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花粉特异F-box 基因及其表达产物可能参与的SCF 途径



全 文 :植物生理学通讯 第 41卷 第 1期,2005年 2月90
花粉特异F-box基因及其表达产物可能参与的SCF途径
成建红 李天忠* 韩振海 许雪峰
中国农业大学园艺植物研究所,北京 100094
Pollen Specific F-box Gene and Its Expressed Product Involved in Putative
SCF Pathway
CHENG Jian-Hong, LI Tian-Zhong*, HAN Zhen-Hai, XU Xue-Feng
Institute of Horticultural Plants, China Agricultural University, Beijing 100094
提要 泛素蛋白体目标性降解蛋白途径是许多细胞学过程的重要调节体系,底物蛋白泛素化涉及3 个酶激反应,其中,作
为 E3 连接酶的 SCF 复合体对底物的识别是通过亚体 F-box 蛋白 C 末端的特异性结构实现的。利用染色体步移等方法,最
近在一些配子体型自交不亲和植物S-RNase基因近旁相继发现了一类花粉特异性表达的F-box基因,从而预示泛素介导的
SCF 蛋白降解途径可能参与配子体自交不亲和反应。
关键词 泛素蛋白体降解途径;SCF 复合体;自交不亲和性;F-box 蛋白质;花粉 S 基因
收稿 2004-06-14 修定   2004-11-02
资助  北京市重点实验室“果树逆境生理与分子生物学实验
室”项目。
*通讯作者(E-mail: litianzhong1535@163.com, Tel: 010-
62732853)。
细胞蛋白的表达和功能行为在部分程度上能
通过翻译后的降解来互补调控,有目标地降解细
胞内蛋白是许多细胞程序调控的重要模式。真核
细胞中目标蛋白的周转主要由保守的泛素
(ubiquitin)途径介导,它催化一个多泛素链共价连
接到靶蛋白,泛素链作为一个降解标记,使得靶
蛋白最终被26S蛋白体(proteasome)降解[1]。泛素
途径包括 3 个阶段性酶激反应:在 ATP 作用下,
泛素首先被泛素活化酶(ubiquitin-activating enzyme)
E1激活,E1的一个保守的半胱氨酸与泛素C末端
形成巯酯键;随后泛素分子被转移到泛素结合酶
(ubiquitin-conjugating enzyme)E2,与E2的半胱氨
酸再次形成一个巯酯键;接下来泛素连接酶
(ubiquitin ligase enzyme)E3促进泛素C末端和底物
蛋白异肽键的形成,泛素的赖氨酸残基继续连接
其他泛素分子形成一个多泛素链。多泛素化的底
物蛋白为 26S 蛋白体迅速识别完成降解过程,泛
素单体此后又被循环利用[2],相关步骤见图 1。
真核生物体中包含少量的无明显特异性的类
E1 的异构重组体,E2 量较大,一些还具有特化
的细胞功能。E3 的结构复杂,对泛素途径特异
性底物的识别发挥关键性的作用。目前已发现的
E3 分子根据组成成分的不同分为 4 类:HE C T、
RING/U-box、APC 复合体和 SCF 复合体。HECT
和 RING/U-box 各由一个多肽组成,APC 和 SCF
复合体为一个多亚体结构[1,4]。
1 SCF复合体的结构与功能
SCF复合体为E3的一个主要类型。研究人员
根据酵母双杂交、三杂交、免疫共沉淀、晶体
构造研究等实验结果发现,SCF 为一类环状结构
的 E3[5],一般由 4 个亚体构成:Cullin(酵母为
Cdc53)、Skp1、Rbx1(亦指 ROC1 和 HRT1)和一
个F-box蛋白质(F-box protein, FBP)[1,2]。其可能
的结构模型为前3个蛋白构成一个一般性骨架(图
1): Cullin亚体作为一个大的骨架蛋白确保为E2展
图1 SCF E3连接酶介导的多泛素化途径的几个关键环节[3]
