全 文 :第 34 卷 第 2 期
2012 年 3 月
北 京 林 业 大 学 学 报
JOURNAL OF BEIJING FORESTRY UNIVERSITY
Vol. 34,No. 2
Mar.,2012
收稿日期:2011--03--04
基金项目:国家自然科学基金项目(30700559、30671476)。
第一作者:史军娜。主要研究方向:沙冬青抗逆基因的功能研究。电话:010--62390696 Email:sjn19851105@ bjfu. edu. cn 地址:100083
北京市清华东路 35 号北京林业大学生物学院。
责任作者:卢存福,博士,副教授。主要研究方向:植物抗逆性。电话:010--62338189--54 Email:lucunfu@ bjfu. edu. cn 地址:同上。
本刊网址:http:∥ journal. bjfu. edu. cn
沙冬青 A20 /AN1 锌指蛋白基因序列及表达分析
史军娜 刘美芹 刘 杰 陈玉珍 卢存福
(北京林业大学林木育种国家工程实验室,教育部林木花卉遗传育种重点实验室)
摘要:A20 /AN1 锌指蛋白普遍存在于真核生物中,在胁迫响应引起的信号传导过程中发挥着重要作用。本文利用
生物信息学和 RT-PCR 方法从低温干旱胁迫的沙冬青叶片组织中分离锌指蛋白基因 AmSTZF,该基因编码一条含
172 个氨基酸残基的多肽,含 A20 和 AN1 两个锌指蛋白保守结构域,属 A20 /AN1 锌指蛋白。生物信息学分析显示
该蛋白定位于细胞质中,具有磷酸化位点,参与细胞转录调控。RT-PCR 分析表明:低温和干旱胁迫处理的沙冬青
叶片中,AmSTZF 的表达增强,初步推测该基因与沙冬青低温、干旱胁迫响应相关。
关键词:沙冬青;A20 /AN1 锌指蛋白;序列分析;表达分析
中图分类号:S759. 95 文献标志码:A 文章编号:1000--1522(2012)02--0103--06
SHI Jun-na;LIU Mei-qin;LIU Jie;CHEN Yu-zhen;LU Cun-fu. Sequence analysis and expression
pattern of AmSTZF encoding an A20 /AN1 zinc finger protein in Ammopiptanthus mongolicus.
Journal of Beijing Forestry University (2012)34 (2) 103--108[Ch,18 ref.]National Engineering
Laboratory for Tree Breeding,Key Laboratory of Genetics and Breeding in Forest Trees and Ornamental
Plants of Ministry of Education,Beijing Forestry University,100083,P. R. China.
A20 /AN1 zinc finger protein widely exists in eukaryote and plays a central role in signal transduction
pathway involved in stress response. We cloned zinc finger gene AmSTZF from cold- and drought-treated
Ammopiptanthus mongolicus leaves by bio-informatics and RT-PCR. The cDNA of AmSTZF encodes a
polypeptide with 172 amino acids,which contains A20 and AN1 conserved domains and belongs to A20 /
AN1 zinc finger protein. Bio-informatics predicts that AmSTZF has phosphorylation sites, exists in
cytoplasm and is involved in the regulation of gene transcription. RT-PCR analysis shows that the
expression of AmSTZF is up-regulated under cold-and drought-stresses and that AmSTZF is related to the
response to drought and chilling stresses.
