全 文 ：　
第４２卷　第１２期 　
２０１２年１２月　
中 国 海 洋 大 学 学 报
ＰＥＲＩＯＤＩＣＡＬ　ＯＦ　ＯＣＥＡＮ　ＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ　ＯＦ　ＣＨＩＮＡ
４２（１２）：０３９～０４８
Ｄｅｃ．，２０１２
四种红翎菜科红藻的分子系统学研究
＊
刘　涛，孙　琰，金月梅，刘　翠，张　磊，张　思
（中国海洋大学海洋生命学院，山东 青岛２６６００３）
摘　要：　红翎菜科海藻藻体形态结构多样，部分个体在长期进化过程中发生了形态特征的变异，其分类学一直是研究的
热点和难点。本研究选取了２３Ｓｒｉｂｏｓｏｍａｌ　ＲＮＡ　ｇｅｎｅ（ＵＰＡ）、ｃｏｘ２－３和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ　３个片段运用ＰＣＲ扩增的方法研究了
红翎菜科４种海藻的序列结构特征，结果表明琼枝、卡帕藻属２种海藻和麒麟菜的ＵＰＡ长度均为３２６ｂｐ，ＧＣ含量４６．０％～
４６．３％；ｃｏｘ２－３序列长度分别为１４１、１３９和１４１ｂｐ，ＧＣ含量１９．３％～２３．７％；ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ序列长度分别为９３、９３和９４ｂｐ，
ＧＣ含量２２．３％～２３．７％。利用ＰＡＵＰ软件分别用邻接法（ＮＪ）、最大似然法（ＭＬ）和最大简约法（ＭＰ）对红翎菜科海藻进
行系统发育分析，结果表明３个属海藻均可以通过ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ　３个片段得到有效的区分，并且这３个片段
也均可进一步将卡帕藻属２个种区分开来。本文在分析基因片段的基础上，比较了３个属不同物种间的信息位点，为分子
系统学研究提供了一定的数据支持。
关键词：　麒麟菜；卡帕藻属；琼枝；ＵＰＡ；ｃｏｘ２－３；ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ；系统发育
中图法分类号：　Ｑ３１　　　　　文献标志码：　Ａ　　　　　文章编号：　１６７２－５１７４（２０１２）１２－０３９－１０
　　麒麟菜属（Ｅｕｃｈｅｕｍａ）、卡帕藻属（Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ）
和琼枝属（Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ）在分类学上系红藻门（Ｒｈｏｄｏ－
ｐｈｙｔａ）、真红藻纲（Ｆｌｏｒｉｄｅｏｐｈｙｃｅａｅ）、杉菜目（Ｇｉｇａｒｔｉ－
ｎａｌｅｓ）、红翎菜科（Ｓｏｌｉｅｒｉａｃｅａｅ），是重要的产卡拉胶的
经济海藻［１］。在我国，主要分布在海南岛、西沙和南沙
群岛以及台湾岛等地。
由于琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属海藻形态结构
多样，且在长期进化过程中受到不同环境和培养时间
的影响发生了形态特征的变异，使得其分类学研究成
为目前研究的难点［２－４］。以往根据形态学和解剖学特
征等传统的分类方法来对其进行种质鉴定。而随着物
种的进化，此方法在对于形态变异大的藻株鉴定时遇
到了一定困难。同时，部分物种的海藻个体差异相对
较小，种质区分界限较模糊，也给鉴定造成了一定困
难。
随着分子生物学技术的迅速发展，分子生物学工
具的开发与运用对传统的形态学分类起到越来越多的
辅助作用。目前，广泛应用于藻类系统发育学研究的
基因片段主要有：核糖体１８Ｓ与２８Ｓ之间的非编码转
录 间 隔 区 （ＩＴＳ）［５］，２３Ｓ ｒｉｂｏｓｏｍａｌ　ＲＮＡ　ｇｅｎｅ
（ＵＰＡ）［６］，线粒体中的ｃｏｘ１［７］，ｃｏｘ２－３［８］，叶绿体中的
ｒｂｃＬ［９］和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ［１０］基因等。１９９５年，Ｌｌｕｉｓｍａ［２］等
人通过核ＳＳＵ－ｒＲＮＡ基因片段对采自菲律宾的麒麟
菜属和卡帕藻属海藻进行了分析，认为此基因片段可
能会对区分麒麟菜属海藻的不同种群提供可靠依据。
１９９９年，Ｆｒｅｄｅｒｉｃｑ［１１］等人对红翎菜科的３７个类群的
海藻进行过ｒｂｃＬ基因的分析，将其划分为７个类群，
并对麒麟菜属和卡帕藻属的系统分类学关系进行了阐
述。２００９年，Ｃｏｎｋｌｉｎ［８］等人对采自夏威夷的１５份涉
及麒麟菜属和卡帕藻属的样品进行了 ＬＳＵ、ｃｏｘ１、
ｃｏｘ２－３等片段的分析，认为这３种片段均可以将这２
个属明显的分开。本文在上述研究的基础上，利用
ｃｏｘ２－３、ＵＰＡ和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ　３个基因片段对采自印度尼
西亚、越南、中国海南等地的９份海藻样品进行分析，
比较其序列结构特征，同时结合ＧｅｎＢａｎｋ中的同属海
藻的基因序列构建红翎菜科海藻的系统发育树，探讨
了物种间的亲缘关系和系统分类地位，该研究为红翎
菜科的物种的分子系统学研究提供了更多新的数据。
１　材料和方法
１．１实验材料
实验材料由中国海洋大学大型海藻种质库提供。
材料包括印度尼西亚、越南、中国海南等地的９份海藻
样品（样品详细信息和ＧｅｎＢａｎｋ登录号见表１）。样品
形态学和解剖学图版见图１。
＊ 基金项目：国家科技基础性工作专项项目（２００７ＦＹ２１０５００，２００８０５０７５）；广东省科技攻关项目（２０１０Ｂ０６０２０００１０，２０１０Ｂ０２０２０１０１５）资助
收稿日期：２０１１－１１－１７；修订日期：２０１２－０４－２６
作者简介：刘　涛（１９７５－），男，副教授。Ｅ－ｍａｉｌ：ｌｉｕｔａｏ＠ｏｕｃ．ｅｄｕ．ｃｎ
中　国　海　洋　大　学　学　报 ２　０　１　２年
表１　实验材料及ＧｅｎＢａｎｋ数据信息
Ｔａｂｌｅ　１　Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｓａｍｐｌｅｓ　ｕｓｅｄ　ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ　ａｎｄ　ｄａｔａ　ｄｏｗｎｌｏａｄｅｄ　ｆｒｏｍ　ＧｅｎＢａｎｋ
物种
Ｓｐｅｃｉｅｓ
ＧｅｎＢａｎｋ获取号 ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ． 备注 Ｒｅｍａｒｋｓ
ＵＰＡ　 ｃｏｘ２－３　 ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
样品编号
Ｎｏ．
采集地点
Ｌｏｃａｌｉｔｙ
采集时间
Ｄａｔａ
Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ　 ＪＮ８５４２６６ ＪＮ８５４２５６ ＪＮ８５４２７６　 ２００９０５０５８ 中国海南 ２００９－０５－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ＪＮ８５４２６９ ＪＮ８５４２５９ ＪＮ８５４２７９　 ２００９０５０６１ 越南 ２００９－０５－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ＪＮ８５４２７０ ＪＮ８５４２６０ ＪＮ８５４２８０　 ２００９０５０６２ 越南 ２００９－０５－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ＪＮ８５４２７１ ＪＮ８５４２６１ ＪＮ８５４２８１　 ２００９０５０６３ 越南 ２００９－０５－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ － ＪＮ８５４２６３ ＪＮ８５４２８３　 ２００９１１０５２ 印度尼西亚 ２００９－１１－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ＪＮ８５４２７５ ＪＮ８５４２６５ ＪＮ８５４２８５　 ２００９１１００３ 越南 ２００９－１１－０９
