全 文 :干旱、盐碱以及冷冻等非生物胁迫时常严重影
响着植物的生长发育,也是导致农作物减产的重要
环境因素。植物在长期进化过程中形成了一系列的
生理、生化、代谢及防御机制来应对逆境胁迫,以便
在逆境中存活下来,在这些适应机制中,相关基因
的表达调控起着重要的作用。而相对于单一功能的
基因,转录因子基因能通过调控众多胁迫相关基因
的表达对逆境胁迫做出响应[1]。
Molecular Cloning and Expression Analyes of OpNAC083
fromOlimarabidopsis pumila
WEI Yanling,JIA Yueteng,YANG Chaofan,HUANG Xianzhong
(Plant Genomics Laboratory,College of Life Sciences,Shihezi University,Shihezi 832003,China)
Abstract:Through sequencing of clones randomly selected from previously constructed high quality cDNA library of
Olimarabidopsis pumila,we got an expressed sequence tags (EST) which was highly similar to NAC transcription factor gene
NAC083 of Arabidopsis thalania.It contained a complete open reading frame (ORF)with 723 bp,designated OpNAC083,
encoding 240 amino acids.The primers were designed according to the sequence of ORF and OpNAC083 was identified
from O.pumila by RT-PCR and clone techniques.Bioinformatics analysis showed that OpNAC083 contains 33 α-helixes and
11 β-turns,and a No apical meristem (NAM) at its N-terminal region.Phylogenetic tree analysis revealed that OpNAC083
showed closer genetic kinship with A.thaliana AtNAC083 and A.lyrata ANAC083,indicating that they belonged to the same
evolutionary branch.Quantitative Real-Time PCR (qRT-PCR) revealed that OpNAC083 displayed a much broader expression
range in O.pumila different tissues,with a maximum expression in leaves.The level of OpNAC083 transcription was
upregulated after 2 h of NaCl and 6 h of ABA treatment.However,its transcription was inhibited by PEG-6000 and 4 ℃
treatment.Our research indicated that OpNAC083 played an important role in response to salt and ABA stress in O.pumila.
Keywords:Olimarabidopsis pumila;OpNAC083;gene expression;stress tolerance;ABA
第 33 卷 第 2 期
2015 年 4 月
Vol.33 No.2
Apr. 2015
DOI:10.13880/j.cnki.65- 1174/n.2015.02.019 文章编号:1007-7383(2015)02-0222-08
新疆无苞芥OpNAC083基因的克隆与表达分析
魏艳玲,贾跃腾,杨超凡,黄先忠
(石河子大学生命科学学院,新疆植物资源与生态重点实验室,石河子 832003)
摘要:本研究通过对新疆耐逆植物无苞芥幼苗 cDNA 文库的随机克隆测序分析,获得 1 条与拟南芥 NAC 转录因子
基因 AtNAC083 高度相似的 EST 序列(GenBank 登录号为 JZ151841),该序列包含 1 个 723 bp 最大开放阅读框(ORF),
推测编码 240 个氨基酸。根据该 ORF 序列设计引物,利用 RT-PCR 技术从无苞芥叶片的 cDNA 中克隆了该基因,命
名为 OpNAC083。比对分析结果表明在其 N 端具有一段 No apical meristem(NAM)保守结构域;该蛋白的二级结构包
含 33 个α- 螺旋和 11 个β- 转角。系统进化树分析结果表明,OpNAC083 编码产物与拟南芥 AtNAC083 和琴叶拟
南芥 ANAC083 进化关系较近,属于同一进化分支。实时荧光定量 PCR (qRT-PCR) 分析基因表达结果显示,
OpNAC083 在无苞芥的不同组织中都有表达,在叶中表达量最高;高盐胁迫处理 2 h、ABA 处理 6 h 明显诱导该基
