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Carbon catabolite repression and co-utilization of mixed carbon sources in Escherichia coli

大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合C源共利用的研究进展



全 文 :第 12卷第 1期
2014年 1月
生  物  加  工  过  程
Chinese Journal of Bioprocess Engineering
Vol􀆰 12 No􀆰 1
Jan􀆰 2014
doi:10􀆰 3969 / j􀆰 issn􀆰 1672-3678􀆰 2014􀆰 01􀆰 016
收稿日期:2013-10-23
基金项目:国家重点基础研究发展计划(973计划)(2011CB707405)
作者简介:张  旭(1989—),女,天津人,硕士研究生,研究方向:微生物代谢工程;祁庆生(联系人),教授,E⁃mail:qiqingsheng@ sdu􀆰 edu􀆰 cn
大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的
研究进展
张  旭,李宜奎,祁庆生
(山东大学 微生物技术国家重点实验室,济南 250100)
摘  要:总结了大肠杆菌中 C源分解代谢(carbon catabolite repression,CCR)现象的原理及特点,综述并分析了如何
通过对宿主菌进行基因工程改造以解除碳代谢抑制,以实现大肠杆菌利用多种 C源。
关键词:磷酸转移酶系统;碳分解代谢抑制;混合 C源;大肠杆菌
中图分类号:Q936        文献标志码:A        文章编号:1672-3678(2014)01-0109-08
Carbon catabolite repression and co⁃utilization of mixed
carbon sources in Escherichia coli
ZHANG Xu,LI Yikui,QI Qingsheng
(State Key Laboratory of Microbial Technology,Shandong University,Jinan 250100,China)
Abstract:The recent development in carbon catabolite repression(CCR) and its effect on carbon resource
utilization are summarized􀆰 Meanwhile, the co⁃utilization of the mixed carbon sources in engineered
Escherichia coli are analyzed and prospected􀆰
Key words:phosphotransferase system;carbon catabolite repression;mixed carbon sources;Escherichia coli
    大肠杆菌利用环境中的碳水化合物作为生长
代谢的 C 源和能源时,需要经过两层同轴心的外
膜和内膜(细胞质膜)将其从细胞外转运到细胞质
内。 以大肠杆菌偏好的 C 源和能源———葡萄糖为
例(图 1),大肠杆菌先通过位于外膜上的非特异
性的 OmpC、OmpF 和 LamB 孔蛋白以自由扩散的
方式将细胞外的糖分子运输到周质空间[1] ;而后
通过激活内膜上特异性的糖转运系统以主动运输
的方式将周质空间的糖分子运送到细胞内。 葡萄
糖专一性的磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)依赖的磷酸
转移酶系统(PTSGlc)是大肠杆菌将周质空间内的
葡萄糖转运到细胞质内的主要运输途径[1-3] 。
