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Genetic Diversity of Plant Allium tubiflorum and Allium neriniflorum Endemic to East Asia by ISSR Markers

东亚特有植物合被韭和长梗合被韭遗传多样性的ISSR分析



全 文 :书西北植物学报!
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作者简介卢利聃" #0;0 #!女!在读硕士研究生!主要从事植物系统进化研究 <)4=->
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通信作者周颂东!副教授!硕士生导师!主要从事植物分类与系统进化相关方面的研究 <)4=->
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东亚特有植物合被韭和长梗合被
韭遗传多样性的
%%& 分析 卢利聃!杨敬天!卢 ! 艳!周颂东"!何兴金 "四川大学 生命科学学院 生物资源与生态环境教育部重点实验室!成都 +#""+( # 摘 ! 要合被韭"
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#是葱属"
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个个体和长梗合被韭
#(
个居群
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个个体采用
DEEF
分子标记!分析不同居群合被韭和
长梗合被韭
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水平的差异和分化!揭示
!
个种的遗传多样性水平和遗传结构!探讨片段化生境对居群遗传多样
性和遗传分化的影响结果表明" # # ! 个类群在种级水平的遗传变异丰富!合被韭的多态位点百分率" ../ #为 0;*""J ! H7- ( . 基因多样度指数" 0 #为 "*!+(; ! E1=//@/ 多样性信息指数" 0 @ #为 "*(#%
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!遗传变异主要存在于居群内部"
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#结合本研究结果和前人的细胞学研究
资料!认为合被韭和长梗合被韭的进化驱动力是杂交和多倍化&合被韭和长梗合被韭均以鳞茎兼行无性繁殖!克服
了杂交和多倍化带来的育性降低和居群个体数量下降!保存其变异&复杂的遗传背景和多样化的繁育方式极可能
是导致居群内遗传分化显著的重要因素"
%
#根据已有系统发育资料和本研究
KLMNI
聚类显示!合被韭和长梗
合被韭在种级水平具紧密亲缘关系!互为姊妹类群研究推测!这两种的分布重叠区域)))燕山山脉*太行山脉及
邻近地区可能是其祖先分布区!且该区域居群遗传变异最为丰富!因此!燕山山脉*太行山脉及邻近地区可能是合
被韭和长梗合被韭的分化中心和遗传多样性中心
关键词东亚特有植物&合被韭&长梗合被韭& DEEF &遗传多样性 中图分类号
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#植物长期以来作为野菜*饲
料和优良牧草资源利用其中合被组"
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6)*7% #是葱属植物中一个特殊的类群!其花被片 基部靠合成管状!因此称为合被全组仅 % 个种!即 合被韭" !""#%&# ( ")*% F7/8>7
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,都只分布在中国*日本!即东
亚地区+,合被韭为中国特有!分布于中国西北及 华北地区&长梗合被韭在中国华北*东北及远东地区 分布两者外部形态非常相似!并且分布区有所重 叠!因而存在复杂的进化问题+,作为东亚特有植 物的典型代表!合被韭和长梗合被韭是研究第四纪 气候变化对东亚暖温带落叶林植被变迁的理想模 型但目前对其研究尚未深入!仅通过核型研究证 实了两者存在紧密亲缘关系+&, 本研究运用 DEEF 分子标记+;,!通过分析不同 居群合被韭和长梗合被韭 GHI 水平的差异和分 化!揭示两个种的遗传多样性水平和遗传结构!探讨 片段化生境对居群遗传多样性和遗传分化的影响! 以期为解决特有种亲缘关系和物种迁移模式提供依 据!从而指导制定保护策略!实现对东亚特有植物资 源的保护和合理利用 # ! 材料和方法 =*= ! 材 ! 料 基于前人研究及标本记录!自 !"#! 年起共采集 到合被韭 #+ 个居群 #(
个个体!长梗合被韭
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扩增
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样品用
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DEEF
分析

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材料来源
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采集地
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山东长岛
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B
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数据处理与统计分析
电泳图谱的每条带都为一个分子标记!代表引
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#
.和-
"
.标示同一引物
在相同迁移位置谱带的有无!构造数据矩阵!并记录
多态性位点数"
,
#采用
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"
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平均每个位点的有效等位基因"
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(
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居群间遗传分化系数"
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(
.
