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三个葡萄WRKYs基因的克隆及表达特性分析



全 文 :植物生理学报 Plant Physiology Journal 2013, 49 (3): 289~296 289
收稿 2013-01-10  修定 2013-01-22
资助 青岛市自然科学基金[10-3-4-5-5-jch和12-1-4-5-(12)-jch]和
青岛农业大学高层次人才启动基金(630722)。
* 共同第一作者。
** 通讯作者(E-mail: liuxin6080@yahoo.com.cn; Tel: 0532-
88030224)。
三个葡萄WRKYs基因的克隆及表达特性分析
侯丽霞*, 王文杰*, 郭秀萍, 傅佩宁, 刘新**
青岛农业大学生命科学学院, 山东省高校植物生物技术重点实验室, 山东青岛266109
摘要: 以葡萄抗性品种‘左优红’组培苗为材料, 利用同源克隆法克隆VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71, 测序结果显
示, VvWRKY13扩增片段大小为681 bp, 编码226个氨基酸; VvWRKY45扩增片段大小为549 bp, 编码182个氨基酸; VvWRKY71
扩增片段大小为936 bp, 编码311个氨基酸序列。利用生物信息学分析VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71序列显示,
这3个蛋白均含有保守的WRKY结构域; 分子量分别为25.7、20.8和34.8 kDa, pI分别为9.08、9.41和6.94。实时定量PCR结
果表明, 3个WRKYs均在叶片中表达量最高。逆境相关的信号物质, 如水杨酸、脱落酸、茉莉酸和一氧化氮以及高盐、低
温和渗透等逆境胁迫均可诱导VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71的表达。推测3个基因均参与了葡萄抵御逆境胁迫的
过程。
关键词: 葡萄; WRKYs; 基因克隆; 表达分析
Gene Cloning and Expression Analysis of Three WRKYs in Vitis vinifera L.
HOU Li-Xia*, WANG Wen-Jie*, GUO Xiu-Ping, FU Pei-Ning, LIU Xin**
Key Lab of Plant Biotechnology in Universities of Shandong, College of Life Sciences, Qingdao Agricultural University, Qingdao,
Shangdong 266109, China
Abstract: WRKY is an important transcription factor that can regulate the expression of downstream stress re-
sistance genes, it can be widely involved in plant biotic and abiotic stress resistance. Using homology cloning
method, the full-length cDNA of VvWRKY13, VvWRKY45 and VvWRKY71 was cloned from leaves of Vitis vin-
ifera cultivar ‘Zuoyouhong’ tissue culture seedling. Bioinformatic analysis indicated that VvWRKY13,
VvWRKY45 and VvWRKY71 separately consisted of 681, 549, 936 nucleotides encoding 226, 182, 311 amino
acid with molecular weight 25.7, 20.8, 34.8 kDa, isoelectric point 9.08, 9.41 and 6.94, respectively. Three
VvWRKYs all possessed one conserved WRKY domain. Real-time PCR analysis showed that three VvWRKYs
were expressed in all tested tissues, with the highest expression in leaves. VvWRKY13, VvWRKY45 and
VvWRKY71 was significantly induced by stress-related signal substances such as salicylic acid (SA), abscisic
acid (ABA), jasmonate acid (JA), nitric oxide (NO). Moreover, three VvWRKYs were accumulated in response
to salt stress, cold stress and osmotic stress. It suggested these three VvWRKYs were involved in resistance to
various stresses in grape.