PTSGlc由 4 个蛋白 EI ( ptsI)、 HPr ( ptsH)、 EIIAGlc
( crr)、 EIIBCGlc ( ptsG)组成,这些蛋白参与胞内
PEP 与周质空间内葡萄糖间的磷酸级联传递,并
同时将葡萄糖内质化。 可溶性的 EI 和 HPr 蛋白
是非底物专一性的,是所有磷酸转移酶系统中共
有组分,负责将胞内 PEP 的磷酸基团传递给糖专
一性的可溶性蛋白 EIIAGlc和 EIIBGlc;糖专一性的
膜整合蛋白 EIICGlc(和 EIIDGlc)负责识别糖分子,
并接受 EIIBGlc的磷酸,同时将周质空间内的糖分
子磷酸化和内质化。 其他的糖特异性 PTS 蛋白,
如甘露糖专一性的 EIIABMan和 EIICDMan,也具有亲
和转运葡萄糖的能力[1, 4] 。 另外,半乳糖的 2 种非
PTS运输载体 GalP 和 MglBAC 同样具有亲和、转
运葡萄糖的能力,前者为糖与 H+同向运输载体,后
者为 ABC ( ATP⁃binding cassette transporter, ABC)
运输载体;通过这 2 个转运系统内质化的葡萄糖
需要进一步经过 Glk(glk)催化并以 ATP 为磷酸供
体将葡萄糖磷酸化为葡萄糖 6 磷酸,以进入糖
酵解途径[5] 。
PTSGlc不仅是葡萄糖转运的主要途径,而且在
细胞内全局信号调节中也起关键作用。 当环境中
存在葡萄糖和其他 C 源时,PTSGlc调控细胞优先吸
收利用葡萄糖,然后再利用其他 C 源。 笔者总结了
葡萄糖存在时的碳分解代谢抑制作用,并讨论了如
何通过代谢工程改造使得大肠杆菌能够同时利用
多种混合 C源。
1  碳分解代谢抑制作用
C源的高效利用对于微生物在竞争的自然环境
下维持生存是十分重要的。 为了有效地利用 C 源,
细菌在不断的进化中获得了一种自身调节机制,即
选择性优先利用能够供自身快速生长的 C 源(如葡
萄糖),抑制次要 C 源转运和代谢所需酶的合成和
激活,这个现象被定义为碳分解代谢抑制( carbon
catabolite repression,CCR)。 该机制导致了 C 源的
先后利用,从而引起细菌的二次生长现象。 在大肠
杆菌中,CCR 参与细胞内 cAMP(cyclic AMP)、腺苷
酸环化酶 ( adenylate cyclase, AC)、代谢激活蛋白
(CAP)和 PTSG lc中 EIIAGlc间的信号调节[6]。
其中,对碳分解代谢抑制影响最大的 2 个因
素分别是 cAMP cAMP 受体蛋白( CRP)的转录
调控作用和诱导物阻遏作用,这 2 种作用机制都
是以 PTSGlc组分中 EIIA 的磷酸化水平为调节信
号。 此外,胞质中 PEP / PYR 比率以及一些专一
性的转录调控因子也参与碳分解代谢抑制作用
的发生(图 1) 。
图 1  大肠杆菌的 PTSGlc参与的葡萄糖转运及碳分解代谢抑制作用
Fig􀆰 1  Glucose transport system and carbon catabolite repression related with PTSGlc in Escherichia coli
1􀆰 1  cAMP CRP信号调节
在大肠杆菌中,CAP 能够激活一百多个启动子
的表达,同时对一些基因的转录起抑制作用[7]。
CAP 需要先与其变构调节因子 cAMP 形成复合物
才能有效地结合到目标基因启动子区域的操纵序
列上,因此 CAP 的全局信号调控取决于胞内的
cAMP 浓度。 cAMP 是由 AC 催化生成的,AC 的活
性又依赖于磷酸化的 EIIAGlc(EIIAGlc P)。 除了调
控碳分解代谢相关基因,CAP 还直接参与调控许多
其他胞内过程,如全局调控因子(FIS)的表达[8]、三
羧酸循环(TCA)和呼吸作用[9-10]、渗透调节[11]、生
物膜形成[12]、氮的同化[13]和小的非编码 RNAs(如
Spot42和 CyaR RNAs) [14]等。
当大肠杆菌以葡萄糖或其他 PTS 糖类为 C 源
生长时,胞内 PEP 浓度较高且 EIIAGlc大多以非磷酸
化状态存在,降低培养基中葡萄糖浓度可以使
