全 文 :书中国荷斯坦奶牛铁蛋白基因3′端克隆及序列分析
罗佳捷1,彭瑛3,罗锐1,张彬1,李丽立2,吴力专1,占今舜1,邢月腾1
(1.湖南农业大学动物科学技术学院,湖南 长沙410128;2.中国科学院亚热带农业生态研究所 动物生态营养与健康养殖联合实验室
农业生态工程重点实验室,湖南 长沙410125;3.湖南广播电视大学农医部,湖南 长沙410004)
摘要:本研究旨在克隆和分析中国荷斯坦奶牛的铁蛋白(FTH)基因,为该基因的功能研究和有效利用提供理论依
据。运用cDNA末端快速扩增(RACE)技术从公犊肝脏组织中扩增出FTH基因的3′端cDNA序列,并利用生物
信息学方法对该基因的氨基酸序列进行分析。结果表明,FTH基因3′端cDNA全长为489bp,编码81个氨基酸;
经生物信息学分析表明,该基因编码的蛋白无 N端信号肽及跨膜区,相对分子质量为9.1253kD,理论等电点为
5.19,脂肪系数为85.56,总亲水性为-0.342,其一级结构中存在4个功能结构域;二级结构元件以α螺旋和β旋
转为主;同源序列分析表明,中国荷斯坦奶牛与原牛FTH氨基酸的相似性最高(99%);系统进化树显示,在该基因
座位上中国荷斯坦奶牛与所测物种的亲缘关系均较远。本研究有助于揭示FTH家族基因的进化历史,为对其进
行深入的功能分析和利用研究提供参考。
关键词:中国荷斯坦奶牛;铁蛋白;cDNA末端快速扩增;克隆;序列分析
中图分类号:S823.9+1 文献标识码:A 文章编号:10045759(2013)05009608
犇犗犐:10.11686/cyxb20130511
近年来,随着人们生活水平的不断提高,对于高品质动物蛋白食品的需求也与日递增,因此,如何生产出更多
高质量的肉、蛋、奶食品已成为众多科技工作者、动物养殖及食品加工企业急需解决的重大问题。动物产品中的
牛羊肉一直因其高蛋白含量和低脂肪含量的特性而广受人们的青睐,牛羊奶也一直是人们补充动物蛋白的重要
来源,学者们从动物营养学的角度对如何改善牛羊的生产性能及免疫功能进行了大量的研究,以求提高牛羊肉、
奶的产量及质量,并取得了可喜的进展[19]。伴随着分子生物学技术对动物营养学领域的不断渗透,部分研究正
趋向于从探索如何提高或降低动物机体内某些基因和蛋白的表达水平入手来提高其生产性能及健康状况,以期
从生理调控的角度来阐述动物高产及维持动物健康的机理,同时为饲料营养调控提供理论依据[1012]。
铁元素与动物造血、携氧及产能等过程联系得十分紧密,同时在免疫和防御感染方面也发挥着很大作用。动
物体内有90%以上的铁元素与蛋白质结合在一起。铁蛋白(ferritin,FTH)是机体细胞内一种重要的铁贮存蛋
白,具有独立特殊的圆形结构,主要分为球形蛋白质外壳和铁核心两部分[13,14]。FTH是一种高保守性的多亚基
蛋白,主要由巨噬细胞等多种细胞分泌生成,其功能有:1)能够适时调节机体内铁含量的高低[15,16];2)在抵抗氧
化损害和调节细胞增殖等过程中起着重要的作用[17];3)与机体的免疫反应有一定的联系[1822]。近年来,Cohen
等[23]和DeDomenieo等[24]分别报道了关于FTH分泌机制的最新研究进展,为FTH的细胞来源提供了一定的
理论依据。目前,对FTH蛋白的研究多存在于植物和人体方面,而对动物FTH蛋白的研究主要集中在基因的
分离和克隆上,如易新元等[25]和 MinSun等[26]分别克隆了日本血吸虫和腹蛙输卵管中的FTH蛋白,而对其在