因的表达,但 PEG-6000 和 4℃胁迫却抑制该基因的表达。这表明 OpNAC083 在无苞芥应对盐和 ABA 胁迫中可能
起着重要作用。
关键词:无苞芥;OpNAC083;基因表达;抗逆;ABA
中图分类号:Q785;Q786 文献标志码:A
收稿日期:2014-12-17
基金项目:国家自然科学基金项目(U1303302、 1 60149),石河子大学高层次人才启动项目(RCZX200902)
作者简介:魏艳玲(1989-),女,硕士研究生,专业方向为生物化学与分子生物学,e-mail:yanlingw143@163.com。
通信作者:黄先忠(1974-),男,教授,从事植物基因组学研究,e-mail:xianzhongh106@163.com。
石河子大学学报:自然科学版
Journal of Shihezi University:Natural Science
第 2 期
植物中有大量的转录因子参与植物对逆境的调
控,如 AP2/ERF、bZIP、MYB、WRKY 和 NAC 等[2-6],其
中 NAC 转录因子家族是近年来发现的最大的一类
植物特有的转录因子,在多个生长发育和胁迫应答
过程中发挥着重要作用。NAC 基因的命名来源于 3
个最早发现含有 NAC 结构的基因缩写,分别为矮牵
牛(Petunia hybirda)NAM(No Apical Meristem)和拟南
芥 (Arabidopsis thaliana)ATAF1、ATAF2 以 及 CUC2
(cup-shaped cotyledon)基因[7-8]。NAC 蛋白的 N 端高度
保守,而 C 端是转录调控区,可能具有转录激活或
转录抑制活性,该区域的氨基酸序列具有高度的多
样性[9]。NAC 家族广泛存在于植物中,拟南芥中有
117 个 NAC 基因,水稻(Oryza sativa)中有 151 个[10],
杨树(Populus trichocarpa)中有 163 个[11],烟草(Nicoti-
ana tabacum)中有 152 个[12],大豆(Glycine mas)中有
近 200 个[13]。
NAC 家族成员参与植物生长发育、激素调节等
重要生理过程,同时其许多成员还参与了植物的生
物及非生物胁迫响应。有研究显示,水稻 SNAC1、
OsNAC6/SNAC2、OsNAC5 和 ONAC045 的表达均受到
干旱、高盐以及脱落酸(Abscisic acid,ABA)等非生物
胁迫的诱导[14-15]。过量表达 OsNAC10 基因可显著增
强水稻对干旱、高盐的耐受性,且相对于对照在干
旱条件下能使水稻的产量增加 25%-42%[16]。番茄
SlNAC3 在盐、干旱和 ABA 胁迫处理下其转录表达
受到抑制[17]。
在新疆半干旱、半盐碱化的特殊生境下存在着丰
富的耐逆植物资源,无苞芥(Olimarabidopsis pumila)就
是其中广泛分布的一种。无苞芥与其近缘种拟南芥
同为十字花科短命植物,有着相似的形态及生活史,
但与拟南芥相比,无苞芥具有更好的抗逆能力[18]。目
前,NAC 基因的抗逆研究在拟南芥和水稻中已取得
了重要进展,但是对于无苞芥 NAC 基因的相关研究
还报道较少。近年来,我们以无苞芥为研究材料相
继克隆了一些耐逆相关基因[19-21],并构建了高盐诱
导的无苞芥 cDNA 文库[22-23],在文库测序结果中发现
了多个 NAC 转录因子基因表达明显受到高盐胁迫
的诱导(未发表资料)。本研究从中选取 1 个 NAC 转
录因子基因 OpNAC083 进行克隆,并进行生物信息
学分析和表达分析,以期为后续研究该基因的功能
奠定基础。
1 材料与方法
1.1 材料
无苞芥种子采自于石河子蘑菇湖周边的盐碱地,
种子的灭菌和室内培养参照文献[19]的方法进行。
1.2 方法
1.2.1总 RNA提取及 cDNA合成
采用 Tiangen 公司的 RNA prep pure Plant Kit
试剂盒提取无苞芥幼苗叶片的总 RNA,然后经琼脂
糖凝胶电泳检测,将质量完好的 RNA 置于 -80℃
保存备用。cDNA 模板的制备,根据 Promega 公司
M-MLV Reverse Transcriptase 说明书合成。
1.2.2无苞芥 OpNAC083基因的克隆
根据无苞芥均一化 cDNA 文库单克隆测序结果
获得的 EST 序列(GenBank 登录号为 JZ151841),利用
NCBI 中 ORF Finder 工具(www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/
gorf.html)分析该 EST 的完整开放阅读框(ORF)。设计
该 ORF 引物 OpNAC083-F 和 OpNAC083-R1 (表 1),
以无苞芥叶片 cDNA 为模板进行 RT-PCR 扩增,体
系为 20μL,含 cDNA 2μL (50 ng)、10× Ex
Taq Buffer 2.0μL、2.5 mmol/L dNTPs 1.5μL、10
μmol/L 的上下游引物各 0.5μL、1 U 的 Ex Taq
(TaKaRa)。反应程序为:94℃预变性 4 min;94℃变
性 45 s,60℃退火 45 s,72℃延伸 40 s,35 个循
环后,72℃延伸 10 min。用 1 %琼脂糖凝胶电泳检
测并回收 PCR 产物,与 pMD18-T (TaKaRa)载体连
接、转化 DH5α 感受态细胞,提取质粒酶切鉴定,将
鉴定正确的质粒送北京六合华大基因有限公司测
序。
1.2.3 OpNAC083基因生物信息学分析
蛋白的二级结构利用 SOPMA 软件进行分析,蛋
白的三级结构通过 Swiss model (http://swissmodel.