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ －
ＪＮ２３４７５９＊
ＪＮ２３４７６０＊
ＪＮ２３４７６１＊
ＪＮ２３４７６２＊
－ Ｔｈｉｅｎ等，Ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ
－
ＡＦ４８９８６６＊
ＡＦ４８９８６７＊
Ｌｌｕｉｓｍａ等，Ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ
ＡＹ６８７４１０［４］
ＡＹ６８７４１３［４］
ＡＹ６８７４１５［４］
２００６，Ｚｕｃｃａｒｅｌｏ等［４］
Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ －
ＪＮ５５４８６２＊
ＪＮ２３４７６３＊
ＪＮ２３４７６４＊
ＪＮ２３４７６５＊
－ Ｔｈｉｅｎ等，Ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ． ＪＮ８５４２６８ ＪＮ８５４２５８ ＪＮ８５４２７８　 ２００９０５０６０ 印度尼西亚 ２００９－０５－０９
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ． ＪＮ８５４２７４ ＪＮ８５４２６４ ＪＮ８５４２８４　 ２００９１１０５３ 印度尼西亚 ２００９－１１－０９
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．
ＦＪ５５４８６４［８］
ＦＪ５５４８６６［８］
ＦＪ５５４８６７［８］
ＦＪ５５４８６８［８］
ＦＪ５５４８６９［８］
ＦＪ５５４８７０［８］
ＦＪ５５４８７１［８］
ＦＪ５５４８７３［８］
ＦＪ５５４８７４［８］
ＦＪ５５４８７５［８］
－ － ２００９，Ｃｏｎｋｌｉｎ等［８］
ＨＱ４２１３９３［１２］ － － ２０１０，Ｓｈｅｒｗｏｏｄ等［１２］
－
ＦＪ５５４８６０［８］
ＦＪ５５４８６１［８］
ＪＮ２３４７６６［８］
－ ２００９，Ｃｏｎｋｌｉｎ等［８］
Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ
ＪＮ８５４２７２ ＪＮ８５４２６２ ＪＮ８５４２８２　 ２００９１１０２７ 印度尼西亚 ２００９－１１－０９
ＦＪ５５４８６３［８］
ＦＪ５５４８６５［８］
ＦＪ５５４８７２［８］
－ － ２００９，Ｃｏｎｋｌｉｎ等［８］
－
ＪＮ２３４７５６＊
ＪＮ２３４７５７＊
ＪＮ２３４７５８＊
－ Ｔｈｉｅｎ等人，Ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ
－ ＦＪ５５４８５９［８］ － ２００９，Ｃｏｎｋｌｉｎ等［８］
－ －
ＡＹ６８７４１１［４］
ＡＹ６８７４１２［４］
ＡＹ６８７４１４［４］
２００６，Ｚｕｃｃａｒｅｌｏ等［４］
Ｅｕｃｈｅｕｍａｓｐ． － ＦＪ５６１７３３［８］ － ２００９，Ｃｏｎｋｌｉｎ等［８］
Ｇ．ｇｒａｃｉｌｉｓ － ＧＱ２２９５０１［１３］ － ２０１０，Ｄｅｓｔｏｍｂｅ等［１３］
（注：Ｂ．：Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ琼枝属，Ｋ．：Ｋａｐｐｐｈｙｃｕｓ卡帕藻属，Ｅ．：Ｅｕｃｈｅｕｍａ麒麟菜属，Ｇ．：Ｇｒａｃｉｌａｒｉａ江蓠属，下文也按此法简写。＊：未发表的文章数据。
Ｎｏｔｅ：Ｂ．：Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ，Ｋ．：Ｋａｐｐｐｈｙｃｕｓ，Ｅ．：Ｅｕｃｈｅｕｍａ，Ｇ．．：Ｇｒａｃｉｌａｒｉａ．Ｔｈｅ　ｆｏｌｏｗｉｎｇ　ｉｓ　ａｃｃｏｒｄｉｎｇ　ｔｏ　ｔｈｉｓ　ａｂｂｒｅｖｉａｔｉｏｎ．＊：Ｄａｔａｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｗｏｒｋｓ
ｕｎｐｕｂｌｉｓｈｅｄ．）
０４
１２期 刘　涛，等：四种红翎菜科红藻的分子系统学研究
（注：从Ａ到Ｉ分别代表９份样品，编号依次为：２００９０５０５８、２００９０５０６０、
２００９０５０６１、２００９０５０６２、２００９０５０６３、２００９１１０２７、２００９１１０５２、２００９１１０５３、
２００９１１００３；１～３分别为：外观形态学照片、样品横切面观、样品纵切面
观。Ｎｏｔｅ：Ｆｒｏｍ　Ａ　ｔｏ　Ｉ　ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ　ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ　ｔｈｅ　ｎｉｎｅ　ｓａｍｐｌｅｓ，ｆｏｌｏｗｅｄ
ｂｙ　ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ： ２００９０５０５８、２００９０５０６０、２００９０５０６１、２００９０５０６２、
２００９０５０６３、２００９１１０２７、２００９１１０５２、２００９１１０５３、２００９１１００３；１～３ｒｅｓｐｅｃ－
ｔｉｖｅｌｙ　ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ：Ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ　ｐｉｃｔｕｒｅｓ、Ｔｒａｎｓｖｅｒｓｅ　ｐｉｃｔｕｒｅｓ　ａｎｄ　Ｌｏｎｇｉ－
ｔｕｄｉｎａｌ　ｐｉｃｔｕｒｅｓ．）
图１　样品图片
Ｆｉｇ．１　Ｐｉｃｔｕｒｅｓ　ｏｆ　ｓａｍｐｌｅｓ
１．２ＤＮＡ的提取
实验材料为新鲜藻体，提取ＤＮＡ前用消毒海水将
藻体清洗干净。每份样品取１．２ｇ经液氮研磨后，采用
改良ＣＴＡＢ［１４］法提取ＤＮＡ。经１％的琼脂糖凝胶电
泳ＳＹＢＲＧｒｅｅｎⅠ染色检测并用 ＮａｎｏＤｒｏｐ　ＮＤ－１０００
仪器测定浓度。
１．３ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ的ＰＣＲ扩增反应
扩增 ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段的引物信息见
表２。ＰＣＲ体系和反应程序如下，ＰＣＲ所用试剂均购
自ＴａＫａＲａ宝生物工程（大连）有限公司。
ＵＰＡ：ＰＣＲ 反应体系为 ｄｄＨ２Ｏ　１１．１μＬ，１０×
Ｂｕｆｆｅｒ　４．０μＬ，ｄＮＴＰ（２．０ｍｍｏｌ／Ｌ）１．０μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｆ
（１０μｍｏｌ／Ｌ）１．０μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｒ（１０μｍｏｌ／Ｌ）１．０μＬ，
Ｔｅｍｐｌａｔｅ（５０ｎｇ／μＬ）１．５μＬ，ｒＴａｑ （５Ｕ／μＬ）０．４μＬ。
ＰＣＲ扩增程序９４℃预处理２ｍｉｎ后，在９４℃变性
２０ｓ，５６℃复性３０ｓ，７２℃延伸３０ｓ的条件下进行３５
个循环，最后在７２℃下延伸１０ｍｉｎ。
ｃｏｘ２－３：ＰＣＲ反应体系为ｄｄＨ２Ｏ　２９．５μＬ，１０×Ｂｕｆｅｒ
（Ｍｇ２＋ Ｆｒｅｅ）５．０μＬ，ｄＮＴＰ （２．０ｍｍｏｌ／Ｌ）３．０μＬ，
ＢＳＡ（１％）５．０μＬ，Ｍｇ
