全 文 :第 12卷第 1期
2014年 1月
生 物 加 工 过 程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol 12 No 1
Jan 2014
doi:10 3969 / j issn 1672-3678 2014 01 016
收稿日期:2013-10-23
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB707405)
作者简介:张 旭(1989—),女,天津人,硕士研究生,研究方向:微生物代谢工程;祁庆生(联系人),教授,E⁃mail:qiqingsheng@ sdu edu cn
大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的
研究进展
张 旭,李宜奎,祁庆生
(山东大学 微生物技术国家重点实验室,济南 250100)
摘 要:总结了大肠杆菌中 C源分解代谢(carbon catabolite repression,CCR)现象的原理及特点,综述并分析了如何
通过对宿主菌进行基因工程改造以解除碳代谢抑制,以实现大肠杆菌利用多种 C源。
关键词:磷酸转移酶系统;碳分解代谢抑制;混合 C源;大肠杆菌
中图分类号:Q936 文献标志码:A 文章编号:1672-3678(2014)01-0109-08
Carbon catabolite repression and co⁃utilization of mixed
carbon sources in Escherichia coli
ZHANG Xu,LI Yikui,QI Qingsheng
(State Key Laboratory of Microbial Technology,Shandong University,Jinan 250100,China)
Abstract:The recent development in carbon catabolite repression(CCR) and its effect on carbon resource
utilization are summarized Meanwhile, the co⁃utilization of the mixed carbon sources in engineered
Escherichia coli are analyzed and prospected
Key words:phosphotransferase system;carbon catabolite repression;mixed carbon sources;Escherichia coli
大肠杆菌利用环境中的碳水化合物作为生长
代谢的 C 源和能源时,需要经过两层同轴心的外
膜和内膜(细胞质膜)将其从细胞外转运到细胞质
内。 以大肠杆菌偏好的 C 源和能源———葡萄糖为
例(图 1),大肠杆菌先通过位于外膜上的非特异
性的 OmpC、OmpF 和 LamB 孔蛋白以自由扩散的
方式将细胞外的糖分子运输到周质空间[1] ;而后
通过激活内膜上特异性的糖转运系统以主动运输
的方式将周质空间的糖分子运送到细胞内。 葡萄
糖专一性的磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)依赖的磷酸
转移酶系统(PTSGlc)是大肠杆菌将周质空间内的
葡萄糖转运到细胞质内的主要运输途径[1-3] 。
PTSGlc由 4 个蛋白 EI ( ptsI)、 HPr ( ptsH)、 EIIAGlc
( crr)、 EIIBCGlc ( ptsG)组成,这些蛋白参与胞内
PEP 与周质空间内葡萄糖间的磷酸级联传递,并
同时将葡萄糖内质化。 可溶性的 EI 和 HPr 蛋白
是非底物专一性的,是所有磷酸转移酶系统中共
有组分,负责将胞内 PEP 的磷酸基团传递给糖专
一性的可溶性蛋白 EIIAGlc和 EIIBGlc;糖专一性的
膜整合蛋白 EIICGlc(和 EIIDGlc)负责识别糖分子,
并接受 EIIBGlc的磷酸,同时将周质空间内的糖分
子磷酸化和内质化。 其他的糖特异性 PTS 蛋白,
如甘露糖专一性的 EIIABMan和 EIICDMan,也具有亲
和转运葡萄糖的能力[1, 4] 。 另外,半乳糖的 2 种非
PTS运输载体 GalP 和 MglBAC 同样具有亲和、转
运葡萄糖的能力,前者为糖与 H+同向运输载体,后
者为 ABC ( ATP⁃binding cassette transporter, ABC)
运输载体;通过这 2 个转运系统内质化的葡萄糖
需要进一步经过 Glk(glk)催化并以 ATP 为磷酸供
体将葡萄糖磷酸化为葡萄糖 6 磷酸,以进入糖
酵解途径[5] 。
PTSGlc不仅是葡萄糖转运的主要途径,而且在
细胞内全局信号调节中也起关键作用。 当环境中
存在葡萄糖和其他 C 源时,PTSGlc调控细胞优先吸
收利用葡萄糖,然后再利用其他 C 源。 笔者总结了
葡萄糖存在时的碳分解代谢抑制作用,并讨论了如
何通过代谢工程改造使得大肠杆菌能够同时利用
多种混合 C源。
1 碳分解代谢抑制作用
C源的高效利用对于微生物在竞争的自然环境
下维持生存是十分重要的。 为了有效地利用 C 源,
细菌在不断的进化中获得了一种自身调节机制,即
选择性优先利用能够供自身快速生长的 C 源(如葡
萄糖),抑制次要 C 源转运和代谢所需酶的合成和
激活,这个现象被定义为碳分解代谢抑制( carbon
catabolite repression,CCR)。 该机制导致了 C 源的
先后利用,从而引起细菌的二次生长现象。 在大肠
杆菌中,CCR 参与细胞内 cAMP(cyclic AMP)、腺苷
酸环化酶 ( adenylate cyclase, AC)、代谢激活蛋白
(CAP)和 PTSG lc中 EIIAGlc间的信号调节[6]。
其中,对碳分解代谢抑制影响最大的 2 个因
素分别是 cAMP cAMP 受体蛋白( CRP)的转录
调控作用和诱导物阻遏作用,这 2 种作用机制都
是以 PTSGlc组分中 EIIA 的磷酸化水平为调节信
号。 此外,胞质中 PEP / PYR 比率以及一些专一
性的转录调控因子也参与碳分解代谢抑制作用
的发生(图 1) 。
图 1 大肠杆菌的 PTSGlc参与的葡萄糖转运及碳分解代谢抑制作用
Fig 1 Glucose transport system and carbon catabolite repression related with PTSGlc in Escherichia coli
1 1 cAMP CRP信号调节
在大肠杆菌中,CAP 能够激活一百多个启动子
的表达,同时对一些基因的转录起抑制作用[7]。
CAP 需要先与其变构调节因子 cAMP 形成复合物
