全 文 :第 13卷第 1期
2015年 1月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol 13 No 1
Jan 2015
doi:10 3969 / j issn 1672-3678 2015 01 004
收稿日期:2013-06-22
基金项目:国家自然科学基金(21076105);国家重点基础研究发展计划(973 计划) (2009CB724701);国家高技术研究发展计划(863 计划)
(2011AA02A203);教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET⁃12⁃0732);江苏高校优势学科建设工程;江苏省高校自然科学研究项目
(11KJB530003)
作者简介:陈 旭(1988—),女,江苏连云港人,硕士研究生,研究方向:生物工程;姜 岷(联系人),教授,E⁃mail:bioengine@ njtech edu cn
共表达磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶和烟酸转磷酸
核糖激酶提高重组大肠杆菌发酵木糖产丁二酸
陈 旭,梁丽亚,刘嵘明,万 青,吴明科,姜 岷
(南京工业大学 生物与制药工程学院 材料化学工程国家重点实验室,江苏 南京 210009)
摘 要:野生型 E coli K12能够在厌氧条件下代谢木糖生长,但是丁二酸不是其主要的代谢终产物。 而在 E coli
BA203(ΔldhA,ΔpflB,Δppc)中,通过过量表达磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶(PCK),即 E coli BA204,使其能够在厌氧
条件下利用木糖发酵生产丁二酸。 为了进一步提高生物量及丁二酸的产量,通过过量表达烟酸转磷酸核糖激酶
(NAPRTase)提高 NAD(H)的生成,从而提高木糖代谢速率。 因此采用 2 种方法构建了共表达烟酸转磷酸核糖激
酶和磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶的基因工程菌,即 E coli BA208(BA203 / pTrc99a pncB pck)和 E coli BA209
(BA203 / pTrc99a pck trc pncB)。 通过实验发现:厌氧发酵 72 h,BA209消耗 16 7 g / L木糖,生成 15 8 g / L丁二
酸,乙酸含量有所降低,而丙酮酸的量几乎不变。 BA209中 NAD(H)总量和 ATP 含量较 BA208和 BA204都有明显
的提高。 这为考察 NAD(H)和 ATP 2种辅因子对重组大肠杆菌利用木糖合成丁二酸的影响提供了研究平台。
关键词:磷酸烯醇式丙酮酸羧化激酶;烟酸转磷酸核糖激酶;大肠杆菌;丁二酸;木糖
中图分类号:TQ921 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2015)01-0017-04
Enhancing succinate production from xylose by co⁃expression of
phosphoenolpyruvate carboxykinase and
nicotinic⁃acid phosphonbosyltransferase in recombinant Escherichia coli
CHEN Xu,LIANG Liya,LIU Rongming,WAN Qing,WU Mingke,JIANG Min
(State Key Laboratory of Materials⁃Oriented Chemical Engineering,College of Biotechnology and
Pharmaceutical Engineering,Nanjing Tech University,Nanjing 210009,China)
Abstract:Wild Escherichia coli K12 can use xylose to grow under anaerobic conditions,but succinate is not
the dominant fermentation product We overexpressed phosphoenolpyruvate carboxykinase (PCK) in E coli