２＋（２５ｍｍｏｌ／Ｌ）５．０μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｆ
（１０μｍｏｌ／Ｌ）０．５μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｒ（１０μｍｏｌ／Ｌ）０．５μＬ，
Ｔｅｍｐｌａｔｅ（５０ｎｇ／μＬ）１．０μＬ，ｒＴａｑ（５Ｕ／μＬ）０．５μＬ。
ＰＣＲ扩增程序９４℃预处理４ｍｉｎ后，在９３℃变性
１ｍｉｎ，４５℃复性１ｍｉｎ，７２℃延伸１ｍｉｎ的条件下进
行５个循环，接着在９３℃变性３０ｓ，５５℃复性３０ｓ，
７２℃延伸３０ｓ的条件下进行３０个循环，最后在７２℃
下延伸５ｍｉｎ。
ｒｂｃｓｐａｃｅｒ：ＰＣＲ反应体系ｄｄＨ２Ｏ　３１．５μＬ，１０×Ｂｕｆ－
ｅｒ（Ｍｇ２＋ Ｆｒｅｅ）５．０μＬ，ｄＮＴＰ（２．０ｍｍｏｌ／Ｌ）５．０μＬ，
Ｍｇ２＋（２５ｍｍｏｌ／Ｌ）５．０μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｆ（１０μｍｏｌ／Ｌ）
０．５μＬ，Ｐｅｒｉｍｅｒ－Ｒ （１０μｍｏｌ／Ｌ）０．５μＬ，Ｔｅｍｐｌａｔｅ
（５０ｎｇ／μＬ）２．０μＬ，ｒＴａｑ（５Ｕ／μＬ）０．５μＬ。ＰＣＲ扩
增程序９４℃预处理５ｍｉｎ后，在９４℃变性１ｍｉｎ，
５５℃复性２ｍｉｎ，７２℃延伸２ｍｉｎ的条件下进行３０个
循环，最后在７２℃下延伸１０ｍｉｎ。
１．４序列测定及数据处理
ＰＣＲ产物经１％琼脂糖凝胶电泳后，运用ＴＩＡＮ－
ｇｅｌ　Ｍｉｄｉ　Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ　Ｋｉｔ试剂盒（北京天根生化科技有
限公司）胶回收目的条带，将纯化后的 ＰＣＲ产物与
ｐＭＤ－１９Ｔ载体（ＴａＫａＲａ宝生物工程（大连）有限公司）
连接，连接产物转化Ｅ．ｃｏｌｉ　ＴＯＰ１０感受态（北京天根
生化科技有限公司），在ＬＢ－Ａｍｐ（含氨苄青霉素）平板
上培养，进行蓝白斑筛选，挑取阳性克隆，为保证准确
性每个片段选取了３～５个克隆，送上海英骏生物技术
有限公司测序。
１４
中　国　海　洋　大　学　学　报 ２　０　１　２年
表２　ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ引物信息
Ｔａｂｌｅ　２　Ｐｒｉｍｅｒｓ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎｓ　ｏｆ　ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３ａｎｄ　ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
基因名称
Ｎａｍｅ　ｏｆ　ｇｅｎｅｓ
序列
Ｐｒｉｍｅｒｓ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ
来源
Ｓｏｕｒｃｅ
ＵＰＡ
ｐ２３ＳｒＶ＿ｆ１：５’－ＧＧＡＣＡＧＡＡＡＧＡＣＣＣＴＡＴＧＡＡ－３′
ｐ２３ＳｒＶ＿ｒ１：５′－ＴＣＡＧＣＣＴＧＴＴＡＴＣＣＣＴＡＧＡＧ－３′
文献［６］
ｃｏｘ２－３
ｃｏｘ２－ｆｏｒ：５′－ＧＴＡＣＣＷＴＣＴＴＴＤＲＧＲＲＫＤＡＡＡＴＧＴＧＡＴＧＣ－３′
ｃｏｘ３－ｒｅｖ：５′－ＧＧＡＴＣＴＡＣＷＡＧＡＴＧＲＡＡＷＧＧＡＴＧＴＣ－３′
文献［１５］
ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
Ｆ－９３９：５′－ＴＴＣＣＧＴＧＴＡＡＴＴＴＧＴＡＡＧＴＧＧ－３′
Ｒ－ｒｂｃＳ　ｓｔａｒｔ：５′－ＴＧＴＧＴＴＧＣＧＧＣＣＧＣＣＣＴＴＧＴＧＴＴＡＧＴＣＴＣＡＣ－３′
文献［１６］
　　将测序所得序列进行拼接和校正，拼接后的序列
通过ｂｌａｓｔ比对确定基因序列两端准确位置。同时从
ＧｅｎＢａｎｋ中下载红翎菜科海藻的相关序列（见表１），
所有序列通过ＣｌｕｓｔａｌＷ　１．８３软件进行比对，应用Ｂｉ－
ｏＥｄｉｔ　７．０．０软件对序列进行人工编辑。应用 ＭＥＧＡ
４．０软件计算其相对遗传距离。运用ＰＡＵＰ　４．０［１７］软
件在 Ｍｏｄｅｌｔｅｓｔ　３．７中计算不同核酸替代模型的似然
值并筛选出最适核酸替换模型，最终按 Ａｋａｔｋｅ　Ｉｎｆｏｒ－
ｍａｔｉｏｎ　Ｃｒｉｔｅｒｉｏｎ（ＡＩＣ）结果得到的最适核酸替换模型
利用以上数据在ＰＡＵＰ　４．０中依据邻接法（Ｎｅｉｇｈｂｏｒ
ｊｏｉｎｉｎｇ，ＮＪ）和最大似然法（Ｍａｘｉｍｕｍ　ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ，ＭＬ）
构建系统树，自举值Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ为１　０００次重复。依据
最大简约法（Ｍａｘｉｍｕｍ　ｐａｒｓｉｍｏｎｙ，ＭＰ）构建系统树时
在ＰＡＵＰ　４．０中采用启发式搜索（Ｈｅｕｒｉｓｔｉｃ　ｓｅａｒｃｈ）的
逐步加入式算法 （Ｓｔｅｐｗｉｓｅ　ａｄｄｉｔｉｏｎ）分支交换法
（Ｂｒａｎｃｈ　ｓｗａｐｐｉｎｇ　ａｌｇｏｒｉｔｈｍ）设定为树二等分再连接
算法（Ｔｒｅｅ　ｂｉｓｅｃｔｉｏｎ　ｒｅｃｏｎｎｅｃｔｉｏｎ，ＴＢＲ），每轮搜索最
大尝试次数为１　０００次，每步保留２０个树，自举值
Ｂｏｏｔｓｔｒａｐ为１　０００次重复。
２　结果与分析
２．１　３个基因片段的序列结构特征
３个片段的序列结构特征见表３。序列最长的为
ＵＰＡ基因，其长度为３２６ｂｐ，其次是ｃｏｘ２－３，片段长度
为１３９～１４１ｂｐ，最短的为ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ，其长度为９３～
９４ｂｐ。同时 ＵＰＡ 的 ＧＣ 含量最高，为 ４６．０％ ～
４６．３％，其次是ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ，ＧＣ含量２２．３％～２３．７％，
最低的为ｃｏｘ２－３，为１９．３％～２３．７％。
表３　序列结构信息列表
Ｔａｂｌｅ　３　Ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｌｉｓｔ
物种
Ｓｐｅｃｉｅｓ
ＵＰＡ　 ｃｏｘ２－３　 ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
长度①／ｂｐ　 ＧＣ含量②／％ 长度①／ｂｐ　 ＧＣ含量②／％ 长度①／ｂｐ　 ＧＣ含量②％
琼枝Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ　 ３２６　 ４６．３　 １４１　 ２１．３　 ９３　 ２３．６
长心卡帕藻Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ３２６　 ４６．３　 １３９　 ２３．７　 ９３　 ２３．７
卡帕藻属未知种Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ． ３２６　 ４６．０　 １３９　 ２０．７　 ９３　 ２２．６
麒麟菜Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ　 ３２６　 ４６．３　 １４１　 １９．３　 ９４　 ２２．３
①Ｌｅｎｇｔｈ；② ＧＣ　ｃｏｎｔｅｎｔ
２．２物种间碱基差异
通过解读每个片段的基因信息，分析了不同物种
的碱基差异后，归纳了４个物种各片段之间的信息位
点差异。去除ｇａｐ后，３个片段的信息位点分布分别见
图２，３，４。同时统计信息位点结果（见表４）表明，ｃｏｘ２－３