Key words: Vitis vinifera L.; WRKYs; gene clone; expression analysis
葡萄(Vitis vinifera L.)是具有优良的酿酒特性
和较高食用价值、在世界范围内被广泛种植的主
要经济果树之一。我国主栽的葡萄品种多为欧亚
种, 抗性较弱, 在葡萄生长过程中极易受到各种生
物胁迫和非生物胁迫。近年来, 葡萄的抗性相关
基因陆续被克隆 , 如与抗寒相关的转录因子
VrCBF1、VrCBF2和VvCBF4 (Xiao等2006), 参与
葡萄抗冷过程的VvIPK2 (李希东等2011), 与抗病
相关的VvNPR1.1、Vcchit1b和VvPR1等(Le Henanff
等2009; Fernandez-Caballero等2009; 侯丽霞等
2012)。有报道将35S::VvCBF4转入葡萄品种‘Free-
dom’获得转基因植株, 在–2 ℃下处理24 h后恢复
14 d, 转基因植株的抗冻能力明显强于野生型
(Tillett等2012)。因此克隆抗性相关基因, 研究其
表达特性和作用机制, 将为葡萄的遗传改良提供
基因资源和理论基础。
WRKY是主要存在于植物中的一类非常重要
的转录因子, 其家族成员在N端含有WRKYGQK的
植物生理学报290
高度保守序列, C端含有C2H2或C2HC的锌指纹(Eu-
lgem等2000)。WRKY基因最早在甘薯中克隆出来
(Ishiguro和Nakamura 1994), 随后在野燕麦(Rush-
ton等1995)、拟南芥(de Pater等1996)、烟草(Kim
和Zhang 2004)和水稻(Liu等2005)等10多种植物中
都克隆出WRKY基因。目前发现在模式植物拟南
芥中WRKY家族含有72个成员, 水稻中有100多个
成员。并相继发现多个WRKY转录因子家族成员
参与植物的生物和非生物胁迫、衰老和器官发育
等一系列生理活动(Pandey和Somssich 2009; 郝林
和徐昕2004)。如, OsWRKY13和OsWRKY45受
NaCl、PEG、高温(40 ℃)和低温(4 ℃)的强烈诱导
表达(仇玉萍等2004); 水稻叶片经ABA和GA处理
后, OsWRKY71的表达量显著升高(Xie等2006); 过表
达OsWRKY45的水稻植株其抗病和抗旱能力增强
(Qiu和Yu 2009)。最近, 以中国野生葡萄‘Baihe-35-1’
葡萄为实验材料, 克隆了VpWRKY1、VpWRKY2和
VpWRKY3基因, 3个基因受到白粉病、干旱、高盐、
冷、水杨酸(salicylic acid, SA)、茉莉酸(jasmonate
acid, JA)和乙烯等因子的诱导表达, 通过转基因实
验进一步发现, 转VpWRKY2基因的拟南芥抗病和
抗冷性均提高, 转VpWRKY3的烟草植株提高了抗
病和抗盐害的能力, 推测WRKYs参与了葡萄的生
物胁迫和非生物胁迫过程(Li等2010; Zhu等2012)。
而葡萄的其他WRKY家族成员未见报道。那么葡
萄的WRKY13、WRKY45和WRKY71与葡萄响应
逆境胁迫是否有关呢?
本实验以抗性葡萄品种‘左优红’为实验材料,
克隆抗逆相关基因VvWRKY13、VvWRKY45和
VvWRKY71, 并检测其在不同组织中和不同的逆境
条件下其表达特性, 为进一步分析其在抗逆信号转
导中的调节机制和功能、利用基因资源改良葡萄
品种, 提供重要参考。
材料与方法
1 实验材料
以葡萄(Vitis vinifera L.)抗性品种‘左优红’为
实验材料, 以其带芽新梢为供试外植体, 75%的乙
醇处理30 s, 0.1%的升汞处理5 min, 无菌水充分冲
洗3~5次。接种于1/2MS+0.1 mg·L-1 IAA培养基上,
于光照培养箱[(25±1) ℃, 200 µmol·m-2·s-1]中培
养。无菌条件下将生根试管苗的顶芽切下, 接种
于1/2MS+0.1 mg·L-1 IAA培养基上诱导生根, 30~50
d后使用。
2 材料处理
分别用一氧化氮(nitric oxide, NO)供体硝普钠
(sodium nitroprusside, SNP) (0.1 mmol·L-1)、脱落
酸(abscisic acid, ABA) (0.567 mmol·L-1)、茉莉酸
(10 μmol·L-1)、水杨酸(1.81 mmol·L-1)、甘露醇(200
