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盐生植物小花碱茅外整流K~+通道SKOR基因片段的克隆及序列分析



全 文 :书1218-1223
08/2012
草 业 科 学
PRATACULTURAL SCIENCE
29卷08期
Vol.29,No.08
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毥毥

植物
生产层
盐生植物小花碱茅外整流K┼通道  
SKOR基因片段的克隆及序列分析   
王 茜,王 沛,王锁民
(兰州大学草地农业科技学院 草地农业系统国家重点实验室,甘肃 兰州730020)
摘要:为研究小花碱茅(Puccinellia tenuiflora)K+/Na+选择性运输的分子机制,根据已知的外整流K+通道高度
保守区设计一对简并性引物,以小花碱茅根总RNA为模板,采用RT-PCR方法克隆SKOR基因片段。序列分析
结果表明,该基因片段长度为555bp,编码185个氨基酸;该序列与其他已报道的高等植物SKOR核苷酸序列的
同源性在66%以上,氨基酸序列同源性在55%以上。
关键词:小花碱茅;SKOR基因;K+/Na+选择性运输;序列特征;耐盐性
中图分类号:S543+.903;Q943.2   文献标识码:A   文章编号:1001-0629(2012)08-1218-06

  Na+是广泛存在于土壤以及土壤溶液中的元
素。但是,不论甜土植物还是盐生植物,其细胞质酶
都对Na+有高度的敏感性[1-3]。过量的Na+会对植
物生长产生各种不利影响,甚至导致植物死亡[4]。
盐生植物在进化过程中,形成了特殊的耐盐机制,对
其耐盐机理研究以及耐盐相关功能基因的挖掘在农
作物和优良牧草耐盐性的遗传改良方面有十分重要
的应用价值。
小花碱茅(Puccinellia tenuiflora)为禾本科碱
茅属多年生牧草,耐盐碱,能够在高浓度的 Na+环
境下维持体内很低的 Na+水平[5-8]。Wang等[9]的
研究发现,小花碱茅具有极强的 K+/Na+选择性运
输能力,从而能够在盐胁迫下维持地上部稳定的高
K+含量,可见,限制Na+内流,同时提高地上部K+
的积累,进而维持植株体内高的 K+/Na+是增强植
物耐盐性的关键[10]。研究表明,K+在植物地上部
的积累主要是通过将根部吸收的 K+ 经木质部装
载,在蒸腾拉力作用下,随木质部流进入地上部完成
的,外整流 K+ 通道在此运输过程中发挥重要作
用[11]。
外整流K+通道属于Shaker通道家族,目前针
对它的研究涉及甚少。Wegner和Raschke[12]通过
膜片钳技术在大麦(Hordeum vulgare)根离体的木
质部薄壁细胞的原生质体中首次发现了外整流 K+
通道的活性,将其称为 KORC(K+-selective Out-
wardly Rectifying Conductance)。随 后,在 玉 米
(Zea mays)根皮层及中柱细胞中也检测到了外整
流K+通道,并确定其介导K+从中柱细胞外排到木
质部汁液中[13-14],这一功能在大麦中也得到了验
证[13]。Gaymard 等[11] 从 拟 南 芥 (Arabidopsis
thaliana)中首次克隆到编码外整流 K+ 通道的基
因,并发现其在根中柱组织特异表达,且能被 ABA
抑制,将其命名为SKOR(Stelar K+ Outward Rec-
tifier),在突变体中的研究也证实了SKOR的上述
功能。由此猜测,在小花碱茅体内,外整流K+通道
SKOR可能在维持其体内高的 K+/Na+,进而在提
高植株耐盐性中发挥重要作用。本研究采用 RT-
PCR方法克隆拒盐型盐生植物小花碱茅SKOR基
因片段并分析其序列特征,以期为小花碱茅SKOR
基因全长的克隆、表达调控、RNAi等研究奠定基
础。
1 材料与方法
1.1试验材料 植物材料为4周龄小花碱茅幼
①收稿日期:2011-07-17  接受日期:2011-08-19
基金项目:国家自然科学基金(31072073);教育部博士学科点专项科研基金(20090211110001)
作者简介:王茜(1984-),女,甘肃兰州人,在读博士生,主要从事植物逆境生理与分子生物学研究。E-mail:wangqian2008@lzu.edu.cn
共同第一作者:王沛(1987-),男,甘肃庆阳人,在读硕士生,主要从事植物逆境生理与分子生物学研究。E-mail:wp_10@lzu.edu.cn
