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激光显微切割植物细胞的研究新趋势



全 文 :植物生理学通讯 第 43卷 第 5期,2007年 10月 917
激光显微切割植物细胞的研究新趋势
张栋,唐威华 *
中国科学院上海生命科学研究院植物生理生态研究所,上海 200032
Trends in Laser Microdissection of Plant Cells
ZHANG Dong, TANG Wei-Hua*
Institute of Plant Physiology and Ecology, Shanghai Institutes for Biological Sciences, Chinese Academy of Sciences, Shanghai
200032, China
提要:2006年以来,激光显微切割技术(LM)逐渐发展成为植物及植物 -微生物互作领域的常用技术。从激光技术方面,
激光捕获显微切割(LCM)和激光显微切割及压力弹射(LMPC)成为两大主流技术。在材料准备方面,改良的石蜡包埋切片
技术在植物成熟组织切割中应用日益广泛,而冰冻包埋切片则在幼嫩组织切割中十分有效。激光显微切割所得样品主要
仍用于RNA水平的基因表达分析,而且能从全基因组规模上深度分析基因表达谱。此外,对激光显微切割所得细胞进行
小分子代谢物的分析也取得了实质性成果。总之,激光显微切割技术作为从复杂背景中直接分离特定细胞(群)的一种有效
工具,在植物分子生物学研究中的应用已经成熟,正为提高植物研究的精准度做出贡献。
关键词:激光捕获显微切割;激光显微切割及压力弹射;样品准备;固定剂
收稿 2007-08-20
资助 国家“9 7 3”计划( 2 0 0 6 C B1 0 1 9 0 1 )。
* 通讯作者(E-mai l:whtang@sippe.a c.cn;Tel:02 1-
5 4 9 2 4 0 7 2 )。
激光显微切割(laser microdissection,LM或
LMD)是显微观察和分子生物学研究之间的桥梁。
它将在显微镜下观察到的目标细胞直接用激光取
出,从而与旁邻的其他细胞分开,并且可以将目
标细胞放入试管中进行分子生物学的分析研究。
利用激光分离细胞的研究开始得较早(例如
Berns等 1981),但是直到 1996年基于近红外激光
熔膜原理的激光捕获显微切割( l a s e r c a p t ur e
microdissection,LCM)成功应用于动物细胞的切
割和DNA、RNA分析(Emmert-Buck等 1996)后,
这一技术才在生物研究中迅速发展并被广泛应用。
而在植物研究中的成功应用,则又滞后了 6 年
(Asano等 2002;Nakazono等 2003)。2003~2005
年间,激光显微切割技术在植物研究中的应用逐
渐发展,越来越受重视(聂玉哲等 2006;蔡民华
等 2006;Nelson等 2006)。本文结合本研究组的
实际经验,针对自 2006年以来激光显微切割在植
物研究中应用的新趋势进行介绍。
1 激光捕获显微切割和激光显微切割及压力弹射
(laser microdissection and pressure catapulting,
LMPC)两大主流技术
从激光类型和技术原理上分,目前主要存在
基于近红外激光(810 nm波长)的激光捕获显微切割
(以Arcturus PixCell系列为代表)和基于紫外激光
(337~355 nm波长)的激光显微切割及压力弹射(以
Zeiss PALM和 Leica LMD系列为代表)两种。两
种技术各有优缺点(表 1),以往由于激光捕获显微
切割的近红外激光具有对DNA、RNA分子基本无
损伤、收集稳定等优点,被大多数实验室采用
(Nakazono等 2003)。近年来,紫外激光对DNA、
RNA损伤的顾虑通过实践被逐渐消除,例如Tang
等(2006)研究中显示采用PALM公司激光显微切割
及压力弹射得到 RNA样品仍具有良好的完整度。
而且紫外激光的精准度高、切割速度快等优点逐
渐显示出来,因此采用激光显微切割及压力弹射
的实验室逐渐增多。目前,两种技术均有多个成
功应用于植物研究的报道(表 1)。Arcturus公司近
年还推出了同时采用紫外激光切割和近红外激光捕
获的新机型Veritas,它不仅保留了 PixCell系列激
光捕获显微切割的优点,还克服了原有的切割速
度慢的缺点。例如,本研究组就用 A r c t u r u s
Veritas成功分离小麦胚芽鞘的单细胞(图 1)。预计
将来这两种技术仍是激光显微切割用于植物研究领
域的两大主流技术。
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2 样品准备趋于标准化
样品准备包括固定、包埋、切片等步骤,激
光显微切割对样品准备有特殊的要求,既要保持
其细胞学形态,又要保证其中的RNA等生物分子
的完整度。样品准备一度曾是阻碍激光显微切割
在植物研究中推广应用的瓶颈。通过各实验室的
技术改良与经验,以丙酮或乙醇:乙酸(3:1)混合液