动物营养生理学方面的研究还十分欠缺。鉴于FTH在动物生长和发育过程中的巨大作用,本研究旨在克隆和
分析中国荷斯坦奶牛FTH基因的3′端cDNA及氨基酸序列,以期为该基因的功能研究和有效利用提供坚实的
理论依据。
96-103
2013年10月
草 业 学 报
ACTAPRATACULTURAESINICA
第22卷 第5期
Vol.22,No.5
收稿日期:20121108;改回日期:20130108
基金项目:国家自然科学基金项目(31072053;30671516),教育部高等学校博士学科点专项科研基金(博导类)项目(20104320110001),湖南省自
然科学基金重点项目(11JJ2014)和湖南省博士生科技创新项目(CX2010B284)资助。
作者简介:罗佳捷(1984),男,湖南湘潭人,在读博士。Email:kakaadriano@126.com
通讯作者。Email:zhb8236@126.com,lili@isa.ac.cn
1 材料与方法
1.1 样品及主要试剂、菌株
本试验从2011年9月开始,至2012年3月结束。中国荷斯坦公犊牛(1d)购自湖南省畜牧兽医研究所奶牛
场。将公犊牛颈静脉放血致死,用75%浓度的酒精进行全身清洗后立刻解剖并采集肝脏组织(迅速分装),于液
氮中速冻后放入-80℃冰箱保存备用。
TRNzoL总RNA提取试剂(100mL)和PCR产物纯化试剂盒购自天根生化科技有限公司;3′FulRACE
CoreSetVer.2.0(20RTReactions,D314)、TaKaRaLATaq?(DRR02AM)和PMD?19TVector(D102A)购
自宝生物工程(大连)有限公司;大肠杆菌DH5α由本实验室(湖南农业大学动物科学技术学院分子实验室)保存。
1.2 引物的设计与合成
根据美国国立生物技术信息中心(NCBI)GenBank数据库中公布的原牛FTH基因序列,采用Primer5.0软
件设计特异性引物(表1)。引物由华大基因武汉分公司合成。
表1 犉犜犎基因3′全长克隆引物
犜犪犫犾犲1 犘狉犻犿犲狉狊犳狅狉3′犲狀犱犳狌犾犾犲狀犵狋犺犮犾狅狀犲狅犳犉犜犎犵犲狀犲
引物Primer 序列Sequence(5′→3′)
3′RACE接头引物3′RACEAdaptor 含有由TaKaRa独特设计的dT区域及AdaptorPrimer部分。IncludingthedT
domainandAdaptorPrimerdesignedbyTaKaRa.
3′RACE外接引物3′RACEOuterPrimer TACCGTCGTTCCACTAGTGATTT
3′端特异性引物33′GSP3 AGCTGCAGAACCAGCGAGGCG
1.3 总RNA的提取
公犊肝脏组织总RNA的提取按照RNA提取试剂盒说明书进行,并用紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检
测RNA的浓度及纯度。
1.4 3′RACE扩增
将RNA反转录成cDNA,反应体系为10μL:RNA5μL,3′RACEAdaptor(5μmol/L)1μL,5×莫罗尼鼠
白血病病毒(moloneymurineleukemiavirus,MMLV)Buffer2μL,dNTP混合物(dNTPmixture)(10mmol/
Leach)1μL,MMLV反转录酶(RNaseH)(200U/μL)0.25μL,核糖核酸酶抑制剂(RNaseinhibitor)(40U/
