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拟南芥xtc1突变体的图位克隆分析



全 文 :第42卷 第4期
2014年4月
西北农林科技大学学报(自然科学版)
Journal of Northwest A&F University(Nat.Sci.Ed.)
Vol.42 No.4
Apr.2014
网络出版时间:2014-03-26 17:09 DOI:10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.04.029
网络出版地址:http://www.cnki.net/kcms/doi/10.13207/j.cnki.jnwafu.2014.04.029.html
拟南芥xtc1突变体的图位克隆分析
 [收稿日期] 2013-04-07
 [基金项目] 西北农林科技大学引进人才启动基金项目(Z1h1020822)
 [作者简介] 蒋 琦(1983-),男,陕西西安人,在读硕士,主要从事植物生化与分子生物学研究。E-mail:jiangqi-1@163.com
 [通信作者] 王 倩(1981-),女,河北唐山人,在读博士,讲师,主要从事植物重要功能基因研究。E-mail:ramese1021@126.com
蒋 琦a,b,王 倩a,b
(西北农林科技大学a生命科学学院,b旱区作物逆境生物学国家重点实验室,陕西 杨凌712100)
[摘 要]  【目的】分析拟南芥xtc1突变体茎部表皮蜡的组分和含量,并鉴定导致xtc1突变体表型的基因。
【方法】通过气相色谱法分析拟南芥xtc1突变体与Ler野生型茎部表皮蜡的成分;利用图位克隆确定突变基因位点,
通过在拟南芥xtc1突变体中过量表达FATB基因,验证突变位点与FATB基因的关系。【结果】拟南芥xtc1突变体
茎部表皮蜡总量约为Ler野生型的1/3,且各组分含量均明显减少;将突变基因定位在第1染色体顶端物理距离为80
kb的2个标记T27G7-3和F22O13-1之间,该区域含有21个基因。T-DNA插入突变体观察及测序分析表明,xtc1突
变体在At1g08510(FATB)基因的第1个外显子上产生14个碱基的缺失,导致翻译提前终止;在xtc1突变体中过量
表达FATB基因可恢复xtc1突变体的正常表型。【结论】拟南芥xtc1突变体茎部表皮蜡含量减少,且突变基因为
FATB基因。
[关键词] 表皮蜡;FATB;图位克隆;拟南芥
[中图分类号] Q78 [文献标志码] A [文章编号] 1671-9387(2014)04-0201-06
Positional cloning of Arabidopsis xtc1 mutants
JIANG Qi a,b,WANG Qiana,b
(aCollege of Life Sciences,b State Key Laboratory of Crop Stress Biology for Arid Areas,
Northwest A&F University,Yangling,Shaanxi 712100,China)
Abstract:【Objective】This research aimed to examine the chemical compositions and their contents of
cuticular wax on the stems of Arabidopsis xtc1mutant and identify the mutant gene that resulted in xtc1
phenotypes.【Method】The compositions of the cuticular wax on Arabidopsisxtc1mutant and wild type
Ler Arabidopsis were analyzed by gas chromatographic.The gene loci of mutation was identified by posi-
tional cloning,and the FATBgene was over-expressed in Arabidopsis xtc1mutant to explore the relation-
ship between the xtc1loci and the FATBgene.【Result】Total wax load on stems of Arabidopsis xtc1mu-
tant was around 1/3of that of wild type Ler and each composition was dramaticaly lower as wel.xtc1was
located between two markers with 21genes with a physical distance of 80kb(T27G7-3and F22O13-1)on
chromosome 1.Observation of phenotypes of T-DNA insertion mutants and sequencing analysis revealed
that xtc1mutant carried 14bp deletions in the first exon of At1g08510(FATB),which resulted in a pre-
mature stop codon.Overexpression of FATBgene in transgenic plants could rescue the phenotypes of xtc1
mutant.【Conclusion】FATBgene was the mutated gene that reduced wax load on xtc1stems.
