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草石蚕块茎总RNA提取及质量分析



全 文 :第 2 期
收稿日期:2009-09-23
基金项目:科技部、财政部“富民强县”专项行动计划(205);国家科技支撑计划项目(2008BADB5B03)
作者简介:谢 兵(1964-),男,重庆人,教授,主要从事农药化学分析研究,(电话)13595100386(电子信箱)gengguangdong@sohu.com;
通讯作者,耿广东,副教授,主要从事蔬菜栽培生理与生物技术方面的研究。
第 49 卷第 2期
2010 年 2月
湖北农业科学
Hubei Agricultural Sciences
Vol. 49 No.2
Feb.,2010
草石蚕(Stochys sieboldii Miq)又名地牯牛、宝
塔菜、螺丝菜等[1],是唇形科水苏属一年生草本菜类
药用植物,南、北方皆有栽培[2]。 其地下茎富含蛋白
质、淀粉、水苏糖及 B 族维生素,经加工腌渍后清香
脆嫩、开胃可口,既可作为佐餐佳肴,又可作为中
药,有活血祛风、润肺益肾、促进消化和解毒等功
效,可治肺虚咳嗽、肺结核等病症[3-5]。
分子生物学研究对 RNA 提取要求较高, 纯度
高、完整性好、含量高的 RNA 是获得试验成功的前
提和关键。 草石蚕块茎中含有丰富的多糖和蛋白质
等影响 RNA 的提取。 目前,国内关于草石蚕块茎总
RNA 提取方面的文献鲜见报道。本文采取不同方法
提取草石蚕块茎的 RNA,以期探索一种快捷高效提
取高质量草石蚕块茎总 RNA 的方法, 为开展草石
蚕后续分子生物学研究奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
野生草石蚕 , 取自贵州省务川县 。 RNAiso
Reagent 试剂,购自宝生物工程(大连)有限公司;
TRIzolR Reagent 试剂,购自美国 Invitrogen 公司;其
他化学试剂均购自国药集团化学试剂有限公司。
草石蚕块茎总 RNA提取及质量分析
谢 兵 1,耿广东 2,张素勤 2,苏 丹 2
(1. 贵州民族学院化学与环境科学学院,贵阳 550025;2. 贵州大学农学院,贵阳 550025)
摘要:采用 3 种方法提取草石蚕块茎的总 RNA,以期筛选出适合草石蚕块茎总 RNA 提取的最佳方法。
结果表明,RNAiso Reagent 法提取草石蚕块茎总 RNA 的 28 S 和 18 S 条带清晰明亮,RNA 无降解,无
DNA 污染,质量较好。 王艳红法和 TRIzolR Reagent 一步提取法提取总 RNA 的 28 S 和 18 S 条带较暗,
提取的总 RNA 有降解现象。 根据紫外分光光度计检测结果分析,3 种方法提取草石蚕块茎总 RNA 的纯
度都较好。 从提取 RNA 的产量来看,RNAiso Reagent 法提取总 RNA 的浓度最高,为 1 112 μg / mL,王艳
红法次之,TRIzolR Reagent 一步提取法最低。因此,RNAiso Reagent 法是草石蚕块茎总 RNA 提取的最佳
方法。
关键词:草石蚕;块茎;RNA 提取;RNA 质量
中图分类号:S644.5;Q789 文献标识码:A 文章编号:0439-8114(2010)02-0263-02
Extraction and Quality Analysis of Total RNA in the Tuber of Stochys sieboldii Miq
XIE Bing1,GENG Guang-dong2,ZHANG Su-qin2,SU Dan2
(1.School of Chemistry and Environment Science, Guizhou University for Nationalities, Guiyang 550025,China;
2.Agricultural College,Guizhou University, Guiyang 550025,China)
Abstract: Three methods were compared for the extraction of total RNA from the tuber of Stochys sieboldii Miq in this pa-
per. The results showed that the 28 S and 18 S bands were strong, and the quality of the total RNA was high without
degradation and DNA contamination, when the total RNA extracted by method 1 was detected with non -denaturing gel
electrophoresis. While the 28 S and 18 S bands extracted by method 2 and method 3 were dark, and their total RNA de-
graded. The purity of total RNA extracted by the three methods was high according to the results of UV spectrophotometer
detection. The concentration of the total RNA by method 1 was the highest (1 112 μg / mL), next came method 2, and then
method 3. Therefore, method 1 was optimal for total RNA extraction of the tuber of Stochys sieboldii Miq.
