全 文 :世界科学技术一中医药现代化 ★专题讨论 : D NA条形码技术茌中药材及其种源鉴定中的应用
i斤疆 4 种 绢 蒿屬植物及玟缘种银蒿 的 丨TS/ ITS2
条形碭鉴走研 堯 *
刘 戈 宇 , 宁慧霞 , 阿吉艾克拜 尔 ? 艾萨 〃
( 中 国科学院新疆理化技术研究所 省部共建国家重点实验室培育基地 中国科学院干旱区
植物资源化学重点实验室 / 新疆维吾尔 自治区植物资源化学重点实验室 /
新疆特有药用资源利用重点实验室 乌鲁木齐 8300 1 1)
摘 要 : 目 的 : 评价 ITS/ ITS2 热点条形码序 列对新疆 4 种绢 蒿属植物及其近缘种银蒿 的鉴别 能力 , 为絹
蒿属植物分类鉴定提供分子参考依据 。 方 法 : 对 1 5 份絹 蒿 属及银蒿 植物样本进行 DNA 提取 、 PCR 扩增 、
双向 测序 , 采用 C odonC odeA li gn er 软件对序列峰图进行校对拼接 , MEGA 6 . 0 分析序列碱基组成及 变异 ,计
算 K2P 遗传距 离 并构建聚类邻接树 , 预测 ITS2 序 列 二级结构 ,评估鉴别 能 力 。 结 果 : 西北绢 蒿 、 针裂叶绢
蒿种 内 变异位点及信息位点数均 小 于银蒿 。 ITS 序列 种 间 、 种 内遗传变 异均 大于 ITS2 序 列 。 ITS /ITS2 序
列 邻接 ( NJ )树均聚为 3 支 , 销 蒿 属 、 银蒿 1 、银 蒿 2 。 绢 蒿属 ITS2 序 列二级结构与银蒿 有差异 。 结论 : 通过
ITS/ ITS2 序 列 的种 间 K2P 遗传距 离 、邻接树 、 ITS2 序列 二级结构分析 , ITS JTS 2 序列 具很好的属鉴定效果 ,
不 同 产 地的针裂叶絹 蒿被区 分开 。
关键词 : 绢 蒿DNA 条形码 ITSITS2PCR 扩增 遗传距 离
do i : 10 . 1 1 842/wst . 20 1 6 . 02. 0 1 3中 图分类号 : R282 . 5文献标识码 : A
绢 蒿 属 Sehp /i述 (Be s s) 隶 属 于 菊 科有重要意义 。 部分种 因含有 a- 苎酮 、樟脑 、 a- 山
Asterac eae 向 日 奏 超族 7Vi6 .Z/eZ ia /U/ieaeCa ss . 春道年和 山 道年为主要成分的挥发油 ,是驱蝴虫药
黄菊族 7V i 6 .A fU /iem ideaeC as s ,全世界约有 1 3 0 余的原料 ,具有重要的药用开发潜力 。 银蒿 A r tem is ia
种 , 主要分布于北温带 的亚欧大陆 、北美和 北非等 , 俗称银叶蒿 , 隶属于菊科向 日 葵超族春
地区 , 中 国有 3 1 种及 3 变种 [ 1 ] 。 中 国绢蒿属植物分黄菊族蒿属 /I r iem is ia 矮丛蒿系 Caesp i fo sa e 。 银篙
为 3 类 , 即三裂叶绡蒿组 Se ct 如 絹蒿组 Se ct .合剂具有解热镇痛 、抗菌消 炎等功效 , 用 于治疗感
民勤绢蒿组 Se cL,其中新冒身热 、鼻塞 、头痛 、咳嗽 、 咽喉炎和上呼吸道感染 。
疆有 26 种及 2 变种 m 。 绢 蒿根 系发达 ,具有抗旱 、 银蒿 含 7 种微 量元素 , 其 中 C a 的 含量最 高 , Zn 、
抗寒 、抗盐碱适应性强等特性 , 多生长在草原 、半荒Na 、 Fe 的含量次之 。 银蒿含挥发 油 , 可作香料用 ;
漠或荒漠草原地区 。 部分种类是西北干旱草原的建含牲蓄食用的粗蛋 白 、纤维素 , 可作牲蓄的饲料 , 胳
群种 和优势种 ,具耐牧 、寿命长 、产量高及冬春秋季驼 、羊喜食 , 马 、驴稍食 。 银叶蒿是极好的镶边及地
适 口 性好等特点 , 是用于防风 固沙 、水 土流失和控被植物 ,可用在花坛或花镜 中 。
制荒漠化的优 良牧草 ,对畜牧业发展和生态建设具绢蒿属和蒿属是菊科两大属 , 种类繁多 、种类性
状连续性和交叉性极强 、地理分布广 泛 、 演化关系
^ B# : 20 1 5- l l-29复杂 ,诸多专业学者对其系统分类学 1 3 ,4 1 、解剖学 |M 1 、
修回 H期 : 20 1 5- 12- 07
*中科院 “西部之光” 人才培养计划 西部博士资助项 目 ( XBBS2 01 2 1 3) :新疆蒿 属 药用 植物 DNA 条形码研究 , 负 责人 : 刘 戈宇 。