通信作者:王锁民 E-mail:smwang@lzu.edu.cn
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苗,种子采自甘肃省张掖市临泽县。大肠杆菌
DH5α菌株为草地农业系统国家重点实验室保存。
1.2研究方法
1.2.1材料培养 参照王生银等[15]的方法。挑选
籽粒饱满的小花碱茅种子播种在铺有吸水纸的筛网
架上,然后置于白瓷盘中暗培养,25℃,浇蒸馏水发
芽,约7d后浇灌 Hoagland营养液(5mmol·L-1
KNO3,0.5mmol·L-1 NH4H2PO4,0.25mmol·
L-1 MgSO4·7H2O,1.5mmol·L-1 Ca(NO3)2·
4H2O,0.5mmol·L-1 Fe-citrate,92μmol·L
-1
H3BO3,18μmol·L
-1 MnCl2·4H2O,1.6μmol·
L-1 ZnSO4 ·7H2O,0.6μmol·L
-1 CuSO4 ·
5H2O,0.7μmol·L
-1(NH4)6Mo7O24·4H2O )。
营养液约5d更换一次。培养室昼/夜温度为(28±
2)℃/(23±2)℃,光照16h·d-1,光强约为600
μmol·m
-2·s-1,空气相对湿度为60%~80%。
1.2.2总RNA的提取 参照王生银等[15]的方法。
将4周龄小花碱茅幼苗经25mmol·L-1 NaCl与
10mmol·L-1 KCl处理48h,取其根系,加入液氮
研磨至粉末状,按照 UNIQ-10柱式Trizol总RNA
抽提试剂盒的操作说明书提取根系总 RNA。用
1.0%甲醛变性凝胶电泳鉴定其完整性和质量。
1.2.3引物的设计与合成 参照王生银等[15]的方
法。通过对其他植物SKOR核苷酸序列进行同源
性比较,找出高度保守的区段,根据同源性高和简并
性低的原则,利用DNAMAN和Primer 5.0软件设
计一对简并性引物 P1 和 P2,用于扩增小花碱茅
SKOR基因片段,推测目的片段的长度为566bp,
引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
P1:5′-TACCTG(A/G)TCGG(C/G)AACAT-
GACGGCG-3′;
P2:5′-GATGCT(A/G)GTCA(A/G)GGA(C/
T/U)TGCTTGTC-3′。
1.2.4 RT-PCR扩增 参照王生银等[15]的方法。
PCR扩增反应体系:在200μL PCR管中依次加入
10×PCR Buffer 5μL、25mmol·L
-1 MgCl23μL、
2mmol·L-1 dNTP 5μL、10μmol·L
-1 P11μL、
10μmol·L
-1 P21μL、5U·μL
-1 Taq DNA poly-
merase 0.5μL、cDNA 4μL,加纯水至50μL。反应
条件:94℃预变性2min;94℃变性30s、56℃退火
50s、72℃延伸60s,30个循环;最后72℃延伸10
min。PCR扩增产物用1.2%琼脂糖凝胶检测,目
的片段的回收和纯化按照 UNIQ-10柱式DNA胶
回收试剂盒操作说明进行。
1.2.5阳性克隆的筛选与鉴定 参照王生银等[15]
的方法。将回收的PCR产物连接到pUCm-T载
体,转 化 感 受 态 大 肠 杆 菌 DH5α,用 含 有 50
μg·mL
-1氨苄青霉素的LB固体培养基进行蓝白
斑筛选,转化白斑菌株经质粒PCR鉴定确认阳性克
隆后,送至北京华大基因科技股份有限公司测序。
1.2.6序列分析 参照王生银等[15]的方法。序列
的比较、翻译等在 DNAMAN 生物软件上进行,
Blast搜 索 在 NCBI(www.ncbi.nlm.nih.gov/
BLAST)网站上进行。
2 结果
2.1 RT-PCR扩增 以总RNA反转录所得到的
第一链cDNA为模板,用SKOR基因的简并性引物
P1 和P2 进行PCR扩增(图1)。扩增产物经凝胶电
泳检测发现约在560bp处有一条亮带,且上下无杂
带,与目的片段的大小一致,推测可能是小花碱茅
SKOR基因片段。
图1 RT-PCR产物凝胶电泳图
Fig.1 Agarose gel electrophoresis of RT-PCR products
注:M,DNA marker;1,SKOR基因片段RT-PCR产物。
Note:M,DNA marker;1,RT-PCR product of SKORgene
fragment.
