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基于GSS序列的猴面花miRNA生物信息学研究



全 文 :基于 GSS序列的猴面花miRNA生物信息学研究
李崇奇 1,2,3 周 鹏 2,3 蔡望伟 1 *
(1海南医学院生物化学与分子生物学教研室,海南海口 571199; 2中国热带农业科学院热带生物技术研究所 分析测试中心; 3海南大学农学院)
摘要 应用 miRtour 在线分析工具对猴面花 GSS 序列进行分析,预测猴面花的 miRNA 序列,应用 psrobot 预测 miRNA 的靶基因。结果
发现 50条不同的猴面花 miRNA 成熟序列,尿嘧啶在 miRNA 5′端第 1 碱基出现频率最高,有 64条编码序列受到猴面花 miRNA 的调控。靶
基因中有 15个编码转录因子,有 21 个编码酶。
关键词 猴面花;miRNA;生物信息学;GSS 序列
中图分类号 Q74 文献标识码 A 文章编号 1007-5739(2014)11-0345-03
Bioinformatics Study on miRNA in Mimulus gutatus Based on GSS Sequences
LI Chong-qi 1,2,3 ZHOU Peng 2,3 CAI Wang-wei 1*
(1 Department of Biochemistry and Molecular Biology,Hainan Medical College,Haikou Hainan 571199; 2 Institute of Tropical Bioscience and
Biotechnology/Analysis & Testing Center,Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences; 3 College of Agronomy,Hainan University)
Abstract Mimulus gutatus miRNA was predicted based on GSS Sequences by miRtour,whereas miRNA-targeted mRNAs were predicted by
psrobot. 50 unique mature miRNA sequences were found in which the uracil nucleotide is dominant in the first position of 5 ′mature miRNAs. 64
mRNAs were regulated by miRNA in which 15 targets was transcription factors,21 targets was enzymes.
Key words Mimulus gutatus;miRNA;bioinformatics;GSS sequence
miRNA是一类长度为 19~24 bp 的内源性小 RNA分子,
其主要通过与靶基因结合后在转录后水平进行基因表达调
控。由中介子(Mediator)将 RNA 聚合酶Ⅱ招募到 miRNA 基
因的启动子后转录 miRNA 初级转录产物(primary miRNA,
pri-miRNA)[1],然后经历与 mRNA 相同的加帽、加尾和拼接
过程后,形成独特的茎环结构[2],植物中再在 DCL蛋白的作用
下加工为 miRNA 前体序列(precursor-miRNA,pre-miRNA)。
miRNA 前体序列再经过一些列复杂过程加工为成熟的
miRNA 序列后,与 Argonaute 蛋白结合形成 RISC 复合体后
与靶基因结合在转录后水平发挥调控作用。由于 miRNA 参
与了植物器官的发育、代谢的调节和抗逆反应等一系列复
杂生物学过程 [3],因而近年来 miRNA 被广泛应用于植物的
遗传品质改良工作。
而猴面花(Mimulus gutatus)为玄参科沟酸浆属草本植物,
原产于北美西部,现在世界范围内被广泛栽培。猴面花可用
于公园、小区的花坛、花台、花境栽培观赏,也是庭院及居室栽
培的优良材料 [4]。此外猴面花还是被广泛应用于生态和进化
遗传学研究领域的模式生物 [5]。本研究拟应用 miRtour 在线
分析工具(http://bio2server.bioinfo. uni-plovdiv.bg/miRTour/)[6]
对猴面花的 GSS 序列进行分析,识别其 miRNA 基因和靶基
因,为进一步开展猴面花遗传品质改良工作和探讨猴面花
独特的生态特点奠定理论基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
从美国国家生物技术信息中心(National Center for Biote-
chnology Information,NCBI)的网站 (www.ncbi.nlm.nih.gov)的
GSS 数据库中下载 134 919 条猴面花序列,另外分别从 rfam
网站(http://rfam.sanger.ac.uk/)和 pfam网站(http://pfam.sanger.
