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Analysis of rhizosphere microbial community structure of weak and strong allelopathic rice varieties under dry paddy field

旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构



全 文 :
摇 摇 摇 摇 摇 生 态 学 报
摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 (SHENGTAI XUEBAO)
摇 摇 第 32 卷 第 19 期摇 摇 2012 年 10 月摇 (半月刊)
目摇 摇 次
中国野生东北虎数量监测方法有效性评估 张常智,张明海,姜广顺 (5943)……………………………………
城市居民食物氮消费变化及其环境负荷———以厦门市为例 于摇 洋,崔胜辉,赵胜男,等 (5953)………………
珠江口水域夏季小型底栖生物群落结构 袁俏君,苗素英,李恒翔,等 (5962)……………………………………
2010 年夏季雷州半岛海岸带浮游植物群落结构特征及其与主要环境因子的关系
龚玉艳,张才学,孙省利,等 (5972)
……………………………
……………………………………………………………………………
阿根廷滑柔鱼两个群体间耳石和角质颚的形态差异 方摇 舟,陈新军,陆化杰,等 (5986)………………………
黄河三角洲滨海草甸与土壤因子的关系 谭向峰,杜摇 宁,葛秀丽,等 (5998)……………………………………
盘锦湿地净初级生产力时空分布特征 王莉雯,卫亚星 (6006)……………………………………………………
菜豆根瘤菌对土壤钾的活化作用 张摇 亮,黄建国,韩玉竹,等 (6016)……………………………………………
花生植株和土壤水浸液自毒作用研究及土壤中自毒物质检测 黄玉茜,韩立思,杨劲峰,等 (6023)……………
遮荫对金莲花光合特性和叶片解剖特征的影响 吕晋慧,王摇 玄,冯雁梦,等 (6033)……………………………
火干扰对小兴安岭草丛、灌丛沼泽温室气体短期排放的影响 顾摇 韩,牟长城,张博文,等 (6044)……………
古尔班通古特沙漠南部植物多样性及群落分类 张摇 荣,刘摇 彤 (6056)…………………………………………
黄土高原樟子松和落叶松与其他树种枯落叶混合分解对土壤的影响 李摇 茜,刘增文,米彩红 (6067)………
长期集约种植对雷竹林土壤氨氧化古菌群落的影响 秦摇 华,刘卜榕,徐秋芳,等 (6076)………………………
H2O2 参与 AM真菌与烟草共生过程 刘洪庆,车永梅,赵方贵,等 (6085)………………………………………
北京山区防护林优势树种分布与环境的关系 邵方丽,余新晓,郑江坤,等 (6092)………………………………
旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构 熊摇 君,林辉锋,李振方,等 (6100)…………………
不同森林类型根系分布与土壤性质的关系 黄摇 林,王摇 峰,周立江,等 (6110)…………………………………
臭氧胁迫下硅对大豆抗氧化系统、生物量及产量的影响 战丽杰, 郭立月,宁堂原,等 (6120)…………………
垃圾填埋场渗滤液灌溉对土壤理化特征和草本花卉生长的影响 王树芹,赖摇 娟,赵秀兰 (6128)……………
稻麦轮作系统冬小麦农田耕作措施对氧化亚氮排放的影响 郑建初,张岳芳,陈留根,等 (6138)………………
不同施氮措施对旱作玉米地土壤酶活性及 CO2 排放量的影响 张俊丽,高明博,温晓霞,等 (6147)…………
北方农牧交错区农业生态系统生产力对气候波动的响应———以准格尔旗为例
孙特生,李摇 波,张新时 (6155)
…………………………………
…………………………………………………………………………………
辽宁省能源消费和碳排放与经济增长的关系 康文星,姚利辉,何介南,等 (6168)………………………………
基于 FARSITE模型的丰林自然保护区潜在林火行为空间分布特征 吴志伟,贺红士,梁摇 宇,等 (6176)……
不同后作生境对玉米地天敌的冬季保育作用 田耀加,梁广文,曾摇 玲,等 (6187)………………………………
云南紫胶虫种群数量对地表蚂蚁多样性的影响 卢志兴,陈又清,李摇 巧,等 (6195)……………………………
阿波罗绢蝶种群数量和垂直分布变化及其对气候变暖的响应 于摇 非,王摇 晗,王绍坤,等 (6203)……………
专论与综述
海水养殖生态系统健康综合评价:方法与模式 蒲新明,傅明珠,王宗灵,等 (6210)……………………………
海草场生态系统及其修复研究进展 潘金华,江摇 鑫,赛摇 珊,等 (6223)…………………………………………
水华蓝藻对鱼类的营养毒理学效应 董桂芳,解绶启,朱晓鸣,等 (6233)…………………………………………
环境胁迫对海草非结构性碳水化合物储存和转移的影响 江志坚, 黄小平,张景平 (6242)……………………
生态免疫学研究进展 徐德立,王德华 (6251)………………………………………………………………………
研究简报
喀斯特峰丛洼地不同森林表层土壤有机质的空间变异及成因 宋摇 敏,彭晚霞,邹冬生,等 (6259)……………
准噶尔盆地东南缘梭梭种子雨特征 吕朝燕,张希明,刘国军,等 (6270)…………………………………………
期刊基本参数:CN 11鄄2031 / Q*1981*m*16*336*zh*P* ¥ 70郾 00*1510*35*
室室室室室室室室室室室室室室
2012鄄10
封面图说: 岸边的小白鹭———鹭科白鹭属共有 13 种,其中有大白鹭、中白鹭、白鹭(小白鹭)、黄嘴白鹭等,体羽皆是全白,世通
称白鹭。 夏季的白鹭成鸟繁殖时枕部着生两条狭长而软的矛状羽,状若双辫,肩和胸着生蓑羽,冬季时蓑羽常全部
脱落,白鹭虹膜黄色,嘴黑色,脚部黑色,趾呈黄绿色。 小白鹭常常栖息于稻田、沼泽、池塘水边,以及海岸浅滩的红
树林里。 白天觅食,好食小鱼、蛙、虾及昆虫等。 繁殖期 3—7月。 繁殖时成群,常和其他鹭类在一起,雌雄均参加营
巢,次年常到旧巢处重新修葺使用。
彩图提供: 陈建伟教授摇 北京林业大学摇 E鄄mail: cites. chenjw@ 163. com
第 32 卷第 19 期
2012 年 10 月
生 态 学 报
ACTA ECOLOGICA SINICA
Vol. 32,No. 19
Oct. ,2012
http: / / www. ecologica. cn
基金项目:福建省自然科学基金(2009J05045)
收稿日期:2011鄄08鄄01; 摇 摇 修订日期:2012鄄07鄄10
*通讯作者 Corresponding author. E鄄mail: wenxiong181@ 163. com
DOI: 10. 5846 / stxb201108011126
熊君,林辉锋,李振方,方长旬,韩庆典,林文雄.旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构.生态学报,2012,32(19):6100鄄6109.