Key words Ammopiptanthu mongolicus;A20 /AN1 zinc finger protein;sequence analysis;expression
analysis
A20 /AN1 锌指蛋白包括 A20 和 AN1 两个锌指
结构域。其中:A20 结构域在 N 端,为[Cys--X(2--
4)--Cys--X11--Cys--X2--Cys];AN1 结构域在 C 端,
为[Cys--X2--Cys--X (9--12)--Cys--X (1--2)--Cys--
X4--Cys--X2--His--X5--His--X--Cys]。酵母双杂交分
析表明 OsSAP8 的 A20 和 AN1 锌指结构域相互作
用。A20 /AN1 锌指蛋白广泛存在于各类真核生物
中,并在胁迫响应过程中发挥着重要的作用。最初
发现,A20 /AN1 锌指蛋白在调节动物的免疫反应过
程中发挥着重要的作用[1
--2]。而在植物中 A20 /AN1
锌指蛋白研究最早的是 OSISAP1,该基因对低温、
盐、重金属、ABA 等多种胁迫都产生响应。另外,过
量表达 OSISAP1 的转基因烟草(Nicotiana tabacum)
对低温、盐和脱水胁迫有一定抗性[3]。随着水稻
(Oryza sativa)等植物基因组测序工作的完成,拟南
芥(Arabidopsis thaliana)、水稻、玉米(Zea mays)、毛
果杨(Pinus trichocara)等物种中已发现有多个 A20 /
AN1 型锌指蛋白,且这些基因的表达与非生物胁迫
相关[4
--6]。
沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)是暖温型
荒漠生态系统中的物种,属豆科(Leguminosae) ,沙
冬青属,是我国北方荒漠地区唯一的强旱生常绿阔
DOI:10.13332/j.1000-1522.2012.02.025
叶灌木,具有极强的抗逆性与重要的资源价值;但是
由于其分布范围狭小和人类活动的破坏,沙冬青已
濒临灭绝,因此,在探讨树木对环境的适应机理和研
究珍稀树种保护方面,沙冬青都是一种非常理想的
研究材料。目前沙冬青 A20 /AN1 型锌指蛋白的相
关研究还未见文献发表。在实验室前期工作[7--9]的
基础上,从木本植物材料沙冬青中获得一个 A20 /
AN1 型锌指蛋白基因,命名为 AmSTZF。运用生物
信息学方法对该基因进行分析和预测[10
--12],并检测
其在低温和干旱胁迫条件下的表达模式,为进一步
研究该基因在逆境胁迫条件的作用奠定基础。
1 材料与方法
1. 1 材 料
沙冬青的种子采自内蒙古阿拉善荒漠地区,播
种在珍珠岩基质中,生长至 3 ~ 4 叶期的幼苗。取叶
片在液氮速冻后,保存于--80 ℃冰箱用于目的基因
的克隆及胁迫处理对照。3 ~ 4 叶期的幼苗同时进
行低温和干旱胁迫处理。低温处理:将幼苗置于 4
℃的低温室处理 2、24、48 h;干旱处理:将基质干燥
的幼苗持续干旱处理,时间梯度为 1、2、3、4 d。分时
段收获不同处理的材料,在液氮中速冻后保存于
- 80 ℃冰箱用于目的基因的胁迫诱导表达分析。
1. 2 RNA 的提取与基因的分离
将保存于 - 80 ℃冰箱的沙冬青叶片用液氮研
磨后,按照 RNA 提取试剂盒(科百奥生物技术)说
明提取,根据蒺藜苜蓿 (Medicago sativa)、橹豆
(Glycine max)基因序列设计正、反向引物(北京奥
科生物技术公司)。取 2 μg 经 DNaseI 处理的总
RNA 为模板,进行 RT-PCR 扩增,目的片段经琼脂
糖凝胶电泳分离后,用回收试剂盒回收。正向引物:
ZF5 5-ACTCGAGATGGAgGTCTCACGAAGAGACAG
G-3;反向引物:ZF3 5-AAGCTTTGCCTAGATTTTGT
CAACCTTATC-3。
1. 3 基因克隆和测序
将回收的目的片段与 pMD18-T 载体连接,经蓝
白斑筛选后用碱裂解法提取质粒,将重组质粒进行
双酶切鉴定,并由北京奥科生物技术公司测序。
1. 4 生物信息学分析
采用 DNAMAN6. 0 软件分析 cDNA 序列;NCBI
(http:∥www. ncbi. nlm. nih. gov /)分析氨基酸的保
守性结构域及同源性;氨基酸多序列比对和系统发
生分析采用 Bioedit 5. 0 和 MEGA 4. 0。分别利用