ac.uk/)下载非编码 RNA数据库和蛋白质数据库。
1.2 研究方法
将猴面花 GSS序列分批递交到 miRtour网站上传后参数
设置如下:与已知 miRNA序列能够比对的最小数量(Minimum
number of known miRNAs to be aligned)设置为 1,miRNA序列
与其互补序列的不配对数(Maximum unpaired nt in miR/miR*)
设置为 6,其他参数默认 。下载分析结果可以得到相应的
miRNA序列、前体序列以及前体序列的最小自由能、最小自
由能指数等相关参数 。然后应用 Blast-2.2.27+软件中的
blastn 程序将预测到的 miRNA前体序列与 rfam 数据库进行
比对,应用 blastx 程序与 pfam 数据库进行比对,将 evalue 参
数设置为 1e-6,去除非 miRNA 序列,即可得到 miRNA 前体
序列和相应的 miRNA 序列。将预测到的成熟猴面花 miRNA
序列以 fasta格式上传到 psrobot网站(http://omicslab.genetics.
ac.cn/psRobot/index.php)[7]进行靶基因预测,参数选择严格模
式,同时将分值(score)设置为 2.5。应用 bioedit 统计 miRNA
及其前体的序列长度,然后统计 miRNA 序列每个位点的碱
基组成,对其碱基偏倚进行分析。
2 结果与分析
2.1 miRNA预测
134 919 条猴面花 GSS 序列经过 miRtour 分析后共发现
72 条具有茎环结构的序列,与 rfam 和 pfam 数据库比对后
发现 2 条蛋白质序列,去除重复预测 miRNA 序列后,共预
测到 50 条不同的猴面花 miRNA 成熟序列(表 1)。这 50 条
猴面花 miRNA 序列隶属于 35 个不同的 miRNA 家族,其中
成员最多的为 miR2607 家族,有 6 个成员。所有前体序列的
最小自由能都为负值 ,最高的为 mgu-miR1534,其自由能
为-32.64 kJ/mol。前体序列的最小自由能指数为 0.70~1.13,
GC含量为 12.22%~72.51%。
2.2 miRNA和前体的碱基组成特征
猴面花 miRNA 长度为 18~23 nt,其中 35 个 miRNA 长
基金项目 海南省研究生创新科研课题(Hyb2012-2);海南医学院科
研培育基金(HY2013-18)。
作者简介 李崇奇(1979-),男,山西临汾人,在读博士,讲师。研究方
向:分子生物学。
* 通讯作者
收稿日期 2014-05-05
农村经济学现代农业科技 2014 年第 11 期
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农村经济学 现代农业科技 2014年第 11期
度为 21 nt。miRNA 序列中嘌呤与嘧啶的比值为 1.00∶0.97,
其详细碱基组成 A∶G∶C∶U 为 1.00∶0.89∶0.67∶1.17,胞嘧啶比例
明显偏低。同时发现在 miRNA 5′端第 1~2 碱基尿嘧啶的出
现频率都最高,分别为 42%和 60%。而腺嘌呤则在第 15 碱
基、鸟嘌呤在第 12 和第 14 碱基、胞嘧啶在第 4 和第 20 碱
基出现频率最高。miRNA 前体长度为 90~223 nt,平均长度
为 179 nt,嘌呤与嘧啶的比值为 1.00∶0.99,碱基组成 A∶G∶C∶U
为 1.00∶0.66∶0.51∶1.13,鸟嘌呤和胞嘧啶比例偏低。
2.3 miRNA 靶基因预测
50个猴面花 miRNA中有 25个预测到了靶基因,靶基因
数目最多的为 mgu-miR156,发现有 10 条编码序列受其调
控(表 2)。同时发现共 64 条编码序列受到猴面花 miRNA
的调控,大部分基因都受单一 miRNA的调控。但发现编码胡
萝卜素顺反异构酶的 mgv1a008474m序列受 mgu-miR2607a
和 mgu-miR2607b调控;编码 PHO2蛋白的 mgv1a001292m同
时受 mgu-miR399a 和 mgu-miR399b 调控,而且发现 mgu-
miR399b 与 mgv1a001292m 有 3 个结合位点分别为 637~
657、700~720、757~777 nt。靶基因中有 15 个编码转录因子,
主要有 SPL转录因子、AP2蛋白、核因子、bHLH DNA 结合蛋
白和锌指蛋白等;此外还有 21条靶基因序列编码酶。
3 结论与讨论
GSS 序列,又称基因组勘测序列是基因组 DNA 克隆的
