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Effects of intensive management on abundance and composition of soil N2fixing bacteria in Phyllostachys heterocycla stands.

集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落结构和丰度的影响


为揭示集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落特征的影响,采用变性梯度凝胶电泳(DGGE)和荧光定量PCR技术,分析集约经营0(CK)、10、15、20、25年毛竹林土壤固氮菌群落结构和丰度的变化规律,并探讨了影响土壤固氮菌群落的主要环境因素.结果表明: 毛竹林集约经营导致土壤pH下降而速效养分积累;集约经营初期(10年)和后期(25年)土壤固氮细菌的群落结构与对照相似,而中期的15年和20年则与对照差异较大.固氮菌多样性指数和丰度均呈现先减少后增加的趋势,经营15年时达到最小值;土壤固氮细菌表现出对集约经营干扰的抵抗和恢复反应.冗余分析表明,土壤速效钾、水解氮、硝态氮和铵态氮的含量与固氮菌群落结构的变化有较强的相关性,表明集约经营措施导致了土壤固氮细菌短期的变化,但长期而言,不会对土壤固氮细菌产生不良影响.
 

Denaturing gradientgel electrophoresis and realtime quantitative PCR (qPCR) were employed to determine the effects of intensive management on soil N2fixing bacteria in a moso bamboo (Phyllostachys heterocycla) plantation. Soil samples were collected from the moso bamboo stands receiving 0 (CK), 10, 15, 20, and 25 years of intensive management. It was found that intensive management caused a strong decrease in soil pH but a general increase in soil available nutrients. The structure of the N2fixing bacterial communities in the soils having received 10 and 25 years of intensive management were quite similar to that from the CK; however, those from 15 and 20 years of intensification differed from the CK. With increasing time of intensive management, the abundance and diversity of the nifH gene at first decreased and then increased, with the minimum values being observed after 15 years of intensive management, indicating the eventual resiliency of N2fixing bacteria to disturbance induced by intensive management. Redundancy analysis indicated that soil available potassium, available nitrogen, nitrite nitrogen, and ammonium nitrogen were more closely related to the changes of N2fixing bacterial community structure compared with the other soil indices measured. In conclusion, the soil N2fixing bacterial community was negatively affected by intensive management in the short term, but could recover in the long term.


全 文 :集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落
结构和丰度的影响∗
何冬华  陈俊辉  徐秋芳∗∗  沈秋兰  李永春  毛新伟  程  敏
(浙江农林大学环境与资源学院浙江省森林生态系统碳循环与固碳减排重点实验室, 浙江临安 311300)
摘  要  为揭示集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落特征的影响,采用变性梯度凝胶电泳
(DGGE)和荧光定量 PCR技术,分析集约经营 0(CK)、10、15、20、25 年毛竹林土壤固氮菌群
落结构和丰度的变化规律,并探讨了影响土壤固氮菌群落的主要环境因素.结果表明: 毛竹林
集约经营导致土壤 pH下降而速效养分积累;集约经营初期(10 年)和后期(25 年)土壤固氮
细菌的群落结构与对照相似,而中期的 15年和 20年则与对照差异较大.固氮菌多样性指数和
丰度均呈现先减少后增加的趋势,经营 15年时达到最小值;土壤固氮细菌表现出对集约经营
干扰的抵抗和恢复反应.冗余分析表明,土壤速效钾、水解氮、硝态氮和铵态氮的含量与固氮
菌群落结构的变化有较强的相关性,表明集约经营措施导致了土壤固氮细菌短期的变化,但
长期而言,不会对土壤固氮细菌产生不良影响.
关键词  集约经营; 毛竹林; 固氮细菌; 变性梯度凝胶电泳; 实时荧光定量 PCR
文章编号  1001-9332(2015)10-2961-08  中图分类号  S714.3  文献标识码  A
Effects of intensive management on abundance and composition of soil N2⁃fixing bacteria in
Phyllostachys heterocycla stands. HE Dong⁃hua, CHEN Jun⁃hui, XU Qiu⁃fang, SHEN Qiu⁃lan,
LI Yong⁃chun, MAO Xin⁃wei, CHENG Min (Zhejiang Provincial Key Laboratory of Carbon Cyc⁃
ling in Forest Ecosystems and Carbon Sequestration, Zhejiang A&F University, Lin’ an 311300,
Zhejiang, China) . ⁃Chin. J. Appl. Ecol., 2015, 26(10): 2961-2968.