Key words:cuticular wax;FATB;positional cloning;Arabidopsis
  表皮蜡覆盖在植物的地上器官表面[1],对植物 的生长有一系列重要的保护作用,如:阻止植物表层
细胞水分蒸发,避免紫外线损伤[2],减少叶片表面的
水分积累,减少灰尘、花粉及空气污染物的沉积[3]。
其在植物防御细菌、真菌侵害及植物与昆虫的相互
作用中也有重要作用[4-5]。其化学成分是能够被有
机溶剂萃取的混合物,主要包含链长为20~34碳的
超长链脂肪酸及其衍生物,如:醛、初级醇、次级醇、
烷烃、酮和酯类等[1]。
参与拟南芥表皮蜡合成、运输及调控的基因已
相继被克隆,如参与拟南芥超长链脂肪酸合成的酮
酯酰缩合酶(KCS)的CER6、CER2家族[6-8],酮酯酰
还原酶(KCR)的 KCR1与 KCR2[9],羟酯酰脱水酶
(HCD)的 PAS2[10],以及烯脂酰还原酶(ECR)的
CER10[11];参与拟南芥表皮蜡合成的酰基还原途径
的CER4和 WS[12-13];参与拟南芥表皮蜡合成的脱
羧途径的CER1和CER3[14-15];参与拟南芥表皮蜡
运输的ABC转录蛋白CER5家族[16-17];参与拟南芥
表皮蜡合成调控的组成外切体复合物的亚基蛋白
CER7[18]。然而有关拟南芥表皮蜡合成、运输及调
控的许多问题仍未解决,如对参与拟南芥表皮蜡合
成的脱羧途径的CER1和CER3的具体生物学功能
尚不清楚。
Conway等[19]研究发现,用双环氧丁烷突变拟
南芥Ler野生型种子可以获得多出1对子叶的突变
体xtc1,即第1对真叶转变为子叶;这对多出的子叶
比正常的子叶小,形状不规则,且含有许多在子叶细
胞中具备而正常真叶中没有的淀粉粒、蛋白体、脂类
体等;然而,xtc1真叶子叶化表型具有可变的外显率
和表达性,即xtc1/xtc1植株后代中平均30%具有
真叶子叶化表型;此外,XTC1基因的突变对地上器
官具有多效性影响,比如xtc1突变体的花瓣提前打
开,突变体茎表面比野生型更绿,说明xtc1突变体
茎部的表皮蜡含量可能减少。推测XTC1基因可
能参与脂类代谢,且特异地参与表皮蜡合成或运输。
因此,本研究鉴定了xtc1突变体表皮蜡缺失表型,
并图位克隆导致xtc1突变体表型的基因,旨在为深
入了解植物表皮蜡合成及运输提供资料。
1 材料与方法
1.1 材 料
1.1.1 植物材料 拟南芥 Columbia-0(Col野生
型)和Ler野生型为本实验室所有,xtc1突变体由
Dr.Poethig(California Institute of Technology,Pa-
sadena)惠赠,Salk-020856等21个基因的 T-DNA
插入拟南芥突变体从拟南芥生物资源中心(Arabi-
dopsis biological resource center,ABRC)购得。
1.1.2 菌株和质粒 大肠杆菌 DH5α、农杆菌
MP90、pMD400供体载体和pMDC32目标载体均
为本实验室所有。
1.1.3 试 剂 PCR高保真酶购自Takara,质粒
提取试剂盒、DNA片段纯化试剂盒购自北京博大泰
克,Gateway BP ClonaseTMEnzyme Mix和Gateway
LR ClonaseTM Enzyme Mix试剂盒购于Invitrogen
公司,其他试剂均为国产。
1.2 植物培养
将悬浮于1g/L琼脂糖中的拟南芥Ler野生
型、Col野生型、xtc1突变体和其他21种T-DNA插
入突变体种子于4℃放置3d,取出种子置于黑土和
蛭石(体积比1∶1)的混合土中,覆盖塑料膜以保
湿,20℃光照培养箱培养(每天16h光照),至抽苔
时去掉塑料膜。
1.3 植物转化
按照 Gateway BP ClonaseTM Enzyme Mix和
Gateway LR ClonaseTM Enzyme Mix试剂盒说明,
构建入门载体和目标载体pMDC32-35S-FATB。使
用蘸花法转化pMDC32-35S-FATB质粒到xtc1突
变体中[20],待蘸花植株的种子成熟后,收获种子,用
含75μg/mL潮霉素的 MS培养基筛选,得到过量
表达FATB的转基因植株。
1.4 表皮蜡的提取与分析
将拟南芥 Ler野生型、xtc1突变体和xtc1-
FATB 转基因植株的茎分别浸泡在 5 mL 含1