一次性部分测序序列,包括随机的基因组勘测序列、cosmid/
BAC/YAC 末端序列、通过 Exon trapped 获得的基因组序列、
通过 Alu PCR 获得的序列以及转座子标记 ( transposon-
tagged)序列等 [8],也被广泛地应用于植物 miRNA 的预测分
序号 miRNA miRNA 序列 ML PL MFE MFEI GC∥%
1 mgu-miR2676 AAATTATTTGGATAATAAGTT 21 171 -30.50 0.85 21.05
2 mgu-miR1444 GTACAATTACGGTCAACGTT 20 170 -49.10 0.89 32.35
3 mgu-miR1511a GGCCTGGCTCTGATACCATG 20 200 -68.23 0.80 38.64
4 mgu-miR1511b TGGCCTGGCTCTGATACCAT 20 170 -51.45 0.75 40.59
5 mgu-miR1534 CATTTTTGGGTAAATAATAA 20 90 -7.80 0.71 12.22
6 mgu-miR156 TTGACAGAAGATAGAGAGCA 20 170 -58.10 0.88 38.82
7 mgu-miR159 TTTGGATTGAAGTGAGGAATT 21 171 -46.00 0.71 38.01
8 mgu-miR160a CTCCTGGCTCCCTGTTGGCC 20 170 -50.10 0.71 41.76
9 mgu-miR160b TGGCTTGGCTCCCTGAATGCA 21 115 -53.30 0.74 62.61
10 mgu-miR166 GTCGGACCAGGCTTCATTCCC 21 221 -65.30 0.73 40.72
11 mgu-miR169a AAGCAGTCTCCTTGGCGG 18 168 -79.20 0.74 63.69
12 mgu-miR169b CAGCCAAGGATGACTTGCCGA 21 171 -60.10 0.88 39.77
13 mgu-miR171a CAGATTGAGCCGCGCCAATAT 21 171 -49.93 0.76 38.60
14 mgu-miR171b TTGATTGAGCCGTGCCAATAT 21 171 -53.90 0.88 35.67
15 mgu-miR172a ATGAGAATCTTGATGATGCTGCA 23 173 -64.11 0.90 41.04
16 mgu-miR172b TGTGAATCTTGATGATGCTCCAC 23 173 -56.71 0.77 42.77
17 mgu-miR1846 GTCAGGCCTTTCTCCTCGCCG 21 171 -99.20 0.80 72.51
18 mgu-miR1862 ATGAAATGGGTTTATTTTGG 20 220 -49.00 0.88 25.45
19 mgu-miR2607a AATGTGATTATGTGAATTATG 21 221 -45.00 0.73 28.05
20 mgu-miR2607b ATGTGATTATGTGAATTATGT 21 221 -43.40 0.85 23.08
21 mgu-miR2607c GTGTGATTATGTGAAATATGT 21 160 -39.36 0.86 28.75
22 mgu-miR2607d TATGTGATTATGTGAAATATA 21 139 -35.10 1.13 22.30
23 mgu-miR2607e TATGTGATTATGTGAATTATG 21 171 -35.80 0.90 23.39
24 mgu-miR2607f TGTGTGATTATGTGAAATATG 21 171 -34.70 0.77 26.32
25 mgu-miR2635 TATTATTGTCAACTACACTA 20 170 -37.02 0.93 23.53
26 mgu-miR2643 TTTTGGGATCAGAAATGGTGG 21 221 -47.82 0.80 27.15
27 mgu-miR3629 GTTTGGTCAGAAAATGTAGGA 21 221 -53.40 0.73 33.03
28 mgu-miR390 AAGCTCAGGAGGTATAGCGCC 21 171 -93.80 1.00 54.97
29 mgu-miR394 TTTGGCATTCTGTCCACCTC 20 170 -52.60 0.91 34.12
