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ANALYSIS ON GENETIC DISTANCE BASED ON SSR MARKER AS RELATED TO GRAIN APPEARANCE QUALITY TRAITS IN RICE HYBRID PROGENIES F1

杂交籼稻稻米外观品质性状杂种优势及其与亲本间分子遗传距离的相关性



全 文 :收稿日期 :2009211208  接受日期 :2009201214
基金项目 :国际水稻研究所资助项目 (PB021A00001008) ,国家“863”计划资助项目 (2006AA100101) ,国家公派留学基金资助项目 (20073021)
作者简介 :雷东阳 (19802) ,男 ,湖南邵阳人 ,博士 ,主要从事水稻遗传育种及分子生物学研究。E2mail :leidongyang1980 @yahoo. com. cn
通讯作者 :陈立云 (19492) ,男 ,湖南岳阳人 ,教授 ,主要从事水稻遗传育种研究。E2mail :chenliyun996 @1631com
文章编号 :100028551 (2009) 042536206
杂交籼稻稻米外观品质性状杂种优势及其
与亲本间分子遗传距离的相关性
雷东阳1 ,2  谢放鸣2  陈立云1
(11 湖南农业大学 水稻科学研究所 ,湖南 长沙 410128 ;21 国际水稻研究所 ,马尼拉 ,菲律宾 , DAPOBox7777)
摘  要 :用 IR75589 - 31S、IR60、IR70 和选取的 90 个 RILs 和 ILs 进行不完全双列杂交 ,以获得的 270 个
杂交组合为材料 ,对杂交稻米外观品质性状杂种优势表现及其与亲本间分子遗传距离的关系进行了研
究。就杂交组合外观品质性状相对优势而言 ,除粒长宽比以外 ,其他外观品质性状的中亲优势都表现为
正向组合个数大于负向个数。杂种稻米外观品质性状表现的差异因性状而异 ,以垩白度的变异系数最
大 ,杂种米粒垩白度、粒长、粒宽和粒长宽比普遍介于双亲之间。SSR 分子标记遗传距离与杂种稻米外
观品质相关性状杂种优势关系分析表明 ,亲本间的遗传距离在 012914 到 014205 之间 ,平均遗传距离为
013520 ;杂交亲本遗传距离与外观品质性状间的相关系数偏小 ,分别为 - 010307、011358 和 - 011408 ,均
未达到显著水平 ,外观品质性状杂种优势与亲本间的遗传差异大小无关。根据以上结果 ,本研究所筛选
的 SSR 标记难以预测杂交稻外观品质性状杂种优势 ,利用 DNA 分子标记遗传距离来预测杂种优势的可
能性还有待于进一步探讨。
关键词 :杂交稻 ;外观品质性状 ;杂种优势 ;分子标记 ;遗传距离
ANALYSIS ON GENETIC DISTANCE BASED ON SSR MARKER AS RELATED TO GRAIN
APPEARANCE QUALITY TRAITS IN RICE HYBRID PROGENIES F1
LEI Dong2yang1 ,2  XIE Fang2ming2  CHEN Li2yun1
(11 Rice Research Institute , Hunan Agricultural University , Changsha , Hunan  410128 ;
21 Plant Breeding , Genetics , and Biochemistry Division , International Rice Research Institute , Metro Manila , Philippines , DAPOBox 7777)
Abstract :93 parents including IR75589231S , IR60 , IR70 and ninety recombinant inbred lines or advanced backcrossing
introgression lines with different indica2japonica degrees were chosen to analyze relationship between genetic distance on SSR
marker and the heterosis of rice grain appearance quality traits of grain length ( GL) , grain width ( GW) , grain lengthΠwidth
ratio (LWR) and chalkiness degree (CD) in rice hybrid. Based on the relative heterosis for all characters in all hybrids , the
frequency of positive mid2parent heterosis was higher than that of negative mid2parent heterosis except for LWR. Grain
appearance quality among F1 hybrids varied significantly with greatest variation on CD. The performance of most F1 hybrids for
all the 4 characters was between the low2value parent and high2value parent . F1 were found to be highly correlated with the
male parent , female parent and average of the parents for all the 4 characters. The genetic distance of the rice parents and the
relativity analysis were determined using SSR markers. The genetic distance between 3 female and 90 male based on 161 SSR
markers varied in the range from 012914 to 014205 with an average of 013520. The relative coefficients between SSR genetic
distance and heterosis of 4 grain appearance traits were partial to small (CD = - 010307 , GL = - 011358 , GW = 011147 ,
LWR = - 011408) . The genetic distance of rice parents selected and the grain appearance heterosis was not significantly
635  核 农 学 报 2009 ,23 (4) :536~541Journal of Nuclear Agricultural Sciences
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correlated , and because of this SSR markers selected in this study couldn’t predict rice appearance quality heterosis.
