免费文献传递   相关文献

输血传播病毒分子生物学研究进展



全 文 :·综述与专论·
生物技术通报
BIOTECHNOLOGY BULLETIN 2011 年第 8 期
输血传播病毒分子生物学研究进展
傅海霞 王志钢
(内蒙古大学生命科学学院,呼和浩特 010021)
摘 要: 输血传播病毒(transfusion transmitted virus or torque teno virus,TTV)是近年发现的一种 DNA病毒,在健康人群、
职业献血员和肝炎患者中都有不同程度的感染。TTV感染具有多样性,它可以直接经血液传播,同时还具有血液以外的传播
途径,具有嗜肝性。目前对 TTV的研究已在病毒与宿主的关系、病毒的分类及起源、进化和变异等方面的研究中产生了深刻
的影响。仅就 TTV分子生物学方面的研究成果并结合某些问题进行简要综述。
关键词: 输血传播病毒 分子特性 感染
Progress in Molecular Biology of TT Virus
Fu Haixia Wang Zhigang
(College of Life Science,Inner Mongolia University,Huhhot 010021)
Abstract: TTV (transfusion transmitted virus or torque teno virus)is a kind of DNA virus found in healthy people,professional
blood donors and hepatitis patients. TTV can infect human and some kind animals. It can be directly transmitted through blood,but al-
so has other routes of Infection beyond blood with hepatotropic nature. Studies on TTV had a profound impact in the relationship be-
tween virus and host,the virus classification and origin,evolution and variation and other aspects of virus research. Molecular biology
of TTV was reviewed combined with some problems in study.
Key words: TTV Molecular characterization Infection
收稿日期:2011-02-14
基金项目:国家基础科学人才培养基金项目(J0730648)
作者简介:傅海霞,女,硕士研究生,研究方向:微生物学;E-mail:fuhaixiayx@ 163. com
通讯作者:王志钢,男,教授,研究方向:病原体与宿主相互作用机制;E-mail:lswzg@ imu. edu. cn
TTV是新发现的一种单股环状负链无包膜 DNA
病毒(ssDNA)[1,2]。目前已知的单链无包膜 DNA 病
毒只有两类,即细小病毒科(Parvoviridae)和圆环病毒
科(Circoviridae) ,Hijikata 等[3]通过对 TTV SANBAN
株基因组测序并与最初的日本原型株 TA278 序列比
较后认为该病毒属于环状病毒。因其基因组结构类
似于圆环病毒科的鸡贫血病毒(chicken anaemia vi-
rus,CAV) ,并且通过对 TTV 的变异株 PMV 与已知
TTV序列的比较,有学者提出 TTV 应归属圆环病毒
科[4]。国际病毒分类委员会(ICTV)第八次病毒分类
报告中将其归入圆环病毒科(Circoviridae)的指环病
毒属(Anellovirus) ,TTV 是这一属的典型种[5],有了
一个相对确定的分类定位。
1 TTV的基因组及其变异
Okamoto等[1]对 TTV 原型株 TA278 测序结果
表明,该病毒 DNA 由 3 739 个核苷酸组成,基因组
分编码区和非编码区两部分。随后的研究表明,
TA278 的 DNA 是环状分子,由 3 852 个核苷酸组
成,新增加的 113 个核苷酸位于第 3 740 - 3 852,在
3 736 - 3 852 之间形成了一个 G + C 含量达 90. 6%