底物蛋白在该途径中被泛素标识,最终在 26S 蛋白体作用
下降解。
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示最佳的底物形式;Skp1 与 FBP N 末端的 F-box
域紧密连接,并促进Cullin N末端和FBP的相互
作用;Rbx1是一种小的环蛋白(ring protein),它
可能介导E2与Cullin蛋白C端区域的互作,推进
泛素从E2 到靶蛋白的转移[3]。F-box 蛋白质是一
类含有F-box结构域(F-box motif)的蛋白家族成
员,其基因大小为430~2 000 bp残基[6]。Bai等[7]
根据细胞周期蛋白 F 的 N 末端存在的一段同源序
列,揭示这一区域是在蛋白 - 蛋白互作中广泛存
在的必需结构,并将其命名为 F-box 结构域。F-
box域大约由40~50个氨基酸组成,一般位于蛋白
的N 端,是与 SCF 复合体中 Skp1 或 Skp1 类似蛋
白的结合区域,C 端往往还存在一些与蛋白相互
作用密切相关的二级结构,如 L L R 、W D 4 0 、
Kelch 重复、亮氨酸拉链、锌指结构等,可特异
性的结合磷酸化的底物[5,8,9]。
通过悬滴漫射等方法,Zheng等[5]分析了融合
蛋白反应产物Cul1-Rbx1-Skp1-F-boxSkp2 SCF复合体
的晶体结构(图 2) :Cul1 是一个拉长蛋白,它由
一个长柄和一个球状区构成。C 端球状区通过一
个分子内的 b- 折叠与指环蛋白 Rbx1 结合,形成
一个双亚体的催化核心,以便将泛素结合酶E2引
入 SCF复合体。长柄由3个重复部分组成(repeat
1、2、3),每个重复包括 5 个螺旋状的结构域
(A、B、C、D、E)。Cul1 的 N 端长柄顶部与底
物识别复合体蛋白Skp1-F-boxSkp2结合。Cul1构型
跨度110 Å,将Skp1-F-boxSkp2和Rbx1亚体固定在
一起,该模型得到了Cul1消除固定骨架突变体的
实验验证。
SCF 途径最早是在出芽酵母(Sacharomyces
cerevisiae)细胞周期G1~S期转变过程中发现的,
酵母中只有当G1后期抑制子Sicl被降解后,DNA
才得以起始复制,而Sicl在磷酸化后的降解是经
SCF 复合体(Skp1、Cdc53、Rbx1 及 F-box 蛋白
质 Cdc4)识别继续完成泛素化降解途径的[10]。哺
乳动物中也存在 SCF 途径,类似于酵母的细胞周
期调控机制。人类F-box蛋白 SKP2特异性识别磷
酸化的细胞色素依赖性激酶(CDK)抑制子 p27 蛋
白,p27 蛋白选择性降解是通过一个 SCFSKP2 复合
体催化完成的[11]。在拟南芥、水稻等植物赤霉素
(GA)信号途径的研究中发现,泛素化能够通过蛋
白酶体的蛋白水解信号激活转录因子[12]。SCF 识
别底物的先决条件是靶蛋白的磷酸化,GA通过未
能鉴定的蛋白激酶引发转录因子 D E L L A 蛋白
AtRGA/OsSLR1 的磷酸化,磷酸化的 DELLA 被
SCF 复合体识别,导致 26S 蛋白体对其的降解反
应。RGA 和 OsSLR1 的降解解除了茎伸长生长的
抑制,植物从而获得生长,而在缺乏 G A 时,
AtRGA 和 OsSLR1 抑制 GA 反应[3]。新近在水稻中
发现了一个重要的F-box蛋白——GID2参与GA介
导的 D E L L A 蛋白( S L R 1 )的降解。研究表明,
GI D 2 的表达优先发生在水稻 G A 的活跃合成之
前,酵母双杂交和免疫沉淀证明 GID2 是 SCF 复
合体的一个组分,与水稻 ASK1 同源体 OsSKP15
互作。活体pull-down 测定显示GID2 与 SLR1 特
异性互作,推断磷酸化的 SLR1 通过与 GID2 的互
作亲和力被SCFGID2 复合体捕获,从而为泛素途径
介导 SLR1 的降解提供了进一步的实验证据[13]。
真核生物中SCF 途径参与涉及细胞循环、信
号转导、转录等细胞蛋白的泛素化过程[2]。这些
