全 文 :
摇 摇 摇 摇 摇 生 态 学 报
摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 (SHENGTAI XUEBAO)
摇 摇 第 33 卷 第 6 期摇 摇 2013 年 3 月摇 (半月刊)
目摇 摇 次
专论与综述
基于遥感技术的森林健康研究综述 高广磊,信忠保,丁国栋,等 (1675)…………………………………………
Agent农业土地变化模型研究进展 余强毅,吴文斌,杨摇 鹏,等 (1690)…………………………………………
个体与基础生态
辽东湾北部近海沙蜇的动态分布 王摇 彬,秦宇博,董摇 婧,等 (1701)……………………………………………
口虾蛄 proPO基因全长 cDNA的克隆与组织表达 刘海映,刘连为,姜玉声,等 (1713)…………………………
中缅树鼩头骨及下臼齿几何形态与环境的关系 朱万龙,贾摇 婷,黄春梅,等 (1721)……………………………
亚热带 3 种树种凋落叶厚度对其分解速率及酶活性的影响 季晓燕,江摇 洪,洪江华,等 (1731)………………
浙北地区常见绿化树种光合固碳特征 张摇 娇,施拥军,朱月清,等 (1740)………………………………………
两种高质牧草不同生育期光合生理日变化及光响应特征 郭春燕,李晋川,岳建英,等 (1751)…………………
基于 WOFOST作物生长模型的冬小麦干旱影响评估技术 张建平,赵艳霞,王春乙,等 (1762)………………
基于线粒体 DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究 周志军,尚摇 娜,刘摇 静,等 (1770)………
圈养尖吻蝮雌体大小、窝卵数和卵大小之间的关系 胡明行,谭群英,杨道德 (1778)……………………………
应用寄生蜂和不育雄虫防控田间橘小实蝇 郑思宁,黄居昌,叶光禄,等 (1784)…………………………………
青蒿素对外生菌根真菌化感效应 李摇 倩,袁摇 玲,王明霞,等 (1791)……………………………………………
种群、群落和生态系统
海湾生态系统健康评价方法构建及在大亚湾的应用 李纯厚,林摇 琳,徐姗楠,等 (1798)………………………
上升流和水团对浙江中部近海浮游动物生态类群分布的影响 孙鲁峰,柯摇 昶,徐兆礼,等 (1811)……………
半干旱区生态恢复关键生态系统识别———以内蒙古自治区和林县为例
彭摇 羽,高摇 英,冯金朝,等 (1822)
…………………………………………
……………………………………………………………………………
太岳山油松人工林土壤呼吸对强降雨的响应 金冠一,赵秀海,康峰峰,等 (1832)………………………………
重庆酸雨区马尾松林凋落物特征及对干旱胁迫的响应 王轶浩,王彦辉,于澎涛,等 (1842)……………………
景观、区域和全球生态
城市典型水域景观的热环境效应 岳文泽,徐丽华 (1852)…………………………………………………………
外来树种桉树引种的景观生态安全格局 赵筱青,和春兰 (1860)…………………………………………………
基于耕地生态足迹的重庆市耕地生态承载力供需平衡研究 施开放,刁承泰,孙秀锋,等 (1872)………………
大气 CO2 浓度升高对稻田根际土壤甲烷氧化细菌丰度的影响 严摇 陈,许摇 静,钟文辉,等 (1881)…………
资源与产业生态
基于可变模糊识别模型的海水环境质量评价 柯丽娜,王权明,孙新国,等 (1889)………………………………
亚热带养殖海湾皱瘤海鞘生物沉积的现场研究 闫家国,齐占会,田梓杨,等 (1900)……………………………
黄土高原典型苹果园地深层土壤氮磷钾养分含量与分布特征 张丽娜,李摇 军,范摇 鹏,等 (1907)……………
旱作农田不同耕作土壤呼吸及其对水热因子的响应 张丁辰,蔡典雄,代摇 快,等 (1916)………………………
商洛低山丘陵区农林复合生态系统中大豆与丹参的光合生理特性 彭晓邦,张硕新 (1926)……………………
外源油菜素内酯对镉胁迫下菊芋幼苗光合作用及镉富集的调控效应 高会玲,刘金隆,郑青松,等 (1935)……
基于侧柏液流的测定对 Granier原始公式系数进行校正 刘庆新,孟摇 平,张劲松,等 (1944)…………………
研究简报
湿地自然保护区保护价值评价方法 孙摇 锐,崔国发,雷摇 霆,等 (1952)…………………………………………
干热河谷印楝和大叶相思人工林根系生物量及其分布特征 高成杰,唐国勇,李摇 昆,等 (1964)………………
海滨沙滩单叶蔓荆对沙埋的生理响应特征 周瑞莲,王摇 进,杨淑琴,等 (1973)…………………………………
宁夏贺兰山、六盘山典型森林类型土壤主要肥力特征 姜摇 林,耿增超,张摇 雯,等 (1982)……………………
学术争鸣
小兴安岭十种典型森林群落凋落物生物量及其动态变化 侯玲玲,毛子军,孙摇 涛,等 (1994)…………………
中国生态学学会 2013 年学术年会征稿通知 (2002)………………………………………………………………
第七届现代生态学讲座、第四届国际青年生态学者论坛通知 (玉)………………………………………………
中、美生态学会联合招聘国际期刊主编 (印)………………………………………………………………………
期刊基本参数:CN 11鄄2031 / Q*1981*m*16*328*zh*P* ¥ 90郾 00*1510*34*
室室室室室室室室室室室室室室
2013鄄03
封面图说: 亭亭玉立的白桦树———白桦为落叶乔木,可高达 25m,胸径 50cm。 其树冠呈卵圆形,树皮白色,纸状分层剥离;叶三
角状、卵形或菱状卵形;花单性,雌雄同株。 白桦树喜光,耐严寒,对土壤适应性强,喜酸性土,沼泽地、干燥阳坡及湿
润阴坡都能生长。 常与红松、落叶松、山杨、蒙古栎混生。 白桦的天然更新好,生长较快,萌芽强,在人为的采伐迹地
或火灾、风灾等自然损毁的迹地里,往往由白桦首先进入,为先锋树种,而形成白桦次生林。 白桦分布甚广,我国大、
小兴安岭及长白山均有成片纯林,在华北平原和黄土高原山区、西南山地亦为阔叶落叶林及针叶阔叶混交林中的常
见树种。
彩图及图说提供: 陈建伟教授摇 北京林业大学摇 E鄄mail: cites. chenjw@ 163. com
