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不同海拔血满草居群cpDNA psbA-trnH序列特征及其遗传结构



全 文 :第 25 卷第 4 期
2015 年 8 月
生物技术
Biotechnology
25(4) :337
Aug.,2015
收稿日期:2015 - 03 - 29;修回日期:2015 - 05 - 15
基金项目:国家自然科学基金项目(“壳斗科栎属川滇高山栎分析谱系地理学研究”,No. 31060031;“基于生态位模型分析横断山区 5 种高
山栎林建群种响应气候变化的异同”,No. 31470316) ;云南省教育厅科学研究基金一般项目(“大红菇多糖的分子修饰与生物活
性研究”,No. 2014C070Y) ;云南民族大学民族药资源化学国家民委 -教育部共建重点实验室开放基金项目(“罗平布依族药用
植物资源的民族植物学调查”,No. MZY1301) ;云南民族大学大学生创新创业训练计划项目资助
作者简介:杨青松(1980 -) ,男,云南香格里拉人,博士,副教授,从事植物分子生态学和资源植物学研究,Email:yangqskm@ 163. com。
* 通讯作者:赵 艳(1982 -) ,女,云南昆明人,实验师,从事生物化学研究,Email:zhaoyankm@ 126. com。
不同海拔血满草居群 cpDNA psbA - trnH序列
特征及其遗传结构
杨青松1,2,3,熊 勇1,2,3,胡琳1,2,3,赵 艳4 * ,卢志敏3,刘瑞3
(1.云南民族大学 民族药资源化学国家民委 -教育部重点实验室,云南 昆明 650500;
2.云南民族大学 云南省跨境民族地区生物质资源清洁利用国际联合研究中心,云南 昆明 650500;
3.云南民族大学 化学与生物技术学院,云南 昆明 650500;
4.云南农业大学 基础与信息工程学院,云南 昆明 650201)
摘要:[目的]针对云南常用民族药血满草遗传背景研究少的现状,利用叶绿体 DNA分析血满草遗传多样性和遗
传背景。[方法]采集 5 个不同海拔分布的野生血满草居群,通过 PCR技术扩增 psbA - trnH 序列并测序,然后利用生
物学软件分析序列特征以及不同野生居群遗传多样性。[结果]血满草 psbA - trnH 序列长度范围在 487 ~ 530 bp 之
间,GC含量为 29. 12 ~ 30. 17%。Bioedit软件排列比对后长度为 485 bp,其中有 45 个信息位点,包括 1 个单碱基缺失、
15 个点突变、29 个同源信息位点。根据该序列,DnaSP软件分析表明血满草多样性(pi)为 0. 02004,平均变异数目为
9. 019,构成 27 个单倍型,单倍型多样性为 0. 997。其中居群 1(海拔 3 343 m)多样性最高,其次是居群 3(海拔 3 554
m) ,再次是居群 5(海拔 3 790 m) ,最小的为居群 2(海拔 3 445 m)。居群间的遗传分化系数在 0. ~ 0. 089 之间,居群间
的遗传距离在 0. 013 ~ 0. 022 之间。[结论]不同海拔血满草居群之间遗传分化不明显,远低于异交生物平均水平。另
外,谱系分析也表明血满草不同居群之间的系统关系不清晰,与地理分布和海拔分布的关系不明显。该结果可能与血
满草为克隆繁殖、高适应能力、种子传播范围广等生活史策略相关。同时也可能是 psbA - trnH 序列在居群水平上分
辨率不够造成。
关键词:遗传多样性,民族药,接骨木属,DNA条形码
中图分类号:Q811. 4 文献标识码:A DOI:10. 16519 / j. cnki. 1004-311x. 2015. 04. 0069
cpDNA psbA - trnH sequence characteristics and genetic structure
of Sambucus adnata Wall. at different altitudes populations
Qingsong Yang1,2,3,Yong Xiong1,2,3,Lin Hu1,2,3,Yan Zhao4* ,Zhimin Lu3,Rui Liu3
(1. Key Laboratory of Ethnic Medicine Resource Chemistry,State Ethnic Affairs Commission & Ministry
of Education,Yunnan Minzu University,Kunming 650500,China;2. Joint Research Centre for
International Cross - border Ethnic Regions Biomass Clean Utilization in Yunnan,Yunnan Minzu University,
Kunming 650500,China;3. College of Chemistry and Biotechnology,Yunnan Minzu University,
Kunming 650500,China;4. College of Basic Science and Information Engineering,
Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China)
Abstract: [Objective]According to the less studies on genetic backgroud of Sambucus adnata Wall.,genetic diversity was