的 117 个核苷酸组成的区域[4]。对来自于美国的
TTV-TUS01 株的测序表明基因组全长 3 818 nt,比
TA278 长了 35 nt,且与之仅有 60. 5%的同源性[6];
从黑猩猩分离到的 TTV(s-TTV CH65-1)基因组全
长为 3 899 nt,与 TA278 的同源性为 52. 3%[7]。随
着 TTV分离株和测序数据的增多,表明 TTV 的基
因组约在 3. 6 - 3. 8 kb 之间且具有较大的变异性,
这一点在不同地域间、不同物种间的 TTV 克隆序列
比较以及系统发生分析方面都得到了证实,而且动
物中发现的 TTV 较之人类的 TTV 具有更广泛的多
2011 年第 8 期 傅海霞等:输血传播病毒分子生物学研究进展
态性[8]。目前已有 200 多个人及动物中的 TTV 全
长基因组被测序[9]。这些基因组数据为进一步研
究 TTV的分子生物学特征和致病性提供了条件。
2 TTV的基因组结构及表达调控
虽然 TTV基因组序列在各分离株或基因型之
间变异较大,但其基因组的基本结构却十分相似。
对 TTV日本原株 TA278 基因组当时测定的序列分
析表明其含有 2 个 ORFs,即长的 ORF1 和短的
ORF2,编码区占 70%,非编码区占 30%。随后的进
一步研究显示其含有 3 个 ORFs,ORF3 在 ORF1 的
下游,ORF2 与 ORF1 有部分重叠[4,10]。TTV基因组
非翻译区为 1. 2 kb,翻译区 2. 6 kb,TA278 株 ORF1
和 ORF2 分别编码 770 与 150 个氨基酸残基[10],而
TUS01 的 ORF1 和 ORF2 则分别编码 761 和 156 个
氨基酸[6]。不同的毒株 ORF1 和 ORF2 的长度会发
生变化。ORF1 有 3 个高可变区,可能编码 TTV 的
衣壳蛋白,高可变区的存在可能与逃避肌体的免疫
监视而长期在肌体内存在有关[11]。体外转录 /翻译
试验显示 ORF2 可以编码 3 个多肽链,ORF2a 含 49
个氨基酸,ORF2b 含 150 个氨基酸(相对分子质量
17 kD) ,ORF2ab 含 202 个氨基酸(相对分子质量
23 kD)[12],ORF2a存在于所有基因型中,ORF2b 多
变。近几年的研究证实,TTV 基因组在转录时通过
剪接形成 3 种 mRNA,其中 2. 9 - 3. 0 kb 的 mRNA
编码已报道的 ORF1 和 ORF2;而 1. 2 kb 和 1. 0 kb
的 mRNA通过 2 次剪接分别形成两个新的 ORF,即
ORF3 和 ORF4[13,14]。ORF3 编码的蛋白氨基酸序列
与 HCV的非结构蛋白 NS5A 相近,推测与 NS5A 的
功能相同,是磷酸化的病毒蛋白[15],目前对 4 个
ORFs编码蛋白的功能尚不十分清楚。
3 TTV的分群及分型
TTV是一个较大的病毒群。由于 TTV基因组的
高度变异性,目前根据其核苷酸序列将其分成不同的
基因群,进而分为不同的基因型。早期 Okamoto
等[16]提出根据 N22 区中的 222 nt 序列进行分型,将
序列差异大于 30%者分为不同的基因型(genotype)。
据此,1999年 Okamoto等将已发现的 TTV分为 16 个
基因型。Mushahwar[17]则依据 TTV 基因组序列将已
报道的 TTV分成 4 个基因群(genetic group)。之后,
Muliono等[18]以 ORF1全序列进行分型,将当时已知
序列的 TTV 分为 4 个基因群 23 个基因型。彭宜红
等[19]则依据在中国分离到的 TTV的全基因组序列分
出了第 5基因群,使得目前 TTV分为 5个群 34个型。
在上述 3种分群和分型方法中,依据 N22序列分型应
用比较广泛,但随着 TTV 分离株的增多和研究的深
入,已显现出它的局限性,而且依据 N22 序列设计的
PCR引物在对 TTV某些型的检测中也并不灵敏。由
于后两种方法分型结果一致,加之目前 DNA 测序已
相对简单,故采用ORF1全序列(约2. 2 kb)或 TTV基
因组全序列(约 3. 6 - 3. 8 kb)分型是比较适宜的方
法。最近有人认为可将其分为 13 个组,进而归为 A、
B、C和 D 4个大组[20]。随着人和动物体内新的 TTV
病毒株的发现以及对其基因组的深入了解,可能还会
有其他分型系统出现。
4 TTV的复制增殖
