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Molecular Cloning and expression analysis of 3 hydroxy 3 methylglutaryl CoA Reductase Gene from Eucalyptus urophylla×E.grandis

尾巨桉HMGR基因的克隆及表达分析



全 文 :广 西 植 物 Guihaia 32(1):113-117                       2012年1月 
DOI:10.3969/j.issn.1000-3142.2012.01.022
尾巨桉HMGR基因的克隆及表达分析
蒋 春1,张华玲2,彭 江2*
(1.四川大学 生命科学学院 生物资源与生态环境教育部重点实验室,四川 成都610064;
2.西南大学 生命科学学院 三峡库区生态环境教育部重点实验室,重庆400715)
摘 要:基于RACE技术克隆得到尾巨桉3-羟基-3-甲基戊二酰CoA还原酶(EuHMGR)基因全长为1 955
bp,包含1 560bp的开放阅读框(ORF),编码519个氨基酸。生物信息学分析表明EuHMGR包含两个
HMG-CoA结合基序和两个NADP(H)结合基序;同源建模得到EuHMGR三维构象呈“V”型,包含N-结构
域、S-结构域和L-结构域。将EuHMGR组DNA与cDNA序列进行比对表明EuHMGR存在一个319bp的
内含子。通过实时定量PCR进行组织特异性表达分析表明EuHMGR在茎中的表达量最高,叶次之,在根中
基本无表达。该研究为后续尾巨桉EuHMGR的功能验证以及遗传转化奠定基础。
关键词:尾巨桉;HMGR;生物信息学;内含子;组织特异性表达
中图分类号:Q943.2;Q946.85  文献标识码:A  文章编号:1000-3142(2012)01-0113-05
* Molecular Cloningand expression analysis of
3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA Reductase Gene
fromEucalyptus urophyla×E.grandis
JIANG Chun1,ZHANG Hua-Ling2,PENG Jiang2*
(1.Key Laboratory of Bio-resources and Eco-environment of Ministry of Education,School of Life Sciences,Sichuan
University,Chengdu 610064,China;2.Key Laboratory of Eco-environments in Three Gorges Reservoir Region,
Ministry of Education,School of Life Sciences,Southwest University,Chongqing 400715,China)
Abstract:The gene encoding 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA reductase(HMGR)was cloned by Rapid Amplification
of cDNA Ends(RACE)method,the ful-length EuHMGRcDNA was 1955bp,containing a 1 560bp open reading
frame,encoding apeptide of 519amino acids.Bioinformatics analysis indicated EuHMGRcontained two HMG-CoA
binding motifs and two NADP(H)binding motifs;and it had a 3-D structure with“V”homology-based on modeling,
containing N-domain,S-domain and L-domain.There was a 319bp intron in EuHMGRgene genomic DNA sequence
compared with the cDNA sequence.Tissue expression profile analysis by Real-Time quantitative PCR indicated Eu-
HMGRexpression was the highest in stem,folowed by leaf and no expression in root.The paper would supply some
information to the function analysis and genetic transformation of EuHMGRfromEucalyptus urophylla×E.grandis.