mmol·L-1)、NaCl (150 mmol·L-1)、4 ℃低温处理
‘左优红’葡萄组培苗叶片0、6、12、18、24、30 h
后, 提取总RNA, 用于基因相对表达量的研究。
3 实验方法
3.1 总RNA的提取和cDNA合成
按照李希东等(2011)方法提取葡萄总RNA, M-
MLV反转录试剂盒合成cDNA第一条链作为模板。
3.2 VvWRKYs基因的克隆及序列分析
采用同源克隆法, 以拟南芥中相应的CDS进
行WU-BLAST序列比对, 检索到VvWRKYs基因同
源序列, 并设计特异性引物。VvWRKY13: 正向,
5′-GCTCTAGAATGTCTACTACTTCTCAAGCC-3′。
反向, 5′-GGGGTACCCTACCAAAAGAAATTAT-
TG-3′; VvWRKY45: 正向, 5′-GCTCTAGAATGGA-
GAATTATCAGAACTTCTTC-3′, 反向, 5′-GGGG-
TACCTTAGGGAGCGTAGATT-3′; VvWRKY71: 正
向, 5′-GCTCTAGAATGTCTGATGAGAATAG-
GAGTACT-3′, 反向, 5′-GGGGTACCTCATGGCTC-
CTGCTTGC-3′。PCR引物由上海桑尼生物工程有
限公司合成。PCR反应程序如下: 94 ℃预变性5
min; 94 ℃变性30 s, 62 ℃退火30 s, 72 ℃延伸1
min, 35个循环; 最后72 ℃延伸3 min, 4 ℃保存。
PCR产物利用北京博迈德试剂盒回收, 与pMD18-T
载体连接。阳性克隆由上海英潍捷基生物技术有
限公司测序。借助DNAStar软件分析基因序列并
推导其编码的氨基酸序列, 并预测其分子量、pI及
稳定性。
3.3 VvWRKYs基因表达分析
利用实时荧光定量PCR检测VvWRKY13、
VvWRKY45和VvWRKY71相对表达量变化, 引物如
下。VvWRKY13: 正向, 5´-CGACTCGTTTCTT-
TACGC-3´, 反向, 5´-AGTGAGGTGGATGTTCT-
TG-3´; VvWRKY45: 正向 , 5´-AACCCATTTG-
GAATACTG-3´, 反向, 5´-GAACTTCTTCGCTTG-
CTC-3´; VvWRKY71: 正向, 5´-TTGCCTCTTATCG-
侯丽霞等: 三个葡萄WRKYs基因的克隆及表达特性分析 291
TAGCC-3´, 反向, 5´-GAAGTTATTACAGATG-
CACCAC-3´; ACTIN: 正向, 5´-AATGAGAGATGG-
CTGGAAGAG-3´, 反向, 5´-TACGAGCAAGA-
GCTGGAAA-3´。荧光实时定量PCR程序为: 95 ℃
60 s; 95 ℃ 10 s, 58 ℃ 20 s, 72 ℃ 15 s, 40个循环。
Melt曲线从72 ℃至99 ℃, 第1步维持45 s, 以后每
升高1 ℃维持5 s。每样品进行3次重复。以ACTIN
为内参对基因进行相对定量, VvWRKYs表达量参
考Livak的方法计算(Livak和Schmittgen 2001)。
实验结果
1 VvWRKYs基因的克隆
1.1 VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71全长
序列扩增
分别以拟南芥的WRKY13、WRKY45和WRK-
Y71的cDNA进行WU-BLAST序列比对, 检索到葡
萄品种‘黑比诺’中WRKY13基因同源序列(XM_
002278988.1)、WRKY45基因同源序列(XM_0022-
74351.1)和WRKY71基因同源序列(XM_0022-
83567.1)。利用葡萄品种‘左优红’为材料, 利用生
物学软件(Primer Premier 5.0)分别设计VvWRKY13、
VvWRKY45和VvWRKY71特异引物, 以反转录的
cDNA为模板进行PCR扩增, 产物经1%的琼脂糖凝
胶电泳分离。结果表明, 分别在约700、500和1 000
bp处有一条清晰的条带, 片段大小分别与VvWRKY13
基因681 bp、VvWRKY45 549 bp和VvWRKY71 936
bp的大小一致(图1)。
1.2 pMD18-T-VvWRKYs重组质粒的酶切鉴定
上述PCR产物连接pMD18-T载体, 提取质粒,
经XbaI和KpnI双酶切鉴定, 结果如图2所示。提交