等沉淀型固定剂的石蜡包埋、切片技术已经成为
标准化方法(例如Kerk等2003;Balestrini等2007),
普遍适用于各类植物、各种组织,尤其是成熟组
织细胞的制片。而对于幼嫩的植物组织,如胚
等,冰冻切片仍是十分有效的(Spencer等 2007)。
几个小的技术改进使石蜡制片成功地广泛应用于植
物研究,首先采用微波辅助缩短了制片时间,显
著提高了RNA的完整度(Inada和Wildermuth 2005) ;
其次石蜡切片转移系统应用于乙醇固定的样品避免
了复水带来的 RNA降解的问题(Cai和 Lashbrook
2006) ;另外,真空渗透提高了固定效率(参见
http://maize-meristems.plantgenomics.iastate.edu/re-
sources/protocols/网页中 Paraffin Sectioning for
LCM)。最后值得一提的是,丙酮固定材料能在
一定程度上保持荧光蛋白的荧光活力,为辨别切
割目标提供了便利(Tang等 2006)。
由于石蜡切片的技术含量要求比冰冻切片
低,而且切片机器也比较廉价,同时石蜡切片对
细胞组织形态的保存度较高,便于识别,所以用
石蜡制片进行激光显微切割的样品准备已成为一项
常规操作。
3 激光显微切割得到的植物细胞可以用于RNA、
DNA和代谢物分析
2006年以来,激光显微切割在植物研究中的
应用明显增加,主要仍以供 RNA分析为主。用
定量RT-PCR等方法检测激光显微切割得到的细胞
中个别基因的表达已经成为原位杂交方法的一个替
代选项或补充(Raab等 2006;Wu等 2006;Jiang
图 1 激光显微切割单个的小麦胚芽鞘表皮细胞
  样品经丙酮固定、石蜡包埋和切片后,采用 A r c t u r u s
V e r i t a s 进行激光捕获显微切割。具体样品准备方法见文献
(Tang等 2006)。Scale bar=50 µm。
表 1 激光显微切割系统技术比较

技术体系 代表机型   激光类型(波长) 对 RNA完整度的影响 分离、收集细胞方式 目标细胞 旁邻细胞
收集率 污染度
激光显微切割 Zeiss PALM 紫外激光(337~340 nm) 基本无损伤 紫外激光切割及紫外激光 中等 轻度
及压力弹射 弹射(向上)
Leica LMD 紫外激光(355 nm) 基本无损伤 紫外激光切割及重力 +紫 中等 中度
外激光弹射(向下)
激光捕获 Arcturus PixCell 近红外激光(810 nm) 无损伤 近红外激光熔膜粘附捕获 高 中度
显微切割 Arcturus Veritas 近红外激光(81 0 nm)、 基本无损伤 紫外激光切割、近红外激 高 轻度
紫外激光(349 nm) 光熔膜粘附捕获

技术体系 代表机型
分离精度 * 细胞分离 对制片 植物研究应用论文数
**
显微镜 是否适用于
收集速度 要求 装置 活细胞分离
40×物镜 100×物镜 RNA 代谢物
激光显微切割 Zeiss PALM 1 µm (紫外) 1 µm (紫外) 快 一般 8 3 倒置 是
及压力弹射 Leica LMD 2 µm (紫外) 1 µm (紫外) 快 一般 3 2 正置 是
激光捕获 Arcturus PixCell 5 µm (红外) 5 µm (红外) 慢 很高 8 0 倒置 不了解
显微切割 ArcturusVeritas 5 µm (红外)、 5 µm (红外)、 快 很高 新型号尚 新型号尚 倒置 不了解
1 µm (紫外) 1 µm (紫外) 未有报道 未有报道
  *以激光最小直径来衡量,光径越小,精度越高。**截至 2 0 0 7 年 6 月的不完全统计(Pu bmed),植物及植物 - 微生物互作领域
采用激光显微切割发表研究论文总数 3 0 篇,其中用于 R N A 分析 2 1 篇,用于代谢物分析 5 篇。
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等 2006;Corpas等 2006;Henderson等 2006;
Yu等 2007;Ohkama-Ohtsu等 2007;Balestrini等
2007)。例如,Raab等(2006)在报道草莓芳香分
子合成途径中关键酶之一FaQR是一个烯酮氧化还
原酶一文中,采用激光显微切割证实了 FaQR基
因在草莓果实皮质细胞中表达。对于激光显微切
割得到的细胞进行全基因组规模的表达谱分析目前
也有了更多的成功报道(Cai和 Lashbrook 2006;
Tang等 2006;Spencer等 2007;Zhang等 2007;
Ithal等 2007)。Zhang等(2007)报道将激光显微切
割与芯片分析结合使用,比较了野生型玉米和
Narrow Sheath突变型的茎尖分生组织和叶原基中
的表达谱,并确定出了为数不多的几个基因的表
达存在差异,从而揭示出Wox类基因和部分专一
的激素信号途径可能决定了玉米早期叶的发育。
Singh和 Bhalla (2006)还指出,植物干细胞发育研
究常常受困于无法了解某一两个关键细胞中的特异
