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莲瓣兰大雪素FT基因克隆和系统发育分析



全 文 :收稿日期:2016-04-11
基金项目:国家自然科学基金 (编号:NSFC 31060166and NSFC
31460053)和云南省中青年学术技术带头人后备人才基金
(编号:2012HB 018)资助。
作者简介:何 卫(1981—),男,博士研究生,主要从事植物学遗传学研
究。
通讯作者:赵银河(1967—),女,副教授,遗传学博士,主要从事发育生
物学研究。
莲瓣兰大雪素FT 基因克隆和系统发育分析
何 卫1,2, 赵 靓1, 赵银河1, 王云月1
(1.云南农业大学农学与生物技术学院和工程中心, 昆明650201;
2.昆明市官渡区第五中学, 云南 昆明650011)
摘 要:控制植物开花的途径有光周期现象、GA、春化途径、自主途径,在光周期途径中,CO 基因促进开花通过直接上
调FT 和SOC1基因表达,FT (FLOWERING LOCUS T )是光周期途径植物开花时间决定关键基因,并认为FT 基因
表达产物可能就是长期追寻的开花刺激物质,这种开花刺激物质经过叶片到茎尖的长距离运输,最终引起茎顶端花器官
分化的起始。本研究以莲瓣兰大雪素作为实验材料,用RACE方法快速地克隆全长cDNA,生物信息学分析全长cDNA
为662bp,含有编码框和3′UTR,具有完整的开放阅读框 (ORF)522bp,编码173氨基酸的蛋白质。通过系统发育分析
获得一个FT 同源基因。本研究为进一步对这个基因的功能研究奠定了基础。
关键词: 植物花器官;莲瓣兰大雪素;FT 基因克隆;系统发育
DOI编码: 10.16590/j.cnki.1001-4705.2016.08.009
中图分类号: S 682.31   文献标志码: A   文章编号: 1001-4705(2016)08-0009-05
Isolation and Phylogenetic Analysis of a FT Gene fromCymbidium tortisepalum
HE Wei 1,2,ZHAO Jing1,ZHAO Yinhe1,WANG Yunyue1
(1.Colege of Agronomy and Biotechnology and Engineering Center,
Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China;
2.Guandu No.5High School of Kunming,Kunming Yunnan 650011,China)
Abstract:There are photoperiod,GA,vernalization,and independent pathways to control plant
flowering.COgene promotes flowering through regulating FT(FLOWERING LOCUS T)and SOC1
(SUPRESSOR OF OVEREXPRESSION OF CONSTANS1)genes expression directly in the photo-
period pathway.FTis considered that it is a key gene to regulate flowering time in pathway,and its
expression productions are flowering stimulating substances for a long time.The kind of flowering
stimulating substances transport from leaves to the top of stems,and ultimately causes flowering.
Using rapid amplification of cDNA ends(RACE),FTgene was cloned quickly.Bioinformatics analysis
showed that the ful length was 662bp,with the open reading frame(ORF)of this gene was 522bp,
encoding 173amino acids.We obtained the FTgene fromCymbidium tortisepalum with phylogenetic
analysis.It is the basic for further study of this gene function.