μg/μL C24烷烃的三氯甲烷中30s,用氮气干燥浓
缩后转入气相色谱分析管中,加10μL N,O-三氟乙
酰胺和10μL吡啶,于70℃加热1h,氮气干燥,加
入100μL三氯甲烷,进行气相色谱-氢焰离子(GC-
FID)和气相色谱-质谱(GC-MS)分析。
1.5 DNA提取及PCR检测
采用 CTAB 法[21]提取拟南芥xtc1突变体、
xtc1突变体与Col野生型杂交经鉴定的F2 代植株
和Ler野生型植株叶片的基因组DNA。PCR扩增
体系为:2×PCR Reaction Mix 10μL (含 100
mmol/L KCl、20 mmol/L Tris-HCl、3 mmol/L
MgCl2、400mmol/L dNTP),Taq DNA 聚合酶(5
U/μL)0.2μL,引物(10μmol/L)各1μL,模板
DNA 1μL,ddH2O补至20μL。反应条件为:94℃
预变性5min;94℃变性30s,55℃退火30s,72℃
延伸30s,35个循环;72℃延伸7min,扩增产物经
20~40g/L琼脂糖电泳,EB染色,BIORAD凝胶成
202 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
像系统观察、照相、读带。
1.6 图位克隆
xtc1突变体与Col野生型杂交产生F1 代植株,
F1 代植株自交得到约1 700株F2 代植株,从中鉴定
出410株具有xtc1突变体表型的植株作为基因定
位群体。图位克隆参考 Lukowitz等[22]描述的方
法。试验所用标记均来自拟南芥网站(www.arabi-
dopsis.org)。表1列出了使用标记的名称、所在细
菌人工染色体(BAC)的名称、类型、引物序列、Ler
和Col 2种生态型扩增片段的大小。
表1 用于定位拟南芥突变基因的标记
Table 1 Markers used to map Arabidopsis mutant gene
标记
Marker BAC
类型
Type
引物F
Primer F
引物R
Primer R
Ler片段/bp
Ler fragment
Col片段/bp
Col fragment
F12K11 F12K11 SSLP  gaagagcctgtcaccaactacg  tcgaatctaaccaaatgtcttcagg  181  226
F9L1 F9L1 SSLP  tgtgcatggtattataggtgg  aatcgcctactatatctttcag  200  140
T23G18 T23G18 SSLP  atgagtggccaagtgttacg  caacaagaagcagtacactg  183  199
F7G19 F7G19 SSLP  ggatgcattacaagtcaacagg  cagacagaacatggatatgggt  278  322
T27G7-1 T27G7 SSLP  cttcaggcccatattcgtttg  tcttatcctttgaggctttcag  128  138
T27G7-2 T27G7 SSLP  gtgcctacaggattgatgcc  agactaagaatttcaacctgatg  233  253
T27G7-3 T27G7 SSLP  tagcttcatcgacgatgtcag  ctactatccaatcatgtgttcg  194  214
F22O13-1 F22O13 SSLP  catatgattactgcgatgctt  gaggataattctcgctatgc  111  117
F22O13-2 F22O13 SSLP  tatgacatacctaggaaacgag  gaccacatgtcacctttagga  180  210
1.7 FATB基因及突变基因的测序
21个基因的 T-DNA插入突变体拟南芥植株
中,除 T-DNA 插入在At1g08510基因上的Salk-
020856突变体具有xtc1突变体的表型(如Salk-
020856的茎比Ler野生型的茎更绿)外,其他20个
基因的T-DNA插入突变体的表型均与Ler野生型
无任何差异,初步确定At1g08510基因为xtc1突变
的候选基因。
用于FATB基因编码区测序的引物见表2,由
深圳华大基因生物技术有限公司测定PCR产物序
列,利用正反向引物双向测序。