才能有效地结合到目标基因启动子区域的操纵序
列上,因此 CAP 的全局信号调控取决于胞内的
cAMP 浓度。 cAMP 是由 AC 催化生成的,AC 的活
性又依赖于磷酸化的 EIIAGlc(EIIAGlc P)。 除了调
控碳分解代谢相关基因,CAP 还直接参与调控许多
其他胞内过程,如全局调控因子(FIS)的表达[8]、三
羧酸循环(TCA)和呼吸作用[9-10]、渗透调节[11]、生
物膜形成[12]、氮的同化[13]和小的非编码 RNAs(如
Spot42和 CyaR RNAs) [14]等。
当大肠杆菌以葡萄糖或其他 PTS 糖类为 C 源
生长时,胞内 PEP 浓度较高且 EIIAGlc大多以非磷酸
化状态存在,降低培养基中葡萄糖浓度可以使
011 生 物 加 工 过 程 第 12卷
EIIAGlc磷酸化程度提高,而 EIIAGlc P 与 AC 的羧基
区域结合并激活 AC 的酶活性[15-16]。 AC 的激活使
得胞内 cAMP 水平提高, cAMP 与其受体蛋白
(cAMP receptor protein,CRP)结合形成 cAMP CRP
复合物,并激活许多分解代谢相关的基因和操纵子
(如乳糖、蜜二糖、甘油和麦芽糖等的分解代谢)。
也就是说,优势 C 源存在降低了细胞内的 cAMP
CRP 水平,使得次级 C源的利用能力降低从而起到
抑制作用。 Inada 等[17] 和 Deutscher 等[18] 认为
cAMP CRP 介导的分解代谢基因的调控主要是在
生长延迟期发挥作用,而后的 CCR是由诱导物阻遏
调节的。
1 2 诱导物阻遏
诱导物阻遏( inducer exclusion)是一种 C 源的
代谢抑制另一种 C 源吸收利用的现象。 在大肠杆
菌中,PTSGlc中非磷酸化形式的 EIIAGlc是导致诱导
物阻遏作用的关键信号。 以大肠杆菌 lac 操纵子的
经典模型为例[16,19],当培养基中同时存在葡萄糖和
乳糖 2种 C 源时,葡萄糖被优先利用,此时,磷酸基
团在 PTSGlc蛋白间进行级联传递,PEP 和 EIIAGlc P
浓度都很低,而非磷酸化的 EIIAGlc与乳糖透性酶
LacY(乳糖:H+同向转运载体)结合使之失活,将导
致胞外的乳糖无法转运进胞内,使得乳糖分解代谢
基因( lac操纵子)表达所需的诱导剂(异乳糖)无法
生成,进而抑制了乳糖的吸收和利用。 当葡萄糖被
耗尽只剩下乳糖为唯一 C 源时,EIIAGlc主要以磷酸
化形式存在,对 LacY 的阻遏作用被解除,使乳糖能
够被转运进入胞内。
有趣的是,Postma 等[19]发现,当培养基中还存
在与乳糖相同类型的 C源时,EIIAGlc与 LacY的相互
作用会被加强,这说明或许还存在其他调控作用。
此外,有研究调查了大肠杆菌全基因组并发现
EIIAGlc与若干非 PTSC源转运相关蛋白都存在共有
序列[20],包括麦芽糖转运蛋白(MalFGK2)、乳糖渗
透酶蛋白(LacY)、蜜二糖渗透蛋白(MelB)和蜜三
糖渗透蛋白(RafB)等,这说明 EIIAGlc可能通过诱导
物阻遏作用影响更多 C源的吸收和利用。
最终的 CCR现象往往是由这 2 种机制共同作
用的综合结果。 乳糖的吸收受 EIIAGlc P 抑制的同
时,lac的启动子还受 CAP 的激活[18]。 当葡萄糖吸
收完全,EIIAGlc P 的抑制作用解除,且细胞内的
CAP 水平提高。 乳糖对 lac操纵子诱导作用得以恢
复,这是诱导物阻遏作用的解除以及 CAP 使得 lac
操纵子转录水平加强两方面综合作用的结果[5]。
1 3 PEP / PYR比率的影响
大肠杆菌中,引起碳分解代谢抑制作用的主要
因素是非磷酸化形式的 EIIAGlc。 依赖于 PTS 途径
进行转运的碳水化合物的内质化过程会提高非磷
酸化形式的 EIIAGlc水平,但不是唯一因素。 Hogema
等[21]发现,大肠杆菌以非 PTS 糖类为 C 源时也会
提高非磷酸化形式的 EIIAGlc。 以葡萄糖 6 磷酸为
例,该糖的转运和第一步代谢反应不参与 EIIAGlc的
脱磷酸作用,糖酵解过程的后几步反应才是关键。
他们对 PEP 和丙酮酸(pyruvate,PYR)进行了定量
监测,发现它们与 EIIAGlc蛋白磷酸化水平有直接关
系,结果表明:当 PEP / PYR 比率降低时,EIIAGlc P
发生脱磷酸化作用,且这 2 个现象往往同时发生。
因此,PEP / PYR的比率可能直接导致不同 C 源间
的碳代谢抑制,反之该比率也受 C 源新陈代谢的
影响[22]。
1 4 DgsA(Mlc)转录调节因子
除了这 2种以 EIIAGlc磷酸化水平为信号的调控
外,E coli中还存在一些 PTSGlcC源分解代谢基因的
转录调控因子,这些转录调控因子包含有 PTSGlc调
节域。 DgsA(或 Mlc)被认为是一个转录水平的双
重调节因子[23],它能调控自身 mlc 基因、PTSGlc关键
基因 ptsHI、ptsG 和 manXYZ(编码甘露糖的 PTS 转
运,也能亲和转运若干其他己糖,如葡萄糖) [20,24-25]
的表达。
Mlc的抑制作用和 cAMP CRP 的激活作用直接
与 PTSGlc组分的磷酸化水平相关。 C源底物对 PTSGlc
途径的激活导致 EIIBCGlc和 EIIAGlc主要为非磷酸化
形式。 此时 EIIBCGlc与Mlc结合并将Mlc与其所结合
的 DNA 隔离开,于是 Mlc 得以表达并能够抑制
PTSGlc基因的表达,并降低葡萄糖的转运速率[26]。 而
后 Nam 等[26]给出了 EIIBCGlc Mlc 复合体的晶体结
构:Mlc四聚物与 4 个膜整合蛋白 EIIBCG lc结合的复
合体结构,从而进一步揭示了 Mlc的作用机制。
大肠杆菌以葡萄糖或其他能被快速利用的
PTSC源(如 N⁃acetyglucosamine和甘露糖等)为底物
生长时不受 Mlc 的抑制,非 PTSC 源(如乳糖、麦芽
糖和蔗糖)也不受影响。 而麦芽糖(非 PTS 糖)在一
定程度上受 Mlc抑制,这可能与细胞内葡萄糖和葡
萄糖 1 磷酸的浓度有关[16,19,25]。 除 CRP 外,基因
mlc几乎不受其他因子的调控,Decker 等[27]证实该
调控过程为转录后调控。
111 第 1期 张 旭等:大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的研究进展
2 CCR对 E coli混合 C源利用的影响
大肠杆菌中调控 CCR 作用的若干途径组成了
一个复杂的网络,其目的主要是:①从混合的生长
介质中优先利用能够对自身快速代谢的 C 源;②根
据细胞自身的代谢能力限制对于 C 源的吸收利用,
避免负担过重和能源浪费。 CCR 是一个较复杂的
调控过程,在不同的多 C 源组合中,大肠杆菌的 C
源利用顺序以及利用速率不同。 总的来说是从 2个