第 33 卷第 6 期
2013 年 3 月
生 态 学 报
ACTA ECOLOGICA SINICA
Vol. 33,No. 6
Mar. ,2013
http: / / www. ecologica. cn
基金项目:国家自然科学基金资助项目(31101632);中国博士后科学基金资助项目(2011M500535);教育部高等学校博士学科点专项科研基金
资助项目(20101301120006)
收稿日期:2012鄄09鄄06; 摇 摇 修订日期:2013鄄01鄄21
*通讯作者 Corresponding author. E鄄mail: zhijunzhou@ 163. com
DOI: 10. 5846 / stxb201209061261
周志军, 尚娜,刘静,常岩林,石福明.基于线粒体 DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究.生态学报,2013,33(6):1770鄄1777.
Zhou Z J, Shang N, Liu J, Chang Y L, Shi F M. Genetic diversity of Conocephalus maculatus of different geographic populations based on mitochondrial
DNA control region analysis. Acta Ecologica Sinica,2013,33(6):1770鄄1777.
基于线粒体 DNA控制区的斑翅草螽
不同地理种群遗传分化研究
周志军1,*, 尚摇 娜2,刘摇 静1,常岩林1,石福明1
(1. 河北大学生命科学学院,保定摇 071002; 2. 河北大学图书馆,保定摇 071002)
摘要:采用 PCR扩增结合 DNA克隆测序技术,分析了斑翅草螽 Conocephalus maculates 9 个地理种群 mtDNA控制区序列的变异
及遗传多样性。 切除侧翼 RNA 基因序列后,最终获得的斑翅草螽 mtDNA 控制区比对后全长为 676 bp,平均碱基组成 T
(37郾 8% ), C (11. 7% ), A (41. 3% ) 和 G (9. 1% )。 共检测到 98 个可变位点,占总位点数的 14. 5% ,其中,9 处碱基插入 /缺
失,74 处转换(40 个 T / C,34 个 A / G),50 处颠换(18 个 A / T,11 个 T / G,15 个 A / C,6 个 C / G)。 共定义 46 个单倍型, 其中,4 个
为种群间共享单倍型(H02、H05、H08 和 H10),其余 42 个为各种群独有单倍型,包括 6 个种群内共享单倍型(H09、H11、H15、
H18、H26 和 H38)。 单倍型总数占实验个体总数的 69. 7% ,除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比均﹥ 50% 。 通过两两地理
种群间的 FST 值差异显著性检验,将这些群体分为 4 组,分别为 SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和 HB。 以长瓣草螽 C. gladiatus、
峨眉草螽 C. emeiensis、悦鸣草螽 C. melaenus、竹草螽 C. bambusanus为外群,构建的斑翅草螽 mtDNA控制区单倍型 NJ法系统树
形成 3 个自举支持度较高的分支,其中,分支 A由 28 种单倍体组成,包括本研究中除四川峨眉山(SC)和重庆万州(CQ)以外的
7个种群;分支 B由 12 种单倍体组成,包含除菲律宾拉乌尼翁(FLB)和江西南昌(JX)以外的 7 个种群;分支 C由 6 种单倍型组
成,全部来自西藏林芝(XZ)的单倍型。 聚类结果表明,斑翅草螽不同地理种群间的遗传分化并不明显,即使是两两群体间 FST
值差异显著的群体,也未能形成完全独立的分支。
关键词:斑翅草螽; 线粒体 DNA控制区; 遗传变异; 系统进化
Genetic diversity of Conocephalus maculatus of different geographic populations
based on mitochondrial DNA control region analysis
ZHOU Zhijun1,*, SHANG Na2, LIU Jing1, CHANG Yanlin1, SHI Fuming1
1 College of Life Sciences, Hebei University, Baoding, Hebei 071002, China
2 Library, Hebei University, Baoding, Hebei 071002, China
Abstract: Polymorphism of sequence variations in mitochondrial control region was assessed to explore the level of genetic
variability and differentiation among nine populations of Conocephalus maculatus (Orthoptera: Tettigoniidea) from China
and Filipine. PCR was used to amplify the control region fragment in 66 individuals of C. maculatus collected from
Chongqing (CQ), Filipine (FLB), Guangxi (GX), Hebei (HB), Hainan (HN), Jiangxi (JX), Sichuan (SC), Xizang
(XZ) and Yunnan (YN). A mitochondrial DNA (mtDNA) fragment of 1259 aligned bp was sequenced in these 66 C.