* *通讯作者 : 阿吉艾克拜 尔 . 艾 萨 ,研究 员 ,博士生导师 , 副 所长 , 主要研究方向 : 天然药物化学 、 民族药 学 。
[ World. Sc ience andTechnology/Moderniza t ion of Tradi tiona lCh in ese Medic ineandMat eri aMedica ]22 1
20 16 第十八卷 第二期 *V〇 1 . 18 N〇 .2
孢粉学 染色体 _ 、果实形态特征 a'种子萌形码研究 , 用 叶绿体 条形码信息位点可
发特性 [ 1 3M 5 ] 、 生理生态适应性 [ 1 6 , 1 7 ] 等方面研究 ,试区分形 态上非 常相似的黄花蒿 、茵陈蒿 、青蒿 [4 2] 。
图将绢蒿属 、蒿属 物种准确分类 、鉴定 , 但其属下等采用药用植物的 4 条候选 DNA 条形码序列 ( ITS2 、
级的鉴定划分有较多争议 。 林有润等 [ 3 1 把系统分rb cU in atK^ /wM -加丑 ) 对黄花蒿 、艾蒿 、茵陈蒿 、
类与地史 、 地质变迁及花粉形态等研究材料结合起细裂叶莲蒿 、歧茎蒿 、 白花蒿 、野艾蒿 、 白莲蒿 、大籽
来论述蒿属与邻近属 的谱系 分支 , 阐 明絹蒿属 和蒿蒿 9 种常见的蒿属药用植物进行鉴定 , ITS2 序列对
属在系统演化上属于姐妹属 ,二者具有很近的亲缘9 种蒿属药用植物 的物种水平鉴定成功率最高 , 成
关系 , 目前 中 国 植物志 、新疆植物志和 中 国高等植功率为 1 00% 143 ] 。
物等主要工具书均采用林有润对蒿属 、绢蒿属建立银蒿和絹蒿属虽属 同一科两个不同 的属 ,但外
的分类体系 。部形态极为相似 , 不易识别 , 易被混淆 , 因此找到快
DN A 条形码 ( DNAB arco di ng ) 利用基 因组 中速准确 的方法鉴别是非 常必要的 。 为评价 DNA 条
一段公认 的标准短序列来进行物种鉴定 的分子鉴形码热点序列对新疆常见絹蒿 和银蒿分子鉴定效
定新技术 , 由加拿大分类学家 Pau lH eb e r t 于 2 003果 , 与形态学物种分类鉴定方法对应 , 寻找一种简
首次提 出 [ 1 8 ] 。 该方法通过筛选通用条形码 , 建立易 的分类鉴定方法 , 本研究选用 在植物鉴定 中应用
条形码数据库和鉴定平台 ,运用生物信息学方法分广泛的 ITS / ITS 2 序列 , 对新疆常见的 4 种绢蒿属 植
析 比 对 DNA 数据 , 进而对物种进行 鉴定 , 是传统物和外部形态极为相似蒿属植物银蒿 为研究材料
生物鉴定方法 的有效补 充和重大突破 , 目 前 已 成进行 DNA 条形码分析 , 考查通用 DNA 条形码 ITS /
为物种鉴定和分类研究的热点 [ 1 9 , 2° ] 。 该技术被称 ITS 2 序列对絹蒿属和蒿属 的适用性和鉴定能力 , 以
为 “ 草药鉴定从形态 到 DN A 条形码 的文艺 复兴” 期 为新疆常见绢蒿属植物提供快速有效的鉴定方
( B i o te ch no l ogyAd vanc e s ) ,标志着 “中 药鉴定学迈法 , 为 DNA 条形码技术在绳 蒿属 和蒿属 植物 的鉴
人通用和标准化基因鉴定时代” [ 2 1 ] 。 DNA 条形码技定研究 、开发利用提供参考依据 。
术已经在中药材基原鉴定 、药材流通体系等方面得
到广泛推广驢用_8 1 。
核 基 因ITS( Interna lTransc r ibe dSpace rs , ITS)1_ 1材料
序列具有较快的突变速率 , 能够提供丰 富的遗传信本研究在新疆境内共收集常见绢蒿属试验样品
息 , 被认为 是陆地被子植物的核 心条形码 [ 2\ 而4 种 1 0 份 、银蒿 5 份 , 经新疆农业大学周 桂玲教授
Chen 等 1 3°_ 3 5 1 提出在药用植物及 中药材鉴定 中 以核鉴定为西北絹 蒿 、博乐绢蒿 、伊塞克绢 蒿 、针裂叶绢
糖体 DNAITS2 ( i nterna lt ran s c r ibeds pac er2 ) 序蓄 、银嵩 。 数字影像信息及凭证样本保存于 中 国科
列 为主 、叶绿体 基因间 隔 区序列 ( p l as t id学院新疆理化技术研究所 ,样品信息见表 U
