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草地早熟禾叶绿素酶1基因PpCHL1的克隆和表达分析



全 文 :书*通讯作者,E-mail:yinsx369@bjfu.edu.cn
收稿日期:2016-01-07;修回日期:2016-03-08
基金项目:国家自然科学基金项目“空间诱变草地早熟禾矮化突
变体矮化机理研究”(31302016)
作者简介:张兰(1990- ),女,甘肃平凉人,研究方向为草坪草分
子生物学,在读硕士生,已发表论文1篇,E-mail:zhanglan221@
126.com.
DOI:10.16742/j.zgcdxb.2016-04-01
草地早熟禾叶绿素酶1基因PpCHL1的克隆和表达分析
张 兰,滕 珂,尹淑霞*
(北京林业大学草坪研究所,北京 100083)
摘要:利用RACE技术首次从草地早熟禾中克隆出叶绿素酶1基因(PpCHL1)的全长cDNA序列,提交到Gen-
Bank,登录号为KU145126;其开放阅读框为951bp,编码361个氨基酸,等电点6.11,平均亲水指数0.084,属于疏水
性酸性蛋白。高级结构分析表明,其具有脂肪酶家族的保守域及水解酶特异的功能活性位点。利用实时荧光定量
PCR分析其在草地早熟禾根、茎和叶及三种植物生长调节剂脱落酸(ABA)、水杨酸(SA)和茉莉酸甲酯(MeJA)处理
后的表达情况,结果显示PpCHL1基因在草地早熟禾不同组织的表达情况存在明显的组织差异性,叶中的表达量
最高且受ABA、SA和 MeJA诱导。
关键词:草地早熟禾;叶绿素酶1;克隆;序列分析;表达分析
中图分类号:S688.4   文献标识码:A   文章编号:1673-5021(2016)04-0001-07
  叶绿素是生物界最重要的色素之一,在一些低
等藻类、细菌和高等植物光合作用的能量捕获和传
递中起着重要作用[1]。对于正常生长发育的植物来
说,大多数叶绿素存在于叶蛋白复合体中,但它也是
四吡咯化合物之一,在植物细胞中过量或以自由形
式存在的叶绿素通过产生活性氧等有害物质对细胞
造成光氧化损伤,因此,植物细胞必须通过快速降解
体内过量或游离的叶绿素来避免细胞损伤和死
亡[2]。另外,植物在受到生物或非生物胁迫如低温、
强光、病虫害侵染等及在植物衰老过程中,均会发生
叶绿素的降解,从而出现一系列的生理反应,如叶片
褪绿、萎蔫、枯黄,提前结束生命周期等[3~4]。叶绿
素酶(CHL)是叶绿素进行降解的第一个酶,也是植
物中研究最早的酶之一,广泛存在于高等植物、苔藓
和藻类中。大部分研究表明,叶绿素酶的N端都有
各自的转运肽,如柑橘(Citrus reticulata Banco.)叶
绿素酶具有典型的内质网导向转运肽[5],但拟南芥
(Arabidopsis thaliana L.)却不具备这种转运
肽[6]。叶绿素酶的活性和表达量受多种因素影响,
细菌侵染拟南芥后其AtCLH1的表达量快速增加,
利用RNA干扰技术使AtCLH1的表达沉默会影响
植物体内游离叶绿素的有效降解。AtCLH1对植
物生长调节剂茉莉酸甲酯(MeJA)的诱导有明显反
应,在诱导初期其表达量明显增加,Northern杂交
结果显示 AtCLH1有诱导表达特性;但水杨酸
(SA)处理拟南芥后,AtCLH1表达量在诱导初期无
明显变化,推测AtCLH1的表达可能参与依赖于茉
莉酸的防御信号途径[7];外源喷施乙烯能促进柑橘
叶绿素酶蛋白的从头合成[8];用诱导叶绿素降解的
脱落酸(ABA)处理蒌叶(Piper betle L.),处理初期
其叶绿素酶活性明显增加[9]。综上可知,在叶绿素
降解过程中叶绿素酶可能参与植物激素诱导途径。
草地早熟禾(Poa pratensis L.)是最重要的冷
季型草坪草之一,在我国北方地区应用广泛[10],但
有关草地早熟禾叶绿酶基因的克隆和表达分析鲜有
报道。本研究通过RACE技术从草地早熟禾中克
隆叶绿素酶1基因,并进行生物信息学分析,利用
Real-time PCR技术研究其在草地早熟禾不同组织
和不同植物激素诱导下的表达特征,为初步探究叶
绿素酶1基因在草地早熟禾叶绿素降解代谢中的分
子调控机制及其功能奠定基础。
1 材料与方法
