全 文 ：第 ３６ 卷第 １３ 期
２０１６年 ７月
生 态 学 报
ＡＣＴＡ ＥＣＯＬＯＧＩＣＡ ＳＩＮＩＣＡ
Ｖｏｌ．３６，Ｎｏ．１３
Ｊｕｌ．，２０１６
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
基金项目：国家自然科学基金资助项目（４１０９０２８１， ４１３２２００７， ４１２０３０５３）
收稿日期：２０１４⁃１１⁃０７； 　 　 网络出版日期：２０１５⁃１０⁃３０
∗通讯作者 Ｃｏｒｒｅｓｐｏｎｄｉｎｇ ａｕｔｈｏｒ．Ｅ⁃ｍａｉｌ： ｚｈａｎｇｌｍ＠ ｒｃｅｅｓ．ａｃ．ｃｎ
ＤＯＩ： １０．５８４６ ／ ｓｔｘｂ２０１４１１０７２２０９
白刃，贺纪正，沈菊培，陈新，张丽梅．厌氧铵氧化过程中关键酶及相关分子标记在生态学研究中的应用进展．生态学报，２０１６，３６（１３）：３８７１⁃３８８１．
Ｂａｉ Ｒ， Ｈｅ Ｊ Ｚ， Ｓｈｅｎ Ｊ Ｐ， Ｃｈｅｎ Ｘ， Ｚｈａｎｇ Ｌ Ｍ．Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ ａｎｄ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｆｅｒｅｎｃｅｓ ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ｒｅｌａｔｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒｓ．Ａｃｔａ Ｅｃｏｌｏｇｉｃａ Ｓｉｎｉｃａ，２０１６，３６（１３）：３８７１⁃３８８１．
厌氧铵氧化过程中关键酶及相关分子标记在生态学研
究中的应用进展
白　 刃１，３，贺纪正１，沈菊培１，陈　 新２，张丽梅１，∗
１ 中国科学院生态环境研究中心，城市与区域生态国家重点实验室，北京　 １０００８５
２ 中国科学院大气物理研究所，大气边界层物理和大气化学国家重点实验室，北京　 １０００２９
３ 中国科学院大学，北京　 １０００４９
摘要：厌氧铵氧化是由微生物介导的氮素循环过程中的重要途径之一。 近 ２０年来，通过对厌氧铵氧化细菌生态学、基因组学和
生理代谢特性的探索，人们对其微生物学机制已经有了较多的认识：厌氧铵氧化细菌通过亚硝酸盐还原酶将亚硝酸根离子还原
为一氧化氮，进而与铵离子结合在联氨合成酶的作用下生成联氨，最后通过联氨氧化酶的催化产生终产物氮气。 同时，对参与
这些过程的关键酶及其功能基因的认识有助于选择新的分子标记，从而为研究厌氧铵氧化细菌的多样性和分子生态学特征提
供新的工具，以弥补 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因特异性相对较低且难以与生态功能关联等方面的不足。 对目前已知的参与厌氧铵氧化过程
的 ３种关键酶的研究历程和现状进行了评述，并总结了利用 ３种功能基因进行厌氧铵氧化细菌生态学研究的最新进展。
关键词：厌氧铵氧化作用；氮循环；酶；多样性
Ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｔｈｅ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ ａｎｄ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｉｎｆｅｒｅｎｃｅｓ
ｄｅｒｉｖｅｄ ｆｒｏｍ ｒｅｌａｔｅｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ
ＢＡＩ Ｒｅｎ１，３， ＨＥ Ｊｉｚｈｅｎｇ１， ＳＨＥＮ Ｊｕｐｅｉ１， ＣＨＥＮ Ｘｉｎ２， ＺＨＡＮＧ Ｌｉｍｅｉ１，∗
１ Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ ｏｆ Ｕｒｂａｎ ａｎｄ Ｒｅｇｉｏｎａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ， Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００８５， Ｃｈｉｎａ
２ Ｓｔａｔｅ Ｋｅｙ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｔｙ ｏｆ Ａｔｏｍｏｓｐｈｅｒｉｃ Ｂｏｕｎｄａｒｙ Ｌａｙｅｒ Ｐｈｙｓｉｃｓ ａｎｄ Ａｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ ｏｆ Ａｔｏｍｓｐｈｅｒｉｃ Ｐｈｙｓｉｃｓ， Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ，
Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００２９， Ｃｈｉｎａ
３ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ Ｃｈｉｎｅｓｅ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ， Ｂｅｉｊｉｎｇ １０００４９， Ｃｈｉｎａ
Ａｂｓｔｒａｃｔ： Ａｎａｍｍｏｘ （ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ） ｉｓ ａ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ⁃ｍｅｄｉａｔｅｄ ｐａｔｈｗａｙ ｔｈａｔ ｐｌａｙｓ ａｎ ｅｓｓｅｎｔｉａｌ ｒｏｌｅ ｉｎ
ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｃｙｃｌｉｎｇ． Ｏｖｅｒ ｔｈｅ ｐａｓｔ ｔｗｅｎｔｙ ｙｅａｒｓ， ｔｈｅ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｓｔｉｃｓ ｏｆ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ ａｎｄ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ｈａｖｅ ｂｅｅｎ
ｄｅｔｅｒｍｉｎｅｄ ｂｙ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ， ｐｈｙｓｉｏｌｏｇｉｃａｌ， ａｎｄ ｇｅｎｏｍｉｃ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎｓ． Ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｏｘｉｄｉｚｅ ｎｉｔｒｉｔｅ ｔｏ ｎｉｔｒｉｃ ｏｘｉｄｅ ｖｉａ
ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ， ａｆｔｅｒ ｗｈｉｃｈ ｔｈｅ ｎｉｔｒｉｃ ｏｘｉｄｅ ｆｕｒｔｈｅｒ ｃｏｍｂｉｎｅｓ ｗｉｔｈ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｔｏ ｓｙｎｔｈｅｓｉｚｅ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ， ｗｈｉｃｈ ｉｓ ｃａｔａｌｙｚｅｄ
ｂｙ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄａｓｅ ｔｏ ｐｒｏｄｕｃｅ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｇａｓ． Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｓ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ ｈａｖｅ ｐｒｏｖｉｄｅｄ
ｎｅｗ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｔｕｄｉｅｓ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ， ａｎｄ ａｒｅ ｐｏｔｅｎｔｉａｌｌｙ ｓｕｐｅｒｉｏｒ ｔｏ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｌｉｎｋｉｎｇ
ａｎａｍｍｏｘ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｔｏ ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ． Ｉｎ ｔｈｉｓ ｒｅｖｉｅｗ， ｒｅｓｅａｒｃｈ ｏｎ ｔｈｅ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ ｉｓ
ｉｎｔｒｏｄｕｃｅｄ， ａｎｄ ｍａｊｏｒ ａｄｖａｎｃｅｓ ｉｎ ｔｈｅ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｃｏｌｏｇｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ａｒｅ ｓｕｍｍａｒｉｚｅｄ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅ
ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｉｏｎｓ．
Ｋｅｙ Ｗｏｒｄｓ： ａｎａｍｍｏｘ； ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｃｙｃｌｉｎｇ； ｅｎｚｙｍｅ； ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
图 １　 厌氧铵氧化的主要过程［１］
Ｆｉｇ．１　 Ｍａｉｎ ｐａｔｈｗａｙｓ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ［１］
　 ｄ：距离； ＮｉｒＳ：亚硝酸还原酶 ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ；ＨＺＳ：联氨合成酶
ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ；ＨＺＯ：联氨氧化酶 ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄａｓｅ；ｂｃ１：细胞色
素 ｂｃ１复合物 ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｂｃ１ｃｏｍｐｌｅｘ
厌 氧 铵 氧 化 （ Ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ，
ａｎａｍｍｏｘ）作用是铵离子（ＮＨ＋４）与亚硝酸根离子（ＮＯ
－
２ ）
在厌氧条件下结合，以联氨（Ｎ２Ｈ４）为催化中间体，生成
氮气和水的过程（图 １） ［１］。 在生态系统氮循环中，厌氧
铵氧化是发现较晚的由微生物介导的含氮化合物的转
化过程。 早在 ２０世纪 ７０年代，奥地利科学家 Ｅ． Ｂｒｏｄａ
就已经从热力学的角度推测出发生厌氧铵氧化反应过
程的可能性，但直到 １９９５ 年 Ｍｕｌｄｅｒ 等才真正通过稳定
同位素标记的手段证实了这一过程的存在。 他们通过
向厌氧生物反应器中加入底物１４ＮＯ－３ 与１５ＮＨ
＋
４ 进行培
养，证实了该过程的反应终产物主要为２９Ｎ２ ［２］。 随后的
更多研究表明，厌氧铵氧化过程不仅在含氮废水的脱氮
处理中起着重要作用［３］，同时还是自然生态系统氮损失的重要途径之一。 例如在黑海和 Ｇｕｌｆｏ Ｄｕｌｃｅ 等海域，
通过厌氧铵氧化过程产生 Ｎ２导致的氮损失可占全部氮损失的 ２０％—４０％［４⁃５］。
目前已知的厌氧铵氧化细菌主要包括 ５ 个属 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｒｏｃａｄｉａ， Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｋｕｅｎｅｎｉａ， Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ
Ｓｃａｌｉｎｄｕａ， Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｊｅｔｔｅｎｉａ和 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ［４⁃５］均属于浮霉菌门（Ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅｓ）。 由于厌氧
铵氧化细菌难以培养，目前仅能获得其富集培养物。 对其多样性及分布特征的研究主要是通过对环境样品中
１６Ｓ ｒＲＮＡ基因序列的分析展开的。 大量基于 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因的调查表明，厌氧化铵氧化细菌广泛分布于海
洋、沉积物、淡水湖泊以及土壤生态系统中［６⁃８］。 然而，由于目前厌氧铵氧化细菌 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因的 ＰＣＲ 引物
相对较低的特异性，及该基因与微生物功能活性相对较弱的关联性等因素，限制了对厌氧铵氧化细菌多样性
及生态学功能的进一步研究。 近年来，随着对几个富集培养物的基因组学分析和酶学机制研究，及对参与厌