p s 6A-t rn // i n terg en icre gi on ) 为辅的 鉴定系统 。 植1 . 2方法
物核糖体 DNA 中的 内转录间隔 区 ITS2 和 叶绿体基1 . 2 . 1 样品 DNA 的提取
因 片段在种间及种下居群间具有进化速称取经硅胶 干燥 的 叶 片样 品 1 00- 1 5 0mg , 在
率快 , 变异程度高 、 区分物种能力强 的特点 ,适用于干净的研钵中用液氮迅速研磨成粉 , 取 30mg 于灭
药用植 物与其近缘种类等较低分类 阶元 的分子鉴菌 2 .0mL 离心管 中使用天根生化科技 (北京 ) 有限
定 [ 3 6 ] 。 特别是 ITS2 序列在有毒中药土荆皮 [ 37 ] 、 中公司 的植物基因组 DNA 提取试剂盒 DP 3 05 提取总
药材地黄 [ 3 8 ] 、川 贝母 | 39 i 、 山 豆根 w 等混伪品基原鉴DNA ,其余样品放于 1 . 5mL 离心管保存于 -80^备
定中表现了很好的鉴定优势 。用 。
中药材 DNA 条形码分子鉴定 法指导原则 已列1 . 2 . 2 引 物合成和 PCR 扩增
人 《 中 华 人 民共和 国药典 》 ( 2 0 1 0 年版第 三增补引物序列 、 PCR 反应条件和扩增程序见参考文
版 ) , 陈士林等 [ 4 1 1 出版 了 《 中 国药典 中药材 DNA 条献 [ 33 ’ 4 4] 。 引 物 由生工生物工程 (上海 ) 股份有 限公
形码标准序列 》 , 但其 中缺乏关于绢蒿属 、蒿属等的司合成 , ITS 通用引物 ITSSF d '-CCTTATCATTTA-
DNA条形码信息 。 有文献报道蒿属材料的DNA条GAGGAAGGAG- 3 ' 和 ITS4R : 5LTCC TC CGC TTAT-
222[ Wo rld Sc i en ce and Te chnology/Modem izat ionofTradit io na lCh inese M ed ic in eandMat eriaMed ica 3
世界科学技术一中医药现代化 ★ 专题过论 : D NA条形码技术在中药材及其沖源鉴定中的应用
表 1 样品信息
编号种名采集地拉丁 名标本号
1 银蒿 察布查 尔县白 石峰 A .an边 PS0005MT0 1
2银蒿察布查 尔县 白 石峰A (Hu&iocaPS0005MT02
3 银蒿 霍城县三道湾 Araufrioca PS0005MT03
4银蒿霍城县三道湾A cHutriacaPS0005MT04
5 银蒿 霍城县三道湾 ,4 .aitfiriaca PS0005MT05
6西北销 蒿伊宁县 S. raiirtBiimPS00 14MTO 1
7 西北销 蒿 伊宁县S. nkrosum PS00 14MT02
8西北销 蒿伊宁县 S.ra'trommPS00 14MT03
9 西北销 蒿 伊宁县 S. nitrown PS00 14MT04
1 0博乐绢 蒿霍城县S. 6orota/eraePS00 1 5 MT0 1
1 1 伊塞克绢 蒿 伊宁县 S.PS00 1 6MTO 1
1 2针裂叶箱 蒿新源县前进牧场&OTifas ingiaraumPS00 1 8MT0 1
1 3 针裂叶销 蒿 新源县前进牧场 S. ,si^ZesM>igiaraitm PS00 18MTO2
1 4针裂叶绢 蒿察布查尔县 白石峰 PS00 18_3
if1 5
针裂叶销 蒿
察布查 尔县 白 石峰
.S. sub lessingianum
PS00 18MT04
TGATATG C- 3 ' ; 1TS2 通用 引 物 ITS 2F : 5 '- ATGCG-获得标 准 ITS 2 间 隔 区序列 t45 1 。 使用软 件 ME GA
ATA CTTGGTGTGAAT^ 和 ITS3 R : 5 LGACG CTT-6 . 0 计算所得序列 的碱基组成 、序 列 间 的碱基变异
CTC CAG AC TAC AAT- 3、 P CR 反 应 在 E p pen d o rf频率和序列间 的转换颠换频率及其比率 1 46 ] , 计算物
Ma s te rc yc l erPCR仪 ( E p pe nd o rf , 德 国 ) 上 进 行 ,种的 种 内 种 间K i m u ra2 -p a ram et e r(K 2 P) 遗传距