Abstract: Denaturing gradient⁃gel electrophoresis and real⁃time quantitative PCR ( qPCR) were
employed to determine the effects of intensive management on soil N2⁃fixing bacteria in a moso bam⁃
boo ( Phyllostachys heterocycla) plantation. Soil samples were collected from the moso bamboo
stands receiving 0 (CK), 10, 15, 20, and 25 years of intensive management. It was found that in⁃
tensive management caused a strong decrease in soil pH but a general increase in soil available nu⁃
trients. The structure of the N2⁃fixing bacterial communities in the soils having received 10 and 25
years of intensive management were quite similar to that from the CK; however, those from 15 and
20 years of intensification differed from the CK. With increasing time of intensive management, the
abundance and diversity of the nifH gene at first decreased and then increased, with the minimum
values being observed after 15 years of intensive management, indicating the eventual resiliency of
N2⁃fixing bacteria to disturbance induced by intensive management. Redundancy analysis indicated
that soil available potassium, available nitrogen, nitrite nitrogen, and ammonium nitrogen were
more closely related to the changes of N2⁃fixing bacterial community structure compared with the
other soil indices measured. In conclusion, the soil N2⁃fixing bacterial community was negatively
affected by intensive management in the short term, but could recover in the long term.
Key words: intensive management; Phyllostachys heterocycla stand; N2⁃fixing bacteria; denaturing
gradient⁃gel electrophoresis (DGGE); real⁃time quantitative PCR.
∗国家自然科学基金项目(41271274)资助.
∗∗通讯作者. E⁃mail: xuqiufang@ zafu.edu.cn
2014⁃12⁃08收稿,2015⁃07⁃06接受.
应 用 生 态 学 报  2015年 10月  第 26卷  第 10期                                                         
Chinese Journal of Applied Ecology, Oct. 2015, 26(10): 2961-2968
    毛竹(Phyllostachys heterocycla)又称楠竹(Phyl⁃
lostachys pubescens),是中国分布最广、面积最大的主
要经济竹种,主要分布在长江以南地区.第八次全国
森林资源连续清查(2009—2013年)结果显示,现阶
段,我国竹林面积达 601×104 hm2,其中毛竹林的面
积为 443×104 hm2,占竹林面积的 70%,并且由于毛
竹自然扩展和人为更新,面积还将继续增加.毛竹用
途广泛、经济价值高,已成为我国南方地区特别是山
区农民主要的经济来源之一,也是现代林业的优势
和支柱产业.为了追求更高的经济效益,许多天然竹
林由粗放型经营逐渐转变为集约型经营,而集约经
营的主要特征为施用化肥,如尿素和复合肥.集约模
式短期内可使竹林生产力明显提高,然而,化学品的
长期过量投入导致的土壤养分失衡、土壤酸化、有害
物质积累、生物多样性衰退等负面影响也日益显现,
给生态系统本身与环境带来了巨大压力和严重威
胁[1] .如土壤中积累的养分元素通过挥发、径流、渗
滤等途径进入竹林周边水体,对大气和水体质量产
生严重威胁[2],竹林土壤水土流失增加[3] .随着种植
年限的延长,土壤酸度逐渐增强[4],土壤质量出现
了不同程度的退化[5] .此外,长期集约经营也降低了
土壤微生物的活性,促使竹林微生态提前退化[6] .近
年来,竹林集约经营引起的土壤微生物及相关生态
功能的变化广受关注[6-8],土壤氮素循环过程大都
与微生物有关,其中固氮微生物又是整个循环中的
重要环节.生物固氮是固氮微生物利用自身的固氮
酶系统将空气中的氮气转化为氨的过程,而固氮微
生物对保障土壤植物可利用氮素供应具有重要贡
献,其群落结构组成对土壤氮素固定及维持氮素循
环平衡具有重要意义[9] .据不完全统计,生物固氮占
全球植物所需氮素的 3 / 4[10] .
