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新疆特产7种乌头类药材的ISSR特征分析



全 文 :基金项目:国家自然科学基金(81160547)
作者简介:周 倩(1991-),女,在读硕士,研究方向:药食两用资源。
通信作者:张 帆,男,博士,教授,博士生导师,研究方向:中药与民族药资源,E-mail:zhangfan596@163.com。
新疆特产7种乌头类药材的ISSR特征分析
周 倩1,高福春1,马红梅2,张 帆2
(1新疆医科大学中医学院中药系,2新疆名医名方与特色方剂重点实验室,乌鲁木齐 830011)
摘要:目的 探讨新疆特产准噶尔乌头、多根乌头、白喉乌头、那拉提乌头、空茎乌头、林地乌头、拟黄花乌头
共7个种共41个居群间的遗传多样性和变异情况,为药材鉴定提供DNA特征。方法 利用植物基因组提取试
剂盒提取DNA,采用紫外分光光度法检测DNA的浓度和纯度,使用60种哥伦比亚引物分别对7个种共41个居
群的乌头基因进行ISSR分析,应用NTSYS-PC2.10和POPGEN32对所得数据进行处理,计算不同种乌头的遗传
相似系数和遗传距离,采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类,构建亲缘关系系统图,用主坐标分析法绘制二维、三
维散点图。结果 从60个引物中筛选出13个条带清晰、多态性明显且重复性好的引物用于扩增,共扩增得到
163个条带,其中多样性条带151个。根据ISSR聚类分析,41个居群的乌头可聚为7大类群,与种的分类相当符
合;而且乌头类药材在多个引物下具有特征的DNA标记。结论 乌头种质资源间具有很高的多态性,遗传变异
较大;ISSR分子标记法可用于7种药材的鉴别,提供了分子水平依据,也为构建其DNA指纹图谱提供可能。
关键词:毛茛科;乌头;ISSR;遗传多样性;鉴别
中图分类号:R914  文献标识码:A  文章编号:1009-5551(2014)12-1614-05
doi:10.3969/j.issn.1009-5551.2014.12.017
Analysis on ISSR characteristics of AconitumL.ethnic medicine in Xinjiang
ZHOU Qian1,GAO Fuchun1,MA Hongmei 2,ZHANG Fan2
(1 Chinese Medicine Department,Xinjiang Medical University,Urumqi 830011,China;
2 Xinjiang Laboratory of Famous Prescription and Science of Formulas,Urumqi 830011,China)
Abstract:Objective To investigate the genetic diversities and variations of seven AconitumL.species,in-
cluding Aconitum soongaricum Stapf.,A.karakolicum Rapaics.,A.leucostomum Worosch.,A.
leucostomum var.nalatiensis F.Zhang,A.nemorum M.Pop.,A.apetalum B.Fedtsch.and A.
anthoroideumDC.,and to supply DNA characteristics for accurate identification of crude drugs of Aconi-
tum L.Methods Plant genome extraction kit was applied to extract DNA,and ultraviolet spectrophotom-
eter was used to detect the concentrations and purity of DNA.Sixty ISSR primers were screened to analyze
the DNA of total forty-one provenances of seven Aconitum L.species for ISSR amplification.Biosofteares
including NTSYS-PC2.10and POPGEN32were used to analyze the polymorphic bands obtained.UPGMA
method was used to make up the systematic diagram of genetic relationship,with two-dimension scatter-
graph and three-dimension scatter-graph constructed by using the principal cordinate analysis.Results 
Thirteen primers selected from 60primers were used for amplification and a total of 163DNA bands were
obtained,including 151polymorphic bands.According to cluster analysis result of ISSR,the forty-one
provenances of Aconitum L.were classified into seven groups,which accorded pretty with the classifica-
tion of species;and those medicinal materials had the characteristics of DNA markers when using multiple
primers.Conclusion Germplasm resources of Aconitum L.showed abundant polymorphism and higher
genetic variation.ISSR molecular maker technology is useful for identifying species of Aconitum L.
plants,supplying molecular level basis and making DNA fingerprints building possible.
