＧＳＴ＝０．７０８）比这个平均值要高，
可能是由于第四纪冰期时不同的避难所中发生了不
同的遗传漂变所造成。同样的，分子变异分析
（ＡＭＯＶＡ）的结果表明，居群间的遗传变异为
８４．４８％，ＦＳＴ＝０．８４４７６（Ｐ＜０．００１）。由此可以看出：
高山绣线菊具有较高的居群间遗传多样性，而居群内
的遗传多样性较低。这可能是由于居群的基因流受
限造成。高山绣线菊的叶绿体ＤＮＡ为种子传播，但
是其居群间的平均基因流为０．０９，表明居群间的基因
交流很少。这可能是由于横断山区特殊的地理环境
造成种子传播距离有限，加之居群间的地理隔离从而
阻碍居群间的基因流（Ｅｈｒｉｃｈ等，２００７）。
本研究得到的７种叶绿体ＤＮＡ的单倍型在系统
发育重建过程中分为地理分布范围各不相同的三支
（图４），这一拓扑结构和单倍型的进化分支网络图结
果相一致。Ｓ３这一单倍型单独分为一支，其被处在
横断山区东西部中间地带的３个居群分享，而单倍型
的进化分支网图支持其可能是进化上最为原始的单
倍型。在横断山区东部和西部的居群中，各有３种互
不共享的单倍型。Ａｖｉｓｅ（２０００）认为新衍生出的单倍
型应该是与原始单倍型组成一个“星状”结构，然而我
们的结果中没有发现类似的结构。同时高山绣线菊
在横断山区的居群分布存在着明显的分子系统地理
学结构。这可能是因为在第四纪冰期时，该物种在横
断山区地区有着多个避难所。单避难所假说认为，扩
散地区不管是在居群间还是居群内部都有着较低的
遗传多样性，而且距离避难所越远，遗传多样性和单
倍型的数量越低（Ｈｅｗｉｔｔ，２０００；Ｈｅｕｅｒｔｚ等，２００４；
Ｐｅｔｉｔ等，２００５）。而我们的结果中，在东部地区和西部
地区中，都有较高的居群遗传多样性和单倍型的多样
性（图１；表１），这显然是与单避难所假说相反的，也
支持我们关于该地区存在该物种的多个避难所的解
释。这一解释也与岐点分布分析结果相一致，岐点分
布分析得到的曲线为多峰曲线（图２），背离了对快速
扩张模型的假设，中性检验结果显示我们所研究区域
的高山绣线菊种群由于长期的地理隔离增加了居群
间的分歧。由此我们推测，在第四纪时期受到冰期和
间冰期的影响，植物种群随着气候的波动而反复缩小
和扩张，高山绣线菊在冰期时候可能退缩到低海拔地
区生存。然而喜马拉雅山系———青藏高原隆起造成
的复杂横断山区附近的环境，多数平行走向的山脉及
其因此而分割出来的河谷，使得不同的居群在退缩过
程中不可能退回到同一个避难所中，而在反复扩张与
退缩中由于遗传漂变而将单倍型随机固定在不同的
居群中，从而形成了现在的生物地理分布格局。
高山绣线菊在横断山区的这种谱系地理结构与
Ｗａｎｇ等（２００８）对偏花报春的研究结果相一致，都
是在第四纪冰期时存在多个地理隔离的避难所，没
有表现出种群的快速扩张和迁移现象。而在冰期／
间冰期气候的反复波动和喜马拉雅山系———青藏高
原隆升所造成的横断山区特殊的地理环境的共同作
用下造成的地理隔离最终形成该地区现在的物种分
布格局。这些物种的谱系地理学的研究，为了解第
四纪冰期对横断山区植物区系的形成以及冰期后的
迁移路线的影响提供了很好的模型，但是还需要更
多类群的研究来丰富这一模型。
参考文献：
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２２６ 广　西　植　物　　　 　　　　　　　　　　　　　　３２卷
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Ａｒｃｔｉｃ，ｔｈｅ　Ａｌｐｓ　ａｎｄ　ｔｈｅ　Ｅａｓｔ　Ａｆｒｉｃａｎ　ｍｏｕｎｔａｉｎｓ［Ｊ］．Ｍｏｌ
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Ｅｎｎｏｓ　ＲＡ，Ｓｉｎｃｌａｉｒ　ＷＴ，Ｈｕ　ＸＳ，ｅｔ　ａｌ．１９９９．Ｕｓｉｎｇ　ｏｒｇａｎｅｌｅ
Ｍａｒｋｅｒｓ　ｔｏ　Ｅｌｕｃｉｄａｔｅ　ｔｈｅ　Ｈｉｓｔｏｒｙ，Ｅｃｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ　ｏｆ
