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沙冬青胚胎晚期发生丰富蛋白基因序列及表达特性分析



全 文 :第 34 卷 第 4 期
2012 年 7 月
北 京 林 业 大 学 学 报
JOURNAL OF BEIJING FORESTRY UNIVERSITY
Vol. 34,No. 4
Jul.,2012
收稿日期:2011--10--23
基金项目:北京市自然科学基金项目(6112016)、国家自然科学基金项目(30700559、30671476)。
第一作者:师静,博士生。主要研究方向:沙冬青分子抗逆基础。电话:010--62338189--54 Email:littlegirl_1985. student@ sina. com 地
址:100083 北京市清华东路 35 号北京林业大学生物科学与技术学院。
责任作者:卢存福,博士,教授。主要研究方向:植物抗逆。电话:010--62338189--54。Email:lucunfu@ bjfu. edu. cn 地址:同上。尹伟伦,
教授,博士生导师,院士。主要研究方向:植物生理与生物技术。电话:010--62338080 Email:yinwl@ bjfu. edu. cn 地址:同上。
本刊网址:http:∥ journal. bjfu. edu. cn
沙冬青胚胎晚期发生丰富蛋白基因序列及表达特性分析
师 静 刘美芹 史军娜 赵晓鑫 卢存福 尹伟伦
(北京林业大学林木育种国家工程实验室,教育部林木花卉遗传育种重点实验室)
摘要:从沙冬青叶片 EST 文库中获得了胚胎晚期发生丰富蛋白(LEA)基因 cDNA 全长序列,命名为 AmLEA14。序列
分析表明该基因全长 579 bp,含有一个 459 bp 编码 152 个氨基酸的开放阅读框,推测编码的蛋白质分子质量为
16. 6 ku。二级结构预测显示此编码蛋白属于第 4 类 LEA 蛋白。系统发生分析表明,此编码蛋白与大豆 LEA14 蛋
白(P46519. 1)的亲缘关系最近。荧光定量 PCR 结果显示,AmLEA14 的表达量在低温、干旱、盐胁迫条件下升高,但
是主要在低温胁迫后期富集。推测 AmLEA14 基因可能在沙冬青抵御低温、干旱、盐胁迫中发挥作用,主要是参与沙
冬青的低温防御机制。
关键词:沙冬青;胚胎晚期发生丰富蛋白;序列分析;表达分析
中图分类号:S759. 95 文献标志码:A 文章编号:1000--1522(2012)04--0114--06
SHI Jing;LIU Mei-qin;SHI Jun-na;ZHAO Xiao-xin;LU Cun-fu;YIN Wei-lun. Sequence analysis and
expression pattern of AmLEA14 encoding a late embryogenesis abundant protein in
Ammopiptanthus mongolicus. Journal of Beijing Forestry University (2012)34(4)114--119[Ch,23
ref.]National Engineering Laboratory for Tree Breeding,Key Laboratory of Genetics and Breeding in
Forest Trees and Ornamental Plants of Ministry of Education,Beijing Forestry University,100083,P. R.
China.
For a better understanding of stress responses of desert plant Ammopiptanthus mongolicus,we
reported molecular characterization and expression analysis of AmLEA14 gene from the EST data of cold-
and drought-stressed A. mongolicus. Sequence analysis showed that the overall length of gene AmLEA14
was 579 bp,and the cDNA of AmLEA14 contained a 459 bp ORF encoding a polypeptide of 152 amio
acids with a calculated molecular mass of 16. 6 kDa and a theoretical pI of 4. 9. Sequence and structural
analysis showed that AmLEA14 protein was a member of late embryogenesis abundant protein class 4.
Phylogenetic analysis indicated that AmLEA14 protein was most closely related to soybean LEA14 protein
(P46519. 1). Real-time quantitative PCR analysis showed that AmLEA14 was constitutively expressed,
up-regulated by cold,drought stressed,and specifically accumulated at the late stage of cold treatment.
Otherwise,AmLEA14 was down-regulated by heat stress. The combined results indicate that AmLEA14
protein plays some role in abiotic stress responses,mainly in cold tolerant mechanism,and is valuable for
future abiotic stress researches in A. mongolicus.