角度进行调节:一是不激活次要 C 源的利用,二是
抑制次要 C 源的利用。 混合 C 源成分不同,C 源的
代谢顺序、CCR现象形成机制以及缓解 CCR影响的
方法都存在差异。 不论是哪种或哪几种机制引起
CCR作用,几乎都与 PTS 途径密切相关,因此针对
不同的机制,对 PTS进行定向改造可以有效地缓解
CCR作用(表 1)。
表 1 大肠杆菌中常见混合 C源分解代谢抑制特点及解除方法
Table 1 Feature and remove method common of carbon mixture catabolite repression in Escherichia coli
优势 C源 次要 C源 转运方式 CCR主要机制 混合 C源利用
葡萄糖
乳糖 非 PTS EIIA
Glc LacY;
cAMP CRP
ptsG缺失;
解除诱导物阻遏,提高 cAMP CRP 水平
麦芽糖 非 PTS EIIAGlc MalFGK2复合体;
crr缺失;
解除诱导物阻遏
木糖 非 PTS 受 PTS影响,但具体机制尚不明确
PTS突变;
解除碳分解代谢抑制作用
甘油 非 PTS EIIA
Glc 甘油 3 磷酸;
EIIAGlc GK;调控因子 GlpR
ptsG缺失;
解除诱导物阻遏
β 葡萄糖苷 PTS bgl转录调节系统 ptsH缺失;解除转录因子抑制作用
2 1 葡萄糖和乳糖
葡萄糖对乳糖的诱导物阻遏作用是受非磷酸化
的 EIIAGlc激活的。 LacY蛋白结合底物中的乳糖后发
生某种构象的改变,才能与 EIIAGlc发生随后的作用。
这种只有在乳糖存在时才发生的 EIIAGlc LacY的条
件性结合作用,实际上避免了当非 PTS糖类不存在时
对 PTS组分的浪费[17]。 Hogema 等[28]在通过添加外
源的 cAMP 激活 lac基因的表达来抵抗葡萄糖对乳糖
的抑制作用,结果发现菌体的生长受到抑制,这说明
大肠杆菌能够耐受一定程度上的 lac调控,而 CCR作
用的排除反而有可能对生长带来不利。
在葡萄糖和乳糖混合物中,β 半乳糖苷酶的表
达往往被抑制。 Deutscher 等[18]分别通过在培养基
中添加异丙基 硫代 β 半乳糖苷( IPTG)、缺失 crr
基因或过表达 LacY 的方法,均消除该抑制现象。
一些结果还表明在大肠杆菌中,葡萄糖对乳糖利用
的抑制作用更主要是受 cAMP CRP 水平的影响。
2 2 葡萄糖和麦芽糖
大肠杆菌利用麦芽糖时需要malE编码的麦芽糖
结合蛋白和多亚基的 ABC 转运蛋白 MalFGK2 [29
-31],
该蛋白是由可溶性的MalK亚基与透性酶的 2个膜结
合亚基 MalF和 MalG紧密结合而形成[32-33]。 麦芽糖
结合蛋白(maltose binding protein,MBP)携带麦芽糖
与 MalFGK2结合,MalK激活 ATP 水解提供能量并将
麦芽糖转运到细胞内[34-36]。 麦芽糖和葡萄糖共存
时,非磷酸化的 EIIAGlc结合到麦芽糖转运蛋白 MalF
和 MalG亚基上阻碍麦芽糖进入胞质[37-39]。 已有研
究证明了 EIIAGlc和目标蛋白结合位点的生物化学特
性,Chen 等[40]借助 X 线和晶体学知识首次给出了
E coli中 EIIAGlc和麦芽糖转运蛋白复合体的晶体结
构,是首次以蛋白质晶体结构揭示了 CCR的机制。
2 3 葡萄糖和木糖
葡萄糖和木糖是木质纤维素水解液的主要成
分。 木糖有独立于葡萄糖的转运和分解代谢途径。
通过大肠杆菌 PTS 途径的突变(ptsIHcrr / ptsG)能明
显解除葡萄糖和木糖混合发酵时的二次生长现象。
有研究将大肠杆菌 PTS Glc+突变菌株[41]培养于均
为 1 g / L的葡萄糖、阿拉伯糖和木糖混合 C源中,结
果葡萄糖和阿拉伯糖首先被同时消耗,而木糖的利
用被抑制直至葡萄糖和阿拉伯糖耗尽[42]。
葡萄糖和木糖是木质纤维素水解液的主要成
分,解除碳分解代谢抑制的大肠杆菌工程菌株可用
211 生 物 加 工 过 程 第 12卷
于以木质纤维素水解液为原料生产乙醇、乳酸和琥
珀酸等生物产品。
但是,大肠杆菌中葡萄糖与木糖间的代谢抑制
机制尚不明确,目前葡萄糖和木糖高效共利用的很
多研究仍以酵母菌为宿主。 尽管微生物利用混合 C
源发酵的研究进展不断被报道,要想将木质纤维素
原料更广泛地用于微生物的生产发酵还需要进一
步努力。
2 4 葡萄糖和甘油
EIIAGlc与甘油激酶(glycerol kinase,GK)结合阻
碍甘油 3 磷酸的产生,甘油 3 磷酸是甘油进入
细胞和分解代谢基因表达的诱导剂[43]。 而 Holtman
等[43]研究认为,比起 EIIAGlc的阻遏作用,果糖 1,
6 二磷酸(FBP)对甘油激酶的构象的影响才是引
起葡萄糖对甘油代谢抑制作用的最主要因素。 此
外,一些调控因子(如 GlpR)也在一定程度上参与了
CCR过程[44-46]。
2 5 葡萄糖和 β 葡萄糖苷
在大肠杆菌中,有许多 PTS 底物的分解代谢受
转录调节因子调控。 bgl感应系统调节 β 葡萄糖苷
的代谢抑制作用。 该系统包括一个膜结合的糖感
应器 /透性酶和一个调控糖代谢基因表达的抗转录
终止因子[47]。 bgl 操纵子包括 bglG、bglF 和 bglB 3
个基因;BglG 是 1 个抗转录终止因子,其活性受
BglF调控;BglF是催化 β 葡萄糖苷磷酸化和内质
化的 PTS透性酶。 当存在 β 葡萄糖苷为唯一 C 源
时,BglF将磷酸基团传递给 β 葡萄糖苷并将其内
质化,而 HPr 可以将部分磷酸基团传递给 BglG 使
其处于激活状态,从而能够抗 bgl 转录终止[15,48]。
当葡萄糖和 β 葡萄糖苷共存时,HPr将磷酸基团高
效地传递给 EIIAGlc以供葡萄糖的高效吸收,BglG 处
于非磷酸化状态(非激活状态),基因 bgl 的转录被
提前终止而无法正常表达 β 葡萄糖苷转运蛋白
BglF,β 葡萄糖苷的吸收受到抑制。 PTS 途径中编
码 HPr的 ptsH基因的缺失可以使葡萄糖和 β 葡萄
糖苷被共同利用。
3 混合 C 源共利用在工程大肠杆菌
中的应用
生物质资源包括农作物、树木等植物及其残体、
畜禽粪便和有机废弃物,其中纤维素类物质占其总量
的 80%以上。 这些生物质的水解产物是若干单糖的
混合物,包括葡萄糖、阿拉伯糖和木糖等。 在利用生
物质原料进行生物制造过程中面临一个非常重要的
问题,即在葡萄糖内质化的过程中,除葡萄糖以外的
C源代谢过程受到消除碳分解代谢抑制作用,共利用
水解液中多种 C源的方法将会在生物产品的生产中
占有优势,既能缩短发酵时间又能提高目的产物的产
率[3,49-51]。 大肠杆菌含有许多糖转运及其代谢途径,
具有利用多种 C源的能力。 为了使葡萄糖和木糖能
够被共利用,同时利用混合糖进行生物制造,就需要
对大肠杆菌的代谢途径进行工程改造。 主要的方