毛竹集约经营可能会改变土壤固氮微生物的群
落结构,影响毛竹林生态系统氮素循环.对于毛竹林
固氮微生物的研究,目前已报道的文献主要应用传
统的平板培养方法[11-13],从毛竹根际分离得到固氮
菌并加以鉴定,同时从生理生化特征、温度、pH、碳
源对其生长情况方面加以研究,由于该方法获得的
可培养固氮菌种类较少,导致多样性不高,无法较全
面地表征毛竹林土壤固氮菌群落状况,而基于功能
基因分子手段的毛竹林土壤固氮菌群研究几乎未见
报道.固氮微生物主要在固氮酶铁蛋白的催化作用
下固定空气中的氮气,而编码固氮酶铁蛋白亚基的
nifH基因相对保守,可作为研究固氮微生物多样性
的理想遗传标志[14] .为了揭示毛竹集约经营对毛竹
林土壤固氮细菌的影响,本研究通过选取不同集约
经营历史的毛竹林地,采用聚合酶链式反应( poly⁃
merase chain reaction,PCR)、变性梯度凝胶电泳(de⁃
naturing gradient gel electrophoresis,DGGE)及荧光定
量 PCR(real time fluorescent quantitative PCR, qPCR)
方法,研究毛竹林土壤固氮细菌数量及种群结构的演
变趋势,并利用冗余分析方法探讨其主要影响因素,
研究结果可为毛竹林土壤管理和施肥提供理论依据,
对促进毛竹林地可持续发展具有重要意义.
1  研究区域与研究方法
1􀆰 1  研究区概况
研究区位于浙江省遂昌县(28°13′—18°49′ N,
118°41′—119°30′ E),属亚热带季风气候区,多年平
均气温 16.8 ℃,无霜期 251 d,降水量 1510 mm.母岩
为由花岗岩变质的片麻岩石,坡度 20° ~25°,土壤深
厚、疏松,土层厚度大于 1 m.毛竹密度为 1800
株·hm-2左右,1989 年之前为竹林开发阶段,仅劈
山、垦复,不施肥. 1989—2000 年施肥方法为:大年
(留养新竹年)6 月在每株毛竹的上方开环形沟,施
用尿素(或碳铵)450 kg·hm-2;2000—2010 年施用
配方肥,每年用量为尿素 450 kg·hm-2、过磷酸钙
380 kg·hm-2、氯化钾 75 kg·hm-2;2010 年之后每
年施用毛竹专用肥(福建中化生产)750 kg·hm-2和
尿素 450 kg·hm-2 .
1􀆰 2  样品采集与处理
于 2013年 9月,按生态控制原则,选择生长历
史一致但集约经营历史不同的毛竹林,随机取样法
采集各处理(0 ~ 20 cm)土壤样品.选择由同一农户
经营、并位于同一山上毛竹林地,施肥管理措施一
致,但不同地块开始集约经营(主要是施肥和翻耕)
的时间分别为:粗放经营 (未施肥对照)、 2003、
1998、1993 和 1988 年,相当于集约时间分别为 0
(CK)及 10、15、20、25年等 4个时间梯度(处理).每
个年份毛竹林分别选取 3 个标准样地(即为 3 个重
复),每个样地采集表层(0~20 cm)的多点混合样品
(按“S”形线,选取 5 个点,就地混合为一个样品),
过筛(2 mm)后装入密封袋,放入冰盒带回实验室.
样品分为 2 份,1 份放到-70 ℃冰箱,经冷冻干燥
后,用于提取土壤细菌总 DNA,供土壤固氮微生物
群落结构分析使用;另外 1份于室内自然风干,研磨
过筛后用于土壤基本理化性质分析.
1􀆰 3  主要试剂与引物
土壤微生物总 DNA 提取试剂盒 PowerSoil®
2692 应  用  生  态  学  报                                      26卷
DNA Isolation Kit 购于美国 Mo Bio 公司; Bovine
Serum Albumin (20 mg·mL-1 )、质粒提取试剂盒
MiniBEST Plasmid Purification Kit, SYBR® Premix
Ex TaqTM, Premix TaqTM均购于宝生物工程公司
(TaKaRa,大连);Goldview购于上海赛百盛(SBS)公
司;荧光染料 SYBR greenⅠ购于美国 Invitrogen 公
司;pEASY⁃T3载体购于北京全式金生物技术有限
公司;引物由生工生物工程(上海)有限公司合成.