expasy.org/)软件预测。采用 Clustal W 程序进行氨基
酸序列的多重比对,MEGA 4.0 进行基因家族的系
统进化分析,其中用 Neighbor-Joining 进行 1000 次
Boot-strap 分析以使得分支的结果更可靠[24]。
1.2.4 OpNAC083基因的组织表达和胁迫表达
分析
收集成熟无苞芥的根、茎、叶、花和果荚的样
品,置于 -80℃保存备用。将生长 2 周的无苞芥幼
苗分别用高盐(200 mmol/L NaCl)、干旱(20% PEG-6000)、
ABA(100μmol/L)和低温(4℃)胁迫处理,处理方法
参照文献[20]进行。收集各处理幼苗样品,置于 -80
℃保存备用。提取总 RNA 及制备 cDNA 模板的方法
同 1.2.1。采用实时荧光定量 PCR (qRT-PCR)技术进
行基因的组织表达和胁迫表达分析。基因特异引物
为 OpNAC083-RT-F 和 OpNAC083-RT-R,内参引物
为无苞芥肌动蛋白基因 OpActin2(JZ151991)的引物
OpActin2-F 和 OpActin2-R(表 1)。
魏艳玲,等:新疆无苞芥 OpNAC083 基因的克隆与表达分析 223
石河子大学学报:自然科学版 第 33 卷
表 1 本研究所用的 PCR引物序列
Tab.1 PCR primers used in this study
qRT-PCR 采 用 SYBR Premix Ex TaqTM Ⅱ
(Prefect Real Time)试剂盒(TaKaRa)标记反应产物,利
用美国 ABI 7500 Fast 实时荧光定量 PCR 仪(7500
Fast real-time PCR,America)进行扩增。在 10 L的反
应体系中,含 cDNA 模板 2μL,UltraSYBR Mixture
5μL,10μmol/L 的上下游引物各 0.2μL。反应
程序为:95℃预变性 10 min,95℃变性 15 s,60
℃退火 1 min,40 个循环,60℃读取荧光值。检测
每份样品的目的基因和 OpActin2 内参基因 Ct 值,每
份样品 3 次 PCR 重复。实验数据采用 2-ΔΔCt法进行
相对定量分析[21],以未胁迫处理材料的 mRNA 水平
设定为标准值 1。
2 结果与分析
2.1 无苞芥 OpNAC083基因的克隆与分析
在无苞芥幼苗 cDNA 文库测序分析的结果中,
发现 1 条长为 846 bp 的 EST 序列,预测包含 1 个
723 bp 的最大 ORF。Blast 比对分析的结果显示,发
现该 ORF 编码的氨基酸序列与拟南芥转录因子
AtNAC083 的氨基酸序列相似性为 95.3%,将该基因
命名为 OpNAC083。通过 RT-PCR 技术从无苞芥叶片
cDNA 中扩增出了该基因的 ORF 序列。测序结果与
文库测序结果一致,该 ORF 实际大小为 723 bp,推
测编码 240 个氨基酸(图 1)。
方框表示起始密码子;* 表示终止密码子
图 1 OpNAC083基因核苷酸序列及推测氨基酸序列
Fig.1 Nucleotide sequence of OpNAC083 and the deduced amino acid sequence
图 2 OpNAC083蛋白 N端的 No Apical Meristem (NAM)保守结构域
Fig.2 Conservative No Apical Meristem (NAM) domain of OpNAC083
2.2 OpNAC083基因的生物信息学分析
利用 NCBI 网站在线软件对 OpNAC083 蛋白进
行保守结构域分析,结果(图 2)表明,OpNAC083 属于
NAM 亚家族,具有典型的 NAM 结构。
224
第 2 期
大写字母为 OpNAC083 基因编码的氨基酸序列;h:α 螺旋;c:无规则卷曲;e:延伸链;t:β 转角
A:OpNAC083 蛋白的二级结构预测 B:OpNAC083 蛋白的三级结构预测
图 3 OpNAC083基因编码蛋白的结构预测
Fig.3 Structure of the coded protein of OpNAC083 gene
通过 SOPMA 预测 OpNAC083 蛋白的二级结构,
表明该蛋白的氨基酸序列中,共有 α- 螺旋(Alpha