μL)0.25μL和去酶蒸馏水(RNasefreedH2O)0.5μL,反应条件为:42℃60min,70℃15min。将生成的cD
NA进行套式PCR反应,反应体系为50μL:反转录反应液2μL,1×cDNA 稀释缓冲液 (dilutionbuffer)II8
μL,3′GSP3(10μmol/L)2μL,3′RACEOuterPrimer(10μmol/L)2μL,10×LAPCRbufferII(Mg
2+free)4
μL,MgCl2(25mmol/L)3μL,TaKaRaLATaq?(5U/μL)0.25μL和dH2O28.75μL,反应条件为:94℃预变
性3min,94℃30s,55℃30s,72℃30s,25个循环,72℃延伸10min,4℃保存。取5μL产物用1% 的琼脂糖凝
胶电泳进行检测。
1.5 PCR产物克隆与重组质粒鉴定
产物的回收与纯化按照聚合酶链式反应(polymerasechainreaction,PCR)产物纯化试剂盒的说明进行,将
纯化的PCR产物与一种高效克隆PCR产物的专用载体(PMD19TVector)16℃过夜连接,并转化入感受态大肠
杆菌 DH5α,涂布于含5溴4氯3吲哚βD半乳糖苷(5Bromo4chloro3indolylβDgalactopyranoside,X
Gal)/异丙基βD硫代吡喃半乳糖苷(isopropylβDthiogalactoside,IPTG)/氨苄青霉素(ampicilin,Amp)的琼
脂平板37℃恒温培养过夜。挑单个阳性克隆菌落接种于含有 Amp的琼脂液体培养基,37℃220r/min振荡培
养8h,以菌液为模板进行PCR检测,挑阳性克隆菌液送华大基因进行测序。
1.6 序列分析
测序所得的cDNA片段先通过软件DNAStar与表达序列标签(expressedsequencetags,EST)拼接,获得
79第22卷第5期 草业学报2013年
完整cDNA全长,并推导其开放阅读框序列;用NCBI中的blast程序搜索与其相关的同源基因序列,并用DNA
MAN软件完成序列同源性比对。
1.7 生物信息学分析
分别用在线软件分析蛋白质的氨基酸组成、理化性质(www.esypred.com)及其一级结构(http://smart.
emblheideLberg.de/)、二级结构(http://npsapbil.ibcp.fr/cgibin/npsa_automat.pl?page=/NPSA/npsa_
sopma.html)和三级结构(http://www.fundp.ac.be/sciences/biologie/urbm/bioinfo/esypred/);在SWISS
MODEL服务器上对FTH的氨基酸序列进行分析;FTH的信号肽用SOSUI和Signalp4.0软件来测定;FTH
的跨膜结构则用TMpred和TMHMM2.0软件共同预测;FTH蛋白的亲疏水性用ExPASy中ProtScale程序
得到的疏水性图谱来计算;此外,用系统发育分析软件 MEGA4和ClustalX2来构建邻接树,以分析基因在不同
物种中的亲缘关系。
2 结果与分析
图1 犉犜犎基因的3′犚犃犆犈-犘犆犚产物
犉犻犵.1 3′犚犃犆犈-犘犆犚狆狉狅犱狌犮狋狊狅犳犉犜犎犵犲狀犲
M:100bpDNA 标记物;M1、M2、M3:FTH 基因的3′RACE-PCR
产物。M:100bpDNALadder;M1、M2、M3:3′RACE-PCRproducts
ofFTHgene.