Xiong J, Lin H F, Li Z F, Fang C X, Han Q D, Lin W X. Analysis of rhizosphere microbial community structure of weak and strong allelopathic rice
varieties under dry paddy field. Acta Ecologica Sinica,2012,32(19):6100鄄6109.
旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际
微生物的群落结构
熊摇 君1,林辉锋2,李振方1, 方长旬1, 韩庆典3,林文雄1,*
(1. 福建农林大学生命科学学院, 福州摇 350002; 2. 三明农业科学研究所, 三明摇 365509;
3. 临沂大学生命科学学院,临沂摇 276000)
摘要:运用末端限制性片段长度多态性(T鄄RFLP)技术,以强化感水稻品种 PI312777 和弱化感水稻品种 Lemont 为材料,研究了
旱直播模式下 5 叶期和 7 叶期化感水稻根际土壤微生物的组成和结构。 结果显示:Hae 芋和 Msp玉2 种内切酶分别检测到 9—
87 个 TRFs、15—89 个 TRFs,各个样本的 TRFs排序间存在极显著差异,表明各样本的微生物的相对丰富度存在极显著差异。
用物种丰富度(S)、香隆指数(H)、Simpson多样性指数(D)、均匀度指数(E)评价了 6 个样本中 TRFs 的多样性,香隆指数最能
体现 2 个酶切片断中 TRFs的多样性,PI7 中 TRFs多样性最高。 聚类分析和主成分分析表明旱作条件下强弱化感潜力水稻在
生育前期(5 叶期以前)根际微生物群落的组成与结构相似性较大,而 7 叶期强弱化感水稻及对照之间微生物群落差异较大,表
明水稻根际微生物的组成既受生育期的影响又受水稻品种的影响。 7 叶期的化感水稻根际微生物呈现最大物种丰富度和香
隆鄄威尔指数多样性,在其特有的 34 个菌中有 7 个属于粘细菌目,另外还有一些滑行菌和一些与氮循环相关的细菌等。 粘细菌
可能通过次生代谢产物抑制伴生杂草种子的萌发,降低杂草的密度从而提高化感水稻的化感作用潜力。
关键词:化感; 水稻; 根际土壤; 细菌群落; T鄄RFLP
Analysis of rhizosphere microbial community structure of weak and strong
allelopathic rice varieties under dry paddy field
XIONG Jun1, LIN Huifeng2, LI Zhenfang1, FANG Changxun1, HAN Qingdian3,LIN Wenxiong1,*
1 College of Life Sciences, Fujian Agriculture and Forestry University, Fuzhou 350002, China
2 Sanming Institute of Agricultural Sciences, Sanming 365509, China
3 College of Life Science, Linyi University, Linyi 276000, China
Abstract: Terminal restrain fragment length polymorphism (T鄄RFLP) technique was employed to investigate the microbial
community structure and composition in the rhizosphere of weak and strong allelopathic rice varieties directly sowing on dry
paddy field at 5鄄leaf stage and 7鄄 leaf stage. The results showed that 9—87 TRFs and 15—89 TRFs were detected from the
soil DNA digested with two restriction enzymes Hae 芋 and Msp玉, respectively. The rank鄄abundance of TRFs from
different samples showed extremely significant difference, indicating that relative abundance of rhizosphere bacteria was
markedly different. The diversity indices including species abundance( S), Shannon鄄wiener diversity index(H), Pilow
diversity index(D) and evenness index(E) were used to analyse the diversity of TRFs in 6 samples. The analysis of
correlation coefficients among species indices showed that Shannon鄄wiener diversity index was the best one for the
invesitigation of the species diversity. The Shannon鄄wiener diversity in the sample of PI7 was the highest compared with
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those in the others. The cluster analysis and principle analysis suggested the similarity among the 3 samples of 5鄄leaf stage
was greater than that of 7鄄 leaf stage. Especially, the three samples of 7鄄leaf stage were separated by not only principal
component 玉but also principal component 域, which implicated that the composition and structure of soil microorganism
community could be regulated by both growth stage of rice and rice variety. The Shannon鄄wiener diversity index and species
richness of PI7 were the highest in all samples, and 34 genera were special in PI7, in which 7 genera belonged to
myxobacteria. Some sliding bacteria and N鄄fixing bacteria were also found in those special genera of PI7. Secondary
metabolites of Myxobacteria might improve the allelopathic potential of allelopathic rice by inhibiting germination of weed
seeds in soil seed bank and decreasing the density of weeds in the field of rice.
