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Apply matK gene to identify Nervilia fordii and its common adulterants

应用matK基因鉴别青天葵及其常见混伪品



全 文 :广 西 植 物 Guihaia May2014,34(3):299-303           http://journal.gxzw.gxib.cn 
DOI:10.3969/j.issn.1000G3142.2014.03.004
黄琼林,梁凌玲,何瑞,等.应用matK 基因鉴别青天葵及其常见混伪品[J].广西植物,2014,34(3):299-303
HuangQL,LiangLL,HeR,etal.ApplymatKgenetoidentifyNerviliafordianditscommonadulterants[J].Guihaia,2014,34(3):299-303
应用matK 基因鉴别青天葵及其常见混伪品
黄琼林,梁凌玲,何 瑞,詹若挺,陈蔚文∗
(广州中医药大学 中药资源科学与工程研究中心 岭南中药资源教育部重点实验室,广州510006)
摘 要:分析了青天葵及其混伪品matK 序列,以期在分子水平建立青天葵及其常见混伪品的鉴别方法.采
用一对通用引物对matK 基因进行PCR扩增并测序,所得序列用DNAMAN、MEGA等软件进行分析.获得
青天葵及其混伪品的matK 基因序列长度为587bp,平均GC含量为32.8%.青天葵的种内遗传距离为0,与
混伪品种间遗传距离范围为0.016~0.375.基于matK 基因序列构建的NJ聚类树能明显地区别青天葵及其
混伪品.因此,应用matK 基因序列可以有效鉴别青天葵及其混伪品.
关键词:青天葵;matK 基因;混伪品
中图分类号:Q948  文献标识码:A  文章编号:1000G3142(2014)03G0299G05
ApplymatKgenetoidentifyNerviliafordi
anditscommonadulterants
HUANGQiongGLin,LIANGLingGLing,HERui,
ZHANRuoGTing,CHENWeiGWen∗
(KeyLaboratoryofChineseMedicinalResourcefromLingnan(GuangzhouUniversityofTraditionalChineseMedicine),
MinistryofEducation,ResearchCenterofChineseHerbalResourceScienceandEngineering,Guangzhou
UniversityofTraditionalChineseMedicine,Guangzhou510006,China)
Abstract:InordertoestablishthenovelmethodondistinguishingNerviliafordianditscommonadulterants,matK
genesfromN.fordianditsadulterantswereamplifiedandsequencedusingapairofuniversalprimes.Theresults
revealedthatmatKgenesacquiredfromN.fordianditsadulterantscontained587basepairs,andaverageGCconG
tentwas32.8%.TheintraspecificdistancesamongN.fordi were0,whereastheinterspecificdistancebetweenN.
fordiianditsadulterantsrangedfrom0.016to0.375.TheclusteringtreeaccordingtoNeighborJoiningmethodand
Kimura2GParametermodeldiscriminatedN.fordiianditsadulterantsobviously.matKgeneissuggestedtobean
effectivebiomarkertoidentifyN.fordianditscommonadulterants.
Keywords:Nerviliafordi;matKgene;adulterant
  青天葵为岭南地区道地药材,主产地为广西、广
东,来源于兰科植物毛唇芋兰(Nerviliafordii)的
全草或叶片,具有镇咳平喘、抗肿瘤、增强免疫、抗菌
等作用.临床上主要用于治疗肺部疾病,尤其是在
治疗百日咳等小儿呼吸道疾病等方面具有良好效
果.青天葵野生资源由于过度开采,加上其自身繁
殖条件苛刻,现已面临枯竭(陈蔚文,2010).由于资
源短缺,市场上屡见青天葵的伪品或掺假品,常见的
有同属植物毛叶芋兰(N.plicata)、车前科车前草
(Plantagoasiatica)、伞形科积雪草(CentellaasiaG
收稿日期:2013G08G28  修回日期:2013G11G08
基金项目:教育部博士点基金(200805720004);教育部留学回国人员科研项目(教外司留[2009]1001).