1􀆰 4  分析方法
1􀆰 4􀆰 1土壤化学性质分析  土壤化学性质分析参照
文献[15]进行.其中,土壤 pH值测定采用 1 ∶ 2.5 土
水比,用酸度计测定;土壤硝态氮采用 KCl 浸提⁃紫
外分光光度法;铵态氮采用 KCl 浸提⁃靛酚蓝比色
法;碱解氮采用碱解扩散法;有效磷采用盐酸⁃氟化
铵溶液浸提,钼锑抗比色法测定;速效钾采用醋酸铵
提取,火焰光度计测定;有机质含量采用重铬酸钾容
量法.
1􀆰 4􀆰 2土壤总 DNA 的提取   采用 PowerSoil® DNA
Isolation Kit试剂盒提取土壤总 DNA.称取 0.50 g 于
-70 ℃保存的冷冻干燥土壤样品,按试剂盒说明书
进行提取.经 1%(m / v)的琼脂糖凝胶电泳检测 DNA
片段大小,并用微量分光光度计检测其浓度和纯度.
提取后的 DNA样品保存于-20 ℃ .
1􀆰 4􀆰 3土壤固氮细菌的 PCR⁃DGGE分析  目的片段
扩增采用巢式 PCR的方法.PCR扩增所用引物见表
1.以第一轮 PCR产物为模板进行第二轮 PCR扩增,
得到 320 bp 的扩增产物.25 μL 反应体系如下:10×
Premix Taq 12. 5 μL,引物(10 μmol·L-1)各 0. 25
μL,模板 DNA 0.3 μL,Bovine Serum Albumin(BSA,
20 mg·mL-1)0.2 μL,用无菌双蒸水补足至 25 μL.
PCR 扩增程序参见文献[18].反应设置阴性对照
组,取 4 μL PCR产物经 1.2%(m / v)琼脂糖凝胶电
泳检测产物及其纯度.
使用 DCodeTM Universal Mutation Detection Sys⁃
tem(Bio⁃Rad) ,在8%的聚丙烯酰胺和变性梯度为
表 1  PCR扩增所用引物
Table 1  Primers used for PCR amplification
巢式 PCR
Nested PCR
引物
Primers
序列(5′⁃3′)
Sequence (5′⁃3′)
参考文献
Reference
第一步 FGPH19 TACGGCAARGGTGGNATHG [16]
First step PolR ATSGCATCATYTCRCCGGA [17]
第二步 AQER GACGATGTAGATYTCCTG [17]
Second step PolF⁃GC∗ TGCGAYCCSAARGCBGACTC [17]
R=A / G; N=A / G / C / T; H=T / C / A; Y=C / T; S =G / C. ∗ GC 夹 GC
clamp CGCCCGCCGCGCCCCGCGCCCGGCCCGCCCCCGCCCC.
40%~ 65%凝胶上进行电泳 [ 100%变性胶含用 7
mol·L-1尿素和 40%(v / v)去离子甲酰胺].胶厚度
为 1 mm,电泳缓冲液为 1×TAE.在 60 ℃、80 V 条件
下电泳 14 h 后,SYBR greenⅠ染色 30 min,用 Gel
DocTM EQ凝胶成像系统(Bio⁃Rad, USA)拍照保存,
并使用 Quantity One 4.5.1 软件(Bio⁃Rad, USA)进
行分析.
1􀆰 4􀆰 4土壤固氮细菌丰度分析   用 CFX96TM Real⁃
Time System(Bio⁃Rad, USA)仪器对土壤固氮微生
物 nifH基因进行荧光定量 PCR扩增,每个样品 3次
重复,引物为 AQER和 PolF,20 μL反应体系组成如
下:2×SYBR Premix Ex Taq 10 μL,50 μmol·L-1上
游和下游引物各 0.2 μL,模板 DNA 1.0 μL,无菌双
蒸水 8.6 μL.荧光定量 PCR 条件:95 ℃预变性 10
min;95 ℃变性 15 s,55 ℃退火 10 s,72 ℃延伸 15 s,
35 个循环;溶解曲线过程 ( 65 ℃ 到 95 ℃, 0􀆰 2
℃·s-1).标准曲线制作:将测序获得的已知种属的阳
性克隆子扩增培养后提取质粒 DNA,经 Nanodrop®
ND⁃1000 测定, nifH 基因重组质粒浓度为 301
ng·μL-1,计算其拷贝数为 8.18×1010 copies·μL-1,
以 10 倍梯度对重组质粒进行梯度稀释 ( 10-3 ~
10-8),每个梯度 3 次重复,所得标准曲线扩增效率
(E)为 97.3%,相关系数(R2)为 0.999.