BA203,a ldhA,pflB,and ppc deletion strain,named E coli BA204 The resultant strain could use xylose to
produce succinate under anaerobic conditions To further improve the biomass and succinate production,the
NAD ( H ) pool size was increased by overexpression of nicotinic acid phosphoribosyltransferase
(NAPRTase) As a result,xylose metabolic rate was accelerated In this case,two methods were used to
construct the recombinant strains,E coli BA208(BA203 / pTrc99a⁃pncB⁃pck) and E coli BA209(BA203 /
pTrc99a⁃pck⁃trc⁃pncB) by co⁃expression of PCK and NAPRTase After fermentation for 72 h,16 7 g / L of
xylose was consumed in BA209,producing 15 8 g / L succinate Moreover,lower amount of acetic acid was
detected,pyruvic acid was almost the same as that of the parent strain The total amount of NAD(H) and
ATP in BA209 were both increased significantly than those in BA208 and BA204.Our study provides the
possibility to consider the two factors of NAD(H) and ATP to improve succinate production from xylose
Keywords: phosphoenolpyruvate; carboxykinase; nicotinic acid phosphoribosyltransferase; Escherichia
coli;succinate;xylose
丁二酸,俗称琥珀酸,作为一种优秀的 C4 平台
化合物,可被广泛用于药物、精细化工产品以及可
生物降解聚合物的前体,美国能源部报告将丁二酸
列为未来 12 种最有潜力的生物基大宗化学品之
一[1]。 利用生物转化法转化可再生资源生产丁二
酸的过程中可固定大量的 CO2,有效减轻温室效应,
近年来受到了各国科研人员的关注[2]。 在众多的
丁二酸生产菌中,大肠杆菌具有培养条件简单、代
谢网络明确、易改造、易操作等特点,已成为生物法
合成丁二酸的研究热点[3-4]。
磷酸烯醇式丙酮酸 (PEP)转化成草酰乙酸
(OAA)是生成丁二酸的第一步,磷酸烯醇式丙酮酸羧
化酶(PPC)和磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶(PCK)均能
催化 PEP 到 OAA的反应,但是,由 PCK催化可以产
生能量 ATP,由 PPC 催化没有能量的产生[5]。
Millard等[6]研究发现,PCK只能在 PPC 缺陷的大肠
杆菌中才能提高丁二酸的产量。 大肠杆菌 K12厌氧
条件下能够利用木糖代谢生长,但是丁二酸不是其主
要的代谢产物,在厌氧发酵中,1 分子的木糖转化为
丁二酸需要消耗 2 67 个 ATP,但是整个发酵过程 1
分子木糖只能生成 1 67个 ATP,因此,重组大肠杆菌
无法利用木糖生产丁二酸的根本原因是 ATP 供给不
足。 Liu等[7]通过在 BA203(ΔldhA,ΔpflB,Δppc)菌株
中过量表达 PCK,增加 ATP 供给,使重组大肠杆菌在
厌氧条件下能够利用木糖发酵生产丁二酸。 Zhang
等[8]通过过量表达 PCK,提高 ATP 的得率,使之满足
菌株生长的需要,从而进一步促进丁二酸的生成。 图
1为 BA204利用木糖产丁二酸的代谢途径。