1.1 试验材料
1.1.1 植物材料
本研究所用植物材料是草地早熟禾的Baron品
种(Poa pratensis L.var.Baron),种植于温室,定
期修剪,每周浇灌1/2霍格兰营养液。
1.1.2 试剂
种植草地早熟禾所采用的基质为草炭、蛭石和
珍珠岩(1∶1∶1)混合基质。RNA提取剂 Trizol
—1—
第38卷 第4期
Vol.38 No.4
         
中 国 草 地 学 报
Chinese Journal of Grassland
         
2016年7月
Jul.2016
购自 Initrogen,克隆载体 pEASY?-T1Simple、
DNA Marker和大肠杆菌感受态Trans1-T1Phage
Resistant购自北京全式金生物技术有限公司,PCR
Mix、SYBR Mix购自北京康为世纪生物技术有限
公司,PrimeScript RT reagent Kit、RACE试剂盒购
自TaKaRa公司,PCR产物切胶回收试剂盒和纯化
试剂盒购自OMEGA公司,三种外源喷施激素脱落
酸、茉莉酸甲酯和水杨酸购自SIGMA公司。
1.2 基因全长cDNA的克隆
1.2.1 草地早熟禾RNA的提取
选取健康生长的草地早熟禾,采用Trizol法提
取叶片总 RNA,通过1.0%琼脂糖凝胶电泳和
Thermo Scientific NanoDrop 2000检测其完整性和
浓度,按照PrimeScript RT Reagent Kit说明书合
成cDNA的第一条链。
1.2.2 全长cDNA克隆的获得
参照SMART RACE cDNA Amplication Kit
操作说明书进行5′端和3′端的RACE反应。以草
地早熟禾转录组测序得到的叶绿素酶1的cDNA
序列为模板,利用PremePrimer 5.0软件设计特异
性引物5′GSP、3′GSP-1和3′GSP-2(表1)。其中,
基因的3′端先以3′GSP-1/UPM 为引物,3′-RACE-
Ready cDNA为模板进行第1轮PCR反应,反应条
件是 94℃10min;95℃30s,58℃30s(-0.1℃/循
环),72℃30s,30个循环;72℃5min,12℃保温。可
能由于模板量太低,第一轮PCR结果不太理想,因
此以第1轮PCR产物为模板,3′GSP-2/Nest为引
物进行第2轮巢式 PCR 反应,反应条件是94℃
10min;95℃30s,60℃30s,72℃60s,30个循环;72℃
5min,12℃保温。5′RACE以5′GSP/UPM 为引物
扩增,反应条件是94℃10min;95℃30s,60℃30s,
72℃60s,30个循环;72℃5min,12℃保温。
将所得的PCR产物用1.0%琼脂糖凝胶电泳
检测,按照PCR产物纯化试剂盒和切胶回收试剂盒
说明书分别纯化回收3′端和5′端的目的条带。将
回收产物连入pEASY?-T1Simple载体中转化大
肠杆菌,挑取阳性克隆测序,用DNAMAN软件和
NCBI Blast分析测序结果。
表1 试验中所用的引物及序列
Table 1 Primers and sequences in this experiment
引物名称
Name of primers
序 列
Sequences
用 途
Application
3′GSP-1
3′GSP-2
CCAAGGTCGCAGACTGGCTC
CACAGCCGAGGAGGCCACAC
扩增CHL1的3′端
5′GSP  CCCATAGTCCCTGGTCACGAAGTAG 扩增CHL1的5′端
UPM-L
UPM-S
CTAATACGACTCACTATAGGGCAAGCAGTGGTATCAACGCA
CTAATACGACTCACTATAGGGC
RACE通用引物
CHL1-ORF-F
CHL1-ORF-R
CAAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTA
AGTTTTATATCAGCAGGGCACAGCA
扩增CHL1的全长
qPCR-F
qPCR-R
TTCTACCAAGCGCTCCCAGA
GGCAACGCACCTCCTCATCC
扩增部分片段,用于荧光定量