survied basing on chloroplast DNA sequence.[Methods]Throughin biosoftware and PCR method,the sequence characteristics
and genetic diversity of five different wilde populations collected basing on fragments psbA - trnH.[Results]The psbA - trnH
sequence of S. adnata were length ranges between 487 - 530bp with GC content of 29. 12 - 30. 17% . After arranging by Bi-
oEdit,the length of the squence was 485bp,which had 45 informative sites,including a single base deletion,15 point mutations,
29 homologous informative sites. According to the arrangement,the analysis showed that the diversity (pi)was 0. 02004 by
DnaSP software,and the average number of variation was 9. 019,then constituted 27 haplotypes and haplotype diversity was
生 物 技 术 2015 年
0. 997. And the population 1(Alt. 3 343 m)had the highest diversity,and followed by population 3(Alt. 3 545 m)and then
population 5(Alt. 3 790 m) ,but the population 2(Alt. 3 445 m)had the smallest diversity. Coefficient of genetic differentiation
among populations changed between 0. 5 - 0. 089,and the genetic distance between populations was between 0. 013 - 0. 022.
[Conclusion]The results indicated that the genetic differentiation among the populations was not obvious and far below the av-
erage level of outcrossing organisms. In addition,pedigree analysis also showed that genetic relationship among different popula-
tions was not clear,and it was not obvious related to geographic distribution and altitude distribution. This result may be related
to life history strategies of S. adnata,such as clonal propagation,high adaptability and a wide range of seed dispersal and oth-
ers. Meanwhile it also may be caused by insufficient resolution of psbA - trnH sequence at the population level.
Keywords:genetic diversity,folk medicine,Sambucus L.,DNA barcodes
0 引 言
接骨木属植物是我国民间常用草药,尤其是苗
族、傣族、蒙古族等少数民族广泛使用的传统草
药[1]。该属中云南地方习用中草药血满草是药用植
物血满草(Sambucus adnata Wall.)的干燥地上部分
或全草[2],也是云南少数民族,彝族、哈尼族、藏族、
纳西族等广泛使用的民族药,用于风湿痹痛、跌打损
伤、皮肤瘙痒、水肿等疾病。血满草广泛分布于我国
滇、川、藏、宁、青、贵、甘、陕、四等地,生于林下或沟
边、灌丛中。目前,虽然血满草的质量标准研究已经
有报道[2],一些学者对其化学成分、显微鉴定、花粉
结构等也进行了深入研究[3],积累了一些资料。但
对血满草天然群体遗传结构、遗传分化及多样性研
究还未见报道。
psbA - trnH基因间隔区是叶绿体基因组中进化
速率最快的基因间隔区之一[4],近年来利用该序列
开展遗传多样性的研究越来越多。目前,已将 psbA
- trnH序列分析大量应用于药用植物遗传资源多样
性分析和评价中,包括薯蓣属(Dioscorea L.)[5]、石
斛属 (Dendrobium Sw.)[6]、栽 培 百 合 (Lilium
spp.)[7]、青海栽培黄管秦艽(Gentiana officinalis H.