Key words:Ranunculaceae;Aconitum L;Inter-Simple Sequence Repeat;Genetic diversity;Identification
 第37卷 第12期 新 疆 医 科 大 学 学 报 Vol.37 No.12
 2014年12月 Journal of Xinjiang Medical University Dec.2014
  乌头属 (AconitumL.)为毛茛科(Ranunculaceae)
植物,在我国广泛分布,但是具有较强的地区分布
性,如川乌、草乌及青藏高原、云贵高原、东北地区所
产各种乌头植物。本课题组前期考察发现在新疆天
山山脉海拔1 000~3 000m地区也特产某些乌头
植物,主要有准噶尔乌头、多根乌头、白喉乌头、那
拉提乌头、空茎乌头、林地乌头和拟黄花乌头,其
分布集中,资源丰富,可利用度高,是值得开发利
用的野生植物资源[1-3]。此类药材在西北地区被
当作川乌和草乌的替代品而使用,同时也是当地
多个民族的传统药材、民间药材,主要用于止痛除
湿祛风寒,其块根曾被收载于前苏联的《国家药
典》和《哈萨克药志》中,酊剂外用为神经痛、牙痛、
关节炎及其他各种疼痛时的镇痛剂,具有较高、潜
在的药用价值[4-5]。
但是由于人们对乌头类药材品种认知不清、鉴
别不明,造成药用乌头品种混乱、种质不清,使得质
量参差不齐,严重影响了该类药材的临床疗效,而传
统四大鉴别方法又无法提供药材之间细微甚至本质
差异特征。目前分子标记技术已应用到中药遗传关
系的研究中[6-7],其中ISSR(inter-simple sequence
repeat)标记技术具有引物设计较简单、多态性高、
重复性好、能够提供更多遗传信息的优势,为明确各
品种药材间的遗传关系及物种的分类鉴定提供了准
确的方法[8-9]。
本实验首次采用ISSR标记方法对新疆地产7
个种共41个居群的乌头属药材的DNA进行分析,
研究其种源间的遗传多样性及变异情况,以发现种
间、种内的DNA特征为目标,为从DNA分子水平
上对7种乌头类药材进行鉴定及规范化提供科学实
验依据。
1 仪器与试药
1.1 仪器 My cycler PCR仪(美国BIO-RAD公
司),Gel Doc紫外凝胶成像系统(美国BIO-RAD公
司),ND1000超微量紫外分光光度计(美国Thermo
Fishers),电泳仪(北京市六一仪器厂),JY-SPC电
泳槽(北京君意东方电泳设备有限公司),Centrifuge
5804高速冷冻离心机(德国Eppendorf)。
1.2 试药 本实验所用准噶尔乌头 (Aconitum
soongaricumStapf.)、多根乌头 (A.karakolicum
Rapaics.)、白喉乌头 (A.leucostomum Worosch.)、
那拉提乌头 (A.leucostomum var.nalatiensis F.
Zhang)、林地乌头 (A.nemorum M.Pop.)、空茎乌
头 (A.apetalumB.Fedtsch.)与拟黄花乌头 (A.
anthoroideumDC.)等鲜药材于2012年7月采自新
疆十几个不同地区,经新疆医科大学中药系张帆教
授鉴定为以上各品种,凭证标本保存于新疆医科大
学中药民族药标本馆,药材来源见表1,均为野生
居群。
植物基因组DNA提取试剂盒(北京天根生物
技术有限公司),60种哥伦比亚 UBC系列引物(上
海生工生物有限公司),PCR试剂盒(北京博迈德生
物公司),琼脂糖、溴化乙锭、氯仿和β-巯基乙醇均为
分析纯试剂。
表1 7个种共41个居群乌头属植物来源
编号 居群 产地 编号 居群 产地
1 准噶尔乌头 巩留县A  22 那拉提乌头 新源县A
2 准噶尔乌头 新源县B  23 那拉提乌头 新源县B
3 准噶尔乌头 新源县C  24 那拉提乌头 新源县C
4 准噶尔乌头 新源县D  25 那拉提乌头 新源县D
5 准噶尔乌头 新源县E  26 那拉提乌头 新源县E
6 准噶尔乌头 新源县F  27 空茎乌头 特克斯县A
7 多根乌头 昭苏县A  28 空茎乌头 新源县B
8 多根乌头 新源县B  29 空茎乌头 新源县C
9 多根乌头 新源县C  30 空茎乌头 新源县D
10 白喉乌头 新源县A  31 空茎乌头 新源县E
11 白喉乌头 新源县B  32 空茎乌头 新源县F
12 白喉乌头 新源县C  33 林地乌头 沙湾县A
13 白喉乌头 尼勒克县D  34 林地乌头 沙湾县B
14 白喉乌头 昭苏县E  35 林地乌头 昭苏县C
15 白喉乌头 巩留县F  36 林地乌头 尼勒克县D
16 白喉乌头 霍城县G  37 林地乌头 乌鲁木齐县E