maculatus individuals. The fragment sequenced for each of the 66 individuals that include a partial sequence of rrnS,
control region, trnI, trnQ, and a partial sequence for trnM. The size of control region was 676 bp, with nucleotide
frequencies of T (37. 8% ), C (11. 7% ), A (41. 3% ) and G (9. 1% ). A Total of 46 haplotypes from 66 mtDNA control
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region sequences were identified, with 98 variable sites (14. 5% of total analyzed sites) . Only four of these haplotypes
were shared by individuals from more than one population, six haplotypes were shared by more than one individual within
population. The analysis of molecular variance ( AMOVA) showed that the percentage of variation within populations
(62郾 94% ) was greater than that among populations ( 37. 06% ). In the hierarchical AMOVE, both the ‘ among
populations爷 and ‘within populations爷 variance components were considerable high, the latter was more contribution to
total variances than the former. Levels of genetic variation within C. maculatus populations were higher than among them.
FST analyses reveals that no significant (P>0. 05) genetic differences between SC and CQ, and between any two populations
of GX, FLB, HN and YN. There are significant (P<0. 05) genetic differences between remaining any two populations. We
may be a preliminary clustered them into four groups, SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ and HB. Phylogenetic analyses
between the 46 haplotypes based on Neighbor鄄Joining cluster into three phylogenetically well supported clades. Clade A is
formed with 28 haplotypes from all populations other than SC and CQ; Clade B is formed with 12 haplotypes from all
populations other than FLB and JX; Clade C is formed with 6 haplotypes from XZ population. These results may suggest
that no significant genetic differences among populations, even for those FST analyses significant (P<0. 05) populations.
Key Words: Conocephalus maculatus; mitochondrial DNA control region; genetic diversity; phylogenetic relationship
动物线粒体 DNA(mitochondrial DNA,mtDNA) 具有结构简单、母系遗传、基因成分相对稳定、进化速度
快,且在种间、种内群体间以及群体内具有普遍的多态性等特点,是进行物种种群差异与生物地理关系研究的
最常用分子标记之一[1鄄6]。 mtDNA 控制区是线粒体基因组中最主要的非编码区,同时,也是碱基序列组成和
长度变异最大的区域。 Zhang 和 Hewitt[7]认为 mtDNA控制区非常适合进行亲缘关系较近的种间系统分类、种
内遗传多样性和种群分化研究,并在脊椎动物中被广泛使用[8鄄 9]。 在六足动物中,由于最初测定的一些种类
的 mtDNA控制区 A+T含量非常高,甚至达到 90%以上,又称为 A+T丰富区。 该区域的扩增和测序一直是六
足动物线粒体基因组全序列测定中的难点,在 GenBank数据库中存在大量的缺少 mtDNA 控制区部分的线粒
体基因组序列。 目前,基于 mtDNA控制区序列的六足动物遗传多态性和种群结构研究报道很少。 Kim 等[10]
基于 mtDNA控制区序列对朝鲜半岛东方蝼蛄 Gryllotalpa orientalis 5 个地理种群间的遗传结构进行了研究。
Fenn等[11]测定了 55 个 Anabrus simplex个体的 mtDNA控制区序列,发现其序列变异为 8. 58% ,认为其可以用
于 A. simplex的种群遗传分析。 测定了直翅目蝈螽属 Gampsocleis 5 种 56 个个体的 mtDNA 控制区序列,并对
mtDNA控制区结构和蝈螽属系统发育关系进行了初步研究,在 12 种螽亚目昆虫 mtDNA控制区中发现两个保
守的序列模块(TA)n 和 poly鄄A簇[12]。
草螽属 Conocephalus隶属于直翅目 Orthoptera、螽斯科 Tettigoniidea、草螽亚科 Conocephalinae,分布于北纬
60毅到南纬 45毅之间的广大区域。 世界已记录的有效种多达 100 余种,中国已记载 22 种[13鄄14]。 目前,国内外
关于草螽属的研究多集中于新种描述和修订[13, 15鄄16]、鸣声特征[17] 与精子结构比较等。 斑翅草螽 C.
(Anisoptera) maculatus (Le Guillou, 1841) 是草螽属中分布最广的种类之一,主要分布于东亚、东南亚、南亚、
大洋洲、非洲,在我国各主要省区均有分布。 此前,对斑翅草螽线粒体基因组全序列进行了测定[18],为进一步
研究直翅目 mtDNA控制区的组织结构特点,及其在广布种的种群遗传结构研究中的应用价值,成功扩增并测
定了来自中国和菲律宾 9 个地理种群 66 个个体的 mtDNA控制区及其侧翼序列。
1摇 材料与方法
1. 1摇 材料
本研究涉及的斑翅草螽样本除 1 个群体来自菲律宾外,其余 8 个均来自中国,依据采集地行政省份进行
编号(表 1)。 同属的长瓣草螽 C. gladiatus、峨眉草螽 C. emeiensis、悦鸣草螽 C. melas 和竹草螽 C.
bambusanus作为外群用于构建斑翅草螽 mtDNA控制区单倍型分子进化树。 野外采集到的标本,首先置于无
水酒精中浸泡保存,带回实验室后,保存于-20益冰箱。
1771摇 6 期 摇 摇 摇 周志军摇 等:基于线粒体 DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究 摇
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表 1摇 本研究所用的不同地理种群的斑翅草螽及其近缘种样品信息
Table 1摇 Collecting data of geographic populations of Conocephalus maculatus and the information of Conocephalus used in this study
种类
Species
采集地点
Collecting
locality
种群代码
Population
code
样本数
n
序列登录号
GenBank Accession No.