表2 用于野生型和xtc1突变体拟南芥中突变基因测序的引物序列
Table 2 Primers used for sequencing the mutant gene in Arabidopsis wild type and xtc1mutants
名称
Primer name
序列
Primer sequence
名称
Primer name
序列
Primer sequence
fatbf1F tggcagtgtctttgaacgctt  fatbf3F ttggtctcatgggttagctatt
fatbf1R ccagtgacaacaggtaaccg  fatbf3R gagagtcttacaagctggtca
fatbf2F tatgtatgaacaagctcttatgc  fatbf4F atgttcgatctggtctcactgt
fatbf2R accaatgaatgatcagatgaaga  fatbf4R caagcaaggtggtagtagcag
2 结果与分析
2.1 xtc1突变体拟南芥茎表皮蜡含量的变化
为了研究拟南芥xtc1突变体茎表皮蜡的变化,
采用气相色谱-氢焰离子(GC-FID)和气相色谱-质谱
(GC-MS),分别检测5株Ler野生型和5株xtc1突
变体拟南芥植株茎表皮蜡的组成,结果见图1。
图1 拟南芥Ler野生型与xtc1突变体植株茎表皮蜡的组成比较
Fig.1 Cuticular wax composition on stems of Ler wild type and xtc1 Arabidopsis plants
302第4期 蒋 琦,等:拟南芥xtc1突变体的图位克隆分析
  图1显示,Ler野生型拟南芥茎表皮蜡的各组
分在xtc1突变体中均能检测到,但是xtc1突变体的
各组分含量均低于Ler野生型;Ler野生型和xtc1
突变体拟南芥植株的茎表皮蜡总量分别为18.2和
5.6μg/cm
2,前者是后者的3倍多。
2.2 xtc1突变体突变基因的定位
利用图位克隆方法对xtc1突变体的突变位点
进行基因定位。经过初定位发现,突变位点与第1
条染色体上端的F12K11标记和F9L1标记具有明
显连锁。在F12K11和F9L1之间设计引物进一步
定位,相关分子标记的电泳图见图2。结合图3发
现,突变位点可能处于相距约80kb且具有21个基
因的T27G7-3和F22O13-1 2个标记之间。
图2 拟南芥xtc1突变体突变位点的分子标记电泳图
1.F12K11Ler片段;2.F12K11Col片段;3.F9L1Ler片段;4.F9L1Col片段;5.T23G18Ler片段;6.T23G18Col片段;
7.F7G19Ler片段;8.F7G19Col片段;9.T27G7-1Ler片段;10.T27G7-1Col片段;11.T27G7-2Ler片段;12.T27G7-2Col片段;
13.T27G7-3Ler片段;14.T27G7-3Col片段;15.F22O13-1Ler片段;16.F22O13-1Col片段;17.F22O13-2Ler片段;
18.F22O13-2Col片段;M.DL2000Marker
Fig.2 Electrophoresis of mutation site Markers of Arabidopsis mutant xtc1
1.F12K11Ler fragment;2.F12K11Col fragment;3.F9L1Ler fragment;4.F9L1Col fragment;5.T23G18Ler fragment;
6.T23G18Col fragment;7.F7G19Ler fragment;8.F7G19Col fragment;9.T27G7-1Ler fragment;10.T27G7-1Col fragment;
11.T27G7-2Ler fragment;12.T27G7-2Col fragment;13.T27G7-3Ler fragment;14.T27G7-3Col fragment;15.F22O13-1Ler
fragment;16.F22O13-1Col fragment;17.F22O13-2Ler fragment;18.F22O13-2Col fragment;M.DL2000Marker
图3 xtc1突变位点在拟南芥第1条染色体上端的定位信息