30 mgu-miR395a AATGAAGTGTTTGGGGGAACT 21 171 -58.70 0.93 36.84
31 mgu-miR395b GTTCCCCCAAACACTTCATTG 21 171 -43.20 0.82 30.99
32 mgu-miR396 GTTTCACCATTTTCTTGAACT 21 171 -48.60 0.76 37.43
33 mgu-miR398 CTGTGTTCTCAGGCATCCCAT 21 91 -35.20 0.70 54.95
34 mgu-miR399a CTGCCAAAGGAGAATTGCCCT 21 171 -61.10 0.85 42.11
35 mgu-miR399b CTGCCAAGGGAGATTTGCCCC 21 171 -61.52 0.88 40.94
36 mgu-miR399c TGCCAGAGGAGAACTACGCTG 21 171 -59.50 0.84 41.52
37 mgu-miR403a GTTAGATTCACGCGCAAATCC 21 171 -49.10 0.83 34.50
38 mgu-miR403b TTAGATTCACGCACAAACTCG 21 171 -54.00 0.82 38.60
39 mgu-miR403c TTGTATAAACGCACAAACTTG 21 221 -56.86 0.75 34.39
40 mgu-miR4248 ACATTTTATTTTCGGCTACTA 21 171 -39.40 0.79 29.24
41 mgu-miR437 TTAAGCGAGTGAAGTTTGACT 21 171 -39.61 0.70 30.41
42 mgu-miR4376 TTACGCAGGAGAGACGACACAA 22 222 -60.80 0.87 31.53
43 mgu-miR476 TTAAAATTCTTCTTTGCAAAA 21 221 -38.20 0.71 24.43
44 mgu-miR5205 CATTTAAATTGGGACGGAGGGAG 23 223 -48.40 0.71 30.49
45 mgu-miR5241 GAACTGAATGGAAGAAAGCAT 21 221 -43.90 0.74 26.70
46 mgu-miR536 TTAATGCCAAGCTGTGTGAAAT 22 222 -62.73 0.79 35.59
47 mgu-miR779 ATTGTCTTAAGTTGCTGCTCA 21 171 -44.00 0.77 33.33
48 mgu-miR832 TTGCGGAGATCGGGAATCGAT 21 221 -68.60 0.70 44.34
49 mgu-miR845 CTTCTCTGATACCAATTGTTA 21 221 -58.20 0.77 34.39
50 mgu-miR846 TTGAATTGAAGTCGATGATTT 21 91 -9.30 0.72 14.29
注:ML 为 miRNA 长度;PL 为前体长度;MFE 为最小自由能;MFEI 为最小自由能指数。
表 1 预测的猴面花 miRNA 及其前体序列相关参数
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miRNA 靶基因 注释 miRNA 靶基因 注释
mgu-miR2607a mgv1a008474m 胡萝卜素顺反异构酶 mgu-miR169b mgv1a013110m 核因子
mgu-miR2607b mgv1a008474m 胡萝卜素顺反异构酶 mgu-miR159 mgv1a013635m 核苷二磷酸糖转移酶
mgu-miR394 mgv1a001073m ATP 酶家族蛋白 mgu-miR156 mgv1a005168m 果胶裂解酶
mgu-miR169a mgv1a005322m 锚蛋白 mgu-miR476 mgv1a000157m PHD finger 蛋白家族
mgu-miR395b mgv1a006222m ARM 蛋白 mgu-miR399a mgv1a001292m PHO2 蛋白
mgu-miR395a mgv1a005900m ATP 硫酸化酶 mgu-miR399b mgv1a001292m PHO2 蛋白
mgu-miR779 mgv1a012900m bHLH DNA 结合蛋白 mgu-miR399b mgv1a001292m PHO2 蛋白
mgu-miR169a mgv1a024092m 锌指蛋白 mgu-miR399b mgv1a001292m PHO2 蛋白