Key words:Eucalyptus urophyla×E.grandis;HMGR;bioinformatics;intron;tissue specific expression
  尾巨桉(Eucalyptus urophyla×E.grandis)是
尾叶桉(E.urophylla)和巨桉(E.grandis)的杂交
种,属于桃金娘科(Myrtaceae)桉树属(Eucalyptus)
(陈少雄等,1999)。桉树是世界公认的三大速生树
种(杨、松和桉)之一,桉树已成为主要的工业原料来
源(张宁南等,2009)。桉树除了木材资源、园林绿化
* 收稿日期:2011-08-02  修回日期:2011-11-23
基金项目:重庆市自然科学基金重点项目(2009BA1004);三峡库区生态环境教育部重点实验室开放基金(EF200609)[Supported by the National Sci-
ence Foundation of Chongqing(2009BA1004);the Open Foundation of Key Laboratory of Eco-environments in Three Gorges Reservoir Region,Ministry of
Education(EF200609)]
作者简介:蒋春(1985-),女,四川德阳市人,硕士,主要植物转基因工程研究,(E-mail)Jiangchun85@gmail.com。
*通讯作者(Author for correspondence,E-mail:aiqun2009@163.com)
方面的用途外,其油腺细胞分泌的芳香精油有着更
重要的价值,广泛应用于医药、香料、食品等工业,经
济效益可观(田玉红等,2007)。工业上桉树精油产
率一般为0.8%~5%,相对较低,故通过基因工程
提高精油产率对林业经济的发展有着重大意义(宋
永芳,1990)。
桉精油几乎全部由单萜、倍半萜以及它们的简
单含氧衍生物所组成(Degenhardt等,2009)。植物
萜类合成代谢有甲羟戊酸(MVA)和2-C-甲基-D-赤
藓糖醇-4-磷酸(MEP)两种途径,产生萜类物质的共
同前体异戊烯基焦磷酸,再由它生成单萜、倍半萜、
双萜等化合物。3-羟基-3-甲基戊二酰CoA还原酶
(HMGR)是 MVA途径中的第一个关键酶,催化3-
羟基-3-甲基戊二酰-CoA生成甲羟戊酸(McGarvey
等,1995)。Holmberg等(2003)将橡胶树 HMGR
和烟草C24醇甲基转移酶基因在烟草中共表达,结
果烟草中的醇总含量提高2.5倍。Aquil等(2009)
将长春花HMGR转化到青蒿中,与野生型相比,青
蒿中的青蒿素含量提高 22.5%。本研究基于
RACE技术得到尾巨桉 HMGR 基因全长cDNA,
并进行生物信息学、内含子以及组织特异性表达分
析,为后续尾巨桉 HMGR 基因功能验证以及精油
代谢工程改良奠定基础。
1 材料与方法
1.1实验材料
尾巨桉种于西南大学生态种植园,取其距茎尖
第3~4轮叶片为试验材料。
1.2质粒、菌株及试剂
pMD19-T载体、TaKaRa TaqTM、DNA Liga-
tion Kit Ver.2.0、TAKARA RNA PCR Kit
(AMV)Ver.3.0、SYBR? Premix Ex TaqTM Ⅱ购
自TaKaRa大连宝生物公司;RNA plant(mini)Kit
购自上海华舜生物技术有限公司。大肠杆菌DH5α
菌株由西南大学三峡库区生态环境教育部重点实验
室保存。
1.3总RNA及基因组总DNA提取
按RNA plant(mini)Kit说明分别提取尾巨桉
根、茎和叶总RNA;采用改良CTAB法(王关琳等,
2002)提取叶基因组总DNA。总RNA及DNA都
经1.2%琼脂糖凝胶电泳,并用 NanoDrop 2000型
分光光度计检测OD260/OD280值。
1.4 HMGR基因的克隆
根据HMGR基因保守片段,基于RACE技术
得到HMGR基因3′端和5′端,在Vector NTI Suite
8中进行拼接得到HMGR基因cDNA全长,并进行
生物信息学分析。
1.5 HMGR基因内含子分析
根据 HMGR 基因 ORF,用软件 Oligo6.0和
DNAStar设计3对引物,fg H1:5′-ATGGCCGC-
CATCGTCGCCTTCG-3′,rg H1:5′-TGGCCTTG-
CAGCCCCTGTTCGTG-3′;fg H2:5′-CACGAA-