Key Words: allelopathy; rice; rhizosphere soil; bacterial community; T鄄RFLP
化感作用(Allelopathy)是指供体植物通过淋溶、挥发、分泌、分解等方式影响邻近受体植物生长的一种生
态学过程,在种间关系中发挥重要作用。 然而,对受体的这种影响效应究竟是化感物质的直接作用,还是化感
物质的间接作用如改变了土壤的理化性状等造成的却一直存在争议:早期研究者认为化感物质在化感作用中
发挥了关键作用,提出了“新武器假说冶 (Novel Weapon Hypothesis, 本土植物从未接触过的植物次生代谢物
质,即化感物质),相关研究结果发表在《SCIENCE》上[1鄄2],因此“新武器假说冶在解释化感植物入侵的机制方
面受到了大多数研究者的认同,从化感植物组织中分离和鉴定化感物质也成为化感作用研究的潮流和趋势。
然而,此后针对这些“武器冶在土壤中的生态学过程的研究却一次次给这个流行的假说造成冲击,这些过程包
括微生物对次生代谢产物的降解、土壤颗粒与有机质对次生代谢产物的吸附、次生代谢产物之间的结合与转
化等等,矢车菊入侵点化感物质的浓度也与《SCIENCE》上文章的结果不符,作者也亲口承认了这种差异[3]。
此外,在其它的化感植物中,化感物质的直接效应也受到了实验结果的质疑。 果园除草剂———芸苔属植物种
子炼油后的残渣具有较强的抑草作用,化感物质被鉴定为芥子油甙,但最近 Hoagland 否定该结论,认为真正
“元凶冶是腐霉菌(Pythium spp. ) [4];Inderjit 证实紫羊茅(Festuca rubra ssp. commutata)释放的化感物质 m鄄
tryson 仅在灭菌的土壤中存在化感效应[3];高粱(Sorghum bicolor)的化感物质 sorgoleone苯环上的甲氧基在土
壤中易发生矿化,来源于美国的样品矿化速率最快[5];葱芥(Alliaria petiolata)的类黄酮类化感物质在非灭菌
的土壤中半衰期不超过 12h,在灭菌土壤中也仅有 45. 5h[6];部分降解酚酸类微生物已被分离和鉴定[7]。 这些
研究结果表明自然生态系统能降低实验室条件下鉴定的化感物质的活性,化感作用研究不能忽视土壤中最活
跃的生态因子微生物的作用。
化感水稻根际微生物的研究已见报道[8鄄12],然而所得的结论并不一致,而且还未见大田条件下化感水稻
根际微生物群落结构动态变化的相关报道,为此,本文拟利用旱作条件(即水分胁迫)增加化感水稻的化感作
用潜力,运用 T鄄RFLP 方法研究不同化感潜力水稻根际土壤细菌群落组成和结构的差异,动态分析旱直播模
式下化感水稻根际土壤微生物结构,以揭示化感水稻品种根际特异和高丰度表达的微生物。
1摇 材料与方法
1. 1摇 供试材料
以国际公认的化感水稻品种 PI312777 和非化感水稻品种 Lemont 为材料,栽培方式为旱直播,水稻旱直
播具体步骤详见林瑞余等的方法[8]。
旱直播苗床土壤取样期为水稻 5 叶期和 7 叶期,按照 5 点取样,采用抖落法获取各水稻根际土壤,空白对
照在去除地面植被和地表凋落物后,收集 5—10 cm土层土壤,所有收集的土壤样品立即过 2 mm筛,充分混匀
后,一份立即使用,另取一份土壤冷冻保存备用。
1. 2摇 根际土壤微生物基因组总 DNA的提取和纯化
土壤总 DNA的提取步骤参考李钧敏[13]方法加以改进,主要步骤如下:
(1)2. 5 g土壤样品加入 10 mL 3%焦磷酸钠(pH值 8. 5,含 1%的 PVP (聚乙烯吡咯烷酮)掖30业),振荡 15
1016摇 19 期 摇 摇 摇 熊君摇 等:旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构 摇
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min后,10000 r / min室温离心 5 min。 去上层洗涤液后,按 5 mL, 3mL 的 3%焦磷酸钠量重复洗涤 3 次,期间
剧烈搅拌。
(2)向上述洗涤过的土壤沉淀加入 4 mL DNA提取缓冲液(含 100 mmol / L Tris鄄HCl pH 8. 0; 100 mmol / L
EDTA鄄Na2 pH 8. 0; 100 mmol / L 磷酸钠缓冲液; 1. 5 mol / L NaCl; 1% CTAB; 2% CaCl2; 灭菌后加入 BSA使
提取液中的 BSA浓度为 1 滋g / mL)和 加入溶菌酶(10 mg / L)使其在提取液中的浓度为 1 mg / L,混匀后于 37
益水浴 1 h,期间不断混匀。
(3)加入蛋白酶 K(20 mg / mL)使其蛋白酶 K在溶液中的浓度为 100 滋g / mL,混匀后于 65 益下水浴 1 h,
期间每 20 min中液氮冻融 1 次。 重复 3 次。
(4)上述完毕后,向溶液中加入等体积的氯仿 /异戊醇(24颐1)抽提,轻轻混匀,于 4 益,12000 r / min 离心
10 min,小心吸取上清液于另一离心管中,溶液重复用等体积的氯仿 /异戊醇(24颐1)抽提一次后,向吸取的上
层溶液中加入 0. 6 体积的预冷的异丙醇,室温静置沉淀 1 h后,4 益10000 r / min离心 10 min,弃上清,沉淀用 2
mL 70%的乙醇(含 0. 1 mol / L,醋酸钠)洗涤 2—3次,最后沉淀于超净台下吹干后,溶解于 200 滋L 的 TE(10
mmol / L Tris鄄HCl pH 8. 0,1 mmol / L EDTA pH 8. 0)中。
(5)1%琼脂糖凝胶电泳检测,并进行 DNA浓度的测定。
(6)将上述粗提的土壤微生物总 DNA用上海生工的 UNIQ鄄 10 柱式 DNA回收试剂盒回收纯化,经 1%琼
脂糖电泳检测后,于-20 益下保存备用。 以上每份土壤样品均未 3 次重复。
1. 3摇 基因组总 DNA的 T鄄RFLP 分析
引物:
正向引物 8鄄27摇 5忆鄄AGA GTT TGA TCC TGG CTC AG 鄄3忆, 5忆端用 FAM 标记。
反向引物摇 907鄄926: 5忆鄄 CCG TCA ATT CCT TTR AGT TT 鄄3忆 。
PCR反应体系摇 Taq mix (takara )12. 5 U, 正向引物和反向引物各 1 U,模板 1 U,去离子水 10. 5 U。
PCR反应程序为摇 94 益预变性 5 min,94 益,45 s,49. 5 益,45 s,72 益,1. 5 min,30 个循环后,72 益延伸
10 min。 PCR产物电泳检测后,用 UNIQ鄄10 柱式 DNA胶回收试剂盒回收 1000bp左右的 PCR产物片段,用于
酶切。
酶切用酶 Msp玉和 Hae 芋, Msp I酶切体系:1 滋L Msp I,2 滋LT鄄Buffer,2 滋L BSA,5 滋L ddH2O,10 滋L PCR
产物。 37 益温浴酶切 3—5 h; HaeIII酶切体体系:1 滋L Hae III,2 滋L H伊Buffer,7 滋L ddH2O,10 滋L PCR 产物。