According to the results , SSR markers selected could not predict the heterosis of rice grain appearance quality traits. Searching
the potential to use genetic distance of DNA molecular marker to predict the heterosis needs further studied.
Key words :hybrid rice ; appearance quality traits ; heterosis ; molecular marker ; genetic distance
  杂种优势是指遗传基础不同的双亲杂交所得到的
杂种在生长势、生活力、生殖力和抗逆性等方面优于双
亲的现象。水稻籼粳亚种间具有强大的杂种优势[1 ,2 ] ,
利用籼粳亚种间杂种优势一直被认为是进一步提高水
稻产量的有效途径[3 ] 。应用分子标记差异性预测作物
农艺性状杂种优势 ,国内外已有很多研究[4~8 ] ,但有关
稻米外观品质性状杂种优势与亲本分子遗传距离的关
系方面 ,国内还未见报道。
随着人民生活水平的提高和稻米市场的开放 ,稻
米品质已日益受到人们的重视。目前种植的多数杂交
水稻组合米质不够理想 ,外观品质较差 ,直接影响到稻
米的价格和水稻生产的经济效益。本研究旨在利用籼
粳特性不同的 LemontΠ特青重组自交系或以特青为背
景的高代回交导入系中选取的株系与多个籼稻材料不
完全双列杂交 ,对稻米外观品质性状的杂种优势表现
及外观品质性状间的关系等进行分析 ,并探索 SSR 标
记分析的水稻亲本遗传距离与品质性状杂种优势的相
关性 ,为优质杂交稻亲本选配和稻米外观品质的改良
提供理论依据。
1  材料与方法
111  材料
根据 2007 年旱季在国际水稻研究所种植材料的
稻米品质检测结果 , 从 Lemont ×特青重组自交系
(RILs)和以特青为背景的高代回交导入系 ( ILs)的米粒
垩白度偏高和偏低的极端群体中选取长粒型和短粒型
共 90 个株系为父本 ,以垩白度较高的籼型品种 IR70、
垩白度较低的籼型品种 IR60 及 1 个两系不育系
IR75589231S 为母本。
112  方法
将上述 3 个母本和 90 个父本材料于 2007 年 9 -
10 月分期播种 ,每 10d 播 1 期 ,父本共播 2 期 ,母本共
播4 期 ,父母本按不完全双列杂交方式配对杂交。
2008 年旱季将亲本连同所配 270 个杂交组合种植于国
际水稻研究所试验田。3 月 6 日播种 ,3 月 26 日移栽 ,
随机区组设计 ,2 次重复 ,2 行区 ,每小区 20 株 ,单本种
植 ,株行距 20cm ×20cm ,水肥按大田常规管理。田间
记载抽穗期。
113  测定
11311  表型鉴定 成熟后每小区随机取 10 穗用于检
测稻米外观品质性状 ,自然干燥后置于室温下至少保
存 1 个月才开始进行品质测定。每种材料随机取 100
粒整精米用稻米外观检测仪 Cervitec ( FOSS) 测定粒长、
粒宽、粒长宽比和垩白度等性状 ,每株系各分析了 3 样
品 ,以 3 次测定间的平均值用于统计分析。
11312  分子标记试验  采用改良的 CTAB 法提取
Lenont、特青及 IR75589231s 3 个母本材料以及重组自
交系中选取的 36 个株系幼叶的 DNA。取少量新鲜叶
片 ,剪碎并置于 2ml 的离心管中 ,每管加装 2 个小钢珠
或玻璃珠 ,压紧盖子 ,放于液氮中 5min ;将装有冷冻叶
片的离心管放置于 RetschMM200 仪器上震荡 30s 以打
碎叶片 (震荡频率为 30 次Πs) ,然后在每管中加 65 ℃
2 ×CTAB缓冲液的 DNA 提取液 ,加入 20 %SDS(20μl) ,
涡旋器上充分混匀后在 65 ℃水浴中保温 30min ;迅速
冷却后加入 600μl 氯仿Π异戊醇 (24∶1) ,在室温下振荡
20min ,3000rΠmin 离心 20min ;取上清液 400μl 于另一支
2ml 离心管中 ,加 400μl 异丙醇 ,置于 - 20 ℃冰箱 30min
或过夜 ;3000rΠmin 离心 30min ,弃上清 ,用 500μl 70 %酒
精洗 2~5min (3000rΠmin 离心 1min) ,风干后的 DNA 溶