Ｐｌａｎｔ　Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ［Ｍ］．Ｌｏｎｄｏｎ：Ｔａｙｌｏｒ　Ｆｒａｎｃｉｓ　Ｌｔｄ，：１－１９
Ｅｘｃｏｆｆｉｅｒ　Ｌ，Ｌａｖａｌ　Ｇ，Ｓｃｈｎｅｉｄｅｒ　Ｓ．２００６．Ａｒｌｅｑｕｉｎ３．０１：Ａｎ　Ｉｎｔｅ－
ｇｒａｔｅｄ　Ｓｏｆｔｗａｒｅ　Ｐａｃｋａｇｅ　ｆｏｒ　Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ　Ｄａｔａ　Ａｎａｌｙｓｉｓ
［Ｍ］．Ｓｗｉｔｚｅｒｌａｎｄ：Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ　ｏｆ　Ｚｏｏｌｏｇｙ，Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｂｅｒｎｅ
Ｇａｏ　ＱＢ，Ｚｈａｎｇ　ＤＪ，Ｃｈｅｎ　ＳＹ，ｅｔ　ａｌ．２００９．Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ＤＮＡ　ｐｈｙ－
ｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　Ｒｈｏｄｉｏｌａ　ａｌｓｉａ（Ｃｒａｓｓｕｌａｃｅａｅ）ｉｎ　ｔｈｅ　Ｑｉｎｇｈａｉ－Ｔｉ－
ｂｅｔａｎ　Ｐｌａｔｅａｕ［Ｊ］．Ｂｏｔａｎｙ，８７（１１）：１　０７７－１　０８８
Ｇｒｉｖｅｔ　Ｄ，Ｐｅｔｉｔ　ＲＪ．２００２．Ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｃｏｍｍｏｎ　ｉｖｙ
（Ｈｅｄｅｒａ　ｓｐ．）ｉｎ　Ｅｕｒｏｐｅ：ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｔｉｏｎ　ｔｈｒｏｕｇｈ　ｓｐａｃｅ
ａｎｄ　ｔｉｍｅ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，１１（８）：１　３５１－１　３６２
Ｈｅｕｅｒｔｚ　Ｍ，Ｆｉｎｅｓｃｈｉ　Ｓ，Ａｎｚｉｄｅｉ　Ｍ．２００４．Ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ＤＮＡ　ｖａｒｉａ－
ｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｐｏｓｔｇｌａｃｉａｌ　ｒｅｃｏｌｏｎｉｚａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｏｍｍｏｎ　ａｓｈ（Ｆｒａｘｉｎｕｓ　ｅｘ－
ｃｅｌｓｉｏｒ）ｉｎ　Ｅｕｒｏｐｅ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，１３（１１）：３　４３７－３　４５２
Ｈｅｗｉｔｔ　Ｇ．２０００．Ｔｈｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｌｅｇａｃｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｑｕａｔｅｒｎａｒｙ　ｉｃｅ　ａｇｅｓ
［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ，４０５（６７８９）：９０７－９１３
Ｊａｃｑｕｅｍｙｎ　Ｈ，Ｈｏｎｎａｙ　Ｏ，Ｇａｌｂｕｓｅｒａ　Ｐ，ｅｔ　ａｌ．２００４．Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｔｒｕｃ－
ｔｕｒｅ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｆｏｒｅｓｔ　ｈｅｒｂ　Ｐｒｉｍｕｌａ　ｅｌａｔｉｏｒ　ｉｎ　ａ　ｃｈａｎｇｉｎｇ　ｌａｎｄｓｃａｐｅ