片段信息位点最多，其他２个片段的信息位点相近。
在ＵＰＡ序列中，卡帕藻属２个物种的信息位点较其他
２个物种多，为５个，其次是琼枝和麒麟菜，均为４个；
在ｃｏｘ２－３序列中，卡帕藻属２个物种的信息位点数最
多，为２４个，其次是麒麟菜２１个，最少的为琼枝１６
个；在ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ序列中，琼枝的信息位点最多，为７个，
其次是麒麟菜６个，最少的为卡帕藻属２个物种为２个。
２４
１２期 刘　涛，等：四种红翎菜科红藻的分子系统学研究
（注：Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ为ＪＮ８５４２６６序列，Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ为ＪＮ８５４２６９－ＪＮ８５４２７１、ＪＮ８５４２７５的序列，序列一致无变异；Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．为ＪＮ８５４２６８、
ＪＮ８５４２７４、ＦＪ５５４８６４、ＦＪ５５４８６６、ＦＪ５５４８６８、ＦＪ５５４８７０、ＦＪ５５４８７１、ＦＪ５５４８７３－ＦＪ５５４８７５的序列，序列一致无变异；Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ 为ＪＮ８５４２７２、
ＦＪ５５４８６３、ＦＪ５５４８６５、ＦＪ５５４８７２的序列（其中ＪＮ８５４２７２在２２５ｂｐ处一个碱基由Ｔ变异为Ｃ，因此此位点忽略），序列一致无变异。
Ｎｏｔｅ：Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅｉｓ　ｔｈｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｏｆ　ＪＮ８５４２６６，Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　ｃｏｎｔａｉｎｓ　ｔｈｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ＪＮ８５４２６９ｔｏ　ＪＮ８５４２７１ａｎｄ　ＪＮ８５４２７５，Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．ｃｏｎｔａｉｎｓ
ｔｈｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ＪＮ８５４２６８、ＪＮ８５４２７４、ＦＪ５５４８６４、ＦＪ５５４８６６、ＦＪ５５４８６８、ＦＪ５５４８７０、ＦＪ５５４８７１ａｎｄ　ＦＪ５５４８７３ｔｏ　ＦＪ５５４８７５，Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍｃｏｎｔａｉｎｓ　ｔｈｅ　ｓｅ－
ｑｕｅｎｃｅｓ　ｏｆ　ＪＮ８５４２７２、ＦＪ５５４８６３、ＦＪ５５４８６５、ＦＪ５５４８７２（ｉｎ　ＪＮ８５４２７２，ａ　ｂａｓｅ　ｍｕｔａｔｅｄ　ｆｒｏｍ　Ｔ　ｔｏ　Ｃ　ａｔ　ｔｈｅ　ｓｉｔｅ　２２５ｂｐ，ｓｏ　ｔｈｅ　ｓｉｔｅ　ｗａｓ　ｉｇｎｏｒｅｄ．）．）
图２　基于ＵＰＡ基因片段的信息位点
Ｆｉｇ．２　Ｔｈｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｓｉｔｅｓ　ｏｆ　ｔｈｅ　ＵＰＡ　ｇｅｎｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔ
表４　信息位点归纳表
Ｔａｂｌｅ　４　Ｔｈｅ　ｓｔａｔｉｓｔｉｃ　ｔａｂｌｅ　ｏｆ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｓｉｔｅｓ
物种Ｓｐｅｃｉｅｓ　 ＵＰＡ　 ｃｏｘ２－３　 ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
物种间信息位点个数
Ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｓｉｔｅｓ　ａｍｏｎｇ　ｓｐｅｃｉｅｓ
Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ　 ４　 １４　 ７
Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ　 ４　 ２１　 ６
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　 ５　 ２４　 ３
种内信息位点个数
Ｔｈｅ　ｎｕｍｂｅｒ　ｏｆ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｓｉｔｅｓ　ｉｎ　ｓｐｅｃｉｅｓ
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ与
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．
１　 ３　 １
３４
中　国　海　洋　大　学　学　报 ２　０　１　２年４４
１２期 刘　涛，等：四种红翎菜科红藻的分子系统学研究
２．３　３个基因片段的序列分析
种间和种内遗传距离见表５。通过遗传距离显示，
ｃｏｘ２－３片段种间和种内遗传距离最明显，其次是ｒｂｃ
ｓｐａｃｅｒ，最小的为 ＵＰＡ 片段。同时种内遗传距离显
示，长心卡帕藻在３个基因片段中均为０．０００，而卡帕
藻属未知种除了在ｃｏｘ２－３中显示为０．００７外，在其他
２个基因片段中显示的遗传距离也均为０．０００。
表５　遗传距离统计表
Ｔａｂｌｅ　５　Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ　ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ　ｔａｂｌｅ
物种Ｓｐｅｃｉｅｓ　 ＵＰＡ　 ｃｏｘ２－３　 ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ
不同物种间遗传距离
Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ　ａｍｏｎｇ　ｓｐｅｃｉｅｓ
Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ与Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ　 ０．０２８　 ０．３３９　 ０．１７２
Ｂ．ｇｅｌａｔｉｎａｅ与Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　 ０．０２８～０．０３１　 ０．３９７　 ０．１１６～０．１２９
Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ与Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　０．０３１～０．０３５　 ０．４６３　 ０．１０６～０．１２０
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ与Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ． ０．００３　 ０．０３０　 ０．０１１
种内遗传距离
Ｇｅｎｅｔｉｃ　ｄｉｓｔａｎｃｅ　ｉｎ　ｓｐｅｃｉｅｓ
Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ　 ０．０００ ０．０００ ０．０００
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ． ０．０００　 ０．００７　 ０．０００
（▲代表本实验样品；基因序列号见表１。▲ｒｅｐｒｅｓｅｎｔｓ　ｔｈｅ　ｔｅｓｔ　ｓａｍｐｌｅｓ；ＧｅｎＢａｎｋ　Ａｃｃｅｓｓｉｏｎ　Ｎｏ．ｉｎ　ｔａｂｌｅ　１．）
图５　基于ｃｏｘ２－３片段的系统发育树（ＭＰ树）
Ｆｉｇ．５　Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｔｒｅｅ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｔｈｅ　ｃｏｘ２－３ｆｒａｇｍｅｎｔ
５４
中　国　海　洋　大　学　学　报 ２　０　１　２年
　　采用３种分析方法（ＮＪ，ＭＰ，ＭＬ）分别构建了基于
ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段的系统发育树，不同方法
所获得的系统树在拓扑结构上基本一致，仅在自展支
持率上略有差异。因此本文仅列出用 ＭＰ方法构建的
树型。启发式搜寻后最终获得１个最优简约树，步长
为７９，最适模型为 Ｋ８１ｕｆ＋Ｉ，一致性指数（ＣＩ）和严格
性指数（ＲＩ）分别是０．８７３和０．９６４。每个基因片段都
选择了一个江蓠属海藻（见表１）的相应序列在建树时
作为外群。由于３个基因片段均能将实验材料所涉及
的３个属明显的区分开来，因此只列出ｃｏｘ２－３片段的
系统发育图（见图５）。其中江蓠属海藻Ｇ．ｇｒａｃｉｌｉｓ作
为外群被聚在最外支，所有红翎菜科海藻被分为３个
大支，分别为麒麟菜属一支，卡帕藻属一支，琼枝属一
支。同时，这３个支的自展支持率很高，为９７％～
１００％。在卡帕藻属的大支上，又分为３个小枝，一支
为长 心 卡 帕 藻 Ｋ．ａｌｖａｒｅｚｉｉ，包 含 本 实 验 样 品
（ＪＮ８５４２５９、 ＪＮ８５４２６０、 ＪＮ８５４２６１、 ＪＮ８５４２６３、
ＪＮ８５４２６５），自展支持率为８２％，一支为异枝卡帕藻
Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ，包含本实验样品（ＪＮ８５４２６４、ＪＮ８５４２５８），
自展支持率为６０％，一支为卡帕藻属另一未知种
Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．，自展支持率为６９％。在麒麟菜属
的大支上，也分为２个小支，一支包含本实验样品
（ＪＮ８５４２６２）的麒麟菜Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ，自展支持率为
１００％，另一支则包含麒麟菜Ｅ．ｄｅｎｔｉｃｕｌａｔｕｍ 和麒麟
菜属的一个未知种Ｅｕｃｈｅｕｍａ　ｓｐ．，自展支持率为
６２％。琼枝属海藻仅有本实验样品数据（ＪＮ８５４２５６）。
３　讨论
３．１　３种基因序列结构的分析
通过分析ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ基因间隔区的片段长
度，琼枝和麒麟菜在ｃｏｘ２－３片段长度上比卡帕藻属２
个种海藻均多出２个碱基（琼枝属多出 Ａ，Ａ，麒麟菜
属多出Ａ，Ｔ）。麒麟菜在ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段长度上比其
他３个物种多出一个碱基（Ａ）。因此，序列长度上表现
出了一定的物种差异。通过分析３个片段的基因序列
结构表明，编码蛋白的 ＵＰＡ片段 ＧＣ含量明显高于
ｃｏｘ２－３和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ基因间隔区的片段，体现出编码基
因在结构中的稳定性要高于非编码基因，ＵＰＡ 片段
ＧＣ含量最高，最低的为ｃｏｘ２－３片段。而卡帕藻属的
长心卡帕藻在ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段上表现出比其他
物种略高的ＧＣ含量，特别是在对卡帕藻属２个不同
种的比较的上发现，长心卡帕藻的 ＧＣ含量略高于卡
帕藻属未知种，在ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段上表现得较
为明显，因此，ＧＣ含量的差异也可成为２个种区分的
依据。
３．２信息位点的发掘
在本研究中，比较了４个物种在 ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ
ｓｐａｃｅｒ片段中信息位点差异。其中ｃｏｘ２－３片段序列中
存在的信息位点最多，反映出较大的遗传变异幅度。
不同物种之间的信息位点为３～２４个不等，而卡帕藻
属的２个种之间的信息位点仅为１～３个，这反映出卡
帕藻属这２个种间的遗传变异较小。ｃｏｘ２－３片段在琼
枝中有１６个信息位点，在卡帕藻属２个种中有２４个
信息位点，在麒麟菜中有２１个信息位点，表明在此片
段上的属间遗传变异幅度较大。而另２个片段在４个
不同物种之间的信息位点３～７个不等，表明在其遗传
变异幅度较小。
３．３基于３种基因序列构建的系统进化树的分析
基于ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ　３个基因片段构
建的系统进化树均能对实验材料所涉及的３个属即琼
枝属、卡帕藻属和麒麟菜属进行很好的区分，同时也可
将卡帕藻属的２个种分开。
通过比较遗传距离发现，ＵＰＡ片段较其他２个片
段的遗传距离数值明显偏低，表明实验材料种间和种
内的遗传变异较小。在２００８年Ｃｏｎｋｌｉｎ等人［８］也分析
了麒麟菜属和卡帕藻属的ＵＰＡ片段，均发现虽然２个
属之间有明显的差异，但是属内变异范围极小。可见，
本实验研究结果与之前报道的 ＵＰＡ片段的分析结果
相似。Ｃｏｎｋｌｉｎ等人分析了麒麟菜属和卡帕藻属１５个
样品的ｃｏｘ２－３片段，虽能将２个属区分开，但是材料中
有些物种由于当时研究数据较少的限制没有鉴定到
种。在本研究中，基于ｃｏｘ２－３构建的系统发育树可将
３个属明显区分，且３个属的分支上自展支持率都达到
９８％，得到了较高的可信度。在遗传距离上ｃｏｘ２－３基
因种内变异范围仅为０．０００～０．００７，但是种间变异范
围较大，在０．３３９～０．４６３之间。另有研究指出，ｒｂｃ
ｓｐａｃｅｒ片段对于系统分析来说太短而且区分度不好。
而本研究中，基于ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ建立的系统树也对３个属
做了较好的区分，同时也将卡帕藻属中的２个种区分
开来。另外，在基于ｃｏｘ２－３和ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ的系统发育
树中表明实验样品的卡帕藻属未知种（２００９０５０６０与
２００９１１０５３）均与异枝卡帕藻Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ聚在一起，但
是仅有２个片段的分子证据还不足以确定其分类地
位，因此这２个未知种的进一步鉴定还有待商榷。
对于红藻门的海藻，研究片段主要集中在核糖体
１８Ｓ与２８Ｓ的非编码转录间隔区（ＩＴＳ），ＵＰＡ，线粒体
的ｃｏｘⅠ，ｃｏｘ２－３ｓｐａｃｅｒ片段，以及叶绿体ｒｂｃＬ、ｒｂｃ
ｓｐａｃｅｒ基因片段等。之前的研究发现，ＩＴＳ［１８］、ｒｂｃＬ［１１］
等基因均可将麒麟菜属和卡帕藻属明显的区分。但前
人研究均不包含琼枝属海藻。本研究选择了目前在红
翎菜科琼枝属、卡帕藻属和麒麟菜属中研究较少的
ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ片段进行实验，通过多个片段
６４
１２期 刘　涛，等：四种红翎菜科红藻的分子系统学研究
综合分析比较，也得到了可以将３个属的海藻明显区
分的可信度较高的实验结果。
３．４卡帕藻属海藻的特点
本研究中的长心卡帕藻海藻涉及印度尼西亚
（２００９１１０５２）（见表１），越南（２００９０５０６１，２００９０５０６２、
２００９０５０６３和２００９１１００３）。其中在藻体颜色上有所差
异，如来自越南的藻体呈黄绿色（２００９０５０６１）或红褐色
（２００９０５０６２、２００９０５０６３和２００９１１００３），来自印度尼西
亚藻体呈嫩绿色 （２００９１１０５２）。但是本研究通过
ＵＰＡ、ｃｏｘ２－３、ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ基因片段序列比对后，其遗传
距离为０．０００～０．００２之间，变异范围极小。根据２００６
年Ｚｕｃｃａｒｅｌｏ［４］等人的研究结果表明，其所研究３个类
群的长心卡帕藻，即一个世界范围内的养殖群体（２６个
个体）和分别来自非洲（１个个体）和夏威夷（１４个个
体）的２个野生群体通过ｃｏｘ２－３基因片段可以明显的
区分开，表明养殖群体和野生群体的种间存在差异，但
是同一个养殖群体或同一个地理种群的个体间变异
小，此外这３个类群的长心卡帕藻作为同一个种与另
一个种Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ分开。因此，体色的差异有可能是
由于无性繁殖过程中的突变造成的。
在本研究中还发现，卡帕藻属未知种Ｋａｐｐａｐｈｙ－
ｃｕｓ　ｓｐ．（２００９０５０６０ 和 ２００９１１０５３）与 Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ
（ＪＮ２３４７６３、ＪＮ２３４７６４、ＪＮ２３４７６５）在ｃｏｘ２－３序列中的
遗 传 距 离 为 ０．０００～０．０１５，而 与 Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ
（ＡＹ６８７４１６）在 ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ序列中的遗传 距 离 为
０．０００，均小于种间差异，即从系统发育进化关系来看，
二 者 的 遗 传 关 系 较 近，但 Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐ．
（２００９０５０６０和２００９１１０５３）藻体表面光滑，无疣突，形
态学特征与异枝卡帕藻Ｋ．ｓｔｒｉａｔｕｍ 不符。这可能与
这２种卡帕藻的分化时间以及地位有关，还有待于进
一步的研究。
３．５前景展望
分子系统学发展为进一步进行系统进化、物种鉴
定以及不同生态型划分提供了有力的工具。但是海藻
属于植物界原始的生物类群，其存在着同源起源和平
行演化的独特进化路线，另外，其发生在线粒体、叶绿
体之间的内共生现象，使其系统进化研究存在着很高
的复杂性，在未来的工作中，进一步从多个基因序列以
及全基因组角度进行比较分析，将有助于客观和准确
的揭示海藻系统进化关系。
参考文献：
［１］　夏邦美，张峻甫．中国海藻志 ［Ｍ］．北京：科学出版社，１９９９：
１１５－１３２．
［２］　Ｌｌｕｉｓｍａ　Ａ　Ｏ，Ｒａｇａｎ　Ｍ　Ａ．Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　ａｍｏｎｇ　Ｅｕｃｈｅｕｍａｄｅｎｔｉｃ－
ｕｌａｔｕｍ，Ｅｕｃｈｅｕｍａ　ｉｓｉｆｏｒｍｅ，ａｎｄ　Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ａｌｖａｒｅｚｉｉ（Ｇｉｇａｒ－
ｔｉｎａｌｅｓ，ＲｈｏｄｏＰｈｙｔａ）ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｎｕｃｌｅａｒ　ｓｓｕ－ｒＲＮＡ　ｇｅｎｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ
［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｐｈｙｃｏｌｏｇｙ，１９９５，７：４７１－４７７．
［３］　Ｃｏｎｋｌｉｎ　Ｅ　Ｊ，Ｓｍｉｔｈ　Ｊ　Ｅ．Ａｂｕｎｄａｎｃｅ　ａｎｄ　ｓｐｒｅａｄ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｉｎｖａｓｉｖｅ　ｒｅｄ
ａｌｇａｅ，Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｓｐｐ．，ｉｎ　Ｋａｎｅ＇ｏｈｅ　Ｂａｙ，Ｈａｗａｉ　ａｎｄ　ａｎ　ｅｘ－
ｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ　ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ　ｏｆ　ｍａｎａｇｅｍｅｎｔ　ｏｐｔｉｏｎｓ［Ｊ］．Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　Ｉｎ－
ｖａｓｉｏｎｓ，２００５，７：１０２９－１０３９．
［４］　Ｚｕｃｃａｒｅｌｏ　Ｇ　Ｃ，Ｃｒｉｔｃｈｌｅｙ　Ａ　Ｔ，Ｓｍｉｔｈ　Ｊ　Ｅ，ｅｔ　ａｌ．Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ　ａｎｄ
ｇｅｎｅｔｉｃ　ｖａｒｉａｔｉｏｎ　ｉｎ　ｃｏｍｍｅｒｃｉａｌ　Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓａｎｄ　Ｅｕｃｈｅｕｍａ（Ｓｏ－
ｌｉｅｒｉａｃｅａｅ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ａｐｐｌｉｅｄ　Ｐｈｙｃｏｌｏｇｙ，２００６，
１８：６４３－６５１．
［５］　Ｙｏｏｎ　Ｈ　Ｓ，Ｌｅｅ　Ｊ　Ｙ，Ｂｏｏ　Ｓ　Ｍ，ｅｔ　ａｌ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ　ｏｆ　ａｌａｒｉａｃｅａｅ，
ｌａｍｉｎａｒｉａｃｅａｅ，ａｎｄ　ｌｅｓｓｏｎｉａｃｅａｅ（ｐｈａｅｏｐｈｙｃｅａｅ）．ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ｐｌａｓｔｉｄ－
ｅｎｃｏｄｅｄ　ｒｕＢｉｓＣｏ　ｓｐａｃｅｒ　ａｎｄ　ｎｕｃｌｅａｒ－Ｅｎｃｏｄｅｄ　ＩＴＳ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｃｏｍ－
ｐａｒｉｓｏｎｓ［Ｊ］．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ　ａｎｄ　Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，２００１，２１
（２）：２３１－２４３．
［６］　Ｓｈｅｒｗｏｏｄ　Ａ　Ｒ，Ｐｒｅｓｔｉｎｇ　Ｇ　Ｇ．Ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚｉｎｇ　ｇｒｅｅｎ　ａｌｇａｌ　ｂｉｏｇｉｖｅｒ－
ｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｈａｗａｉａｎ　ｒｅｅｆ　ａｎｄ　ｅｓｔｕａｒｉｎｅ　ｃｏｍｍｕｎｉｔｉｅｓ：ｅｘｐａｎｓｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ
ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　ａｓｓｅｓｓｍｅｎｔ　ｆｒａｍｅｗｏｒｋ　ｔｏ　ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈ　ｎａｔｉｖｅ
ｆｒｏｍ　ａｌｉｅｎ　ｇｅｎｏｔｙｐｅｓ［Ｒ］．Ｈａｗａｉ：Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｈａｗａｉ，２００７．
［７］　Ｌａｎｅ　Ｃ　Ｅ，Ｌｉｎｄｓｔｒｏｍ　Ｓ　Ｃ，Ｓａｕｎｄｅｒｓ　Ｇ　Ｗ．Ａ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ａｓｓｅｓｓ－
ｍｅｎｔ　ｏｆ　ｎｏｒｔｈｅａｓｔ　Ｐａｃｉｆｉｃ　Ａｌａｒｉａ　ｓｐｅｃｉｅｓ （Ｌａｍｉｎａｒｉａｌｅｓ，Ｐｈａｅｏ－
ｐｈｙｃｅａｅ）ｗｉｔｈ　ｒｅｆｅｒｅｎｃｅ　ｔｏ　ｔｈｅ　ｕｔｉｌｉｔｙ　ｏｆ　ＤＮＡ　ｂａｒｃｏｄｉｎｇ［Ｊ］．Ｍｏ－
ｌｅｃｕｌａｒ　ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｓ　ａｎｄ　ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ，２００７，４４：６３４－６４８．
［８］　Ｃｏｎｋｌｉｎ　Ｋ　Ｙ，Ｋｕｒｉｈａｒａ　Ａ，Ｓｈｅｒｗｏｏｄ　Ａ　Ｒ．Ａ　ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｍｅｔｈｏｄ
ｆｏｒ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌｙ　ｐｌａｓｔｉｃ　ｉｎｖａｓｉｖｅ　ａｌｇａｌ　ｇｅｎｅ－
ｒａ　Ｅｕｃｈｅｕｍａ　ａｎｄ　Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ （Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ，Ｇｉｇａｒｔｉｎａｌｅｓ）ｉｎ
Ｈａｗａｉ［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　ａｐｐｌｉｅｄ　ｐｈｙｃｏｌｏｇｙ，２００９，２１（６）：６９１－６９９．
［９］　Ｙａｎｇ　Ｅ　Ｃ，Ｋｉｍ　Ｍ　Ｓ　Ｌ，Ｇｅｒａｌｄｉｏｎ　Ｐ　Ｊ，ｅｔ　ａｌ．Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ　ｃｏｘ１
ａｎｄ　ｐｌａｓｔｉｄ　ｒｂｃＬ　ｇｅｎｅｓ　ｏｆ　Ｇｒａｃｉｌａｒｉａ　ｖｅｒｍｉｃｕｌｏｐｈｙｌｌａ （Ｇｒａｃｉｌａｒｉ－
ａｃｅａｅ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　ａｐｐｌｉｅｄ　ｐｈｙｃｏｌｏｇｙ，２００８，２０：
１６１－１６８．
［１０］　Ｂｒｏｄｉｅ　Ｊ，Ｍｏｒｔｅｎｓｅｎ　Ａ　Ｍ，Ｒａｍｉｒｅｚ　Ｍ　Ｅ，ｅｔ　ａｌ．Ｍａｋｉｎｇ　ｔｈｅ
ｌｉｎｋｓ：ｔｏｗａｒｄｓ　ａ　ｇｌｏｂａｌ　ｔａｘｏｎｏｍｙ　ｆｏｒ　ｔｈｅ　ｒｅｄ　ａｌｇａｌ　ｇｅｎｕｓ　Ｐｏｒ－
ｐｈｙｒａ（Ｂａｎｇｉａｌｅｓ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　ａｐｐｌｉｅｄ　ｐｈｙｃｏｌｏ－
ｇｙ，２００８，２０（５）：９３９－９４９．
［１１］　Ｆｒｅｄｅｒｉｃｑ　Ｓ，Ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ　Ｄ　Ｗ，Ｈｏｍｍｅｒｓａｎｄ　Ｍ　Ｈ．Ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎｓ
ｏｎ　ｔｈｅ　ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ　ａｎｄ　ｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｙ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｓｏｌｉｅｒｉ－
ａｃｅａｅ（Ｇｉｇａｒｔｉｎａｌｅｓ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）ｉｎｆｅｒｒｅｄ　ｆｒｏｍ　ｒｂｃＬ　ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ
ａｎｄ　ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ　ｅｖｉｄｅｎｃｅ ［Ｊ］．Ｈｙｄｒｏｂｉｏｌｏｇｉａ，１９９９，３９８／
３９９：２５－３８．
［１２］　Ｓｈｅｒｗｏｏｄ　Ａ　Ｒ，Ｋｕｒｉｈａｒａ　Ａ，Ｃｏｎｋｌｉｎ　Ｋ　Ｙ，ｅｔ　ａｌ．Ｔｈｅ　Ｈａｗａｉａｎ
Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ　Ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ　Ｓｕｒｖｅｙ （２００６－２０１０）：ａ　ｓｕｍｍａｒｙ　ｏｆ
ｐｒｉｎｃｉｐａｌ　ｆｉｎｄｉｎｇｓ［Ｊ］．ＢＭＣ　Ｐｌａｎｔ　Ｂｉｏｌｏｇｙ，２０１０，１０：２５８．
［１３］　Ｄｅｓｔｏｍｂｅ　Ｃ，Ｖａｌｅｒｏ　Ｍ，Ｇｕｉｌｅｍｉｎ　Ｍ　Ｌ．Ｄｅｌｉｎｅａｔｉｏｎ　ｏｆ　Ｔｗｏ　Ｓｉｂ－
ｌｉｎｇ　Ｒｅｄ　Ａｌｇａｌ　Ｓｐｅｃｉｅｓ，Ｇｒａｃｉｌａｒｉａ　Ｇｒａｃｉｌｉｓ　ａｎｄ　Ｇｒａｃｉｌａｒｉａ　Ｄｕｒａ
（Ｇｒａｃｉｌａｒｉａｌｅｓ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ），Ｕｓｉｎｇ　Ｍｕｌｔｉｐｌｅ　ＤＮＡ　Ｍａｒｋｅｒｓ：
Ｒｅｓｕｒｒｅｃｔｉｏｎ　ｏｆ　ｔｈｅ　Ｓｐｅｃｉｅｓ　Ｇ．Ｄｕｒａ　Ｐｒｅｖｉｏｕｓｌｙ　Ｄｅｓｃｒｉｂｅｄ　ｉｎ　ｔｈｅ
Ｎｏｒｔｈｅｒｎ　Ａｔｌａｎｔｉｃ　２００Ｙｅａｒｓ　Ａｇｏ［Ｊ］．Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｐｈｙｃｏｌｏｇｙ，
２０１０，４６（４）：７２０－７２７．
［１４］　孙晓宇，罗丹，赵翠，等．不同保存条件下五种大型海藻的ＤＮＡ
提取和ＰＣＲ分析［Ｊ］．分子植物育种（网络版），２０１１，９：１６８０－
１６９１．
［１５］　Ｚｕｃｃａｒｅｌｏ　Ｇ　Ｃ，Ｂｕｒｇｅｒ　Ｇ，Ｗｅｓｔ　Ｊ　Ａ，ｅｔ　ａｌ．Ａｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ
ｍａｒｋｅｒ　ｆｏｒ　ｒｅｄ　ａｌｇａｌ　ｉｎｔｒａｓｐｅｃｉｆｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ：ｖａｒｉａｂｌｅ　ｗｉｔｈｉｎ
ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ　ａｎｄ　ｍａｔｅｒｎａｌｙ　ｉｎｈｅｒｉｔｅｄ［Ｊ］．Ｍｏｌ　Ｅｃｏｌ，１９９９ａ，８：
１４４３－１４４８．
７４
中　国　海　洋　大　学　学　报 ２　０　１　２年
［１６］　Ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ　Ｄ　Ｗ，Ｒｕｅｎｅｓｓ　Ｊ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ　ｏｆ　ｓｏｍｅ