众多的细胞程序反应主要通过 SCF 组成亚体的多
样性实现的。水稻基因组编码至少14个参与 SCF
复合体组成的类Skp1蛋白,拟南芥基因组包含至
少21个 Skp1同源体、11个 Cullin 同源物、2个
Rbx1 同源物和694 个可能的F-box 蛋白[3]。在对
拟南芥突变体分析时发现有9个F-box蛋白基因有
以下的作用:UFO 与花的形成有关,TIR1 与生
长素反应有关,COI1 参与调控茉莉酸信号转导,
FKF1和 LKP2参与昼夜节律的调控, EID1对光敏
图2 Cul1-Rbx1-Skp1-F-boxSkp2四合体的整体结构[5]
自左至右 Skp1、F-boxSkp2、Cul1 和 Rbx1 分别被标记为深
浅不同的颜色。Repeat 2示组成Cullin重复结构域的5个螺旋
( A 、B、C、D、E ) 。
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色素一特异性光信号转导具有重要作用,OR E 9
调控叶的衰老,M A X 2 参与选择性抑制副芽形
成,SON1 调控对病原体的防卫反应[14],ZTL 除
调控昼夜节律外在光形态建成的控制中又有新的开
拓性发现[15]。
到目前为止,还未在植物中找到 SCF E3 连
接酶与底物相互作用的直接证据,这将是今后泛
素蛋白降解途径研究的重要内容之一。
2 配子体自交不亲和花粉F-box基因
广泛存在于显花植物的自交不亲和性(SI),
是植物克服遗传相关近缘体自身繁殖,促进种内
基因交流的一种进化机制。大部分植物的自交不
亲和性受复等位基因的单一位点或基因座S 位点控
制。配子体自交不亲和(GSI)植物已知的S位点花
柱基因编码产物是一系列由引导组织分泌的 S -
RNase[16],在雌蕊拒斥花粉中起着类似于细胞毒
素的作用[17,18]。抑制机制是长期以来植物自交不
亲和性研究的中心议题,这一问题迫切需要通过
克隆和分离花粉 S 基因得到解决。
根据预测的GSI花粉S基因可能的几个特征:
与S-RNase 基因连锁遗传、配子体特异表达、具
有S等位基因多态性的特点,Lai等[19]采用S位点
内染色体步移法,于2002年从金鱼草(Antirrhinum)
S2S4的BAC(bacterial artificial chromosome)文库中
筛选得到了一个含S2-RNase全长基因的64 kb的S
位点 BAC 克隆,并从中首次获得了一个S2 位点内
花粉和花药特异性表达的编码 F-box 蛋白的新基
因——AhSLF-S2。该基因全长1 986 bp,其蛋白
N端有一个保守的F-box 结构域,距S2-RNase 基
因只有9 kb,是一个S位点内具有配子体特异性
表达模式的多态性基因。推断该基因可能就是金
鱼草中介导GSI反应的花粉S基因(Sp)。此结果在
自交不亲和研究领域引起了广泛关注。
2003年,Ushijima等[20]在分析蔷薇科植物扁
桃(Prunus dulcis)S位点的70 kb片段时,也发现
了2 个花粉表达的 F-box 基因,其中 SFB 表现出
S单元型特异的多态性,物理位置与S-RNase基因
相距30 kb 以内,并与之连锁遗传,且不发生重
组,具有花粉 S 基因特征。初步研究表明 SFB 与
GSI系统中蛋白酶体水解途径有关。同年,Entani
等[21]对蔷薇科植物梅(Prunus mume)构建的包含
S1、S7 的 S位点 DNA 片段的 cosmid 文库克隆进行
了序列测定,开放式阅读框(ORF)预示其中有4个
基因编码43~49 kD的 N末端具有保守的F-box结
构域的蛋白。这些基因与AhSLF-S2 有微弱的同源
性(大约 25% 氨基酸同源),而其中只有 PmSLF-
S1、PmSLF-S7 的 C 末端区含有几个被富含装载蛋
白和半胱氨酸的保守序列包围的高变的短域,
PmSLF 在 S1、S7 等位基因间具有较高的序列多态
性(81.3% 氨基酸同源),并在花粉中特异性表达。
推测 SLF 为最有可能的参与梅自交不亲和识别反