氧铵氧化过程关键功能的酶如亚硝酸盐还原酶（Ｎｉｒ），联氨合成酶（ＨＺＳ）和联氨氧化酶（ＨＺＯ）及其编码基因
的发现和揭示，使人们对于厌氧铵氧化过程的微生物代谢及遗传机制也有了更深的认识，从而使相关功能基
因也逐步被作为厌氧铵氧化微生物的特异性标记并用于其多样性和生态学的研究中（表 １）。
表 １　 厌氧铵氧化过程中关键酶的主要研究进展
Ｔａｂｌｅ １　 Ｒｅｓｅａｒｃｈ ｐｒｏｇｒｅｓｓ ｏｆ ｋｅｙ ｅｎｚｙｍｅｓ ｉｎ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ
酶的名称
Ｅｎｚｙｍｅｓ
功能
Ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ
已进行宏基因组研究的菌种
Ｓｔｒａｉｎｓ ｗｉｔｈ ｗｈｏｌｅ ｇｅｎｏｍｅｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅｄ
已验证酶活性的菌种
Ｓｔｒａｉｎｓ ｗｉｔｈ ｔｈｅｉｒ
ｅｎｚｙｍａｔｉｃ ｆｕｎｃｔｉｏｎｓ
ｓｔｕｄｉｅｄ
相关分子标记
Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ
ｍａｒｋｅｒｓ
参考文献
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ
亚硝酸盐还原酶
Ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ，
ＮｉｒＳ
ＮＯ－２ 的还原
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｋｕｅｎｅｎｉａ ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｐｒｏｆｕｎｄａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ （未检测到）
Ｎ ／ Ａ ｎｉｒＳ ［９⁃１１］
亚硝酸盐还原酶
Ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ，
ＮｉｒＫ
ＮＯ－２ 的还原
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｊｅｔｔｅｎｉａ ａｓｉａｔｉｃａ
ＫＳＵ⁃１ ＫＳＵ⁃１ Ｎ ／ Ａ ［１２⁃１４］
联氨合成酶
Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｈｙｄｒｏｌａｓｅ，
ＨＺＳ
Ｎ２Ｈ４的合成
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｋｕｅｎｅｎｉａ ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｐｒｏｆｕｎｄａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｊｅｔｔｅｎｉａ ａｓｉａｔｉｃａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ
Ｋｕｅｎｅｎｉａ
ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ
ｈｚｓＡ和 ｈｚｓＢ ［１２，１４⁃１５］
羟氨氧化酶 ／联氨
氧化酶 Ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｅ
ｏｘｉｄａｓｅ， ＨＡＯ ／
Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｓｙｎｔｈａｓｅ，
ＨＺＯ
ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４
的氧化
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｋｕｅｎｅｎｉａ ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｐｒｏｆｕｎｄａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｊｅｔｔｅｎｉａ ａｓｉａｔｉｃａ
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ
ＫＳＵ⁃１
ＮＨ２ＯＨ ／ Ｎ２Ｈ４：
Ｎ２Ｈ４：
ＫＳＵ⁃１
Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ
Ｂｒｏｃａｄｉａ
ａｎａｍｍｏｘｉｄａｎｓ
ＫＳＵ⁃１
ｈｚｏＡ ／ ｈｚｏＢ ［１６⁃１８］
２７８３ 　 生　 态　 学　 报　 　 　 ３６卷　
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本文将就厌氧铵氧化过程中的几种关键酶的主要研究进展，以及各相关分子标记在生态学研究中的应用
进行综合评述。 以期通过对厌氧铵氧化细菌研究的进展进行追踪，为微生物生态学研究以及相关技术的研发
提供有价值的信息。
１　 参与厌氧铵氧化过程的关键酶
厌氧铵氧化作用（ＮＨ＋４ ＋ ＮＯ
－
２ ＝ Ｎ２＋ ２Ｈ２Ｏ）包括 ３个主要反应步骤，在 ３种酶的催化作用下完成。 首先是
ＮＯ－２ 在亚硝酸盐还原酶的作用下还原成 ＮＯ，随后 ＮＯ和 ＮＨ
＋
４ 在联氨合成酶的作用下生成联氨（Ｎ２Ｈ４），最终
联氨在联氨氧化酶的催化下进一步被氧化成 Ｎ２和 Ｈ２Ｏ。 在 Ｎ２Ｈ４氧化为 Ｎ２的过程中，细胞将电子转移到细胞
色素 ｂｃ１复合物形成质子动力势以获得能量（图 １）。 以下分别就这些关键酶进行介绍。
１．１　 亚硝酸盐还原酶（Ｎｉｒ）
亚硝酸盐还原酶（Ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ， Ｎｉｒ）介导 ＮＯ－２ 还原为 ＮＯ 的过程。 多数反硝化微生物中都含有
Ｎｉｒ［１９］。 Ｎｉｒ分为含铁的细胞色素 ｃｄ１亚硝酸还原酶（ＮｉｒＳ）和含铜的亚硝酸还原酶（ＮｉｒＫ）两种［２０］。 虽然负责
催化相同的生化过程，但从系统发育关系上看这两种酶具有不同的演化历史。 编码 ＮｉｒＳ 和 ＮｉｒＫ 的基因作为
分子标记，一直被广泛应用于反硝化微生物的生态学研究。 直到 ２００６ 年，对厌氧铵氧化细菌 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ
Ｋｕｅｎｅｎｉａ ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ（Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ）的全基因组信息分析才发现厌氧铵氧化细菌也含有 ｎｉｒＳ 基因，并且
推断 ＮＯ是厌氧铵氧化过程的重要中间产物之一［１０］。 而在这之前，人们认为厌氧铵氧化细菌是直接将 ＮＯ－２
还原为羟氨（ＮＨ２ＯＨ）的，而没有 ＮＯ这一中间产物产生［１７］。 ２０１１年，Ｋａｒｔａｌ等发现当向 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ 的培
养体系中添加 ＮＯ清除剂 ＰＴＩＯ时，厌氧铵氧化过程会立即受到明显地抑制。 同时用荧光探针 ＤＡＦ２⁃ＤＡ进行
检测，未加 ＰＴＩＯ的培养体系中 ＮＯ与 ＤＡＦ２⁃ＤＡ反应产生荧光信号，而加 ＰＴＩＯ的培养体系中则无荧光产生，
证实了厌氧铵氧化过程中存在 ＮＯ中间产物［２１］。
但更进一步的研究发现，不同类群厌氧铵氧化细菌的亚硝酸盐还原途径可能存在明显差异。 比如，虽然
能够在 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ中检测到 ｎｉｒＳ基因，但该基因的 ｍＲＮＡ表达水平很低，并且在其蛋白质组氨基酸序列
中几乎检测不到 ＮｉｒＳ［９］；与此相反，在 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｐｒｏｆｕｎｄａ（Ｓ． ｐｒｏｆｕｎｄａ）的基因组中，ｎｉｒＳ 是丰度最
高的蛋白编码基因之一［１１］；但在与 Ｊｅｔｔｅｎｉａ 属有着较高同源性的菌种 ＫＳＵ⁃ １中，只发现了 ｎｉｒＫ 基因，而没有
检测到 ｎｉｒＳ基因［１３］。 与此类似，在 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ（Ｂ． ｆｕｌｇｉｄａ）和 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｊｅｔｔｅｎｉａ ａｓｉａｔｉｃａ（ Ｊ．
ａｓｉａｔｉｃａ）的宏基因组序列中同样没有检测到与 ＮｉｒＳ 相关的基因，并且仅在后者的基因组中发现了 ｎｉｒＫ 基
因［１２，１４］。 Ｋａｒｔａｌ等还猜测一些厌氧铵氧化细菌可能含有催化 ＮＯ生成的其他同工酶，如对 ＮＨ２ＯＨ 和 Ｎ２Ｈ４具
有氧化功能的类羟氨氧化酶是可能的蛋白之一［９］。
１．２　 联氨合成酶（ＨＺＳ）
厌氧铵氧化反应的第二步是 ＮＯ的还原及与 ＮＨ＋４ 结合生成 Ｎ２Ｈ４的过程。 Ｎ２Ｈ４是目前已知的微生物中
一种极罕见的代谢中间产物。 尽管 Ｎ２Ｈ４早已被确定为厌氧铵氧化反应的中间产物之一，基因组也显示有一
种酶可能参与了这个反应过程［１０］，但其中的确切机制在很长一段时间内都未明确。 早期的一些报导都提出
这个过程可能是由联氨水解酶（Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｈｙｄｒｏｌａｓｅ， ＨＨ）催化完成的［２２⁃２５］，但目前除了来自对基因组序列分
析预测的结论外，并没有针对 ＨＨ的活性及结构的研究报导。
最新的研究结果则显示 Ｎ２Ｈ４的形成实际上是通过厌氧铵氧化细菌所特有的联氨合成酶（Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ
ｓｙｎｔｈａｓｅ， ＨＺＳ）的作用实现的［１５］。 Ｋａｒｔａｌ等通过直接将 ＮＯ 与 ＮＨ＋４ 作为 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ 的底物进行厌氧培
养，随之产生一定浓度的 Ｎ２Ｈ４，证明了该产物是通过 ＮＯ 所生成的。 同时，他们还从该培养体系中成功分离
到一种大约为 ２４０ ｋＤａ 的蛋白，该蛋白由通过基因组信息推测出的与 Ｎ２ Ｈ４形成关系密切的基因簇
ｋｕｓｔｅ２８５９—２８６１ （后分别命名为 ｈｚｓＣ， ｈｚｓＢ和 ｈｚｓＡ）所编码，命名为 ＨＺＳ。 他们还将分离纯化出的 ＨＺＳ 和类
联氨氧化酶与 ＮＨ＋４ 和 ＮＯ直接进行反应，发现 ＨＺＳ能催化生成 Ｎ２Ｈ４，然后类联氨氧化酶再将 Ｎ２Ｈ４氧化为终
产物 Ｎ２；而在无 ＨＺＳ的情况下，类联氨氧化酶则无法独立完成相应的反应过程［１５］。
３７８３　 １３期 　 　 　 白刃　 等：厌氧铵氧化过程中关键酶及相关分子标记在生态学研究中的应用进展 　
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在基因簇 ｋｕｓｔｅ２８５９—２８６１编码的蛋白中，ｋｕｓｔｅ２８５９全部为 β螺旋结构，为 ＨＺＳ 的催化位点提供了一个
刚性平台。 ｋｕｓｔｅ２８６０含有两个 ｃ型细胞色素，推测其可能是催化反应的活性中心。 ｋｕｓｔｅ２８６１ 蛋白的 Ｎ⁃末端
和 Ｃ⁃末端分别由 β螺旋和两个 ｃ型细胞色素组成［９］。 后来在 Ｂ． ｆｕｌｇｉｄａ［１２］和 Ｊ． ａｓｉａｔｉｃａ［１４］的基因组中也检测
到与 ｋｕｓｔｅ２８５９—２８６１高度相似的基因簇。 在 Ｓ． ｐｒｏｆｕｎｄａ细胞内则发现了 ｋｕｓｔｅ２８５９—２８６１ 基因簇的直系同
源基因，其中与 ｋｕｓｔｅ２８６１对应的部分被命名为 ｓｃａｌ０１３１８，而与 ｋｕｓｔｅ２８５９ 和 ２８６０ 对应的部分则融合为一个
整体并称为 ｓｃａｌ０００２５［１１］。 从遗传距离上看，ＨＺＳ与细胞色素 ｃ过氧化物酶及色氨酸⁃色胺酰胺（ＴＴＱ，一种微
生物的甲胺催化辅因子）生物合成酶有着较近的亲缘关系［９］。
１．３　 联氨氧化酶（ＨＺＯ）
联氨氧化酶（Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄａｓｅ， ＨＺＯ）的发现和功能的确定也经历了一个曲折且复杂的过程。 １９９７ 年，
ｖａｎ ｄｅ Ｇｒａａｆ等利用１５Ｎ同位素标记的方法证实了 ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４是厌氧铵氧化过程的中间产物，同时预测应
该存在对 ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４具有氧化活性的酶［１７］。 由于与好氧氨氧化微生物中的羟氨氧化酶（Ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｅ
ｏｘｉｄａｓｅ， ＨＡＯ）有着相近的功能、结构及编码基因的序列和位置，厌氧铵氧化细菌的 ＨＺＯ 在一段时间内曾被
认为与好氧氨氧化过程中的 ＨＡＯ是等同的［１６］，并在当时的文献中多被直接称为 ＨＡＯ或类 ＨＡＯ蛋白（ＨＡＯ⁃
ｌｉｋｅ ｐｒｏｔｅｉｎ）。
１９９８年，Ｓｃｈａｌｋ等发现厌氧铵氧化生物反应器中的菌群对 Ｎ２Ｈ４具有转化能力，但单独以 Ｎ２Ｈ４为底物培
养时厌氧铵氧化细菌无法生存［２６］。 他们后来又于 ２０００年在 Ｂ． ａｎａｍｍｏｘｉｄａｎｓ的富集培养体系中分离纯化出
