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莲瓣兰大雪素AP1 MADS-box基因的克隆和系统发育分析



全 文 :收稿日期:2016-01-19
基金项目:国家自然科学基金(编号:NSFC 31060166and NSFC 31460053);云南省中青年学术技术带头人后备人才(编号:2012HB 018)资助。
作者简介:刘 涛(1978—),男,博士,副教授,主要从事药用植物学研究。
通讯作者:赵银河(1967—),女,副教授,遗传学博士,主要从事发育生物学;E-mail:yhzhao808@163.com。
莲瓣兰大雪素AP1 MADS-box基因的克隆和系统发育分析
刘 涛, 普卫琼, 赵银河, 于仲艳
(云南农业大学作物种质创新与可持续利用重点实验室和工程中心, 昆明650201)
摘 要:随着植物中越来越多的MADS-box基因被克隆出来,人们对经典的 ABC模型进行了改进和完善,提出花发育
的ABCDE模型,通过 RT-PCR和 RACE技术从莲瓣兰大雪素花器官中克隆得到AP1同源基因AP1a和AP1b的
cDNA全长:AP1a基因全长为1 054bp,其开放阅读框为744bp;AP1b基因全长为944bp,其开放阅读框为516bp。从
莲瓣兰大雪素中得到2个AP1同源基因,说明在大雪素中AP1出现基因松弛,所以出现多个拷贝。通过序列比对以及
系统发育分析表明,莲瓣兰AP1a基因与春兰具有很高的相似度,达到99.1%,莲瓣兰AP1b基因与萼脊兰具有中等程
度的相似度,达75.8%,但从大雪素花器官提取的同源基因AP1a和AP1b的相似度很低,仅为65.4%。这表明AP1基
因在不同品种植物间具有保守性,而在同一个物种中又存在着功能的分化。
关键词: 莲瓣兰大雪素;AP1基因;克隆;系统发育分析
DOI编码: 10.16590/j.cnki.1001-4705.2016.07.014
中图分类号: S 682.31   文献标志码: A   文章编号: 1001-4705(2016)07-0014-04
Isolation and Phylogenetic Analysis of AP1Gene from
Cymbidium tortisepalum
LIU Tao,PU Weiqiong,ZHAO Yinhe,YU Zhongyan
(Key Laboratory of Crop Germplasm Innovation and Sustainable Utilization and and Engineering Center,
Yunnan Agricultural University,Kunming 650201,China)
Abstract:With more and more plant MADS-box genes have been cloned,the classic ABC model has been
improved,and ABCDE model of flower development had formed.Using rapid amplification of cDNA ends
(RACE)amplified the ful-lenth cDNA of AP1aand AP1b.the ful lenth cDNA of AP1awas 1 054bp,
contained one ORF(744bp),the ful lenth cDNAof AP1bwas 944bp,and it contained one ORF for 516bp.
This suggest that AP1shows gene loose and come out with may copy in Cymbidium tortisepalum.The
phylogenetic analysis of AP1aand AP1b gene of Cymbidium tortisepalumshow that AP1ain Cymbidium
tortisepalumwas similar with that in Cymbidium faben with the similarity of 99.1%,however AP1b was
similar with sedirea japonica with the similarity of 65.4%.And the similarity between AP1aand AP1b in
Cymbidium tortisepalum was only 65.4%.This suggests that AP1gene show the conservative in diferent
plant,but it also show functional diferentiation in the same species.