应的花粉 S 基因。随后,Yamane 等[22]在比较自
交不亲和甜樱桃种(Prunus avium)和一个自交亲和
酸樱桃种(P. cerasu)的S单元型时,发现了一个新
的N端具有F-box 域的蛋白基因PaSFB6。它十分
靠近S6-RNase基因(相距约380 bp),并在花粉中
特异表达。
蔷薇科多个花粉S基因的发现使GSI花粉S基
因的研究掀起了一个高潮,这是SI研究中的一项
重大突破。特别重要的是,这些多态性基因编码
的F-box 蛋白有可能参与构建了 SCF 复合体,这
将预示泛素介导的蛋白降解途径可能参与了自交不
亲和反应中一些重要蛋白的降解,导致识别反应
的发生。图 3 列举了新近在金鱼草、扁桃、樱
桃中发现的几个花粉F-box基因推测的F-box 域的
氨基酸序列,并同拟南芥AtTIR1进行了比较。在
这6个F-box的结构域(motif)结构中,第27、29
氨基酸残基具有一致的赖氨酸(K)和色氨酸(W); 相
比之下,前5个花粉特异表达的F-box基因具有更
高的相似性,第 10、1 1、1 8、1 9、2 1、2 2、
2 7、2 9、3 2、3 3、3 5、3 8、4 2、4 3 氨基酸
图3 几个F-box蛋白F-box结构域序列的比较
氨基酸序列注册号分别为 PaSFB3: BAC81148.1, PaSFB6:
BAC81149.1, PdSFBa: AB092966, PdSFBb: AB092967, AhSLF-
S2: AJ297974, AtTIR1: AF327430。
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残基位置(PdSFBa第34个处缺失)完全一致,占到
了该序列氨基酸总数的32.79%。而蔷薇科的4个
序列完全一致的氨基酸残基达到了 72.09%(31
个),6 个序列中仅第 30 个残基差异最大。
3 花粉F-box基因的功能预测
配子体自交不亲和植物中,含有雌蕊 S 基因
型之一的花粉在柱头萌发后,花粉管在花柱中的
生长受到抑制,不能正常到达子房室完成受精。
抑制剂模型认为花柱中由两个等位基因产生的S-
RNase 都会进入花粉管,而花粉 S 基因产物会抑
制外源S-RNase 的作用,同源的S-RNase 保留下
来最终导致自花花粉管内RNA 的降解[23,24]。花粉
特异性表达的 F-box 蛋白基因的发现,使得 SCF
途径介入配子体自交不亲和反应成为新一轮自交不
亲和研究的一个重要起点。研究预测自交不亲和
反应中 S C F 的底物蛋白可能是雌蕊表达的 S -
RNase。SCF 组成之一的花粉S基因产物F-box 蛋
白特异性识别异源 S-RNase,将其捕获并标记泛
素使其降解,而同源 S-RNase 被保留下来,作为
细胞毒素分解自花花粉管内的 RNA[25],自花的花
粉管在花柱内发生生理变化而停长,异花的花粉
管则继续伸长,最终完成双受精。Qiao等[26]应用
免疫共沉淀、酵母双杂交等技术分析了金鱼草花
粉F-box基因 AhSLF-S2 表达产物与S-RNase间的
互作反应,发现AhSLF-S2 蛋白与 S-RNase及两个
已知的SCF亚体——Cullin1(CUL1)-like和Ask1-like
有着物理互作,在亲和授粉中 S-RNase 被泛素 /
26S 蛋白体蛋白降解途径抑制,而不亲和反应的
S-RNase活性可能通过泛素/26S蛋白体蛋白降解途
径保留下来。进一步的转基因研究表明:AhSLF-
S2 和 AhS2-RNase 在自交不亲和矮牵牛(Petunia
h y b r i d a )花柱和花粉中正常表达;带有番茄
(Lycopersicon esculentum)花粉特异启动子LAT52的
AhSLF-S2 在自交不亲和矮牵牛花粉中并不影响内
源SLF或 SLF-like的表达。几个独立转基因材料
传粉实验均表现出自交亲和性,推测是由于两个
不同花粉 S 等位基因的竞争性互作的结果[2 7 ]。
Ushijima 等[28]在对人工突变自交亲和型甜樱桃