反 应体 积 5 0 . 0p L , 体系 包 含 P CR 缓 冲 液 5 .0|iL离 。 构建邻接 ( Ne ighb or- j o i n ing ,NJ) 系统发育树
( 1 0 x , 含 MgCl 2 ) , dNTP1 . 0 叫 ( 1 0mm o l .L— 1) , 弓 |评估各物种之间的亲缘性 ,利用 Boo t s t rap( 1000 次
物 各 1 . 0H L(1 0pm o l ’L - 1 ) , Ta q 酶 1 .0) _i L( 2 . 5U ,重 复 ) 检验各分支 的支持率 。 根据 Koe tsch an 等 [47 ]
北 京 天 根生化科技有 限公 司 , ET 1 0 1 -02-0 1) , 总建立 的 ITS 2 序列 数据库及其网站 ( h t tP : // i t s 2- 〇 ld .
D NA2 . 0pL( 约50n g) 。 PCR程序 : 首 先94预b i o app s . b i o z en t rum . u n i -w u e r z b u rg . d e / c g i - b i n/
变性5m i n ;其次 94T :变性1m in , 5 3T:退火1m in ,index . pl ? anno t at or) 预测ITS2 序列二级结构 〇
72 T延 伸 1 . 5m i n , 30 个循环 ; 最后 7 2 T延伸 7m i n 。2 结果与分 丰斤
PCR 扩增产物在冰箱 中 -2 0 T保存 。
1 .2 . 3电 泳检测 和测序2 . 1D NA 提取与 丨TS / 1 TS 2 序列 扩增 成功 率分析
扩增产 物经 1 .5% 的琼脂糖凝胶电泳 后 , 选择实验样 品 提取基因组 D NA , 做为母液 , 取 3aL
有 明显特异条带 的样 品测 序 , 测序 由生工生物工程经 0 . 8% 琼脂糖凝胶 电泳后条带 清晰单一 , 无 RN A
(上海 ) 股份有 限公司 完成 。 为保证测序的准确性 ,和蛋 白 污染 。 取母液 DNA 适量稀释 I 倍 , PCR 扩增
均采用正反双 向测 序 。[TS/ ITS 2 序列后 , 经 1 .5% 琼脂糖凝胶 电泳检测 , 试
1 . 2 .4 数据处理 验材料 明显获得均一条带 , P C R 产物用于测序分析 。
测序所得的峰 图采 用 C o do nC o deA l i gn e rV3 . 02 .24 种 常见 绢 蒿 属植物及银 蒿 I ' I 'S / ITS 2 序 列 长
软 件 ( 美国 C od onC ode 公司 ) 对序列 峰 图进行校对度 、 GC 含量及种 内 变异位点分析
拼接 , 去除 引 物区和低质量 的序列 , 根据 NC B I 数变 异位点及信息位点 数可反 映所分析材料的
据库的 BL AST 比对中相似度最高物种 的序 列边界 ,碱基变 异程度 。 经 MEGA6 .0 比对后 , 本实验获得
截取各 序列 边界 。 I TS2 序列 基于隐 马尔 可夫 模型的 1 0 条绢 蒿 属 植物 和 5 条银 蒿 IT S 序 列 长度 为
的 HM M e r 注释方法 , 去除两端 5 . 8S 和 2 8S 区段 , 7 1 9 -7 2 0bP ,G C 含 量 为 5 丨 %-5 6% , 平均 GC 含量
[ WorldSc ienc eandTechnology/Mode rniza ti onofTradi tiona lCh ines eMed ic ineand Ma teria Medi ca]223
20 1 6 第十八卷 第二期 ★ V〇1 . 1 8 N〇 .2
为 54% , 其中西北绢蒿和针裂 叶绢蒿种 内变 异位点于种 内 变异 。 经 M EGA 6 . 0 比对分析后 , 4 种絹蒿和
及信息位点 数均为 9/4 , 而 5 份银蒿种 内 变异位 点银蒿种 间变异位点 / 信息位点 ITS 序列 为 8 5 /5 5 、
及信息位点数较大为 64 / 37 。ITS2 序列为 2 3 / 1 7 。
ITS2 序列长度为 2 25 _226bp , GC 含量为 53%-种 间 、 种内 遗传距离 6 个值的统计分析见表 2 ,