遗传距离"
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#和遗传一致度"
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#利用
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3
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!*#
软件构建聚类图+#",!对合被韭及长梗合被韭群
体间的遗传关系进行分析采用
INTaI#* 分 子变异分析软件!分析遗传变异在居群内及居群间 的分布情况+##,&遗传距离和地理距离之间的相关性 运用 9`LMI#*% 软件进行 N=/27> 检验+#!, ! ! 结果与分析 ?*= ! 遗传多样性水平 共筛选出谱带清晰*重复性好的 + 个 DEEF 引 物"表 ! #对合被韭及长梗合被韭进行 L\F 扩增!平 均每个引物扩增出 #& 条带!所得的片段长度在 #"" # !$""W 3 之间 (%%# 西 ! 北 ! 植 ! 物 ! 学 ! 报 !!!!!!!!!!!!!!!!!!! %$ 卷 合被韭 #+ 居群 #$( 个体共计扩增出 #"" 个清 晰可重复的有效位点!其中多态位点 0; 个结果 "表 % #显示$在物种水平上!合被韭的多态位点百分 率" ../ #为 0;*""J !有 效 等 位 基 因 " : 7 #为 #*(#0" ! H7- ( . 基因多样性指数" 0 #为 "*!+(; ! E1=//@/ 多样性指数" 0 @ #为 "*(#$% !表明 GHI 片 段多态性比较丰富各居群 ../ 为 !"*""J # +(*""J !平均值为 (0*&$J 平均有效等位基因 " : 7 #为 #*!$%( !平均 H7- ( . 基因多样性指数" 0 #为 "*#$%# !平 均 E1=//@/ 多 样 性 指 数 " 0 @ #为 "*!%(0 !各参数值均低于物种水平居群的遗传多 样性综合比较表明!居群古武当山" MgGE #*怀柔 " SF #各项指标大大超过平均值!遗传多样性最为 丰富!而居群麦积山" NQE #*龙池曼" C\N #则相反! 呈现低遗传多样性 以同样 + 个引物对长梗合被韭进行 L\F 扩增! 共得到 0" 个清晰可重复的有效位点! ;+ 个为多态 表 ? ! $%%& 引物序列和最佳退火温度 =`W>7! ! LX-47X.=/8@ 3 2-4=>=//7=>-/ ? 274 3 7X=26X7 引物 LX-47X 引物序列" $f $ %f # E7 h 67/57 退火温度 I//7=>-/ ? 274 3 7X=26X7 % c 总条带数 H@*@YW=/8. .5@X78 KZ\;"; " IM # ;\ $#*& #+ KZ\;%+ " IM # ;:I $%*+ #0 KZ\;(# " MI # ;:\ $!*+ #+ KZ\;(( " \` # ;` F\ $"*0 #& KZ\;&% " MI\I # ( $"*! #& KZ\;;+ aGa " \` # & $"*0 #& !! 注$ :b% ` & FbI % M H@27 $ :b% ` & FbI % M* 表 B ! 合被韭与长梗合被韭居群的遗传多样性 =`W>7% ! M7/72-58-[7X.-2 B @Y!+&$# ( ")*$%=/8!+,-*#,# ( ")*$% 3 @ 3 6>=2-@/. 物种 E 3 75-7. 居群编号 L@ 3 6>=2-@/5@87 , ../ % J : = : 7 0 0 @ 合被韭 !+&$# ( ")*$% SE $% $%*"" #*$%""i"*$"#+ #*!(##i"*%"&0 "*#$!!i"*#&%& "*!%;%i"*!#
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卢利聃!等东亚特有植物合被韭和长梗合被韭遗传多样性的 DEEF 分析 位点物种水平上!长梗合被韭 ../ 为 0*+J ! : 7 为 #*("#+ ! 0 为 "*!%0
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#此结
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表示比观察值的变异大的概率!这个概率是通过把居群中的样本经过
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次随机排列改变计算得到的
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应+#&,*冰期残余种+#;,等诸多因素!都有可能导致区
域特有物种具有高水平遗传多样性葱属是一起源
相对古老的类群+#0,!遗传变异丰富!相当于被子植
物其他类群的科或亚科级水平+!",合被组所在的
葱属第二进化支!起源于始新世晚期"约
%(*0%
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#渐新世晚期和中新世早期"约