法[52]包括:①消除碳分解代谢抑制,②增强葡萄糖的
转运能力,③增加戊糖磷酸途径的活性,④减少不必
要的副产物途径对 C源的浪费。
最早利用大肠杆菌生产乙醇的研究开始于引
入外源的 pdcZm和 adhBZm [53]。 Cordaro 等[54]用磷霉
素筛选出不能转运 PTS 糖的突变菌株,并发现这些
突变大多发生在 ptsI基因。 接下来在这些突变株中
筛选出 1株糖耗速率快且能共利用葡萄糖、阿拉伯
糖和木糖(初始质量浓度均各 30 g / L)的菌株进行
发酵,结果表明与亲本菌株相比,乙醇产量提高了
20%。 而后 ptsG 缺陷型菌株被应用于混合 C 源发
酵生产乙醇的研究中[55]。 ptsG 的缺失既解除了
CCR作用,又能在很大程度上降低乙酸的积累,而
且糖耗尽的时间仅为野生型的一半[56]。 在该突变
株中转入过表达 pdcZm和 adhBZm′的质粒,以 LB培养
基中添加各 4 g / L的葡萄糖和木糖为发酵培养基得
到的乙醇为 35 g / L,比野生型提高了 0 6%。 随后
有研究在 PTS-Glc-菌株中用连续培养的方法筛选
出 PTS-Glc+突变株[41],发现当其生长于葡萄糖、阿
拉伯糖和木糖各 1 g / L 的混合 C 源中时,不但糖耗
速率加快,且发酵结束时发酵液中没有乙酸积累。
Nichols 等[55] 构建了大肠杆菌工程菌株 FBR16
(W3110ΔptsGΔpflΔfrdABCD,并在质粒上过表达来
自运动发酵单胞菌的 pdc 和 adhB 基因),发现它能
够从混合糖溶液中稳产乙醇。 厌氧发酵 70 h(质量
分数 3 7% 葡萄糖、3 6% 木糖和 1 9% 阿拉伯糖),
乙醇平均产量为(0 75 ± 0 01) g / ( L·h),产率为
0 51 g / g。 这些基因工程改造大肠杆菌能够共利用
混合 C源,使得以木质纤维素水解液为原料生产乙
醇成为可能。
L 乳酸是许多工业应用中的化学前体[57 ],可
以通过在缺失大肠杆菌丙酮酸甲酸裂解酶(PFL)和
乳酸脱氢酶(LDH)编码基因的双基因突变菌株中
转入来自牛链球菌的乳酸脱氢酶基因来生产。 为
311 第 1期 张 旭等:大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的研究进展
了同时利用多种 C 源生产乳酸,在该工程菌中进一
步敲除了 ptsG 基因。 各以 50 g / L 的葡萄糖和木糖
混合 C源最终发酵得到乳酸产率为 0 77 g / g,相比
野生型提高了 60%[58]。 随后 Eiteman 等[59]在发酵
培养基中同时接入 2 种菌株 E coli ALS1073( pflB
glk ptsG manZ) (只利用木糖)和 E coli ALS1074
(pflB xylA)(只利用葡萄糖)以同时利用葡萄糖和木
糖来生产乳酸。 与以往的方法不同,这个策略虽然
没有从遗传改造角度解除 CCR作用,但完全避免了
同一细胞不同 C 源间的分解代谢抑制作用对双 C
源共利用的影响。
为了高效共发酵混合 C 源生产聚羟基脂肪酸酯
(PHA),Li等[60]构建了解除 CCR作用的 PTS 突变型
大肠杆菌菌株。 E coli LR1010(引入 phaCRe和 phaABRe
基因) 能够共利用葡萄糖和木糖并积累短链 PHA,而
E coli LR1120 (引入 phaC1基因)和 LR1110(PTS-,并
引入 phaC1基因)则能积累中长链 PHA,LR1110还能
共利用葡萄糖和脂肪酸。 半定量逆转录聚合酶链式反
应 ( semi⁃quantitative reverse transcriptase⁃polymerase
chain reaction,semi RT⁃PCR)结果表明,PTS 途径的改
造解除了对 fad基因的抑制作用。
琥珀酸被认为是一种关键的平台化学制剂,具
有许多工业用途。 以野生型大肠杆菌为发酵菌株
时存在明显的碳代谢抑制现象,不利于混合 C 源的
高效利用以积累琥珀酸。 Wang 等[61]首次以玉米秸
秆水解液为原料利用代谢工程 E coli 生产琥珀酸,
在野生型大肠杆菌 W1485 中敲除了 ptsG、 ldhA 和
pflB,并转入过表达磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因
(ppc)的质粒,最终得到了 SD121 菌株。 以玉米秸
秆水解液为底物(初始糖质量浓度为 44 g / L),以
SD121为发酵菌株,在 3 L厌氧发酵罐里发酵 84 h,
琥珀酸最终产量为 36 55 g / L,产率为 0 83 g / g(以
混合糖计)。 在有氧 厌氧双阶段发酵中,琥珀酸最
终产量为 57 81 g / L,产率为 0 87 g / g 糖混合物。
比起模式化的混合 C 源,利用玉米秸秆水解液得到
了更高的琥珀酸产量。 这也说明以可再生生物质
水解液为原料生产琥珀酸具有很好的应用前景。
目前,利用代谢工程改造大肠杆菌以混合 C 源
为底物进行生物制造的方法正在日趋成熟,除了上
述几种产物,氨基酸和木糖醇等产品也可以通过类
似的方法得以高效积累。 随着基因工程和发酵技
术的发展,利用大肠杆菌工程菌株生产化学产品的
效率逐渐提高。 虽然木质纤维素水解液目前不一
定是积累某一代谢产物的最佳原料,但却是一种通
过生物学手段使可再生生物质资源得以再循环的
有效方法,有着重要的研究意义。
4 展 望
近年来,大肠杆菌在混合双 C 源中的代谢抑制
机制日渐明晰,对双 C源高效共利用的方法也趋于成
熟,但是 2种以上 C源同时存在时,大肠杆菌对 C源
的层级利用顺序还没有一个系统的研究。 或许将来
可以将不同双 C源共利用的手段联合起来,以应用于
更多 C源混合物的共利用中。 从现有的许多研究进
展中看到,为了解除 CCR作用,对菌株进行改造是一
个有效的方法,而获得 1个 PTS-Glc+突变型菌株是关
键。 目前,主要有 3种方法:①对 PTS-菌株在连续培
养基中进行适应性筛选,筛选培养出既能高效吸收葡
萄糖又能同时利用其他 C 源的菌株;②在 PTS-菌株
中将非 PTS途径的 GalP 原启动子替换成强启动子,
或直接将大肠杆菌的 galP 和 glk 替换成能高效表达
的来自 Z mobilis的同源基因;③在三重突变株(mgsA
pgi ptsG)中过表达 crp,从 cAMP⁃CRP 水平和诱导物
阻遏 2个方面的解除 CCR作用。 或许可以将不同双
C源共利用的手段联合起来,应用于更多 C源混合物
的共利用中。 随着研究者对参与碳分解代谢过程和
特定生物合成途径相关基因的转录组学特性的逐步
揭示及其在遗传改造中的应用,对于 CCR 与 PTS 相
互关系的认识逐渐全面和深入。 然而,为了扩大对细
胞内过程更全方面的认识,今后还需要对这些改造菌