011 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
EIIAGlc磷酸化程度提高,而 EIIAGlc P 与 AC 的羧基
区域结合并激活 AC 的酶活性[15-16]。 AC 的激活使
得胞内 cAMP 水平提高, cAMP 与其受体蛋白
(cAMP receptor protein,CRP)结合形成 cAMP CRP
复合物,并激活许多分解代谢相关的基因和操纵子
(如乳糖、蜜二糖、甘油和麦芽糖等的分解代谢)。
也就是说,优势 C 源存在降低了细胞内的 cAMP
CRP 水平,使得次级 C源的利用能力降低从而起到
抑制作用。 Inada 等[17] 和 Deutscher 等[18] 认为
cAMP CRP 介导的分解代谢基因的调控主要是在
生长延迟期发挥作用,而后的 CCR是由诱导物阻遏
调节的。
1􀆰 2  诱导物阻遏
诱导物阻遏( inducer exclusion)是一种 C 源的
代谢抑制另一种 C 源吸收利用的现象。 在大肠杆
菌中,PTSGlc中非磷酸化形式的 EIIAGlc是导致诱导
物阻遏作用的关键信号。 以大肠杆菌 lac 操纵子的
经典模型为例[16,19],当培养基中同时存在葡萄糖和
乳糖 2种 C 源时,葡萄糖被优先利用,此时,磷酸基
团在 PTSGlc蛋白间进行级联传递,PEP 和 EIIAGlc P
浓度都很低,而非磷酸化的 EIIAGlc与乳糖透性酶
LacY(乳糖:H+同向转运载体)结合使之失活,将导
致胞外的乳糖无法转运进胞内,使得乳糖分解代谢
基因( lac操纵子)表达所需的诱导剂(异乳糖)无法
生成,进而抑制了乳糖的吸收和利用。 当葡萄糖被
耗尽只剩下乳糖为唯一 C 源时,EIIAGlc主要以磷酸
化形式存在,对 LacY 的阻遏作用被解除,使乳糖能
够被转运进入胞内。
有趣的是,Postma 等[19]发现,当培养基中还存
在与乳糖相同类型的 C源时,EIIAGlc与 LacY的相互
作用会被加强,这说明或许还存在其他调控作用。
此外,有研究调查了大肠杆菌全基因组并发现
EIIAGlc与若干非 PTSC源转运相关蛋白都存在共有
序列[20],包括麦芽糖转运蛋白(MalFGK2)、乳糖渗
透酶蛋白(LacY)、蜜二糖渗透蛋白(MelB)和蜜三
糖渗透蛋白(RafB)等,这说明 EIIAGlc可能通过诱导
物阻遏作用影响更多 C源的吸收和利用。
最终的 CCR现象往往是由这 2 种机制共同作
用的综合结果。 乳糖的吸收受 EIIAGlc P 抑制的同
时,lac的启动子还受 CAP 的激活[18]。 当葡萄糖吸
收完全,EIIAGlc P 的抑制作用解除,且细胞内的
CAP 水平提高。 乳糖对 lac操纵子诱导作用得以恢
复,这是诱导物阻遏作用的解除以及 CAP 使得 lac
操纵子转录水平加强两方面综合作用的结果[5]。
1􀆰 3  PEP / PYR比率的影响
大肠杆菌中,引起碳分解代谢抑制作用的主要
因素是非磷酸化形式的 EIIAGlc。 依赖于 PTS 途径
进行转运的碳水化合物的内质化过程会提高非磷
酸化形式的 EIIAGlc水平,但不是唯一因素。 Hogema
等[21]发现,大肠杆菌以非 PTS 糖类为 C 源时也会
提高非磷酸化形式的 EIIAGlc。 以葡萄糖 6 磷酸为
例,该糖的转运和第一步代谢反应不参与 EIIAGlc的
脱磷酸作用,糖酵解过程的后几步反应才是关键。
他们对 PEP 和丙酮酸(pyruvate,PYR)进行了定量
监测,发现它们与 EIIAGlc蛋白磷酸化水平有直接关
系,结果表明:当 PEP / PYR 比率降低时,EIIAGlc P
发生脱磷酸化作用,且这 2 个现象往往同时发生。
因此,PEP / PYR的比率可能直接导致不同 C 源间
的碳代谢抑制,反之该比率也受 C 源新陈代谢的
影响[22]。
1􀆰 4  DgsA(Mlc)转录调节因子
除了这 2种以 EIIAGlc磷酸化水平为信号的调控
外,E􀆰 coli中还存在一些 PTSGlcC源分解代谢基因的