分析大肠杆菌中 NAD(H)的生物合成及分解
途径[9] 可 以 发 现, 烟 酸 转 磷 酸 核 糖 激 酶
(NAPRTase)是辅酶 NAD(H)补救合成途径的限速
酶[10],Berrios⁃Rivera 等[11]和 San 等[12]在研究辅因
子调控对大肠杆菌代谢流分布的影响过程中,通过
过量表达烟酸转磷酸核糖激酶使胞内 NAD(H)总
量提高了 41 7%。 刘嵘明等[13]通过在大肠杆菌中
表达烟酸转磷酸核糖激酶,恢复了菌株厌氧条件下
图 1 BA204利用木糖厌氧发酵产丁二酸
Fig 1 Anaerobic xylose metabolism by BA204
for succinate production
的生长能力,葡萄糖的代谢速率进一步提高。
本文在 BA204基础上,为了进一步提高生物量
及丁二酸的产量,构建了共表达 PCK 和 NAPRTase
的基因工程菌,采用 2 种不同的构建方案,构建了
E coli BA208(BA203 / pTrc99a pncB pck)和 E coli
BA209(BA203 / pTrc99a pck trc pncB),考察这 2
株菌株的发酵性能和产酸情况,进一步考察 NAD
(H)和 ATP 2种辅因子对重组大肠杆菌利用木糖合
成丁二酸的影响。
1 材料与方法
1 1 材料
1 1 1 菌株和质粒
E coli K12、BA203 及 BA204 由姜岷课题组实
验室自主保藏;质粒 pTrc99a 由邵蔚蓝教授惠赠;
81 生 物 加 工 过 程 第 13卷
pTrc99a pck由笔者所在实验室构建并保藏。
1 1 2 主要试剂
限制性内切酶、Pyrobest DNA聚合酶和 Solution
I快速连接酶均购自宝生物工程(大连)有限公司;
质粒小量快速提取试剂盒购自北京拜尔迪代理
Biomiga公司;基因组提取试剂盒购自北京天根生化
科技有限公司;琼脂糖凝胶 DNA回收试剂盒购自爱
思进生物技术(杭州)有限公司;氨苄青霉素购于上
海生工生物工程有限公司;酵母提取物和胰蛋白胨
购自 Oxoid公司;CO2气体购自南京三乐集团有限公
司气体供应中心;其他试剂均为国产分析纯。
1 1 3 引物
参照 pncB 基因序列(来源于 E coli K12 基因
组,登录号为 ECK3225)设计,由金斯瑞生物科技公
司合成。 扩增 pncB基因的引物为 P1(5′ CATGCC⁃
ATGGATGACACAATTCGCTTCTCCTGTT 3′) 和
P2(5′ CGAGCTCGAGCCGATTAGCTCCCTGATG
3′),加下划线的序列分别为限制性内切酶 NcoⅠ和
SacⅠ的酶切位点。 扩增带启动子 trc pncB 基因的
引物为 P3(5′ GCTCTAGATTGACAATTAATCATC⁃
CGGCTCG 3′)和 P4(5′ GCTCTAGAGGAGCCG⁃
ATTAGCTCCCTGATG 3′),加下划线的序列为
XbaⅠ限制性酶切位点。
1 1 4 培养基及培养条件
有氧培养基(LB培养基):蛋白胨 10 g / L,酵母
粉 10 g / L,NaCl 5 g / L;pH 7 0;氨苄青霉素的终质
量浓度为 100 μg / mL。
厌氧 30 mL血清瓶发酵用培养基:30 mL LB 液
体培养基,20 g / L木糖,添加 16 g / L碱式 MgCO3(加
入碱式 MgCO3 的目的是为了控制发酵过程中的
pH,且中和反应产生的 CO2,对于厌氧环境的维持
和有机酸的积累都是有利的[14] )。 添加终浓度为
1 0 mmol / L的烟酸(NA),抗生素添加量同有氧培
养,添加终浓度为 0 1 mmol / L 的诱导剂 IPTG 以诱
导表达 PCK和 NAPRTase。
1 2 方法
1 2 1 PCR扩增
以 E coli K12为模板,P1、P2为引物,进行 pncB
片段的扩增,反应条件:94 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s、
55 ℃ 45 s、72 ℃ 1 3 min,35个循环;72 ℃ 10 min。
同时,以 P3、P4为引物,进行 trc pncB片段的扩增,
反应条件:94 ℃ 5 min;94 ℃ 45 s、57 ℃ 45 s、72 ℃
1 3 min,35个循环;72 ℃ 10 min。 反应体系:上下
游引物 ( 50 pmol / μL) 各 1 μL;模板 DNA ( 100