(Prunus avium)S4’基因和自然突变自交亲和型梅
(P. mume)S f的核苷酸序列分析表明,亲和突变是
由于花粉特异性F-box基因 SFB4’ 部分缺失或SFBf
具插入片段导致两个表达蛋白 C 端高变区缺失,
从而表现出自交亲和性。这些结果为证明 AhSLF
和 S F B 控制花粉自交不亲和功能提供了直接证
据,为进一步对 GSI 基因座表达产物的功能研究
做了有意义的探索。
GSI反应的机制随着花粉特异性表达的F-box
基因的发现而变得日趋明朗,但是还需要大量实
验为F-box基因表达产物可能参与的SCF复合体与
底物蛋白的互作反应提供实验证据。自交不亲和
识别过程可能涉及不止一条途径,相信经过科研
人员的不断努力,植物自交不亲和性的研究工作
将在不久的将来得到预期的令人振奋的发现。
参考文献
1 Risseeuw EP, Daskalchuk TE, Banks TW et al. Protein in-
teraction analysis of SCF ubiquitin E3 ligase subunits from
Arabidopsis. Plant J, 2003,34:753~767
2 del Pozo JC, Estelle M. F-box proteins and protein
degradation: an emerging thene in cellular regulation. Plant
Mol Biol, 2000,44(2):123~128
3 Itoh H, Matsuoka M, Steber CM. A role for the ubiquitin-
26S-proteasome pathway in gibberellin signaling. Trends
Plant Sci, 2003,8(10):492~497
4 Craig KL, Tyers M. The F-box: a new motif for ubiquitin
dependent proteolysis in cell cycle regulation and signal
transduction. Prog Biophys Mol Biol, 1999,72:299~328
5 Zheng N, Schulman AB, Song LZ et al. Structure of the Cul1-
Rbx1-Skp1-F-boxSkp2 SCF ubiquitin ligase complex. Nature,
2002,146:703~709
6 王洪云, 黄剑, 赖钊等. 植物F-box蛋白质及其研究进展. 科
学通报, 2002,47(12):891~895
7 Bai C, Sen P, Hofmen K et al. Skp1 connects cell cycle
regulators to the ubiquitin proteolysis machinery through a
novel motif, the F-box. Cell, 1996,86:263~274
8 Kipreos ET, Pagano M. The F-box protein family. Genome
Biol, 2000,1(5):3002.1~3002.7
9 Andrade MA, Gonzalez-Guzman M, Serrano R et al. A com-
bination of the F-box motif and kelch repeats defines a large
Arabidopsis family of F-box proteins. Plant Mol Biol, 2001,
46:603~614
10 Schwob E, Bohm T, Mendenhall MD et al. The B-type cyclin
kinase inhibitor P40SLG1 controls the G1 to S transition in S.