  用DNAMAN软件将5′RACE和3′RACE序
列进行拼接,根据拼接后的全长cDNA设计引物对
CHL1-ORF-F/CHL1-ORF-R(表1),扩增其开放
阅读框,反应条件为94℃10min;95℃30s,60℃30s,
72℃60s,30个循环;72℃5min;12℃保温。
1.3 编码蛋白的生物信息学分析
基于草地早熟禾PpCHL1的DNA序列,通过
DNA MAN 7.0软件对其序列进行分析,对编码的
氨基酸序列进行预测。将编码的氨基酸序列通过
NCBI网站Blast功能,进行同源比对。对不同物种
中的同源蛋白通过 MEGA 5.0软件进行进化树分析。
通过ProtParam(http://web.expasy.org/protparam/)
和ProtScale(http://web.expasy.org/protscale/)分析
推导蛋白质的等电点、分子量及亲疏水性。利用
I-TASSER网 站[11~12]预 测 蛋 白 质 的 三 级 结 构
(htp://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/),
并分析其作用位点。通过SignalP 4.1Server网站
(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/)预测
其信号肽。
1.4 基因的表达特性分析
1.4.1 组织表达分析
分别提取健康生长的草地早熟禾的根、茎和叶
的总 RNA,设计荧光定量引物qPCR-F/qPCR-R
(表1),以 Actin-F/Actin-R作为内参,利用 BIO-
—2—
中国草地学报 2016年 第38卷 第4期
RAD CFX Connect 96孔荧光定量仪,参照北京康
为世纪生物技术有限公司SYBR Mix的操作说明
书进行荧光定量PCR反应,每个样品3个生物学重
复,4个技术重复。PCR反应体系为:SYBR Mix
10μl、cDNA 1μl、ddH2O 7μl和上下游引物各1μl。
反应条件为95℃10min;95℃10s,60℃30s,30个循
环。
1.4.2 激素处理表达分析
对三盆长势一致的草地早熟禾分别喷施
10μmol/L ABA、10μmol/L MeJA 和0.5mmol/L
SA溶液,取处理第0h、1h、3h、6h、12h和24h的草
地早熟禾叶片在液氮中速冻后放于-80℃冰箱保
存。提取上述叶片总RNA,反转录操作和荧光定量
具体操作如上述,采用2-ΔΔCt法计算基因的相对表达
量。
1.5 数据分析
采用Excel 2010和SPSS 18.0对荧光定量所
得数据进行统计分析,采用Origin9.0作图。
2 结果与分析
2.1 RNA的提取和琼脂糖凝胶电泳检测
采用改良 Trizol法提取草地早熟禾总 RNA,
提取产物经分光光度计测定表明其 OD260/OD280值
处于1.8~2.1之间,经1%琼脂糖凝胶电泳检测显
示28s和18s条带较清晰[13],得到的总RNA未发
生降解,无蛋白质等的污染(图1)。说明成功提取
了草地早熟禾总 RNA,能够满足合成cDNA的要
求,可用于后续试验。
图1 草地早熟禾总RNA
Fig.1 The total RNA of Poa pratensis leaves
2.2 基因全长序列的获得
以草地早熟禾转录组数据为基准,设计3′和5′
特异性引物,得到约750bp的特异性条带(图2-A
和2-B);5′和 3′比对拼接后设计引物,得到约
1200bp的特异性条带(图2-C)。综合测序分析表
明,该基因cDNA 全长1391bp,其开放阅读框为
951bp。本试验获得的草地早熟禾叶绿素酶1基因
命名为PpCHL1,并提交到GenBank中,登录号为
KU145126。
A:PpCHL1的3′端;B:PpCHL1的5′端;C:PpCHL1的全长
A:The 3′region of PpCHL1;B:The 5′region of PpCHL1;
C:The ful length of PpCHL1
图2 PpCHL1基因的克隆
Fig.2 Cloning of PpCHL1
2.3 编码蛋白的生物信息学分析
PpCHL1基因的氨基酸序列比对分析表明,其