Key words: Cymbidium tortisepalum;AP1genes;clone;phylogenetic analysis
  全球开花植物已知有25 000多种,在陆地生态系
统中占有明显的优势。开花是高等植物从营养生长转
向生殖生长的一个重要的生理过程,开花既受外界环
境因素的影响,又受内在基因的调控。研究发现,
MADS-box基因在花发育过程中起着重要作用[1]。
随着花器官发育研究的深入,有关花器官发育相
关基因的研究已取得了很大的进展。这些双子叶植物
的花由同心圆的四轮结构组成,从外向内依次为:第1
轮萼片,第2轮花瓣,第3轮雄蕊,第4轮心皮[2]。按
照变异器官分布的空间顺序,这些突变体分为3类:第
1类突变体的萼片转化为心皮,花瓣转化为雄蕊,导致
花的组成由外至内依次为心皮-雄蕊-雄蕊-心皮;第2
类突变体将花瓣转化为萼片,雄蕊转化为心皮,花组成
为萼片-萼片-心皮-心皮;第3类突变体雄蕊转化为花
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瓣,心皮转化为类似萼片的结构,花组成为萼片-花瓣-
花瓣-萼片,并且在心皮内不断产生不确定的花器官,
这些花器官类似于萼片与花瓣组织[3-6]。
在拟南芥中,A 类基因有 2 个,APETALA1
(AP1)和AP2,其中AP1有2个旁系同源基因,分
别 为 CAULIFLOWER (CAL)和 FRUITFULL
(FUL);B类基因2个,APETALA3(AP3)和PIS-
TILLATA (PI);C 类 基 因 主 要 是 AGAMOUS
(AG),它 有 3 个 旁 系 同 源 基 因 SEEDSTICK
(STK),SHATTERPROOF1 (SHP1)和 SHP2;
E类基因有4 个,SEPALLATA1 (SEP1),SEP2,
SEP3,SEP4[3]。除AP2外,这些基因都为一类结构
上非常保守的Ⅱ型MADS-box 基因[2]。AP1基因属
于花分生组织特征基因,调控花序分生组织向花分生
组织的转变。
莲瓣兰(Cymbidium tortisepalum)是中国春兰的
一个新品系,大雪素滇兰为四大名品之首,宽叶莲瓣
素白花素心品种。俗称大素心,已有数百年的栽培历
史,原产于滇西的部分地区[7]。本研究以莲瓣兰大雪
素做实验材料,用RACE方法快速地克隆全长cDNA,
从花的器官材料中分离开花相关SEP1基因并进行克
隆。通过对莲瓣兰大雪素AP1基因的初步研究,了解
AP1基因是植物花器官调控途径的一个重要因子。
1 材料与方法
1.1 材 料
所采用材料为莲瓣兰大雪素(Cymbidium tortise-
palum),是中国兰花中的优秀品种,也是滇兰莲瓣兰
中的一颗明珠,是莲瓣兰中的优秀代表品种[7]。它盛
开在元旦春节,花枝高挺出架,花朵洁白,具有暗香。
1.2 必要培养液的配置
200mL LB培养液的配制:2g胰蛋白胨、1g酵母
提取物、1g NaCl(pH=7),若配制固体培养基则加3g
琼脂。
1.3 实验设备
计算机、PCR仪、电泳槽、离心机、振荡床、超净工
作台、恒温培养箱、冰箱、灭菌锅、烘箱、移液设备、容
器、刮子等。
1.4 RNA的提取
选用TransZol Plant(TransGen Biotech,Beijing,
code#ET 121-01)提取大雪素花器官的RNA,严格按
照试剂盒进行。
1.5 特异性引物设计
3′-RACE CDC Primer
5-AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTAC(T)30VN-3
AP 1-F 5-CAACACTTTACTGCCGCCA-3
AP 1-R 5-GCGAGCACAGAATTAATACG-3
1.6 cDNA的合成
按SMART RACE cDNA Amplication Kit操作
流程进行。3’SMART-RACE PCR加入以下试剂于
灭菌的PCR反应管中:Total RNA,2μg;10×Advan-
tage PCR Buffer,5μL;dNTP mix(10mmol/L),
4μL;Primers(10μmol/L),各0.75μL;Advantage 2
Polymerase Mix,2μl;ddH2O 17.75μL。混合以上试
剂,短暂离心,将反应管放在预热的PCR仪上,按下列
程序进行循环:
35的循环,94℃×3min 30s,94℃×20s,57℃
×30s,72℃×1min,72℃×7min,4℃×∞。
循环结束后,取5μL样品在1%琼脂糖凝胶上电
泳,检测合成情况。
1.7 电泳检测,割胶回收目的片段
取5μL的PCR产物进行克隆,克隆方法参照文
献[8],随机筛选白色菌落,送北京华大基因公司进行
测序。
2 结果与分析
2.1 RACE克隆莲瓣兰大雪素(Cymbidium tortisepalum)
AP1基因的全长
  用转录组测序方法获得了AP1基因的序列,在