Fig.3 Location of xtc1mutation at the top of Arabidopsis chromosomeⅠ
2.3 xtc1突变体突变基因的鉴定
根据拟南芥基因组信息,At1g08510基因由5
个外显子和4个内含子组成,编码负责催化脂酰基
载体蛋白的脂酰基-ACP硫酯酶B(Fatty acyl thio-
esterase B,FATB)[23]。以xtc1突变体及Ler野生
型拟南芥的基因组 DNA 为模板,设计引物对
FATB 进行扩增和测序。结果(图4)显示,突变体
在FATB基因起始密码子后的第437个碱基处发
402 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷
生14个碱基的缺失,导致形成终止密码子(TAG),
使得蛋白质翻译提前终止,这样一个残缺的多肽链
理论上不具备正常生理功能。
图4 xtc1突变位点基因与FATB基因序列的比对
Fig.4 Comparison of DNA sequences of xtc1and FATB
  为了进一步验证FATB 基因突变是否导致
xtc1突变体的表型,本研究构建了pMDC32-35S-
FATB双元载体,并用其转化xtc1突变体,结果得
到了8株转基因植株(xtc1-FATB),这些植株的茎
部都呈现灰绿色,与Ler野生型茎的颜色相似(图
5)。经GC-FID检测,表型恢复的转基因植株xtc1-
FATB茎部表皮蜡总量为26.27μg/cm
2,Ler野生
型为18.71μg/cm
2,xtc1突变体为5.98μg/cm
2(图
6)。xtc1-FATB转基因植株中的35S强启动子可
能导致其植株茎部表皮蜡总量高于Ler野生型。此
外,在8株xtc1-FATB 转基因植株中,未观察到
xtc1突变体的真叶子叶化及花瓣提前打开等表型。
以上结果证明,FATB基因突变是导致形成xtc1突
变体的原因,即FATB基因为突变基因。
图5 10周龄Ler野生型(左)、xtc1突变体(中)与
xtc1-FATB(右)拟南芥植株的表型
Fig.5 Phenotypes of 10-week-old wild type Ler(left),
xtc1(middle)and xtc1-FATB(right)plants
图6 拟南芥Ler野生型、xtc1突变体与xtc1-FATB
转基因植株茎部表皮蜡总量的比较
Fig.6 Total wax loads on stems of Arabidopsis wild type
Ler,xtc1mutants and xtc1-FATBtransgenic plants
3 讨 论
在植物质体中合成的C16:0-脂酰基载体蛋白
(C16:0-ACP)、C16:1-ACP、C18:0-ACP和C18:1-
ACP经脂酰基硫酯酶(FAT)催化可释放出游离的
脂肪酸和ACP[24-25]。在拟南芥中,根据底物偏好性
将FAT分为FATA和FATB 2个家族[26]。体外
酶活试验结果表明,FATA对不饱和脂肪酸C18:1-
ACP的催化活性最高,对C16:0-ACP、C16:1-ACP
和C18:0-ACP的催化活性分别为C18:1-ACP催化
活性的1.65%,9.37%和11.84%;而FATB对饱
和脂肪酸C16:0-ACP的催化活性最高,对C16:1-
ACP、C18:0-ACP和C18:1-ACP的催化活性分别
是 C16:0-ACP 活 性 的 21.77%,36.29% 和
75.88%[23]。因此,FATB 基因的突变导致从质体
转运到内质网的C16:0和C18:0饱和脂肪酸减少,
使得内质网上合成超长链脂肪酸的前体减少,最终
导致表皮蜡水平的降低。这与本研究中xtc1突变
体茎表皮蜡的所有组分均比Ler野生型显著减少的
结果一致。
  据报道,拟南芥xtc1突变体的幼苗与野生型相
比多出1对子叶,这很可能是由xtc1突变体胚胎发
育异常导致的[19]。本研究中图位克隆和转基因结
果显示,突变基因是FATB,但是有关FATB 基因
突变导致多余子叶表型出现的详细机理尚不清楚,
有待进一步研究。
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602 西北农林科技大学学报(自然科学版) 第42卷