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图2 阳性克隆的PCR鉴定
Fig.2 PCR identification of positive clones
注:M,DNA marker;1,2,3,4,阳性克隆。
Note:M,DNA marker;1,2,3,4,positive clones.
2.2阳性克隆的鉴定 将回收纯化的目的片段
连接 到 pUCm-T 克 隆 载 体 上,转 化 大 肠 杆 菌
DH 5α。从转化的平板上随机挑取4个白色菌斑并
提取质粒,进行PCR扩增,得到的扩增片段大小约
为560bp(图2),与RT-PCR结果一致,表明这些克
隆为阳性克隆。
2.3 SKOR 基因片段序列分析 测序结果显
示,该阳性克隆序列长度为555bp,推测其编码185
个氨基酸(图3)。Blast比较结果表明,该片段与玉
米(AY899 922.1)、拟南芥(NM_111 153.3)、葡萄
(Vitis vinifera)(AJ490 336)、蓖麻(Ricinus com-
munis)(XM_002 533 405)和胡杨(Populus euph-
ratica)(EU382 997.1)等植物外整流K+通道基因
的核苷酸序列的同源性均在66%以上,与禾本科模
式植物水稻(Oryza sativa)推测的外整流 K+通道
基因的(GQ355 585.1)核苷酸序列的同源性最高,
达到82%。表明本研究克隆到的片段为外整流K+
图3 小花碱茅PtSKOR核苷酸序列及推测的氨基酸序列
Fig.3 Nucleotide and deduced amino acid sequence of PtSKORfragment fromPuccinellia tenuiflora
注:加框表示引物P1、P2 序列。阴影表示跨膜区。
Note:Nucleotides in frame indicate primers P1and P2sequence,respectively.Amino acids in shading indicate the transmembrane
domain.
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通道基因片段,将其命名为PtSKOR。
  多重比较及系统进化分析表明,小花碱茅PtS-
KOR片段与禾本科植物水稻推测的外整流 K+通
道OsSKOR(ADF28 806.1)的进化关系非常近,氨
基酸同源性高达83%;与其他单子叶植物如玉米
ZKOR(AM746 987.1)的进化关系相对较远,同源
性为61%;与双子叶植物如拟南芥 AtSKOR(NP_
186 934.1)、葡萄VvSOR(CAD35 400.1)、胡杨Pe-
ORK(ABY86 890.1)、蓖麻RcSKOR(XP_002 533
451.1)等同源性分别为61%、60%、55%和55%(图
4、图5)。序列比对及疏水性分析表明,本研究得到
的小花碱茅PtSKOR片段的氨基酸序列起始于最
后一个跨膜区(S6)中段,与非跨膜区相比,该跨膜
区在结构上高度保守(图3、图4)。
图4 PtSKOR氨基酸序列与其他植物SKOR氨基酸序列的多重比较
Fig.4 Amino acid sequence alignment of PtSKOR with those from other plants
注:多重比较采用DNAMAN程序进行。外整流 K+通道(SKOR)氨基酸序列的来源和基因库登录号分别为水稻 OsSKOR
(ADF28 806.1)、玉米ZmZKOR(AM746 987.1)、拟南芥AtSKOR(NP_186 934.1)、葡萄 VvSOR(CAD35 400.1)、蓖麻RcS-
KOR(XP_002 533 451.1)、胡杨PeORK(ABY86 890.1)。方框表示跨膜区。
Note:The multiple alignments were generated using DNAMAN program.The sources and GenBank accession numbers of
SKOR are as folows:OsSKOR(ADF28 806.1),ZmZKOR(AM746 987.1),AtSKOR(NP_186 934.1),VvSOR(CAD35
400.1),RcSKOR(XP_002 533 451.1),PeORK(ABY86 890.1).The transmembrane domain was framed with gray lines.
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图5 PtSKOR蛋白质序列与其他植物
外整流K+通道的系统进化树
Fig.5 Phylogenetic tree of PtSKOR and outward
rectifier K+channel from other plants
注:系 统 树 分 析 采 用 DNAMAN 进 行。图 中 OsAKT1
(AY065 970)代表水稻内整流 K+通道,其他英文缩写同图
4。
Note:The multiple alignments were generated using DNA-
MAN program.OsAKT1(AY065 970)shows an inward rec-
tifier K+channel in Oryza sativa,and other abbreviations are
the same as Fig.4.