17 白喉乌头 特克斯县 H  38 林地乌头 新源县F
18 白喉乌头 特克斯县I  39 拟黄花乌头 温泉县A
19 白喉乌头 哈巴河县J  40 拟黄花乌头 温泉县B
20 白喉乌头 哈巴河县K  41 拟黄花乌头 哈巴河县C
21 白喉乌头 布尔津县L
2方法与结果
2.1 药材基因组DNA提取与纯度检测 每个居群
的植物分别随机取5株以上的干燥叶片50mg,采
用快速干磨法研磨,按照植物基因组DNA提取试
剂盒的步骤CTAB法提取基因组DNA。
采用凝胶电泳与Gel Doc紫外凝胶成像系统观
察得到清晰、明亮、基本无降解、完整性好的 DNA
条带(图1)。用超微量紫外分光光度计检测DNA
的纯度和浓度,其OD260/OD280值为1.70~1.92,表
明DNA浓度和纯度均满足要求,完全达到ISSR扩
增反应对DNA的质量要求。
2.2 ISSR引物的筛选 利用60个哥伦比亚 UBC
二核苷酸重复ISSR系列引物分别对41份药材进
行扩增筛选,从中筛选出电泳条带清晰、稳定、多态
性强、重复性好的13个引物用于遗传多样性分析
(表2)。
从ISSR扩增产物的电泳图谱可以看出,扩增
产物多集中在100~2 000bp之间。同种乌头的主
5161 第12期 周 倩,等:新疆特产7种乌头类药材的ISSR特征分析
条带较为一致,说明供试药材种内具有一定的遗传
关系,ISSR标记能有效区分这些遗传关系很近的种
源。41个样品用 UBC835引物扩增,在600bp位
点处有1条共有条带;用UBC842引物扩增,在200
bp位点处有1条共有条带(图2);用 UBC876引物
扩增,在 600bp 位 点 处 有 1 条 共 有 条 带;用
UBC879引物扩增在750bp位点处有1条共有条
带,13个引物扩增图谱中可以找到12条共有条带,
即有12个同源位点可以作为以上药材种间的特征
性位点,用于区分鉴定。
图1 41个居群药材的DNA电泳图
表2 筛选出ISSR分析所用的13个引物及扩增结果
序号 引物 序列 退火温度/℃ Nb  N -bp  Ppb/%
1 UBC807 AGAGAGAGAGAGAGAGT  50.3  12  11  91.67
2 UBC808 AGAGAGAGAGAGAGAGC  55.0  15  15  100.00
3 UBC810 GAGAGAGAGAGAGAGAT  50.3  12  12  100.00
4 UBC811 GAGAGAGAGAGAGAGAC  55.0  12  11  91.67
5 UBC826 ACACACACACACACACC  56.0  13  13  100.00
6 UBC835 AGAGAGAGAGAGAGAGYC  53.8  13  10  76.97
7 UBC836 AGAGAGAGAGAGAGAGYA  52.5  12  12  100.00
8 UBC842 GAGAGAGAGAGAGAGAYG  53.6  9  8  88.89
9 UBC873 GACAGACAGACAGACA  51.5  11  11  100.00
10 UBC876 GATA GATAGACA GACA  46.0  16  15  93.75
11 UBC879 CTTCA CTTCACTTCA  46.0  12  11  91.67
12 UBC895 AGAGTTGGTAGCTCTTGATC  55.8  14  12  85.71
13 UBC900 ACTTCCCCACAGGTTAACACA  54.7  12  10  83.33
总 数 163  151  92.64
平均数 12.54  11.62  92.58
  注:Nb:扩增带数;Nbp:多态性带数;Ppb:多态性百分率;Y=(C,T)。
图2 引物UBC842对乌头属基因组DNA的ISSR扩增图谱
  当引物 UBC900扩增时(图3),准噶尔乌头和
多根乌头在200、320、370、720bp 4个位点处同时
扩增出4条共有条带,即4个同源性位点,其中
200bp位点是这2个种的特征性位点,而其他种的
乌头在此位点处未扩增出条带,通过此特点可以将
这2个种与其他品种区分开。
引物UBC842扩增时(图2),白喉乌头和那拉
提乌头在100、200、750bp 3个位点处同时扩增出
重复性好的3条共有条带,即3个同源性位点,其中
750bp位点处是这2个种的特征性位点,而其他种
的乌头在此位点处未扩增出条带,通过此特点可以
将这2个种与其他品种区分开。
引物UBC836扩增时(图4),空茎乌头分别在
150、200、300、350、400、500、600bp 7个位点处扩增
出重复性好的7条共有条带,即7个同源性位点,故