作者简介:黄琼林(1986G),男,广东湛江人,博士,主要从事创新中药研究与开发工作,(EGmail)perfecthql@163.com.
∗通讯作者:陈蔚文,博士,教授,主要从事创新中药研究与开发工作,(EGmail)chenww@gzucm.edu.cn.
tiaca)、旋花科红薯叶(Ipomoeabatatas)等(梅全
喜,2008).青天葵也因叶片大小被分为三个类型,
即大叶型、中叶型和小叶型(杜勤等,2009).混伪品
的化学成分和功效多与青天葵存在差异,它们的存
在严重影响了青天葵的临床安全和用药质量.因
此,青天葵的真伪鉴别是其合理用药和资源保护的
首要前提.
传统青天葵及其混伪品鉴别方法,如性状鉴别、
显微鉴别等(广东省药材公司,1998;乐凡,2006),容
易受到植物生长发育阶段、生长环境及加工条件等
诸因素影响,主观性强,重复性和稳定性差,而且需
要具有专业知识的人员进行.杜勤等(2009)利用
RAPD分子标记揭示了青天葵及其常见混伪品在
DNA基因组上的差异,然而RAPD是基于PCR和
随机引物扩增的方法,虽然避免了传统鉴定方法的
主观误差,但其操作复杂,重复性和稳定性也较差.
近年来,DNA条形码在中药品种鉴别方面应用
广泛,matK 基因已被认为是植物DNA条形码有效
的候选片段之一,广泛应用于中药的真伪鉴别、系统
发育探讨和亲缘关系分析(滕艳芬等,2002;王亚玲
等,2006;马剑等,2010).目前,应用matK 基因快
速鉴别青天葵及其混伪品未见有报道.为此,本文
针对3种不同叶型青天葵以及4种常见混伪品
matK 基因序列进行分析和鉴定,为青天葵的真伪
鉴别和临床用药提供分子依据.
1 材料与方法
1.1植物材料
实验材料及Genbank下载序列见表1.采集供
试植物的叶片,置硅胶中保存,经广州中医药大学中
药资源科学与工程研究中心詹若挺研究员鉴定.
1.2试剂
植物基因组DNA提取试剂盒购自北京天根生
物科技公司;PCR 试剂、ExTaq DNA 聚合酶、
DNAMarkers购自大连宝生物工程公司;引物合成
和测序由北京六合华大基因科技股份有限公司广州
分公司完成.
1.3DNA提取
取硅胶保存的干燥叶片约0.05g,用蒸馏水清
洗表面并擦拭干净,采用植物基因组总DNA提取
试剂盒提取供试植物DNA.将DNA溶液稀释至
浓度为25ng/μL,分装并置G20℃保存.
表1 样品信息及Genbank登记号
Table1 ThecolectedinformationandGenbank
accessionnumbersofthesamples
物种 类型 来源 Genbank登记号
青天葵
Nerviliafordi
大叶
BigGleaf
本实验室培育
Cultivatedinourlab
JX629275G
JX629277
青天葵
N.fordi
中叶
MiddleGleaf
本实验室培育
Cultivatedinourlab
JX629278G
JX629279
青天葵
N.fordi
小叶
SmalGleaf
本实验室培育
Cultivatedinourlab
JX629280G
JX629281
毛叶芋兰
N.plicata
Genbank JN004511G
JN004512
车前草
Plantagoasiatica
广州中医药大学药王山
Medicinalmountain,Guangzhou
UniversityofChineseMedicine
JX629282
车前草
P.asiatica
广东省平远县
Pingyuan,Guangdong
JX629283
积雪草
Centelaasiatiaca
广州中医大学药王山
Medicinalmountain,Guangzhou
UniversityofChineseMedicine
JX629284
积雪草
C.asiatiaca
广东省平远县
Pingyuan,Guangdong
JX629285
红薯叶
Ipomoeabatatas
广州中医大学药王山
Medicinalmountain,Guangzhou
UniversityofChineseMedicine
JX629286
红薯叶
I.batatas
广州大学城
HigherEducationMegaCenter,
Guangzhou
JX629287
1.4PCR扩增和测序
PCR扩增的正向引物为 M3F (5′GCGTACAGG
TACTTTTGTGTTTACGAGG3′),反向引物为 M1R
(5′GACCCATGCCATCTGGAAATCTTGGTTCG3′)(HG
olingsworthetal.,2009).