株的蛋白质组学、代谢组学等特性进行更深入的分析
和探究。
参考文献:
[ 1 ] Gosset G Improvement of Escherichia coli production strains by
modification of the phosphoenolpyruvate:sugar phosphotransferase
system[ J] . Microb Cell Fact, 2005, 4 ( 1): 14 doi: 10 1186 /
1475⁃2859⁃4⁃14
[ 2 ] Ferenci T Hungry bacteria: definition and properties of a
nutritional state[J] .Environ Microbiol,2001,3(10):605⁃611
[ 3 ] Gosset G Production of aromatic compounds in bacteria[ J] .Curr
Opin Biotechnol,2009,20(6):651⁃658
[ 4 ] Saier M H, Jr T M Ramseier, Reizer J Regulation ofcarbon
utilization[C]∥Neidhardt F C,Curtiss III R,Ingraham J L,et
al Escherichia coli and Salmonella: cellular and molecular
biology Washington:ASM Press,1996:1325⁃1343
[ 5 ] Brückner R, Titgemeyer F Carbon catabolite repression in
bacteria:choice ofthe carbon source and autoregulatory limitation
411 生 物 加 工 过 程 第 12卷
of sugar utilization [ J] . FEMS Microbiol Lett, 2002, 209 ( 2):
141⁃148
[ 6 ] Busby S, Ebright R H Transcription activation by catabolite
activator protein ( CAP ) [ J ] . J Mol Biol, 1999, 293 ( 2 ):
199⁃213
[ 7 ] Nasser W, Schneider R, Travers A, et al CRP modulates fis
transcription by alternate formation of activating and repressing
nucleoprotein complexes [ J] . J Biol Chem, 2001, 276 ( 21 ):
17878⁃17886
[ 8 ] Gama⁃Castro S, Salgado H, Peralta⁃Gil M, et al RegulonDB
version 7 0: transcriptional regulation of Escherichia coli K⁃12
integrated within genetic sensory response units (Gensor Units)
[J] .Nucleic Acids Res,2011,39(1):D98⁃D105
[ 9 ] Keseler I M,Collado⁃Vides J,Santos⁃Zavaleta A,et al EcoCyc:a
comprehensive database of Escherichia coli biology [ J] . Nucleic
Acids Res,2011,39(1):D583⁃D590
[10] Landis L,Xu J,Johnson R C The cAMP receptor protein CRP
can function as an osmoregulator of transcription in Escherichia
coli[J] .Genes Dev,1999,13(23):3081⁃3091
[11] Jackson D W, Simecka J W, Romeo T Catabolite repression
ofEscherichia coli biofilm formation [ J] . J Bacteriol, 2002, 184
(12):3406⁃3410
[12] Mao X J,Huo Y X,Buck M,et al Interplay between CRP⁃cAMP
and PII⁃Ntr systems forms novel regulatory network between
carbon metabolism and nitrogen assimilation in Escherichia coli
[J] .Nucleic Acids Res,2007,35(5):1432⁃1440
[13] De Lay N, Gottesman S The Crp⁃activated small noncoding
regulatory RNA CyaR (RyeE) links nutritional status to group
behavior[J] .J Bacteriol,2009,191(2):461⁃476
[14] Park Y H,Lee B R, Seok Y J, et al In vitro reconstitution of
catabolite repression in Escherichia coli[ J] . J Biol Chem,2006,
281(10):6448⁃6454
[15] Görke B,Stülke J Carbon catabolite repression in bacteria:many
ways to make the most out of nutrients[ J] . Nat Rev Microbiol,
2008,6(8):613⁃624
[16] Deutscher J The mechanisms of carbon catabolite repression in
bacteria[J] .Curr Opin Microbiol,2008,11(2):87⁃93
[17] Inada T,Kimata K,Aiba H Mechanism responsible for glucose⁃
lactose diauxie in Escherichia coli:challenge to the cAMP model
[J] .Genes Cells,1996,1(3):293⁃301