［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，１３（１）：２１１－２１９
Ｌｕ　ＬＴ（陆玲娣）．１９９６．Ｔｈｅ　ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ　ａｎｄ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｓｕｂ－
ｆａｍ．Ｓｐｉｒａｅｏｉｄｅａｅ（Ｒｏｓａｃｅａｅ）ｏｆ　ｃｈｉｎａ，ｗｉｔｈ　ｓｐｅｃｉａｌ　ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ　ｔｏ
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｓｕｂｆａｍｉｌｙ　ｔｈｅ　ｗｏｒｌｄ（中国蔷薇科绣线菊亚科
的演化分布———兼述世界绣线菊亚科植物的分布）［Ｊ］．Ａｃｔａ
Ｐｈｙｔｏｔａｘ　Ｓｉｎ（植物分类学报），３４（４）：３６１－３　７５１
Ｍｅｎｇ　ＬＨ，Ｙａｎｇ　Ｒ，Ａｂｂｏｔｔ　ＲＪ，ｅｔ　ａｌ．２００７．Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ　ａｎｄ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ｐｈｙｌｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　Ｐｉｃｅａ　ｃｒａｓｓｉｆｏｌｉａ（Ｐｉｎａｃｅａｅ）ｉｎ　ｔｈｅ
Ｑｉｎｇｈａｉ－Ｔｉｂｅｔａｎ　Ｐｌａｔｅａｕ　ａｎｄ　ａｄｊａｃｅｎｔ　ｈｉｇｈｌａｎｄｓ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，
１６（１９）：４　１２８－４　１３７
Ｍｏｇｅｎｓｅｎ　ＨＬ．１９９６．Ｔｈｅ　ｈｏｗｓ　ａｎｄ　ｗｈｙｓ　ｏｆ　ｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ　ｉｎｈｅｒｉｔ－
ａｎｃｅ　ｉｎ　ｓｅｅｄ　ｐｌａｎｔｓ［Ｊ］．Ａｍ　Ｊ　Ｂｏｔ，８３（３）：３８３－４０４
Ｍｙｅｒｓ　Ｎ，Ｍｉｔｔｅｒｍｅｉｅｒ　ＲＡ，Ｍｉｔｔｅｒｍｅｉｅｒ　ＣＧ，ｅｔ　ａｌ．２０００．Ｂｉｏｄｉ－
ｖｅｒｓｉｔｙ　ｈｏｔｓｐｏｔｓ　ｆｏｒ　ｃｏｎｓｅｒｖａｔｉｏｎ　ｐｒｉｏｒｉｔｉｅｓ［Ｊ］．Ｎａｔｕｒｅ，４０３：
８５３－８５８
Ｎｅｉ　Ｍ．１９８７．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ　Ｇｅｎｅｔｉｃｓ［Ｍ］．Ｎｅｗ　Ｙｏｒｋ：
Ｃｏｌｕｍｂｉａ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｐｒｅｓｓ
Ｐａｎ　ＹＳ（潘裕生）．１９８９．Ｄｉｖｉｓｉｏｎ　ｏｆ　ｇｅｏｌｏｇｉｃ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｉｎ　ｔｈｅ
Ｈｅｎｇｄｕａｎ　Ｍｏｕｎｔａｉｎｏｕｓ　ｒｅｇｉｏｎ（横断山区地质构造分区）［Ｊ］．
Ｍｏｕｎｔ　Ｒｅｓ（山地研究），７（１）：３－１２
Ｐｅｔｉｔ　ＲＪ，Ｄｕｍｉｎｉｌ　Ｊ，Ｆｉｎｅｓｃｈｉ　Ｓ，ｅｔ　ａｌ．２００５．Ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ　ｏｒｇａｎｉｚａ－
ｔｉｏｎ　ｏｆ　ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ，ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ　ａｎｄ　ｎｕｃｌｅａｒ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｉｎ　ｐｌａｎｔ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，１４（３）：６８９－７０１