Key words Ammopiptanthus mongolicus;late embryogenesis abundant protein;sequence analysis;
expression analysis
当植物遭受到外界逆境时会在细胞中积累大量
起保护作用的蛋白来对抗胁迫。胚胎晚期发生丰富
蛋白(Late embryogenesis abundant proteins,LEA)就
是其中之一。LEA 蛋白最早在陆地棉(Gossypium
hirsutum)中被发现,是一类小分子蛋白,伴随着种子
成熟过程而产生,大量积累于种子成熟后期的特定
阶段,在种子萌发后很快就会消失[1]。大部分的
LEA 具有高亲水性的特点[2],因为它含有大量高亲
水性的氨基酸,同时又含有极少量或缺少 Cys 和 Trp
氨基酸残基,缺乏明显的二级结构。LEA 蛋白在水
DOI:10.13332/j.1000-1522.2012.04.019
第 4 期 师 静等:沙冬青胚胎晚期发生丰富蛋白基因序列及表达特性分析
溶液里通常是以无规卷曲的形式存在。一般认为
LEA 蛋白与种子耐脱水有关,参与维持种子的活
力[3]。LEA 蛋白在被子植物和裸子植物,以及在苔
藓 和 蕨 类 植 物 中 都 存 在[4],另 外 在 酵 母
(Saccharomyces cerevisiae)、线虫(Aphelenchus avenae)
等物种中也发现有 LEA 蛋白存在[5--6]。体内和体外
实验证明,LEA 蛋白对植物防御环境胁迫起到积极
的作用[7]。
沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)又名蒙古
黄花木,为古老第三纪残遗种。主要分布在内蒙古
西部荒漠,是亚洲中部荒漠地区特有的常绿阔叶灌
木,具有极强的抗逆境能力,对当地生态环境的维持
起到了非常重要的作用,同时也是一种研究林木抗
逆机理的理想材料[8
--12]。本研究对沙冬青胚胎晚期
发生丰富蛋白基因 AmLEA14 基因的分子生物学特
性进行了分析,并采用荧光定量 PCR 的方法检测此
基因对低温、干旱、盐、热胁迫的响应,从而为改善和
提高木本植物的抗逆性提供理论支持。
1 材料与方法
1. 1 AmLEA14 基因的获得及序列分析
本研究在前期工作基础上,根据本实验室所构
建的沙冬青低温、干旱诱导 ESTs 文库中的胚胎晚期
发生丰富蛋白基因序列设计特异性引物,利用 PCR
技术扩增沙冬青胚胎晚期发生丰富蛋白基因,命名
为 AmLEA14 基因。用 NCBI 上的在线软件 BLAST
和 ORF Finder 分析该序列的同源性及开放读码框。
用 ProtParam 软件对该基因所编码的蛋白的分子量
和等电点进行分析。用 SignalP 软件对该蛋白序列
中的信号肽的剪切位点进行预测。用 TMpred 软件
对该蛋白跨膜区段及在膜上的取向进行预测。用
REP-V1. 1 软件对该蛋白重复序列进行分析。用
SOPMA 软件对该蛋白的二级结构进行预测。用
SubLoc V1. 0 软件对该蛋白的亚细胞定位进行预
测。用 ClustalW2 软件构建系统进化树。
1. 2 沙冬青幼苗培养及胁迫处理
用 9 cm × 9 cm 营养钵分装珍珠岩基质,将珍珠
岩基质用自来水吸水饱和,将沙冬青种子播种于珍
珠岩基质中。放于 25 ℃恒温,16 h 光照,70%湿度
培养条件下,中间过程不再浇水。
培养 10 d 后,取长势一致的沙冬青幼苗,用自
来水浇透,1 h 后取样作为对照,其余的用作以下处
理。所有的处理均选择地上部分作为研究材料。
低温处理:将沙冬青幼苗放入 4 ~ 6 ℃黑暗培养
室中,1、2、4、8、16 d 时取样。
干旱处理:将沙冬青幼苗根部珍珠岩小心去掉。
放入 15 cm × 15 cm 培养皿中,置于黑暗环境中,1、
2、3、4、5 d 时取样。
盐处理:每盆沙冬青幼苗用 200 mL NaCl 溶液
灌浇,置于 25 ℃恒温,16 h 光照,70%湿度培养条件
下继续培养。每 7 d 浇盐 1 次,浓度和体积保持一
致,1、2、4、8、16 d 时取样。
热处理:将沙冬青幼苗置于 40 ℃环境下,16 h
光照条件下,1、2、4、8、12、24 h 时取样。
以上样品取样后快速用液氮速冻,- 80 ℃保存。
1. 3 沙冬青总 RNA 提取
根据 Plant RNA assistant Kit(北京科百奥)试剂
盒的操作要求进行总 RNA 提取。把样品从 - 80 ℃