[18] Deutscher J, Francke C, Postma P W How phosphotransferase
system⁃related protein phosphorylation regulates carbohydrate
metabolism in bacteria[J] . Microbiol Mol Biol Rev, 2006, 70
(4):939⁃1031
[19] Postma P W,Lengeler J W,Jacobson G R Phosphoenolpyruvate:
carbohydrate phosphotransferase systems of bacteria[J] .Microbiol
Mol Biol Rev,1993,57(3):543⁃594
[20] Plumbridge J Regulation of gene expression in the PTS in
Escherichia coli:the role and interactions of Mlc[ J] . Curr Opin
Microbiol,2002,5(2):187⁃193
[21] Hogema B M, ArentsJ C, Bader R, et al Inducer exclusion in
Escherichia coli by non⁃PTS substrates: the role of the PEP to
pyruvate ratio in determining the phosphorylation state of enzyme
IIAGlc[J] .Mol Microbiol,1998,30(3):487⁃498
[22] Escalante A,Cervantes A S,Gosset G,et al Current knowledge of
the Escherichia coli phosphoenolpyruvate⁃carbohydrate phospho
transferase system: peculiarities of regulation and impact on
growth and product formation[J] . Appl Microbiol Biotechnol,
2012,94(6):1483⁃1494
[23] Kimata K,Inada T,Tagami H,et al A global repressor (Mlc) is
involved in glucose induction of the ptsG gene encoding major
glucose transporter in Escherichia coli[J] .Mol Microbiol,1998,29
(6):1509⁃1519
[24] Plumbridge J DNA binding sites for the Mlc and NagC proteins:
regulation of nagE, encoding the N⁃acetylglucosamine⁃specific
transporter in Escherichia coli[ J] . Nucleic Acids Res,2001,29
(2):506⁃514
[25] Nam T W,Cho S H,Shin D,et al The Escherichia coli glucose
transporter enzyme IICBGlc recruits the global repressor Mlc[ J] .
EMBO J,2001,20(3):491⁃498
[26] Nam T W, Jung H I, An Y J, et al Analyses of Mlc⁃IIBGlc
interaction and a plausible molecular mechanism of Mlc
inactivation by membrane sequestration[J] . PNAS, 2008, 105
(10):3751⁃3756
[27] Decker K, Plumbridge J, Boos W Negative transcriptional
regulation of a positive regulator:the expression of malT,encoding
the transcriptional activator of the maltose regulon of Escherichia
coli,is negatively controlled by Mlc[ J] .Mol Microbiol,1998,27
(2):381⁃390
[28] Hogema B M,Arents J C,Bader R,et al Autoregulation of lactose
uptake through the LacY permease by enzyme IIAGlc of the PTS in
Escherichia coli K⁃12[J] . Mol Microbiol, 1999, 31 ( 6 ):
1825⁃1833
[29] Kimata K,Takahashi H, Inada T,et al cAMP receptor protein⁃
cAMP plays a crucial role in glucose⁃lactose diauxie by activating
the major glucose transporter gene in Escherichia coli[ J] .PNAS,
1997,94(24):12914⁃12919
[30] Boos W,Shuman H Maltose / maltodextrin system of Escherichia
coli:transport,metabolism,and regulation[ J] .Microbiol Mol Biol
Rev,1998,62(1):204⁃229
[31] Fetsch E E,Davidson A L Maltose transport through the inner
membrane of E coli[J] .Front Biosci,2003,8:d652⁃d660
[32] Landmesser H, Stein A, Blüschke B, et al Large⁃scale
purification,dissociation and functional reassembly of the maltose
ATP⁃binding cassette transporter ( MalFGK2 ) of Salmonella