Key words: floral organ;Cymbidium tortisepalum;FTgene clone;phylogenetic analysis
  植物完整的生命周期分为营养生长和生殖生长2
个阶段,其中由营养生长向生殖生长转换的过程称为
开花诱导。高等植物的开花过程受内因和外因2方面
决定,是开花基因在时空表达的结果[1]。开花相关基
因的表达则是实现由营养生长向生殖生长转变的基
础,环境因子以及细胞自身的生长状况对这些基因的
表达起着调控作用。在众多的外界环境(如温度,光照
等)中,植物开花尤其对光周期信号非常敏感,并对其
作出适应性反应。目前已了解到光周期信号被植物成
熟叶片接收和感知并产生开花刺激物质,这种开花刺
激物质经过叶片到茎尖的长距离运输,最终引起茎顶
端开花起始。FT (FLOWERING LOCUS T)是光周
期途径植物开花时间决定关键基因,并认为FT 基因
的表达产物FT 蛋白可能就是人们长期追寻的开花刺
激物质,即开花素(florigen)[2-3]。
FT 基因是植物开花的诱导因子。植物的开花时
·9·
研究报告  何 卫 等:莲瓣兰大雪素FT 基因克隆和系统发育分析
间受到光周期途径、春化途径、赤霉素途径和自发途径
的调控,并通过FT 将以上4种途径所感知的信号整
合。FT 促进植物从营养生长到生殖生长的转变,是
促进开花的信号整合因子。在光周期调控途径中,光
受体接收外界光信号后,经过生物钟基因将光信号传
递到CO(CONSTANS),在长日照条件下CO 诱导下
游基因FT 表达,FT 蛋白在茎端分生组织中与FD
(FLOWERING LOCUS D)蛋白结合促进AP1(AP-
ETALA1)的表达。AP1是花发育的早期标记基因,
它的表达意味着花发育的开始。
FT 基因编码的蛋白可能是开花素的组分之一。
Knott早在1934年就注意到叶片感知光周期的信号,
而花的形成则在植株顶端,由此推测经光周期诱导后
的叶片中必定有信号物质长距离运输至茎端,导致顶
端分生组织形成花器官。1937年,Chailakhyan明确
提出开花素的概念,认为开花素是在适宜光周期下形
成的特异性促进开花的激素类物质。在此后的70年
里,开花素的研究一直未取得突破。近年来,在拟南芥
等植物光周期途径的分子生物学研究中发现,FT 基
因与开花素有关。现有的实验结果表明,CO 诱导FT
在叶片的韧皮部表达,FT 蛋白经韧皮部的伴胞运输
到植株顶端,与FD 相互作用促进花分生组织特征基
因AP1的表达,引起植株开花,FT 蛋白是可以运输
的花诱导信号,由此推测FT 蛋白是开花素的组分之
一[4]。
FT 基因是在模式植物拟南芥中克隆得到,FT 蛋
白是开花素的主要成分,控制着拟南芥等植物的开花
时间。目前,已经在水稻、小麦、葫芦、番茄、柑橘等其
他植物中克隆出了FT 的同源基因,并对部分植物进
行了遗传转化,转基因植物中FT 类基因的过量表达
均不同程度地引起了转基因植株的早期开花[5]。已有
的研究表明,在不同植物中,FT 基因的表达和功能具
有一定的差异,但是均具有促进植物开花的作用,这表
明不同植物中FT 基因的功能有很大的保守性。
莲瓣兰(Cymbidium tortisepalum)是中国春兰的
一个新品系,亦称小雪兰。大雪素是莲瓣兰中较为常
见的一种,滇兰四大名品之首,于春节前后开花,已有
数百年的栽培历史,原产于滇西的部分地区[6]。本研
究以莲瓣兰大雪素做实验材料,用RACE方法快速地
克隆全长cDNA ,从花的器官材料中分离开花相关
FT 基因并进行克隆。通过对莲瓣兰大雪素FT 基因
的初步研究,了解FT 基因在开花调控中的作用。
在兰花中FT 基因的研究还缺乏,本研究是通过
RACE方法,克隆出全长cDNA,进一步通过系统发育
分析从莲瓣兰大雪素中获得与兰花开花相关的FT 基
因。因此,从莲瓣兰大雪素分离与开花时间有关的
FT 基因,研究其在促进莲瓣兰大雪素开花过程中的
作用是非常必要的,这对阐明莲瓣兰大雪素开花机制
有一定的理论和实践意义。
1 材料与方法
1.1 材 料
材料为莲瓣兰大雪素(Cymbidium tortisepalum),
主产于滇西[7]。它盛开在元旦春节期间,花枝高挺出
架,花朵洁白,具有暗香。
1.2 必要培养液的配置
200mL LB培养液的配制:2g胰蛋白胨、1g酵母
提取物、1g NaCl(pH=7),若配制固体培养基则加3g
琼脂。
1.3 实验设备
计算机、PCR仪、电泳槽、离心机、振荡床、超净工
作台、恒温培养箱、冰箱、灭菌锅、烘箱、移液设备、容
器、刮子等。
1.4 RNA的提取