Smith)[8]、丹参(Salvia miltiorrhiza Bunge)[9]、野生的
何首乌(Fallopia multiflora Harald.)[10]和连翘(For-
sythia suspensa Vahl)[11]居群等。这些研究主要集中
在不同物种、不同品种、不同产地的材料,对同一产
地不同居群,尤其是海拔梯度上不同居群的关注较
少。本研究对采自同一产地 5 个不同海拔高度的野
生血满草居群 44 个个体的 psbA - trnH 序列进行了
分析,探讨不同海拔血满草居群的遗传多样性和遗
传结构,为合理地利用和开发血满草这一特色民族
药提供依据。
1 材料与方法
1. 1 材料
野生血满草居群于 2011 年 9 月采自云南省香
格里拉县大雪山。采集血满草的嫩叶,用变色硅胶
干燥,储存备用。为了避免同一谱系而产生的试验
偏差,根据文献资料,不同居群的海拔垂直距离约
100m,同一居群相邻个体间的距离在 3 m 以上。
表 1 血满草居群样品来源
Table 1 The samples information of Sambucus adnata
居群代码 纬度 经度 海拔(m) 个体
Population ID Latitude Longitude Elevation(m) Individuals
S1 28°2605. 58 98°4722. 04 3 343 10
S2 28°2752. 48 98°4546. 69 3 445 3
S3 28°2914. 94 98°4505. 77 3 545 7
S4 28°3156. 16 98°4423. 23 3 675 4
S5 28°3445. 83 98°4245. 51 3 790 4
1. 2 方法
1. 2. 1 DNA提取
采用改良的 CTAB 法提取 DNA[12],用 0. 8%的
琼脂糖凝胶电泳进行检测,并将 DNA 浓度调整至
40ng /μl,置于 - 20℃冰箱保存备用。
1. 2. 2 序列扩增与测序
用于序列扩增和测序的引物为 Shaw J 等[13]设
计的通用引物,按表 2 配制扩增反应体系,并按预变
性 94℃,3 min;变性 94℃,30 s,退火 56℃,30 s,延伸
72℃,45 s,重复 35 个循环;最后延伸 72℃,3 min 的
程序在 PE - 9600 型 PCR 仪(Perkin Elmer 公司生
产)上进行扩增反应。用 1. 0%(W/V)琼脂糖凝胶
电泳检测,并在 Gel Doc 凝胶成像系统(Bio - Rab
Ltd.)上观察扩增产物。扩增产物用多功能 DNA 纯
化回收试剂盒(北京百泰克生物技术有限公司)纯
化后送上海申速生物技术有限公司进行测序,测序
833
4 期 杨青松,等:不同海拔血满草居群 cpDNA psbA - trnH序列特征及其遗传结构
引物与扩增引物相同。
表 2 血满草居群 psbA - trnH片段扩增体系(20 μl)
Table 2 The psbA - trnH fragment amplification
system of Sambucus adnata(20 μl)
成分 Composition 体积 Volume(μl)
DNA模板 1. 0
10 × Buffer(with MgCl2) 2. 0
dNTP Mixture 0. 8
Primer 1 0. 8
Primer 2 0. 8
Taq DNA Polymerase 0. 6
ddH2O 14
1. 2. 3 数据处理
测序结果的拼接和编辑用 BioEdit 7. 0[14]基于
峰图文件进行,对拼接好的序列进行序列长度、保守
位点、变异位点和信息位点等序列特征分析用
MEGA 5. 0 软件[15];遗传距离采用 MEGA 5. 0 中的
Kimura - 2 - parameter (K2P)模型计算,构建距离
矩阵;核苷酸多样性指数、基因流和居群间遗传分化
系数应用 DnaSP 5. 10 软件计算[16]。通过邻接法
(neighbor - joining method,NJ) ,以接骨草(Sambucus
chinensis L.)为外类群构建基于 MEGA 5. 0 计算的
遗传距离聚类图,构建的系统发育树采用 1 000 次
循环的自举检验法(bootstrap test)检验各分支的置
信度,Gap始终作为 Missing处理。
2 结果与分析
2. 1 血满草居群 psbA - trnH 序列特征
对 5 个居群共 44 个样品进行扩增,扩增出产物
的有 28 个样品,扩增成功率为 63. 6%。与其他物种
相比,成功率较低,可能是血满草 DNA 模板中多糖、
酚类和奎宁类等物质影响较大。对扩增成功的 28
个样品测序分析表明,血满草 psbA - trnH 序列长度
在 487 ~ 530bp 之间,GC 百分含量在 29. 12 ~ 30.