Protparam (http:∥au. expasy. org / cgi-bin / protparam,
http:∥ cubic. bioc. columbia. edu / cgi / var / nair /
resonline. pl) ,Psort (http:∥ www. psort. org /) ,
ProtFun(http:∥www. cbs. dtu. dk / services /ProtFun /
和 http:∥www. predictprotein. org)等各种生物信息
学分析软件对氨基酸的理化性质、氨基酸的核定位
信号、蛋白质的亚细胞定位、蛋白质功能、蛋白质二
级结构进行分析预测。
1. 5 目的基因胁迫诱导表达
根据目的基因序列设计特异引物,以 Actin 基因
为内标设计参比引物用于目的基因低温、干旱诱导
表达分析。20 μL PCR 反应体系循环:94 ℃预变性
5 min,94 ℃变性 30 s,54 ℃复性 30 s,72 ℃延伸 1
min,共 25 个循环,最后 72 ℃延伸 15 min。取 5 μL
PCR 产物上样,用琼脂糖凝胶电泳分析检测,琼脂
糖凝胶用紫外凝胶成 像仪扫描,目的 条 带 用
Quantity One4. 4 软件处理,计算相对表达量。特异引
物:ZFR5 5-CAGAACGTCCCATTCTTTGCATTAA-3;
ZFR3 5-ACACCCTGACCAACAGTCCTATA-3。参比
引物:Acn5 5-ACCTTGCTGGCCGTGATTTAACG-3;
Acn3 5-ATAGTGGACCCACCACT AAGCACG-3。
2 结果与分析
2. 1 目的片段扩增和 cDNA 序列
琼脂糖凝胶电泳显示 RT-PCR 产物扩增条带大
小在 500 bp 左右,测序结果表明此条带长 519 bp,
编码 172 个氨基酸残基(图 1)。
2. 2 生物信息学分析
2. 2. 1 氨基酸性质分析
Protparam 推测该蛋白相对分子质量为 18. 4 ×
103,等电点为 8. 47。其中,带负电荷的 Asp 和 Glu
总数为 19,带正电荷的精氨酸和赖氨酸残基总数为
23。AmSTZF 锌指蛋白中有 14 个 Ser、9 个 Thr、3 个
Tyr,另外在氨基酸位点 97、98 处分别有 CKII 和
ATM 磷酸化位点。理论推导半衰期为 30 h,不稳定
参数为 25. 14,属于稳定蛋白。二级结构预测表明
螺 旋、链 和 环 分 别 占 18. 4%、4. 6%、77. 0%。
SignalP 程序分析 AmSTZF 的 N 末端序列,没有发现
信号肽结构,无核定位信号序列。跨膜结构预测表
明,该蛋白也不存在跨膜区。PSORT 预测发现
AmSTZF 存在于细胞质。通过 ProtFun2. 2 Server 进
一步分析 AmSTZF 的主要功能,发现该蛋白有转录
调控功能。推测沙冬青锌指蛋白可能在胁迫条件下
与特定靶 DNA 或靶蛋白结合,在转录调控和信号传
导中发挥重要作用。
2. 2. 2 锌指蛋白 AmSTZF 的保守区域分析
AmSTZF 氨基酸序列保守性分析表明,在氨基
酸 15 ~ 38 和 112 ~ 150 残基间分别存在 zf--A20 和
zf--AN1 保守结构域。在 AmSTZF 氨基酸序列 N 端
401 北 京 林 业 大 学 学 报 第 34 卷
图 1 AmSTZF 全长 cDNA 序列及推导的氨基酸序列
Fig. 1 cDNA full sequence and corresponding amino acid sequence of AmSTZF
注:黑体的字母分别代表起始密码子和终止密码子;下划线部分分别是 zf--A20 和 zf--AN1 结构域。
有 4 个保守的半胱氨酸残基,这种结构与抑制细胞
凋亡的锌指蛋白 A20 类似[13];在 C 端具有 AN1 型
的典型锌指结构域,其中保守的半胱氨酸和组氨酸
残基可 参 与 形 成 锌 指 结 构。 BLAST 比 对 显 示
AmSTZF 与多种锌指蛋白氨基酸序列相似性较高。
从中选取毛果杨(XP _002323304. 1)、柑橘(Citrus
reticulata) (ABL67658. 1)、拟南芥(NP_192941. 1)、
橹豆(ACU19355. 1)、蒺藜苜蓿(ABN08135. 1)、番
茄(Solanum lycopersicum) (ACM68442. 1)锌指蛋白
