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干旱胁迫下赖草抑制性消减文库的构建与分析



全 文 :1320-1325
07/2011
草 业 科 学
PRATACULTURAL SCIENCE
28卷07期
Vol.28,No.07
干旱胁迫下赖草抑制性消减文库的
构建与分析
杨满业1,王丽焕1,叶煜辉2,江明锋2,肖冰雪1
(1.四川省草原科学研究院,四川 成都611731;2.西南民族大学生命科学与技术学院,四川 成都610041)
摘要:用根际水分胁迫对赖草(Leymus secalinus)植株进行干旱胁迫,利用抑制消减技术,以干旱胁迫处理为test-
er,正常生长对照组为driver,构建了包含576个克隆的赖草消减cDNA文库。通过斑点杂交筛选,得到16个
EST序列,大小居于100~310bp。Blast比较发现,这些序列与大麦(Hordeum vulgare)和小麦(Triticum aesti-
vum)干旱诱导下表达的序列、甜菜碱醛脱氢酶核酸序列、植物热激蛋白hsp70核酸序列、1,5-二磷酸核酮糖羧化
酶氨基酸序列、植物遍在蛋白缀合酶氨基酸序列、植物50S核糖体蛋白L20基因序列等相关抗旱基因具有较高的
同源性。以上结果说明,本研究得到了部分赖草抗旱相关基因片段,可为赖草抗旱机理的研究以及抗逆基因的克
隆奠定一定的基础。
关键词:赖草;抑制性消减杂交;干旱胁迫;EST
中图分类号:S543+.903.4;Q945.78   文献标识码:A   文章编号:1001-0629(2011)07-1320-06
 
*?
 赖草属 (Leymus)在国内又称滨麦属,是禾本
科早熟禾亚科(Poaceae)小麦族,也称大麦族大麦亚
族多年生植物类群,全世界约有30余种,分布于北
半球温寒地带,多数产于亚洲中部,少数分布于欧洲
和北美。中国区域有赖草属植物约20种,2个变
种,划分为3个组,即多穗组、少穗组和单穗组,主要
分布于新疆、甘肃、宁夏、内蒙古、东北三省、四川、陕
西、河北、山西[1]。赖草(L.secalinus)作为禾本科优
质牧草、生态草、小麦(Triticum aestivum)等农作物
新品种选育的种质具有无性繁殖能力强、品质优良、
营养丰富、抗旱、抗寒、抗病虫害、适应性强等优良特
性[2-4]。本研究利用抑制性消减杂交技术研究赖草
干旱诱导下的基因表达差异,揭示赖草属植物的抗
旱分子机理,对加快我国抗逆新品种的开发,提高我
国干旱和半干旱地区的植被盖度、改良退化及沙化
草地、改善西部生态环境、促进我国干旱地区草地畜
牧业的发展具有重要意义。
1 材料与方法
1.1试验材料 赖草样品植株采自四川省西北部
高原沙地,地理位置31°51′N,101°51′E,海拔约
3 500m,采集后的赖草培养于人工气候培养箱内,
模拟高原气侯特点并采用原产地的沙土进行培养。
选择生长旺盛的赖草植株并分成两份,一份正常生
长,一份进行干旱胁迫。在空气相对湿度保持在
40%~60%的情况下采用根际水分胁迫,连续胁迫
5d后,迅速剪取处理和对照组赖草的叶片,蒸馏水
洗净后装入塑料袋中,并置于-70℃保存备用。
1.2抑制性消减杂交
1.2.1叶片组织RNA的提取 采用Invitrogen公
司的Trizol试剂分别抽提处理和对照组赖草叶片
组织的总RNA。
称取赖草叶组织约0.6g,将其剪碎后置于
-20℃预冷的研钵中,倒入液氮并按100mg/mL
的量加入6mLTrizol Reagent,研磨至粉状,于室温
下静置5min待其完全融化,将液体移入1.5mL
EP管中,加入1/5Trizol体积的氯仿,混匀,室温下
静置5min,12 000r/min 4℃离心10min,将上清
液转移至新的EP管中,并加入与上清液等体积的
异丙醇,室温静置10min,12 000r/min 4℃离心10
min,弃上清液,向沉淀中加入1mL的75%乙醇,混
匀,12 000r/min 4℃离心5min,弃上清液保留沉
淀,干燥2~3min,加入50~100μL RNA-Free水
进行溶解。储存于-70℃备用[5-6]。
1.2.2赖草叶组织cDNA的合成 采用SMART-
* 收稿日期:2010-09-10  接受日期:2010-11-20
基金项目:四川省科技厅应用基础研究项目(2006-J13-134)
作者简介:杨满业(1963-),男,四川梓潼人,副研究员,博士,
主要从事草地生态研究。
E-mail:yangmanye@yahoo.com.cn
通信作者:王丽焕 E-mail:wlh960776@163.com