通过对 TTV基因组序列和结构的测定与分析,
可以肯定 TTV是人类第一个单股 DNA 病毒。而且
在血清和许多解剖组织中都可以检测到。那么,
TTV如何增殖、在体内增殖的部位和复制的形式又
是怎样的,日本学者 Okamoto 等在这方面的研究取
得了初步的成果。他们分别从 6 名感染 TTV 的人
员的外周血单核细胞(PBMCs)和骨髓细胞(BMCs)
中获得 TTV DNA,然后电泳分离。来自于 PBMCs
的 TTV DNA片段长约 2. 0 - 2. 5 kb,而来自于 BMCs
的 TTV DNA片段在 2. 0 - 2. 5 kb和 3. 3 - 6. 1 kb之
间。小片段 DNA 对 S1 核酸酶敏感,而大片段 DNA
不敏感。提示在 BMSc中有 TTV复制的双链中间体
存在,而在 PBMCs 中则没有[21]。同年,他们又报道
了对肝组织中 TTV的复制增殖的研究结果,表明来
自于肝组织中的 2. 0 - 2. 5 kb 的 TTV DNA 小片段
对 S1 核酸酶敏感,而对限制性内切酶不敏感,说明
它们是单链的 DNA片段。与之相应的是 3. 5 - 6. 1
kb的 DNA片段对 S1 核酸酶不敏感,对用 EcoR I酶
切后得到的 3. 7 - 4. 0 kb 的 DNA 片段的序列和结
构分析后显示,TTV以环形、双链复制中间体的形式
存在,这些结果提示出 TTV 在肝组织中的复制有
dsDNA阶段存在[22]。目前已在血清、骨髓及淋巴结
等 9 种组织中检测到 TTV 的复制中间体和 mRNA,
结果显示 TTV在不同的个体、不同的组织中的复制
96
生物技术通报 Biotechnology Bulletin 2011 年第 8 期
水平是不同的。有报道显示 TTV 在某些细胞中不
能复制增殖,可能有特定的允许细胞[23]。从目前的
文献看,关于 TTV的复制周期和复制机理尚不十分
清楚。
5 现存问题及展望
自从 TTV首次被发现到目前为止,对 TTV的分
子生物学研究已经取得了一系列成果。但是还有许
多问题值得进一步研究和探讨。这些问题包括:
(1)TTV的起源、进化、遗传与变异、分类及感染肌
体的分子机制如何; (2)TTV 的复制周期与机制;
(3)TTV基因组表达调控机制及 4 个 ORFs 所编码
的蛋白的功能;(4)至今尚未发现 TTV有致病性,如
果证实 TTV是体内的正常病毒群,是否可以改造为
有用的基因工程载体用于治疗目的。相信随着研究
的深入,以上问题都将得到解决。
参 考 文 献
[1]Okamoto H. History of discoveries and pathogenicity of TT viruses.
Curr Top Microbiol Immunol,2009,331:1-20.
[2]Mushahwar IK,Erker JC,Muerhoff AS,et al. Molecular and biophysi-
cal characterization of TT virus:evidence for a new virus family infec-
ting humans. Proc Natl Acad Sci USA,1999,96(6):3177-3182.
[3]Hijikata M,Takahashi K,Mishiro S,et al. Complete circular DNA
genome of a TT virus variant (isolate name SANBAN)and 44 par-
tial ORF2 sequences implicating a great degree of diversity beyond
genotypes. Virology,1999,260(1) :17-22.
[4]Miyata H,Tsunoda H,Kazi A,et al. Identification of a novel GC-
rich 113-nucleotide region to complete the circular,single-stranded
DNA genome of TT virus,the first human circovirus. J Virol,1999,
73(5) :3582-3586.
[5]Mayo MA. Changes to virus taxonomy 2004. Arch Virol,2005,150
(1) :189-198.