选用TransZol Plant(TransGen Biotech,Beijing,
code#ET 121-01)提取大雪素花器官的RNA,严格按
照试剂盒进行。
1.5 特异性引物设计
3′-RACE CDC Primer
5-AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC(T)30VN-3
FT-F 5-TTCACTTAAATTCTCTCCAGCC-3
FT-R 5-CTATCTGAATAATTAAAAGACCTTG-3
1.6 cDNA的合成
按SMART RACE cDNA Amplication Kit操作
流程进行。3’SMART-RACE PCR加入以下试剂于
灭菌的 PCR 反应管中:Total RNA,2μg;10×
Advantage PCR Buffer,5 μL;dNTP mix (10
mmol/L),4μL;Primers(10μmol/L),各0.75μL;
Advantage 2Polymerase Mix,2μL;ddH2O 17.75
μL。混合以上试剂,短暂离心,将反应管放在预热的
PCR仪上,按下列程序进行循环:
35的循环;94℃×3min 30s,94℃×20s,
55℃×30s,72℃×1min,72℃×7min,4℃×∞。
循环结束后,取5μL样品在1%琼脂糖凝胶上电
泳,检测合成情况。
1.7 电泳检测,割胶回收目的片段
取5μL的PCR产物进行克隆,克隆方法参照文
献[8],随机筛选白色菌落,送北京华大基因公司进行
测序。
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第35卷 第8期 2016年8月               种 子 (Seed)            Vol.35 No.8 Aug. 2016
图1 FT 基因的核苷酸序列和编码的氨基酸序列
1.8 序列比对和系统发育树的构建
用Blast在 NCBI中搜索,利用 CLUSTAL-x和
MEGA-5软件进行分析[9-10]。
2 结果与分析
2.1  RACE 克 隆 莲 瓣 兰 大 雪 素 (Cymbidium
tortisepalum)FT 基因的全长
  用转录组测序方法获得了FT 基因的序列,在
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/database中进
行功能预测是FT 的5′端序列。为了进一步研究这
些基因的功能及表达特性,克隆了全长序列cDNA。
对莲瓣兰大雪素不同发育时期的花原基、花蕾以及合
蕊柱混合样品进行Total RNA的提取,琼脂糖凝胶电
泳方法监测RNA的质量;以Total RNA为模板,按照
RACE试剂盒的说明进行反转录后得到3′端和5′端
cDNA模板,对3′端的cDNA模板进行特异引物和
Outprimer进行PCR扩增,获得3′端片段,然后5′端
与3′端的序列进行拼接,在5′和3′端设计特异引物,
再一次进行全长cDNA的克隆,对菌液PCR进行进
一步的测序,获得了这个基因的全长cDNA。这个基
因cDNA 全长为 662bp,包含1个长为34bp的
5′UTR和103bp的3′UTR非翻译区,具有完整的开
放阅读框 (ORF)522bp,编码173氨基酸的蛋白质,
如图1。从莲瓣兰大雪素中分离出来的FT 基因。
2.2 蛋白质结构域和系统发育分析
  用ClastalX[9]对从莲瓣兰大雪素中克隆的FT 基
因与GenBank下载的有关FT 的蛋白质序列进行对
齐,从莲瓣兰大雪素中分离出来与促进植物开花的基
因FTcDNA全长为662bp,包含有编码框和3′UTR,
具有完整的开放阅读框 (ORF)522bp,编码173氨
基酸的蛋白质从蛋白质的结构分析发现与其他的FT
基因一样,在其第2个外显子的85位上的氨基酸为保
守的酪氨酸,是对于FT 的激活时必要的;另外还有一
个非常重要的蛋白质结构域是具有14个氨基酸的
P-loop domain,这2个重要的结构域是PEBP蛋白家
族很普遍(如图2)。
  从全长FTcDNA序列和蛋白质,与其它已经基
因进行基因序列和蛋白质进行系统树的构建,对开花
起重要作用的基因家族之间的进化关系进行分析。分
别用 Maximum likelihood(ML)tree构建的系统树
分析的结果。用ClastalX[8]对在莲瓣兰大雪素克隆的
FT 基因与GenBank下载的有关的FT 的蛋白质序
列进行对齐,以及用 MEGA version 5.0[10]对齐输出。
A Maximum Likelihood(ML)tree方法构建树。在