于 200μl TE中 ,加 210μl RNase (10mgΠml) ,在 37 ℃下静
置 30min ,置于 4 ℃冰箱中保存备用。
SSR 标记优化后的反应体系总体积为 10μl。包括
10 ×PCR 缓 冲 液 2μl、25mmolΠL dNTPs 2μl、引 物
(1615ngΠμl) 2μl、模板 DNA 1μl、5UΠμl Taq 酶 1μl ,加去离
子水至 10μl。
优化后的 PCR 反应程序为 :94 ℃下预变性 4min ,
然后 94 ℃下变性 1min ,55 ℃下复性 1125min ,72 ℃下延
伸 1min ,共 35 个循环 ,随后 72 ℃下延伸 7min。PCR 扩
增结束后 ,加 2μl 溴酚兰到 10μl PCR 扩增产物中 ,取
4μl 点样 ,在 8 %聚丙烯酰胺凝胶上电泳 ,电泳完毕后 ,
凝胶用 SYBR 荧光染料于黑暗中染色 20min ,紫外灯下
曝光并拍照。
114  数据统计与分析
11411  遗传距离  每对 SSR 引物检测到 1 条多态性
带视为 1 个等位基因 ,有带时赋值为 1 ,无带时赋值为
0 ,缺失时赋值为 9。建立 DNA 指纹数据库。每 2 份材
料间的遗传差异按 Nei 的方法求算遗传距离 D ,即 D =
735 4 期 杂交籼稻稻米外观品质性状杂种优势及其与亲本间分子遗传距离的相关性
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1 - [2MxyΠ(Mx + My) ] ,其中 Mxy 代表两个体共同拥有
的 SSR 标记数 ,Mx 是 x 个体拥有的 SSR 标记数 ,My 是
y个体拥有的 SSR 标记数。利用 NTSYSpc211 软件[9 ]
对亲本进行 UPGMA 聚类分析和作图。
11412  杂种优势 杂种优势以超中亲优势 ( HMP) 为指
标 ,按下式计算 : HMP = ( YF1 - YMP )ΠYMP ×100 % ,式中
YF1为杂种品质值 ,YMP为双亲平均品质值。
11413  数据分析  所有统计分析均采用 SASV910 统 计分析软件进行。2  结果与分析211  供试亲本外观品质表现参试亲本米粒外观品质性状列于表 1。母本以IR70 的米粒垩白度较高 ,粒长宽比较小 , IR60 的米粒垩白度较低 ,粒长宽比较大。父本的米粒外观品质性
表 1  供试亲本外观品质性状
Table 1  The performance of grain appearant quality traits of tested parents
亲本
parents
垩白度
CD( %)
粒长 GL
(mm)
粒宽 GW
(mm)
粒长宽比
LWR
亲本
parents
垩白度
CD( %)
粒长 GL
(mm)
粒宽 GW
(mm)
粒长宽比
LWR
母本 父本
31S 213 5172 2102 2183 NIL506 4311 5127 2141 2119
IR60 112 6131 1191 3130 NIL509 3818 5126 2138 2121
IR70 1718 5156 2113 2161 NIL515 5016 5122 2135 2122
父本 NIL533 4710 512 2138 2118
RIL12 2412 6139 212 2190 NIL540 112 6117 1172 3159
RIL13 3513 617 211 3119 NIL546 4210 6148 2121 2193
RIL14 1611 6173 1194 3147 NIL563 2716 5136 2126 2137
RIL44 3112 6153 2102 3123 NIL565 112 5127 2101 2162
RIL45 1318 6119 2117 2185 NIL566 1814 5165 213 2146
RIL48 3116 5158 213 2143 NIL567 315 5178 1198 2192
RIL74 3410 5134 2147 2116 NIL570 1419 5137 2127 2137
RIL88 315 6168 2118 3106 NIL573 213 517 1181 3115
RIL94 3618 5136 2155 2110 NIL576 518 6164 1176 3177