37 益温浴酶切 3—5 h。
酶切产物送至北京基因组研究所进行 T鄄RFs 荧光信号检测(ABI 自动测序分析仪(Model 3130 Applied
Biosystems))。 参数参照 SoftGenetics Application Note July, 2006 对获得的结果用 GeneMarker V1. 2 进行分析。
之后,将 T鄄RFLP 双酶切序列 T鄄RFs的长度对比于 Ribosomal Database Project II(http: / / wdcm. nig. ac. jp / RDP /
trflp / #program)数据库,找出 T鄄RFs所对应的细菌种属。 每个 T鄄RF的丰度百分比(pi)按照公式 pi = ni / N伊100
计算。 其中 ni代表每个可分辨的 T鄄RF的峰面积,N代表所有 T鄄RF峰面积的总和。
1. 4摇 基于 T鄄RFLP 图谱的微生物多样性分析
用下列物种多样性指数衡量细菌群落物种多样性:物种丰富度指数(Genotype Richness S),香隆鄄威尔多
样性指数(Shannon鄄weiner H忆),Pilow 均匀度指数(Pielou忆s evenness index E),辛普森指数(Simson index 1鄄D)。
指数计算如下:
H忆 = - 移 (pi) (ln pi)
E = H忆 / (ln S)
1 - D = 1 - 移pi2
式中,S为每个样本 T鄄RFLP 图谱所产生的 T鄄RF的数量
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1. 5摇 基于 T鄄RFLP 图谱的数据处理和统计分析
通过多样性指数间的相关性分析表明多样性指数的代表性,采用 Pearson Correlation 和二尾检验方法由
SPSS 13. 0 软件分析。 通过主成分分析(Principal Components Analysis PCA)揭示影响细菌群落结构的变量,
每个 TRF的相对丰度作为主成分分析的一个变量,分析由 CANOCO (V14. 2) 软件处理。 通过数量序列曲线
揭示细菌群落分布的差异,每个 TRF的相对丰度从大至小排列(曲线由 EXCEL生成),用 Kruskal鄄Wallis 检验
判断细菌群落分布差异的显著性。 通过聚类分析揭示样本间相似性的相对大小,采用组间和欧式距离方法,
由 SPSS 13. 0 软件分析。
2摇 结果与分析
2. 1摇 细菌群落分布
图 1 显示了 6 个样本经 Hae III和 Msp I酶切后的图谱,由图谱可知 6 个样本的 TRFs片段大小和相对丰
度存在差异。 图 2 是以每个 TRF相对丰度大小进行排序的结果,2 种酶切的排序结果大体一致,分别检测到
9—87 个 TRFs,和 15—89 个 TRFs,Kruskal鄄Wallis检验表明 6 个样品间存在极显著差异(P=0. 0000)表明各样
3016摇 19 期 摇 摇 摇 熊君摇 等:旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构 摇
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图 1摇 旱直播条件下不同化感潜力水稻根际土壤细菌 Hae III和Msp I酶切图谱
Fig. 1摇 T鄄RFLP profile of the bacterial community digestion by Hae III & Msp I in the rhizospheric soils of different rice under dry paddy
field cultivation conditions
PI7:旱直播模式下七叶期强化感水稻 PI312777 根际土壤; LE7:旱直播模式下七叶期弱化感水稻 Lement根际土壤; CK7:旱直播模式下七
叶期稻田对照土壤; PI5: 旱直播模式下五叶期强化感水稻 PI312777 根际土壤; LE5: 旱直播模式下五叶期弱化感水稻 Lement 根际土壤;
CK5: 旱直播模式下五叶期稻田对照土壤
图 2摇 基于 TRLP数据的细菌群落数量序列曲线
Fig. 2摇 Rank鄄abundance plots of the TRLP profiles of the bacteria communities
y轴表示每个 TRF的相对丰度,x轴表示 TRFs按丰度由大至小排列所产生的序秩
本的微生物的相对丰富度存在极显著差异。 6 个样本中 CK7 下降最陡,表明其均匀度最低,PI7 下降最缓,横
坐标延伸最长,表明其均匀度最高,物种丰富度最高,超过其它样品 40 多个 TRF。
4016 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 32 卷摇
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2. 2摇 细菌群落物种多样性分析
用物种丰富度、香隆指数、Pilow指数、均匀度指数衡量细菌群落物种多样性,表明在 Hae 芋酶切片断中,
均匀度指数与其它指数均无相关性,其它指数之间均存在显著或极显著相关性,都能表征相同的生态学意义;
在 Msp玉酶切片断中,香隆指数与其它多样性指数间均存在显著或极显著相关性,可用于表征细菌群落物种
多样性(表 1,表 2)。 综合 2 个酶切的结果,以香隆指数表征细菌群落的多样性,Hae 芋酶切片断中 6 个样本
间香隆指数的大小为:PI7>CK5>PI5>LE5>LE7>CK7,Msp玉酶切片断中 6 个样本间香隆指数的大小为:PI7>
CK5>LE5>PI5>LE7>CK7,2 种酶切片断中 PI7 的香隆指数均大于 4,远大于其它样本。
表 1摇 细菌群落物种多样性相关性分析
Table 1摇 Species diversity indices in the bacterial communities
处理
Treatments
多样性指数 Diversity index
Hae 芋
S H忆 1鄄D E
Msp玉
S H忆 1鄄D E
CK5 45 3. 50 0. 96 0. 92 38 3. 30 0. 95 0. 91
LE5 45 2. 98 0. 97 0. 78 34 3. 20 0. 94 0. 91
PI5 45 3. 44 0. 96 0. 90 33 3. 04 0. 93 0. 87
CK7 9 2. 19 0. 89 0. 99 15 1. 46 0. 62 0. 54
LE7 30 2. 78 0. 91 0. 82 26 2. 53 0. 88 0. 78
PI7 87 4. 15 0. 98 0. 93 89 4. 07 0. 98 0. 91
表 2摇 摇 细菌群落物种多样性指数之间的相关性分析
Table 2摇 Correlation coefficients among species indices in bacterial communities