单倍型及出现频率
Haplotypes and
their frequencies
斑翅草螽 C. maculatus 重庆万州 CQ 4 JQ798189—JQ798192 H01(1); H02(2); H03(1)
菲律宾拉乌尼翁 FLB 4 JQ798193—JQ798196 H04(1); H05(2); H06(1)
广西龙州 GX 12 JQ798197—JQ798207
H05(1); H07(1); H08(1); H09
(2); H10(1); H11(2); H12(1);
H13(1); H14(1)
河北顺平 HB 7 JQ798208—JQ798214 H15(2); H16(1); H17(1); H18(2); H19(1)
海南鹦哥岭 HN 9 JQ798215—JQ798223 H08(3); H10(1); H20(1); H21(1); H22(1); H23(1); H24(1)
江西南昌 JX 1 JQ798224 H25(1)
四川峨眉山 SC 6 JQ798225—JQ798230 H02(6)
西藏林芝 XZ 14 JQ798231—JQ798244
H26(3); H27(1); H28(1); H29
(1); H30(1); H31(1); H32(1);
H33(1); H34(1); H35(1); H36
(1); H37(1)
云南勐腊 YN 10 JQ798245—JQ798254
H38(2); H39(1); H40(1); H41
(1); H42(1); H43(1); H44(1);
H45(1); H46(1)
长瓣草螽 C. gladiatus 河北保定 JQ867458
峨眉草螽 C. emeiensis 四川雅安 JQ867460
悦鸣草螽 C. melaenus 广西上林 JQ867459
竹草螽 C. bambusanus 广西靖西 JQ867461
1. 2摇 方法
1. 2. 1摇 总 DNA提取
总 DNA提取采用血液 /细胞 /组织基因组 DNA提取试剂盒(北京 TianGen生化科技公司),取单头成虫后
足股节肌肉,依照操作说明进行。
1. 2. 2摇 PCR扩增及测序
参照 GenBank数据库中的斑翅草螽线粒体基因组序列[18],对引物 SR_J14610 和 TM_N200[19]进行修改,
修改后的引物序列为:SR_J14610 5忆鄄ATA ATM GGG TAT CWA ATC CTA GT鄄3忆和 TM_N200 5忆鄄ATC CTA TTT
AYG GGG TAT GAR CC鄄3忆,用于斑翅草螽和其它 4 种草螽属昆虫的 mtDNA控制区及其侧翼区域的扩增,扩增
区域涵盖线粒体 rrnS部分序列、控制区、trnI、trnQ和 trnM部分序列。
PCR反应的总体积为 25 滋L,包括 10伊buffer缓冲液 2. 5 滋L,dNTP mixture (2. 5 mmol / L each) 2. 0 滋L, 引
物 SR_J14610 和 TM_N200 各 1mmol / L, LA Taq polymerase 1. 5 U,模板 2 滋L。 PCR扩增在伯乐 C1000TM热循
环仪上进行,程序为:94益预变性 2 min,92益变性 20 s, 52益退火 30 s, 60益延伸 3 min(前 10 循环),后 30 个
循环,每循环延伸时间增加 20 s;然后 72益后延伸 7 min。
PCR扩增产物经 1%琼脂糖凝胶电泳检测,并用 DNA片段凝胶回收试剂盒(三博远志公司)进行胶回收
分离纯化。 纯化后的 PCR产物再连接到 pMD誖 19鄄T 载体(TaKaRa 公司)上,经转化培养后挑取 3 个单克隆
用 ABI 3730XL 全自动 DNA 测序仪进行双向测序(上海铂尚公司)。
1. 2. 3摇 DNA序列数据分析
利用 SeqMan 域软件[20]对测定序列进行拼接、校对,并检查排除可能出现的错误。 使用 Clustal X软件[21]
2771 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 33 卷摇
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将获得的序列与斑翅草螽线粒体基因组序列比对以确定 mtDNA 控制区序列。 将来自不同个体的、存在 1 个
碱基替代或插入 /缺失的同源序列定义为不同的单倍型,并依次进行编号为 H01、H02、H03、…。 所涉及的
DNA序列已递交 GenBank数据库保存,序列号为 JQ798189—JQ798254。 应用 MEGA 4. 0 软件[22]进行碱基含
量和多态位点分析,以同属的长瓣草螽、峨眉草螽、悦鸣草螽和竹草螽作为外群,分别构建基于 Kimura
2鄄Parameter双参数模型的邻接法系统进化树,并用 1000 Bootstrap 检验各分支的置信度。 应用 Arliquin
3郾 1[23]中的 AMOVA分析方法估算地理种群亚分化水平指数(F鄄statistics, FST)及其种群间基因流程度,以进
一步揭示各种群的分化程度。 应用 DnaSP 5. 10. 1 软件[24]计算斑翅草螽种群内部核苷酸分歧(Pi)和种群间
平均每位点核苷酸替代数(Dxy)与群体间每位点净核苷酸替代数(Da)。
2摇 结果
2. 1摇 序列碱基组成及单倍型分析
经 PCR扩增、克隆测序获得 66 个斑翅草螽样本的 mtDNA控制区及 5忆 端侧翼的 rrnS部分序列和 3忆 端的
trnI, trnQ和 trnM部分序列,比对后的序列长度为 1259 bp。 Blast N 搜索显示这些 RNA 基因序列高度保守,
并通过与斑翅草螽线粒体基因组序列进行比对,切除其侧翼 RNA 基因序列后,最终获得斑翅草螽样本的
mtDNA控制区全长为 676 bp,平均 A+T含量(79. 1% )明显高于 G+C(20. 9% )。 676 个位点中,保守位点 574
个,变异位点 98 个(9 处碱基插入 /缺失位点,98 个多态位点)。 74 处转换(40 个 T / C,34 个 A / G),50 处颠换
(18 个 A / T,11 个 T / G,15 个 A / C,6 个 C / G)。 由于碱基插入 /缺失位点的存在,各单倍型呈现出一定的长度
多态性。 共定义 46 个单倍型,单倍型数占实验个体总数的 69. 7% ,除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比
均﹥ 50% 。 46 个单倍型中,4 个单倍型(H02、H05、H08 和 H10)为种群间共享,其余 42 个单倍型为各种群独
有,其中,包括 6 个(H09、H11、H15、H18、H26 和 H38)种群内共享单倍型,各单倍型出现的地理种群及出现频
次见表 1。
表 2摇 斑翅草螽 9 个地理种群 66 个样本线粒体 DNA控制区及其侧翼序列的组成及变异
Table 2摇 Variance percentage: computed variance values for the aligned control region sequences of the 66 C. maculatus individuals
基因
Gene
长度 / bp
Length
A+T含量
A+T content
变异位点数
Variable sites
总变异率 / %
Total variability