helix) 33 处,占二级结构的 13.75%;延伸链(Extended
strand) 58 处,占二级结构的 24.17%,β- 转角(Beta
turn) 11 处,占二级结构的 4.58%;无规则卷曲
(Random coil)138 处,占二级结构的 57.50%(图 3A)。
Swiss-model 同源建模分析其对应的三级结构 (图
3B),结果表明该蛋白与拟南芥 NAC019 蛋白的三级
结构相似性为 55.13%。
利用 Blastp 检索 OpNAC083 的同源蛋白,获得
相似性在 70%以上的 10 个物种的 NAC 蛋白氨基酸
序列,包括琴叶拟南芥 ANAC083(Arabidopsis lyrata,
XM_002871505.1)、 拟 南 芥 AtNAC083 (Arabidopsis
thaliana,NM_121321.3)、芜菁 BrNAC029(Brassica rapa,
XM_009123542.1)、欧洲油菜 BnNAC5(Brassica napus,
JF957837.1)、香瓜CmNAC18(Cucumis melo,XM_0084-
61671.1)、黄瓜CsNAC010(Cucumis sativus,XM_00417-
3859.1)、甜橙CsNAMB2(Citrus sinensis,XM_006482975.
1)、柑橘 CtY4-M17NAC(Citrus trifoliate,HM596723.1)、
陆地棉 GhNAC7(Gossypium hirsutum,KC110642.1)和大
豆 GmNAC14 (Glycinc max,NM_001251149.1)。Clusta
lX 2.0 比对结果表明 (图 4),NAC 转录因子在 N 端
约 140 个氨基酸处高度保守,已有报道表明这段保
守结构可能负责与 DNA 及其它蛋白结合。C 端结构
具有多样性,但在 160-180 bp 处的氨基酸区域仍有
1 段保守结构,C 端在不同 NAC 蛋白间的差异可能
赋予了 NAC 蛋白质特异的功能变化,使 NAC 蛋白
能与不同的靶蛋白相互作用[9]。
魏艳玲,等:新疆无苞芥 OpNAC083 基因的克隆与表达分析 225
石河子大学学报:自然科学版 第 33 卷
图 4 无苞芥 OpNAC083同其他物种 NAC家族蛋白氨基酸序列的多重比对
Fig.4 Amino acid alignment of OpNAC083 and other NAC family members from selected plant species
▲代表本研究克隆的 OpNAC083 蛋白;图中分支点的数字表示 Bootstrap 验证中基于 1000 次重复该节点可信度的百分比;
标尺代表每一位点氨基酸替换率
图 5 OpNAC083与其他植物 NAC家族转录因子基于氨基酸序列的进化树分析
Fig.5 Phylogenetic tree of OpNAC083 and other NAC family transcription factor proteins
from higher plant species based on amino acid sequences
2.3 OpNAC083蛋白的系统进化树分析
为了研究 OpNAC083 与其它植物同源基因的进
化关系,利用 MEGA 4.0 构建了 OpNAC083 与其他
植物的 NAC 家族转录因子的系统进化树(图 5)。结
果(图 5)表明 OpNAC083 与拟南芥、琴叶拟南芥、芜
菁和欧洲油菜的 NAC 蛋白聚为一类,其中与拟南芥
AtNAC083 以及琴叶拟南芥 ANAC083 的亲缘关系最
近,属于同一进化分支。
226
第 2 期
C:100μmol/L ABA; D:4℃低温
图 7 不同胁迫下 OpNAC083基因的表达分析
Fig.7 Transcription levels of OpNAC083 gene in response to stress
2.4 OpNAC083基因的组织表达分析与胁
迫表达分析
qRT-PCR 实验结果(图 6)表明,OpNAC083 基因
在无苞芥的根、茎、叶、花、果荚中均表达,但在叶片
的表达量最高。
图 6 无苞芥 OpNAC083基因组织表达
Fig.6 Expression patterns of OpNAC083 gene