mgu-miR1862 mgv1a010139m 叶绿体干旱诱导蛋白 mgu-miR394 mgv1a020012m 磷脂酰基转移酶
mgu-miR2635 mgv1a024033m 染色质重塑蛋白 mgu-miR169a mgv1a005634m 核苷三磷酸水解酶
mgu-miR1534 mgv1a003076m 外被体 mgu-miR2635 mgv11b022019m 蛋白激酶
mgu-miR1862 mgv1a000356m CPL 蛋白 mgu-miR156 mgv1a021125m pumilio 蛋白
mgu-miR396 mgv1a002090m 甘油二脂激酶 mgu-miR156 mgv1a023271m pumilio 蛋白
mgu-miR2676 mgv1a004209m 歧化酶 mgu-miR169a mgv1a026112m AP2 蛋白
mgu-miR169a mgv1a000797m DNA 结合蛋白 mgu-miR169a mgv1a025246m AP2 蛋白
mgu-miR169a mgv1a022024m ERD 蛋白 mgu-miR172a mgv1a008461m AP2 蛋白
mgu-miR396 mgv1a001431m EXS 蛋白 mgu-miR172a mgv1a021246m AP2 蛋白
mgu-miR396 mgv1a002268m EXS 蛋白 mgu-miR390 mgv1a017817m Rhomboid 蛋白
mgu-miR2635 mgv1a003235m F-box 蛋白 mgu-miR156 mgv1a000042m 中介子
mgu-miR394 mgv1a005881m 半乳糖氧化酶 mgu-miR1511b mgv1a013439m RNA 结合蛋白
mgu-miR1862 mgv1a006559m 配子体因子 mgu-miR159 mgv1a004160m 分选连接蛋白
mgu-miR1862 mgv1a012884m 配子体因子 mgu-miR156 mgv1a020120m SPL 转录因子家族
mgu-miR160b mgv1a001132m 谷氨酸受体 mgu-miR156 mgv1a020728m SPL 转录因子家族
mgu-miR160b mgv1a025842m 谷氨酸受体 mgu-miR156 mgv1a005903m SPL 转录因子家族
mgu-miR159 mgv1a022280m 钾离子通道蛋白 mgu-miR156 mgv1a015969m SPL 转录因子家族
mgu-miR166 mgv1a001309m HD-ZIPIII 转录因子 mgu-miR156 mgv1a009499m SPL 转录因子家族
mgu-miR166 mgv1a001344m HD-ZIPIII 转录因子 mgu-miR169a mgv1a000831m 端粒酶激活蛋白
mgu-miR166 mgv1a001350m HD-ZIPIII 转录因子 mgu-miR2676 mgv1a010065m TPR 家族蛋白
mgu-miR396 mgv1a004585m 核仁蛋白 mgu-miR2643 mgv1a002828m TPR 家族蛋白
mgu-miR396 mgv1a004604m 核仁蛋白 mgu-miR437 mgv1a013037m 硫酯酶
mgu-miR396 mgv1a008733m DNA 整合酶 mgu-miR1534 mgv1a000046m TRAF 蛋白
mgu-miR1534 mgv1a001247m 脂加氧酶 mgu-miR396 mgv1a006277m UDP 糖基转移酶
mgu-miR396 mgv1a000100m LDL 蛋白 mgu-miR2643 mgv1a005924m 脲基乙醇酸酰胺水解酶
mgu-miR156 mgv1a003582m NCED 蛋白 mgu-miR1862 mgv1a012150m 脲基乙醇酸水解酶
表 2 猴面花 miRNA靶基因
析。应用 GSS序列识别植物 miRNA 的数量与其 GSS 序列数
量密切相关,Zhang 等 [9]在棉花中发现 30 条 miRNA 序列,
Xie 等 [10]在欧洲油菜(Brassica napus)8 条 miRNA 序列,罗晓
燕等[8]在核果类作物中发现 9条 miRNA 序列,杜江峰等 [11]在
高粱中发现 17 条,而李 婧等 [12]在玉米中仅发现 3 条 。但
Wang 等 [13]对甘蓝(Brassica oleracea)的 680 894 条 GSS 序列
研究中发现 152个 miRNA。而本研究中对猴面花 134 919条