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cDNA合成技术合成赖草cDNA。所用SMART试
剂盒购自clonetech公司。按照试剂盒说明书操作。
1.2.3 抑制性消减杂交 用 PCR-Select cDNA
Subtraction Kit(Clonetech公司)进行消减杂交。
取处理和对照组样品cDNA 2μg,分别用Rsa I
酶进行消化。处理组作tester,对照组作driver。取适
量的tester,稀释后分成两份,分别与接头Adaptor 1
和Adaptor 2R连接,连接体积20μL,16℃连接48h。
Adaptor 1和Adaptor 2R与tester cDNA(200
ng/μL)连接产物分别取1.5μL,分别加入1.5μL
driver cDNA(600ng/μL)和1mL杂交缓冲液,加
入30μL矿物油覆盖,进行第1轮杂交:98℃变性
1.5min,68℃孵育8h。混合两份杂交液,并加入
新鲜变性的1.5μL driver cDNA(600ng/μL)和1
μL杂交缓冲液,进行第2轮杂交:68℃反应12h,
将溶液稀释于200μL稀释缓冲液中,72℃保温7
min,-20℃保存。
1.2.4巢式PCR扩增消减杂交产物
第1轮抑制性PCR:1μL两轮杂交后得到的
cDNA作为模板,加入2μL SSH PCR Primer,4μL
dNTP Mix,4μL MgCl2,5μL 10×EX Taq反应缓
冲液,0.5μL EX Taq酶,33.5μL无菌水,总体积
50μL。反应参数:75℃6min;(94℃40s;68℃
40s;72℃1.5min)×20循环。采用热启动,75℃
预热1min后加酶。
第2轮抑制性PCR:上述产物取3μL,加去离
子水27μL,稀释10倍;取1μL稀释液作为第2次
PCR反应模板;引物改为 Nested PCR Primer 1和
Nested PCR Primer 2R,其余成分同第1轮PCR。
反应参数:(94℃30s;68℃30s;72℃1.5min)×
15循环。2%琼脂糖凝胶电泳检测。
1.3消减文库的构建
1.3.1与PMD18-T载体连接,筛选阳性克隆 将第
2次抑制性PCR扩增产物直接连接到PMD18-T载
体中。连接产物转化E.coli JM109感受态细胞。
37℃培养过夜,菌落PCR筛选阳性克隆,并保藏菌
种。以Nested PCR primer 1和Nested PCR prim-
er 2R为引物,用PCR法检测阳性克隆,反应体系
70μL,PCR反应程序:96℃4min;(94℃30s;68
℃30s;72℃1.5min)×32循环,8℃保存。取
PCR反应产物5μL,0.8%琼脂糖凝胶电泳检测。
1.3.2斑点杂交筛选差异克隆 依据 Roche公司
DIG High Prime DNA Labeling and Detection-
Starter Kit II的使用说明,以约1μL的DNA量标
记,共标记2个探针:以干旱诱导样品的第1轮抑制
性PCR产物作模板标记DNA探针;以对照样品的
第1轮抑制性PCR产物作模板标记 DNA 探针。
将两张同样大小的尼龙膜在 ddH2O 中浸润 10
min,再在10×SSC中浸润10min,滤纸上自然晾
干。取2μL 1.3.1中制备的菌落PCR产物与2μL
0.5mol/L NaOH混匀,在预处理的2张尼龙膜上
各点2μL混合液,60℃烘干,至少10min,取出放
入紫外交联仪中交联30s。将固定有DNA的尼龙
膜置于预杂交液中,于37℃杂交箱中预杂交30
min。将地高辛标记的两种DNA探针于100℃变
性5min,立即置于冰上,微离心,分别加入到杂交
管中(终浓度50ng/mL),于37℃杂交箱中继续杂
交16h。取出尼龙膜用2×SSC/0.1%SDS于室温
洗膜2次,每次5min;用预热至65~68℃的0.5×
SSC/0.1%SDS于55℃洗膜2次,每次15min;最
后以2×SSC于室温洗膜2次,每次5min,以去除
残留的SDS。将尼龙膜放入平板,用20mL maleic
acid buffer完全浸泡2min(15~25℃)再浸入1×
Blocking solution中孵育30min。再浸入1×Anti-
body solution继续孵育20min。将膜放入 Wash-
ing buffer静置平衡2~5min。再将膜置于显色液
中1min。暗室中显色10~16h。次日观测结果。
1.4差异表达cDNA克隆序列的测定和分析