Ｐｏｎｓ　Ｏ，Ｐｅｔｉｔ　ＲＪ．１９９６．Ｍｅａｓｕｒｉｎｇ　ａｎｄ　ｔｅｓｔｉｎｇ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎ－
ｔｉａｔｉｏｎ　ｗｉｔｈ　ｏｒｄｅｒｅｄ　ｖｅｒｓｕｓ　ｕｎｏｒｄｅｒｅｄ　ａｌｅｌｅｓ［Ｊ］．Ｇｅｎｅｔｉｃｓ，
１４４（３）：１　２３７－１　２４５
Ｐｏｔｔｅｒ　Ｄ，Ｇａｏ　Ｆ，Ｂｏｒｔｉｒｉ　ＰＥ，ｅｔ　ａｌ．２００２．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ
ｉｎ　Ｒｏｓａｃｅａｅ　ｉｎｆｅｒｒｅｄ　ｆｒｏｍ　ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ｍａｔＫ　ａｎｄｔｒｎＬ－ｔｒｎＦ　ｎｕｃｌｅ－
ｏｔｉｄｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｄａｔａ［Ｊ］．Ｐｌａｎｔ　Ｓｙｓｔ　Ｅｖｏｌ，２３１（１－４）：７７－８９
Ｒａｙｍｏｎｄ　Ｍ，Ｒｏｕｓｓｅｔ　Ｆ．１９９５．Ａｎ　ｅｘａｃｔ　ｔｅｓｔ　ｆｏｒ　ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｄｉｆｆｅｒ－
ｅｎｔｉａｔｉｏｎ［Ｊ］．Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，４９（６）：１　２８０－１　２８３
Ｒｉｃｈａｒｄｓｏｎ　ＪＥ，Ｆａｙ　ＭＦ，Ｃｒｏｎｋ　ＱＣＢ，ｅｔ　ａｌ．２０００．Ａ　ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ
ａｎａｌｙｓｉｓ　ｏｆ　Ｒｈａｍｎａｃｅａｅ　ｕｓｉｎｇ　ｒｂｃＬ　ａｎｄ　ｔｒｎＬ－Ｆ　ｐｌａｓｔｉｄ　ＤＮＡ　ｓｅ－
ｑｕｅｎｃｅｓ［Ｊ］．Ａｍ　Ｊ　Ｂｏｔ，８７（９）：１　３０９－１　３２４
Ｒｏｇｅｒｓ　ＡＲ，Ｈａｒｐｅｎｄｉｎｇ　Ｈ．１９９２．Ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎ　ｇｒｏｗｔｈ　ｍａｋｅｓ　ｗａｖｅｓ
ｉｎ　ｔｈｅ　ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ　ｏｆ　ｐａｉｒｗｉｓｅ　ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｂｉｏｌ
Ｅｖｏｌ，９（３）：５５２－５６９
Ｒｏｚａｓ　Ｊ，Ｓáｎｃｈｅｚ－Ｄｅｌｂａｒｒｉｏ　ＪＣ，Ｍｅｓｓｅｇｕｅｒ　Ｘ，ｅｔ　ａｌ．２００３．ＤｎａＳＰ，
ＤＮＡ　ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ　ａｎａｌｙｓｅｓ　ｂｙ　ｔｈｅ　ｃｏａｌｅｓｃｅｎｔ　ａｎｄ　ｏｔｈｅｒ　ｍｅｔｈ－
ｏｄｓ［Ｊ］．Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，１９（１８）：２　４９６－２　４９７
Ｓｗｏｆｆｏｒｄ　ＤＬ．２００３．ＰＡＵＰ＊：Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　Ａｎａｌｙｓｉｓ　Ｕｓｉｎｇ　Ｐａｒｓｉ－
ｍｏｎｙ（＊ａｎｄ　ｏｔｈｅｒ　ｍｅｔｈｏｄｓ），ｖｅｒｓｉｏｎ　４．０ｂ１０［Ｍ］．Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，
ＭＡ：Ｓｉｎａｕｅｒ　Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ
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３２６５期　　　　　　　　　　张发起等：横断山区高山绣线菊的谱系地理学研究