2.1 FTH基因片段的测序分析
3′RACE的PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测
的结果表明,其大小在500bp左右,克隆出的 M1、M2
和 M3条带单一,说明引物的特异性高。该条带经测
序证实为目的条带(图1)。
RACE-PCR 扩增获得的FTH 基因经测序表
明:3′RACE-PCR产物的有效序列大小为489bp。
运用DNAStar软件与EST拼接后,可知克隆所得的
FTH3′端的开放阅读框为246bp(66~311),非编码
区243bp。核苷酸序列的3′端非编码区还含有1个
“AATAAA”的mRNA加尾信号(图2)。
2.2 FTH的氨基酸序列及理化性质分析
对FTH 的氨基酸序列及理化性质分析表明,该
蛋白由81个氨基酸组成;分子式为C395H625N109O127S6;
相对分子量为9.1253kDa;理论PI值为5.19;不稳
定系数为64.98,大于40则表明该蛋白是不稳定的;脂肪系数为85.56;总平均亲水性为-0.342。
2.3 FTH氨基酸序列同源性分析
FTH氨基酸序列经NCBI中ProteinBlast比对,同源性比较结果表明,荷斯坦奶牛与其他5个物种的FTH
氨基酸序列存在较高的同源性,其中相似性最高的是原牛,相似性高达99%,然后依次是智人、类人猿、犬类和鼠
类,相似性分别为88%,88%,86%和84%(表2)。
2.4 系统进化树的构建与分析
用CLUSTALX和 MEGA4软件构建FTH基因的系统进化树,表明中国荷斯坦奶牛与多种哺乳动物的亲
缘关系均较远(图3)。
2.5 FTH蛋白的三级结构预测
运用蛋白质三级结构在线预测软件对FTH蛋白的氨基酸序列进行同源三级结构建模,目标蛋白与参考蛋
白的序列比对同源性为99%,模型评估E值为0,模型中可见典型的α螺旋和β折叠结构(图4)。
2.6 FTH蛋白的结构功能域分析
FTH蛋白质的结构功能域主要包括4个部分:1)铁蛋白(ferritin),1~59;2)锌指半胱氨酸组氨酸(ZnF
C2H2),1~21;3)锌指相关联区域(zfAD),2~52;4)甲状旁腺素(PTH);8~49(表3)。
2.7 FTH蛋白的信号肽预测
SOSUI和Signalp4.0两个软件对FTH信号肽的预测结果基本一致,Signalp4.0的预测结果表明该蛋白
无信号肽(图5)。
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图2 犉犜犎基因的3′端犮犇犖犃序列和推导的氨基酸序列
犉犻犵.2 犜犺犲狊犲狇狌犲狀犮犲狊狅犳犳狌犾犾犲狀犵狋犺犮犇犖犃犪狀犱犪犿犻狀狅犪犮犻犱狅犳犉犜犎犵犲狀犲
起始密码子和终止密码子分别用方框标记,终止信号用“”标出,mRNA加尾信号用双除线标出。ATGandTGAarelabeledbysquareframe,
terminationsignalandmRNAtailingsignalarelabeledby“”anddoubleexceptlinerespectively.
表2 中国荷斯坦奶牛与其他物种犉犜犎氨基酸序列的同源性
犜犪犫犾犲2 犜犺犲犻犱犲狀狋犻狋狔狅犳犉犜犎犪犿犻狀狅犪犮犻犱狊犲狇狌犲狀犮犲狊犫犲狋狑犲犲狀犆犺犻狀犲狊犲犎狅犾狊狋犲犻狀犮犪狋狋犾犲犪狀犱狅狋犺犲狉狊狆犲犮犻犲狊
种类Species 蛋白质Protein GenBank接受号GenBankAccNo. 同源性Identity(%)
原牛犅狅狊狋犪狌狉狌狊 FTH1 NM_174062.3 99
智人 犎狅犿狅狊犪狆犻犲狀狊 FTH1 NM_002032.2 88
类人猿犘狅狀犵狅犪犫犲犔犻犻 FTH1 NM_001132636.1 88
犬类犆犪狀犻狊犔狌狆狌狊犳犪犿犻犔犻犪狉犻狊 FTH1 NM_001003080.1 86
鼠类犚犪狋狋狌狊狀狅狉狏犲犵犻犮狌狊 FTH1 NM_012848.1 84
图3 犉犜犎基因的系统进化树
犉犻犵.3 犜犺犲犿狅犾犲犮狌犾犪狉犲狏狅犾狌狋犻狅狀狋狉犲犲狊狅犳犉犜犎犵犲狀犲
表3 犉犜犎蛋白的结构域
犜犪犫犾犲3 犜犺犲犱狅犿犪犻狀狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀
名称Name 起点Begin 终点End E值Evalue
铁蛋白Ferritin(FTH) 1 59 1.60×10-15