GSS 序列研究中共发现 50 个 miRNA,其识别效率与其他
基于 GSS 的研究相差不大。同时在本研究中发现 miRNA 5′
端第 1 碱基尿嘧啶的出现频率明显高于其他碱基,这与在
拟南芥和水稻的研究一致 [14],目前认为 miRNA5′端碱基对于
其与选择不同 Argonaute 蛋白结合形成 RISC 复合物是至关
重要的[15]。然而整体来讲,本研究中识别的猴面花 miRNA 数
量与其真实的 miRNA 基因数量还有很大的差距 ,Bartel
等 [16]认为每个物种的 miRNA 数量应该达到其基因数量的
1%,而事实上 mirbase 数据库中有些植物的 miRNA 数量已
经达到 700 余条。因而猴面花的 miRNA 研究在未来还有待
于基于全基因组范围内的生物信息学分析或通过小 RNA
测序等相关实验技术进行识别。
猴面花在北美西海岸地区为夏末季节开花的多年生植
物,而距据此不远的内陆地区却为春季开花的一年生植物,
研究表明这主要是由于猴面花对干旱的内陆地区和潮湿高
盐的沿海地区适应的结果 [17]。Jorgensen 等 [18]认为 SPL 转录因
子家族可能通过调控开花时间基因的表达决定物种是多年
生植物还是一年生植物,同时近来在植物中发现 miRNA156
家族通过调控 SPL 转录因子家族决定植物发育时相的转
变。而在本研究中也发现 miRNA156 的靶基因为 SPL 转录
因子,同时还发现 mgu-miR1862 的靶基因为叶绿体干旱诱
导蛋白,但这 2 个 miRNA 是否与决定猴面花为多年生植物
还是一年生植物直接相关还有待于进一步研究。
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(上接第 349页)
的产业化发展模式,在公司(合作社或大户)、基地、农户之
间建立利益联接机制,发挥农民专业合作社的辐射带动作用,
加速土地有效流转,增加土地经营效益,提高农民收入水平。
4.4 完善土地流转服务系统,进行流转服务和管理
一是建立农村产权交易服务中心。利用农村产权交易
服务中心,及时向广大农户宣传土地流转有关法律政策与
信息,指导农民签订土地流转合同,帮助解决土地流转纠
纷,为农户提供各种产权交易服务。二是建立土地流转信息
服务站。以便可以及时获取当地的土地流转信息,了解农户
的土地流转意愿情况。三是完善土地流转规程。完善土地流
转程序,强化土地流转资质审核。四是建立农村土地流转问
题治理机制。各农业相关部门要加强合作,严格查处非法流
转土地和侵害农民土地承包权益的行为[13-16]。
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的制种款无法兑付,必将影响农村社会稳定大局,导致执法
尴尬的局面。
3 对策
3.1 落实基层政府属地管理责任
落实县、乡、村三级组织的属地管理责任,将无证生产
管理列入重点工作考核项目。对因领导不重视,责任落实不
到位,推诿扯皮,玩忽职守,工作措施不力的单位和个人,要
严肃追究领导责任和相关人的责任。特别是要加大对乡村
两级干部的思想教育和管理,对主动联系或默许无证生产
单位和个人落实制种面积,甚至参与违法生产行为的要予
以严厉查处。
3.2 加强执法队伍建设,提升执法水平
从事种子执法工作,既要掌握相关的法律法规,又要熟
悉种子相关专业知识,同时要有高度的社会责任感和处理
复杂问题的工作能力 [4-5]。因此,必须加强种子执法人员配
备,保证执法力量,同时要加强种子执法人员的培养,强化
业务培训和实践锻炼,使其既具备种业相关知识又具备法
律相关知识,培养和打造一支专业熟练、作风硬朗、坚持原
则,能够驾驭复杂局面的种子执法队伍。
3.3 加强农民培训,转变思想观念
利用农村劳动力技能培训工程 、阳光工程、科技之冬
春等培训活动的开展,认真宣传中央和省、市、县各级扶持
农业发展的优惠政策 ,采取 “农民点菜 ,专家下厨 ”的方
法,向农民传授农业科技知识,引导农民发展适合当地且
收益较高的特色产业,从而逐步克服对玉米制种过度依赖
的思想。
3.4 加强联合执法,严厉打击无证生产行为
农业、公安、工商等部门要建立联合执法长效机制,尤
其在落实制种基地前要加强协调配合,逐乡、逐村进行摸排,
把无证生产杜绝在播种前 [6-7]。同时,要设立举报奖励制度,
动员全社会积极举报无证生产行为,对举报的情况经查实
给予奖励,形成“过街老鼠人人喊打”的氛围,给无证生产形
成压力,让无证生产这只“过街老鼠”没有藏身之处。
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