性事件,激光显微切割技术的应用可以直接取到
这些关键的干细胞,将大大促进植物干细胞的研
究向深度和广度发展。
对于用激光显微切割所得的少量细胞,能够
进行芯片分析得益于微量 RNA抽提和高保真的
RNA扩增两项技术。目前最常用的 PicoPure试剂
盒抽提激光显微切割所得微量细胞的RNA效果较
好,而Epicentre的RNA线性扩增试剂盒能够将低
于 1 ng的总RNA作为起始材料特异性扩增 100万
倍,足以进行芯片分析,而且其保真度达到约
80% (Tang等 2006)。对于用交联型固定剂(如福
尔马林等)准备的样品,以往由于其在保持RNA完
整度方面表现极差而无法用于RNA分析。Arcturus
公司新推出的ParadiseTM RNA抽提试剂盒可以显著
提高从该类样品中抽提出的RNA的完整度,在动
物研究中已有成功应用(Ma等 2004),预期可能也
适用于植物材料。
对于没有全基因组序列信息的植物对象,无
法进行全基因组芯片分析,但是也能用 454测序
进行表达谱分析(Emrich等 2007)。
由于DNA分子比 RNA分子稳定性好,用于
DNA分析的激光显微切割的样品准备比较容易。
已有多个报道成功应用激光显微切割分离植物染色
体(Liu等 2004;Hobza 和 Vyskot 2007)。例如,
Liu等(2004)采用激光显微切割技术分离到水稻第4
号染色体(单条),然后通过加接头的 PCR扩增构
建成第 4号染色体专一性基因组文库。新近 Zeiss
PALM等发展出的光镊(MicroTweezer)系统,将可
能更适用于染色体或其他亚细胞结构、乃至活细
胞分离。
更为可喜的是,对于用激光显微切割所得到
的细胞进行代谢物分析也有了多个成功的报道
(Kajiyama等2006 ;Li等2007;Holscher和Schneider
2007;Angeles等 2006)。例如,Li等(2007)对激
光显微切割得到的挪威云杉(Norway spruce)树皮中
的石细胞,采用核磁共振(NMR)和质谱(MS)分析
揭示其代谢物中富含 2种酚类化合物,可能与抗
虫机制相关。目前用于代谢物分析的激光显微切
割的样品准备均采用不经固定直接冷冻包埋制冰冻
切片的方法,以避免由固定剂可能导致的化学污
染。虽然目前用于RNA分析和代谢物分析的激光
显微切割的样品准备方法有所不同,但是我们预
期随着进一步的技术改进,将来可能达到对激光
显微切割得到的同一样品可以分别进行RNA和代
谢物分析的目标。
总之,近年来激光显微切割技术的样品准备
趋于标准化,显微切割操作自动化,使这一技术
正成为植物研究者的常用工具。
参考文献
蔡民华, 胡英考, 李雅轩, 晏月明(2006). 激光捕获显微切割技术
在植物基因组研究中的应用. 遗传, 28: 1325~1329
聂玉哲, 张晓磊, 李玉花(2006). 激光捕获显微切割技术及其在植
物研究中的应用. 植物生理学通讯, 42: 695~699
Angeles G, Berrio-Sierra J, Joseleau JP, Lorimier P, Lefebvre A,
Ruel K (2006). Preparative laser capture microdissection
and single-pot cell wall material preparation: a novel method
for tissue-specific analysis. Planta, 224: 228~232
Asano T, Masumura T, Kusano H, Kikuchi S, Kurita A, Shimada
H, Kadowaki K (2002). Construction of a specialized cDNA
l ibr a ry fr om pla nt cel l s i so la ted by l a s er ca p tu re
microdissection: toward comprehensive analysis of the genes
expressed in the rice phloem. Plant J, 32: 401~408
Balestrini R, Gómez-Ariza J, Lanfranco L, Bonfante P (2007).
Laser microdissection reveals that transcripts for five plant
and one fungal phosphate transporter genes are contempo-
raneously present in arbusculated cells. Mol Plant Microbe
Interact, 20: 1055~1062
Berns MW, Aist J, Edwards J, Strahs K, Girton J, McNeill P, Rattner
JB, Kitzes M, Hammer-Wilson M, Liaw LH et al (1981). Laser