Ｅｕｒｏｐｅａｎ　Ｇｅｌｉｄｉｕｍ （Ｇｅｌｉｄｉａｌｅｓ，Ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）ｓｐｅｃｉｅｓ，ｂａｓｅｄ　ｏｎ
ｒｂｃＬ　ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ　ｓｅｑｕｅｎｃｅ　ａｎａｌｙｓｉｓ［Ｊ］．Ｐｈｙｃｏｌｏｇｉａ，１９９４，３３
（３）：１８７－１９４．
［１７］　Ｓｗｏｆｆｏｒｄ　Ｄ　Ｌ．ＰＡＵＰ．Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ　ａｎａｌｙｓｉｓ　ｕｓｉｎｇ　ｐａｒｓｉｍｏｎｙ
（ａｎｄ　Ｏｔｈｅｒ　Ｍｅｔｈｏｄｓ）．Ｖｅｒｓｉｏｎ　４．［ＣＰ］．Ｓｉｎａｕｅｒ　Ａｓｓｏｃｉａｔｅｓ，
Ｓｕｎｄｅｒｌａｎｄ，Ｍａｓｓａｃｈｕｓｅｔｔｓ，２００２．
［１８］　ＺＨＡＯ　Ｓｕｆｅｎ，ＨＥ　Ｐｅｉｍｉｎ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ　ｂａｓｅｄ　ｏｎ　ＩＴＳ
ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ　ｆｏｒ　Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ａｎｄ　Ｅｕｃｈｅｕｍａ　ｃｕｌｔｉｖａｔｅｄ　ｉｎ　Ｃｈｉｎａ
［Ｊ］．Ｃｈｉｎｅｓｅ　Ｊｏｕｒｎａｌ　ｏｆ　Ｏｃｅａｎｏｌｏｇｙ　ａｎｄ　Ｌｉｍｎｏｌｏｇｙ，２０１１，２９：
１２８７－１２９６．
Ｓｔｕｄｙ　ｏｎ　Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ　Ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃｓ　ｏｆ　Ｆｏｕｒ　Ｓｅａｗｅｅｄ　Ｓｐｅｃｉｅｓ
ｉｎ　Ｆａｍｉｌｙ　Ｓｏｌｉｅｒｉａｃｅａｅ（ｒｈｏｄｏｐｈｙｔａ）
ＬＩＵ　Ｔａｏ，ＳＵＮ　Ｙａｎ，ＪＩＮ　Ｙｕｅ－Ｍｅｉ，ＬＩＵ　Ｃｕｉ，ＺＨＡＮＧ　Ｌｅｉ，ＺＨＡＮＧ　Ｓｉ
（Ｃｏｌｅｇｅ　ｏｆ　Ｍａｒｉｎｅ　Ｌｉｆｅ　Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，Ｏｃｅａｎ　Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ　ｏｆ　Ｃｈｉｎａ，Ｑｉｎｇｄａｏ　２６６００３，Ｃｈｉｎａ）
Ａｂｓｔｒａｃｔ：　Ｔｈｅ　ｔａｘｏｎｏｍｙ　ｏｆ　ｓｅａｗｅｅｄ　ｓｐｅｃｉｅｓ　ｉｎ　ｆａｍｉｌｙ　ｓｏｌｉｅｒｉａｃｅａｅ　ｓｅａｗｅｅｄｓ　ｈａｓ　ｌｏｎｇ　ｂｅｅｎ　ａ　ｃｈａｌｅｎｇｅ；
ｔｈｅｙ　ｖａｒｉｅｄ　ｈｉｇｈｌｙ　ｉｎ　ｍｏｒｐｈｏｌｏｇｉｃａｌ　ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ　ａｎｄ　ｍｉｇｈｔ　ｈａｖｅ　ａｃｃｕｍｕｌａｔｅｄ　ｄｉｖｅｒｓｅ　ｍｕｔａｔｉｏｎｓ　ｄｕｒｉｎｇ
ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ．Ｉｎ　ｔｈｉｓ　ｓｔｕｄｙ，ｔｈｒｅｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔｓ，２３Ｓｒｉｂｏｓｏｍａｌ　ＲＮＡ　ｇｅｎｅ（ＵＰＡ），ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌ　ｃｏｘ２－３ａｎｄ
ｃｈｌｏｒｏｐｌａｓｔ　ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ　ｏｆ　ｔｈｅ　４ｓｐｅｃｉｅｓ　ｗｅｒｅ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ，ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ　ａｎｄ　ｕｓｅｄ　ｔｏ　ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ　ｔｈｅｉｒ　ｓｙｓｔｅｍａｔｉｃ
ｐｏｓｉｔｉｏｎｓ．Ｔｈｅ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ　ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｏｆ　ＵＰＡ　ｗａｓ　３６２ｂｐ　ｉｎ　ｌｅｎｇｔｈ　ｉｎ　ａｌ　ｓｐｅｃｉｅｓ　ｓｔｕｄｉｅｄ　ａｎｄ　ｉｔｓ　ＧＣ　ｃｏｎｔｅｎｔ
ｖａｒｉｅｓ　ｆｒｏｍ　４６％ｔｏ　４６．３％．Ｔｈｅ　ｆｒａｇｍｅｎｔ　ｏｆ　ｃｏｘ２－３ｗａｓ　１４１ｂｐ，１３９ｂｐ　ａｎｄ　１４１ｂｐ　ｉｎ　ｌｅｎｇｔｈ　ｉｎ　ｇｅｎｕｓ　Ｂｅ－
ｔａｐｈｙｃｕｓ，Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ａｎｄ　Ｅｕｃｈｅｕｍａ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ，ａｎｄ　ｉｔｓ　ＧＣ　ｃｏｎｔｅｎｔ　ｖａｒｉｅｓ　ｆｒｏｍ　１９．３％ｔｏ　２３．３％．
Ｔｈｅ　ｓｐａｃｅｒ　ｏｆ　ｒｂｃ　ｗａｓ　９３ｂｐ，９３ｂｐ　ａｎｄ　９４ｂｐ　ｉｎ　ｌｅｎｇｔｈ　ｉｎ　ｇｅｎｕｓ　Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ，Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ａｎｄ　Ｅｕｃｈｅｕ－
ｍａ，ｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ，ａｎｄ　ｉｔｓ　ＧＣ　ｃｏｎｔｅｎｔ　ｖａｒｉｅｓ　ｆｒｏｍ　２２．３％ｔｏ　２３．７％．Ａｓ　ｆｏｕｎｄ　ｉｎ　ＰＡＵＰ　ａｎａｌｙｓｉｓ，ｇｅｎｕｓ
Ｅｕｃｈｅｕｍａ，Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ａｎｄ　Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ　ｗｅｒｅ　ｏｂｖｉｏｕｓｌｙ　ｄｉｓｔｉｎｇｕｉｓｈａｂｌｅ　ｅａｃｈ　ｏｔｈｅｒ，ａｎｄ　２ｓｐｅｃｉｅｓ　ｉｎ　ｇｅ－
ｎｕｓ　Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ　ｃａｎ　ｂｅ　ｓｅｐａｒａｔｅｄ　ｗｉｔｈ　ｔｈｅ　３ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ａｍｐｌｉｆｉｅｄ．Ｉｎ　ａｄｄｉｔｉｏｎ，ｔｈｅ　ｖａｒｙｉｎｇ　ｐｏｓｉｔｉｏｎｓ
ｗｉｔｈｉｎ　３ｆｒａｇｍｅｎｔｓ　ｅａｃｈ　ａｍｏｎｇ　４ｓｐｅｃｉｅｓ　ｗｉｌ　ｐｒｏｖｉｄｅ　ｓｕｐｐｏｒｔｉｖｅ　ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ　ｆｏｒ　ｒｅｌａｔｉｖｅ　ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ　ｓｔｕｄ－
ｉｅｓ．
Ｋｅｙ　ｗｏｒｄｓ：　Ｅｕｃｈｅｕｍａ；Ｋａｐｐａｐｈｙｃｕｓ；Ｂｅｔａｐｈｙｃｕｓ；ＵＰＡ；ｃｏｘ２－３；ｒｂｃ　ｓｐａｃｅｒ；ｐｈｙｌｏｇｅｎｙ
责任编辑　朱宝象
８４