rrnS(部分) 397 74. 3 47 11. 8
mtDNA控制区 676 79. 1 98 14. 5
trnI鄄trnQ鄄trnM(部分) 186 71. 8 17 9. 1
2. 2摇 遗传距离和遗传分化
为了进一步分析斑翅草螽不同地理来源样品的遗传分化程度,对 9 个地理种群进行了 AMOVA 分析和
FST 计算。 AMOVA分析表明,种群间的变异占 37. 06% (>25% ),种群内个体间的变异为 62. 94% (表 3)。
用 Arlequin v3. 01 软件分析 FST值, 结果显示, 9 个斑翅草螽地理种群间的 FST 值多数较低,部分种群间
甚至为负值,说明这些种群间基因交流频繁,遗传分化不明显(表 4)。 两两地理种群间的 FST 值差异显著性
检验表明:四川峨眉山群体( SC)和重庆万州群体(CQ)之间;广西龙州群体(GX)、菲律宾拉乌尼翁群体
(FLB)、海南鹦哥岭群体(HN)与云南勐腊群体(YN)任意两两群体之间的 FST 值差异不显著(P>0. 05),说明
这些群体间的遗传分化不明显(表 4)。 其余所有两两群体间的 FST 值差异显著(P<0. 05),存在显著的遗传
分化。 据此,将这些群体初步分为 4 个组,分别为 SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和 HB。
用 DnaSP 5. 10. 1 软件计算斑翅草螽种群内部和种群间的核苷酸分歧(表 5)。 种群内核苷酸分歧(Pi)介
于 0—0. 029,河北保定(HB)和西藏林芝(XZ)遗传多样性水平最高;四川峨眉山(SC)遗传多样性水平最低。
种群间平均每位点核苷酸替代数(Dxy)与群体间每位点净核苷酸替代数(Da)分别介于 0. 003—0. 047 和
0—0. 044。 两两种群间核苷酸分歧参数的峰值均出现在菲律宾拉乌尼翁群体(FLB)与四川峨眉山群体(SC)
之间;最低值,前者(Dxy)出现在四川峨眉山群体(SC)与重庆万州群体(CQ)之间,后者(Da)出现在菲律宾拉
3771摇 6 期 摇 摇 摇 周志军摇 等:基于线粒体 DNA控制区的斑翅草螽不同地理种群遗传分化研究 摇
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乌尼翁群体(FLB)与海南鹦哥岭群体(HN)之间,四川峨眉山群体(SC)与重庆万州群体(CQ)之间同样很小。
种群间核苷酸分歧与种群间 FST 值基本相符,说明这些种群间参数的总体一致性。
表 3摇 斑翅草螽 9 个地理种群 66 个样本 mtDNA控制区分子变异分析(AMOVA)
Table 3摇 Analysis of molecular variance (AMOVA) of mtDNA control region from 66 individuals in nine C. maculatus populations
变异来源
Source of variation
自由度
df
方差和
Sum of squares
方差分量
Variance components
变异百分比 / %
% Variation
FST
种群间 Among populations 8 352. 25 5. 06 37. 06 0. 3706
种群内 Within population 57 489. 95 8. 60 62. 94
总计 Total 65 842. 20 13. 66
表 4摇 斑翅草螽 9 个地理种群间的 FST 值
Table 4摇 The interpopulation FST values and genetic flow in C. maculatus
CQ SC GX JX* FLB HB HN XZ YN
CQ 0. 35476 0. 13288 1. 04547 0. 03125 0. 66171 0. 11825 0. 24841 0. 19876
SC 0. 41339 0. 09364 0. 00000 0. 01127 0. 31204 0. 08010 0. 18176 0. 13646
GX 0. 65295+ 0. 72750+ 0. 18937 2. 38852 0. 76375 1. 10811
JX 0. 19298 1. 00000 0. 56900 0. 03218 0. 17233 0. 45520 0. 35993
FLB 0. 88889+ 0. 95685+ 0. 09475 0. 88596 0. 41345 23. 35718 0. 54666 4. 93457
HB 0. 27421+ 0. 44481+ 0. 24661+ -0. 05263 0. 37682+ 0. 71139 1. 08198 1. 32332
HN 0. 67889+ 0. 75735+ -0. 05122 0. 59195 0. 01059 0. 26004+ 0. 90144
XZ 0. 50160+ 0. 57903+ 0. 18408+ 0. 35451 0. 31381+ 0. 18769+ 0. 21712+ 1. 27541
YN 0. 55709+ 0. 64689+ -0. 03734 0. 40988 0. 04822 0. 15890+ -0. 05290 0. 16389+
摇 摇 +表示 P<0. 05,*仅单头标本,两两地理种群间的 FST 值差异显著性检验不做讨论
表 5摇 斑翅草螽地理种群内和种群间核苷酸分歧(下三角 Dxy,上三角 Da)
Table 5摇 The intra鄄population and inter鄄population nucleotide divergence in C. maculates ( the lower triangle: Average number of nuc. subs. per
site between populations, Dxy;the upper triangle: Number of net nuc. subs. per site between populations, Da)
CQ SC GX FLB HB HN XZ YN
CQ 0. 001 0. 031 0. 04 0. 008 0. 032 0. 027 0. 027
SC 0. 003 0. 035 0. 044 0. 012 0. 035 0. 03 0. 03
GX 0. 043 0. 044 0. 002 0. 008 n / c 0. 005 n / c
FLB 0. 045 0. 047 0. 014 0. 015 0 0. 011 0. 002
HB 0. 025 0. 027 0. 032 0. 032 0. 008 0. 007 0. 006
HN 0. 042 0. 043 0. 017 0. 012 0. 032 0. 006 n / c
XZ 0. 044 0. 045 0. 029 0. 028 0. 036 0. 029 0. 005
YN 0. 041 0. 042 0. 02 0. 017 0. 032 0. 019 0. 031
种群内核 intra鄄population
苷酸分歧 nter鄄population 0. 005 0 0. 018 0. 006 0. 029 0. 017 0. 029 0. 024
摇 摇 Dxy: 种群间平均每位点核苷酸替代数, Da: 种群间每位点净核苷酸替代数
2. 3摇 系统进化关系
采用 NJ法,以长瓣草螽、峨眉草螽、悦鸣草螽、竹草螽为外群,对斑翅草螽 mtDNA 控制区的 46 种单倍型