与乌拉尔图小麦(Triticum aestivum)、山羊草(Ae-
gilops tauschii)、野生大豆(Glycine soja)、蒺藜苜
蓿(Medicago truncatula)和拟南芥的氨基酸序列均
有同源性,其中与乌拉尔图小麦的同源性最高,达
74%;与蒺藜苜蓿的同源性最低,仅有49%(图3)。
将草地早熟禾PpCHL1基因编码的氨基酸序
列提交至 NCBI-protein blast在线分析软件,用
MEGA 5软件对不同物种的蛋白进行了聚类分析,
构建了系统进化树,如图4所示。结果表明,草地早
熟禾PpCHL1与乌拉尔图小麦的亲缘关系最近。
信号肽预测结果表明,PpCHL1基因编码的蛋白不
含信号肽。
ExPASY ProtParam氨基酸系列分析表明,该
酶蛋白共编码361个氨基酸,分子量为33.6678kD,
等电点(PI)为6.11,为酸性蛋白。氨基酸组成中亮
氨酸 (Leu)最 多 (12.3%),色 氨 酸 (Trp)最 少
(0.3%);该蛋白中具有负电荷的氨基酸(Asp+
Glu)有32个,具有正电荷的氨基酸(Arg+Lys)有
27个;该蛋白的不稳定系数是36.23,属于稳定蛋
白;其平均亲水指数为0.084,为疏水性蛋白;脂肪
数(Aliphatic index)为93.89。蛋白的保守结构域
—3—
张 兰 滕 珂 尹淑霞   草地早熟禾叶绿素酶1基因PpCHL1的克隆和表达分析
P.pratensis:草地早熟禾;T.aestivum:乌拉尔图小麦;A.tauschii:山羊草;T.urartu:小麦;M.truncatula:蒺藜苜蓿;
A.thliana:拟南芥;A.tauschii:节节麦;图4同。Consensus:表示相同的序列,在序列下方用小写字母表示
图3 草地早熟禾PpCHL1氨基酸序列与其他植物CHL蛋白氨基酸序列的比对分析
Fig.3 Alignment of PpCHL1amion acid sequence with other plant CHL
图4 草地早熟禾与其他植物CHL蛋白的系统进化树
Fig.4 Phylogenetic tree of Poa pratensis with other plant CHLs
分析表明,PpCHL1基因编码的蛋白属于酯酶-脂
肪酶家族,包含α/β水解酶的结构域,具有水解酶的
特性(图5)。SOPMA预测结果显示,该编码蛋白
的氨基酸序列的二级结构主要由无规则卷曲
(37.03%)、α螺旋(29.75%)、延伸链(21.52%)和
较少量的β转角(11.71%)组成(图6)。
图5 PpCHL1的保守结构域分析
Fig.5 Conserved domains of PpCHL1
—4—
中国草地学报 2016年 第38卷 第4期
图6 PpCHL1的二级结构预测
Fig.6 Prediction of PpCHL1secondary structure
  根据I-TASSER网站预测,该蛋白质的保守催化
位点可能位于组氨酸(237)和丝氨酸(138)处(图7),与
结构域预测结果相符。
图7 PpCHL1的三级结构预测
Fig.7 Prediction of PpCHL1tertiary structure
2.4 表达特性分析
2.4.1 组织表达分析
取正常生长条件下草地早熟禾根、茎和叶分别
提取RNA,反转录成cDNA,进行荧光定量PCR反
应。结果表明,PpCHL1基因在草地早熟禾根、茎、
叶中均有表达,且差异明显。该基因在叶中的表达
量最高,达3.05;茎次之,为0.044;根中最少,为
0.011;叶中的表达量是根中的267.47倍。
2.4.2 在不同激素处理下的表达分析
采用 Real-Time PCR 方 法 对 草 地 早 熟 禾
PpCHL1基因在ABA、MeJA和SA三种不同激素
处理下的表达情况进行分析,结果表明10μmol/L
ABA对PpCHL1的早期表达有促进作用(表2),
随着处理时间的延长,PpCHL1的相对表达量呈先
增加后降低并最终趋于稳定的趋势。ABA处理3h
时,PpCHL1的相对表达量达到顶峰,为对照(0h)
的2.47倍;其表达量在12h最低,为对照的0.7倍,