!#*!%N=
#!合
被组祖先类群开始分化此时青藏高原隆升到相当
高度!东亚季风气候形成!中国北方出现强烈的干
旱!一直延伸到中国东部的沿海地带+#0!#,在野外
调查中!我们观察到合被韭具有二次生长的特性!正
是其对恶劣环境的适应性进化因此!合被韭及长
梗合被韭种级水平上很高的遗传多样性!可能与其
复杂的遗传背景及生境有关
但在居群水平上!两者的平均多态位点百分率
低于
$"*""J
!均低于物种水平!表明两者居群内部
的遗传多样性明显不足这种现象的成因可能是由
于合被韭与长梗合被韭具有以鳞茎分裂无性繁殖的
生活史特性&也可能是由于近年中国北方干旱气候
不断加剧!植被破坏严重!导致生境片段化!从而造
成的野生居群间基因流受阻
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!
遗传结构与进化机制
基于
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统计分析均显示
两个种的遗传变异主要存在于居群内两者遗传分
化系数
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均高于
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遗传分
化系数的平均值
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!表明其已形成异质居群
结构
前人研究表明长梗合被韭中存在杂合现象!随
体呈杂合状态!同一个细胞既有末端随体!又有居间
随体+&,同时!该研究显示!合被韭与长梗合被韭核
型基本一致!普遍为二倍体!但合被韭北京的一个居
群为四倍体!表明该类群在扩大生存空间过程中不
仅出现了染色体结构变异!还出现了染色体加倍+&,
普遍认为杂合优势和多倍化是葱属植物进化的主要
驱动力+!%)!(,因此!结合本研究
DEEF
遗传多样性
和前人的核型资料!认为合被韭和长梗合被韭的遗
传结构变异和遗传分化!是通过杂交和染色体加倍
的方式实现的通常认为!异交物种的遗传变异主
要分布在居群内+!,!而杂交和染色体加倍过程中会 使得育性降低*居群缩小但葱属植物中绝大多数 物种均利用鳞茎*根状茎或珠芽等繁育方式+!(,!来 弥补多倍化和杂交的不利作用合被韭和长梗合被 韭均具鳞茎!且野外考察中发现这两个种往往多株 成丛生长因此认为合被韭和长梗合被韭的进化驱 动力是杂交和多倍化!兼行无性繁殖则可克服育性 降低带来的居群个体数量下降!保存其变异合被 韭与长梗合被韭复杂的遗传背景和多样化的繁育方 式极可能是导致居群内遗传分化显著的重要因素 基因流一直被视为是使居群遗传结构均质化的 主要因素之一+!+,当基因流小于 # 时!就不足以抵 制居群内因遗传漂变而引起的遗传分化+!&,本研 究中!两种东亚特有植物的基因流 : 4 均小于 # !远 低于 S=4X-5^ 总结的一般广布种植物的基因流 " : 4 ! #*;;# # + !; , !因此种群隔离引起的遗传漂变也 是影响其遗传分化的重要因素 B*B ! 合被韭和长梗合被韭的分化中心和遗传多样 性中心 对居群的遗传多样性综合指标进行比较!结果 0%%# & 期 !!!!!!!!!!! 卢利聃!等东亚特有植物合被韭和长梗合被韭遗传多样性的
DEEF
分析
表明!燕山山脉*太行山脉及邻近地区的合被韭"居

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#遗传多样性最为丰富!同一区域的
长梗合被韭"居群
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#也同样呈现
较高的遗传分化这一地区不仅是合被韭和长梗合
被韭遗传多样性最丰富的地区!也恰好是两者分布
的重叠区
KLMNI
聚类显示!合被韭在这一区域
"居群
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*
SF
#亲缘关系接近!长梗合被韭在该
区域"居群
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*
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*
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#!以及邻近的环渤
海湾区域"居群
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*
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#也表现出很紧密的亲缘关
系根据葱属系统发育研究资料+!#,!合被韭与长梗
合被韭在系统发育树中始终聚为一个独立的单系分
支从种级水平上看!此单系分支中这两个种互为
姊妹类群本研究
KLMNI
聚类也支持两者为单
系!说明合被韭与长梗合被韭应拥有一个最近的共
同祖先类群!且这个祖先类群的分布区域应是合被
韭和长梗合被韭的分布重叠区域
!