测序的结果表明, VvWRKY13扩增片段大小为681
bp, 经DNAStar软件分析可知, GenBank中所提交
的基因序列第607位为C, 而扩增目的片段为A, 一
致性为99.85%, 但所编码的蛋白质完全一致 ;
VvWR-KY45扩增片段大小为549 bp, 经DNAStar软
件分析可知, GenBank中提交的基因序列, 第339位
图1 葡萄VvWRKY13 (A)、VvWRKY45 (B)和VvWRKY71 (C)基因CDS序列的PCR扩增
Fig.1 RT-PCR amplification produets of VvWRKY13 (A), VvWRKY45 (B) and VvWRKY71 (C)
M: DL 2000 DNA marker; 1~3: 分别是VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71扩增产物。图上数字单位为bp。
图2 VvWRKY13 (A)、VvWRKY45 (B)和VvWRKY71 (C)重组质粒的酶切鉴定
Fig.2 Restriction digestion analysis of recombinant plasmids of VvWRKY13 (A), VvWRKY45 (B) and VvWRKY71 (C)
M: DL 2000 DNA marker; 1~3: 分别是VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71的酶切产物。图上数字单位为bp。
植物生理学报292
为C, 扩增目的片段为T, 483位GenBank中为T, 而
扩增片段为C, 一致性为99.64%, 所编码的蛋白质
完全一致; VvWRKY71扩增片段为936 bp, GenBank
中提交的基因序列, 第186、349和883位分别为
A、A和T, 而我们克隆的片段则分别为T、G和C,
一致性为99.68%, 所编码蛋白质完全一致。
2 VvWRKYs序列分析
用DNAStar软件中的ORF Finder和Editseq程
序分析核酸序列及其推导的氨基酸序列的组成及
理化性质, 如表1所示。将VvWRKY13、VvWR-
KY45和VvWRKY71的序列分别与拟南芥、杨毛
果、蓖麻、大豆和玉米的WRKY13、WRKY45和
WRKY71氨基酸序列比对, 结果发现, 葡萄3个
WRKYs家族成员的氨基酸序列均存在保守的
WRKYGQK结构域, 分别位于第155~161位氨基酸
(图3结构域I)、第110~116位氨基酸(图4结构域I)和
第178~184位(图5结构域I), 由此可知它们都属于
表1 VvWRKYs氨基酸序列的组成和理化性质
Table 1 Amino acid composition and physicochemical
properties of VvWRKYs
WRKY种类 氨基酸残基数/个 分子量/kDa pI 不稳定系数
VvWRKY13 226 25.72 9.08 60.87
VvWRKY45 182 20.79 9.41 49.81
VvWRKY71 311 34.78 6.94 60.46
WRKY转录因子家族, 而且在结构域II中存在C-X4-5-
C-X22-23-H-X1-H序列, 所以属于第2类WRKY转录
因子。
3 VvWRKYs基因表达特性分析
3.1 VvWRKYs组织表达特异性分析
以‘左优红’为实验材料, 检测VvWRKY13、
VvWRKY45和VvWRKY71在不同组织器官中的表达
特性。结果表明VvWRKY13、VvWRKY45和VvWR-
KY71在根茎叶中均有表达, 并且在根中的相对表
图3 VvWRKY13与其他物种基因序列的同源性分析
Fig.3 Alignment of the predicted amino acid sequences of VvWRKY13 and other WRKYs
拟南芥(Arabidopsis thaliana): AtWRKY13 (GenBank登录号AEE87071.1); 杨毛果(Populus trichocarpa): PtrWRKY13 (GenBank登
录号EEE90494.1); 大豆(Glycine max): GmWRKY13 (GenBank登录号XP_003523252.1); 玉米(Zea mays): ZmWRKY13 (GenBank登录号