1􀆰 4􀆰 5 DGGE 条带测序和系统发育分析  选取发生
主要变化的条带切割,置于 1.5 mL 离心管中,加入
50 μL无菌去离子水,4 ℃,过夜.用 PolF(不含 GC
夹)和 AQER 引物扩增, PCR 产物用纯化试剂盒
(Takara)纯化后与 pEASY⁃T3 Vector(全金式生物技
术公司,北京)连接,转化到 Trans1⁃T1 感受态细胞
中,涂在含有 X⁃Gal、IPTG、氨苄青霉素的 LB 琼脂平
板上进行蓝白班筛选,用菌落 PCR方法检测阳性克
隆子.阳性克隆菌液送上海生工生物技术公司进行
测序,序列通过 NCBI 进行 Blast 比对分析,获取相
近典型菌株序列.然后利用 Clustal X 1.81 和 Mega
4􀆰 0中的邻接法建立固氮微生物 nifH基因的系统发
育树.将所得序列提交 GenBank(NCBI)数据库得到
序列号:KP222249~KP222259.
1􀆰 5  数据处理
采用 Microsoft Excel 2003软件对数据进行处理
和绘图,SPSS 18.0 分析相关性(Pearson 法),采用
Quantity One 进行 DGGE 指纹图谱分析, 采用
CANOCO 4.5.1 软件对 DGGE 揭示的细菌群落结构
进行主成分分析(PCA),并结合环境因子进行冗余
分析( redundancy analysis,RDA);使用多样性指数
369210期                      何冬华等: 集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落结构和丰度的影响           
表 2  长期集约经营毛竹林土壤理化性质
Table 2  Soil physical and chemical characteristics of moso bamboo stands under long⁃term intensive management
处理
Treat⁃
ment
pH(H2O) 有机质
Organic matter
(g·kg-1)
碱解氮
Available N
(mg·kg-1)
速效磷
Available P
(mg·kg-1)
速效钾
Available K
(mg·kg-1)
硝态氮
NO3 - ⁃N
(mg·kg-1)
铵态氮
NH4 + ⁃N
(mg·kg-1)
CK 4.48±0.01 40.24±3.12 72.72±1.21 1.14±0.07 36.67±4.04 19.31±1.05 17.7±2.17
10 a 4.15±0.12 56.04±1.71 121.03±9.78 1.74±0.64 31.33±0.58 13.03±1.40 16.35±3.02
15 a 4.10±0.06 43.20±1.25 81.47±3.70 2.01±0.17 34.33±0.58 40.58±2.85 18.44±1.53
20 a 4.16±0.14 38.50±7.43 70.76±0.75 2.24±1.22 48.50±0.71 52.02±6.24 18.43±0.98
25 a 3.99±0.08 43.70±3.81 93.40±1.0 2.89±0.01 68.50±7.78 78.22±1.89 21.90±3.16
来评价微生物群落的多样性[19],其计算公式为:
H =- ∑(ni / N)ln(ni / N)
式中:ni为每条电泳条带光密度峰值;N 是同一泳道
中所有条带光密度峰值总和,电泳条带光密度峰值
通过 Quantity One 软件获取.
2  结果与分析
2􀆰 1  土壤理化性质
不同集约经营历史毛竹林土壤样品的理化性质
结果见表 2.随着集约经营年限的增加,土壤 pH 整
体呈下降趋势,而土壤速效磷、速效钾和硝态氮含量
逐步增加;土壤有机质和碱解氮在集约经营 10年时
比对照高,其余年限变化不大.与硝态氮不同,铵态
氮在不同经营年限土壤中变化较小.
2􀆰 2  长期集约经营对土壤固氮细菌丰度的影响及
其与土壤理化性质的关系
采用荧光定量 PCR(qPCR)检测不同集约经营
年限毛竹林土壤固氮微生物 nifH 基因丰度的变化,
每克干土的 nifH基因丰度处于 1.93×106 ~ 4.30×106
个拷贝数之间(图 1).土壤固氮功能 nifH基因的拷贝
数随着经营时间的延长,表现为先下降后回升的规
律,15年时达最低值,此后固氮细菌数量开始增加,
但25年时土壤固氮微生物nifH基因丰度还是低于
图 1  长期集约经营毛竹林土壤固氮细菌 nifH基因丰度
Fig.1  Abundance of nifH gene in soils of moso bamboo stands
under long⁃term intensive management.