57% , 平均 GC 含 量 为 56% , 4 份 西 北绡 蒿 种 内 存银蒿 ITS 序列 3 个种 内遗传距离值大于 ITS 2 序列 ,
在 2 个 变 异 位 点 , 为 1 6 3bp 处 ( PS00 1 4MT02 ) 、银蒿的 ITS 和 IT S2 序列种 内 3 个遗传距离值均大
1 99b p 处 ( PS00 1 4MT03 ) C-T 变 异 , 图 1A ; 4 份 针于 絹 蒿属 ; 絹 蒿属 除种 内最 大距离 ITS 序列等于
裂叶 絹 蒿样 品 种 内 存在 3 个变异位 点 , 为 1 65b pITS 2 序列外 , 其他 5 个值 ITS序列均大于 ITS 2 序列 ;
处 T -A(P S 0 0 1 8M T02) 、 1 66b p 处 T -C 变 异絹 蒿属 IT S 和 ITS 2 序列 种 间 3 个值均小于 种 内 3
( PS 0 0 1 8MT0 2) 、 1 9 9bp处T-C(P S 00 1 8 MT0 1 、个值 。
PS00 1 8MT02 ) , 图 1 B ; 5 份银蒿种 内存在 1 6 个变异2 .44 种常 见絹 蒿 属植物 及银 蒿 ITS / ITS 2 序 列 邻
位点 , 信息位点数为 1 1 , 图 1G接 ( N J) 树鉴定分析
以上结果表明 : 绢蒿属 、银蒿物种本身存在一定N J 聚类树状 图是 DNA 条形码序列物 种 鉴别
的 变异 , IT S 变异位点 及信息位 点 数大于 ITS 2 , 银的方法之一 , 而物 种鉴定是否成功 , 看 同一个物 种
蒿的 I TS / IT S 2 变异位点 及信息位点数均 大 于 4 种的不 同个体在 构建 的 NJ 系 统树上是 否形成单系
絹蒿 。分支 , 即 同一物种 的不 同 个体能否 聚类到一起 , 如
2 . 34 种 常 见绢 蒿 属植物 及银 蒿 丨 TS / ITS2 序 列 种形成单系分支则鉴别成功 , 反之鉴别不成功 。 利用
间 、 种 内 遗传距 离 分析M EGA6 . 0 构建 I TS 和 ITS 2 序列邻接树 ( Ne i gh b o r-
判 断 D NA 条形码质量标准之一是该序列 是否J o i n i n g ,N J) , 见 图 2 。 由 图 2 (A 、 B) 可知 , 整个树
具有可以 区分物种 的足够遗传变异 , 物 种 的序列种从根部分化为 3 支 ,西北绢蒿 、博乐絹蒿 、伊塞克绢
间 变异较大 , 种 内 变异足够小 , 即物 种 种 间 变异 大蒿 、针裂 叶絹蒿 4 个物种 1 0 份材料 以 99% 的支持
1 1 " I
6 9 669
3 9 569
Seriph idiumnitrosumPS 00 1 4MT 0 1C CSeriphidiumsubless ingianumPS 00 18MT03T T T
Seriph idiumnitrosumPS 00 14MT 03 .TSeriphidium subless ingianumPS 00 18MT04 . . .
Seriph idiumn itrosumP S 00 14MT 04. .Seriphidium subless ingianumPS 00 18MT 0 1? .C
Seriph idiumnitrosumP S 00 1 4MT 0 2T .Seriphidiumsubl ess ingianumPS 00 18MT 02A C C
A B
111 11 122 222
2 3 3 4 6 2 5 5 7 8 9 0 0 1 1 1
2 0 9 2 1 0 5 8 3 7 8 1 9 4 6 7
A rtemis ia au stri acaPS00 05MT 0 4G T G T T G T C A A A T C C A C
A rtemisia austri acaPS00 05MT0 5 C
A rtemisia austri aca PS00 05MT0 3 .C A C C.C..T G C T T G.
Artemisia austri acaPS00 05MT0 1A .A .. A . T .. T . T .. T
A rtemisia austriaca PS00 05MT0 2 . C A C C . C .. T G C T T G .