序列构建分子系统树(图 1)。 结果显示:46 种单倍型被聚类形成 3 个自举支持度较高的分支。 分支 A 由 28
种单倍体组成,包括本研究中除四川峨眉山群体(SC)和重庆万州群体(CQ)以外的 7 个种群;分支 B 由 12 种
单倍体组成,包含除菲律宾拉乌尼翁群体(FLB)和江西南昌群体(JX)以外的 7 个种群;分支 C 由 6 种单倍型
组成,全部为来自西藏林芝群体(XZ)的单倍型。
3摇 讨论
mtDNA控制区的扩增和测序一直是线粒体基因组全序列测定中最主要的难点,在 GenBank 数据库中存
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图 1摇 斑翅草螽单倍型 NJ聚类分析
摇 Fig. 1 摇 Neighbor鄄joining dendrogram of the 46 haplotypes from
C. maculatus
采用 Kimura 2鄄Parameter遗传距离,1000 次重复抽样自举,重抽样
自举值(>50% )标于进化枝上方
在大量的缺少控制区部分的线粒体基因组序列。
Stewart和 Beckenbach[25]通过降低延伸温度、延长延伸
时间 的 扩 增 策 略, 成 功 扩 增 并 测 定 了 Crioceris
duodecimpunctata mtDNA控制区。 本研究中,我们借用
该策略, 并参考斑翅草螽线粒体基因组全序列
(HQ711931) [18]对引物对 SR_J14610 和 TM_N200[19]修
改后,成功扩增并测定了斑翅草螽 9 个地理种群 66 个
个体和草螽属其它 4 种昆虫的 mtDNA控制区序列。
mtDNA控制区由于不编码基因,在进化过程中所
承受的选择压力相对较小,存在较高频率的碱基替代、
插入 /缺失,其进化速率约为线粒体基因组其他部分的
3—5 倍[26],是一种十分有效的进行亲缘关系较近的种
间系统分类、种内遗传多样性和种群分化研究的分子标
记。 本研究通过对测序结果分析发现,斑翅草螽 9 个群
体 66 个个体长度为 676bp 的控制区中,变异位点数为
98 个, 占总数的 14. 5% , 高于其侧翼序列 rrnS
(11郾 8% )和 trnI鄄trnQ鄄trnM (9. 1% )。 再次证明,mtDNA
控制区的进化速率高于线粒体基因组的其他区域,包含
着大量进行种群遗传分化研究的系统发育信号。 共定
义 46 个单倍型,单倍型数占实验个体总数的 69. 7% ,
除四川峨眉山外,其余种群单倍型百分比均﹥ 50% ,表
明各种群内存在较高的单倍型多样性。
目前,由于不清楚自然种群间的系统进化关系,在
推测种群间基因流时,多采用遗传结构来估计基因流,
即 FST 法。 当种群间遗传变异系数较大时,FST 值通常
为正数,可以通过公式得到种群间的基因流(Nm)进行
比较,以确定种群间基因流水平的强弱。 根据基因流计算公式 Nm = (1-FST) / 4FST,理论上 Nm < 1 时,遗传
漂变是群体间遗传分化的主要因素;若每代迁入个体数 Nm>1,基因流就足以抵制遗传漂变的作用,同时也可
以防止种群分化的发生;Nm > 4, 表明群体间的基因交流比较频繁[27]。 地理隔离和扩散能力是一个物种自
然地理分布区域的重要历史决定因素。 Wright[28]的距离隔离理论认为,物种遗传分化的程度会随着地理距离
的增加而增加。 斑翅草螽体型较小,不善于进行远距离迁飞,受限于其自身的扩散能力,理论上讲,中等程度
的距离隔离即可显著限制种群间的基因交流,从而导致种群间产生遗传分化。 但是,本研究发现,斑翅草螽种
群的遗传分化主要体现于种群内,多数种群间的遗传分化并不显著。 自然因素(如风力)或 /和人类的生产活
动有可能促进了种群间的基因交流,从而降低了遗传分化。 有观点认为,群体分化程度主要是对所在的生态
条件相适应的结果,如果生态条件所产生的环境作用强度和方向大体相同,则各分布区内的种群在遗传上将
难以形成显著的分化[29]。 本研究中,通过两两地理种群间的 FST 值差异显著性检验,将这些群体初步分为 4
个组,分别为 SC+CQ,GX+FLB+HN+YN,XZ和 HB。 其中,河北顺平(HB)是唯一来自中国北方的种群,无论
是与其他种群间的地理距离间隔,还是生态条件,差异均较为明显。 西藏林芝(XZ)由于青藏高原特殊的气候
环境,同样与其他种群形成了天然的隔离。 广西龙州(GX)、菲律宾拉乌尼翁(FLB)、海南鹦哥岭(HN)和云南
勐腊(YN)在气候上均属于热带季风气候;而四川峨眉山(SC)和重庆万州(CQ)均属于亚热带季风气候;两组
间生态环境差异较大,导致其产生遗传分化。
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以长瓣草螽、峨眉草螽、悦鸣草螽、竹草螽为外群,构建的斑翅草螽 mtDNA 控制区单倍型 NJ 系统树聚类
结果显示,斑翅草螽遗传分化主要发生于种群内部,不同地理种群间的遗传分化并不明显,即使是两两群体间
FST 值差异显著的群体,也未能形成完全独立的分支。
4摇 结论
通过 mtDNA 控制区的测定与分析,研究结果表明:斑翅草螽遗传分化较为明显,且主要体现于种群内。
同时,研究结果表明 mtDNA控制区的进化速率很快, 是探讨种内种群间遗传分化和系统发生、近缘种间快速
鉴定的有效分子标记。
致谢:山西大学应用生物学研究所马恩波教授提供采自菲律宾拉乌尼翁斑翅草螽标本,特此致谢。
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ACTA ECOLOGICA SINICA Vol. 33,No. 6 March,2013(Semimonthly)
CONTENTS
Review and Monograph
Forest health studies based on remote sensing: a review GAO Guanglei, XIN Zhongbao, DING Guodong, et al (1675)……………
Progress of agent鄄based agricultural land change modeling: a review YU Qiangyi,WU Wenbin,YANG Peng,et al (1690)……………
Autecology & Fundamentals
Dynamic distribution of Nemopilema nomurai in inshore waters of the northern Liaodong Bay, Bohai Sea
WANG Bin,QIN Yubo, DONG Jing, et al (1701)
……………………………
…………………………………………………………………………………
Full length cDNA cloning and tissue expression of prophenoloxidase from Oratosquilla oratoria
LIU Haiying, LIU Lianwei, JIANG Yusheng, et al (1713)
………………………………………
…………………………………………………………………………
Morphometrics investigation of the skulls, mandibles and molar in Tupaia belangeri from Yunnan, Guizhou, Guangxi