Hae 芋
S H忆 1鄄D E
Msp玉
S H忆 1-D E
S 1 1
H忆 0. 950** 1 0. 844* 1
1-D 0. 849* 0. 855* 1 0. 609 0. 928** 1
E 0. 105 0. 008 0. 345 1 0. 578 0. 925** . 986**
2. 3摇 聚类分析和主成分分析
以 2 种酶切所得的 TRFs的相对丰度作为变量,利用欧式距离进行聚类分析所得的聚类图大体一致,图 3
显示的是以 Hae 芋酶切片断中 TRFs 聚类得到的图片:若以 5 欧式距离对样本进行聚类,6 个样本被聚为 4
类,其中 5 叶期的 3 个样本聚为一类,相似度最高,7 叶期的 3 个样本各聚为一类,与 5 叶期的 3 个样本距离最
近的是 PI7,与所有样本差异性最大的是 CK7。 主成分分析显示了与聚类分析相同的趋势。 主成分玉和域解
释了 Hae 芋酶切片断中 58. 9%的变异,其中 5 叶期的 3 个样本未被主成分玉和主成分域分开,表明 3 个样本
间的相似程度较大,而 7 叶期的 CK7 和 LE7 被主成分玉分开,PI7 与 CK7 和 LE7 既被主成分玉分开也被主成
分域分开(图 4),MSP 1 酶切片断的主成分分析与 Hae 芋相似(图 4),表明水稻品种在生育前期(5 叶期以
前)对土壤微生物群落的组成影响不大,5 叶期以后土壤微生物既受水稻生育期的影响,也受水稻品种的
影响。
2. 4摇 化感水稻 7 叶期根际土壤特异细菌群落功能分析
图 1、图 2、表 1 都表明 7 叶期的化感水稻根际微生物的物种丰富性最高,表 3 显示了 PI7 特有的有 34 个
菌种。 在 34 个菌种中有 6 个属于粘细菌目,分别为 Chondromyces crocatus str(粒杆粘细菌属)、Cystobacter
fuscus ATCC 25194 ( T) (孢囊杆菌属)、Angiococcus disciformis ATCC 33172 ( T) (囊球菌属)、Polyangium
cellulosum subsp. Ferrugineum str. SMP 456 ATCC 25531(多囊菌属)、Polyangium sp. str. P1 4943(多囊菌属)、
Stigmatella aurantiaca ATCC 25190 (T) (标桩菌属)、Archangium gephyra ATCC 25201 (T) (原囊菌属);此外,
5016摇 19 期 摇 摇 摇 熊君摇 等:旱直播条件下强弱化感潜力水稻根际微生物的群落结构 摇
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摇 图 3摇 基于 TRFLP(Hae 芋) 结果的细菌群落聚类分析
Fig 3摇 The cluster analysis of TRFLP (Hae 芋)
以 TRF的相对丰度为数据,数据未经转化,采用欧式距离法作图
1:CK5;2:LE5;3:PI5;4:CK7;5:LE7;6:PI7
还有一些其它滑行细胞,如屈挠杆菌属海滨屈挠杆菌;
与氮固定有关红假单孢菌属、红微菌属、芽绿菌属的绿
芽菌,与硝酸盐利用相关的贝扎托菌属;降解多糖的地
神菌属、降解饱合脂肪酸的共养生孢菌属;4 株纤发菌
属的细菌;与硫酸盐还原相关的 desulforholpalus;嗜甲基
的甲基细菌 属; 其 它 功 能 不 太 清 楚 的 菌 株 有:
Antithamnion、 Marchantia、 Carnococcus、 迪茨氏 菌 属、
Methylosporovbrio、立克次体属、弧菌属、产丙酸菌属、浮
霉菌属、席兰细菌属、布鲁氏菌属、束毛球菌属、全孢
菌属。
表 3摇 旱播模式下强化感水稻根际微生物特有菌属
第1组分 First component (40.7%)
第2组

Seco
nd co
mpon
ent (1
8.2%
)
第2组

Seco
nd co
mpon
ent (1
7.0%
)
第1组分 First component (44.5%)
图 4摇 基于 TRLP数据的细菌群落主成分分析
图 4摇 Analysis of principal component (PC) based on the TRFLP profile
a: Hae 芋;b:Msp玉
Table 3摇 The special genera of the rizosphere microorganism in the strong allelopathic rice varieties under dry paddy field
TRF 长度(bp)TRF size (bp)
Hae 芋 Msp玉
细菌属
Bacterial genera
TRF 长度(bp)TRF size (bp)
Hae 芋 Msp玉
细菌属
Bacterial genera
227 491 Antithamnion 219 79 地神菌属
215 154 Carnococcus 191 161 红微菌属
215 154 束毛球菌属 218 207 浮霉菌属
215 135 纤发菌属(4) 209 298 共养生孢菌属
191 148 Methylosporovbrio 205 495 弧菌属
227 439 红假单孢菌属 326 492 屈挠杆菌属
227 439 芽绿菌属 69 444 甲基细菌属
189 492 贝扎托菌属 193 495 立克次体属
233 445 全孢菌属 75 78 粒杆粘细菌属
188 398 布鲁氏菌属 201 158 孢囊杆菌属
257 470 弯曲菌属 201 158 囊球菌属
191 126 Desulforhopalus 201 158 原囊菌属
67 199 产丙酸菌属 201 444 标桩菌属
67 149 迪茨氏菌属 75 78 多囊菌属(2)
294 469 席兰细菌属
303 502 Marchantia
摇 摇 1:TRF长度指细菌 16S rDNA序列分别被 Hae 芋和 Msp玉两种内切酶酶切后的末端片端长度; 2:菌属后面的数字指末端片端经过数据库比
对后匹配率超过 98%且属于同一个属的菌株的数量
3摇 讨论
本文分析了两种不同栽培模式下不同化感潜力的水稻根际微生物群落组成差异,并对特异微生物功能作
了相关分析,结果表明:2 种酶切的 TRFs排序结果大体一致,分别检测到 9—87 个 TRFs,和 15—89 个 TRFs,
6016 摇 生摇 态摇 学摇 报摇 摇 摇 32 卷摇
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各个样本的 TRFs排序间存在极显著差异,表明各样本的微生物的相对丰富度存在极显著差异。 旱作条件下
强弱化感潜力水稻在生育前期(5 叶期以前)根际微生物群落的组成与结构相似性较大,而 7 叶期强弱化感水
稻及对照之间微生物群落差异较大,表明 5 叶期以后水稻根际微生物的组成既受生育期的影响又受水稻品种