C
图 1 西北绢蒿 、 针裂叶绢蒿 、 银蒿 ITS2 种 内变异位点
注 : A .4 份西 北 绢 蒿 , B .4 份针裂 叶绢 蒿 , C .5 份银蒿 。
表 2ITS/ITS2 序列种间及种 内遗传距离分析
属名序列种 内距 离种内 最大距 离种 内 平均距 离种 间距 离种间平均距 离种 间最小距 离
ITS0 .05 32 0. 07250. 0532±0 .0239银蒿
ITS20 .04 1 0±0 . 02260.06 10. 04 1 0±0 .022 6
ITS0 .007 2 ± 3 .257 4E-060 .0 1 12 ± 6.293 3E-060. 007 2±0 .00300 .006 7± 0 .00 340 .006 5± 0 .00090. 002 8± 0.002 8
绢 蒿属^ ITS20 .006 0± 0. 002 10 .0 1 12 ±0. 00320.006 0±0 .004 40 .00 5 3± 0 .00 3 80 .004 8± 0 .000 70. 00 1 5 ±0. 002 6
2 24[World Sc i enceand Technol ogy/Moder nizat io nof Tradi t ional Chi nese M ed ic ineandMat er iaMed ica ]
世界科学技术一中医药现代化★专题讨论 : DNA 条形码技术在中药材及其种源鉴定中的应用
率聚为一大支绢蒿属 ; 5 份银蒿形成 2 个并系性 ; 西图 3B 、 3 C 、 3D 。
北绢蒿 、博乐绢 蒿 、伊塞克绢蒿 、针裂叶绢蒿存在聚A 模型在螺旋 I 上有茎环 ,而 B模型没有 , 仅存
类融合现象 。 以上结果说明 : 对于本研究的 4 种绢在螺旋 I 这一点区别 , 中心环和 1 、 羾 、 IV螺旋区均
蒿属植物和银蒿 , ITS 和 ITS 2 序列具有很好地鉴定相同 ;模型 C 与 D 中 心环大小不 同 , 螺旋 I 末端茎
属的效果 。环小于 D 模型 ; 在螺旋 I 和 n 之间 中心环上模型 C
2 . 54 种 常见绢 蒿属植物及银蒿 ITS2 序列 二级结无凸 出环 , 而 D 有凸 出环 , 除此外 , C 和 D模型 II 、
构预测 皿 、 IV螺旋区均相 同 。
据 IT S2 序列数据库及其网站得知 , 物种 ITS 2
序列二级结构均为一个 中心环 ( 主环 ) 和 4 个螺旋V
区 ( H e l ix ) 构 成 , 4 个螺旋 区命 名 为 : I 、 n 、 m 和新疆地域辽 阔 , 山脉与盆地相间排列 ,盆地与高
IV , 而不 同 的物种其螺旋 区的茎环数 目 、大小 、位置山环抱 ,喻称 “三 山夹二盆” , 形成明显 的温带大陆
以及螺旋发出 的角度有差异 。 在 ITS2 序列数据库性气候 , 四季温较差 、昼夜温差大 , 季节变化 明显 ,
网站预测 4 种絹 蒿属 植物 、银蒿 的 ITS 2 序列二级春季气温多变 ,秋天气温骤降 ,气温随纬度增加 、海
结构发现有与其相 同 的 、高度相似 的 [H i ghQua l i ty拔上升而 降低 , 天 山 南北差异甚大 , 地貌和土壤复
Mo de l ,a llhe l i c e s( p er cen tage s1 00/ 1 00/ 1 00 / 1 00 ) ]杂多样 , 为适应复杂多变的环境 , 由 此形成物种遗
二级结构模型 , 4 种绢蒿属植物的 ITS2 二级结构模传多样性高或遗传变异丰富 多彩的蒿属 、 绢蒿属植
型均为 图 3A , 而 5 份银蒿存在 3 种类型的模型 , 见物资源 , 新疆是絹蒿属植物分布 中心 。 蒿 自 然群种
79 i Seriphktium issykkuiense PS00 16MT01
I Seriph idium sub lessingianum PS0018MT02
Seriph idium nitrosum PS0014MT01
效I
Seriph idiumborotalensePS0015MT0 1
56 * Seriph idium sub lessingianum PS0018MT01
Seriph idium nitrosum PS0014MT02
I
Seriphidiumnitrosum PS0014MT04
I I Seriph idium nitrosum PS0014MT0376
1 Seriphidium sublessingianum PS 0018MT03
86
1 Seriphidium sublessingianum PS0018MT04
I
Artemis iaaustriacaPS0005MT01
I
ArtemisiaaustriacaPS0005MT04
I〇〇 l Artemis iaaustriacaPS0005MT05
.