锌指半胱氨酸组氨酸Zincfingercysteinehistidine(ZnFC2H2) 1 21 1.42×103
锌指相关联区域Zincfingerassociateddomain(zfAD) 2 52 1.40×105
甲状旁腺素Parathyroidhormone(PTH) 8 49 2.15e×103
99第22卷第5期 草业学报2013年
2.8 FTH蛋白的跨膜结构预测
图4 犈狊狔狆狉犲犱预测的犉犜犎蛋白三级结构
犉犻犵.4 犜犺犲狋犲狉狋犻犪狉狔狊狋狉狌犮狋狌狉犲狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀狆狉犲犱犻犮狋犲犱犫狔犲狊狔狆狉犲犱
图6显示了TMpred和TMHMM2.0软件
共同预测的FTH蛋白跨膜结构,结果表明FTH
蛋白无跨膜区域,TMHMM 软件进一步可以推
断该蛋白为非跨膜蛋白(图7)。
2.9 FTH蛋白的疏水性分析
用ExPASy中ProtScale程序得到的疏水性
图谱来计算FTH蛋白的亲疏水性,正、负值分别
表明疏水和亲水,图8显示了FTH 蛋白各氨基
酸残基的亲疏水性,得到的总平均疏水性为
-0.342,说明FTH蛋白属于疏水性蛋白。
图5 犉犜犎蛋白的信号肽预测结果
犉犻犵.5 犘狉犲犱犻犮狋犻狅狀狊狅犳狊犻犵狀犪犾狊犲狇狌犲狀犮犲狊狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀
图6 犉犜犎蛋白的跨膜结构预测结果(犪)
犉犻犵.6 犘狉犲犱犻犮狋犻狅狀狊狅犳狋狉犪狀狊犿犲犿犫狉犪狀犲犱狅犿犪犻狀狊狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀(犪)
图7 犉犜犎蛋白的跨膜结构预测结果(犫)
犉犻犵.7 犘狉犲犱犻犮狋犻狅狀狊狅犳狋狉犪狀狊犿犲犿犫狉犪狀犲犱狅犿犪犻狀狊狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀(犫)
图8 犉犜犎蛋白的疏水性预测结果
犉犻犵.8 犘狉犲犱犻犮狋犻狅狀狊狅犳犺狔犱狉狅狆犺狅犫犻犮犻狋狔狅犳犉犜犎狆狉狅狋犲犻狀
3 讨论
铁元素在机体造血、携氧及产能等过程中发挥着重要的作用,而结合和运输铁元素及调节铁元素的含量则是
FTH的主要作用。本研究运用 RACE-PCR技术获得了中国荷斯坦奶牛FTH基因cDNA的3′端序列,并用
生物信息学方法对其氨基酸序列进行了分析,得到了一系列关于中国荷斯坦奶牛FTH 基因及蛋白的信息。
FTH氨基酸同源性的分析比较表明,中国荷斯坦奶牛与多种动物具有较高的同源性,且存在高度保守的序列位
001 ACTAPRATACULTURAESINICA(2013) Vol.22,No.5
点,这说明FTH基因在物种发展过程中没有发生大的变异,具有一定的高保守性。结构的高度保守性又反映了
其功能的保守性,从而为研究中国荷斯坦奶牛FTH蛋白的功能奠定了一定的基础。本研究表明,FTH蛋白的
一级结构中存在4个功能结构域,二级结构元件以α螺旋和β旋转为主,α螺旋结构最为稳固,不易变形,其主要
功能是作为蛋白质的基本骨架[27],FTH蛋白中数量庞大的α螺旋保证了该蛋白结构的稳定性,是其正常发挥各
种生物学功能的重要前提。
如何改善奶牛的免疫功能,维持奶牛的健康高产一直是南方奶牛养殖业所面临的重大难题,本课题组近年来
对于功能活性蛋白在缓解奶牛应激状态、提高奶牛抗氧化能力以及维护奶牛健康等方面的作用及机理进行了一
些研究,并取得了一定的成果[2832]。FTH蛋白作为一种功能活性蛋白,在提高机体的抗氧化能力[17]及改善机体
的免疫功能方面[1822]具有一定的作用。目前,对FTH基因和蛋白的研究主要集中在人体方面,如卢秀霞[33]、刘
洋等[34,35]、陈艳萍等[36]和郭跃文等[37]的研究表明,人体血清FTH的含量为检测肾性贫血、儿童系统性红斑狼
疮、幼年特发性关节炎全身型、新生儿缺血缺氧性脑病及宫颈癌的良好指标,此外,还存在大量关于血清FTH水
平与糖尿病的关系方面的报道。在动物体方面,白霞等[38]和袁鑫[39]分别对微小牛蜱和血吸虫中FTH基因的克
隆和表达进行了研究;张勇等[40]对家蝇幼虫血淋巴蛋白组的性质进行了研究,发现FTH是一种热稳定性良好的
功能蛋白;此外,康波等[41]的研究表明,籽鹅卵巢组织中FTH及其8个新ESTs的表达量可能参与籽鹅卵巢功
能的调节并影响籽鹅的产蛋性能。到目前为止,对于FTH蛋白在奶牛体内分布、生理和病理方面具有的功能及