转录调控因子,这些转录调控因子包含有 PTSGlc调
节域。 DgsA(或 Mlc)被认为是一个转录水平的双
重调节因子[23],它能调控自身 mlc 基因、PTSGlc关键
基因 ptsHI、ptsG 和 manXYZ(编码甘露糖的 PTS 转
运,也能亲和转运若干其他己糖,如葡萄糖) [20,24-25]
的表达。
Mlc的抑制作用和 cAMP CRP 的激活作用直接
与 PTSGlc组分的磷酸化水平相关。 C源底物对 PTSGlc
途径的激活导致 EIIBCGlc和 EIIAGlc主要为非磷酸化
形式。 此时 EIIBCGlc与Mlc结合并将Mlc与其所结合
的 DNA 隔离开,于是 Mlc 得以表达并能够抑制
PTSGlc基因的表达,并降低葡萄糖的转运速率[26]。 而
后 Nam 等[26]给出了 EIIBCGlc Mlc 复合体的晶体结
构:Mlc四聚物与 4 个膜整合蛋白 EIIBCG lc结合的复
合体结构,从而进一步揭示了 Mlc的作用机制。
大肠杆菌以葡萄糖或其他能被快速利用的
PTSC源(如 N⁃acetyglucosamine和甘露糖等)为底物
生长时不受 Mlc 的抑制,非 PTSC 源(如乳糖、麦芽
糖和蔗糖)也不受影响。 而麦芽糖(非 PTS 糖)在一
定程度上受 Mlc抑制,这可能与细胞内葡萄糖和葡
萄糖 1 磷酸的浓度有关[16,19,25]。 除 CRP 外,基因
mlc几乎不受其他因子的调控,Decker 等[27]证实该
调控过程为转录后调控。
111  第 1期 张  旭等:大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的研究进展
2  CCR对 E􀆰 coli混合 C源利用的影响
大肠杆菌中调控 CCR 作用的若干途径组成了
一个复杂的网络,其目的主要是:①从混合的生长
介质中优先利用能够对自身快速代谢的 C 源;②根
据细胞自身的代谢能力限制对于 C 源的吸收利用,
避免负担过重和能源浪费。 CCR 是一个较复杂的
调控过程,在不同的多 C 源组合中,大肠杆菌的 C
源利用顺序以及利用速率不同。 总的来说是从 2个
角度进行调节:一是不激活次要 C 源的利用,二是
抑制次要 C 源的利用。 混合 C 源成分不同,C 源的
代谢顺序、CCR现象形成机制以及缓解 CCR影响的
方法都存在差异。 不论是哪种或哪几种机制引起
CCR作用,几乎都与 PTS 途径密切相关,因此针对
不同的机制,对 PTS进行定向改造可以有效地缓解
CCR作用(表 1)。
表 1  大肠杆菌中常见混合 C源分解代谢抑制特点及解除方法
Table 1  Feature and remove method common of carbon mixture catabolite repression in Escherichia coli
优势 C源 次要 C源 转运方式 CCR主要机制 混合 C源利用
葡萄糖
乳糖 非 PTS EIIA
Glc LacY;
cAMP CRP
ptsG缺失;
解除诱导物阻遏,提高 cAMP CRP 水平
麦芽糖 非 PTS EIIAGlc MalFGK2复合体;
crr缺失;
解除诱导物阻遏
木糖 非 PTS 受 PTS影响,但具体机制尚不明确
PTS突变;
解除碳分解代谢抑制作用
甘油 非 PTS EIIA
Glc 甘油 3 磷酸;
EIIAGlc GK;调控因子 GlpR
ptsG缺失;
解除诱导物阻遏
β 葡萄糖苷 PTS bgl转录调节系统 ptsH缺失;解除转录因子抑制作用
2􀆰 1  葡萄糖和乳糖
葡萄糖对乳糖的诱导物阻遏作用是受非磷酸化
的 EIIAGlc激活的。 LacY蛋白结合底物中的乳糖后发
生某种构象的改变,才能与 EIIAGlc发生随后的作用。
这种只有在乳糖存在时才发生的 EIIAGlc LacY的条
件性结合作用,实际上避免了当非 PTS糖类不存在时
对 PTS组分的浪费[17]。 Hogema 等[28]在通过添加外
源的 cAMP 激活 lac基因的表达来抵抗葡萄糖对乳糖