17%之间。使用 BioEdit软件比对后,平均序列碱基
为 458bp,统计如表 3。
表 3 血满草居群 psbA - trnH序列特征统计
Table 3 The psbA - trnH sequence features statistics of Sambucus adnata
序号
Number
样品
Sample
序列长度
Length of sequences(bp)
GC含量
GC content(%)
序号
Number
样品
Sample
序列长度
Length of sequences(bp)
GC含量
GC content(%)
1 S1 - 1 506 29. 74 15 S3 - 3 487 29. 44
2 S1 - 2 528 30. 17 16 S3 - 4 502 29. 96
3 S1 - 3 528 29. 74 17 S3 - 6 502 31. 53
4 S1 - 4 527 29. 96 18 S3 - 7 503 29. 89
5 S1 - 5 500 30. 17 19 S3 - 8 500 29. 5
6 S1 - 6 530 28. 66 20 S3 - 9 502 30. 17
7 S1 - 7 526 29. 53 21 S4 - 4 505 29. 53
8 S1 - 8 506 29. 96 22 S4 - 5 502 29. 53
9 S1 - 9 505 29. 74 23 S4 - 7 511 29. 68
10 S1 - 10 502 29. 81 24 S4 - 10 505 29. 25
11 S2 - 1 491 29. 72 25 S5 - 7 507 29. 25
12 S2 - 2 496 29. 72 26 S5 - 9 502 30. 39
13 S2 - 5 502 29. 72 27 S5 - 10 503 29. 53
14 S3 - 1 509 29. 89 28 S5 - 12 510 29. 12
2. 2 血满草居群 psbA - trnH 序列的变异位点
碱基序列中保守位点有 406 个,变异位点有 45
个,缺失位点数目为 1 个,所有缺失均为单碱基缺
失。其余为突变位点,其中点突变位点为 15 个,分
别位于第 7、10、28、63、96、103、322、372、385、411、
413、414、415、425、426bp,同源信息位点 29 个,分别
位于第 18、56、376、381、387、391、392、395、396、399、
404、405、409、422、427、430、436、438、443、446、449、
451、452、456、457、369、410、416、441,信息位点百分
比为 11. 4%(表 4)。
933
生 物 技 术 2015 年
表 4 血满草居群 psbA - trnH序列碱基信息位点
Table 4 The psbA - trnH sequence basepair information sites of Sambucus adnata
序号
Number
碱基信息位点 Basepair information sites
7 10 17 18 28 56 63 96 103 322 369 372 376 381 385 391 392 395 396 399 404 405 409 410 411 413 414 415 416 422 425 426 427 430 436 438 441 443 446 447 449 451 452 456 467
1 A C — G T T A T T A T T G G T A T A T G C T T A C A G T A G A T G C G G T A G G G G A T G
2 . . — . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . G . . . . . . .
3 . . — . . . . . . . . . T T . . . T . . . . A C . . . . T . . . T . T . A C . . . T . .
4 . . — . . . . . . . . . T T . . . T . T T . A C . . . . G . . . . . . . . G . . . . . . .
5 . . — . . . . . . . . . T . . . A . G T T . . . . . . . . C . . . G . . . G . . . . . . .
6 . . — . . . . . . . . . T . . . . . . . . . A . . . . . G . . . T . . . . . . A . . . . A
7 . . G . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T G T . . G . A . . . . .
8 . . — . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G T . G . . . . A . . .
9 . . — . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T . . . . . . . . . .
10 . . — . . . . . . . . . T . . T A . . . . . . T T T T . . C . . . . . . . . . . . . . . .
11 . . — . . . . . . . . . T . . T . . G . . . . . . . . . . C . . . G . . . . C . . . . . .
12 . . — . . . . . . . . . T . . T . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . .
13 . . — . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . G . . . . C . . . . . .
14 . . A . . . . . . . . . T . . . A . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
15 . . — . . . . . . . . . T . . . A . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . G .
16 . . — . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A C . . . . G C . . . G . . . . . . . . . . .
17 . . — . G . G G G T T . T . . . . . . T . . . . . . G G C . . . G . . G G — . . . . . A
18 . . — . . . . . . . . . T . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
19 . . — . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . C . . . G T . . . A . . . . . .
20 . . — . . . . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
21 . . — . . . . . . . . . T . A . G . . . . . . . . . . . . . . G T A . . . . . . . . .
22 . — . . . . . . . . . T . . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
23 . . A . . A . . . . . . T . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . G T . . . . . . . . G .
24 . . G A . A . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G T A G C . . . . . .
25 . . G A . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . C . . . G T . . . C . . . . . .
26 . . — . . . . . . . . . T . . . A . . . . . A . . . . . G . . . . . . . . . C . . . . G .
27 . . — . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
28 T T A A . . . . . . . . T . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G .
注:样品序号同表 2;首碱基相同用“.”代表,无碱基用“ -”代表。
表 5 血满草居群 psbA - trnH序列遗传多样性特征
Table 5 The psbA - trnH sequence genetic diversity features of Sambucus adnata
居群代码
Population ID
海拔
Elevation(m)
遗传多样性
Genetic diversity
平均核酸变异数目
Average various
nucleic acid number
变异位点数目
Number of
mutation sites
信息位点数目
Information
sites number
单倍型
Haplotypes
S1 3 343 0. 022 27 10. 067 34 31 10
S2 3 445 0. 001 47 0. 667 1 1 2
S3 3 545 0. 021 54 9. 714 27 27 7
S4 3 675 0. 015 02 6. 833 12 12 4
S5 3 790 0. 019 05 8. 667 16 16 4
Total 0. 020 04 9. 019 45 45 27
043
4 期 杨青松,等:不同海拔血满草居群 cpDNA psbA - trnH序列特征及其遗传结构
2. 3 血满草居群的遗传多样性分析
通过 DNAsp软件分析,血满草 psbA - trnH序列
多样性(pi)为 0. 020 04,平均变异数目为9. 019,构
成 27 个单倍型(Haplotypes) ,单倍型多样性为
0. 997。在 5 个居群中,居群 1 的序列多样性最高,
其次是居群 3,再次是居群 5,最小的为居群 2。在海
拔梯度上表现为随海拔增加先降低后升高的趋势,
而且在最低、最高海拔具有高的遗传多样性。在单
倍型多样性上,同样也是居群 1 最高,其次是居群 3,
而居群 4 和 5 具有相同的单倍型数目。