随后趋于稳定。10μmol/L MeJA对PpCHL1的表
达有类似的诱导作用(表2),处理1h时表达量最
高,为对照的1.71倍;PpCHL1的表达量在3h时
最低,为对照的0.45倍;而后又逐渐升高并处于稳
定水平,维持在对照的0.92倍左右。与 ABA 和
MeJA相比,0.5mmol/L SA对PpCHL1表达量的
促进作用时间比较迟缓(表2),SA 处理3h后,
PpCHL1的相对表达量达到第一个峰值,为对照的
1.98倍;而后随处理时间延长,其表达量下降;但在
处理24h,PpCHL1的相对表达量再次达到峰值,
为对照的4.22倍。
表2 PpCHL1在ABA、MeJA和SA处理下的相对表达量
Table 2 Real-time quantitative PCR of PpCHL1expression
under ABA,MeJA and SA treatment
激素处理
Hormone
treatment
不同处理时间(h)
Treatment time(h)
0  1  3  6  12  24
0.5mmol/L SA 0.0173 0.0195 0.0343 0.0299 0.0191 0.0729
10μmol/L MeJA 0.0375 0.0640 0.0168 0.0255 0.0338 0.0346
10μmol/L ABA 0.0301 0.0248 0.0743 0.0246 0.0211 0.0231
3 讨论
自从发现叶绿素酶之后,从多种植物如藜
(Chenopodium album L.)[14]、黑麦(Secale cereale
L.)[15]、柑橘[16]和橄榄(Canavium album R.)[17]等
分离纯化出了叶绿素酶,并从该酶的分离和纯化方
法、酶学性质以及内外因子如植物激素、温度、金属
离子等对酶活性的影响方面进行了广泛的研究;在
分子水平上,从拟南芥[2]、花椰菜(Brassica olera-
cea)[18]、发财树(Pachira macrocarpa)[19]、莱茵衣
藻(Chlamydomonas reinhardtii)[20]、藜[5]等植物
中克隆出了叶绿素酶基因,序列比对发现尽管它们
的N端氨基酸都不相同,同源性较低,但仍有一些
共同点,如均有以丝氨酸为活性中心的脂肪酶保守
区等。本研究利用RACE技术成功克隆出了草地
早熟禾PpCHL1基因,系统进化树分析表明该基
因与乌拉尔图小麦亲缘关系最近。氨基酸序列分析
显示,PpCHL1基因编码的蛋白含有高度保守的脂
肪酶基序,具有以丝氨酸为活性中心的脂肪酶结构
域,这与水解酶的特性相符,属于酯酶-脂肪酶超家
族类,与藜叶绿素酶基因CaCLH 的研究结果一
—5—
张 兰 滕 珂 尹淑霞   草地早熟禾叶绿素酶1基因PpCHL1的克隆和表达分析
致[5]。这种类型的酶都含有类似于“丝氨酸-组氨
酸-天冬氨酸”的催化三联体,以此形成与不同理化
性质底物结合的高效运转机制,用来适应外界多变
的环境条件,该结果与拟南芥叶绿素酶基因 At-
CLH1参与植物逆境胁迫响应并平衡防御途径的结
果相符[7]。
PpCHL1在草地早熟禾叶中的表达量最高,茎
次之,根中表达量最少,这与叶绿素酶催化水解的底
物叶绿素主要存在于叶片中,其他组织中较少有关。
ABA、MeJA和SA是参与植物生理调节信号途径
中的重要信号分子[21]。例如,在环境胁迫如高温环
境中,植物体内ABA含量迅速增加,能明显降低高
温对叶绿体结构的破坏,从而增加叶绿体的热稳定
性,同时 ABA通过诱导某些酶的重新合成来提高
植物的抗性[22]。MeJA参与叶绿体发育[23],外源喷
施 MeJA还能诱导拟南芥叶绿素酶基因AtCLH1
表达量增加[5],这可能与物理创伤和病原菌侵染能
激活植物体内 MeJA 信号途径有关[24]。外源SA
处理高羊茅、玉米、水稻等植物均能产生局部抗性,
这可能与外源SA可以显著提高植物体内的相关酶
活性,诱导植物抗病性酶的活性,从而抑制病原致病
性酶活性有关[25~26]。荧光定量数据表明,草地早熟
禾PpCHL1基因的表达水平受 ABA和SA诱导,
并呈现出诱导初期表达骤升、随后下降最后呈现相
对稳定的趋势,二者具有相同的诱导趋势,这与拟南