的抑制作用,结果发现菌体的生长受到抑制,这说明
大肠杆菌能够耐受一定程度上的 lac调控,而 CCR作
用的排除反而有可能对生长带来不利。
在葡萄糖和乳糖混合物中,β 半乳糖苷酶的表
达往往被抑制。 Deutscher 等[18]分别通过在培养基
中添加异丙基 硫代 β 半乳糖苷( IPTG)、缺失 crr
基因或过表达 LacY 的方法,均消除该抑制现象。
一些结果还表明在大肠杆菌中,葡萄糖对乳糖利用
的抑制作用更主要是受 cAMP CRP 水平的影响。
2􀆰 2  葡萄糖和麦芽糖
大肠杆菌利用麦芽糖时需要malE编码的麦芽糖
结合蛋白和多亚基的 ABC 转运蛋白 MalFGK2 [29
-31],
该蛋白是由可溶性的MalK亚基与透性酶的 2个膜结
合亚基 MalF和 MalG紧密结合而形成[32-33]。 麦芽糖
结合蛋白(maltose binding protein,MBP)携带麦芽糖
与 MalFGK2结合,MalK激活 ATP 水解提供能量并将
麦芽糖转运到细胞内[34-36]。 麦芽糖和葡萄糖共存
时,非磷酸化的 EIIAGlc结合到麦芽糖转运蛋白 MalF
和 MalG亚基上阻碍麦芽糖进入胞质[37-39]。 已有研
究证明了 EIIAGlc和目标蛋白结合位点的生物化学特
性,Chen 等[40]借助 X 线和晶体学知识首次给出了
E􀆰 coli中 EIIAGlc和麦芽糖转运蛋白复合体的晶体结
构,是首次以蛋白质晶体结构揭示了 CCR的机制。
2􀆰 3  葡萄糖和木糖
葡萄糖和木糖是木质纤维素水解液的主要成
分。 木糖有独立于葡萄糖的转运和分解代谢途径。
通过大肠杆菌 PTS 途径的突变(ptsIHcrr / ptsG)能明
显解除葡萄糖和木糖混合发酵时的二次生长现象。
有研究将大肠杆菌 PTS Glc+突变菌株[41]培养于均
为 1 g / L的葡萄糖、阿拉伯糖和木糖混合 C源中,结
果葡萄糖和阿拉伯糖首先被同时消耗,而木糖的利
用被抑制直至葡萄糖和阿拉伯糖耗尽[42]。
葡萄糖和木糖是木质纤维素水解液的主要成
分,解除碳分解代谢抑制的大肠杆菌工程菌株可用
211 生  物  加  工  过  程    第 12卷 
于以木质纤维素水解液为原料生产乙醇、乳酸和琥
珀酸等生物产品。
但是,大肠杆菌中葡萄糖与木糖间的代谢抑制
机制尚不明确,目前葡萄糖和木糖高效共利用的很
多研究仍以酵母菌为宿主。 尽管微生物利用混合 C
源发酵的研究进展不断被报道,要想将木质纤维素
原料更广泛地用于微生物的生产发酵还需要进一
步努力。
2􀆰 4  葡萄糖和甘油
EIIAGlc与甘油激酶(glycerol kinase,GK)结合阻
碍甘油 3 磷酸的产生,甘油 3 磷酸是甘油进入
细胞和分解代谢基因表达的诱导剂[43]。 而 Holtman
等[43]研究认为,比起 EIIAGlc的阻遏作用,果糖 1,
6 二磷酸(FBP)对甘油激酶的构象的影响才是引
起葡萄糖对甘油代谢抑制作用的最主要因素。 此
外,一些调控因子(如 GlpR)也在一定程度上参与了
CCR过程[44-46]。
2􀆰 5  葡萄糖和 β 葡萄糖苷
在大肠杆菌中,有许多 PTS 底物的分解代谢受
转录调节因子调控。 bgl感应系统调节 β 葡萄糖苷
的代谢抑制作用。 该系统包括一个膜结合的糖感
应器 /透性酶和一个调控糖代谢基因表达的抗转录
终止因子[47]。 bgl 操纵子包括 bglG、bglF 和 bglB 3
个基因;BglG 是 1 个抗转录终止因子,其活性受
BglF调控;BglF是催化 β 葡萄糖苷磷酸化和内质
化的 PTS透性酶。 当存在 β 葡萄糖苷为唯一 C 源
时,BglF将磷酸基团传递给 β 葡萄糖苷并将其内
质化,而 HPr 可以将部分磷酸基团传递给 BglG 使
其处于激活状态,从而能够抗 bgl 转录终止[15,48]。
当葡萄糖和 β 葡萄糖苷共存时,HPr将磷酸基团高
效地传递给 EIIAGlc以供葡萄糖的高效吸收,BglG 处
于非磷酸化状态(非激活状态),基因 bgl 的转录被
提前终止而无法正常表达 β 葡萄糖苷转运蛋白