图 1 基于 psbA - trnH 序列分析血满草不同居群个体的 NJ 系统树
Figure 1 NJ phylogenetic tree of different Sambucus adnata individuals based on psbA - trnH sequence
通过 DnaSP分析得出得居群间的遗传分化系数
在 0. 00000 ~ 0. 08943 之间,居群间的遗传距离在
0. 01315 ~ 0. 02178 之间,表现为小的遗传分化(表
6)。居群 2 与其余几个居群间的差异比较明显,遗
传分化系数在 0. 087 ~ 0. 089 之间,而其余 4 个居群
的差异不大,分化系数在 0 ~ 0. 016 之间。
2. 4 血满草居群的聚类分析
以接骨草为外群,采用邻接法构建的遗传距离
关系树表明,psbA - trnH 序列能够将血满草和接骨
草针对形态特征非常接近[17]的物种对区分开,相应
的支持率为 95%。在血满草种内则按不同的地理
分布区分为了 3 支,其中供试材料全部都集中在一
支上,支持率为 80%,表明在不同地理分布区上 ps-
bA - trnH序列也能够部分的区别不同个体。所有
不同海拔的供试材料个体均集中在一个亚分支上,
支持率为 64%。在低于 50%的支持率下,可以发现
居群 2 的个体与其他 4 个居群的个体分离了。而居
群 1、3、4、5 的个体在交织在一起,并没有明显的地
理分布模式。
表 6 血满草居群的遗传分化和遗传距离系数
Table 6 Genetic differentiation and genetic
distance coefficient of Sambucus adnata
POP1 POP2 POP3 POP4 POP5
POP1 *** 0. 0872 0. 0019 0. 0158 0. 0158
POP2 0. 0200 *** 0. 0883 0. 0894 0. 0894
POP3 0. 0218 0. 0198 *** 0. 0073 0. 0073
POP4 0. 0204 0. 0132 0. 0198 *** 0. 0000
POP5 0. 0207 0. 0182 0. 0191 0. 0181 ***
注:左下角为遗传距离,右上角为遗传分化系数。
3 讨论
目前针对血满草的遗传多样性研究还没有专门
的报道,本研究表明在不同海拔梯度上血满草遗传
多样性并不高,不同居群间遗传分化很小。RAPD
数据的结构支持该结论,即供试血满草的遗传多样
143
生 物 技 术 2015 年
性均较低,居群间的遗传分化较小[18]。物种遗传多
样性与该物种长期生存的环境、物种进化和适应、生
活史策略等密切相关[19]。一般来说,异交物种的多
样性小于 0. 1[20],而血满草居群的核苷酸多样性指
数仅 0. 0218 及其以下,远低于异交物种平均遗传多
样性。本实验供试材料均采自高海拔山地地区,其
环境异质性不可谓不剧烈,因此如此低的遗传多样
性可能与血满草本身的适应性和生活策略有关系。
研究表明,接骨木的种子发芽极为困难,几乎找不到
实生苗天然更新,其主要的繁殖方式为克隆繁
殖[21]。而另一方面,接骨木属植物种子可以通过鸟
类传播[22],使不同克隆个体的分布范围变得更加不
可预料和广泛。血满草的高适应能力也是其遗传多
样性比较低的原因之一,在野外可以看见大部分撂
荒的裸露野地都会成为血满草单优势群落的分布区
(杨青松,野外观察)。因为在剧烈的选择压下,由
于其高适应能力可以减小遗传物质的改变。基因流
也是影响植物遗传多样性的内在因素之一,在本研
究中,血满草平均基因流为 1. 10,属于高基因流水
平[23],表明不同海拔段的居群之间存在很大的遗传
交换,也高于不同地理区域内的居群之间。
叶绿体 psbA - trnH 序列和 matK、rbcL 是国际
通用的核心 DNA 条形码候选片段,其中以 psbA -
trnH序列成功率是极高的,最近一项关于森林植物
DNA条形码的研究表明,psbA - trnH和 rbcL能够在
所有植物中都扩增和测序成功[24]。但在本研究中,
5 个居群 44 个体只有 28 个成功扩增和测序,成功率
仅为 64%。表明本实验采取的 DNA 提取方法还需
要更具有针对性,血满草化学成分主要以熊果酸等
三萜类成分为主,还有大量的酚类和黄酮类化合物,
对后期序列扩增影响很大。但目前对血满草 DNA
提取方法的研究还没有报道,需要深入研究。对于
psbA - trnH序列的分辨率近年来也是研究比较多,
各研究均表明该序列的分辨率较高,在属级水平上
能够 100%的鉴别类群,但种级水平上的分辨率在
各个属内是不一样的[25]。本研究表明在接骨木属
中,至少国产的 2 个种是可以能够完全鉴别的。在
居群水平上,也有一定的鉴别能力,但和居群的水平
地理分布相关。而海拔分布并没有得到好的鉴别,
表明 psbA - trnH 序列在同一分布区不同海拔上的
区分能力不足。其原因可能如前所述,血满草本身
的生活史和进化策略体现了大的空间隔离,小尺度
环境变化被其高的适应能力所淡化。因此,要做到
“一物一码”,在血满草中还需要结合其他 DNA 序
列,比如 ITS、IGS 等低拷贝、高变异的核基因
序列[26]。
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