一种同时具有 ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４氧化活性的酶。 该酶为三聚体，分子量 １８３ ｋＤａ，含有 ２６ 个血红素。 由于该种
酶具有更强的 ＮＨ２ＯＨ氧化能力，且与 ＨＡＯ有十分相似的活性特征，Ｓｃｈａｌｋ等将其归为 ＨＡＯ［２７］。 但从氨基酸
序列上看，该酶与真正的 ＨＡＯ存在着明显差异［２８］。 Ｓｔｒｏｕｓ等通过对 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ基因组序列的分析，同样
认为厌氧铵氧化过程的 ＨＡＯ 可能具有催化联氨氧化生成氮气的功能，并在该基因组中发现了 １０ 个与类
ＨＡＯ蛋白相关的基因［１０］。 人们随后从 Ｓ． ｐｒｏｆｕｎｄａ［１１］、 Ｂ． ｆｕｌｇｉｄａ［１２］和 Ｊ． ａｓｉａｔｉｃａ［１４］的基因组中也发现与类
ＨＡＯ蛋白相关的直系同源基因簇，并进一步推测这个基因簇与对 ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４的代谢有关联。
２００７年，Ｓｈｉｍａｍｕｒａ等从富集有菌株 ＫＳＵ⁃１的生物反应器中分离纯化出一种具有 Ｎ２Ｈ４氧化活性但不具
备 ＮＨ２ＯＨ氧化能力的酶，将其正式命名为联氨氧化酶（ＨＺＯ） ［１６］。 该酶由 ２ 个含 ８ 个血红素的二聚体组成，
分子量约 ６２ ｋＤａ，与之前在厌氧铵氧化细菌中发现的 ＨＡＯ 的结构不同。 通过基因组信息分析，他们还发现
ＨＺＯ分别由 ｈｚｏＡ和 ｈｚｏＢ两个基因所编码的。 这两个 ｈｚｏ基因的序列和好氧氨化细菌 ｈａｏ基因的相似度只有
大约 ３０％，但与 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ 中发现的两个 ｈａｏ 基因有着 ８８％和 ８９％的相似度。 在随后的研究中，
Ｓｈｉｍａｍｕｒａ等进一步从 ＫＳＵ⁃ １ 中分离出一种和他们先前纯化的 ＨＺＯ 性质不同，但与之前 Ｓｃｈａｌｋ 等从 Ｂ．
ａｎａｍｍｏｘｉｄａｎｓ中分离的 ＨＡＯ相似的酶，该酶对 ＮＨ２ＯＨ 和 Ｎ２Ｈ４同时具有氧化能力且对 ＮＨ２ＯＨ 的氧化活性
更高。 同时，这种酶对 Ｎ２Ｈ４的氧化活性也低于 ＫＳＵ⁃１的 ＨＺＯ。 更有趣的是，对基因序列的进一步分析发现，
编码该 ＨＡＯ的基因有着和 ＫＳＵ⁃１菌株 ｈｚｏＢ基因相同的上游片段序列，显示该 ＨＡＯ与 ＨＺＯ有较近的遗传距
离［２３］。 Ｋｌｏｔｚ等进而通过蛋白序列研究了 ＨＡＯ与 ＨＺＯ在演化生物学上的关系，发现这两种酶均由反硝化细
菌的硝酸盐异化还原酶 ＮｒｆＡ演化而来，且推测它们的出现与微生物体内对 ＮＨ２ＯＨ的解毒作用有关。 他们认
为，虽然在系统发育分析上 ＨＡＯ与 ＨＺＯ可以分别聚成单独的簇并各自具有一定的特性，但它们在功能上属
于同一种酶，其本质上的区别只有在好氧氨氧化与厌氧铵氧化细菌体内对 ＮＨ２ＯＨ和 Ｎ２Ｈ４进行氧化时才有所
表现［１８，２９］。 近来，通过对多个厌氧铵氧化细菌的基因组序列比较，人们已经鉴定了 ＨＡＯ ／ ＨＺＯ 基因簇中与
Ｎ２Ｈ４的氧化相关的两个基因 ｋｕｓｔｃ０６９４ 和 ｋｕｓｔｄ１３４０［１４］，但 ＨＡＯ ／ ＨＺＯ 基因簇中其它各基因的功能及该基因
簇在厌氧铵氧化过程中扮演的具体角色仍需要进一步研究确定。
２　 厌氧铵氧化细菌的分子标记及其分子生态学研究进展
通过对厌氧铵氧化细菌的代谢机理及基因组学的研究，为人们理解其多样性和生态学特征提供了重要的
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信息。 目前， １６Ｓ ＲＮＡ基因已经广泛被应用于厌氧铵氧化细菌在各种生态系统中的多样性和群落结构的研
究中，并取得了丰富的成果。 与此同时，越来越多的研究也开始利用具有更高特异性及多样性的 ｎｉｒＳ，ｈｚｓ 和
ｈｚｏ基因。
２．１　 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因
１６Ｓ ＲＮＡ基因是最早用于厌氧铵氧化细菌检测的标记基因，目前报道有多对引物可用于厌氧铵氧化细菌
１６Ｓ ＲＮＡ基因的扩增，但各引物的覆盖率和扩增效率各有不同。 如 Ｐｅｎｔｏｎ较早比较了 Ｂｒｏｄ５４１Ｆ ／ Ｂｒｏｄ１２６０Ｒ、
Ｐｌａ４６ ／ Ａｍｘ０３６８等几组引物对污水处理器中厌氧铵氧化细菌的检测能力，发现 Ｂｒｏｄ５４１Ｆ ／ Ｂｒｏｄ１２６０Ｒ 对
Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属具有特异性扩增效果，而 Ｐｌａ４６ ／ Ａｍｘ０３６８能检测到全部厌氧铵氧化细菌；随后 Ｐｅｎｔｏｎ也针对多种
生境进行了引物比较，发现 Ａｎ７Ｆ ／ Ａｎ１３８８Ｒ 能成功扩增 ３ 个属的类群［３０］；Ｄａｌｅ 通过发展了巢式 ＰＣＲ 引物
Ｐｌａ４６Ｆ ／ １０３７Ｒ和 Ａｍｘ３６８Ｆ ／ Ａｍｘ８２０Ｒ，进一步增强了对环境样品 ＰＣＲ 扩增的效率［３１］。 最近，Ｌｉ 比较了几组
１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的 ＰＣＲ引物，发现 Ｂｒｏｄ５４１Ｆ ／ Ａｍｘ８２０Ｒ对海岸湿地、浅海和深海样品中厌氧铵氧化细菌的阳性
克隆检测率最高（可达 ９８％），而在较早研究中使用的引物 Ａｎ７Ｆ ／ Ａｎ１３８８Ｒ的检测率则只有 １２％［３２］；Ｈａｎ通过
比较发现引物 Ａ４３８ｆ ／ Ａ６８４ｒ对海洋、湿地、淡水水库及生物反应器等不同环境中的厌氧铵氧化细菌有更好的
扩增效果。 可见，目前研究中对于厌氧铵氧化细菌 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因 ＰＣＲ引物的选择和应用仍存在着较大的差
异，引物之间的差异也可能导致研究结果产生一定的偏差（图 ２）。
图 ２　 基于 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的厌氧铵氧化细菌系统发育树
Ｆｉｇ．２　 Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｂａｓｅｄ ｏｎ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ
虽然不同的 ＰＣＲ扩增引物有一定的偏向性，但大量基于 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因分析的研究结果显示，厌氧铵氧
化细菌 ５ 个属 Ｂｒｏｃａｄｉａ， Ｋｕｅｎｅｎｉａ， Ｓｃａｌｉｎｄｕａ， Ｊｅｔｔｅｎｉａ 和 Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ 的分布有一定的生境特异性［３３］。
Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属主要分布于海洋生态系统中，同时它们在从陆地到海洋生态系统的过渡地带中也有较高的丰度，
而其它 ４个属则主要在淡水和陆地生态系统中占到优势［３４⁃３５］。 大量研究结果显示，在使用不同 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基
因引物的情况下，无论是在海水水域或底栖物中均发现 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属具有较高的多样性和优势度，且检测到的
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克隆子与已知的 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｓｏｒｏｋｉｎｉｉ，Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｗａｇｎｅｒｉ和 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｂｒｏｄａｅ 有
着较高的匹配度［３０，３２，３６］。 而在湿地、淡水河口生态系统的研究中， ５个属的 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因均可被检测到，但
以 Ｂｒｏｃａｄｉａ属， Ｋｕｅｎｅｎｉａ 属和 Ｊｅｔｔｅｎｉａ 属为主，且在不同研究中检测到的优势类群也存在着较大差异［３７⁃３８］。
如有研究表明，水稻田生态系统中能够检测到除 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属的其余 ４个属的 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因［３９］，也有报道进
一步指出在所研究的 ３２个农田土壤中均未检测到 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属，Ｂｒｏｃａｄｉａ和 Ｋｕｅｎｅｎｉａ属约则占了 ９２％［４０］。 然
而也有研究发现在中国东北地区的水稻土中厌氧铵氧化细菌主要是由 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ 属为主且具有较高的多样
性［４１］。 以上结果均暗示了陆地生态系统中厌氧铵氧化细菌 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因的多样性和分布存在着较大的异
质性，其分布格局可能受到环境理化性质、营养物质的分布和土壤类型等诸多因素的影响。
对 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的研究让人们对厌氧铵氧化细菌的分类地位、多样性和生态分布特征有了较为清晰的
认识。 但对厌氧铵氧化细菌 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的定量研究仍不理想，不同研究结果间可比性差。 同时，由于 １６Ｓ
ｒＲＮＡ基因与微生物生态功能之间较低的关联性以及不同扩增引物之间存在的偏差，仍然需要寻找更为有效
的分子标记［４２］。 因此，近年来越来越多的研究中开始使用 ３ 个重要的功能基因来检测厌氧铵氧化细菌的多
样性、群落结构及丰度。
２．２　 ｎｉｒＳ基因
厌氧铵氧化细菌的 ｎｉｒＳ基因与反硝化细菌的 ｎｉｒＳ 基因有着较高的分化程度和较远的遗传距离，因此需
要特异性引物进行扩增。 Ｌａｍ等首先基于 Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ的全基因组序列设计了针对该属的 ｎｉｒＳ基因
特异性引物 Ｓｃｎｉｒ３７２Ｆ ／ Ｓｃｎｉｒ８４５Ｒ，并用该引物对秘鲁海域最小含氧区（ｏｘｙｇｅｎ ｍｉｎｉｍｕｍ ｚｏｎｅ， ＯＭＺ）进行了研
究［４３］。 结果显示，通过该引物所检测到的 ｎｉｒＳ 基因序列均属于 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ 属，且该基因的丰度与之前报导该
海域中 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的丰度以及厌氧铵氧化细菌的细胞丰度呈显著正相关关系，并且 ｎｉｒＳ 基因的表达量显
著高于反硝化细菌 ｎｉｒＳ基因的表达量，暗示在该生境中厌氧铵氧化细菌更占优势［４３］。 Ｊｅｎｓｅｎ 等对通过阿拉
伯海 ＯＭＺ中厌氧铵氧化细菌的细胞丰度、厌氧铵氧化细菌和反硝化细菌的 ｎｉｒＳ 基因表达量的研究也得到了
类似的结果［４４］。
Ｌｉ等针对其它 ４个厌氧铵氧化细菌属的 ｎｉｒＳ 基因设计了特异性引物（ＡｎｎｉｒＳ３７９Ｆ ／ ＡｎｎｉｒＳ８２１Ｒ），并同时
使用 Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ属 ｎｉｒＳ特异性引物对中国东南沿海部分地区海洋生态系统进行了研究［２５］。 作者发现该海域
中厌氧铵氧化细菌 ｎｉｒＳ基因有较高的多样性，并与 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因和 ｈｚｏ基因的研究结果具有较好的一致性。
该研究显示 ｎｉｒＳ在聚类树上形成 Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ属，Ｋｕｅｎｅｎｉａ 属和其他属 ｎｉｒＳ 基因 ３ 个分枝，且多数序列与秘鲁
海域和阿拉伯海域 ＯＭＺ的 Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ属的 ｎｉｒＳ序列有较高的相似性，但与反硝化细菌 ｎｉｒＳ基因有显著差异。
其中，Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ属的 ｎｉｒＳ分枝可以再细分为 ４个簇。 通过主成分分析还发现，ｎｉｒＳ 基因的组成结构随 ＮＨ４ ／
ＮＯｘ环境梯度发生明显变化。 Ｌｉ等进一步对我国南海中的 Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ 属 ｎｉｒＳ 基因的分类组成进行了细致研
究，发现该基因的丰度对环境因子的响应和反硝化细菌 ｎｉｒＳ基因更为相似，与反硝化细菌的 ｎｉｒＫ 基因明显不
同［４５］。 Ｋｉｒｋｐａｔｒｉｃｋ等对黑海的研究则发现，Ｓｃｈａｌｉｎｄｕａ属 ｎｉｒＳ基因的 ４ 个簇均在 ５ 月、７ 月和 １０ 月间具有显
著不同的表达量，同时第 ２、３簇在不同水域深度中的分布较为平均，而第 １簇集中分布在浅表层，第 ４ 簇主要