PCR反应体系:总体积为100μL,其中10×Ex
Taqbufer10μL、dNTP(10mmol/L)6.0μL、正反向
引物(10μmol/L)各2.0μL、模板DNA3.0μL、Ex
TaqDNA聚合酶(2.5U/μL)1.0μL,用灭菌蒸馏水补
足体积.PCR反应程序:94℃2min;94℃0.5min,
52℃0.5min,72℃1.0min,33个循环;72℃5min.
PCR产物经1%琼脂糖凝胶电泳检测后,送样纯化及
双向测序.
1.5序列分析
采用DNAMAN和 Omiga2.0进行序列拼接
校对,去除序列两端的低质量区,并利用CLUSTG
ALX1.83进行多重比对.将获得的条形码片段序
列进行Blastn(NucleoteideBlast)比对确认后,采用
Bankit软件提交至Genbank.采用CLUSTALX软
件比对序列,基于Kimura2GParameter双参数模型
和NeighborGJoining邻接法,运用 MEGA4.0分析
遗传距离并构建系统发育树(1000次重复bootG
strap检验各分支的支持率).
003 广 西 植 物                  34卷
2 结果与分析
2.1PCR扩增
青天葵及其混伪品matK 基因的PCR扩增产
物经琼脂糖凝胶电泳检测,得到的条带约800bp
(图1).13个供试样品的PCR产物纯化后,均获得
质量可靠的序列.采用Bankit向Gnebank提交序
列,获得的序列登记号见表1.
2.2序列分析
获得青天葵及其混伪品matK 序列的长度为
587bp,平均GC含量为32.8%.不同叶型青天葵
样品matK 基因序列完全一致.青天葵与同属的毛
叶芋兰有9处差异位点,与其他混伪品之间的变异
较大,序列比对结果如图2所示.
图1 青天葵及其常见混伪品matK 基因电泳图 
M.DL2000标记;1.青天葵;2.车前草;3.积雪草;4.番薯叶.
Fig.1 ElectrophoretogramofmatKgenefrom
Nerviliafordianditscommonadulterants M.DL
2000markers;1.Nerviliafordi;2.Plantagoasiatica;
3.Centellaasiatiaca;4.Ipomoeabatatas.
表2 青天葵及其混伪品的K2P遗传距离
Table2 TheK2PgeneticdistancesofNerviliafordiianditscommonadulterants
1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15
1 NerviliafordiJX629275
2 N.fordiJX629276 0.000
3 N.fordiJX629277 0.000 0.000
4 N.fordiJX629278 0.000 0.000 0.000
5 N.fordiJX629279 0.000 0.000 0.000 0.000
6 N.fordiJX629280 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
7 N.fordiJX135581 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000 0.000
8 N.plicataJN004511 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016
9 N.plicataJN004512 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016 0.016 0.000
10 PlantagoasiaticaJX135582 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.369 0.369
11 P.asiaticaJX135583 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.375 0.369 0.369 0.000
12 CentellaasiatiacaJX135584 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.304 0.304 0.243 0.243
13 C.asiatiacaJX135585 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.309 0.304 0.304 0.243 0.243 0.000
14 IpomoeabatatasJX135586 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.327 0.327 0.283 0.283 0.249 0.249
15 I.batatasJX135587 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.333 0.327 0.327 0.283 0.283 0.249 0.249 0.000
2.3遗传距离计算
根据KimuraG2Parameter遗传距离模型计算
得到的序列间的遗传距离见表2.青天葵的种内遗
传距离为0;在种间,与毛叶芋兰的遗传距离最小
(0.016),与车前草的遗传距离最大(0.375).