typhimurium[J] .Biochim Biophys Acta,2002,1565(1):64⁃72
[33] Hunke S,Mourez M,Jéhanno M,et al ATP modulates subunit⁃
subunit interactions in an ATP⁃binding cassette transporter
(MalFGK2) determined by site⁃directed chemical cross⁃linking
[J] .J Biol Chem,2000,275(20):15526⁃15534
[34] Mourez M, Hofnung M, Dassa E Subunit interactions in ABC
transporters: a conserved sequence in hydrophobic membrane
511 第 1期 张 旭等:大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的研究进展
proteins of periplasmic permeases defines an important site of
interaction with the ATPase subunits[J] . EMBO J, 1997, 16
(11):3066⁃3077
[35] Chen J, Sharma S, Quiocho F A, et al Trapping the transition
state of an ATP⁃binding cassette transporter: evidence for a
concerted mechanism of maltose transport [ J] . PNAS,2001,98
(4):1525⁃1530
[36] Diederichs K,Diez J,Greller G,et al Crystal structure of MalK,
the ATPase subunit of the trehalose / maltose ABC transporter of
the archaeon Thermococcus litoralis[J] .EMBO J,2000,19(22):
5951⁃5961
[37] Joly N,Böhm A,Boos W,et al MalK,the ATP⁃binding cassette
component of the Escherichia coli maltodextrin transporter,inhibits
the transcriptional activator MalT by antagonizing inducer binding
[J] .J Biol Chem,2004,279(32):33123⁃33130
[38] Böhm A,Diez J,Diederichs K,et al Structural model of MalK,
the ABC subunit of the maltose transporter of Escherichia coli
implications for mal gene regulation, inducer exclusion, and
subunit assembly[J] .J Biol Chem,2002,277(5):3708⁃3717
[39] Dean D A,Reizer J,Nikaido H,et al Regulation of the maltose
transport system of Escherichia coli by the glucose⁃specific enzyme
III of the phosphoenolpyruvate⁃sugar phosphotransferase system:
characterization of inducer exclusion⁃resistant mutants and
reconstitution of inducer exclusion in proteoliposomes[ J] . J Biol
Chem,1990,265(34):21005⁃21010
[40] Chen S, Oldham M L, Davidson A L, et al Carbon catabolite
repression of the maltose transporter revealed by X⁃ray
crystallography[J] .Nature,2013,499:364⁃368
[41] Hernández⁃Montalvo V,Valle F,Bolivar F,et al Characterization
of sugar mixtures utilization by an Escherichia coli mutant devoid
of the phosphotransferase system[ J] .Appl Microbiol Biotechnol,
2001,57(1 / 2):186⁃191
[42] Jojima T,Omumasaba C A, Inui M,et al Sugar transporters in
efficient utilization of mixed sugar substrates:current knowledge
and outlook [ J ] . Appl Microbiol Biotechnol, 2010, 85 ( 3 ):
471⁃480
[43] Holtman C K,Pawlyk A C,Meadow N D,et al Reverse genetics
of Escherichia coli glycerol kinase allosteric regulation and glucose
control of glycerol utilization in vivo[ J] . J Bacteriol,2001,183
(11):3336⁃3344
[44] Lin E C C Glycerol dissimilation and its regulation in bacteria
[J] .Ann Rev Microbiol,1976,30(1):535⁃578
[45] Larson T J, Ye S Z,Weissenborn D L, et al Purification and
characterization of the repressor for the sn⁃glycerol 3⁃phosphate
regulon of Escherichia coli K12[J] .J Biol Chem,1987,262(33):