植物生理学通讯 第 43卷 第 5期,2007年 10月920
microsurgery in cell and developmental biology. Science,
213: 505~513
Cai S, Lashbrook CC (2006). Laser capture microdissection of
plant cells from tape-transferred paraffin sections promotes
recovery of structurally intact RNA for global gene profiling.
Plant J, 48: 628~637
Corpas FJ, Fernandez-Ocana A, Carreras A, Valderrama R, Luque
F, Esteban FJ, Rodriguez-Serrano M, Chaki M, Pedrajas JR,
Sandalio LM et al (2006). The expression of different super-
oxide dismutase forms is cell-type dependent in olive (Olea
europaea L.) leaves. Plant Cell Physiol, 47: 984~994
Emmert-Buck MR, Bonner RF, Smith PD, Chuaqui RF, Zhuang ZP,
Goldstein SR, Weiss RA, Liotta LA (1996). Laser capture
microdissection. Science, 274: 998~1001
Emrich SJ, Barbazuk WB, Li L, Schnable PS (2007). Gene discovery
and annotation using LCM-454 transcriptome sequencing.
Genome Res, 17: 69~73
Henderson DC, Zhang X, Brooks L III , Scanlon MJ (2006).
RAG GED SEED LING 2 is required for expression of
KANADI2 and REVOLUTA homologues in the maize shoot
apex. Genesis, 44: 372~382
Hobza R, Vyskot B (2007). Laser microdissection-based analysis
of plant sex chromosomes. Methods Cell Biol, 82: 433~453
Holscher D, Schneider B (2007). Laser microdissection and cryo-
genic nuclear magnetic resonance spectroscopy: an alliance
for cell type-specific metabolite profiling. Planta, 225:
763~770
Inada N, Wildermuth MC (2005). Novel tissue preparation method
and cel l-specific marker for la ser microdissect ion of
Arabidopsis mature leaf. Planta, 221: 9~16
Ithal N, Recknor J, Nettleton D, Maier T, Baum TJ, Mitchum MG
(2007). Developmental transcript profiling of cyst nema-
tode feeding cells in soybean roots. Mol Plant Microbe
Interact, 20: 510~525
Jiang K, Zhang S, Lee S, Tsai G, Kim K, Huang H, Chilcott C, Zhu
T, Feldman LJ (2006). Transcription profile analyses iden-
tify genes and pathways centra l to root cap functions in
maize. Plant Mol Biol, 60: 343~363
Kajiyama S, Harada K, Fukusaki E, Kobayashi A (2006). Single cell-
based analysis of torenia petal pigments by a combination of
ArF excimer laser micro sampling and nano-high perfor-
mance liquid chromatography (HPLC)-mass spectrometry.