对照组.利用 SPSS软件分析了 nifH基因数量与土壤
理化性质的相关性,结果显示,土壤固氮细菌 nifH
基因数量与土壤硝态氮含量呈显著负相关性( r =
-0.523,P<0􀆰 05),但是与其他指标之间没有显著相
关性.
2􀆰 3  长期集约经营下土壤固氮细菌群落结构和多
样性的变化
DGGE结果如图 2 所示,不同处理土壤样品在
DGGE图谱中电泳条带的数目、亮度、迁移的位置均
存在一定程度的差异.5个处理中,共出现 23条不同
位置的条带,对照以及不同集约经营时间毛竹土壤
nifH基因片段依次为 14、12、8、11 和 13 条,条带数
目随着集约时间的变化规律与 nifH 基因的拷贝数
一致,先下降后回升.虽然分析集约过程中条带变化
发现,条带 9 和 18 是所有样品的共性条带,其中条
带 9亮度明显高于其他条带,说明对应的固氮细菌
是所有土壤中的绝对优势物种.而条带 3、4、13、14
对应的种群在集约经营后的 15 年消失,但在 25 年
后又出现;而条带10和20等对应的固氮细菌主
图 2  毛竹林土壤固氮细菌群落的 DGGE分析
Fig.2  DGGE analysis of soil nitrogen⁃fixing bacterial communi⁃
ty in Phyllostachys heterocycla stands.
4692 应  用  生  态  学  报                                      26卷
表 3  长期集约经营毛竹林土壤细菌多样性指数
Table 3  Biodiversity indices of N2 ⁃fixing bacteria in soils of
moso bamboo stands under long⁃term intensive management
处理
Treatment
Shannon 指数
Shannon
index (H)
均匀度指数
Evenness
index (E)
丰富度指数
Richness
index (D)
CK 2.53±0.28 0.96±0.06 1.41±0.19
10 a 2.23±0.39 0.89±0.09 1.21±0.23
15 a 1.49±0.49 0.72±0.12 0.74±0.28
20 a 1.96±0.35 0.82±0.09 1.05±0.19
25 a 2.36±0.16 0.92±0.04 1.28±0.10
要出现在 15年和 20年.说明随着集约经营的进行,固
氮细菌的种类及其对应的数量均有一定程度的回升.
    根据 DGGE图谱中每条条带的位置和亮度,对
不同集约经营历史毛竹林土壤固氮细菌 nifH 基因
多样性指数进行分析.从表 3 可以看出,CK 处理的
Shannon多样性指数、均匀度指数和丰富度指数均
高于集约经营的 4 个处理;经营 10 年和 15 年林地
各相应指数均不同程度的降低,而到了 20 年和 25
年均有所恢复.表明随着集约经营年限的增加,多样
性指数先减少后增加,施肥初期抑制了固氮细菌的
多样性.
2􀆰 4  供试土壤固氮细菌群落结构与环境因子的冗
余分析及土壤理化因子间的相关分析
以 DGGE条带为响应变量组———物种 ( spe ⁃
图 3  毛竹林土壤固氮细菌群落结构的冗余分析
Fig.3  Redundancy analysis of nitrogen⁃fixing bacterial commu⁃
nity in soils of Phyllostachys heterocycla stands.
AN:碱解氮 Available N; AK:速效钾 Available K.下同 The same below.
cies),以理化性质作为解释变量———环境因素(en⁃
vironments),从 7个环境因子(表 2)中筛选出 4 个
变量分别是:速效钾、碱解氮、铵态氮和硝态氮,对不
同集约年限毛竹林土壤 DGGE 条带的冗余分析(re⁃
dundancy analysis, RDA)结果如图 3所示.
此二维排序图中,样本与环境因子反映在同一
个图上,便于直观地看出物种分布与环境变量间以
图 4  基于毛竹林土壤固氮细菌 DGGE条带序列的 N⁃J系统发育树
Fig.4  Neighbor⁃joining tree of nitrogen⁃fixing bacterial sequences in Phyllostachys heterocycla stands.