NCBI http://www.ncbi.nlm.nih.gov/database中进行功
能预测是FT的5′端序列。为了进一步研究这些基因
的功能及表达特性,克隆了全长序列cDNA。对瓣兰大
雪素不同发育时期的花原基、花蕾以及合蕊柱混合样品
进行 Total RNA的提取,琼脂糖凝胶电泳方法监测
RNA的质量;以Total RNA为模板,按照RACE试剂盒
的说明进行反转录后得到3′端和5′端cDNA模板,对
3′端的cDNA模板进行特异引物和 Outprimer进行
PCR扩增,获得3′端片段,然后5′端与3′端的序列进行
拼接,在5′和3′端设计特异引物,再一次进行全长cDNA
的克隆,对菌液PCR进行进一步的测序,获得了这个基
因的全长cDNA。这个基因cDNA全长为662bp,包含
有编码框,1个长为34bp的5′UTR和103bp 3′UTR的
非翻译区,具有完整的开放阅读框(ORF)522bp,编码
173氨基酸的蛋白质,如图1。从莲瓣兰大雪素中分离
出来的FT基因。
2.2 蛋白质结构域和系统发育分析
    CtAP1 推 定 的 氨 基 酸 序 列 与 石 斛 兰
(Dendrobium grex Madame Thong-IN)、金钗石斛
(Dendrobium nobile),朵丽蝶兰(Doritaenopsis hybrid
cultivar),珍稀细茎石斛(Oncidium hybrid cultivar)
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研究报告  刘 涛 等:莲瓣兰大雪素AP1 MADS-box基因的克隆和系统发育分析
图1 编码氨基酸的序列
图2 AP1蛋白质结构域的比较
和小 兰 屿 蝴 蝶 兰 (Phalaenopsis
equestris)等兰花以及单子叶植物
AP1早 竹 (原 栽 培 型)(Phyl-
lostachys praecox)都具有较高的
相似性,与其它单子叶植物也有一
定的相似性。图2是CtAP1基因
推定的氨基酸序列与其他物种
AP1基因的氨基酸序列比对结果,
结果显示AP1氨基酸序列的5′端
保守性较高,而3′端保守性较低,
这是MADS-MADS-box基因的典
型特征,并在C端存在单子叶植物
APl/SQUA 基 因 所 特 有 的
paleoAPl(LPPWML)结构域。
  从图3中可以看出,用 ME法
对来自于莲瓣兰大雪素的AP1基
因进行系统树的构建,通过系统发
育重建发现,从莲瓣兰大雪素中分
离出来的AP1基因与来自于兰科
的 石 斛 兰 (Dendrobium grex
Madame Thong-IN)、金 钗 石 斛
(Dendrobium nobile),朵 丽 蝶 兰
(Doritaenopsis hybrid cultivar),石
斛兰(Dendrobium hybrid cultivar),
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图3 AP1 MADS-box基因的进化分析
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(上接第13页)
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珍 稀 细 茎 石 斛 (Oncidium hybrid
cultivar)以 及 小 兰 屿 蝴 蝶 兰
(Phalaenopsis equestris)的 AP1基
因具有支持率并聚为一枝,并且支
持率达到99%(图3)。同时与其他
兰科和单子叶植物AP1早竹(原栽
培型)(Phylostachys praecox)具有
很高的支持率,达到99%(图3)。
  本实验以三百草作为材料分离
出AP1基因,通过RACE方法从莲
瓣兰大雪素中快速分离出AP1全
长cDNA,获得全长约为1 000bp的
cDNA,通过测序分析,确定该基因
为AP1 MADS-box的全长cDNA序
列,共编码241个氨基酸。AP1基
因属于花分生组织特征基因,又是
花器官形态特征基因,AP1基因有
促进植物开花的作用,且此作用在
不同植物间具有保守性。
  AP1基因在花器官发育上起关键作用。在花发育
的ABCDE模型中,AP1基因属于A类基因,是萼片和
花瓣正常发育所必需的[2]。通过对拟南芥和金鱼草中
花的同源异型突变体的研究,Coen等[8]最早提出花器
官发育的ABC模型,用于解释花的同源异型基因在器
官形成中的作用。现已在拟南芥中克隆到具有A功能
的基因有AP1和AP2,具B功能的有AP3和PI,具C
功能的有AG。相应在其它种类如金鱼草、烟草、西红
柿、矮牵牛中亦分别克隆到类似的基因。上述所有种类
中,控制同一功能的不同植物基因的功能、表达方式,所
表达的氨基酸序列都具有高度的相似性[9]。
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