 对斑点杂交阳性结果进行测序(北京三博远志),
将测序结果与GenBank中的序列比较,序列分析用
DNAMAN软件。
2 结果
2.1总RNA的电泳检测 提取的赖草叶组织
RNA,经琼脂糖凝胶电泳,溴化乙锭染色,凝胶成像
系统下紫外照相。结果发现,28S、18S条带清晰可
见(图1)。经核酸蛋白浓度测定仪测定,对照赖草
叶组织总 RNA的 A260nm/280nm=2.29;干旱诱导赖
草叶组织总RNA的A260nm/280nm=2.19。以上结果
表明,所提取的RNA可以满足试验要求。
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图1 赖草叶组织总RNA的
电泳图谱
 注:1和2分别为对照和干旱胁迫后赖草叶组织总RNA。
2.2 cDNA的合成、酶切  合成的赖草cDNA
经琼脂糖凝胶电泳检测(图2),整个条带呈弥散分
布,分布范围为1 000~3 000bp,表明可以进行下
面的试验。将经过Rsa I酶切的cDNA条带与未进
行酶切的条带比较发现,干旱诱导组和对照组酶切
后的cDNA条带均下移(图3),片段变小,说明酶切
效果良好可以满足下面的试验要求。
图2 赖草叶组织cDNA电泳图谱
 注:1,2为对照赖草叶组织cDNA;3,4为干旱胁迫后赖草
叶组织cDNA;M为 Marker。
2.3抑制性消减杂交 消减杂交后经两轮PCR
富集(图4),可以看出,经两轮PCR后差异表达的
cDNA得到了充分的富集。
2.4消减文库的构建 将SSH方法得到的片段
与PMD18-T载体连接、转化,得到576个克隆。用
巢式PCR引物进行菌落PCR,检测阳性克隆。结
果得到440个PCR片段(部分差异片段见图5),其
插入比率为76.39%,其中250bp及250bp以上片
图3 赖草叶组织cDNA及RsaI
酶切后电泳图谱
 注:1和2分别为对照赖草叶组织cDNA和cDNA经Rsa
I酶切后;3和4分别为干旱胁迫后赖草叶组织cDNA和cD-
NA经Rsa I酶切后;M为 Marker。
图4 干旱诱导条件下的赖草
叶片消减产物
 注:1和2分别为SSH 1轮和2轮PCR产物;M为 Marker。
图5 赖草干旱诱导后差异表达cDNA文库部分克隆的
菌落PCR筛选电泳图谱
段总数为304个,插入率为52.78%,表明消减文库
构建比较成功。
2.5斑点杂交筛选差异表达克隆 将包含576
个克隆在内的赖草干旱诱导前后差异表达cDNA
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文库进行斑点杂交,比较同一位置的点的颜色深浅,
按照试剂盒提供的方法确定差异表达片段。用对照
组探针和干旱处理组探针与文库杂交得到了539个
杂交斑点(图6)。
图6 部分的斑点杂交结果
2.6差异表达cDNA克隆的测序、Blast对比
分析 从539个杂交斑点中选择20个杂交信号强
弱差异明显的克隆进行测序,去除测序结果相同的
4个序列,将所测得的16个 EST 序列均提交到
GenBank 数 据 库 中,其 接 受 号 分 布 范 围 在
GO581265-GO581281(表1)。16个EST序列与
GenBank中的序列进行BLAST比对分析,结果发
现,有3个片段与其他植物干旱诱导条件下表达的
序列具有较高的同源性,主要是大麦(Hordeum
vulgare)和小麦,同源性在94%以上;1个片段与已
知抗旱基因的甜菜碱醛脱氢酶部分核酸序列(Gen-
Bank登录号:AB183716)有较高同源性;1个片段
与植物热激蛋白 HSP70的核酸序列(GenBank登
录号:X67711.2)具有较高同源性,达86.67%;3个
片段与植物光合作用的关键酶1,5-二磷酸核酮糖
羧化酶的部分氨基酸序列 (GenBank 登录号:
AAA62703)具有较高的同源性,达95%;1个片段
与植物遍在蛋白缀合酶的部分氨基酸序列(Gen-
Bank登录号:ACG41720)具有较高的同源性,同源
性达99.5%;1个与植物50S核糖体蛋白L20基因
片段(GenBank登录号:Q6L378.2)有较高的同源
性,达90%;3个为赖草属内羊草(L.chinensis)cD-
NA文库中所包含的基因片段;还有3个基因片段
与其他植物如水稻(Oryza sativa)、小麦和拟鹅观
草属(Pseudoroegneria)的基因有较高的同源性。
2.7部分差异表达基因片段的序列分析 将
T1-4G2序列在 NCBI中进行 BLAST-N 比对发
现,该序列共126bp,与属内另一个种———羊草的