的影响。 7 叶期的化感水稻根际呈现最大物种丰富度和香隆鄄威尔指数多样性,在其特有的 34 的属中有 7 个
属于粘细菌目,另外还有一些滑行菌和一些与氮循环相关的细菌。
土壤微生物在植物化感作用中的作用受到了越来越多研究者的注意。 对于根际微生物对化感水稻的响
应,研究者意见不一。 胡开辉等认为化感水稻对根际的微生物有刺激效应[9],林瑞余等认为土壤微生物总量
与水稻品种密切相关,化感水稻 PI312777 的根际微生物量总量高于非化感水稻 Lemont[8],孔垂华认为化感水
稻 PI312777 与普通水稻根系周围微生物量碳无显著差异[12],与上述文献中涉及的氯仿熏蒸、室内培养计数
和 BIOLOG等基于微生物总量的土壤微生物研究的方法不同,本文运用分子生物学手段(T鄄RFLP 技术)对于
揭示土壤根际微生物的组成具有一定的优势:可以揭示微生物的系统发生和相对含量[14],本文的研究结果表
明:7 叶期的根际微生物既受水稻品种的影响,又受生育期的影响。 前人的研究表明作物根际微生物群落会
随着植物生育期和季节的变化而呈现动态变化,如水稻[15鄄16],豌豆、小麦、甜菜[17]、大豆[18],不同植物的根际
微生物组成也不同[19鄄22],这种动态性体现了植物与根际微生物之间的反馈调节,土壤微生物在种间和种内水
平上响应不同的植物种群[19]。 植物对微生物的调节可能与不同物种、不同生育期所分泌的有机物相关[23]。
本文中 5 叶期的 3 个样本间的欧式距离较近,且主成分玉和域均未将其分开,可能由于水稻生育前期处于光
合产物的积累阶段,根系分泌物较少,从而导致水稻样本与空白之间的微生物组成相似性较高。
在化感水稻 P12777 7 叶期的 34 个属特异性 TRFs中,有 7 个 TRF被鉴定为粘细菌,粘细菌的最突出的特
征是基因组在原核生物中是最大的, 约为 9454—10010 kb,大量的奢侈基因产生丰富的次级代谢产物,且具
有广泛的抗真核细胞生物活性[24鄄25]。 本文中的的几个属对真核生物的细胞均有显著的抑制作用,主要表现
为抑制呼吸链电子传递和细胞的有丝分裂,如 Chondromyces crocatus str(粒杆粘细菌属)的 3 种菌株(Cm c2,
Cm c3, Cm c5)分泌细胞毒素 chondramides A鄄D[26], chondramides是一种对细胞高毒性的环肽,通过干扰细胞
骨架结构肌动蛋白( actin),对酵母和哺乳动物的细胞发育与分裂具有强烈的抑制作用[27]。 Chondromyces
crocatus属的 7 种菌株均与鞘氨醇单胞菌属伴生[28],鞘氨醇单胞菌属分布广泛,是本文所有样本中的共有菌
株。 原囊菌属 Archangium gephyra代谢的 Argyrin A通过抑制肿瘤细胞蛋白酶 p27kip1 的活性而抑制肿瘤细胞
的增长[29],标桩菌属和原囊菌属代谢的 Aurafuron A 和 Aurafuron B是一种活性多肽,能抑制丝状真菌和老鼠
纤维原细胞的生长[30]。 由此可见,对于粘细菌次生代谢产生活性的研究目前主要集中在粘细菌的抗菌性,抗
肿瘤细胞的活性,还未见土壤中粘细菌影响植物群落多样性的相关报道。 植物与土壤微生物之间存在相互作
用[19],不同的植被影响土壤微生物群落的组成,而不同的微生物组成也直接影响植物群落的产量、多样性和
植物群落的结构[31]。 本文所检测到的粘细菌可能在旱作条件下水稻的化感作用潜力增强,抑制伴生杂草种
子的萌发、降低杂草密度中发挥重要作用。 将粘细菌开发成为除草剂在 20 世纪 80 年代就见报道[32],近年的
综述也有提及[33],但是水稻根际中粘细菌的研究很少,且主要针对厌氧粘细菌的异化铁还原能力[34鄄36]。 粘细
菌在环境中也普遍存在,但其相对含量往往在 2000—450000 个 / g 土之间,相对含量的变化主要受生境和其
伴生菌的影响,在腐烂的植物材料上易发现[37],本文中在其它样本未检测到粘细菌可能与其相对含量较低
有关。
粘细菌对化感水稻的响应涉及粘细菌子实体中粘孢子的萌发。 粘细菌在原核生物中生活史最为复杂,当
受到胁迫时,具有社会行为的营养细胞聚集为休眠状态的子实体,子实体具有较强的抗逆能力,当外界环境合
适时,粘孢子萌发,继而发育成为营养细胞[38]。 关于子实体形成和粘孢子萌发的机理所知不多,已有研究表
明在丙三醇[38鄄39]、吲哚及其衍生物的诱导下营养细胞聚集形成子实体[40]、Ca2+和 CTT(由多种蛋白质组成的
培养基) [41]、Mg2+和酪胨(Casitone) [42]的诱导下数小时内粘孢子萌发形成营养细胞。 化感水稻对粘细菌的
诱导作用可能与其根系分泌物有关。
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ACTA ECOLOGICA SINICA Vol. 32,No. 19 October,2012(Semimonthly)
CONTENTS
Assessment of monitoring methods for population abundance of Amur tiger in Northeast China
ZHANG Changzhi, ZHANG Minghai, JIANG Guangshun (5943)
…………………………………………
…………………………………………………………………
Changes of residents nitrogen consumption and its environmental loading from food in Xiamen
YU Yang,CUI Shenghui,ZHAO Shengnan, et al (5953)
…………………………………………
……………………………………………………………………………
Analysis of the meiobenthic community in the Pearl River Estuary in summer
YUAN Qiaojun, MIAO Suying, LI Hengxiang, et al (5962)
…………………………………………………………
………………………………………………………………………
Community characteristics of phytoplankton in the coastal area of Leizhou Peninsula and their relationships with primary environ鄄
mental factors in the summer of 2010 GONG Yuyan, ZHANG Caixue, SUN Xingli, et al (5972)………………………………
Morphological differences in statolith and beak between two spawning stocks for Illex argentinus