冰箱中取出,液氮充分研磨后用 1. 5 mL 的离心管收
集粉末,往 EP 管中立即加入 750 μL RNA assistant
Lysis Buffer 以及 500 μL RNA assistant Extraction
Buffer,迅速摇匀再置于振荡器上剧烈振荡 5 min 至
充分混匀,12 000 r /min 离心 5 min。取上清加入
500 μL RNA assistant Extraction Buffer,振荡器上剧
烈振荡 5 min 充分混匀,12 000 r /min 离心 5 min。
取上清约 750 μL 加入等体积氯仿,剧烈振荡 10 min
后12 000 r /min 离心 10 min。取上清加入 1 /2 体积
的 RNA assistant Precipitation Buffer,混匀后置于冰
上沉淀 20 min。12 000 r /min 离心 10 min,弃上清。
用 1 mL 80% 乙醇覆盖沉淀,13 000 r /min 离心 5
min,弃上清,重复 1 次。挥发乙醇 4 min,加入适量
RNase-free ddH2O 溶解沉 淀。 Nanodrop ND-1000
spectrophotometer(NanoDrop,USA)检测 RNA 浓度。
1. 4 cDNA 合成
将 1 μL Oligo(dT)20 (50 μmol /L) (Promega,
USA) ,5 μg 总 RNA,1 μL 10 mmol /L dNTP mix
(Takara,Japan)混匀后,65 ℃孵育 5 min,然后立即
放到冰上速冷至少 1 min;在以上的混合物中加入
1 μL RNase Inhibitor(Takara,Japan) ,4 μL 5 × First-
strand Buffer, 1 μL 0. 1 mol /L DTT, 1 μL
SuperScriptTM III RT(200 units /μL) ,以上 3 个成分都
包含在 Invitrogen 公司的 SuperScriptTM III Reverse
Transcriptase 试剂盒中。吸打混匀,50 ℃ 孵育 60
min 后,70 ℃孵育 15 min。将合成好的 cDNA 放在
- 20 ℃保存。
1. 5 QRT-PCR
荧光定量 PCR 分析中,以 eIF1 和 eIF3 作为内
参基因。QRT-PCR 引物严格按照荧光定量 PCR 引
物设计要求,用 Primer3 软件设计。根据 AmLEA14、
eIF1 及 eIF3 基因序列,设计扩增引物。所有的引物
是由北京奥科合成。引物序列分别为 eIF1F:CTG
ACATGCGCCGTAGGAACG;eIF1R:CCCTGCTTATGC
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CAGTCTTTT;eIF3F:TTACATCGTCATCAAGGGTCG;
eIF3R:ACAATTATGGGAAGACGGCAC;AmLEA14F:
GACAGGGAGATAGCGTCAGGG;AmLEA14R: TTG
CCAATCACAGGAAGGTCA。
QRT-PCR 反应是在 ABI PRISM7900HT Real-
Time PCR System 仪器上进行的,所用耗材 384 孔板
和贴膜均为美国 ABI 公司生产。荧光定量试剂盒
是采用 SYBR Premix Ex TaqTM kit(Takara,Japan) ,20
μL 反应体系包括:10 μL SYBR Premix Ex Taq,7. 2
μL PCR-grade water,2 μL cDNA(50 ng /μL) ,0. 4 μL
10 μmol /L 正向引物,0. 4 μL 10 μmol /L 反向引物。
荧光定量循环体系参数设为 95 ℃ 30 s 循环 1 次;
95 ℃ 变性 5 s,60 ℃延伸 34 s,循环 40 次;而后进行
溶解曲线测定,95 ℃ 15 s,60 ℃ 1 min,95 ℃ 15 s,
循环 1 次。每个样品重复 3 次。
基因的表达水平通过 C t(Cycle threshold)值来
呈现。C t 值是指每个反应管内的荧光信号达到设
定的域值时所经历的循环数。反应结束后,进行融
解曲线分析。用 eIF1 和 eIF3 基因 C t 值的几何平均
数作为内参,采用 2 - ΔCt算法计算 AmLEA14 基因的