甜菜碱醛脱氢酶(BADH)基因 LcBADH2(Gen-
Bank登录号:AB183716)的部分序列同源性较高,
利用 DNAMAN 软 件 进 行 分 析,相 似 性 达 到
90.48%。
T1-1F8序列在 NCBI中进行BLAST-X比对
发现,该序列中有66bp所编码的22个AA与大麦
1,5-二磷酸核酮糖羧化酶(RubisCO)基因(Gen-
Bank登录号:AAA62703)的部分 AA序列的相似
性达到95%(21/22)。
T1-3D5 的反向互补序列在 NCBI中进行
BLAST-X比对发现,该序列中有66bp所编码的
22个AA与水稻遍在蛋白缀合酶(GenBank登录
号:ACG41720)的部分 AA 序列的相似性达到
100%(22/22)。
将T1-2D11序列在 NCBI中进行BLAST-N
比对发现,该序列共173bp,与编码水稻hsp70蛋白
的基因(GenBank登录号:X67711.2)的部分序列同
源性较高,利用 DNAMAN软件分析,相似性达到
86.67%。
3 讨论
Diatchenko等[5]于1996年提出的抑制性消减
杂交技术,在比较同一类细胞在不同生理状态或不
同发育阶段的基因表达方面已得到广泛的应用,是
一项较为成熟的技术。该技术能选择性地扩增差异
表达的cDNA片段,在富集目的基因的同时抑制非
特异片段的扩增[7]。
  本研究用抑制消减杂交与SMART等技术构
建了包含576个克隆的赖草干旱诱导后差异表达
cDNA文库。将差异表达cDNA 克隆进行斑点杂
交,得到539个杂交斑点,通过对差异表达克隆的筛
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表1 赖草干旱诱导前后叶组织差异表达的EST

号 cDNA克隆 登记号 Blast比较
长度
(bp)
同源性 e-值
1 T1-1A7 GO581274 Oryza sativa(japonica cultivar-group)(BLAST-X) 230  21/50(42%) 5e-05
2 T1-1B5 GO581275
WHE1783_B07_C13ZT Wheat pre-anthesis spike cD-
NA library Triticum aestivum aestivum cDNA clone
WHE1783_B07_C13(BLAST-N)
200  126/165(76%) 7e-25
3 T1-1F8 GO581278
Ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase activase[Hor-
deum vulgare subsp.vulgare](BLAST-X)
302  21/22(95%) 0.002
4 T1-1G10 GO581279
BG01024A2H11.r1BG01-normalized library Leymus
cinereus×Leymus triticoides cDNA clone.BG01024A2H11.r1
(BLAST-N)
133  112/124(90%) 1e-38
5 T1-2B4 GO581271
WHE619_C11_F21ZA Wheat ABA-treated embryo
cDNA library Triticum aestivum cDNA clone.
WHE619_C11_F21(BLAST-N)
207  82/95(86%) 4e-22
6 T1-2C12 GO581270
GH212011.1,HVSMEb0004H24f2Hordeum vulgare
seedling shoot (dehydration stress)cDNA library
HVSMEb(HVcDNA0002)2Hordeum vulgare sub-
sp.vulgare cDNA clone HV_Ea0010N16r,mRNA
sequence,(BLAST-N)
173  157/189(83%) 1e-46
7 T1-2D2 GO581281
ribulose 1,5-bisphosphate carboxylase activase[Hor-
deum vulgare subsp.Vulgare](BLAST-X)
193  21/22(95%) 0.005
8 T1-2D9 GO581273
BG02007A2F06.r1BG02-primary and normalized li-
braries. Pseudoroegneria spicata cDNA clone.