ng / μL) 1 μL; l × 10 倍缓冲液 5 μL; dNTPs ( 10
mmol / L)4 μL;DNA 聚合酶 ( 2 5 U / μL) 0 5 μL;
ddH2O 37 5 μL,总体积 50 μL。
1 2 2 pTrc99a pncB pck质粒的构建
将纯化后的 pncB 基因片段以及质粒 pTrc99a
pck分别进行 NcoⅠ和 SacⅠ的双酶切反应,把双酶
切后得到的片段在 Solution Ⅰ快速连接酶的作用下
16℃连接 2 h,构建重组质粒 pTrc99a pncB pck并
转化于 E coli BA203 中。 构建流程如图 2 所示,将
其命名为菌株 E coli BA208。
图 2 pTrc99a pncB pck 表达载体的构建图谱
Fig 2 Construction of pTrc99a⁃pncB⁃pck expression vector
1 2 3 pTrc99a pck trc pncB质粒的构建
将纯化后的 trc pncB 基因片段以及质粒
pTrc99a pck进行 XbaⅠ单酶切反应,把单酶切后得
到的片段在 DNA连接酶的作用下 37 ℃连接过夜,
构建重组质粒 pTrc99a pck trc pncB 并转化于
E coli BA203中。 构建流程如图 3 所示将其命名为
菌株 E coli BA209。
1 2 4 重组菌 PCK和 NAPRTase的酶活测定
样品处理:超声破碎时间 3 s,间隙时间 5 s,总
工作时间 3 min,然后于 4 ℃、12 000 r / min 离心 15
min,取上清即粗酶液,进行 PCK 和 NAPRTase 酶活
分析。
总蛋白浓度测定参照 Bradford 法[15],以牛血清
白蛋白(BSA)为标准。
PCK酶活检测参照文献[7],NAPRTase 酶活检
测参照文献[16],均通过检测样品 340 nm 处吸光
91 第 1期 陈 旭等:共表达磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶和烟酸转磷酸核糖激酶提高重组大肠杆菌发酵木糖产丁二酸
图 3 pTrc99a pck trc pncB表达载体的构建图谱
Fig 3 Construction of pTrc99a⁃pck⁃trc⁃pncB
expression vector
值的变化,根据测定的标准曲线换算成底物浓度。
PCK酶活定义为: 1 min 内催化 1 μmol 的
NADH 转 化 为 NAD+ 所 需 要 的 酶 量 为 1 U。
NAPRTase酶活定义为:1 min内催化 1 mmol的烟酸
转化为烟酸单核苷酸所需要的酶量为 1 U。 比酶活
定义为每毫克蛋白含有的酶活(U / mg)。
1 2 5 培养方法
摇瓶的有氧培养:把保存于-80 ℃的菌株涂布
在加有相应抗生素的平板上进行菌种的活化,挑取
单菌落到 5 mL LB试管中,并置于 37 ℃,200 r / min
培养 10 h,然后按 1%接种量接种到含有 50 mL LB
培养基的 500 mL 的摇瓶中,37 ℃、200 r / min,好氧
培养 6 h。
厌氧血清瓶发酵:转接 3 mL(10%)的有氧培养
菌液到装有 30 mL LB 的血清瓶中,加入终浓度为
20 g / L 的木糖、16 g / L 碱式 MgCO3 以保持 pH 在
6 8 左右,加入终浓度为 0 1 mmol / L的 IPTG和 1 0
mmol / L NA,通入过滤除菌后的 CO2气体 2 min,保
证血清瓶中为厌氧环境,30 ℃、170 r / min 厌氧发
酵,发酵周期 72 h。
1 2 6 分析方法
细胞干质量(DCW,g / L)由 DCW 与 OD600测定
的标准曲线换算得到,换算公式为 DCW = 0 4 ×
OD600。 培养基中的木糖、有机酸用高效液相色谱法
(HPLC)检测,木糖使用模型 RI101 折射率检测器
(Shodex,USA)和 Aminex HPX 87H(7 8 mm×300
mm)的离子交换层析柱(Bio⁃Rad,USA)在波长 215
nm处测定。 有机酸色谱柱为 Prevail Organic Acid,
流动相为 25 mmol / L KH2 PO4( pH 2 5),流速 1 0
mL / min,紫外检测波长 215 nm。 产物中的辅酶