Artemis iaaustriacaPS0005MT02
!〇〇 ? ArtemisiaaustriacaPS0005MT03
A
I
Seriphidiumsub lessingianumPS0018MT03
— Seriph诚umsub lessingianumPS0018MT04
I SeriphkRumnitros umPS0014MT^ 3
I
SerfpAfd?umissykkuiense PS0016MT01
6? Seriphk^umsub lessingianumPS001BMT02
— SeriphidiumnitrosumPS0014IIIT02
Ser^hK^umborota fense PSO0f5MTO1
SeriphUMumnitrosum PS0014MT01
SeriphidiumnitrosumPS0014MT04
I SeriphkBumsub lessingianumPS0018MT01
I
Artemisia austriacaPS0005MT01
秘I
austriaca PS000SMT04
96 * Artemisia austriaca PS0005HT05
I
Artemisiaaustriaca PS00&5MT02
'
Artemisia austriaca PS0005MT03
B
图 2 基于 ITS/ITS2序列构建的 4 种绢蒿属植物和银蒿邻接 ( W) 树
注 : boot str ap1000 次重复 ,枝上数值仅显示 自展 支持率 彡 5 0% ; A . ITS ,B . ITS2 。
[ Wor ld ScienceandTechnology/Moderniza tionofTradit ional Ch ines eMedic ine andMateriaMedica ]225
20 1 6 第十八卷 第二期 * V〇1 . 1 8No .2
/ \/A
f\A
C D
图 3 绢蒿和银蒿 I TS2 序列二级结构模型
注 : A . 销 蒿 属 , B . 银 蒿 1 ,C . 银蒿 2 , D . 银 蒿 3 。
类 多 、 分布广 、分化复杂 , 植物外部 形 态极其相 近 , 距离及 N 〗 树将常见的 9 种蒿属黄花蒿 、艾蒿 、茵陈
难于分辨 , 研究者试图 利用 DN A 条形码对其进行蒿 、细 裂 叶莲蒿 、歧 茎蒿 、 白 花蒿 、野艾蒿 、 白莲蒿 、
基原鉴定 、分类 。 王铁绢等 1 48 1 对蒿属 2 个亚属 5 个大籽蒿全部区分 , 以上研究均不包括本研究 的 4 种
组 ( 艾组 、艾蒿组 、 龙蒿组 、牡蒿组 、 莳萝 蒿组 ) 3 8 个绢蒿 。
种进行 序列 分析 , tmi-f' 序列 在 蒿属 植物在本研究探讨热点序列 ITS /ITS2 对西北绢蒿 、
间有 着高度 的一致性 , 一些种 的 序列 完全相 同 , 来博乐絹蒿 、伊塞克绢蒿 、 针裂叶绢蒿 4 种绢蒿属植物
自 于不同组 的一些植物也具有完全 相同 的序 列 , 除与 近缘种银蒿蒿 属 的 区分效果 , 发现西北绢 蒿 、 针
艾组外 , 其它组并未得到很好的 分化 、均没有 形成裂 叶绢蒿 间有着高度的一致性 , 共有 的 ITS 序列 变
独立 的 分支 。 G ao 等 [4 9] 基于实 验样本和 GenB an k异位点 及信息位点数 9 /4 , ITS 2 序列 变异位点及信
数据分析 , 提出 IT S2 序列 可作为菊科鉴定 的 DNA息 位点 数 2/0 、 3 / 1 ; 银蒿 IT S/ IT S2 序列 变 异位点 及
条形码序列 , I TS2 序列对蒿属 7 4 个物种 的 9 1 份样信息位点 数分别 为 6 4/ 3 7 、 1 6 / 1 1 , 多于绢蒿属 材料 ;
品 的鉴定效率为 5 9 . 3%( B LAST 1) , 这 7 4 个物种中银蒿种 内遗传距离值 ITS 序列大于 I TS 2 序列 , 并且
主要是艾蒿 、黄花蒿 、 白 花蒿 、 细裂 叶莲蒿等蒿属材其 IT S/ IT S2 序列 值均大于絹 蒿属 ;绢 蒿属 种 内 、 种
料 。 而 刘美子 1 4 3 1 利用 ITS2 序列 的 种 间 K 2P 遗传间 遗传距离 , ITS 序列 均大 于 ITS2 序列 , 但种 间 3
226[ WorldSciencea ndTechnology/M ode rn izat ion ofTradi t iona lCh ines eMedi c in eandMa teri aMedica]
世界科学技术一中医药现代化★专题讨论 : D NA 条形码技术在中药材及其沖源鉴定中的应用
个值均小于种 内 3 个值 。 这说 明银蒿材料的 DNA导致种间在短时 间 内 没有积累足够的遗传变异 ,物
序列变 异程度大于 4 种 絹蒿属材料 , ITS/ IT S2 序列种 之间难 以 分辨 , ITS /ITS 2 物 种 鉴别能区分到属 。
对银蒿的鉴定区分效果都优于绢蒿属 。第 三 , 地貌 、 土壤 、 气候 等微环境导 致 同一种物不
NJ 树鉴定 时存在交叉 现象 , 因 此根据植物 习同 产地遗传差异 , 4 份针裂叶 絹蒿 PS00 1 8MT0 1 和