BG02007A2F06.r1(BLAST-N)
225  206/232(88%) 6e-77
9 T1-2D11 GO581268
X67711,O.sativa hsp70gene for heat shock protein
70,(BLAST-N)
173  91/105(86%) 5e-26
10 T1-2E6 GO581267
X67711,O.sativa hsp70gene for heat shock protein
70,(BLAST-N)
173  91/105(86%) 8e-27
11 T1-2E8 GO581265
BG01018A2F02.f1BG01 -normalized library Leymus
cinereus x Leymus triticoides cDNA clone
126  122/126(96%) 4e-51
12 T1-2F9 GO581266
BQ761344.1,EBro06_SQ001_E05_R root,3week,
drought-stressed,cv Optic,EBro06Hordeum vulgare
subsp.vulgare cDNA clone EBro06_SQ001_E05 5′,
mRNA sequence,(BLAST-N)
268  189/218(86%) 5e-60
13 T1-3A6 GO581276
ribulose bisphosphate carboxylase activase B[Triticum
aestivum](BLAST-X)
129  39/42(92%) 1e-15
14 T1-3D5 GO581277
ubiquitin-conjugating enzyme E2-17kDa[Zea mays]
(BLAST-X)
134  22/22(100%) 2e-04
15 T1-4D2 GO581269  50Sribosomal protein L20,chloroplastic(BLAST-X) 110  25/26(96%) 2e-05
16 T1-4G2 GO581272
Leymus chinensis LcBADH2mRNA for betaine alde-
hyde dehydrogenase(BLAST-N)
126  114/126(90%) 2e-41
选、测序及序列比对,得到了3个与其他植物干旱诱
导条件下表达的序列具有较高的同源性的序列,1
个与已知抗旱基因的甜菜碱醛脱氢酶部分核酸序列
有较高同源性序列。赖草经过干旱胁迫后,出现了
与其他植物干旱胁迫后表达的类似基因[8-11],说明
本研究的诱导方法可靠。更重要的是获得了赖草中
甜菜碱醛脱氢酶的部分序列,而这个基因是目前广
泛研究的抗旱基因,所以这与预期研究结果吻合。
另外测出的序列中包括1,5-二磷酸核酮糖羧化/加
氧酶基因片段、遍在蛋白结合酶基因片段等都是植
物在遭受干旱胁迫后会差异表达的基因,这也说明
了植物在遭受干旱胁迫后发生的是一系列复杂的生
理生化变化,而不仅仅是单一的水分代谢方面的变
化[12-14]。
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Construction of suppression subtractive hybridization library of
Leymus secalinus exposed to drought stress
YANG Man-ye1,WANG Li-huan1,YE Li-hui 2,JIANG Ming-feng2,XIAO Bing-xue1
(1.Sichuan Academy of Grassland Science,Sichuan Chengdu 611731,China;
2.Colege of Life Science and Technology,Southwest University for Nationalities,Sichuan Chengdu 610041,China)
Abstract:The drought stress method of root without water was used to construct the subtracted cDNA li-
brary of Leymus secalinus containing 576clone by the method of suppression subtractive hybridization.In
this study,the leaves under drought stress were considered as a tester and the leaves under normal condi-
tion were considered as a driver.The dot blot hybridization and sequencing was applied to discover the 16
EST with length 100-310bp.The searching against GenBank with blast algorithm showed that these se-
quences were high homologous to the gene sequence of wheat and barley under drought stress,the gene se-
quence of LcBADH2,the gene sequence of hsp70of Oryza sativa,the gene sequence of RubisCO of Hor-
deum vulgare,the amino acid sequence of Ubiquitin-conjugating enzyme of Zea mays,the amino acid se-
quence of L20of 50SRibosomal protein of plant.This study suggested that these known genes and pro-
teins play an important role in controling plant osmotic pressure,heat adjustment,photosynthesis and hy-
drolysis,and had established a basis for disclose the mechanism of drought resistance and cloning stress-re-
sistance genes of Leymus secalinus.
Key words:Leymus secalinus;suppression subtractive hybridization;drought stress;EST
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