NADH与 NAD+浓度的测定参照文献[17]。 ATP 的
检测采用 BacTiter GloTM微生物细胞活性检测。
2 结果与讨论
2 1 重组菌株 BA208和 BA209的构建
将构建好的菌株 BA208 涂布于含氨苄青霉素
平板后挑选抗性克隆,提取质粒后进行 SacⅠ单酶
切鉴定,结果见图 4。 由图 4 可知:单酶切鉴定的条
带大小为7 036 bp,与预期的大小一致,并经测序后
目的基因序列与公布的序列 100%匹配。
M—标准 DNA;1—重组质粒 pTrc99a pncB pck SacⅠ
单酶切产物(7 036 bp);2,4—重组质粒 pTrc99a pck trc
pncB SacⅠ单酶切产物(7 110 bp);3—重组质粒 pTrc99a pck
trc pncB EcoRⅤ单酶切正连产物(3 762和 3 348 bp);
5—重组质粒 pTrc99a pck trc pncB EcoRⅤ
单酶切反连产物(4 679和 2 431 bp)
图 4 质粒 pTrc99a pncB pck和质粒 pTrc99a pck
trc pncB的酶切鉴定
Fig 4 Identification of pTrc99a pncB pck and
pTrc99a pck trc pncB restriction
endonuclease digestion
同样,将构建好的菌株 BA209 涂布于含氨苄青
霉素平板后挑选抗性克隆,提取质粒后进行 SacⅠ
单酶切及 EcoRⅤ的双酶切鉴定结果见图 4。 由图 4
可知:首先进行 SacⅠ单酶切,总长为 7 110 bp,说明
目的基因 trc pncB 已成功插入质粒中。 然后用
EcoRⅤ进行双酶切,检查带质粒的片段连接方向是
否正确,正方向连接的大小分别为 3 762 和 3 348
02 生 物 加 工 过 程 第 13卷
bp,反方向连接的大小分别为 4 679和 2 431 bp。 选
取正方向连接的重组质粒经测序后目的基因序列
与公布的序列 100%匹配。
2 2 重组菌株的诱导表达
按 2%的接种量转接菌液于摇瓶中,37 ℃、200
r / min摇床培养,当菌体 OD600约 0 6左右,加入 IPTG
至终浓度为 0 1 mmol / L, NA 至终浓度为 1 0
mmol / L,接着放置于 30 ℃、170 r / min 的摇床中有氧
诱导。 8 h后,对 BA208、BA209和对照菌株 BA204进
行相应的粗酶液酶活测定,结果如表 1所示。
由表 1 得知,重组菌 BA208 和 BA209 的 PCK
和 NAPRTase的酶活均提高了,PCK 比酶活分别为
1 52 和 1 81 U / mg。 NAPRTase 的酶活分别为
12 83和 23 76 U / mg,分别比 BA204 高了 14 1 和
27 9 倍,表明在 IPTG 和 NA 的诱导下, PCK 和
NAPRTase均表达良好。
表 1 各菌株的 PCK和 NAPRTase酶活
Table 1 Specific activities of PCK and NAPRTase
in crude extracts of the strains
菌株 PCK比酶活 /(U·mg-1)
NAPRTase比酶活 /
(U·mg-1)
BA204 0 47±0 04 0 85±0 02
BA208 1 52±0 05 12 83±0 14
BA209 1 81±0 06 23 76±0 12
2 3 厌氧血清瓶发酵
按 10%的接种量转接有氧培养菌液于厌氧血
清瓶中,使初始的 OD600值为 0 6,添加终浓度为 0 1
mmol / L 的 IPTG 和 1 0 mmol / L 的 NA,然后置于
30 ℃、170 r / min 摇床中培养。 厌氧发酵 72 h 后测
定 OD600、残糖和丁二酸的浓度及辅酶 NAD
+、NADH
和 ATP 的含量,结果如表 2和表 3所示。
表 2 厌氧血清瓶发酵 72 h结果
Table 2 Results of the anaerobic fermentation in sealed bottles for 72 h
g / L
菌株 ρ(DCW) ρ(木糖) ρ(丁二酸) ρ(乙酸) ρ(丙酮酸)
BA204 2 48±0 02 12 8±0 1 11 0±0 1 0 7±0 2 0 3±0 2
BA208 2 15±0 02 13 9±0 2 13 8±0 3 0 2±0 1 0 3±0 1