ACN34879.1)。I代表WRKYGQK保守结构域; II代表C-X4-5-C-X22-23-H-X1-H保守结构域。
侯丽霞等: 三个葡萄WRKYs基因的克隆及表达特性分析 293
达量最小, 在叶中的相对表达量最大。其中VvWR-
KY45在叶片中相对表达量最高, 与根部和茎部比
较, 差异显著。而VvWRKY13和VvWRKY71虽在叶
片中的相对表达量最大, 但是与根部和茎部比较,
差异不显著(图6)。
3.2 几种逆境胁迫对葡萄叶片VvWRKYs相对表达
量的影响
经甘露醇、NaCl和低温处理‘左优红’叶片, 实
时荧光定量PCR检测VvWRKY13、VvWRKY45和
VvWRKY71的相对表达量。由图7可以看出, 低温、
高盐和干旱胁迫均可不同程度的诱导VvWRKYs基
因的表达 , 其中低温和NaCl的作用最为显著。
NaCl处理后3个基因均在6 h相对表达量最大, 尤其
是VvWRKY45和VvWRKY71表达量更为显著。而低
温处理后, VvWRKY13和VvWRKY45分别在12和24
h达到最高值, 与对照相比, 差异显著。推测VvW-
RKYs参与葡萄抵御非生物胁迫的过程。
3.3 几种逆境相关信号物质对葡萄叶片VvWRKYs
相对表达量的影响
由图8可知, 逆境相关的信号物质SA、ABA
和NO均可诱导‘左优红’叶片中3个VvWRKYs相对
表达量的增加, 诱导表达的时间分别是6、18和24
h。但表达量变化存在差异, 其中SA诱导的3个基
因的相对表达量相差不大; ABA诱导的VvWRKY45
和VvWRKY71表达量与对照相比, 差异显著, 而且相
对于ABA诱导的VvWRKY13表达量而言, 差异显著;
而NO诱导的3个基因表达量变化较小。此外, 不同
WRKY基因受JA诱导的表达时间不同, VvWRKY13、
VvWRKY45和VvWRKY71分别在12、12和18 h相对
表达量最大, 其中VvWRKY13的相对表达量最大。
推测3个VvWRKYs基因参与了SA、ABA、NO和
JA介导的葡萄响应逆境胁迫过程, 但在不同逆境
条件下其信号转导途径可能存在差异。
图4 VvWRKY45与其他物种基因序列的同源性分析
Fig.4 Alignment of the predicted amino acid sequences of VvWRKY45 and other WRKYs
拟南芥: AtWRKY45 (GenBank登录号AEE73742.1); 杨毛果: PtrWRKY45 (GenBank登录号EEE84126.1); 大豆: GmWRKY45 (Gen-
Bank登录号ABS18441.1); 蓖麻(Ricinus communis): RcWRKY45 (GenBank登录号EEF50882.1); 玉米: ZmWRKY45 (GenBank登录号
AFW60747.1)。I代表WRKYGQK保守结构域; II代表C-X4-5-C-X22-23-H-X1-H保守结构域。
植物生理学报294
讨  论
近年来在多种植物中都克隆到了不同WRKY
基因家族成员, 但鲜见葡萄中WRKY的克隆和分析
的报道。本实验以抗性较强的品种‘左优红’为实
验材料, 克隆VvWRKY13、VvWRKY45和VvWR-
KY71基因, 与数据库中提交的葡萄品种‘黑比诺’的
WRKY基因序列XP_002279024、XP_002274387、
XP_002283603比对发现, 氨基酸序列完全一致。
软件分析表明, 这3个基因均含有1个保守的WRKY
结构域, 在C末端含有的锌指结构模式为C-X4-5-C-
X22-23-H-X1-H, 都属于第二类亚家族成员(图3~5)。
图6 VvWRKY13、VvWRKY45和VvWRKY71组织表达
特性分析
Fig.6 Characterization of VvWRKY13, VvWRKY45 and
VvWRKY71 expression in tissues
图5 VvWRKY71与其他物种基因序列的同源性分析
Fig.5 Alignment of the predicted amino acid sequences of VvWRKY71 and other WRKYs
拟南芥: AtWRKY71 (GenBank登录号AEE31143.1); 杨毛果: PtrWRKY71 (GenBank登录号EEE93739.1); 蓖麻: RcWRKY71 (GenBank登录号