作用机理的研究还未见报道,但综合考虑到其在机体造血、携氧、产能、抗氧化及免疫等过程中所发挥的重要作
用,FTH无疑在奶牛机体代谢过程中发挥着重要的调节作用,因此,本研究对中国荷斯坦奶牛FTH3′端cDNA
的序列进行了克隆和分析,并对其所编码蛋白的结构特征、分类进行了初步研究,这为进一步研究FTH在中国
荷斯坦奶牛内的表达定位、调控、功能及作用机理等方面奠定了良好的基础。
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3′犲狀犱犮犾狅狀犻狀犵犪狀犱狊犲狇狌犲狀犮犲犪狀犪犾狔狊犻狊狅犳狋犺犲犉犜犎犵犲狀犲犳狉狅犿犆犺犻狀犲狊犲犎狅犾狊狋犲犻狀犮犪狋狋犾犲
LUOJiajie1,PENGYing3,LUORui1,ZHANGBin1,LILili2,
WULizhuan1,ZHANJinshun1,XINGYueteng1
(1.ColegeofAnimalScienceandTechnology,HunanAgriculturalUniversity,Changsha410128,China;
2.LaboratoryofAnimalNutritionandHumanHealthandKeyLaboratoryofAgroecology,
InstituteofSubtropicalAgriculture,theChineseAcademyofSciences,Changsha
410125,China;3.FacultyofAgricultureandMedicine,Hunan
RadioandTVUniversity,Changsha410004,China)
犃犫狊狋狉犪犮狋:The3′endcDNAsequenceandaminoacidsequenceoftheFTH (ferritin)genefromChineseHol
steincattlewasclonedandanalyzedtoprovideatheoreticalbasisforfunctionalstudiesanditseffectiveutiliza
tion.The3′endcDNAwasclonedfromlivertissuesbyrapidamplificationofcDNAends(RACE),andthe
bioinformaticsmethodwasusedtoanalyzetheaminoacidsequence.The3′endcDNAoftheFTHgenewas
489bpanditencodedapeptideof81aminoacids.Itsrelativemolecularweightwas9.1253kD,isoelectric
pointwas5.19,fatindexwas85.56,grandaverageofhydropathywas-0.342.Nterminalsignalpeptides
andtransmembranedomainswerenotincludedinthisprotein.TheprimarystructureoftheFTHproteincon
tainedfourfunctionaldomains,andthesecondarystructurewasmainlyanαhelixwithβrotation.Theresults
obtainedthroughhomologoussequencingindicatedthattheFTHofChineseHolsteincattlehadahighsimilari
tytothatof犅狅狊狋犪狌狉狌狊(99%),andthemolecularevolutiontreesshowedthattheFTHofChineseHolstein
cattlehadverylowgeneticrelationshipswithotherspeciesstudiedinthisresearch.Theseresultsprovided
cluesforevolutionarystudiesoftheFTHgenefamily,aswelasservingasreferencesforfurtherfunctionala
nalysisandutilization.
犓犲狔狑狅狉犱狊:ChineseHolsteincattle;FTH;RACE;clone;sequenceanalysis
301第22卷第5期 草业学报2013年