2.4聚类分析
从NJ树上可以看出,所有样品聚成两大支,青
天葵的7个样品先单独聚成一支,再与同属的毛叶
芋兰形成一大支,其它混伪品聚成另外一支.聚类
树直观地将青天葵及其常见混伪品鉴别开来,而且
展开支持率在98%以上,结果可靠.
3 讨论与结论
DNA条形码是指利用一段短的DNA标准序
列实现快速、准确的物种鉴别 (Hebertetal.,
2005),其常用片段主要位于叶绿体 DNA(chloroG
plastDNA,cpDNA)和核糖体 DNA 转录间隔区
(nuclearribosomalDNAinternaltranscribedspace,
nrITS).matK 是叶绿体基因蛋白编码区中进化最
快的基因之一,编码成熟酶(maturase)K,其进化速
率为rbcL 的2~3倍,具有丰富的碱基替换、非同义
1033期          黄琼林等:应用matK 基因鉴别青天葵及其常见混伪品
图2 青天葵及其常见混伪品matK 基因序列比对
Fig.2 ComparisonofmatKgenesequencebetweenNerviliafordiianditscommonadulterants
突变和插删,可用于科内、属内物种鉴别(Gadeket
al.,2000;Hiluetal.,2003;徐凤霞等,2003).在本
研究中,以青天葵及其混伪品的不同个体或不同居
群植株为样品,用一对通用引物扩增matK 基因并
双向测序,确保序列的可靠性和代表性.通用引物
的扩增效率和测序成功率高,序列易于比对,获得的
203 广 西 植 物                  34卷
图3 基于matK 基因的青天葵及其常见混伪品NJ聚类树
Fig.3 PhylogenetictreeconstructedbasedonmatKgene
fromNerviliafordianditscommonadulterants
序列聚类效果良好.本研究表明,青天葵与同属毛
叶芋兰亲缘关系最近,红薯叶次之,积雪草和车前草
则最远,与杜勤等(2009)的研究结论一致.matK
在青天葵及其混伪品间遗传距离远远大于青天葵的
种内遗传距离,提示matK 基因具有足够的变异来
区别青天葵及其混伪品.
青天葵在民间用药时,根据叶片大小被分为3
种类型.3种叶型的产区也有所不同,广东北部和
东部以及广西桂林地区产者多为小叶或中叶,广西
南宁、百色及海南产者多为大叶(王振华等,2007).
杜勤等(2005)认为大叶青天葵是高产品种,而小叶
青天葵是繁殖新块茎能力最强的品种.在本研究
中,没有在matK 基因序列找到3种叶型青天葵的
鉴别依据,说明它们的matK 基因依然保持高度的
同源性,可能是叶片形态差异仅是因生长环境因素
的影响,并非基因组DNA变异而造成的;此外也可
能在于3个叶型分化时间并不长久.作者的研究也
未能在叶绿体rbcL 基因序列找到区别3种叶型青
天葵的碱基差异位点(黄琼林等,2012).青天葵的
分型问题仍需进一步探讨.
本研究建立起青天葵及其混伪品基于matK 基
因序列的鉴别体系,为青天葵的真伪鉴别和用药安
全提供了科学依据.