FANG Zhou, CHEN Xinjun, LU Huajie, et al (5986)
………………………………………
……………………………………………………………………………
Relationships between coastal meadow distribution and soil characteristics in the Yellow River Delta
TAN Xiangfeng, DU Ning, GE Xiuli, et al (5998)
…………………………………
…………………………………………………………………………………
Variation analysis about net primary productivity of the wetland in Panjin region WANG Liwen, WEI Yaxing (6006)………………
Mobilization of potassium from Soils by rhizobium phaseoli ZHANG Liang, HUANG Jianguo, HAN Yuzhu, et al (6016)……………
Autotoxicity of aqueous extracts from plant, soil of peanut and identification of autotoxic substances in rhizospheric soil
HUANG Yuqian, HAN Lisi, YANG Jinfeng, et al (6023)
……………
…………………………………………………………………………
Effects of shading on the photosynthetic characteristics and anatomical structure of Trollius chinensis Bunge
LV Jinhui,WANG Xuan, FENG Yanmeng, et al (6033)
…………………………
……………………………………………………………………………
Short鄄term effects of fire disturbance on greanhouse gases emission from hassock and shrubs forested wetland in Lesser Xing忆an
Mountains, Northeast China GU Han,MU Changcheng, ZHANG Bowen, et al (6044)…………………………………………
Plant species diversity and community classification in the southern Gurbantunggut Desert ZHANG Rong, LIU Tong (6056)…………
Effects of mixing leaf litter from Pinus sylvestris var. mongolica and Larix principis鄄rupprechtii with that of other trees on soil
properties in the Loess Plateau LI Qian,LIU Zengwen,MI Caihong (6067)………………………………………………………
Effects of long鄄term intensive management on soil ammonia oxidizing archaea community under Phyllostachys praecox stands
QIN Hua, LIU Borong, XU Qiufang, et al (6076)
…………
…………………………………………………………………………………
Hydrogen peroxide participates symbiosis between AM fungi and tobacco plants
LIU Hongqing,CHE Yongmei, ZHAO Fanggui, et al (6085)
………………………………………………………
………………………………………………………………………
Relationships between dominant arbor species distribution and environmental factors of shelter forests in the Beijing mountain
area SHAO Fangli, YU Xinxiao, ZHENG Jiangkun, et al (6092)…………………………………………………………………
Analysis of rhizosphere microbial community structure of weak and strong allelopathic rice varieties under dry paddy field
XIONG Jun, LIN Huifeng, LI Zhenfang, et al (6100)
……………
……………………………………………………………………………
Root distribution in the different forest types and their relationship to soil properties
HUANG Lin, WANG Feng, ZHOU Lijiang,et al (6110)
……………………………………………………
……………………………………………………………………………
Effect of silicon application on antioxidant system, biomass and yield of soybean under ozone pollution
ZHAN Lijie, GUO Liyue, NING Tangyuan, et al (6120)
………………………………
…………………………………………………………………………
Effect of landfill leachate irrigation on soil physiochemical properties and the growth of two herbaceous flowers
WANG Shuqin,LAI Juan,ZHAO Xiulan (6128)
………………………
……………………………………………………………………………………
Nitrous oxide emissions affected by tillage measures in winter wheat under a rice鄄wheat rotation system
ZHENG Jianchu, ZHANG Yuefang, CHEN Liugen, et al (6138)