Key words: Stochys sieboldii Miq; tuber; RNA extraction; RNA quality
DOI:10.14088/j.cnki.issn0439-8114.2010.02.047
湖 北 农 业 科 学 2010 年
1.2 方法
RNA 提取采用 RNAiso Reagent 法 [6]、王艳红
法[7]和 TRIzolR Reagent一步提取法,TRIzolR Reagent
一步提取法参照试剂盒使用说明书进行。 试验重复
3次。 提取的 RNA在-70℃冰箱中保存备用。
分别取 3 μL RNA 在 1.2%非变性凝胶上电泳
检测提取 RNA的质量。 取 RNA样品各 30 μL加入
2 970 μL DEPC 水, 混匀后用紫外分光光度计在
200~300 nm 波长范围内检测 RNA 的吸光值 (以无
RNase 的超纯水为空白液调零), 记录 OD230、OD260
和 OD280,计算 OD260/OD230和 OD260/OD280比值。
2 结果与分析
2.1 RNA完整性检测
琼脂糖凝胶电泳主要用来鉴定 RNA 的完整
性,总 RNA的主要成分是 28S rRNA和 18S rRNA,
可以根据凝胶电泳 28S RNA 和 18S RNA 的完整
性判断 RNA有无降解。
从凝胶电泳检测结果可以看出 (图 1),RNAiso
Reagent 法提取草石蚕块茎总 RNA 的 28 S 和 18 S
条带清晰可见, 条带明亮,28S 条带的亮度是 18 S
条带的 1.5~2.0 倍,说明提取的 RNA 无降解,质量
较好, 而且无 DNA 污染。 王艳红法和 TRIzolR Rea
gent 一步提取法提取的总 RNA 也无 DNA 污染,但
是其 28S 和 18S 条带较暗,并且 28S 和 18S 条带的
亮度差别不大,说明提取的总 RNA有降解现象。根据
RNA 条带的亮度和完整性可以看出 ,RNAiso
Reagent 法提取草石蚕块茎总 RNA 的效果最好,王
艳红法和TRIzolR Reagent 一步提取法的提取效果一
般。
2.2 RNA纯度和浓度检测
紫外分光光度计主要用于检测提取总 RNA 的
纯度和浓度。 从表 1 可以看出,RNAiso Reagent 法
提取草石蚕块茎的总 RNA OD260/OD280 比值最大,
为 1.958; 王艳红法和 TRIzolR Reagent 一步提取法
提取总 RNA 的 OD260/OD280比值比较相近,3 种方法
提取总 RNA 的 OD260/OD280比值都在 1.8~2.0, 说明
这 3 种方法提取草石蚕块茎总 RNA 的纯度都较
好。 利用这 3 种方法提取的草石蚕块茎总 RNA 的
OD260 /OD230比值都大于 2,说明提取 RNA 的纯度较
好。 从提取 RNA的产量来看,RNAiso Reagent 法提
取总 RNA 的产量最高,为 1 112 μg / mL, 王艳红法
次之,TRIzolR Reagent一步提取法最低。
3 讨论
由于草石蚕块茎中糖类、蛋白质和次生物质含
量较高[3-5],而多糖类与 RNA 具有相似的理化性质,
在 RNA 提取过程中与 RNA 形成难溶物等方式严
重干扰 RNA 的提取或降解 RNA; 因此应根据具体
试验建立适宜的 RNA 提取方法, 才能提取出高质
量的草石蚕总 RNA。
本试验从琼脂糖凝胶电泳结果来看 ,RNAiso
Reagent 法提取草石蚕块茎总 RNA 的 28 S 和 18 S
条带清晰明亮,RNA 无降解,无 DNA 污染,质量较
好。王艳红法和 TRIzolR Reagent一步提取法提取总
RNA的 28 S 和 18 S 条带较暗,提取的总 RNA 有降
解现象。 根据紫外分光光度计检测结果比较分析,3
种方法提取草石蚕块茎总 RNA 的纯度都较好。 从
提取 RNA 的产量来看,RNAiso Reagent 法提取总
RNA 的产量最高,为 1 112 μg / mL,王艳红法次之,
TRIzolR Reagent 一步提取法最低。 因此,从 3 种方
法提取草石蚕块茎总 RNA 的完整性、 纯度和浓度
等方面综合考虑,RNAiso Reagent 法是草石蚕块茎
总 RNA提取的最佳方法。
参考文献:
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3(2):97-98.
[3] 刘 弘, 谭鹏浩. 植物生长调节剂对草石蚕脱毒试管苗生长与
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关基因的差异表达分析[D].贵阳:贵州大学,2008.
[7] 王艳红. 水稻开花基因的克隆和功能研究[D].杨凌:西北农林
科技大学,2005.
表 1 3 种方法提取草石蚕块茎总 RNA 纯度和产量比较
方法
RNAiso Reagent 法
王艳红法
TRIzolR Reagent 一步提取法
OD260/OD280
1.958
1.828
1.823
OD260/OD230
2.122
2.089
2.055
浓度//μg/mL
1 112
468
452
1. RNAiso Reagent 法;2.王艳红法;3. TRIzolR Reagent 一步提取法
图 1 3 种方法提取的草石蚕块茎总 RNA 电泳图谱
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