BA209 2 53±0 03 16 7±0 3 15 8±0 1 0 1±0 1 0 3±0 1
表 3 对照菌与重组菌的 PCK和 NAPRTase比酶活,NADH、NAD+、NAD(H)和 ATP含量及 NADH / NAD+的比例
Table 3 Specific activities of PCK and NAPRTase,the amount of NADH,NAD+,NAD(H),ATP,and the
ratio of NADH / NAD+ in the control strain and the recombinant strains
菌株 PCK比酶活 /(U·mg-1)
NAPRTase比酶活 /
(U·mg-1)
ATP 含量 /
(nmol·g-1)
NAD+含量 /
(μmol·g-1)
NADH含量 /
(μmol·g-1)
NAD(H)含量 /
(μmol·g-1)
n(NADH) /
n(NAD+)
BA204 1 45±0 05 2 35±0 14 145±5 8 06±0 15 2 04±0 06 10 11±0 12 0 25±0 02
BA208 1 62±0 04 20 83±0 14 198±6 11 54±0 15 2 15±0 04 13 69±0 14 0 19±0 01
BA209 1 73±0 04 26 83±0 13 236±5 18 67±0 14 2 24±0 04 20 91±0 15 0 12±0 01
由表 2、表 3 可知:重组菌 BA208 和 BA209 的
NAPRTase的酶活分别是 BA204 的 8 9 和 11 4 倍,
NAD(H)的总浓度较 BA204 分别提高了 35%和
100%,NADH / NAD+从 0 25降低到 0 19和 0 12,同
时,BA208 和 BA209 的丁二酸产量分别为 13 8 和
15 8 g / L,明显高于对照菌株 BA204,副产物特别是
乙酸的产量与 BA204相比有所降低。 因此,在高产
丁二酸大肠杆菌基因工程菌的过程中,辅酶系统
NAD(H)的量是确保重组大肠杆菌细胞生长及高产
丁二酸的重要因素之一。 此外,由于高浓度的
NAD(H)加快了底物消耗,ATP 的合成速率也进一
步提高,而充足的 ATP 供应可有利于 NAD 的合成,
从而促进丁二酸的生成。 因此,NAPRTase 和 PCK
的共表达更有利于丁二酸的合成。 相较于 BA208,
BA209 多启动子表达,进一步提高了 NAPRTase 和
PCK的表达效果,进而提高了 NAD(H)和 ATP 的供
给,满足代谢中 NAD(H)和 ATP 的需求,最终大大
提高了细胞生长和丁二酸的产量。 本文构建的菌
12 第 1期 陈 旭等:共表达磷酸烯醇式丙酮酸羧激酶和烟酸转磷酸核糖激酶提高重组大肠杆菌发酵木糖产丁二酸
株是在辅酶补救途径过量表达烟酸转磷酸核糖激
酶来提高 NAD(H)的总量,并且和磷酸烯醇式丙酮
酸羧化激酶共表达,为重组大肠杆菌产丁二酸提供
新的思路。
3 结论
以自主构建的大肠杆菌 BA203 (ΔpflB,ΔldhA,
Δppc)为出发菌株,共表达了磷酸烯醇式丙酮酸羧
化激酶和烟酸转磷酸核糖激酶,pck 基因的过量表
达使该菌株能有效地利用木糖,满足木糖代谢 ATP
的供给。 pncB基因的过量表达,提高了代谢中 NAD
(H)的总量。 同时,NAD(H)生物合成途径也需要
ATP 的参与,基因 pck 的过量表达也满足了辅酶合
成途径中 ATP 的供应,即构建了菌株 BA208 和
BA209。 BA209在重组质粒构建上比 BA208多 1个
启动子,这样基因 pck 和 pncB 各由 1 个启动子操
纵,大大提高了基因的表达效果。 由发酵结果可
知,BA209的细胞生长和产酸能力均高于 BA208 和
BA204,特别是 NAPRTase和 PCK的酶活明显提高,
使 NAD(H)的总量和 ATP 得到提高,使代谢流向更
有利于还原性三羧酸循环方向,从而提高丁二酸产
量。 另一方面,BA209 菌株的构建进一步强调了
NAD(H)的总量和 ATP 含量是重组大肠杆菌厌氧
生产还原性末端产物的重要因素。 通过辅酶与能
量系统的耦合对提高细胞生长和丁二酸产量具有
重要的意义。
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(责任编辑 荀志金)
22 生 物 加 工 过 程 第 13卷