个种丰富的遗
传变异!暗示其祖先类群亦具丰富的遗传基础因
此!燕山山脉*太行山脉及邻近地区可能是合被韭及
长梗合被韭的分化中心和遗传变异中心
遗传多样性是植物对遗传基础和生境的响应!
显示高水平遗传多样性的地区!通常暗示着该区域
历史上曾是物种的冰期避难所+!0,气候波动时!冰
期避难所相对稳定的生态环境和气候!能促使生长
在该区域的物种积累丰富的遗传多样性+%",在野
外调查中发现合被韭具有休眠!或者说二次生长的
特性这暗示其进化史上可能经历了生态环境大的
改变!比如干旱*低温等!迫使其不得不进入休眠状
态!在严苛的生境中保存繁殖能力古植被的重建
显示!中国东部
)
日本南部
)
朝鲜半岛曾被一条长的
温带落叶林覆盖+#,古孢粉学证据也显示!中国东
部海岸被淹没的大陆架存在温带落叶林的冰期避难
所+!,目前虽然并没有研究证实燕山山脉及太行山
脉地区曾存在冰期避难所!但由于该地区地貌在燕
山期"约
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#已经形成!受喜马拉雅
造山运动及第四纪冰川作用的影响相对较弱!在气
候波动下!可能会有较适宜植物存活的温度
合被韭与长梗合被韭的外部形态非常相似+,!
说明祖先性状得到了充分保留进化史上相似的遗
传背景!则使得两者进化出了相似的遗传适应策略!
在适宜生存的地区保留更高的遗传多样性!没有表
现出显著的表型分化而因为山脉*沟谷等小地形
的差异!表现出居群内遗传多样性的强烈变化
目前!合被组仅有的
%
个种中!本研究尚未涉及
齿棱茎合被韭"
!+#,&#"- #也只分布于东亚但该 种在中国鲜有报道!仅有 # 条资料显示在安徽滁县 琅琊山有分布+%#,!其余记录均来自于日本笔者及 实验室研究团队曾在 % 年间" !"#! # !"#( #的盛花期 多次赴安徽滁县!但未见其踪影推测合被组祖先 类群在扩张的过程中!曾产生了一些亲缘关系非常 近的类群!但受第四纪地质气候变化的影响及生境 片断化的不断加剧!这些类群经历了严重的灭绝和 重扩张过程其中一些类群已经绝灭!而齿棱茎合 被韭原有分布区逐步坍缩!形成岛屿间断分布格局 因此!虽然物种水平上!合被韭和长梗合被韭尚 保留其祖先丰富的总体遗传多样性!但在居群内其 遗传基础已逐渐趋于一致!并且居群间基因流有限! 这使其不能有效地维持目前的遗传多样性水平高 遗传多样性的物种!如果不能有效维持居群大小和 自然更新!同样可能引起居群的退化甚至灭绝+%!, 居群衰退是特有植物普遍存在的威胁东亚地 区拥有大量孑遗*特有植物!更应高度重视气候和环 境变化对这一区域植物遗传多样性的影响!维持这 一地区的稳态为保持丰富的物种遗传多样性水 平!维持生物多样性!应尽可能避免人为加速生境的 片段化这对于降低物种濒危机率!保护特有类群! 实现对东亚特有植物资源的保护和合理利用有着长 远的意义 参考文献! + # , ! SIFFDETHEL ! :KM ! I`VISIFIS ! -&3"*G-[7X.-2 B @Y274 3 7X=27 3 >=/2.-/<=.2I.-= + Q , *:3&*-
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