cerevisiae. Cell, 1994,79:233~244
11 Carraano AC, Eytan E. SKP2 is required for ubiquitin-medi-
ated degradation of the CDK inhibitor p27. Nat Cell Biol,
1999,1:193~199
植物生理学通讯 第 41卷 第 1期,2005年 2月94
12 Conaway RC, Brower CS, Conaway JW. Emerging roles of
ubiquitin in transcription regulation. Science, 2002, 296
(5571):1254~1258
13 Gomi K, Sasaki A, Itoh H et al. GID2, an G-box subunit of
the SCF E3 complex, specifically interacts with phosphory-
lated SLR1 protein and regulates the gibberelin-dependent
degradation of SLR1 in rice. Plant J, 2004,37:626~634
14 Zhang S, Sandal N, Polowick PL et al. Proliferating folfal
organs (Pfo), a lotus japonicus gene required for specifying
floral meristem determinacy and organ identity, encodes an
F-box protein. Plant J, 2003,33:607~619
15 Soners DE, Kim WY, Geng RS. The F-box protein
AEITLUPE confers dosage-dependent control in the circa-
dian clock, photomorphogenesis, and flowering time. Plant
Cell, 2004,16:769~782
16 McClure BA, Haring V, Ebert PR et al. Style self-incompat-
ibility gene products of Nicotiana alata are ribonucleases.
Nature, 1989,342:955~957
17 Lee HS, Huang S, Kao TH. S proteins control rejection of
incompatible pollen in Petunia inflata. Nature, 1994,367:
560~563
18 Murfett J, Atherton TL, Mou B et al. S-RNase expressed in
transgenic Nicotiana causes S-allele-specific pollen rejection.
Nature, 1994,367:563~566
19 Lai Z, Ma W, Han B et al. An F-box gene linked to the self-
incompatibility (S) locus of Antirrhinum is expressed specifi-
cally in pollen and tapetum. Plant Mol Biol, 2002,50:29~42
20 Ushijima K, Sassa H, Kusaba M et al. Characterization of the
S-locus region of almond (Prunus dulcis): analysis of a
somaclonal mutant and a cosmid contig for an S haplotype.
Genetics, 2003,158:379~386
21 Entani T, Iwano M, Shiba H et al. Comparative analysis of
the self-incompatibility (S) locus region of Prunus mume:
identification of a pollen-expressed F-box gene with allelic
diversity. Genes Cells, 2003,8:203~213
22 Yamane H, Ikeda K, Ushijima K et al. A pollen-expressed
gene for a novel protein with an F-box motif that is very
tightly linked to a gene for S-RNase in two species of cherry,
Prunus cerasus and P. avium. Plant Cell Physical, 2003,44
(7):764~769
23 Thompson RD, Kirch HH. The S-locus of flowering plants:
when self-rejection is self-interest. Trends Genet, 1992,8:
381~387
24 McCubbin AG, Kao TH. Molecular recognition and response
in pollen and pistil interactions. Annu Rev Cell Dev Biol,
2000,16:333~364
25 Weissman AM. Themes and variations on ubiquitylation.
Nat Rev Mol Cell Biol, 2001,2:169~178
26 Qiao H, Wang H, Zhao L et al. The F-box protein AhSLF-S2
physically interacts with S-RNases that may be inhibited by
the ubiquitin/26S proteasome pathway of protein degrada-
tion during compatible pollination in Antirrhunum. Plant
Cell, 2004,16:582~595
27 Qiao H, Wang F, Zhao L et al. The F-box protein AhSLF-S2
controls the pollen function of S-RNase-based self-
incompatibility. Plant Cell, 2004,16:2307~2322
28 Ushijima K, Yamane H, Watari A et al. The S haplotype-
specific F-box protein gene, SFB, is defective in self-com-
patible haplotypes of Prunus avium and P. mume. Plant J,
2004,39:573~586