BglF,β 葡萄糖苷的吸收受到抑制。 PTS 途径中编
码 HPr的 ptsH基因的缺失可以使葡萄糖和 β 葡萄
糖苷被共同利用。
3  混合 C 源共利用在工程大肠杆菌
中的应用
    生物质资源包括农作物、树木等植物及其残体、
畜禽粪便和有机废弃物,其中纤维素类物质占其总量
的 80%以上。 这些生物质的水解产物是若干单糖的
混合物,包括葡萄糖、阿拉伯糖和木糖等。 在利用生
物质原料进行生物制造过程中面临一个非常重要的
问题,即在葡萄糖内质化的过程中,除葡萄糖以外的
C源代谢过程受到消除碳分解代谢抑制作用,共利用
水解液中多种 C源的方法将会在生物产品的生产中
占有优势,既能缩短发酵时间又能提高目的产物的产
率[3,49-51]。 大肠杆菌含有许多糖转运及其代谢途径,
具有利用多种 C源的能力。 为了使葡萄糖和木糖能
够被共利用,同时利用混合糖进行生物制造,就需要
对大肠杆菌的代谢途径进行工程改造。 主要的方
法[52]包括:①消除碳分解代谢抑制,②增强葡萄糖的
转运能力,③增加戊糖磷酸途径的活性,④减少不必
要的副产物途径对 C源的浪费。
最早利用大肠杆菌生产乙醇的研究开始于引
入外源的 pdcZm和 adhBZm [53]。 Cordaro 等[54]用磷霉
素筛选出不能转运 PTS 糖的突变菌株,并发现这些
突变大多发生在 ptsI基因。 接下来在这些突变株中
筛选出 1株糖耗速率快且能共利用葡萄糖、阿拉伯
糖和木糖(初始质量浓度均各 30 g / L)的菌株进行
发酵,结果表明与亲本菌株相比,乙醇产量提高了
20%。 而后 ptsG 缺陷型菌株被应用于混合 C 源发
酵生产乙醇的研究中[55]。 ptsG 的缺失既解除了
CCR作用,又能在很大程度上降低乙酸的积累,而
且糖耗尽的时间仅为野生型的一半[56]。 在该突变
株中转入过表达 pdcZm和 adhBZm′的质粒,以 LB培养
基中添加各 4 g / L的葡萄糖和木糖为发酵培养基得
到的乙醇为 35 g / L,比野生型提高了 0􀆰 6%。 随后
有研究在 PTS-Glc-菌株中用连续培养的方法筛选
出 PTS-Glc+突变株[41],发现当其生长于葡萄糖、阿
拉伯糖和木糖各 1 g / L 的混合 C 源中时,不但糖耗
速率加快,且发酵结束时发酵液中没有乙酸积累。
Nichols 等[55] 构建了大肠杆菌工程菌株 FBR16
(W3110ΔptsGΔpflΔfrdABCD,并在质粒上过表达来
自运动发酵单胞菌的 pdc 和 adhB 基因),发现它能
够从混合糖溶液中稳产乙醇。 厌氧发酵 70 h(质量
分数 3􀆰 7% 葡萄糖、3􀆰 6% 木糖和 1􀆰 9% 阿拉伯糖),
乙醇平均产量为(0􀆰 75 ± 0􀆰 01) g / ( L·h),产率为
0􀆰 51 g / g。 这些基因工程改造大肠杆菌能够共利用
混合 C源,使得以木质纤维素水解液为原料生产乙
醇成为可能。
L 乳酸是许多工业应用中的化学前体[57 ],可
以通过在缺失大肠杆菌丙酮酸甲酸裂解酶(PFL)和
乳酸脱氢酶(LDH)编码基因的双基因突变菌株中
转入来自牛链球菌的乳酸脱氢酶基因来生产。 为
311  第 1期 张  旭等:大肠杆菌碳分解代谢抑制及混合 C源共利用的研究进展
了同时利用多种 C 源生产乳酸,在该工程菌中进一
步敲除了 ptsG 基因。 各以 50 g / L 的葡萄糖和木糖
混合 C源最终发酵得到乳酸产率为 0􀆰 77 g / g,相比
野生型提高了 60%[58]。 随后 Eiteman 等[59]在发酵
培养基中同时接入 2 种菌株 E􀆰 coli ALS1073( pflB
glk ptsG manZ) (只利用木糖)和 E􀆰 coli ALS1074
(pflB xylA)(只利用葡萄糖)以同时利用葡萄糖和木
糖来生产乳酸。 与以往的方法不同,这个策略虽然
没有从遗传改造角度解除 CCR作用,但完全避免了
同一细胞不同 C 源间的分解代谢抑制作用对双 C
源共利用的影响。
为了高效共发酵混合 C 源生产聚羟基脂肪酸酯