………………………………
…………………………………………………………………
Effects of different fertilizers on soil enzyme activities and CO2 emission in dry鄄land of maize
ZHANG Junli, GAO Mingbo, WEN Xiaoxia,et al (6147)
…………………………………………
…………………………………………………………………………
The response of agro鄄ecosystem productivity to climatic fluctuations in the farming鄄pastoral ecotone of northern China: a case
study in Zhunger County SUN Tesheng, LI Bo, ZHANG Xinshi (6155)…………………………………………………………
The relationship between energy consumption and carbon emissiont with economic growth in Liaoning Province
KANG Wenxing,YAO Lihui,HE Jienan,et al (6168)
………………………
………………………………………………………………………………
Spatial distribution characteristics of potential fire behavior in Fenglin Nature Reserve based on FARSITE Model
WU Zhiwei, HE Hongshi, LIANG Yu, et al (6176)
……………………
………………………………………………………………………………
Chill conservation of natural enemies in maize field with different post鄄crop habitats
TIAN Yaojia, LIANG Guangwen, ZENG Ling, et al (6187)
……………………………………………………
………………………………………………………………………
Effect of population of Kerria yunnanensis on diversity of ground鄄dwelling ant
LU Zhixing, CHEN Youqing, LI Qiao, et al (6195)
…………………………………………………………
………………………………………………………………………………
Response of Parnassius apollo population and vertical distribution to climate warming
YU Fei,WANG Han,WANG Shaokun,et al (6203)
…………………………………………………
…………………………………………………………………………………
Review and Monograph
Integrated assessment of marine aquaculture ecosystem health: framework and method
PU Xinming,FU Mingzhu, WANG Zongling, et al (6210)
…………………………………………………
…………………………………………………………………………
Seagrass meadow ecosystem and its restoration: a review PAN Jinhua,JIANG Xin,SAI Shan,et al (6223)……………………………
Nutri鄄toxicological effects of cyanobacteria on fish DONG Guifang, XIE Shouqi, ZHU Xiaoming, et al (6233)………………………
Effect of environmental stress on non鄄structural carbohydrates reserves and transfer in seagrasses
JIANG Zhijian,HUANG Xiaoping,ZHANG Jingping (6242)
………………………………………
………………………………………………………………………
Advances in ecological immunology XU Deli, WANG Dehua (6251)……………………………………………………………………
Scientific Note
The causes of spatial variability of surface soil organic matter in different forests in depressions between karst hills
SONG Min, PENG Wanxia, ZOU Dongsheng, et al (6259)
…………………
………………………………………………………………………
Characteristics of seed rain of Haloxylon ammodendron in southeastern edge of Junggar Basin
L譈 Chaoyan, ZHANG Ximing, LIU Guojun, et al (6270)
…………………………………………
…………………………………………………………………………
《生态学报》2013 年征订启事
《生态学报》是中国生态学学会主办的生态学专业性高级学术期刊,创刊于 1981 年。 主要报道生态学研
究原始创新性科研成果,特别欢迎能反映现代生态学发展方向的优秀综述性文章;研究简报;生态学新理论、
新方法、新技术介绍;新书评介和学术、科研动态及开放实验室介绍等。
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生摇 态摇 学摇 报
(SHENGTAI摇 XUEBAO)
(半月刊摇 1981 年 3 月创刊)
第 32 卷摇 第 19 期摇 (2012 年 10 月)
ACTA ECOLOGICA SINICA

(Semimonthly,Started in 1981)

Vol郾 32摇 No郾 19 (October, 2012)
编摇 摇 辑摇 《生态学报》编辑部
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电话:(010)62941099
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