参考文献:
ChenWW(陈蔚文).2010.MedicinalplantinLingnan(岭南本草
(二)[M].Guangzhou(广州):GuangzhouTechnologyPress(广
东科技出版社),2:318-334
DuQ(杜勤),XuHH(徐鸿华),WangZH (王振华).2005.PreG
liminaryinvestigationforgrowthconditionofNerviliafordiiby
artificialcultivation(人工种植青天葵生长情况的初步调查)
[J].JTradChinMed(中药材),28(10):869-870
DuQ(杜勤),WeiZQ(魏智强),TianJ(田军).2009.GeneticdiversiG
tyidentificationofNerviliafordibyRAPD(基于RAPD的青天
葵遗传多样性及鉴别研究)[J].TradChinDrugRes&Clinic
Pharm(中药新药与临床药理),26(6):554-557
GadekPA,AlpersDL,HeslewoodMM,etal.2000.Relationships
withinCupressaceasensulato:acombinedmorphologicaland
molecularapproach[J].AmerJBot,87:1044-1057
GuangdongMedicinalCorporation(广东省药材公司).1998.IdenG
tificationofcommontraditionalChinesemedicine(常用中药材
真伪鉴别)[M].Guangzhou(广州):GuangzhouTechnology
Press(广东科技出版社):128-129
HebertPDN,GregoryTR.2005.ThepromiseofDNAbarcoding
fortaxonomy[J].SystBiol,54:852-859
HiluKW,BorschT,MülerK,etal.2003.AngiospermphyG
logenybasedonmatKsequenceinformation[J].AmerJ
Bot,90:1758-1776
HolingsworthPM,ForesstLL,SpougeJL,etal.2009.A
DNAbarcodeforlandplants[J].ProcNatAcadSciUSA,
106:12794-12797
HuangQL(黄琼林),LiangLL(梁凌玲),HeR(何瑞),etal.
2012.MolecularidentificationofNerviliafordii(Hance)
Schltr.anditsadulterantsbyrbcLgene(青天葵及其混伪品
的rbcL 基因序列鉴定研究)[J].ChinJTroplCrops(热带
作物学报),33(9):1630-1634
LeF(乐凡).2006.IdentificationofNerviliafordii(青天葵的
真伪鉴别)[J].JTraditChinMedHeilongjiang(黑龙江
中医药),(6):46-47
MaJ(马剑),LiDQ(李迪强),ZhangYG(张于光),etal.2010.
Analysisthe genetic relationship of severalimportant
PolyphyllagenusbasedonmatK genesequence(基 于
matK 序列的几种重要重楼属植物遗传关系分析)[J].Chin
PharmJ(中国中药杂志),35(1):18-21
MeiQX(梅全喜).2008.Researchprogressonresource,cultiG
vationandidentificationofNerviliafordii(青天葵的资源、
栽培与鉴别研究进展)[J].ChinPharm(中国药房),19
(18):1426-1428
TengYF(滕艳芬),WuXJ(吴晓俊),XuJ(徐江),etal.2002.
ApplymatKgenesequencetocompareHerbadendrobiiand
itscommonadulterants(石斛及其常见混淆品的matK 基因
序列比较)[J].JChinPharmUniv(中国药科大学学报),
33(4):280-283
WangYL(王亚玲),LiY(李勇),ZhangSZ(张寿洲),etal.
2006.ApplymatKgenesequencetoanalyzeanddiscussthe
phylogenyofMagnolia(用matK 序列分析探讨木兰属植物
的系统发育关系)[J].ActaPhytotSin(植物分类学报),44
(2):135-147
WangZH(王振华),DuQ(杜勤),XuHH(徐鸿华).2007.
ComparativestudyonqualitystandardofNerviliafordii
(Hance)Schltr.ofdifferentspecies(不同品种青天葵药材质
量标准的比较研究)[J].JGuangzhouUnivTradChin
Med(广州中医药大学学报),24(1):59-61
XuFX(徐凤霞).2003.AnalysistherelationshipbetweensysG
tematicsandMagnolieaeDCandMichelieaebasedonthe
chloroplastmatKgenesequence(木兰族和含笑族和系统学
关系G基于叶绿体matK 基因序列分析)[J].ActaBotBorG
OccidSin(西北植物学报),23(7):1169-1173
3033期          黄琼林等:应用matK 基因鉴别青天葵及其常见混伪品