(PHA),Li等[60]构建了解除 CCR作用的 PTS 突变型
大肠杆菌菌株。 E􀆰 coli LR1010(引入 phaCRe和 phaABRe
基因) 能够共利用葡萄糖和木糖并积累短链 PHA,而
E􀆰 coli LR1120 (引入 phaC1基因)和 LR1110(PTS-,并
引入 phaC1基因)则能积累中长链 PHA,LR1110还能
共利用葡萄糖和脂肪酸。 半定量逆转录聚合酶链式反
应 ( semi⁃quantitative reverse transcriptase⁃polymerase
chain reaction,semi RT⁃PCR)结果表明,PTS 途径的改
造解除了对 fad基因的抑制作用。
琥珀酸被认为是一种关键的平台化学制剂,具
有许多工业用途。 以野生型大肠杆菌为发酵菌株
时存在明显的碳代谢抑制现象,不利于混合 C 源的
高效利用以积累琥珀酸。 Wang 等[61]首次以玉米秸
秆水解液为原料利用代谢工程 E􀆰 coli 生产琥珀酸,
在野生型大肠杆菌 W1485 中敲除了 ptsG、 ldhA 和
pflB,并转入过表达磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶基因
(ppc)的质粒,最终得到了 SD121 菌株。 以玉米秸
秆水解液为底物(初始糖质量浓度为 44 g / L),以
SD121为发酵菌株,在 3 L厌氧发酵罐里发酵 84 h,
琥珀酸最终产量为 36􀆰 55 g / L,产率为 0􀆰 83 g / g(以
混合糖计)。 在有氧 厌氧双阶段发酵中,琥珀酸最
终产量为 57􀆰 81 g / L,产率为 0􀆰 87 g / g 糖混合物。
比起模式化的混合 C 源,利用玉米秸秆水解液得到
了更高的琥珀酸产量。 这也说明以可再生生物质
水解液为原料生产琥珀酸具有很好的应用前景。
目前,利用代谢工程改造大肠杆菌以混合 C 源
为底物进行生物制造的方法正在日趋成熟,除了上
述几种产物,氨基酸和木糖醇等产品也可以通过类
似的方法得以高效积累。 随着基因工程和发酵技
术的发展,利用大肠杆菌工程菌株生产化学产品的
效率逐渐提高。 虽然木质纤维素水解液目前不一
定是积累某一代谢产物的最佳原料,但却是一种通
过生物学手段使可再生生物质资源得以再循环的
有效方法,有着重要的研究意义。
4  展  望
近年来,大肠杆菌在混合双 C 源中的代谢抑制
机制日渐明晰,对双 C源高效共利用的方法也趋于成
熟,但是 2种以上 C源同时存在时,大肠杆菌对 C源
的层级利用顺序还没有一个系统的研究。 或许将来
可以将不同双 C源共利用的手段联合起来,以应用于
更多 C源混合物的共利用中。 从现有的许多研究进
展中看到,为了解除 CCR作用,对菌株进行改造是一
个有效的方法,而获得 1个 PTS-Glc+突变型菌株是关
键。 目前,主要有 3种方法:①对 PTS-菌株在连续培
养基中进行适应性筛选,筛选培养出既能高效吸收葡
萄糖又能同时利用其他 C 源的菌株;②在 PTS-菌株
中将非 PTS途径的 GalP 原启动子替换成强启动子,
或直接将大肠杆菌的 galP 和 glk 替换成能高效表达
的来自 Z􀆰 mobilis的同源基因;③在三重突变株(mgsA
pgi ptsG)中过表达 crp,从 cAMP⁃CRP 水平和诱导物
阻遏 2个方面的解除 CCR作用。 或许可以将不同双
C源共利用的手段联合起来,应用于更多 C源混合物
的共利用中。 随着研究者对参与碳分解代谢过程和
特定生物合成途径相关基因的转录组学特性的逐步
揭示及其在遗传改造中的应用,对于 CCR 与 PTS 相
互关系的认识逐渐全面和深入。 然而,为了扩大对细
胞内过程更全方面的认识,今后还需要对这些改造菌
株的蛋白质组学、代谢组学等特性进行更深入的分析
和探究。
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(责任编辑  荀志金)
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