in different tissues ofO.pumila
对生长 2 周的无苞 芥幼苗进行高盐(200
mmol/L NaCl)、干旱 (20% PEG-6000)、ABA (100
μmol/L)和低温(4℃)处理。
qRT-PCR 实验 表 明 ,盐 胁 迫 处 理 2 h 后
OpNAC083 基因表达明显上升(图 7A),随后又恢复
到原有水平并保持平稳。
干旱(20% PEG-6000)胁迫后,OpNAC083 基因
表达呈下降趋势,在 6 h 时表达最低 (图 7B)。100
μmol/L ABA 胁迫处理至 6 h,基因明显上调表达,
并在 6 h 时迅速上调达到最高水平,8-12 h 表达下
降(图 7C)。低温(4℃)胁迫后,OpNAC083 基因表达
明显下调(图 7D)。可见高盐、干旱、ABA 和低温均能
影响 OpNAC083 基因的表达。
3 讨论
(1)NAC 转录因子家族中有许多成员通过调控
复杂的生物学过程来保护植物免受各种非生物胁
迫的伤害。本研究以 NAC083 为研究对象,从无苞芥
cDNA 中克隆了该基因的完整 ORF,该基因编码的
氨基酸序列具有 NAC 转录因子家族的基本特征,在
N 端有 1 段保守的氨基酸序列,C 端结构具有高度
的多样性。OoKa 等[25]分析了 75 个水稻和 105 个拟
南芥的 NAC 转录因子,并根据 NAC 结构域的氨基
酸序列特征将其分成 2 个组(组Ⅰ和组Ⅱ),其中组 I
又分为 14 个亚组,组Ⅱ分为 4 个亚组。本研究的系
统进化树分析结果显示,OpNAC083 蛋白与拟南芥
AtNAC083 以及琴叶拟南芥 ANAC083 的亲缘关系最
近,同属第Ⅰ组。
(2)基因的组织表达关系着该基因在植物中的
功能,组织表达分析表明 OpNAC083 基因的表达广
泛分布于无苞芥的根、茎、叶、花和果荚中,推测该
基因可能参与了无苞芥各个组织的生长发育过程。
目前还未见对其他植物 NAC083 基因表达分析的相
关 报 道 。 本 研 究 中 ,NaCl 胁 迫 处 理 2 h 后 ,
OpNAC083 基因的表达明显高于胁迫前,2-12 h 时
表达量又下降,这种早期诱导表达的现象与文库中
多数 NAC 基因的胁迫表达情况一致 (未发表资料)。
推测该基因在无苞芥幼苗应对盐胁迫的早期可能
参与了调控途径。Tran 等[6]的研究表明 ANAC019、
A:200 mmol/L NaCl; B:20% PEG-6000;
魏艳玲,等:新疆无苞芥 OpNAC083 基因的克隆与表达分析 227
石河子大学学报:自然科学版 第 33 卷
ANAC055 和 AN-AC072 的表达都受到脱落酸(ABA)
的诱导。这暗示 ABA 在调控 NACs 基因功能上具有
重要作用。逆境条件下脱落酸含量升高,促进气孔
关闭和水分吸收,诱导抗逆相关蛋白的合成,提高
抗逆性[26]。胁迫处理后 OpNAC083 基因表达量的变
化显示其对 ABA 最为敏感,推测该基因可能通过参
与 ABA 信号网络调节无苞芥的生长发育。无苞芥在
NaCl 和 ABA 胁迫下都能感受胁迫信号并做出应答,
并且 OpNAC083 基因对于 ABA 胁迫的响应要强于
NaCl 胁迫的响应,暗示该基因可能同时参与了抗盐
及抗 ABA 途径,但其具体调控机制有待于进一步研
究。而 OpNAC083 基因的表达受到干旱和 4℃胁迫
诱导不明显。分析其原因,可能是由于 OpNAC083 属
于调节类蛋白,ABA 和 NaCl 在胁迫初期可以诱导
OpNAC083 的高度表达,随着胁迫时间的延长,该基
因进而激活下游基因的后续表达,从而调节无苞芥
对其他胁迫的抗性。另外,无苞芥基因组中可能存
在多种其他抗逆相关基因针对不同环境胁迫协同
作用,增强无苞芥的抗逆能力。
(3) 一些研究表明,NAC 转录因子具有生物学
功能的多效性,这种特性可能通过改变 1 个 NAC 转
录因子基因的表达而改良多个生物学性状。目前,
我们在进一步分析无苞芥文库中其它 50 个 NAC 家
族基因,以期了解它们在无苞芥中的抗逆胁迫表达
特征及抗逆机制。对无苞芥 NAC 转录因子功能的研
究将对提高植物的抗逆性有重要意义。
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