RIL95 1611 5148 2126 2142 NIL585 4310 5154 2153 2119
RIL104 3115 7115 2133 3107 NIL589 1713 615 2113 3105
RIL105 3117 7108 2128 3111 NIL590 413 6142 1196 3128
RIL109 112 6164 2106 3122 NIL591 416 6137 2104 3112
RIL114 611 5132 211 2153 NIL604 619 6122 2118 2185
RIL116 4210 5163 2163 2114 NIL613 811 6175 1197 3143
RIL117 2816 517 2109 2173 NIL614 315 6179 2109 3125
RIL120 1014 5108 2104 2149 NIL620 315 6178 2109 3124
RIL131 1211 5107 2126 2124 NIL629 112 6159 2122 2197
RIL150 4019 518 2158 2125 NIL635 1719 5172 2109 2174
RIL164 2415 513 2133 2127 NIL636 416 616 2104 3124
RIL168 2210 6193 1189 3167 NIL639 516 6131 2113 2196
RIL169 1513 5163 2108 2171 NIL642 518 5166 2111 2168
RIL173 2814 5137 2137 2127 NIL645 1511 5171 2104 2180
RIL190 3317 5143 2139 2127 NIL646 1014 5115 2138 2116
RIL193 1810 6178 2112 3120 NIL649 518 5135 2122 2141
RIL196 3017 5124 2115 2144 NIL650 912 5139 2125 2140
RIL210 2219 6154 1196 3134 NIL654 213 5177 2108 2177
RIL216 3112 5144 2116 2152 NIL655 213 6164 2113 3112
RIL218 2514 6152 1192 3140 NIL669 518 5166 2132 2144
RIL235 1216 5174 2131 2148 NIL670 1014 5151 2125 2145
RIL246 416 6138 2107 3108 NIL677 619 4188 2137 2106
RIL251 1111 517 2122 2157 NIL679 315 6158 2101 3127
RIL269 4118 516 2172 2106 NIL682 518 6176 1195 3147
RIL275 1318 5153 2123 2148 NIL684 1611 5123 214 2118
RIL281 411 615 2116 3101 NIL688 1515 6165 2133 2185
RIL285 5016 5103 2138 2111 NIL694 512 6163 1189 3151
NIL493 4317 4196 2143 2104 NIL696 811 6149 2106 3115
NIL494 4216 5127 2143 2117 NIL697 510 6143 2108 3109
NIL495 4311 5128 2142 2118 NIL708 3217 6171 2112 3117
NIL496 4519 5125 214 2119 NIL726 315 6158 1198 3132
NIL499 3814 511 2142 2111 NIL728 711 6166 2121 3101
NIL502 3517 5141 2138 2127 NIL732 518 6167 2115 3110
NIL503 4214 5124 2142 2117 NIL743 513 6121 1195 3118
Note : CD means chalkiness degree , GL means grain length , GW means grains width , LWR means grain lengthΠwidth ratio.