芥AtCLH1受SA诱导[7]和ABA处理蒌叶其叶绿
素酶活性升高的结果相一致[8]。有研究表明,SA
和茉莉酸类物质二者之间存在相互抑制的拮抗作
用,本研究中PpCHL1基因受SA 和 MeJA 诱导
后,其相对表达量正好相反,PpCHL1在SA处理
后期表达量增加,推测PpCHL1基因有可能参与
ABA、MeJA和SA信号诱导途径且在诱导过程中
SA和 MeJA之间存在拮抗作用。
4 结论
本研究利用RT-PCR和RACE技术从草地早
熟禾中首次克隆得到了叶绿素酶基因PpCHL1,其
开放阅读框为951bp,编码361个氨基酸,编码的蛋
白质具有典型的α/β水解酶结构域;提交该基因到
GenBank中,登录号为KU145126。表达分析表明,
PpCHL1基因在草地早熟禾叶中的表达量最高,并
响应ABA、SA和 MeJA信号诱导途径。
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Cloning and Expression Analysis of Chlorophylase 1Gene
PpCHL1fromPoa pratensis L.
ZHANG Lan,TENG Ke,YIN Shu-xia
(Institute of Turfgrass Science,Beijing Forestry University,Beijing100083,China)
Abstract:The ful length cDNA encoding chlorophylase1(PpCHL1)was cloned from Poa pratensis
through the methods of RACE technologies.The PpCHL1gene was submitted to GenBank and obtained
the accession number KU145126.For PpCHL1,the open reading frame comprised 951bp,encoding 361a-
mino acid,isoelectric point was 6.11and grand average of hydropathicity was 0.084,which means the
PpCHL1was Hydrophobic acid protein.Advanced structure analysis showed that PpCHL1gene included
family Esterase-lipase abhydrolase-5conserved domains and hydrolase specific functional active sites.The
expression level of PpCHL1gene was analyzed in different tissues of root,stem and leaf,as wel as under
the treatment of three plant hormones ABA,SA and MeJA applications by real-time-fluorescence quantita-
tive PCR.The results showed that expression level of PpCHL1was different among root,stem and leaf,
which the expression level in leaf was the highest.Moreover,the expression of PpCHL1was induced by
ABA,SA and MeJA.
Key words:Poa pratensis;Chlorophylase 1;Cloning;Sequence analysis;Expression analysis
(责任编辑 胡卉芳)
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张 兰 滕 珂 尹淑霞   草地早熟禾叶绿素酶1基因PpCHL1的克隆和表达分析