能将空茎乌头与其他品种的乌头区分开。引物
6161 新 疆 医 科 大 学 学 报 第37卷 
UBC826扩增时(图5),林地乌头在200、400、500、
750bp 4位点处扩增出明亮、整齐的4条共有条带,
可以很直观地与其他样品区分开,故这4个同源位点
可以作为用UBC807扩增林地乌头时的特征性位点。
图3 引物UBC900对乌头属基因组DNA的ISSR扩增图谱
图4 引物UBC836对乌头属基因组DNA的ISSR扩增图谱
图5 引物UBC826对乌头属基因组DNA的ISSR扩增图谱
2.3 ISSR-PCR扩增 以41个居群的乌头药材的
DNA为模板,优化之后的ISSR-PCR反应体系为:2
×TaqPCRMasterMix 10μL,其中 TaqDNA Poly-
merase (recombinant)0.05 units/μL;MgCl2
4mmol/L;dNTPs(dATP,dCTP,dGTP,dTTP)
0.4mmol/L,模板 DNA 2μL(80~150ng),引物
2μL,其余用6μL灭菌双蒸水补至总体积为20μL。
PCR扩增反应参数为95℃预变性4min,每循环在
95℃变性30s,46.0℃~56.0℃退火45s,72℃延伸
90s,共35个循环;72℃总延伸7min;4℃保存。
扩增产物经电泳与染色后用紫外凝胶成像系统
检测拍照,扩增出的DNA片段为100~2 000bp。
2.4 数据统计与分析 对成像系统中重复性好且
清晰的条带记数,对照反应产物在胶上的位置,电泳
图谱中迁移率一致的条带被认为具有同源性,有带
记为“1”,无带记为“0”,建立“1/0”矩阵。将筛选出
的13条引物扩增结果合并构建“1/0”矩阵图,采用
NTSYS-PC2.10软件中UPGMA法对41个居群药
材进行系统聚类分析,得到亲缘关系树状聚类图(图
6);主坐标分析法绘制二维、三维散点图(图7、8)。
图6 41个居群乌头药材的UPGMA聚
类图
 
图7 41个居群乌头的主坐标分析二
维散点图像
 
图8 41个居群乌头的主坐标分析三维
散点图像
7161 第12期 周 倩,等:新疆特产7种乌头类药材的ISSR特征分析
  从主坐标二维散点图和三维散点图可以看出,
不同产地的准噶尔乌头(编号1~6号)和不同产地
的多根乌头(编号7~9)2个种在二维图和三维图中
的空间距离较小,说明这2个种的亲缘关系较近;不
同产地的白喉乌头(编号10~21号)和不同采样点
的那拉提乌头(编号22~26号)2个种在二维图和
三维图中的空间距离很小,说明这2个种的亲缘关
系很近;不同产地空茎乌头(编号27~32号)、不同
产地的林地乌头(编号33~38号)和不同产地的拟
黄花乌头(编号39~41号)在二维图和三维图中,同
种乌头空间分布密集,说明种的一致性,使得种内的
分化较小,亲缘关系十分近。主坐标分析结果与树
状聚类结果相同,与POPGENG32软件分析得出的
遗传距离与遗传一致度关系基本一致。
3 结论
13个引物共检测得到163个条带,其中151个
为多态性条带,多态性百分率约占92.64%。平均
每个引物扩增出12.54个,不同引物扩增多态性条
带为8~15个,平均每条引物多态性条带为11.62
个,表明乌头属种质资源间具有很高的多态性,遗传
变异较大。说明ISSR标记在检测以上7种乌头药
材基因组遗传多态性上有显著的检出效率。
ISSR分子标记是评估乌头类药材遗传多样性
的有效方法,能有效揭示药材间的亲缘关系,并从
DNA分子水平上发现种间、种内的特征位点,为其
种质资源的鉴定提供识别特征,为构建DNA指纹
图谱奠定基础。
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[收稿日期:2014-03-26]
(本文编辑 施洋
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(上接1613页)
产物及异构化反应。例如(1)发生开环反应后降解
产生的有关物质2、4、5、10;(2)产生异构化的有关
物质6、7、8。也有来自合成过程中原料药的有关物
质1、3和来自合成过程中使用的有机催化剂产生的
副产物如有关物质11。各降解产物的裂解规律主
要是内酰胺的开环、3-位侧链的断裂脱去噻二唑以
及四氮唑环的开裂。
图24 有关物质11可能的裂解途径
该法简便、快速、准确,适用于注射用头孢唑啉
钠中有关物质的分析,可为其质量控制和工艺优化
提供技术参考。
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[收稿日期:2014-05-23]
(本文编辑 施洋)
8161 新 疆 医 科 大 学 学 报 第37卷