保守氨基酸序列与 AmSTZF 保守区域比对(图 2)。
A. N 端的 A20 型锌指结构;B. C 端的 AN1 型锌指结构
图 2 AmSTZF 保守氨基酸序列及与同源氨基酸序列的多序列比对
Fig. 2 Conserved amino acid sequence of AmSTZF and multiple sequence alignment with that of other plants
注:STZF 为胁迫相关锌指蛋白;Am 为沙冬青;PT 为毛果杨(XP_002323304. 1) ;CH 为柑橘(ABL67658. 1) ;AT 为拟南芥
(NP_192941. 1) ;GM 为橹豆(ACU19355. 1) ;MT 为蒺藜苜蓿(ABN08135. 1) ;SL 为番茄(ACM68442. 1)。
2. 2. 3 与逆境胁迫相关锌指蛋白的同源性比较和
系统发生分析
根据对数据库检索及文献报道的具有锌指结构
的植物相关蛋白氨基酸序列的 Blast 比对分析,沙冬
青 AmSTZF 编码区序列与多种植物逆境相关蛋白有
一定 的 同 源 性,与 玉 米 ZnF-AN1 蛋 白 (NP _
001106266. 1)的同源性达 29. 4%,与毛果杨锌指蛋
白(ABK92973. 1)同源性为 67%,与葡萄 (Vitis
vinifera)锌 指 蛋 白 (CAN65596. 1)的 同 源 性 为
73. 2%,与柑橘胁迫响应锌指蛋白(ABL67658. 1)的
同源性为 68. 6%,与玉米 ISAP1 (multiple stress-
responsive zinc-finger protein) (ACG38807. 1)的同源
性为 33. 8%,与念珠菌球虫 (coccidium)MPER _
13207 蛋白(EEB88778. 1)的同源性为 65. 1%。
此外,通过 Blast 分析编码锌指保守区的序列发
现,AmSTZF 与植物相关锌指蛋白锌指保守区具有
较 高 的 相 似 性,与 蒺 藜 苜 蓿 锌 指 蛋 白
(ABN08135. 1 )、毛 果 杨 锌 指 蛋 白 (XP _
002323304. 1)、番茄锌指蛋白(ACM68442. 1)、柑橘
锌指蛋白(ABL67658. 1)的相似性都高达 99%,与
籼稻锌指蛋白(AAQ84334. 1)、拟南芥锌指蛋白
(NP_192941. 1)、芸苔 (Brassica rapa)锌指蛋白
(ABL97956. 1)、陆地棉(Gossypium hirsutum)锌指蛋
白(ABD65463. 1)相似均超过 90%。
501第 2 期 史军娜等:沙冬青 A20 /AN1 锌指蛋白基因序列及表达分析
系统发生分析表明,沙冬青 AmSTZF 锌指蛋白
与蒺藜苜蓿锌指蛋白(ABN08135. 1)的亲缘关系最
近,属同一类功能蛋白;其次与番茄胁迫相关锌指蛋
白 (ACM68442. 1 )、拟 南 芥 锌 指 蛋 白 (XP _
002891622. 1)、橹豆锌指蛋白(ACU19355. 1)、野茶
树(Camellia sinensis)锌指蛋白(ABI31653. 1)有较
近的亲缘关系,而与芸苔锌指蛋白(ABL97956. 1)、
北 美 云 杉 (Picea sitchensis ) 锌 指 蛋 白
(ABK21092. 1)、蓖麻(Ricinus communis)锌指蛋白
(XP_002523785. 1)、百脉根(Lotus japonicus)转录因
子 C2H2(BAG50058. 1)等的亲缘关系较远(图 3)。
图 3 沙冬青锌指蛋白 AmSTZF 与其他锌指蛋白的系统发生分析
Fig. 3 Phylogenetic analysis of AmSTZF and other reported zinc finger proteins
注:小立碗藓 (Physcomitrella patens) ;海葵 (Actiniaria) ;卷 柏 (Selaginella tamariscina) ;伴 草
(Aeluropus littoralis)。
2. 3 锌指蛋白基因 AmSTZF 在沙冬青胁迫处理叶
片中的表达
RT-PCR 检测沙冬青在胁迫处理下 AmSTZF 的
表达(图 4、5)。AmSTZF 在对照和低温、干旱处理
过的沙冬青叶片中均表达。在干旱处理条件下,沙
冬青 AmSTZF 的表达量随时间的延长明显增加,由