ZHU Wanlong, JIA Ting, HUANG Chunmei, et al (1721)
………………
…………………………………………………………………………
Effects of litter thickness on leaf litter decomposition and enzyme activity of three trees in the subtropical forests
JI Xiaoyan,JIANG Hong,HONG Jianghua,et al (1731)
……………………
……………………………………………………………………………
The photosynthetic carbon fixation characteristics of common tree species in northern Zhejiang
ZHANG Jiao,SHI Yongjun,ZHU Yueqing,et al (1740)
………………………………………
……………………………………………………………………………
Diurnal changes in the photosynthetic characteristics of two high yield and high quality grasses during different stages of growth
and their response to changes in light intensity GUO Chunyan, LI Jinchuan, YUE Jianying, et al (1751)………………………
Evaluation technology on drought disaster to yields of winter wheat based on WOFOST crop growth model
ZHANG Jianping, ZHAO Yanxia,WANG Chunyi, et al (1762)
……………………………
……………………………………………………………………
Genetic diversity of Conocephalus maculatus of different geographic populations based on mitochondrial DNA control region analysis
ZHOU Zhijun, SHANG Na, LIU Jing, et al (1770)
…
………………………………………………………………………………
Relationships among female body size, clutch size, and egg size in captive Deinagkistrodon acutus
HU Minghang, TAN Qunying, YANG Daode (1778)
……………………………………
………………………………………………………………………………
The field control of Bactrocera dorsalis (Hendel) with parasitoid and sterile male
ZHENG Sining, HUANG Juchang,YE Guanglu, et al (1784)
……………………………………………………
………………………………………………………………………
Allelopathic effects of artemisinin on ectomycorrhizal fungi LI Qian, YUAN Ling, WANG Mingxia, et al (1791)……………………
Population, Community and Ecosystem
Establishment of integrated methodology for bay ecosystem health assessment and its application in Daya Bay
LI Chunhou, LIN Lin, XU Shannan, et al (1798)
…………………………
…………………………………………………………………………………
The influence of upwelling and water mass on the ecological group distribution of zooplankton in Zhejiang coastal waters
SUN Lufeng, KE Chang,XU Zhaoli,et al (1811)
……………
……………………………………………………………………………………
Identification of key ecosystem for ecological restoration in semi鄄arid areas: a case study in Helin County, Inner Mongolia
PENG Yu, GAO Ying, FENG Jinzhao, et al (1822)
…………
………………………………………………………………………………
The great rainfall effect on soil respiration of Pinus tabulaeformis plantation in Taiyue Mountain
JIN Guanyi, ZHAO Xiuhai, KANG Fengfeng, et al (1832)
………………………………………
………………………………………………………………………
The litter鄄fall characteristics and their response to drought stress in the Masson pins forests damaged by acid rain at Chongqing,
China WANG Yihao, WANG Yanhui, YU Pengtao, et al (1842)…………………………………………………………………
Landscape, Regional and Global Ecology
Thermal environment effect of urban water landscape YUE Wenze, XU Lihua (1852)…………………………………………………
Landscape ecological security pattern associated with the introduction of exotic tree species Eucalyptus
ZHAO Xiaoqing, HE Chunlan (1860)
………………………………
………………………………………………………………………………………………
Ecological balance between supply and demand in Chongqing City based on cultivated land ecological footprint method
SHI Kaifang,DIAO Chengtai,SUN Xiufeng,et al (1872)
………………
……………………………………………………………………………