3 讨论
长期以来,有关外整流 K+通道蛋白的研究主
要集中在模式植物拟南芥上。科学家们在拟南芥中
提出的假说认为,盐胁迫下,随着木质部薄壁细胞中
Na+不断积累,引起薄壁细胞质膜去极化,激活外整
流K+通道蛋白(SKOR)或非选择性离子外整流通
道蛋白(NOR)活性,进而将 K+装载到木质部向地
上部运输[14,16]。Gaymard等[11]从拟南芥中分离到
K+外整流通道蛋白基因AtSKOR,通过非洲爪蟾
卵母细胞(Xenopus oocytes)异源表达和突变体ats-
kor试验证明,AtSKOR介导K+从木质部薄壁细胞
向木质部的装载。可见,SKOR在植物地上部 K+
积累方面的作用不容忽视。Wang等[9]在拒盐牧草
小花碱茅中的研究证明,其地上部 K+的含量不受
外界盐分浓度及处理时间的影响,并维持植株地上
部高的K+/Na+。由此推测,小花碱茅PtSKOR作
为外整流K+通道,对其耐盐性发挥着重要作用。
本研究得到的PtSKOR 片段与拟南芥、葡萄、
胡杨、蓖麻等双子叶植物的外整流 K+通道相比同
源性较低,介于55%~61%;与单子叶植物水稻推
测的外整流K+通道OsSKOR同源性达到83%,但
与其内整流 K+ 通道 AKT1同源性仅为33%(图
5),因此推测此通道为小花碱茅外整流 K+ 通道。
PtSKOR与玉米ZORK同源性却仅有61%,这可能
是由于玉米ZORK 基因主要表达于根外皮层及保
卫细胞中[17],与已知的其他植物的外整流 K+通道
分属不同类。
植物外整流 K+ 通道 SKOR 结构与 KAT1、
AKT1等内整流 K+通道类似,具有6个疏水性跨
膜区域(S1~S6)[11]。本试验克隆获得的PtSKOR
片段起始于最后一个跨膜区(S6)中段。S6跨膜区
及其细胞内扩展区域具有高度的序列保守性(图
4),与通道阻断剂的相互作用是 K+通道电压门控
的重要机制[18]。此外,PtSKOR与已报道的 AtS-
KOR一致,在近C端含有环核苷酸结合序列(Cyc-
lin Nucleotide-Binding Site,CNBS),与环核苷酸的
调控有关[19]。然而,各类K+通道在C端的结构差
异较大,如KAT1与SKOR在跨膜区具有很高的同
源性,但C端比SKOR少约200个氨基酸及6个锚
蛋白重复基序(Ankyrin Repeat Motif,AR)[20-21]。
因此,KAT1对于细胞内的K+没有响应,而SKOR
的C端非跨膜区对于其感受细胞内K+信号起着关
键作用。可见,PtSKOR基因的研究为阐明盐生植
物小花碱茅 K+、Na+选择性运输机制提供分子层
面的依据,对于改良作物耐盐碱性奠定了理论基础。
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Cloning and sequence analysis of outward-rectifying potassium channel
SKORgene fragment from halophyte Puccinellia tenuiflora
WANG Qian,WANG Pei,WANG Suo-min
(Colege of Pastoral Agriculture Science and Technology,Lanzhou University;
State Key Laboratory of Grassland Farming Systems,Lanzhou 730020,China)
Abstract:To investigate molecular mechanism of K+/Na+slective transport in Pucciinellia tenuiflora,de-
generate primers were designed based on the conserved sequences of the outward-rectifying potassium
channel from other plants.Total RNA was extracted from the roots of P.tenuiflora.SKORgene frag-
ment was obtained by reverse transcription polymerase chain reaction(RT-PCR),which could provide basis
for cloning ful-length SKORgene,expression regulation and RNAi.The sequencing result showed that
the SKORgene fragment fromP.tenuifloracontained about 555bp,encoding 185amino acids.Homology
comparison with SKORgene sequences of other higher plants showed that it shared over 66%nucleotide
sequence homology and 55%amino acid sequence homology.
Key words:Puccinellia tenuiflora;SKORgene;K+/Na+selective transportp;sequence characterisctics;
salt
Corresponding author:WANG Suo-min E-mail:smwang@lzu.edu.cn
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