性 、花序 、营养叶 、根 系 等形态学划分的 西北绡蒿 、 PSOO 丨 8MT0 2 采集于新源县前进牧场 , PSO O 1 8M T03
针裂叶 绢蒿没有得到很好 的分辨 。 主 要是缺乏变和 PS00 1 8M T0 4 采 集 于 察 布 查 尔县 白 石 峰 , IT S/
异位点 , 因此 由 于 变异位点 的缺乏 , 在所分析的 种I TS2NJ 树均显示 PS00 1 8 MT0 3 和 PS00 1 8MT04 聚
中 ,一些种没有和本组植物聚到一起 。 银嵩 5 份材在一起 。
料 N j 树聚为 2 个并系 , ITS2 序列 二级结构模型有由 于样 品量有 限 ,对絹蒿属植物的 DNA 条形码
3 个类 型 , 印证了银蒿 种 内 本身碱基 变异大 。 西北鉴定 尚需进一步研究 。 中药材 DNA 条形码分子鉴
絹蒿 、博乐 絹蒿 、伊塞 克绢蒿 、针 裂叶絹蒿 4 种 绢蒿定法在 中 药材基原物种鉴定 、 中成药流通监管 、 道地
属 I T S2 序列二级结构模型相 同 , 进一步印证了 IT S/药材鉴别 、保健食品 和食 品质量安全控制等领域发
ITS 2 条形码序列 能很好的鉴定到属 , 而对絹蒿属 内挥重要作用 [M] , 叶绿体超级条形码的提出及应用 I 5 1 1 ,
种 的鉴定分类有一定局 限性 。均给絹蒿属 D NA 条形码研究提供思路和途径。
由于植物在进化过 中容易 发生杂交 、 网状进化 ,
且 同一基因在 不 同类群 的进化速率不 同 , 4 种绢蒿致谢 :感谢中科院 “西部之光” 人才培养计划 “ 西部
与银蒿物种之间可能存在杂交渐渗 , 这可 能是 IT S/博士资助项 目 ” ( X BB S 20 1 2 1 3) 资助 。 感谢中 国 医
I TS 2 序列 对 4 种 絹蒿和银蒿物种鉴 别率低 的可能学科学院北京协和 医学 院药用植物研究 所韩建萍
原 因 之一 。 其 次 , 4 种 绢 蒿 可能经历 了 快速成种 , 老师及硕士生王丽丽对数据分析的指导 、 建议。
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Xinjia ngTechn ica lIns t i tu teof Phys icsandChem i s try,Ch ine seAc ademyof Sc iences , Urumq i83 001 1 , Ch ina;)
Ab s trac t : Th i ss t ud ya imedtoeva lu a t eDNAbarcod i ng ,IT S/ ITS 2s eque nc et ech n iqu e ,ini den t i fi ca t i ono ffo ur
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世界科学技术一中医药现代化 ★专题讨论 : DNA 条形码技术在中药材及其沖源鉴定中的应用
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wereana lyzedbyMEGE6 .0s oftware .Inord er toevaluateide nti fica ti oneffic i encyofITS/ ITS2barcode ,K2P
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ofthesecondarystru c turewerepred ic tedinITS2dat abase .I twasfou ndthatin tra-specificvariab lesi tesand
Pars im— Informa t ive s i t esofS .n i tro s umandS . sub les s ingi anumwerel essthanthos eofA .au s tri aca .Int e r-
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spec ie swasd ifferen tfromth atof A .aus tr iaca .Itwasco nc ludedthatITSandITS2sequ encescan id en tifygenus
leve lofS . su ble ss ingianumfromd iffe rentor ig i neffic ie ntl ybyK2Pgene ti cd is ta nce ,NJt reeandITS2secondary
struc turemode l .
Keywords : Seriph id ium ,DNAbarcodi ng ,ITS ,ITS2 ,PCRamp lifi cat ion ,genet icdi stan ce
(责任编辑 : 马雅静 张志华 , 责任译审 : 朱黎婷 王 晶 )
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