835 核 农 学 报 23 卷
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状测定值变幅较大 ,垩白度变幅为 112 %~5016 % ,粒
长变幅为 4188~7115mm ,粒宽变幅为 1172~2172mm ,
粒长宽比的变幅为 2104~3177。供试材料具有较好的
代表性 ,方差分析表明 ,亲本间全部性状差异均达到显
著水平。
212  F1 代杂种外观品质性状表现及其与亲本的关系
从表 2 可以看出 ,不同配组的杂种 F1 稻米外观品
质性状存在较大差异。从变异系数看 ,垩白度最高 ,达
63196 % ,其次是粒长宽比 ,为 10164 % ,粒长和粒宽的
差异相对较小 ,变异系数都在 6 %左右。从杂种 F1 外
观品质各性状的测定值看 ,其变异范围垩白度为
213 %~4110 % ,粒长为 5123~6188mm ,粒宽为 1189~
2145mm ,粒长宽比为 2121~3138。杂交组合间性状差
异较大 ,说明在杂交稻组合筛选中 ,应特别注意对组合
本身的外观品质性状进行选择。
表 2  杂种 F1稻米外观品质性状分布
Table 2  The distribution of grain appearant quality traits in hybrid F1
性状
trait
平均值
average
标准差
standard
deviation
变异系数
coefficient
of variation
变异范围
variation of
range
与亲本的相关系数
coefficient relationship with parents
母本
female
父本
male
亲本均值
average of parent
垩白度 chalkiness degree ( %) 1219 813 63196 213~4110 01672433 01441633 01799233
粒长 grain length (mm) 6108 0140 6161 5123~6188 01475833 01207633 01518033
粒宽 grains width (mm) 2119 0113 5181 1189~2145 01541933 01446233 01679033
粒长宽比 grain lengthΠwidth ratio ( %) 2179 0130 10164 2121~3138 01521933 01395633 01650833
  由 F1 稻米外观品质性状与其父本、母本及双亲平
均值的相关分析结果可以看出 (表 2) ,杂种 F1 外观品
质性状与双亲的外观品质性状及中亲值均呈极显著正
相关 ,且各性状都表现出与中亲值的相关性最为密切 ,
其次为母本 ,再次为父本 ;本研究还表明大部分组合的
外观品质性状值介于两亲本之间。因此杂交稻外观品
质改良要求不育系与恢复系的改良同步进行 ,同时母
本对杂种稻米外观品质的影响要大于父本 ,选择外观
品质较好的双亲配组 ,或选择小垩白和长粒形的不育
系和恢复系配组 ,可有效地降低杂种稻米的垩白度 ,选
育出粒形较好的组合 ,改进杂交稻米外观品质。
213  F1 代外观品质性状的杂种优势表现
由表 3 可知 , 在中亲优势中 , 垩白度变幅为
- 21144 %~150100 % ,平均值为 6134 % ,表现正值的
组合数为 55193 % ,垩白度杂种优势平均值与变幅都
较大 ,表明杂交组合的垩白度要略高于双亲平均值 ;粒
长和粒宽的平均优势分别为 0180 % 和 0196 % ,变幅
为 - 3182 %~7104 % 和 - 3184 %~3161 % ,变幅较小 ,
大多数组合表现为正向优势的组合 ,分别占 60137 %
和 69170 % ,表明杂交种的粒长和粒宽一般介于高亲
值与中亲值之间 ;粒长宽比的均值为 - 0124 ,变幅为
- 5136 %~6186 % ,大部分表现为负向优势 ,其中正向
优势组合只占 43148 %。根据优质杂交稻育种对品质
性状的要求 ,结合上述各性状相对优势的表现特点 ,在
杂交水稻亲本选配中应注意选择大长宽比、低垩白度的
双亲配组 ,对于垩白度除考虑选择性状优良的亲本配组
外 ,还需更多地注意杂交组合本身的表现 ,加强对杂交
组合的评鉴工作 ,因为杂种垩白度的优势组合间差异较
大。
表 3  外观品质性状杂种优势表现
Table 3  Heterosis performance of the grain appearance
quality traits
性状
traits
垩白度
chalkiness
degree
( %)
粒长
grain
length
( %)
粒宽
grain
width ( %)
粒长宽比
grain lengthΠ
width ratio
( %)
均值 average 6134 0180 0196 - 0124
最大值 max 150100 7104 3161 6186
最小值 min - 21144 - 3182 - 3184 - 5136
正向组合百分数
total of positive
55193 60137 69170 43148
214  分子标记遗传距离