Effect of elevated CO2 on methanotrophs in the rhizosphere of rice plant YAN Chen, XU Jing,ZHONG Wenhui,et al (1881)………
Resource and Industrial Ecology
The seawater environment quality evaluation research base on variable fuzzy pattern recognition model
KE Lina, WANG Quanming,SUN Xinguo, et al (1889)
………………………………
……………………………………………………………………………
An in situ study on biodeposition of ascidian (Styela plicata) in a subtropical aquaculture bay, southern China
YAN Jiaguo, QI Zhanhui, TIAN Ziyang, et al (1900)
………………………
……………………………………………………………………………
Distribution of soil NPK nutrient content in deep soil profile of typical apple orchards on the Loess Plateau
ZHANG Lina,LI Jun, FAN Peng,et al (1907)
…………………………
………………………………………………………………………………………
Soil respiration and its responses to soil moisture and temperature under different tillage systems in dryland maize fields
ZHANG Dingchen, CAI Dianxiong, DAI Kuai, et al (1916)
……………
………………………………………………………………………
Photosynthetic characteristics of soybean and salvia in an agroforestry system in the Hilly Region, Shangluo, China
PENG Xiaobang, ZHANG Shuoxin (1926)
…………………
…………………………………………………………………………………………
Regulation of exogenous brassinosteroid on growth and photosynthesis of Helianthus tuberosus seedlings and cadmium biological
enrichment under cadmium stress GAO Huiling, LIU Jinlong, ZHENG Qingsong, et al (1935)…………………………………
Calibration coefficients of Granier original formula based on sap flow of Platycladus orientalis
LIU Qingxin,MENG Ping, ZHANG Jinsong, et al (1944)
…………………………………………
…………………………………………………………………………
Research Notes
An evaluation index system classifying the conservation value of wetland nature reserves based on AHP
SUN Rui, CUI Guofa, LEI Ting, et al (1952)
………………………………
………………………………………………………………………………………
Root biomass and its distribution of Azadirachta indica and Acacia auriculiformis plantations in the Dry鄄hot Valley
GAO Chengjie, TANG Guoyong, LI Kun, et al (1964)
…………………
……………………………………………………………………………
Physiological response of Vitex trifolia to sand burial in the sand coast ZHOU Ruilian, WANG Jin, YANG Shuqin, et al (1973)…
Soil fertility under different forest types in the Helan and Liupan Mountain ranges of Ningxia Province
JIANG Lin, GENG Zengchao, ZHANG Wen, et al (1982)
………………………………
…………………………………………………………………………
Opinions
Dynamic of litterfall in ten typical community types of Xiaoxing忆an Mountain, China
HOU Lingling,MAO Zijun,SUN Tao, et al (1994)
…………………………………………………
…………………………………………………………………………………
《生态学报》2013 年征订启事
《生态学报》是由中国科学技术协会主管,中国生态学学会、中国科学院生态环境研究中心主办的生态学
高级专业学术期刊,创刊于 1981 年,报道生态学领域前沿理论和原始创新性研究成果。 坚持“百花齐放,百家
争鸣冶的方针,依靠和团结广大生态学科研工作者,探索自然奥秘,为生态学基础理论研究搭建交流平台,促
进生态学研究深入发展,为我国培养和造就生态学科研人才和知识创新服务、为国民经济建设和发展服务。
《生态学报》主要报道生态学及各分支学科的重要基础理论和应用研究的原始创新性科研成果。 特别欢
迎能反映现代生态学发展方向的优秀综述性文章;研究简报;生态学新理论、新方法、新技术介绍;新书评价和
学术、科研动态及开放实验室介绍等。
《生态学报》为半月刊,大 16 开本,300 页,国内定价 90 元 /册,全年定价 2160 元。
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标准刊号:ISSN 1000鄄0933摇 摇 CN 11鄄2031 / Q
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生摇 态摇 学摇 报
(SHENGTAI摇 XUEBAO)
(半月刊摇 1981 年 3 月创刊)
第 33 卷摇 第 6 期摇 (2013 年 3 月)
ACTA ECOLOGICA SINICA
摇
(Semimonthly,Started in 1981)
摇
Vol郾 33摇 No郾 6 (March, 2013)
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