分布在深层水域［４６］。 这些研究结果揭示了厌氧铵氧化细菌的高度多样性及其与环境因子之间的密切关系。
目前有关厌氧铵氧化细菌 ｎｉｒＳ基因多样性的研究仍然较少。 同时根据前文的引述，并非所有厌氧铵氧
化细菌类群均具有 ｎｉｒＳ基因，可见该基因不能单独作为厌氧铵氧化细菌的特异性分子标记，而应该与 ｎｉｒＫ 基
因配合使用。 考虑到 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属具有 ｎｉｒＳ基因并且在海洋中有着较高的丰度和多样性，因此该基因在评估
海洋生态系统厌氧铵氧化细菌的多样性中有着相对较高的参考价值。
２．３　 ｈｚｓ基因
联氨合成酶（ＨＺＳ）由 ｈｚｓＡ，ｈｚｓＢ，ｈｚｓＣ基因簇编码，目前尚未在其它微生物的基因组中发现该基因簇，因
此 ｈｚｓ基因可以作为厌氧铵氧化细菌的特异性分子标记用于多样性和定量检测研究。 Ｈａｒｈａｎｇｉ等针对已知的
５个属的厌氧铵氧化细菌 ｈｚｓＡ基因序列设计了引物（ｈｚｓＡ＿５２６Ｆ ／ ｈｚｓＡ＿１８５７Ｒ）及 ＰＣＲ 反应体系，并以来自废
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水处理器和多种自然生境的样本为模版对引物进行了评估，发现来自废水处理器样本的 ｈｚｓＡ 基因序列与已
报道的 Ｂ． ｆｕｌｇｉｄａ［４７］， Ｂ． ａｎａｍｍｏｘｉｄａｎｓ［７］，Ｊ． ａｓｉａｔｉｃａ［４８］的 ｈｚｓＡ基因有着较高的相似度。 在系统发育水平上，
已知的厌氧铵氧化细菌 ｈｚｓＡ基因与 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因也有着很高的一致性［４２］。
与 １６Ｓ ｒＲＮＡ的检测结果类似，基于 ｈｚｓＡ基因的研究结果也显示海洋生态系统中厌氧铵氧化细菌主要是
由 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属组成。 如 Ｂｏｒｉｎ等在地中海东部的深海中发现的 ｈｚｓＡ基因全部属于 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属［４９］，Ｒｕｓｓ等在
深海生态系统中也仅发现了属于 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属的 ｈｚｓＡ克隆，并且发现在烃释放量较高的环境中该基因拷贝数
更高［５０］。 Ｈｕ等研究了水稻土中 ｈｚｓＡ 的多样性，发现其中的主要类群为 Ｂｒｏｃａｄｉａ 属，同时也检测到少量
Ｊｅｔｔｅｎｉａ和 Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ属的序列，但没有发现 Ｋｕｅｎｅｎｉａ属的序列［５１］。 Ｗａｎｇ 等针对 ｈｚｓＢ 基因也设计了引
物 ｈｚｓＢ３９６Ｆ ／ ｈｚｓＢ７４２Ｒ，并利用该引物研究了水稻田土壤中 ｈｚｓＢ基因的多样性和丰度。 结果同样检测到的类
群主要属于 Ｂｒｏｃａｄｉａ属，同时还检测到若干未明确分类的簇，暗示 ｈｚｓＢ 基因可能具备更高的多样性［５２］。 在
Ｗａｎｇ等利用同样的引物对河口生态系统进行的研究中，５个属的序列均有发现，表明 ｈｚｓＢ基因在河流生态系
统中的多样性可能比农业土壤高［３７］。
此外，Ｈｕ等利用该标记对一些来自废水处理反应器的样本进行了定量 ＰＣＲ 检测，发现 ｈｚｓＡ 基因的拷贝
数较之前研究过的 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因拷贝数低 ３—６倍［５３］，说明相对于 １６Ｓ ｒＲＮＡ 基因，ｈｚｓＡ 基因的引物可能有
更高的特异性。 在一个针对我国大部分地区农田生态系统的研究中，Ｓｈｅｎ 等发现 ｈｚｓＡ 基因的丰度在空间梯
度上体现了较大的异质性，并主要受土壤铵态氮的影响［４０］。 对土壤剖面的 ＰＣＲ分析结果显示 ｈｚｓＢ基因的丰
度在剖面表层和深层中都相对较低，但在中等深度处（４０—５０ ｃｍ）最高［５２］。
２．４　 ｈｚｏ 基因
ｈｚｏ基因负责编码厌氧铵氧化细菌的联氨氧化酶（ＨＺＯ），目前已报道有多对针对该基因的引物被用于分
子生态学研究。 Ｑｕａｎ等根据菌株 ＫＳＵ⁃ １和 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ 的 ｈｚｏ 基因序列首先设计了该基因的 ＰＣＲ 引物
ｈｚｏＦ１ ／ ｈｚｏＲ１，并对几个废水处理生物反应器中的厌氧铵氧化细菌的多样性进行了研究［４８］。 发现通过该引物
得到的氨基酸序列与 ＫＳＵ⁃１和 Ｋ． ｓｔｕｔｔｇａｒｔｉｅｎｓｉｓ的 ｈｚｏ 基因的相似度在 ９０％—９８％之间。 Ｓｃｈｍｉｄ 等通过对大
量 ｈｚｏ基因序列进行总结分析［５４］，发现这些序列可以分为 ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ，ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅱ，ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅲ 三个簇，其中 ｃｌｕｓｔｅｒ
Ⅰ包含了 ＫＳＵ⁃ １ 菌株，推测该簇中其它浮霉菌门的微生物也可能具有 ＨＺＯ 的功能活性，并发现
Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ 属和 Ｊｅｔｔｅｎｉｓ 属与 ＫＳＵ⁃１的 ｈｚｏ基因有着较近的亲缘关性。 Ｌｉ等以 ｈｚｏｌ１Ｆ１ ／ ｈｚｏｃｌ１Ｒ２ 引物研
究了 １７个高温储油罐中 ｈｚｏ基因的多样性［２８］，发现其中丰度最高的是 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ 属，此外，还检测到 Ｊｅｔｔｅｎｉａ
和 Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ属的序列。 Ｌｉ等在此基础上进一步设计了针对 ｈｚｏ基因的引物 ｈｚｏＦ１ ／ ｈｚｏＲ１并与之前的引
物进行了比较，发现新引物对多种生境中厌氧铵氧化细菌 ｈｚｏ 基因的阳性检测率更高［３２］，且得到的氨基酸序
列同样可聚为 ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ，ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅱ，ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅲ三个簇。 同时 ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ还可进一步细分为 ｓｕｂｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ，Ⅱ，Ⅲ和
Ⅳ，其中 ｓｕｂｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ和Ⅱ中的序列与菌株 ＫＳＵ⁃１， Ｊ． ａｓｉａｔｉｃａ，以及 Ａｎａｍｍｏｘｏｇｌｏｂｕｓ属的 ｈｚｏ的氨基酸序列很
高的相似度；而 ｓｕｂｃｌｕｓｔｅｒ Ⅲ和Ⅳ中的序列则与 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属更接近。
相对于 ｎｉｒＳ和 ｈｚｓ基因，ｈｚｏ更广泛地被应用于多样性和群落结构的研究中，且在系统发育水平上与对
１６Ｓ ｒＲＮＡ基因的研究结果有着较好的对应性。 基于 ｈｚｏ基因的分析同样显示了厌氧铵氧化细菌的分布具有
生境特异性的显著特点。 Ｈｉｒｓｃｈ等对不同水生态系统进行的研究结果发现，ｈｚｏ基因的多样性组成在地下水、
深海、河口及不同河流中有显著差异。 此外，ｈｚｏ基因的多样性比 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因更高，暗示 ｈｚｏ基因可能是厌
氧铵氧化细菌多样性研究中更为有效的分子标记［６］。 Ｈｏｎｇ 对 ｈｚｏ 基因的研究发现，从中国南海采集的底栖
物中检测到的 ｈｚｏ基因全部属于 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属［５５］，而从南海滨海地带的红树林区所采集底栖物中，除 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ
属以外，还检测到 Ｋｕｅｎｅｎｉａ属，Ｂｒｏｃａｄｉａ属和 Ｊｅｔｔｅｎｉａ属的 ｈｚｏ基因序列［５６］。 Ｋｏｎｇ等使用针对 ２个 ｈｚｏ基因簇
的特异性引物对哥斯达黎加海域的 ＯＭＺ进行了研究，发现 ｈｚｏ基因的表达量在表层中最高，尤其以 ｃｌｕｓｔｅｒ Ⅰ
的 ｈｚｏ基因表达量更高。 此外，大量 ｈｚｏ基因序列在系统发育树上形成一个新的簇（命名为 ｃｌｕｓｔｅｒ ２ｘ），与已
知的厌氧铵氧化细菌 ｈｚｏ 基因相距较远，而有关该簇更精确的分类学地位暂不明确［５７］。 此外，Ｗａｎｇ 等以 ｈｚｏ
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基因为标靶，在我国东北地区的水稻土中检测到大量属于 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属的 ｈｚｏ基因序列，这些 Ｓｃａｌｉｎｄｕａ属的序
列占到主要优势且多样性较高［４１］，但该结果与基于 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因调查得出的陆地生态系统中厌氧铵氧化细
菌以 Ｂｒｏｃａｄｉａ和 Ｋｕｅｎｅｎｉａ两个属为主的结论差异较大［３８⁃４０］（表 ２）。
表 ２　 厌氧铵氧化细菌 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因及功能基因的 ＰＣＲ引物
Ｔａｂｌｅ ２　 ＰＣＲ ｐｒｉｍｅｒｓ ｏｆ １６Ｓ ｒＲＮＡ ａｎｄ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ
目标基因
Ｔａｒｇｅｔ ｇｅｎｅｓ
引物名称
Ｐｒｉｍｅｒｓ
引物序列（５′⁃３′）
Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ ｔｈｅ ｐｒｉｍｅｒｓ
参考文献
Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ
１６Ｓ ｒＲＮＡ Ｐｌａ４６（用于浮霉菌门） ＧＡＣＴＴＧＣＡＴＧＣＣＴＡＡＴＣＣ ［１８］
１０３７Ｒ（用于浮霉菌门） ＣＧＡＣＡＡＧＧＡＡＴＴＴＣＧＣＴＡＣ
Ａｍｘ３６８Ｆ ＴＴＣＧＣＡＡＴＧＣＣＣＧＡＡＡＧＧ
Ａｍｘ８２０Ｒ ＡＡＡＡＣＣＣＣＴＣＴＡＣＴＴＡＧＴＧＣＣＣ
Ａｎ７Ｆ ＧＧＣＡＴＧＣＡＡＧＴＣＧＡＡＣＧＡＧＧ ［８］
Ａｎ１３８８Ｒ ＧＣＴＴＧＡＣＧＧＧＣＧＧＴＧＴＧ
Ｂｒｏｄ５４１Ｆ ＧＡＧＣＡＣＧＴＡＧＧＴＧＧＧＴＴＴＧＴ
Ｂｒｏｄ１２６０Ｒ ＧＧＡＴＴＣＧＣＴＴＣＡＣＣＴＣＴＣＧＧ
Ａ４３８ｆ ＧＴＣＲＧＧＡＧＴＴＡＤＧＡＡＡＴＧ ［３２］
Ａ６８４ｒ ＡＣＣＡＧＡＡＧＴＴＣＣＡＣＴＣＴＣ
Ｓｃａｌｉｎｄｕａ⁃ｎｉｒＳ Ｓｃｎｉｒ３７２Ｆ ＴＧＴＡＧＣＣＡＧＣＡＴＴＧＴＡＧＣＧＴ ［４８］
Ｓｃｎｉｒ８４５Ｒ ＴＣＡＡＧＣＣＡＧＡＣＣＣＡＴＴＴＧＣＴ
Ａｎ⁃ｎｉｒＳ ＡｎｎｉｒＳ３７９Ｆ ＴＣＴＡＴＣＧＴＴＧＣＡＴＣＧＣＡＴＴＴ ［２５］
ＡｎｎｉｒＳ８２１Ｒ ＧＧＡＴＧＧＧＴＣＴＴＧＡＴＡＡＡＣＡ
ｈｚｓＡ ｈｚｓＡ＿３８２Ｆ ＧＧＹＧＧＤＴＧＹＣＡＧＡＴＡＴＧＧＧ ［４１］
ｈｚｓＡ＿１３５３Ｒ ＡＴＡＨＣＣＴＴＣＭＡＣＨＴＴＣＡＣＣＴ
ｈｚｓＡ＿１５９７Ｆ ＷＴＹＧＧＫＴＡＴＣＡＲＴＡＴＧＴＡＧ
ｈｚｓＡ＿１８５７Ｒ ＡＡＡＢＧＧＹＧＡＡＴＣＡＴＡＲＴＧＧＣ
ｈｚｓＢ ｈｚｓＢ＿３９６Ｆ ＡＲＧＧＨＴＧＧＧＧＨＡＧＹＴＧＧＡＡＧ ［５２］
ｈｚｓＢ＿７４２Ｒ ＧＴＹＣＣＨＡＣＲＴＣＡＴＧＶＧＴＣＴＧ
ｈｚｏ ｈｚｏｃｌ１Ｆ１ ＴＧＹＡＡＧＡＣＹＴＧＹＣＡＹＴＧＧ ［５４］
ｈｚｏｃｌ１Ｒ２ ＡＣＴＣＣＡＧＡＴＲＴＧＣＴＧＡＣＣ
ｈｚｏｃｌ１Ｆ２ ＴＧＹＡＡＧＡＣＹＴＧＹＣＡＹＴＧＧＧ
Ａｎａ－ｈｚｏ１Ｆ ＴＧＴＧＣＡＴＧＧＴＣＡＡＴＴＧＡＡＡＧ ［２９］
Ａｎａ－ｈｚｏ２Ｒ ＡＣＣＴＣＴＴＣＷＧＣＡＧＧＴＧＣＡＴ
ｈｚｏＦ１ ＴＧＴＧＣＡＴＧＧＴＣＡＡＴＴＧＡＡＡＧ ［３１］
ｈｚｏＲ１ ＣＡＡＣＣＴＣＴＴＣＷＧＣＡＧＧＴＧＣＡＴＧ
ｈｚｏＡＢ１Ｆ ＧＡＡＧＣＮＡＡＧＧＣＮＧＴＡＧＡＡＡＴＴＡＴＣＡＣ ［５６］
ｈｚｏＡＢ１Ｒ ＣＴＣＴＴＣＮＧＣＡＧＧＴＧＣＡＴＧＡＴＧ
ｈｚｏＡＢ４Ｆ ＴＴＧＡＲＴＧＴＧＣＡＴＧＧＴＣＴＡＷＴＧＡＡＡＧ
ｈｚｏＡＢ４Ｒ ＧＣＴＧＡＣＣＴＧＡＣＣＡＲＴＣＡＧＧ
３　 结语与展望
综上所述，在厌氮铵氧化细菌被发现不到 ２０ａ的时间里，人们对其多样性、生态分布和发展相应的分子标
记用于其生态学研究等方面都取得了较多的进展，且通过酶学和基因组测序分析揭示了不同厌氧铵氧化细菌
的代谢方式及其遗传机理。 但从以上综述中也可看出，目前对厌氧铵氧化细菌的代谢途径的理解大多停留在
对于基因组数据分析的推测层面，一些关键基因的功能及其功能酶的生物化学特性仍有待进一步确认和验
证。 同时也有许多具体问题亟待解答：如各种酶在不同类群间是否存在结构和代谢功能上的差异？ 厌氧铵氧