CAGGGGCTGCAAGGCCA-3′,rg H2:5′-TAGAA
GGCATGGTCACAGAAACGTG-3′;fg H3: 5′-
CGTTTCTGTGACCATGCCTTCTA-3′,rg H3:5′-
TTAAGAGGAGACCTTGGTAACGTCTTTGC-
3′。以基因组 DNA为模板,按TaKaRa TaqTM说
明于64、62℃和57℃进行PCR扩增得到g H1、
g H2和g H3片段,经回收、转化及测序,并拼接得
到HMGR基因组DNA序列,记为gDNA-HMGR;
将HMGR的cDNA序列cDNA-HMGR与gDNA-
HMGR进行比对,分析HMGR内含子情况。
1.6 HMGR基因组织特异性表达分析
根据内参基因18S(登录号:AY615679.1)和
HMGR基因序列,用软件Beacon Designer7.6设计
引物。18S 基因引物为f18S:5′-ACTCATAAC-
GACTCTCGGCAAC -3′, r18S: 5′-GCGT-
TCAAAGACTCGATGGT-3′;HMGR 基因引物为
f HMGR:5′-GAAAGGCGCTAACAAGGAGCTA-
3′,r HMGR:5′-GTACTTCATGTGGCTCTTCA
CG-3′。将尾巨桉根、茎和叶总RNA按 TAKARA
RNA PCR Kit(AMV)Ver.3.0说明逆转录合成
cDNA第一链,按照SYBR? Premix Ex TaqTM Ⅱ
说明于58℃在Chromo 4实时定量PCR仪(Bio-
Rad)进行反应,每组样品重复3次,采用2-ΔΔCT法于
软件Opticon Monitor 3中进行结果分析。
2 结果与分析
2.1尾巨桉总RNA及DNA提取
尾巨桉根、茎和叶组织总RNA经电泳表明没
有基因组DNA污染,28S与18S亮度接近2∶1(图
1)。OD260/OD280均在1.92~2.18之间,RNA完整
性较好,降解程度较低,达到实验要求。尾巨桉叶总
DNA经电泳检测表明没有RNA污染,OD260/OD280
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在1.65~1.87范围内,DNA纯度较高。
图1 尾巨桉总RNA及总DNA提取
Fig.1 Total RNA and DNA isolated from leaf of
Eucalyptus urophyla×E.grandis
图2 尾巨桉与其它植物 HMGR氨基酸序列多重比对
Fig.2 Multiple alignment of deduced EuHMGR
and HMGRs from other plants
2.2 HMGR基因的克隆及生物信息学分析
基于RACE技术,克隆得到尾巨桉HMGR基因
cDNA全长1 955bp,命名为EuHMGR;包含1 560
bp的ORF,编码519个氨基酸,GenBank登录号为
GQ915611。尾巨桉与青钱柳(Cyclocaryapaliurus)、
橡胶树(Hevea brasiliensis)、沙梨(Pyrus pyrifolia)、
青蒿(Artemisia annua)、普通烟草(Nicotiana taba-
cum)、喜树(Camptotheca acuminata)、番茄(Solanum
lycopersicum)(登 录 号 依 次 为 ABX82838.1、BAF
98281.1、ACE80213.1、AAA68966.1、AAL54878.1、
AAB69726.1、AAB62581.1)的HMGR氨基酸序列比
对分析,尾巨桉EuHMGR与其它物种一样,具有两
个HMG-CoA结合基序(图2):EMPVGYVQLP和
TTEGCLVA;其中,TTEGCLVA 中的谷氨酸(Glu)在
HMGR催化中起着重要作用。同时包括两个NADP
(H)结合基序:RCDGHEH和GTVGGGT,只显示其
重要功能的结合基序(Liao等,2004)。
以(Homo sapiens)的 HMGR(2q6bA)为模型,
同源建模得到尾巨桉EuHMGR的三维构象呈一个
“V”型(Istvan等,2000)。用 Accelrys Discovery
Studio Visualizer2.5处理后的结果(图3)。尾巨桉
EuHMGR的空间结构与其它植物一样具有3个结
构域:(1)氨基末端的小的螺旋状的 N-结构域;(2)
位于中间部分大的L-结构域,其隐藏着两个 HMG-
CoA结合域(EMPVGYVQLP和 TTEGCLVA);