用 161 个 SSR 引物进行 PCR 扩增 ,根据具有多态
性带的有无 ,利用 Nei 遗传距离计算公式计算亲本间
遗传相似系数和遗传距离 (遗传非相似系数) 。用
NTSYSpc211 进行遗传关系分析 ,得到亲本的聚类分析
图 (图 2) 。结果表明 ,从特青ΠLemont 重组自交系中选
取的 36 个父本材料间遗传差异较大。SSR 标记聚类
在遗传相似系数 0165 左右将亲本材料分为两类 ,36 个
父本在一类 ,3 个母本在一类。利用 SSR 分子标记估
算出的亲本间的遗传距离在 012914 到 014205 之间 ,平
935 4 期 杂交籼稻稻米外观品质性状杂种优势及其与亲本间分子遗传距离的相关性
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均遗传距离为 013520。
215  分子标记遗传距离与 F1 外观品质性状杂种优势
的关系
分子标记遗传距离与杂种优势相关性分析表明
(表 4) ,垩白度、粒长、粒长宽比杂种优势与亲本遗传
距离间的相关性为负相关 ,但相关系数偏小 ,分别为
- 010307、- 011358 和 - 011408 ,未达显著水平。粒宽 杂种优势与亲本遗传距离间的相关性为正相关 ,但相关系数也较小 (011147) ,未达显著水平。说明本试验所选用杂交水稻亲本间的遗传距离大小并不能反映稻米外观品质相关性状的杂种优势 ,即亲本遗传距离与稻米外观品质性状杂种优势间无直接关系。因此有必要从遗传传递力方面进一步分析稻米品质的遗传规律 ,为优质杂交稻育种提供依据。
图 2  39 个亲本材料的聚类分析图
Fig. 2  Dendrogram illustrating of genetic relationships among 39 materials generated by NTSYS 210 cluster analysis
编号见表 1
Code see table 1
表 4  遗传距离与杂种优势的相关系数
Table 4  Correlation between genetic distance and heterosis
垩白度
chalkiness
degree
粒长
grain
length
粒宽
grain
width
粒长宽比
grain lengthΠ
width ratio
SSR 遗传距离
SSR genetic distance
- 010307 - 011358 011147 - 011408
3  讨论
垩白度、粒长、粒宽和粒长宽比是稻米外观品质性
状主要指标 ,其中垩白度是评价稻米品质优劣的一项
非常重要的指标。本研究表明 ,F1 杂种稻米外观品质
各性状与父母本及中亲值都达到了极显著的水平 ,说
明要选育外观品质优良的杂交稻 ,双亲的优良外观品
质是前提。
外观品质性状杂种优势分析表明 ,F1 杂种稻米的
垩白度、粒长与粒宽都具有明显的正向中亲优势 ,且垩
白度的平均杂种优势较大 ,为 6134 % ;只有粒长宽比
表现为负向杂种优势。显而易见 ,大多数稻米外观品
质性状都表现出正向的杂种优势 ,而这对于垩白度这
一重要的外观品质性状的改良显然是不利的。
众所周知 ,在一定范围内 ,杂种优势的大小主要决
定于双亲的遗传差异和性状互补 ,差异越大杂种优势
愈明显。由于 DNA 分子标记具有的优越性而在杂种
优势预测上得到广泛应用 ,但是国内外大量的研究未
能得出一致的结果[10~12 ] 。Zhang 等[13 ] 研究认为 ,分子
标记杂合性和杂种优势之间的关系是变化的 ,这种变
045 核 农 学 报 23 卷
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化依赖于该研究中的遗传材料、水稻种质的差异以及
杂种优势遗传基础的复杂性等等。但是 Xiao 等[14 ] 应
用 RAPD 和 SSR 标记计算的遗传距离发现 ,亚种内分
子标记间遗传距离能够较好的预测杂种优势 ,而亚种
间的优势难以预测。李云海等[15 ] 研究表明 ,SSR 标记
在检测等位基因方面显示可重复性、精确性和有效性
的特点 ,并在一定程度上证实了遗传距离与杂种优势
的正相关。
本试验采用 161 个标记对杂种 F1 的亲本材料进
行了多态性扩增 ,结果表明 ,SSR 分子标记遗传距离与
杂种 F1 稻米外观品质性状杂种优势间相关都不显著。
说明分子标记遗传距离与杂种优势的关系很复杂。已
有研究还表明[16~19 ] ,稻米外观品质性状遗传主要受母
体效应控制 ,这可能也是亲本分子遗传距离与杂种优
势关系不显著的重要原因。根据以上结果认为 ,本研
究所筛选的 SSR 标记难以预测杂交稻外观品质性状
杂种优势 ,利用 DNA 分子标记遗传距离来预测杂种优
势的可能性还有待于进一步探讨。
致谢 :本研究的重组自交系和高代回交导入系材料由
中国农业科学院黎志康教授课题组提供 ,基因型与品
质分析分别在在国际水稻研究所 GAMMA 和品质分析
实验室完成 ,并得到实验室研究人员的帮助 ,在此表示
衷心的感谢。
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