化细菌的 ＨＡＯ在其代谢途径中扮演了什么角色？ 它与 ＨＺＯ 之间的具体关系是什么？ 有些厌氧铵氧化细菌
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体内是否含有 Ｎｉｒ的同工酶可以催化生成 ＮＯ？
在分子生态学研究方面，虽然基于 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的研究为认识厌氧铵氧化细菌的分类地位、多样性及分
布特征方面提供了重要信息，但该基因扩增引物的代表性和特异性仍有待继续验证，且由于与厌氧铵氧化细
菌的真正功能活性缺乏直接的联系，使该基因在进行定量分析的研究中价值有限。 新近发现的厌氧铵氧化细
菌功能基因 ｎｉｒＳ、ｈｚｏ、ｈｚｓＡ和 ｈｚｓＢ，虽然在一定程度上弥补了 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因的不足，但目前对功能基因的研究
刚起步，针对这些基因扩增的引物的特异性和有效性仍存在争议。 此外，１６Ｓ ｒＲＮＡ基因研究结果显示目前已
知的厌氧铵氧化细菌仅分布于浮霉菌目的 ５ 个属，而对 ｎｉｒＳ、ｈｚｏ、ｈｚｓＡ 和 ｈｚｓＢ 基因的研究显示这些基因可能
具有更高的多样性。 功能基因与 １６Ｓ ｒＲＮＡ基因所代表的微生物之间的聚类关系如何对应，以及功能基因多
样性与其真正的生态功能之间如何关联等问题尚不清晰。 对这些问题的解答均需要大量的分子生态学和氮
素生物地球化学调查及分析。
参考文献（Ｒｅｆｅｒｅｎｃｅｓ）：
［ １ ］　 Ｂｕｒｇｉｎ Ａ Ｊ， Ｈａｍｉｌｔｏｎ Ｓ Ｋ． Ｈａｖｅ ｗｅ ｏｖｅｒｅｍｐｈａｓｉｚｅｄ ｔｈｅ ｒｏｌｅ ｏｆ ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ａｑｕａｔｉｃ ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓ？ Ａ ｒｅｖｉｅｗ ｏｆ ｎｉｔｒａｔｅ ｒｅｍｏｖａｌ ｐａｔｈｗａｙｓ． Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ
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［ ２ ］ 　 Ｍｕｌｄｅｒ Ａ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｇｒａａｆ Ａ Ａ， Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ Ｌ Ａ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ． Ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｄｉｓｃｏｖｅｒｅｄ ｉｎ ａ ｄｅｎｉｔｒｉｆｙｉｎｇ ｆｌｕｉｄｉｚｅｄ ｂｅｄ ｒｅａｃｔｏｒ．
ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｙ Ｅｃｏｌｏｇｙ， １９９５， １６（３）： １７７⁃１８３．
［ ３ ］ 　 Ｌｉ Ｚ Ｇ， Ｍａ Ｙ Ｇ， Ｈｉｒａ Ｄ， Ｆｕｊｉｉ Ｔ， Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｋ． Ｆａｃｔｏｒｓ ａｆｆｅｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ ｏｆ ｒｅｊｅｃｔ ｗａｔｅｒ ｂｙ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｐｒｏｃｅｓｓ． Ｂｉｏｒｅｓｏｕｒｃｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，
２０１１， １０２（１０）： ５７０２⁃５７０８．
［ ４ ］ 　 Ｄａｌｓｇａａｒｄ Ｔ， Ｃａｎｆｉｅｌｄ Ｄ Ｅ， Ｐｅｔｅｒｓｅｎ Ｊ， Ｔｈａｍｄｒｕｐ Ｂ， Ａｃｕñａ⁃Ｇｏｎｚáｌｅｚ Ｊ． Ｎ２ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｂｙ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｉｎ ｔｈｅ ａｎｏｘｉｃ ｗａｔｅｒ ｃｏｌｕｍｎ ｏｆ
Ｇｏｌｆｏ Ｄｕｌｃｅ， Ｃｏｓｔａ Ｒｉｃａ． Ｎａｔｕｒｅ， ２００３， ４２２（６９３２）： ６０６⁃６０８．
［ ５ ］ 　 Ｖａｎ Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ Ａ， Ｆｕｅｒｓｔ Ｊ Ａ， Ｄａｍｓｔé Ｊ Ｓ Ｓ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ． Ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘｏｓｏｍｅ： ａｎ ｉｎｔｒａｃｙｔｏｐｌａｓｍｉｃ ｃｏｍｐａｒｔｍｅｎｔ ｉｎ
ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ， ２００４， ２３３（１）： ７⁃１３．
［ ６ ］ 　 Ｈｉｒｓｃｈ Ｍ Ｄ， Ｌｏｎｇ Ｚ Ｔ， Ｓｏｎｇ Ｂ． Ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｉｎ ｖａｒｉｏｕｓ ａｑｕａｔｉｃ ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓ ｂａｓｅｄ ｏｎ ｔｈｅ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄａｓｅ ｇｅｎｅｓ
（ｈｚｏＡ ／ ｈｚｏＢ） ． Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２０１１， ６１（２）： ２６４⁃２７６．
［ ７ ］ 　 Ｌａｍ Ｐ， Ｌａｖｉｋ Ｇ， Ｊｅｎｓｅｎ Ｍ Ｍ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ， Ｗｏｅｂｋｅｎ Ｄ， Ｇｕｔｉéｒｒｅｚ Ｄ， Ａｍａｎｎ Ｒ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ Ｍ． Ｒｅｖｉｓｉｎｇ ｔｈｅ
ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｃｙｃｌｅ ｉｎ ｔｈｅ Ｐｅｒｕｖｉａｎ ｏｘｙｇｅｎ ｍｉｎｉｍｕｍ ｚｏｎｅ． Ｐｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｎａｔｉｏｎａｌ Ａｃａｄｅｍｙ ｏｆ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｏｆ ｔｈｅ Ｕｎｉｔｅｄ Ｓｔａｔｅｓ ｏｆ Ａｍｅｒｉｃａ， ２００９， １０６
（１２）： ４７５２⁃４７５７．
［ ８ ］ 　 Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｍａａｓ Ｂ， Ｄａｐｅｎａ Ａ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｐａｓ⁃Ｓｃｈｏｏｎｅｎ Ｋ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｖａｎ Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ， Ｓｃｈｍｉｄｔ Ｉ， Ｃｉｒｐｕｓ Ｉ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ，
Ｗａｇｎｅｒ Ｍ， Ｓｉｎｎｉｎｇｈｅ Ｄａｍｓｔé Ｊ Ｓ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ， Ｒｅｖｓｂｅｃｈ Ｎ Ｐ， Ｍｅｎｄｅｚ Ｒ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ． Ｂｉｏｍａｒｋｅｒｓ ｆｏｒ ｉｎ ｓｉｔｕ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ
ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ （ａｎａｍｍｏｘ） ｂａｃｔｅｒｉａ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００５， ７１（４）： １６７７⁃１６８４．
［ ９ ］ 　 Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｄｅ Ａｌｍｅｉｄａ Ｎ Ｍ， Ｍａａｌｃｋｅ Ｗ Ｊ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｋｅｌｔｊｅｎｓ Ｊ Ｔ． Ｈｏｗ ｔｏ ｍａｋｅ ａ ｌｉｖｉｎｇ ｆｒｏｍ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ
ｏｘｉｄａｔｉｏｎ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ， ２０１３， ３７（３）： ４２８⁃４６１．
［１０］ 　 Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ， Ｐｅｌｌｅｔｉｅｒ Ｅ， Ｍａｎｇｅｎｏｔ Ｓ， Ｒａｔｔｅｉ Ｔ， Ｌｅｈｎｅｒ Ａ， Ｔａｙｌｏｒ Ｍ Ｗ， Ｈｏｒｎ Ｍ， Ｄａｉｍｓ Ｈ， Ｂａｒｔｏｌ⁃Ｍａｖｅｌ Ｄ， Ｗｉｎｃｋｅｒ Ｐ， Ｂａｒｂｅ Ｖ， Ｆｏｎｋｎｅｃｈｔｅｎ
Ｎ， Ｖａｌｌｅｎｅｔ Ｄ， Ｓｅｇｕｒｅｎｓ Ｂ， Ｓｃｈｅｎｏｗｉｔｚ⁃Ｔｒｕｏｎｇ Ｃ， Ｍéｄｉｇｕｅ Ｃ， Ｃｏｌｌｉｎｇｒｏ Ａ， Ｓｎｅｌ Ｂ， Ｄｕｔｉｌｈ Ｂ Ｅ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｖａｎ Ｄｅｒ Ｄｒｉｆｔ Ｃ， Ｃｉｒｐｕｓ
Ｉ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｐａｓ⁃Ｓｃｈｏｏｎｅｎ Ｋ Ｔ， Ｈａｒｈａｎｇｉ Ｈ Ｒ， Ｖａｎ Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ， Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ， Ｋｅｌｔｊｅｎｓ Ｊ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｍｅｉｅｒ Ｈ， Ｆｒｉｓｈｍａｎ Ｄ，
Ｈｕｙｎｅｎ Ｍ Ａ， Ｍｅｗｅｓ Ｈ Ｗ， Ｗｅｉｓｓｅｎｂａｃｈ Ｊ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｗａｇｎｅｒ Ｍ， Ｌｅ Ｐａｓｌｉｅｒ Ｄ． Ｄｅｃｉｐｈｅｒｉｎｇ ｔｈｅ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ｏｆ ａｎ ａｎａｍｍｏｘ
ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｆｒｏｍ ａ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｇｅｎｏｍｅ． Ｎａｔｕｒｅ， ２００６， ４４０（７０８５）： ７９０⁃７９４．
［１１］ 　 Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｗｏｅｂｋｅｎ Ｄ， Ｍａａｌｃｋｅ Ｗ Ｊ， Ｗｅｓｓｅｌｓ Ｈ Ｊ Ｃ Ｔ， Ｄｕｔｉｌｈ Ｂ Ｅ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｊａｎｓｓｅｎ⁃Ｍｅｇｅｎｓ Ｅ Ｍ， Ｒｏｅｓｅｌｅｒｓ Ｇ， Ｙａｎ Ｊ， Ｓｐｅｔｈ Ｄ，
Ｇｌｏｅｒｉｃｈ Ｊ， Ｇｅｅｒｔｓ Ｗ， Ｖａｎ Ｄｅｒ Ｂｉｅｚｅｎ Ｅ， Ｐｌｕｋ Ｗ， Ｆｒａｎｃｏｉｊｓ Ｋ Ｊ， Ｒｕｓｓ Ｌ， Ｌａｍ Ｐ， Ｍａｌｆａｔｔｉ Ｓ Ａ， Ｔｒｉｎｇｅ Ｓ Ｇ， Ｈａａｉｊｅｒ Ｓ Ｃ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ，
Ｓｔｕｎｎｅｎｂｅｒｇ Ｈ Ｇ， Ａｍａｎｎ Ｒ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ Ｍ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｔｈｅ ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ ｏｆ ｔｈｅ ｍａｒｉｎｅ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ′Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｐｒｏｆｕｎｄａ′
ｉｌｌｕｓｔｒａｔｅｓ ｔｈｅ ｖｅｒｓａｔｉｌｉｔｙ ｏｆ ｔｈｉｓ ｇｌｏｂａｌｌｙ ｉｍｐｏｒｔａｎｔ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｃｙｃｌｅ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， １５（５）： １２７５⁃１２８９．
［１２］ 　 Ｇｏｒｉ Ｆ， Ｔｒｉｎｇｅ Ｓ Ｇ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｍａｒｃｈｉｏｒｉ Ｅ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｔｈｅ ｍｅｔａｇｅｎｏｍｉｃ ｂａｓｉｓ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ ｉｎ Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ ′Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ′．
Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ Ｓｏｃｉｅｔｙ Ｔｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ， ２０１１， ３９（６）： １７９９⁃１８０４．
［１３］ 　 Ｈｉｒａ Ｄ， Ｔｏｈ Ｈ， Ｍｉｇｉｔａ Ｃ Ｔ， Ｏｋｕｂｏ Ｈ， Ｎｉｓｈｉｙａｍａ Ｔ， Ｈａｔｔｏｒｉ Ｍ， Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｋ， Ｆｕｊｉｉ Ｔ． Ａｎａｍｍｏｘ ｏｒｇａｎｉｓｍ ＫＳＵ⁃１ ｅｘｐｒｅｓｓｅｓ ａ ＮｉｒＫ⁃ｔｙｐｅ ｃｏｐｐｅｒ⁃
ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎｓｔｅａｄ ｏｆ ａ ＮｉｒＳ⁃ｔｙｐｅ ｗｉｔｈ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｃｄ１ ． ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔｅｒｓ， ２０１２， ５８６（１１）： １６５８⁃１６６３．
［１４］ 　 Ｈｕ Ｚ Ｙ， Ｓｐｅｔｈ Ｄ Ｒ， Ｆｒａｎｃｏｉｊｓ Ｋ Ｊ， Ｑｕａｎ Ｚ Ｘ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｍｅｔａｇｅｎｏｍｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ａ ｃｏｍｐｌｅｘ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｒｅｖｅａｌｓ ｔｈｅ ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｂｌｕｅｐｒｉｎｔ ｏｆ
ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ＂Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ ｊｅｔｔｅｎｉａ ａｓｉａｔｉｃａ＂ ． Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１２， ３： ３６６⁃３６６．
９７８３　 １３期 　 　 　 白刃　 等：厌氧铵氧化过程中关键酶及相关分子标记在生态学研究中的应用进展 　
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
［１５］　 Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｍａａｌｃｋｅ Ｗ Ｊ， Ｄｅ Ａｌｍｅｉｄａ Ｎ Ｍ， Ｃｉｒｐｕｓ Ｉ， Ｇｌｏｅｒｉｃｈ Ｊ， Ｇｅｅｒｔｓ Ｗ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｈａｒｈａｎｇｉ Ｈ Ｒ， Ｊａｎｓｓｅｎ⁃Ｍｅｇｅｎｓ Ｅ Ｍ， Ｆｒａｎｃｏｉｊｓ
Ｋ Ｊ， Ｓｔｕｎｎｅｎｂｅｒｇ Ｈ Ｇ， Ｋｅｌｔｊｅｎｓ Ｊ Ｔ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｍｅｃｈａｎｉｓｍ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ． Ｎａｔｕｒｅ， ２０１１， ４７９
（７３７１）： １２７⁃１３０．
［１６］ 　 Ｓｈｉｍａｍｕｒａ Ｍ， Ｎｉｓｈｉｙａｍａ Ｔ， Ｓｈｉｇｅｔｏｍｏ Ｈ， Ｔｏｙｏｍｏｔｏ Ｔ， Ｋａｗａｈａｒａ Ｙ， Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｋ， Ｆｕｊｉｉ Ｔ． Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ ｏｆ ａ ｍｕｌｔｉｈｅｍｅ ｐｒｏｔｅｉｎ ｗｉｔｈ ｆｅａｔｕｒｅｓ ｏｆ ａ
ｈｙｄｒａｚｉｎｅ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｅｎｚｙｍｅ ｆｒｏｍ ａｎ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｃｕｌｔｕｒｅ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００７， ７３（４）：
１０６５⁃１０７２．
［１７］ 　 Ｖａｎ Ｄｅ Ｇｒａａｆ Ａ Ａ， Ｄｅ Ｂｒｕｉｊｎ Ｐ， Ｒｏｂｅｒｔｓｏｎ Ｌ Ａ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ． Ｍｅｔａｂｏｌｉｃ ｐａｔｈｗａｙ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｏｎ ｔｈｅ ｂａｓｉｓ ｏｆ
１５Ｎ ｓｔｕｄｉｅｓ ｉｎ ａ ｆｌｕｉｄｉｚｅｄ ｂｅｄ ｒｅａｃｔｏｒ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， １９９７， １４３（７）： ２４１５⁃２４２１．
［１８］ 　 Ｋｌｏｔｚ Ｍ Ｇ， Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｈｏｏｐｅｒ Ａ Ｂ． Ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎ ｏｃｔａｈａｅｍ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｃ ｐｒｏｔｅｉｎ ｆａｍｉｌｙ ｔｈａｔ ｉｓ
ｋｅｙ ｔｏ ａｅｒｏｂｉｃ ａｎｄ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉａ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｂｙ ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００８， １０（１１）： ３１５０⁃３１６３．
［１９］ 　 Ｚｕｍｆｔ Ｗ Ｇ． Ｃｅｌｌ ｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂａｓｉｓ ｏｆ ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｖｉｅｗｓ， １９９７， ６１（４）： ５３３⁃６１６．
［２０］ 　 Ｚｕｍｆｔ Ｗ Ｇ． Ｎｉｔｒｉｃ ｏｘｉｄｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅｓ ｏｆ ｐｒｏｋａｒｙｏｔｅｓ ｗｉｔｈ ｅｍｐｈａｓｉｓ ｏｎ ｔｈｅ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ， ｈｅｍｅ⁃ｃｏｐｐｅｒ ｏｘｉｄａｓｅ ｔｙｐｅ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｉｎｏｒｇａｎｉｃ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ，
２００５， ９９（１）： １９４⁃２１５．
［２１］ 　 Ｅｇｌｉ Ｋ， Ｂｏｓｓｈａｒｄ Ｆ， Ｗｅｒｌｅｎ Ｃ， Ｌａｉｓ Ｐ， Ｓｉｅｇｒｉｓｔ Ｈ， Ｚｅｈｎｄｅｒ Ａ Ｊ Ｂ， Ｖａｎ ｄｅｒ Ｍｅｅｒ Ｊ Ｒ． Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｐｏｓｉｔｉｏｎ ａｎｄ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ｏｆ ａ ｒｏｔａｔｉｎｇ ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ
ｃｏｎｔａｃｔｏｒ ｂｉｏｆｉｌｍ ｔｒｅａｔｉｎｇ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｒｉｃｈ ｗａｓｔｅｗａｔｅｒ ｗｉｔｈｏｕｔ ｏｒｇａｎｉｃ ｃａｒｂｏｎ． Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２００３， ４５（４）： ４１９⁃４３２．
［２２］ 　 Ｋａｒｌｓｓｏｎ Ｒ， Ｋａｒｌｓｓｏｎ Ａ， Ｂäｃｋｍａｎ Ｏ， Ｊｏｈａｎｓｓｏｎ Ｂ Ｒ， Ｈｕｌｔｈ Ｓ． Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ｋｅｙ ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｉｎｖｏｌｖｅｄ ｉｎ ｔｈｅ ａｎａｍｍｏｘ ｒｅａｃｔｉｏｎ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ
Ｌｅｔｔｅｒｓ， ２００９， ２９７： ８７⁃９４．
［２３］ 　 Ｓｈｉｍａｍｕｒａ Ｍ， Ｎｉｓｈｉｙａｍａ Ｔ， Ｓｈｉｎｙａ Ｋ， Ｋａｗａｈａｒａ Ｙ， Ｆｕｒｕｋａｗａ Ｋ， Ｆｕｊｉｉ Ｔ． Ａｎｏｔｈｅｒ ｍｕｌｔｉｈｅｍｅ ｐｒｏｔｅｉｎ， ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ， ａｂｕｎｄａｎｔｌｙ
ｐｒｏｄｕｃｅｄ ｉｎ ａｎ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｂｅｓｉｄｅｓ ｔｈｅ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｅｎｚｙｍｅ． Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｂｉｏｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ， ２００８， １０５（３）： ２４３⁃２４８．
［２４］ 　 Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｋｅｌｔｊｅｎｓ Ｊ Ｔ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ． Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｂｉｏｌｏｇｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｃｒｉｔｉｃａｌ
Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ， ２００９， ４４（２ ／ ３）： ６５⁃８４．
［２５］ 　 Ｌｉ Ｍ， Ｆｏｒｄ Ｔ， Ｌｉ Ｘ Ｙ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｃｄ１⁃ｃｏｎｔａｉｎｉｎｇ ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅ ｎｉｒＳ ａｓ ａ ｎｅｗ ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ
ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ （Ａｎａｍｍｏｘ） ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１１， ４５（８）： ３５４７⁃３５５３．
［２６］ 　 Ｓｃｈａｌｋ Ｊ， Ｏｕｓｔａｄ Ｈ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｔｈｅ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｏｆ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ： ａ ｎｏｖｅｌ ｒｅａｃｔｉｏｎ ｉｎ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ． ＦＥＭＳ
Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ， １９９８， １５８（１）： ６１⁃６７．