569210期                      何冬华等: 集约经营对毛竹林土壤固氮细菌群落结构和丰度的影响           
及与样本三者之间的关系.CK 与 10 年样地较为接
近,集约经营 15 年和 20 年土壤固氮细菌群落结构
在第一排序轴上与 CK 差异较大,而 25 年样地与
CK的变异较小,主要在第二排序轴上存在差异,表
明长期的集约经营导致样品土壤中固氮群落结构发
生了较大的改变.根据 Canoco的 forward分析及蒙特
卡洛置换检验,7 个环境因子中 4 个因子与群落结
构相关性较大,其中土壤速效钾含量与固氮菌群落
的相关性最强(P = 0. 086),但未达显著水平(P >
0􀆰 05),土壤硝态氮、碱解氮和铵态氮含量的影响虽
然也未达显著水平(P>0.05),但大于其他环境因
子.RDA分析结果显示,土壤速效钾和铵态氮对 25
年样地固氮细菌影响最大,硝态氮对 20年样地固氮
细菌影响最大,而碱解氮则对 CK 和 10 年样地固氮
细菌均有影响.第一排序轴(Axis 1)和第二排序轴
(Axis 2)分别解释了样本中 20.1%和 11.2%的变异,
两个排序轴共解释了 31.3%的总变异.选取筛选出
来的 4组环境因子进行相关分析发现,速效钾与硝
态氮的含量呈极显著相关,铵态氮与硝态氮、速效钾
的含量显著相关,说明毛竹林地土壤中理化因子相
互关联,共同影响固氮微生物的组成.
2􀆰 5  土壤固氮菌 nifH基因测序及系统发育分析
利用 MEGA 4.0 软件基于 DGGE 条带序列,进
行 Bootstrap验证系统发育分析,邻接法( neighbor⁃
joining, N⁃J)构建系统发育树,结果如图 4.从系统发
育树可见,集约经营毛竹林土壤中的固氮菌群种群
多样性较为单一,11个条带的近源种均归类于不可
培养细菌( uncultured bacterium) nifH 基因片段,与
慢生根瘤菌(Bradyrhizobium sp.)亲缘关系较近.对
照组土壤中主要固氮菌种群(条带 4、9、19)与已知
的脱氮慢生根瘤菌株 ( Bradyrhizobium denitrificans
strain)的遗传距离较近.
3  讨    论
毛竹林长期集约经营过程中土壤呈酸化现象
(表 2),而速效养分总体呈积累趋势.土壤有机质和
碱解氮同步振荡变化的规律:集约经营早期先增加
(10 年)、后下降(15 年和 20 年)、最后又回升(25
年).10 年毛竹林土壤有机质和碱解氮均明显提高,
可能是由于施肥初期结合翻耕促进了土壤中地下鞭
根的分解,因为其在没有施肥和翻耕的情况下分解
很慢;另一方面,施肥促进毛竹生长,增加根系分泌
量,使土壤有机质和碱解氮同步增加.继续施肥和翻
耕使有机质进一步分解,土壤有机质和碱解氮逐渐
下降.而 25 年时有机质的小幅回升,可能与毛竹生
产量提高后,枯落物和根系分泌物的增加有关,此
外,碱解氮的明显提高还与长期施用氮肥有关. 25
年时土壤有效磷、速效钾和硝态氮含量是对照的 2~
4倍,然而对于集约经营的竹林而言,土壤有效氮、
磷、钾水平并不高,特别是磷低于 3 mg·kg-1,根据
土壤养分分级指标[20],该地属于严重缺磷等级.本
试验得到的不同集约经营毛竹林土壤固氮菌门类与
李刚等[21]发现呼伦贝尔沙地混播模式下土壤固氮
菌群落结构主要隶属于变性菌门具有一致性,文都
日乐等[22]研究发现呼伦贝尔草原土壤固氮菌也有
类似的结果,且其发现慢生根瘤菌是主导菌群,说明
在一定的分类水平上毛竹林与草原土壤固氮菌种群
具有相同之处.然而,该地区毛竹林土壤大多数固氮
菌属于未能培养的类群,其生理特性未知,要确定其
种属和具体的生态功能还需要进一步的研究.