P-distance model下估计遗传距离。ML树的构建来
自500bootstrap replicates。用 ML法对来自于莲瓣
兰大雪素的FT基因进行系统树的构建,从图3可看
·11·
研究报告  何 卫 等:莲瓣兰大雪素FT 基因克隆和系统发育分析
图2 FT 蛋白质结构域的比较
图3 FT 基因的进化分析
出,莲瓣兰大雪素的FT 基因与从大
豆和小果野蕉中分类出来的FT 基因
聚为一枝,支持率为67%,但并不与
来自于兰科的FT 蛋白聚为一枝,从
莲瓣兰大雪素中分离出来的FT 基因
并没有与其他兰花中分离出来的基因
具有支持率(图3)。
3 讨 论
  本实验以莲瓣兰大雪素作为材
料,分离出FT 基因,通过 RACE方
法快速克隆出全长cDNA,获得全长
约为662bp的cDNA,通过测序分
析,确定该基因为522bp的全长cD-
NA序列,共编码173个氨基酸。将
获得的序列及其推导的氨基酸序列在
NCBI上进行Blastx分析,发现该基
因为编码磷脂酰乙醇胺结合蛋白
(PEBP)的基因家族成员中的FT,并
具有极高的保守性。
  PEBP在进化上相当保守的蛋白家族,但许多基
因的功能还不清楚。一般认为PEBP家族基因是植物
开花的主要调节者[10]。PEBP家族基因由FT-LIKE、
MFT-LIKE、TFL-LIKE 3个亚家族组成,FT 基因属
于其中的FT-LIKE亚家族。
  从营养生长到生殖生长的成花转变是植物适应外
界环境,确保物种和个体繁衍的关键环节。成花转变
的时间受内部和外部环境信号的调控。在各种环境信
号中,光周期信号可促使植物在最适季节开花。在光
周期途径中,对光和昼夜的反应最终导致CO 基因的
激活,CO 基因进一步激活叶片中的FT 基因,FT 蛋
白通过韧皮部进行长距离运输,从叶片中达到植物的
顶端分生组织,再在顶端分生组织与FT 结合,进一步
激活下游的基因,从而控制开花。
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第35卷 第8期 2016年8月               种 子 (Seed)            Vol.35 No.8 Aug. 2016
  控制开花的途径除光周期外,还有春化、GA、自主
调节途径。这些开花调控途径间彼此相互作用,构成
错综复杂的调控网络,但它们最终汇集于被称为“开花
整合因子”的开花调控基因FT、SOC1(SUPPRES-
SOR OF OVEREX-PRESSION OF CO1)和 LFY
(LEAFY)。其中,FT 的表达除受光周期途径的调控
外,还部分地受春化和自主途径的调控,表明FT 是一
植物开花调控途径的重要整合因子。
FT 是光周期途径促进开花的关键基因,已有很
多植物中分离和克隆了FT 基因并进行了研究,如长
日照植物拟南芥、金鱼草等,短日照植物水稻、大豆等,
日中性植物番茄等,并通过转基因证明FT 基因的表
达可促进植物提早开花,并发现FT 家族基因的结构
和功能在不同物种间存在着高度的保守性[11-12]。FT
基因的研究已取得了很大的进展,但仍然存在很多问
题有待深入研究。例如,开花素基因FT 蛋白是如何
完好无损地从叶片传输到顶端分生组织的;同一植物
体内同时存在多个拷贝FT 同源基因时,它们之间如
何协同合作等问题。所有问题若能得到解决,将不仅
有助于深入了解FT 基因控制植物开花时间的分子机
制,而且对通过转基因技术进行观赏植物花期调控具
有重要的理论指导意义。
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(上接第8页)
3 结论与讨论
不同浓度PEG对辣椒种子萌发的胁迫程度不同,
且浓度越高对种子萌发的胁迫程度越大,在-0.4MPa
水势下,所有材料都不能发芽。在-0.2MPa和-0.3
MPa水势下,种子萌发、相对活力指数以及胚根生长
都受到不同程度的抑制。
在干旱胁迫下,种子发芽时间延迟,种子萌发速
度、相对活力指数以及胚根生长均受到不同程度的抑
制。与-0.2MPa处理的种子相比,-0.3MPa处理下
衡量种子萌发的几种指数都降低,说明渗透溶液浓度
越大,对种子发芽的胁迫程度越高。渗透溶液的浓度
越高对胚根长的伤害程度越高,并且不同品种对胁迫
的响应程度也有所不同。康志钰等[6]通过研究PEG
对玉米杂交种发芽特性的影响,也得到了相似的结论。
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研究报告  何 卫 等:莲瓣兰大雪素FT 基因克隆和系统发育分析