相对表达量。根据 Excel 表格中的 T-test 对表达数
值进行分析,当 P < 0. 05 时,说明表达出现了明显
变化。
2 结果与分析
2. 1 基因的获得及序列分析
对沙冬青低温、干旱条件下的转录组进行大规
模测序,其中一个表达序列标签 (EST)与大豆
(Glycine max)LEA14 基因(U08108. 1)的同源性高
达 86%。对该 EST 所对应的克隆进行完全测序,获
得了该克隆的全序列,并将其命名为 AmLEA14。
AmLEA14 基因序列全长 579 bp,经 ORF Finder 程序
分析发现,AmLEA14 含有 1 个 459 bp 的开放阅读
框,编码 152 个氨基酸(图 1)。AmLEA14 基因 5端
的非编码区(untranslated region,UTR)长为 40 bp,
3UTR 长为 80 bp,并且 3端 UTR 中含有典型的加
尾信号 aataaa 和明显的 polyA 结构。ProtParam 预测
显示,AmLEA14 基因所编码蛋白的分子质量为 16. 6
ku,等电点为 4. 9,不稳定系数为 20. 91,说明该蛋白
可能为一种稳定蛋白。REP-V1. 1 分析结果显示
AmLEA14 蛋白中不含有重复的氨基酸序列,与 LEA
蛋白的第 4 族的结构特点吻合。
图 1 AmLEA14 基因核酸及编码的氨基酸序列
Fig. 1 Nucleotide sequences of AmLEA14 and amino acid sequences of coded protein
注:下划线标出的是加尾信号 aataaa。
2. 2 编码蛋白质的二级结构预测
SOPMA 预测沙冬青 AmLEA14 基因所编码的蛋
白的二级结构如图 2 所示。该蛋白中 39 个氨基酸
形成 α-螺旋结构,占总数的 25. 66%,主要集中在 N
端;C 端保守性差,72 个氨基酸形成无规则卷曲结
构,占 总 数 的 47. 37%。此 外,该 蛋 白 内 还 有
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26. 97%的延伸链和 1. 97% β-转角结果。经信号肽
预测及跨膜结构分析,该蛋白无明显的信号肽和跨
膜结构。亚细胞定位该蛋白为细胞质蛋白。
图 2 沙冬青 AmLEA14 编码蛋白二级结构预测
Fig. 2 Secondary structure of the coded protein of A. mongolicus AmLEA14
注:A. 大写字母代表 AmLEA14 编码的蛋白氨基酸序列;h、c、t 和 e 分别代表 α-螺旋、无规则卷曲、β-转角以及延伸链;
B.蓝、紫、绿和红色线条分别代表 α-螺旋、无规则卷曲、β-转角以及延伸链。
2. 3 LEA 蛋白的系统发生
本研究选取大豆、花生、棉花、甘薯、辣椒、茶树
的 LEA 蛋白与 AmLEA14 蛋白进行氨基酸同源性比
较,并在此基础上构建系统进化树(图 3) ,以进一步
分析 AmLEA14 蛋白与其他 LEA 蛋白之间的进化亲
缘关系。结果表明,AmLEA14 与大豆 LEA14 蛋白
(P46519. 1)的亲缘关系最近。
图 3 沙冬青 AmLEA14 蛋白与其他已知
LEA 蛋白的系统发生分析
Fig. 3 Phylogenetic analysis of AmLEA14 protein and
other reported stress-responsive LEA proteins
注:用于系统发生分析的植物 LEA 蛋白包括棉花 AAA18542. 1、茶
树(Camellia sinensis)ACH87174. 1 和 AEL33279. 1、辣椒(Capsicum
annuum)AAN38002. 1、甘薯(Ipomoea batatas)ADM33676. 1、大豆
AAD25354. 1 和 P46519. 1、以 及 花 生 (Arachis hypogaea )
ABC46705. 1 和 ADQ91846. 1。
2. 4 AmLEA14 基因对各种非生物胁迫的应答反应
从图 4 中可以看出,AmLEA14 基因在不同的非
生物胁迫条件下的表达特性是不同的。在低温、干
旱、盐胁迫条件下,AmLEA14 的表达量都出现了明
显升高(P < 0. 01) ,而在热胁迫条件下表达量下降。
在干旱条件下的表达最高点出现在第 3 天;在盐胁
迫条件下的表达最高点出现在第 1 天,之后逐渐降
低到与对照相当的水平。AmLEA14 在低温条件下