以及一个有着像由α-螺旋组成中心结构的棱柱形
的NADP(H)结合域(GTVGGGT);(3)螺旋状的
小的 S-结构 域,包 含 NADP(H)结 合 域 (RC-
DGHEH)。
图3 尾巨桉EuHMGR三维结构模型
Fig.3 Three dimensional structure of EuHMGR
图4 尾巨桉gDNA-EuHMGR扩增
Fig.4 PCR products of EuHMGRORF
sequence from genomic DNA
2.3 HMGR基因内含子分析
通过PCR扩增,分别于64、62℃和57℃从基
因组DNA中扩增得到大小为634、1 020bp和271
bp的3个片段(图4),将这三个片段的序列拼接得
到大小为1 879bp的gDNA-EuHMGR。gDNA-
5111期          蒋春等:尾巨桉HMGR基因的克隆及表达分析
EuHMGR 与 cDNA-EuHMGR 比对表明,EuH-
MGR在编码区内存在一个内含子,长度为319bp
(图5),只显示内含子部分比对序列。
2.4 HMGR基因组织特异性表达分析
通过实时定量PCR得到EuHMGR 在不同组
织中的相对定量表达结果(图6),EuHMGR在茎中
图5 尾巨桉cDNA-EuHMGR与gDNA-EuHMGR比对
Fig.5 Alignment of EuHMGRORF sequences from cDNA and genomic DNA
图6 尾巨桉不同组织中EuHMGR的定量表达分析
Fig.6 Relative quantitative expression analysis
of EuHMGRin different tissues
的表达量最高,叶次之,而根中几乎无表达;这结果
与Jiang等(2006)的研究结果相一致。叶是桉树精
油合成的主要组织,其次是茎。叶油腺细胞中萜类
相关代谢旺盛,HMGR作为 MVA途径中生成萜类
前体物质的第一个关键酶,在茎和叶中较高表达。
3 结论与讨论
目前,在橡胶树(Chye等,1991)、杜仲(Jiang
等,2006)、大戟(Cao等,2010)等植物中已成功克隆
HMGR基因,并进行了相关结构及功能分析。对已
报道植物的 HMGR进行功能结构分析得知,通常
植物 HMGR 存 在 两 个 HMG-CoA 结 合 基 序
(EMPVGYVQLP 和 TTEGCLVA)以 及 两 个
NADP (H ) 结 合 基 序 (DAMGMNM 和
GTVGGGT)。本研究所克隆得到尾巨桉 EuH-
MGR功能结构基序与其它植物不同,即第一个
NADP(H)结 合 基 序 不 是 多 数 植 物 典 型 的
DAMGMNM结构,而是 RCDGHEH,推测其为一
个新的NADP(H)结合基序,因为该结合基序中间
部位与其它植物典型的结构一样存在一个甘氨酸
(G)位点,在甘氨酸后组成为组氨酸-谷氨酸-组氨酸
(HEH)与其它植物典型的的蛋氨酸-天冬酰胺-蛋
氨酸(MNM)极为相似。为了验证这一假设,可进
一步表达、分离和提纯尾巨桉EuHMGR蛋白,进行
催化作用位点方面的研究。
前体mRNA需要将内含子剪接掉,再经加工修
饰才能形成有效的 mRNA。目前对内含子的功能
尚不明确,主要作用可能是通过外显子的复制和移
动简化新基因的进化过程,同时内含子可变剪接改
变基因结构,增加表达蛋白的多样性(王悦兵等,
2008)。本研究表明尾巨桉EuHMGR基因包含一
个大小为319bp的内含子;根据多数植物 HMGR
基因的克隆分析,HMGR基因一般存在多个基因家
族成员。尾巨桉中是否存在HMGR基因家族还不
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清楚,后续工作将通过Southern blot进行验证,确
定内含子剪接与各基因家族成员之间的是否存在一
定联系,同时也有助于 HMGR 基因家族各成员的
功能进行分析验证。
Schaler等(1995)将橡胶树的 HMGR 基因转
化到烟草中,结果 HMGR的活性增强3~8倍,同
时甾醇总含量提高近6倍。Manzano等(2004)在拟
南芥中超量表达其自身 HMGR 基因,结果也能够
提高甾醇总含量。尾巨桉EuHMGR是否为精油代
谢调控靶点,有待进一步进行遗传转化方面的研究;
本研究为最终通过基因工程提高桉树精油产量奠定
了一定基础。
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