［２７］ 　 Ｓｃｈａｌｋ Ｊ， Ｄｅ Ｖｒｉｅｓ Ｓ， Ｋｕｅｎｅｎ Ｊ Ｇ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｉｎｖｏｌｖｅｍｅｎｔ ｏｆ ａ ｎｏｖｅｌ ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｉｎ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ．
Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ２０００， ３９（１８）： ５４０５⁃５４１２．
［２８］ 　 Ｌｉ Ｈ， Ｃｈｅｎ Ｓ， Ｍｕ Ｂ Ｚ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ （ Ａｎａｍｍｏｘ） ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｈｉｇｈ⁃ｔｅｍｐｅｒａｔｕｒｅ ｐｅｔｒｏｌｅｕｍ
ｒｅｓｅｒｖｏｉｒｓ． Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２０１０， ６０（４）： ７７１⁃７８３．
［２９］ 　 Ｋｌｏｔｚ Ｍ Ｇ， Ｓｔｅｉｎ Ｌ Ｙ． Ｎｉｔｒｉｆｉｅｒ ｇｅｎｏｍｉｃｓ ａｎｄ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｃｙｃｌｅ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ， ２００８， ２７８（２）： １４６⁃１５６．
［３０］ 　 Ｐｅｎｔｏｎ Ｃ Ｒ， Ｄｅｖｏｌ Ａ Ｈ， Ｔｉｅｄｊｅ Ｊ Ｍ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｅｖｉｄｅｎｃｅ ｆｏｒ ｔｈｅ ｂｒｏａｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｆｒｅｓｈｗａｔｅｒ ａｎｄ
ｍａｒｉｎｅ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００６， ７２（１０）： ６８２９⁃６８３２．
［３１］ 　 Ｄａｌｅ Ｏ Ｒ， Ｔｏｂｉａｓ Ｃ Ｒ， Ｓｏｎｇ Ｂ． Ｂｉｏｇｅｏｇｒａｐｈｉｃａｌ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｖｅｒｓｅ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ （Ａｎａｍｍｏｘ） ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ Ｃａｐｅ Ｆｅａｒ Ｒｉｖｅｒ
Ｅｓｔｕａｒｙ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００９， １１（５）： １１９４⁃１２０７．
［３２］ 　 Ｌｉ Ｍ， Ｈｏｎｇ Ｙ Ｇ， Ｋｌｏｔｚ Ｍ Ｇ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ａ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｐｒｉｍｅｒ ｓｅｔｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ １６Ｓ ｒＲＮＡ ａｎｄ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ａｎａｅｒｏｂｉｃ
ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｍａｒｉｎｅ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ． Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１０， ８６（２）： ７８１⁃７９０．
［３３］ 　 Ｈｕｍｂｅｒｔ Ｓ， Ｔａｒｎａｗｓｋｉ Ｓ， Ｆｒｏｍｉｎ Ｎ， Ｍａｌｌｅｔ Ｍ Ｐ， Ａｒａｇｎｏ Ｍ， Ｚｏｐｆｉ Ｊ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｔｅｒｒｅｓｔｒｉａｌ ｅｃｏｓｙｓｔｅｍｓ：
ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ａｎｄ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ． Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１０， ４（３）： ４５０⁃４５４．
［３４］ 　 Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｒｉｓｇａａｒｄ⁃Ｐｅｔｅｒｓｅｎ Ｎ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ Ｍ Ｍ， Ｌａｖｉｋ Ｇ， Ｐｅｔｅｒｓｅｎ Ｊ， Ｈｕｌｔｈ Ｓ， Ｔｈａｍｄｒｕｐ Ｂ， Ｃａｎｆｉｅｌｄ Ｄ， Ｄａｌｓｇａａｒｄ
Ｔ， Ｒｙｓｇａａｒｄ Ｓ， Ｓｅｊｒ Ｍ Ｋ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｍａｒｉｎｅ ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ：
ｗｉｄｅｓｐｒｅａｄ ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ｂｕｔ ｌｏｗ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００７， ９（６）： １４７６⁃１４８４．
［３５］ 　 Ｙａｎｇ Ｑ Ｘ， Ｊｉａ Ｚ Ｊ， Ｌｉｕ Ｒ Ｙ， Ｃｈｅｎ Ｊ Ｊ． Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ａｎａｍｍｏｘ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ｎｏｖｅｌ ｐｌａｎｃｔｏｍｙｃｅｔｅ⁃ｌｉｋｅ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｔｈｅ ｗａｓｔｅｗａｔｅｒ ｔｒｅａｔｍｅｎｔ
ｓｙｓｔｅｍ ｏｆ ａ ｆｕｌｌ⁃ｓｃａｌｅ ａｌｃｏｈｏｌ ｍａｎｕｆａｃｔｕｒｉｎｇ ｐｌａｎｔ． Ｐｒｏｃｅｓｓ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ， ２００７， ４２（２）： １８０⁃１８７．
［３６］ 　 Ａｍａｎｏ Ｔ， Ｙｏｓｈｉｎａｇａ Ｉ， Ｏｋａｄａ Ｋ， Ｙａｍａｇｉｓｈｉ Ｔ， Ｕｅｄａ Ｓ， Ｏｂｕｃｈｉ Ａ， Ｓａｋｏ Ｙ， Ｓｕｗａ Ｙ． Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ａｃｔｉｖｉｔｙ ａｎｄ ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ
ｂａｃｔｅｒｉａ⁃ｒｅｌａｔｅｄ １６Ｓ ｒＲＮＡ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｃｏａｓｔａｌ ｍａｒｉｎｅ ｓｅｄｉｍｅｎｔ ｉｎ Ｊａｐａｎ． Ｍｉｃｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔｓ， ２００７， ２２（３）： ２３２⁃２４２．
［３７］ 　 Ｗａｎｇ Ｓ Ｙ， Ｚｈｕ Ｇ Ｂ， Ｐｅｎｇ Ｙ Ｚ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｙｉｎ Ｃ Ｑ． Ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ａｂｕｎｄａｎｃｅ， ａｃｔｉｖｉｔｙ， ａｎｄ ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｉｎ ｒｉｐａｒｉａｎ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ ｏｆ ｔｈｅ
Ｐｅａｒｌ Ｒｉｖｅｒ Ｅｓｔｕａｒｙ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ＆ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１２， ４６（１６）： ８８３４⁃８８４２．
［３８］ 　 Ｌｏｎｇ Ａ， Ｈｅｉｔｍａｎ Ｊ， Ｔｏｂｉａｓ Ｃ， Ｐｈｉｌｉｐｓ Ｒ Ｓｏｎｇ Ｂ． Ｃｏ⁃ｏｃｃｕｒｒｉｎｇ ａｎａｍｍｏｘ， ｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ， ａｎｄ ｃｏｄｅｎｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ ｓｏｉｌｓ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ
Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， ７９（１）： １６８⁃１７６．
０８８３ 　 生　 态　 学　 报　 　 　 ３６卷　
ｈｔｔｐ： ／ ／ ｗｗｗ．ｅｃｏｌｏｇｉｃａ．ｃｎ
［３９］　 Ｚｈｕ Ｇ Ｂ， Ｗａｎｇ Ｓ Ｙ， Ｗａｎｇ Ｙ， Ｗａｎｇ Ｃ Ｘ， Ｒｉｓｇａａｒｄ⁃Ｐｅｔｅｒｓｅｎ Ｎ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｙｉｎ Ｃ Ｑ． Ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉａ ｏｘｉｄａｔｉｏｎ ｉｎ ａ ｆｅｒｔｉｌｉｚｅｄ ｐａｄｄｙ ｓｏｉｌ．
Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１１， ５（１２）： １９０５⁃１９１２．
［４０］ 　 Ｓｈｅｎ Ｌ Ｄ， Ｌｉｕ Ｓ， Ｌｏｕ Ｌ Ｐ， Ｌｉｕ Ｗ Ｐ， Ｘｕ Ｘ Ｙ， Ｚｈｅｎｇ Ｐ， Ｈｕ Ｂ Ｌ． Ｂｒｏａｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｄｉｖｅｒｓｅ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ Ｃｈｉｎｅｓｅ
ａｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ ｓｏｉｌｓ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， ７９（１９）： ６１６７⁃６１７２．
［４１］ 　 Ｗａｎｇ Ｊ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｄｏｍｉｎａｎｃｅ ｏｆ Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ Ｓｃａｌｉｎｄｕａ ｓｐｅｃｉｅｓ ｉｎ ａｎａｍｍｏｘ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｒｅｖｅａｌｅｄ ｉｎ ｓｏｉｌｓ ｗｉｔｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｄｕｒａｔｉｏｎ ｏｆ ｒｉｃｅ ｐａｄｄｙ
ｃｕｌｔｉｖａｔｉｏｎ ｉｎ Ｎｏｒｔｈｅａｓｔ Ｃｈｉｎａ． Ａｐｐｌｉｅｄ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ， ２０１３， ９７（４）： １７８５⁃１７９８．
［４２］ 　 Ｈａｒｈａｎｇｉ Ｈ Ｒ， Ｌｅ Ｒｏｙ Ｍ， Ｖａｎ Ａｌｅｎ Ｔ， Ｈｕ Ｂ Ｌ， Ｇｒｏｅｎ Ｊ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｔｒｉｎｇｅ Ｓ Ｇ， Ｑｕａｎ Ｚ Ｘ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ． Ｈｙｄｒａｚｉｎｅ
ｓｙｎｔｈａｓｅ， ａ ｕｎｉｑｕｅ ｐｈｙｌｏｍａｒｋｅｒ ｗｉｔｈ ｗｈｉｃｈ ｔｏ ｓｔｕｄｙ ｔｈｅ ｐｒｅｓｅｎｃｅ ａｎｄ ｂｉｏｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ． Ａｐｐｌｉｅｄ ａｎｄ Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，
２０１２， ７８（３）： ７５２⁃７５８．
［４３］ 　 Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ， Ｒａｔｔｒａｙ Ｊ Ｅ， Ｇｅｅｒｔｓ Ｗ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｖａｎ Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ， Ｖａｎ Ｄｏｎｓｅｌａａｒ Ｅ Ｇ， Ｓｉｎｎｉｎｇｈｅ Ｄａｍｓｔé Ｊ Ｓ Ｓ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ．
Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ａｎｄ ｃｈａｒａｃｔｅｒｉｚａｔｉｏｎ ｏｆ ｍａｒｉｎｅ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｗｉｔｈ ｇｌｏｂａｌ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｇａｓ ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００８， １０
（１１）： ３１２０⁃３１２９．
［４４］ 　 Ｊｅｎｓｅｎ Ｍ Ｍ， Ｌａｍ Ｐ， Ｒｅｖｓｂｅｃｈ Ｎ Ｐ， Ｎａｇｅｌ Ｂ， Ｇａｙｅ Ｂ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ Ｍ Ｍ． Ｉｎｔｅｎｓｉｖｅ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｌｏｓｓ ｏｖｅｒ ｔｈｅ ｏｍａｎｉ Ｓｈｅｌｆ ｄｕｅ ｔｏ
ａｎａｍｍｏｘ ｃｏｕｐｌｅｄ ｗｉｔｈ ｄｉｓｓｉｍｉｌａｔｏｒｙ ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ ａｍｍｏｎｉｕｍ． Ｔｈｅ ＩＳＭＥ Ｊｏｕｒｎａｌ， ２０１１， ５（１０）： １６６０⁃１６７０．
［４５］ 　 Ｌｉ Ｍ， Ｈｏｎｇ Ｙ， Ｃａｏ Ｈ， Ｋｌｏｔｚ Ｍ Ｇ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ， ａｂｕｎｄａｎｃｅ， ａｎｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ＮＯ⁃ｆｏｒｍｉｎｇ ｎｉｔｒｉｔｅ ｒｅｄｕｃｔａｓｅ⁃ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｄｅｅｐ⁃ｓｅａ
ｓｕｂｓｕｒｆａｃｅ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｏｕｔｈ Ｃｈｉｎａ Ｓｅａ． Ｇｅｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１３， １１（２）： １７０⁃１７９．
［４６］ 　 Ｋｉｒｋｐａｔｒｉｃｋ Ｊ Ｂ， Ｆｕｃｈｓｍａｎ Ｃ Ａ， Ｙａｋｕｓｈｅｖ Ｅ， Ｓｔａｌｅｙ Ｊ Ｔ， Ｍｕｒｒａｙ Ｊ Ｗ． Ｃｏｎｃｕｒｒｅｎｔ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ａｎｄ ｄｅｎｉｔｒｉｆｙｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｔｈｅ Ｂｌａｃｋ Ｓｅａ．
Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２０１２， ３： ２５６⁃２５６．
［４７］ 　 Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｖａｎ Ｎｉｆｔｒｉｋ Ｌ， Ｒａｔｔｒａｙ Ｊ， Ｖａｎ Ｄｅ Ｖｏｓｓｅｎｂｅｒｇ Ｊ Ｌ Ｃ Ｍ， Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｓｉｎｎｉｎｇｈｅ Ｄａｍｓｔé Ｊ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｓｔｒｏｕｓ Ｍ． Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ ′
Ｂｒｏｃａｄｉａ ｆｕｌｇｉｄａ′： ａｎ ａｕｔｏｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉｕｍ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２００８， ６３（１）： ４６⁃５５．
［４８］ 　 Ｑｕａｎ Ｚ Ｘ， Ｒｈｅｅ Ｓ Ｋ， Ｚｕｏ Ｊ Ｅ， Ｙａｎｇ Ｙ， Ｂａｅ Ｊ Ｗ， Ｐａｒｋ Ｊ Ｒ， Ｌｅｅ Ｓ Ｔ， Ｐａｒｋ Ｙ Ｈ． Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ａ ｇｒａｎｕｌａｒ ｓｌｕｄｇｅ
ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ （ａｎａｍｍｏｘ） ｒｅａｃｔｏｒ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００８， １０（１１）： ３１３０⁃３１３９．
［４９］ 　 Ｂｏｒｉｎ Ｓ， Ｍａｐｅｌｌｉ Ｆ， Ｒｏｌｌｉ Ｅ， Ｓｏｎｇ Ｂ， Ｔｏｂｉａｓ Ｃ， Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｄｅ Ｌａｎｇｅ Ｇ Ｊ， Ｒｅｉｃｈａｒｔ Ｇ Ｊ， Ｓｃｈｏｕｔｅｎ Ｓ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ， Ｄａｆｆｏｎｃｈｉｏ Ｄ． Ａｎａｍｍｏｘ
ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｐｏｐｕｌａｔｉｏｎｓ ｉｎ ｄｅｅｐ ｍａｒｉｎｅ ｈｙｐｅｒｓａｌｉｎｅ ｇｒａｄｉｅｎｔ ｓｙｓｔｅｍｓ． Ｅｘｔｒｅｍｏｐｈｉｌｅｓ， ２０１３， １７（２）： ２８９⁃２９９．
［５０］ 　 Ｒｕｓｓ Ｌ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｓｏｌｌａｉ Ｍ， Ｌｅ Ｂｒｕｃｈｅｃ Ｊ， Ｃａｐｒａｉｓ Ｊ Ｃ， Ｇｏｄｆｒｏｙ Ａ， Ｓｉｎｎｉｎｇｈｅ Ｄａｍｓｔé Ｊ Ｓ Ｓ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ． Ｐｒｅｓｅｎｃｅ ａｎｄ
ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｃｏｌｄ ｈｙｄｒｏｃａｒｂｏｎ⁃ｒｉｃｈ ｓｅｅｐｓ ａｎｄ ｈｙｄｒｏｔｈｅｒｍａｌ ｖｅｎｔ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｇｕａｙｍａｓ Ｂａｓｉｎ． Ｆｒｏｎｔｉｅｒｓ ｉｎ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ，
２０１３， ４： ２１９⁃２１９．
［５１］ 　 Ｈｕ Ｂ Ｌ， Ｓｈｅｎ Ｌ Ｄ， Ｌｉｕ Ｓ， Ｃａｉ Ｃ， Ｃｈｅｎ Ｔ Ｔ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ， Ｈａｒｈａｎｇｉ Ｈ Ｒ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｌｏｕ Ｌ Ｐ， Ｘｕ Ｘ Ｙ， Ｚｈｅｎｇ Ｐ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ．
Ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ ｏｆ ａｎ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｆｒｏｍ ａ ｆｌｏｏｄｅｄ ｐａｄｄｙ ｓｏｉｌ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｒｅｐｏｒｔｓ， ２０１３， ５（３）： ４８３⁃４８９．
［５２］ 　 Ｗａｎｇ Ｙ， Ｚｈｕ Ｇ Ｂ， Ｈａｒｈａｎｇｉ Ｈ Ｒ， Ｚｈｕ Ｂ Ｌ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｙｉｎ Ｃ Ｑ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ． Ｃｏ⁃ｏｃｃｕｒｒｅｎｃｅ ａｎｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｎｉｔｒｉｔｅ⁃ｄｅｐｅｎｄｅｎｔ
ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ ａｎｄ ｍｅｔｈａｎｅ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ａ ｐａｄｄｙ ｓｏｉｌ． ＦＥＭＳ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ Ｌｅｔｔｅｒｓ， ２０１２， ３３６（２）： ７９⁃８８．
［５３］ 　 Ｈｕ Ｂ Ｌ， Ｚｈｅｎｇ Ｐ， Ｔａｎｇ Ｃ Ｊ， Ｃｈｅｎ Ｊ Ｗ， Ｖａｎ Ｄｅｒ Ｂｉｅｚｅｎ Ｅ， Ｚｈａｎｇ Ｌ， Ｎｉ Ｂ Ｊ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ， Ｙａｎ Ｊ， Ｙｕ Ｈ Ｑ， Ｋａｒｔａｌ Ｂ． Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ａｎｄ
ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｅｉｇｈｔ ｎｉｔｒｏｇｅｎ ｒｅｍｏｖａｌ ｒｅａｃｔｏｒｓ． Ｗａｔｅｒ Ｒｅｓｏｕｒｃｅｓ， ２０１０， ４４（１７）： ５０１４⁃５１２０．
［５４］ 　 Ｓｃｈｍｉｄ Ｍ Ｃ， Ｈｏｏｐｅｒ Ａ Ｂ， Ｋｌｏｔｚ Ｍ Ｇ， Ｗｏｅｂｋｅｎ Ｄ， Ｌａｍ Ｐ， Ｋｕｙｐｅｒｓ Ｍ Ｍ Ｍ， Ｐｏｍｍｅｒｅｎｉｎｇ⁃Ｒｏｅｓｅｒ Ａ， Ｏｐ Ｄｅｎ Ｃａｍｐ Ｈ Ｊ Ｍ， Ｊｅｔｔｅｎ Ｍ Ｓ Ｍ．
Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ ｏｆ ｏｃｔａｈａｅｍ ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅ ｃ ｈｙｄｒｏｘｙｌａｍｉｎｅ ／ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ ｇｅｎｅｓ ｏｆ ａｅｒｏｂｉｃ ａｎｄ ａｎａｅｒｏｂｉｃ ａｍｍｏｎｉｕｍ⁃ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ
ｂａｃｔｅｒｉａ． Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ， ２００８， １０（１１）： ３１４０⁃３１４９．
［５５］ 　 Ｈｏｎｇ Ｙ Ｇ， Ｌｉ Ｍ， Ｃａｏ Ｈ Ｌ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｒｅｓｉｄｅｎｃｅ ｏｆ ｈａｂｉｔａｔ⁃ｓｐｅｃｉｆｉｃ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ｉｎ ｔｈｅ ｄｅｅｐ⁃ｓｅａ ｓｕｂｓｕｒｆａｃｅ ｓｅｄｉｍｅｎｔｓ ｏｆ ｔｈｅ Ｓｏｕｔｈ Ｃｈｉｎａ Ｓｅａ：
Ａｎａｌｙｓｅｓ ｏｆ ｍａｒｋｅｒ ｇｅｎｅ ａｂｕｎｄａｎｃｅ ｗｉｔｈ ｐｈｙｓｉｃａｌ ｃｈｅｍｉｃａｌ ｐａｒａｍｅｔｅｒｓ． Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ Ｅｃｏｌｏｇｙ， ２０１１， ６２（１）： ３６⁃４７．
［５６］ 　 Ｌｉ Ｍ， Ｈｏｎｇ Ｙ Ｇ， Ｃａｏ Ｈ Ｌ， Ｇｕ Ｊ Ｄ． Ｍａｎｇｒｏｖｅ ｔｒｅｅｓ ａｆｆｅｃｔ ｔｈｅ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ ａｎｄ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ａｎａｍｍｏｘ ｂａｃｔｅｒｉａ ａｔ ａｎ ａｎｔｈｒｏｐｏｇｅｎｉｃ⁃
ｐｏｌｌｕｔｅｄ ｍａｎｇｒｏｖｅ ｉｎ ｔｈｅ Ｐｅａｒｌ Ｒｉｖｅｒ Ｄｅｌｔａ ｒｅｆｌｅｃｔｅｄ ｂｙ １６Ｓ ｒＲＮＡ ａｎｄ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ （ＨＺＯ） ｅｎｃｏｄｉｎｇ ｇｅｎｅ ａｎａｌｙｓｅｓ． Ｅｃｏｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，
２０１１， ２０（８）： １７８０⁃１７９０．
［５７］ 　 Ｋｏｎｇ Ｌ， Ｊｉｎｇ Ｈ， Ｋａｔａｏｋａ Ｔ， Ｂｕｃｈｗａｌｄ Ｃ， Ｌｉｕ Ｈ． Ｄｉｖｅｒｓｉｔｙ ａｎｄ ｓｐａｔｉａｌ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ ｏｆ ｈｙｄｒａｚｉｎｅ ｏｘｉｄｏｒｅｄｕｃｔａｓｅ （ｈｚｏ） Ｇｅｎｅ ｉｎ ｔｈｅ ｏｘｙｇｅｎ ｍｉｎｉｍｕｍ
ｚｏｎｅ ｏｆｆ ｃｏｓｔａ ｒｉｃａ． ＰＬｏＳ ＯＮＥ， ２０１３， ８（１０）： ｅ７８２７５．
１８８３　 １３期 　 　 　 白刃　 等：厌氧铵氧化过程中关键酶及相关分子标记在生态学研究中的应用进展