[6]Okamoto H,Nishizawa T,Ukita M,et al. The entire nucleotide se-
quence of a TT virus isolate from the United States (TUS01) :com-
parison with reported isolates and phylogenetic analysis. Virology,
1999,259(2) :437-448.
[7] Inami T,Obara T,Moriyama M,et al. Full-length nucleotide sequence
of a simian TT virus isolate obtained from a chimpanzee:evidence for a
new TT virus-like species. Virology,2000,277(2):330-305.
[8]Niel C,Diniz-Mendes L,Devalle S. Rolling-circle amplification of
Torque teno virus(TTV)complete genomes from human and swine se-
ra and identification of a novel swine TTV genogroup. J Gen Virol,
2005,86:1343-1347.
[9] Biagini P. Classification of TTV and related viruses (anellovirus-
es). Curr Top Microbiol Immunol,2009,331:21-33.
[10]Erker JC,Leary TP,Desai SM,et al. Analyses of TT virus full-length
genomic sequences. J Gen Virol,1999,80(Pt7):1743-1750.
[11]Nishizawa T,Okamoto H,Tsuda F,et al. Quasispecies of TT virus
(TTV)with sequence divergence in hypervariable regions of the
capsid protein in chronic TTV infection. J Virol,1999,73(11) :
9604-9608.
[12]Tanaka Y,Orito E,Ohno T,et al. Identification of a novel 23kDa
protein encoded by putative open reading frame 2 of TT virus
(TTV)genotype 1 different from the other genotypes. Arch Virol,
2000,145(7) :1385-1398.
[13]Kamahora T,Hino S,Miyata H. Three spliced mRNAs of TT virus
transcribed from a plasmid containing the entire genome in COS1
cells. J Virol,2000,74(21) :9980-9986.
[14]Okamoto H,Nishizawa T,Tawara A,et al. TT virus mRNA detec-
ted in the bone marrow cells from an infected individual. Biochem
Biophys Res Commun,2000,279(2) :700-707.
[15]Asabe S,Nishizawa T,Iwanari H,et al. Phosphorylation of serine-
rich protein encoded by open reading frame 3 of the TT virus ge-
nome. Biochem Biophys Res Commun,2001,286(2) :298-304.
[16]Okamoto H,Kato N,Iizuka H,et al. Distinct genotypes of a non-
enveloped DNA virus associated with posttransfusion non-A to G
hepatitis (TT virus)in plasma and peripheral blood mononuclear
cells. J Med Virol,1999,57(3) :252-258.
[17]Mushahwar IK. Recently discovered blood-borne viruses:are they
hepatitis viruses or merely endosymbionts?. J Med Virol,2000,62
(4) :399-404.
[18]Muljono DH,Nishizawa T,Tsuda F,et al. Molecular epidemiology
of TT virus (TTV)and characterization of two novel TTV genotype
in Indoniesia. Arch Virol,2001,146(7) :1249-1266.
[19] 彭`宜红,彭进,胡烈谱,等. 一种新的 TTV基因群全基因序列测
定及基因结构分析. 中华微生物学和免疫学杂志,2003,23
(4) :307-310.
[20] Irshad M,Joshi YK,Sharma Y,et al. Transfusion transmitted vi-
rus:A review on its molecular characteristics and role in medicine.
World J Gastro,2006,12(32) :5122-5134.
[21]Okamoto H,Takahashi M,Nishizawa T,et al. Replicative forms
of TT virus DNA in bone marrow cells. Biochem Biophys Res Com-
mun,2000,270(2) :657-662.
[22]Okamoto H,Ukita M,Nishizawa T,et al. Circular double-stran-
ded forms of TT virus DNA in the liver. J Virol,2000,74(11) :
5161-5167.
[23]Desai M,Pal R,Deshmukh R,et al. Replication of TT virus in
hepatocyte and leucocyte cell lines. J Med Virol,2005,77(1) :
136-43.
(责任编辑 马鑫)
07