的表达量超过在其他胁迫下的表达量,并且呈现出
逐渐升高的趋势,在第 16 天时表达量最高,约为对
照的 61 倍。由此可见,AmLEA14 基因的表达受热
胁迫信号的抑制(P < 0. 001) ,但是 AmLEA14 基因
的表达明显受低温、干旱、盐胁迫的诱导,并且在低
温胁迫下的表达量最高。推测 AmLEA14 基因主要
在防御低温伤害中发挥作用,并参与干旱、盐胁迫的
防御机制。
3 结论与讨论
LEA 蛋白是重要的抗逆蛋白。根据它们的特
殊氨基酸序列,LEA 蛋白可以划分为 6 类,其中第 4
类 LEA 蛋白无重复序列单元,具有比较保守的 N2
末端区域,该区域可形成兼性 A2 螺旋,这种螺旋可
能使该蛋白的结构能适应其他结构,并提供一种粘
着层,它可能起束缚离子的作用或形成一种保护结
构,在细胞脱水时,保持膜系统的稳定[2]。沙冬青
AmLEA14 基因所编码蛋白的氨基酸序列分析结果
表明,AmLEA14 蛋白的 N 端序列可形成 α-螺旋,C
端呈无规则卷曲结构,并且蛋白内部没有重复的氨
基酸片段,这些结构和序列特点与 LEA 蛋白家族中
第 4 类蛋白吻合;因此本研究认为沙冬青 AmLEA14
基因编码的蛋白可能为第 4 类 LEA 蛋白中的一个
成员。
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北 京 林 业 大 学 学 报 第 34 卷
图 4 沙冬青 AmLEA14 基因在低温、干旱、盐和热胁迫下荧光定量 PCR 分析
Fig. 4 Expression profiles of AmLEA14 under cold,drought,salt and heat stresses
注:* 和#为 P < 0. 01,分别表示表达量显著升高和降低;**和##为 P < 0. 001,分别表示表达量极显
著升高和降低。
在本研究中,AmLEA14 基因的表达量在热处理
条件下出现下降,而在低温、干旱、盐胁迫下升高,说
明 AmLEA14 基因可能参与沙冬青的低温、干旱、盐
胁迫防御机制。对于 LEA 基因与非生物胁迫之间
的关系,已经有不少的研究;研究发现 LEA 蛋白具
有稳定细胞膜,清除活性氧自由基,结合金属离子等
功能[13
--14]。拟南芥(Arabidopsis thaliana)LEA 蛋白
COR15A 和 COR15B 在干旱条件下可以与脂膜结
合,对脂膜起到保护作用[15]。在干旱状态下,豌豆
(Pisum sativum)PsLEAM 蛋白可以稳定线粒体基质
蛋白并保护脂质体[16]。柑橘(Citrus unshiu)LEA 蛋
白 Cucor19 具有保护过氧化氢酶及乳酸脱氢酶活性
的作用,并且其保护作用明显高于脯氨酸和甜菜碱
等[17]。
荧光定量 PCR 结果显示,AmLEA14 基因的表达
虽受低温、干旱、盐胁迫的诱导;但是主要在低温胁
迫的后期富集,说明此基因主要参与沙冬青长期低
温胁迫防御机制。在其他物种中,某些 LEA 蛋白也
有类似的功能。例如:WCOR410 在遭受冻害时在植
物组织中大量积累[18];在受到冷胁迫时,小麦
(Triticum aestivum)中的 LEA-D11 蛋白[19]、拟南芥
中 的 COR47[20] 和 大 麦 (Hordeum vulgare)的
HAV1[21] 都 大 量 表 达。过 表 达 柽 柳 (Tamarix
androssowii)LEA 基因,可以增加转基因半高丛越橘
(Vaccinium corymbosum vs V. angustifolium vs V.
uliginosum)对低温的抗性[22]。马铃薯 (Solanum
sogarandinum)的第 2 组 LEA 蛋白 DHN24 转入黄瓜
(Cucumis sativus)后,提高了黄瓜的抗寒性[23]。
AmLEA14 基因的表达对植物抗逆性的影响还
有待通过转基因等实验进一步验证,通过对转基因
植株的生理生化指标的检测来推测此蛋白的作用机
制。同时,对 AmLEA14 基因进行研究有利于对沙冬
青复杂抗逆机制的理解。随着对 LEA 蛋白功能研
究不断深入,植物 LEA 基因将有望在作物抗逆分子
育种中作出重要贡献。
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(责任编辑 赵 勃)
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