15869⁃15874
[46] Weissenborn D L, Wittekindt N, Larson T J Structure and
regulation of the glpFK operon encoding glycerol diffusion
facilitator and glycerol kinase of Escherichia coli K⁃12[ J] .J Biol
Chem,1992,267(9):6122⁃6131
[47] Amster⁃Choder O The bgl sensory system: a transmembrane
signaling pathway controlling transcriptional antitermination[ J] .
Curr Opin Microbiol,2005,8(2):127⁃134
[48] Görke B,Rak B Catabolite control of Escherichia coli regulatory
protein BglG activity by antagonistically acting phosphorylations
[J] .EMBO J,1999,18(12):3370⁃3379
[49] Chiang C J, Lee H M,Guo H J, et al Systematic approach to
engineer Escherichia coli pathways for co⁃utilization of a glucose⁃
xylose mixture [ J ] . J Agric Food Chem, 2013, 61 ( 31 ):
7583⁃7590
[50] Malherbe S, Cloete T E Lignocellulose biodegradation:
fundamentals and applications[ J] .Rev Environ Sci Biotechnol,
2002,1(2):105⁃114
[51] Keasling J D Manufacturing molecules through metabolic
engineering[J] .Science,2010,330:1355⁃1358
[52] Yao R,Hirose Y,Sarkar D,et al Catabolic regulation analysis of
Escherichia coli and its crp,mlc,mgsA,pgi and ptsG mutants[ J] .
Microb Cell Fact,2011,10:67 doi:10 1186 / 1475⁃2859⁃10⁃67
[53] Lindsay S E, Bothast R J, Ingram L O Improved strains of
recombinant Escherichia coli for ethanol production from sugar
mixtures[J] .Appl Microbiol Biotechnol,1995,43(1):70⁃75
[54] Cordaro J C,Melton T,Stratis J P,et al Fosfomycin resistance:
selection method for internal and extended deletions of the
phosphoenolpyruvate: sugar phosphotransferase genes of
Salmonella typhimurium[J] .J Bacteriol,1976,128(3):785⁃793
[55] Nichols N N,Dien B S,Bothast R J Use of catabolite repression
mutants for fermentation of sugar mixtures to ethanol [ J] . Appl
Microbiol Biotechnol,2001,56(1 / 2):120⁃125
[56] Kang Z,Geng Y,Kang J,et al Engineering Escherichia coli for an
efficient aerobic fermentation platform [ J] . J Biotechnol, 2009,
144(1):58⁃63
[57] Jarvis L Lactic acid outlook up aspolylactide nears market [ J] .
Chem Market Rep,2001,259(9):5⁃14
[58] Dien B S, Nichols N N, Bothast R J Fermentation of sugar
mixturesusing Escherichia coli catabolite repression mutants
engineered for production of L⁃lactic acid [ J] . J Ind Microbiol
Biotechnol,2002,29(5):221⁃227
[59] Eiteman M A,Lee S A,Altman R,et al A substrate⁃selective co⁃
fermentation strategy with Escherichia coli produces lactate by
simultaneously consuming xylose and glucose[J] . Biotechnol
Bioeng,2009,102(3):822⁃827
[60] Li R,Chen Q,Wang P G,et al A novel⁃designed Escherichia coli
for the production of various polyhydroxyalkanoates from
inexpensive substrate mixture [ J] . Appl Microbiol Biotechnol,
2007,75(5):1103⁃1109
[61] Wang D,Li Q,Yang M, et al Efficient production of succinic
acid from corn stalk hydrolysates by a recombinant Escherichia
coli with ptsG mutation [ J] . Process Biochem, 2011, 46 ( 1):
365⁃371
(责任编辑 荀志金)
611 生 物 加 工 过 程 第 12卷