EEF42706.1); 玉米: ZmWRKY71 (GenBank登录号NP_001147732.1)。I代表WRKYGQK保守结构域; II代表C-X4-5-C-X22-23-H-X1-H保守结构域。
侯丽霞等: 三个葡萄WRKYs基因的克隆及表达特性分析 295
以拟南芥和水稻等为材料的研究结果显示,
WRKY转录因子超家族参与应答环境刺激, 如高
温、低温、高盐、干旱和渗透等非生物胁迫(Chen
等2012)。已见水稻等植物中WRKY基因家族成员
表达特性的研究报道, 如OsWRKY45受高盐、干
旱、冷和渗透等非生物胁迫的诱导而高表达(Qiu
和Yu 2009); Shekhawat等(2011)克隆并分析香蕉中
MaWRKY71, 研究发现低温处理24 h后, 在根和叶
中表达量最高, 且持续表达。本实验利用荧光定
量PCR的方法检测了葡萄根、茎和叶中VvWRKYs
基因的表达特异性, 结果表明VvWRKY13、VvWR-
KY45和VvWRKY71在根茎叶中均有表达, 并且3个
基因在叶中的表达量最大(图6)。低温、高盐和渗
透等逆境条件也可不同程度的诱导VvWRKYs基因
的表达, 说明不同的WRKYs参与了不同的生理过
程, 但它们之间也有交叉反应。其中VvWRKY45和
VvWRKY71对NaCl反应较快且表达量高(图7-B、
C), 推测2个基因与葡萄对盐胁迫的响应密切相
关。VvWRKY13和VvWRKY45受到低温诱导后表达
量变化显著(图7-A、B), 推测两者在葡萄抵御低温
过程中起重要作用。
业已证明, 拟南芥中多个WRKYs家族成员受
到ABA、SA和JA等信号分子的诱导。其中At-
WRKY25和AtWRKY33受ABA的诱导表达量升高显
著, 且转AtWRKY25和AtWRKY33的拟南芥增强了
对盐的忍耐力(Li等2011)。本实验中ABA预处理
葡萄叶片后, 检测到VvWRKY45和VvWRKY71表达
量显著升高(图8-B、C), 业已证明ABA与干旱和盐
胁迫密切相关, 我们的实验结果也证明了2个基因
均最早响应盐胁迫(图7-B、C)。那么在葡萄抵御
盐胁迫过程中是否存在“盐胁迫-ABA-WRKY45/71”
这条信号链呢?有报道水稻中103个WRKYs中41
个成员受到了ABA、SA和JA等信号分子诱导表
达量升高(Ramamoorthy等2008)。其中, 利用SA处
理后OsWRKY03和OsWRKY71分别在6和0.5 h表达
量达到最高(Liu等2005, 2007)。本实验的3个基因
都迅速对SA做出响应, 大约在6 h表达量最高, 而
对其他信号分子响应较慢(图8)。SA是植物对病原
菌侵染过程中产生的重要信号分子, 过表达Os-
WRKY03和OsWRKY71植株中的病程相关蛋白
OsPR1等被诱导, 推测OsWRKY03和OsWRKY71作
为转录因子作用于OsPR1上游参与了病原菌侵染
过程(Liu等2005, 2007)。且葡萄叶片接种霜霉病
后VvPR1的表达量在24 h达到最高(侯丽霞等2012),
图7 几种逆境胁迫对葡萄叶片VvWRKY13 (A)、VvWRKY45 (B)和VvWRKY71 (C)相对表达量的影响
Fig.7 Effects of some adversity stresses on the expression of VvWRKY13 (A), VvWRKY45 (B) and VvWRKY71 (C) in
leaves of grape
图8 几种逆境相关信号物质对葡萄叶片VvWRKY13 (A)、VvWRKY45 (B)和VvWRKY71 (C)相对表达量的影响
Fig.8 Effects of some stress-related signal substances on expression of VvWRKY13 (A), VvWRKY45 (B) and VvWRKY71 (C) in
leaves of grape
植物生理学报296
今后可以进一步利用转基因植物来验证这3个基
因是否与抗病有关, 并探明在葡萄抵御霜霉病的
过程中是否存在霜霉病-SA-VvWRKY13/45/71-VvPR1
信号通路。随着这些科学问题的解决, 将为葡萄
的遗传改良提供新的途径。
参考文献
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