实时荧光定量 PCR 和 PCR⁃DGGE 分析结果一
致,随着集约经营时间增加,土壤固氮细菌功能基因
的丰度和多样性指数均表现为先下降后回升的规
律,主成分分析结果显示,CK、10 年和 25 年的处理
群落结构有较高的相似度,而 15 年和 20 年则与前
一组差异较大,其中 15 年样地与所有处理差异最
大.秦华等[7]对雷竹林长期集约经营(15 年)研究发
现,随着集约经营时间增加,土壤氨氧化古菌活性和
丰度均有恢复的趋势,类似的现象也发生在设施蔬
菜栽培过程中的土壤氨氧化细菌丰度变化[23] .已有
研究表明,植被类型和土壤性质均能影响土壤固氮
菌[9],文都日乐等[22]对呼伦贝尔 5种草地类型土壤
固氮微生物 nifH 基因多样性及群落结构特征的研
究表明,不同草地之间土壤固氮微生物差异明显,这
不仅是植物的影响,土壤性质的差异也是原因之一.
本研究毛竹林集约经营过程中,只有初期因为施肥、
除去林下杂草和灌木使植物群落发生变化,3 年之
后林下基本无植被,因此,后期阶段土壤性质的变化
是影响土壤固氮细菌的主要因素.可能是因为毛竹
林地固氮菌群在前期对环境的生态适应机制偏向于
R⁃对策种群,使得群落数量的变化随着环境的细微
变化发生较大的变动,而随着经营年限的延长,其又
偏向于 K⁃对策转变,群落数量迈向恢复的趋势.
冗余分析发现,土壤速效钾和铵态氮对 25年样
地固氮细菌影响最大,硝态氮对 20年样地固氮细菌
影响最大,而碱解氮则对 CK和 10 年样地固氮细菌
均有影响.但以上冗余分析结果以及毛竹林植被的
变化规律均不能很好地解释土壤固氮菌随着集约经
6692 应  用  生  态  学  报                                      26卷
营时间先下降后回升的规律的变化,可能是因为各
影响因素之间相互作用太复杂之故.土壤固氮细菌
对集约经营干扰的响应总体表表现为抵抗( resist⁃
ance)和恢复( resilience)的现象.许多研究证明,微
生物具有对环境干扰的抵抗和恢复的本能[24-26],
Deng等[27]发现,低浓度笓污染土壤中甲烷氧化细
菌仍具有恢复力,且其多样性增加,但高浓度笓污染
土壤时甲烷氧化细菌的多样性下降,且不再恢复,表
明干扰强度过大可超出微生物的恢复能力. Frenk
等[25]应用处理污水和清水灌溉对土壤细菌群落结
构的影响为期 3 年的试验发现,短期内处理污水的
季节灌溉能改变土壤微生物群落结构,而 3 年试验
结束时,虽然处理污水灌溉的土壤养分积累明显,但
其细菌群落结构与清水灌溉土壤没有差异.微生物
对环境干扰的抵抗和恢复现象通常发生在干扰因子
消失后,土壤微生物能回复到起始的状态;而毛竹集
约经营则持续进行,干扰因子没有消失,土壤固氮细
菌同样也出现抵抗和恢复现象.说明在某种干扰持
续存在的情况下,土壤固氮细菌也有一定的抵抗和
恢复能力.处理污水灌溉的土壤养分积累明显[25],
说明干扰消失后土壤性状没有完全回复到起始状
态.本研究毛竹林集约经营过程中土壤养分的积累
与 Frenk等[25]情况类似,毛竹林的集约经营对土壤
固氮细菌的干扰强度不是很大,推测 25年后的某个
阶段土壤固氮细菌能可能恢复到对照的状态.
4  结    论
长期集约经营过程中土壤固氮细菌群落结构、
多样性及数量发生了变化,集约经营初期劈除林下
杂灌、施肥、翻耕等措施导致固氮细菌 nifH 基因多
样性和数量均呈现显著降低,而随着经营年限的增
加多样性和丰度有所恢复,但仍旧低于初期水平.长
期而言,现有的集约经营措施不会对土壤固氮细菌
产生不良影响,但土壤的酸度和有效磷水平偏低,建
议改良土壤酸度以提高有效磷水平,或将过磷酸钙
改为钙镁磷肥.
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作者简介  何冬华,男, 1988年生,硕士研究生. 主要从事土
壤生物与生物化学研究. E⁃mail: zjnldxhdh@ 163.com
责任编辑  肖  红
8692 应  用  生  态  学  报                                      26卷