此推断该基因的表达与干旱胁迫正向相关。低温 4
℃处理 2 h 后,AmSTZF 的表达量增大;4 ℃处理 24
h 后,AmSTZF 的表达量比 2 h 没有明显变化,说明
该基因的表达与低温胁迫也相关。
3 结论与讨论
沙冬青胁迫处理结果显示 AmSTZF 在受到低温
和干旱胁迫后表达量增加。新近研究表明,A20 /
AN1 型锌指蛋白在动物免疫响应和植物胁迫响应
中发挥着关键的作用。过量表达水稻 A20 /AN1 型
锌指蛋白基因 OsDOG 的转基因植株出现矮化,施加
外源的 GA 可以拯救过表达转基因植株的矮化型,
OsDOG 具有调节赤霉素动态平衡的功能,负向调节
植物细胞伸长[14]。水稻中所有与胁迫相关的 A20 /
AN1 锌指蛋白基因表达至少受到一种非生物胁迫
的诱导。其中,OsSAP1 和 OsSAP8 的表达受盐、干
旱、低温、ABA 和重金属等多种非生物胁迫的诱
导[3,5]。水稻 OsSAP1 和 OsSAP8 的表达量在幼苗受
到以上各种胁迫 30 min 后开始增加,24 h 后快速减
少,这些与 AmSTZF 表达的时间进程不同。AmSTZF
在受到干旱处理后 1、2 d,相对于对照的表达量逐渐
增大,干旱处理 3、4 d 的表达量与第 1、2 d 相比明显
增大,而且处在较高的水平。推测可能是在进化过
程中启动子的结构发生了改变,与喜湿的水稻相对,
生境干旱的沙冬青已形成一种抗旱的特性[6]。
植物在生长发育过程中受低温、干旱等非生物
胁迫后,胁迫信号经历一系列传递过程,诱导特定功
能基因表达,通过改变形态、生理和生化来适应环
境。与胁迫响应相关的基因可以概括地分为 2 类:
一类是编码调控蛋白的基因,如转录因子;另一类是
编码效应蛋白的基因,直接保护植物免受各种胁迫
损伤[15
--16]。相关研究中,把与胁迫相关的 A20 /AN1
锌指蛋白被归为胁迫信号传导调控蛋白。一方面,
研究表明,位于胞浆内的人类 A20 锌指蛋白是一种
601 北 京 林 业 大 学 学 报 第 34 卷
图 4 干旱胁迫下沙冬青叶片 AmSTZF 的表达
Fig. 4 Expression of AmSTZF in Ammopiptanthus mongolicus
leaves incubated under drought
注:A. 沙冬青幼苗干旱处理 0、1、2、3、4 d 后,RT-PCR 检测 AmSTZF
在干旱处理过的沙冬青叶片中的表达量;B. Quantity One 分析 PR-PC
结果中 AmSTZF 的条带,估测 AmSTZF 在干旱处理 0、1、2、3、4 d 的沙
冬青叶片中的表达量。
图 5 低温(4℃)胁迫下沙冬青叶片 AmSTZF 的表达
Fig. 5 Expression of AmSTZF in Ammopiptanthus mongolicus
leaves incubated at 4 ℃
注:A. 沙冬青幼苗 4 ℃处理 0、2、24 h 后,RT-PCR 检测 AmSTZF 在低
温处理过的沙冬青叶片中的表达量;B. Quantity One 分析 RT-PCR 结
果中 AmSTZF 的条带,估测 AmSTZF 在低温处理 0、2、24 h 的沙冬青
叶片中的表达量。
瞬时调控蛋白,可抑制不同细胞因子;另一方面,
A20 /AN1 锌指蛋白缺少典型的核定位信号[17]。
生物信息学分析结果显示,AmSTZF 蛋白有
Ser、Thr、Tyr 和 CKII、ATM 磷酸化位点以及 zf--A20、
zf--AN1 结构域,且定位于细胞质。A20 结构域不但
能与自身相互作用,而且可以与 AN1 结构域相互作
用[5]。此外,水稻中 OsSAP1 和 OsSAP8 是定位于细
胞质中的蛋白,在 zf--A20、zf--AN1 结构域的参与下
通过蛋白与蛋白相互作用而发挥作用[3,5]。人类
A20 /AN1 锌指蛋白 AWP1 与 Ser /Thr 蛋白激酶
PRK1 相互作用,在哺乳动物信号传导通路中发挥
调控作用[18]。推测 AmSTZF 可能与磷酸激酶相互
作用作为转录因子在植物逆境胁迫信号传导中发挥
调控作用。
参 考 文 献
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(责任编辑 赵 勃
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