全 文 ：园 艺 学 报 ， （增刊）： 2011 38 2484 http: // www. ahs. ac. cn
Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com

收稿日期：2011–08–01
基金项目：江苏省科技支撑计划项目（BE2010326）
* 通信作者（E-mail：fanggg@njau.edu.cn；Tel：025-84399069）
利用EST序列鉴定葡萄应答外源赤霉素的基因
上官凌飞，王西成，房经贵*，孙 欣，冷翔鹏
（南京农业大学园艺学院，南京 210095）
植物的性状大多是由多个遗传与环境等因子共同影响的复杂性状（complex trait）。这些复杂性
状归根到底是多个直接与间接基因共同调控的。随着生物信息学和 EST计划的不断深入，NCBI上
储存了大量的葡萄 EST序列，这为挖掘植物性状相关的调控基因提供了方便。赤霉素是葡萄生产上
广泛应用的植物生长调节剂，为了明确外源赤霉素对葡萄生长发育的影响，更好地为葡萄产业服务，
本研究中充分利用大量的公共葡萄 EST 序列信息对葡萄应答外源赤霉素的基因进行生物信息学预
测，发现了功能注释为整合酶蛋白（EE077049）、钾离子通道蛋白（EE108944）等多种功能类型的
候选相关基因。
通过本地化 Blast、Blast2go等工具以及其他生物信息学工具和数据库，对 NCBI上经过赤霉素
诱导后的葡萄 EST序列进行处理。
处理后共获得了 45条仅在赤霉素处理后表达的无冗余 EST序列。Blastx注释结果显示，45条
序列中有 25条序列注释为假定蛋白或未知蛋白（约占 55.6%），14条序列无注释信息（约占 31.1%），
6条序列（13.1%）注释有推定功能，包括整合酶蛋白（EE077049）、SPX结构域基因 1（EE085000）、
丝氨酸羧肽酶类 44 蛋白（EE091188）、3–羟异丁酰辅酶 A 水解酶（EE092187）、假尿苷合酶/转运蛋白
（EE106096）、钾离子通道蛋白（EE108944）。Blast2go 分析显示，共有 29 条序列（约占总序列数的
64.4%）通过 GO注释 180个 GO号，分属于分子功能、细胞成分、生物过程三大类的不同水平。根
据 level2的水平进行划分，在分子功能（Molecular function）分类上，46.34%的蛋白具有结合功能，
39.02%的蛋白具有催化活性，剩下的 7.32%具有转录调节活性，4.88%具有转运活性，2.44%具有分
子传感活性。在细胞成分（Cellular component）分类中，44.68%的蛋白分布整个细胞中，40.43%的
蛋白分布于细胞器中，8.51%的蛋白分布于封闭式膜管腔中，剩下 6.38%的蛋白分布于大分子复合物。
注释后生物过程（Biological process）中，参与过程比例较大的分别为细胞生理过程（28.57%）和
代谢过程（25.71%），其次为生物调控过程（10%）、应激反应过程（8.57%）、发育过程（7.14%），
以及剩下的多细胞生物过程（5.71%）、细胞成分组织过程（5.71%）、信号过程（2.86%）、节律过程
（1.43%）、生长过程（1.43%）、定位过程（1.43%）和细胞成分生物发生过程（1.43%）。

关键词：葡萄；生物信息学；赤霉素；基因；EST
中图分类号：S 663.1 文献标识码：A 文章编号：0513-353X（2011）S-2484-01