J Biosci Bioeng, 102: 575~578
Kerk NM, Ceserani T, Tausta SL, Sussex IM, Nelson TM (2003).
Laser capture microdissection of cells from plant tissues.
Plant Physiol, 132: 27~35
Li SH, Schneider B, Gershenzon J (2007). Microchemical analysis
of laser-microdissected stone cells of Norway spruce by
cryogenic nuclear magnetic resonance spectroscopy. Planta,
225: 771~779
Liu X, Wang H, Li Y, Tang Y, Liu Y, Hu X, Jia P, Ying K, Feng
Q et al (2004). Preparation of single rice chromosome for
construction of a DNA library using a laser microbeam trap.
J Biotechnol, 109: 217~226
Ma XJ, Wang Z, Ryan PD, Isakoff SJ, Barmettler A, Fuller A, Muir
B, Mohapatra G, Salunga R, Tuggle JT et al (2004). A two-
gene expression ratio predicts clinical outcome in breast
cancer patients treated with tamoxifen. Cancer Cell, 5 :
607~616
Nakazono M, Qiu F, Borsuk LA, Schnable PS (2003). Laser-
capture microdissection, a tool for the global analysis of
gene expression in specific plant cell types: identification of
genes expressed differentially in epidermal cells or vascular
tissues of maize. Plant Cell, 15: 583~596
Nelson T, Tausta SL, Gandotra N, Liu T (2006). Laser microdis-
section of plant tissue: what you see is what you get. Annu
Rev Plant Biol, 57: 181~201
Ohkama-Ohtsu N, Radwan S, Peterson A, Zhao P, Badr AF, Xiang
C , O l i v e r D J ( 2 0 0 7 ) . C h a r a c t e r i z a t i o n o f t h e e x t r a c e l l u l a r γ-
glutamyl transpeptidases, GGT1 and GGT2, in Arabidopsis.
Plant J, 49: 865~877
Raab T, Lopez-Raez JA, Klein D, Caballero JL, Moyano E, Schwab
W, Munoz-Blanco J (2006). FaQR, required for the biosyn-
thesis of the strawberry flavor compound 4-hydroxy-2,5-
dimethyl-3(2H)-furanone, encodes an enone oxidoreductase.
Plant Cell, 18: 1023~1037
Singh MB, Bhalla PL (2006). Plant stem cells carve their own
niche. Trends Plant Sci, 11: 241~246
Spencer MW, Casson SA, Lindsey K (2007). Transcriptional
profiling of the Arabidopsis embryo. Plant Physiol, 143:
924~940
Tang W, Coughlan S, Crane E, Beatty M, Duvick J (2006). The
application of laser microdissection to in planta gene ex-
pression profiling of the maize anthracnose stalk rot fungus
Colletotrichum graminicola. Mol Plant Microbe Interact,
19: 1240~1250
Wu Y, Machado AC, White RG, Llewellyn DJ, Dennis ES (2006).
Expression profiling identifies genes expressed early during
lint fibre initiation in cotton. Plant Cell Physiol, 47: 107~
127
Yu Y, Lashbrook CC, Hannapel DJ (2007). Tissue integrity and
RNA quality of laser microdissected phloem of potato.
Planta, 226: 797~803
Zhang X, Madi S, Borsuk L, Nettleton D, Elshire RJ, Buckner B,
Janick-Buckner D, Beck J, Timmermans M, Schnable PS
et al (2007). Laser microdissection of narrow sheath mutant
maize uncovers novel gene expression in the shoot apical
meristem. PLoS Genet, 3: e101