全 文 :2015年09月 四川大学学报 (自然科学版) Sept.2015
第52卷 第5期 Journal of Sichuan University(Natural Science Edition) Vol.52 No.5
收稿日期:2014-02-21
基金项目:国家863项目 (2012AA022204),国家自然科学基金 (31171586)
作者简介:陈鹏 (1987-),男,重庆人,硕士,研究方向为现代生物技术,E-mail:chenpeng_bio@163.com.
通讯作者:杨毅.E-mail:yangyi528@vip.sina.com
doi:103969/j.issn.0490-6756.2015.09.030
拟南芥Hsp40蛋白AtDjA5在
大肠杆菌中的功能分析
陈 鹏,徐西兵,胡屹玲,杨 毅
(四川大学生命科学学院生物资源与生态环境教育部重点实验室,成都610064)
摘 要:通过分析大肠杆菌dnaJ 缺失菌株在43℃下的生长表型,发现AtDjA5及其J-Do-
main能够功能性地替换DnaJ及其J-Domain.免疫共沉淀实验结果表明AtDjA5与DnaK存
在相互作用.由 Western blot检测推测AtDjA5能够稳定大肠杆菌热激转录因子σ32并下调热
激蛋白DnaK表达量.这些发现说明AtDjA5在大肠杆菌中具有与DnaJ相似的功能.
关键词:热激蛋白;Hsp40;DnaJ;AtDjA5;免疫共沉淀;Western blot
中图分类号:Q7 文献标识码:A 文章编号:
Functional analysis of the Arabidopsis thaliana Hsp40
protein AtDjA5in Escherichia coli
CHEN Peng,XU Xi-Bing,HU Yi-Ling,YANG Yi
(Key Laboratory of Bio-resource and Eco-environment of Ministry of Education,
Colege of Life Sciences,Sichuan University,Chengdu 610064,China)
Abstract:By analyzing growth phenotype of the dnaJ mutant strain at 43℃,AtDjA5and its J-Domain
can functionaly substitute for DnaJ and its J-Domain.Co-immunoprecipitation experiments show that
AtDjA5can interact with DnaK.It’s speculated that AtDjA5can stabilize the heat shock factorσ32 of
E.coli and down-regulate the expression of Dnak by western blot analysis.These findings suggest that
AtDjA5has a similar function with DnaJ in E.coli.
Key words:Heat shock protein;Hsp40;DnaJ;AtDjA5;Co-immunoprecipitation;Western blot
1 引 言
热激 反 应 (Heat Shock Response,简 称
HSR)是细胞对高温胁迫的响应.热激反应中细
胞快速上调表达一系列热激蛋白 (Heat Shock
Protein,简称 Hsp),包括分子伴侣和蛋白酶等,
形成一个适合蛋白质折叠的环境[1],以此应对高
温对细胞的损害.大肠杆菌DnaK (Hsp70)分子
伴侣系统 (DnaK/DnaJ/GrpE)在正常生理条件
和胁迫条件下,都发挥着重要的作用,例如新生
肽链的折叠,多聚蛋白的聚合与解聚,信号转导
以及变性蛋白的复性等[2].此外,DnaK分子伴侣
系具有调控热激反应的功能,DnaK/DnaJ通过与
热激转录因子σ32的特异结合,并使其被锚定在细
胞膜上的蛋白酶FtsH降解,从而调控整个热激反
应[3].
Hsp40是DnaJ及其同源蛋白的总称,因其具
有70个氨基酸左右的高度保守区域,即J-Do-
四川大学学报 (自然科学版) 第52卷
main,故又被称为J蛋白.J-Domain是与DnaK结
合并激活其ATP酶活力的主要区域.Hsp40可分
为三类,第一类 Hsp40含有4个结构域,除N端
的J-Domain,还有G/F区,锌指结构域和一个不
太保守的C端结构域;第二类 Hsp40缺少锌指结
构域;第三类 Hsp40仅含有J-Domain[4].拟南芥
基因组中含有8个不同基因编码的第一类Hsp40,
分别定位在细胞质、叶绿体、线粒体或内质网中.
拟南芥 AtDjA5 (基因编号:AT4G39960)蛋白
是定位于叶绿体的第一类 Hsp40,其N端含有一
段疏水的定位信号[5].而AtDjA5在拟南芥中的功
能研究未见报道.来源于不同物种的 Hsp40在大
肠杆菌中的功能研究已有报道,例如来自酵母线
粒体的 Mdj1p (第一类 Hsp40)能够弥补大肠杆
菌dnaJ突变菌株的热敏感表型,其J-Domain能
够功能性替换 DnaJ的J-Domain[6],而来自高等
植物的 Hsp40鲜有相关研究.
鉴于DnaJ和植物来源AtDjA5在氨基酸序列
上的相似性,本研究尝试解答 AtDjA5能否替代
DnaJ在大肠杆菌中的作用.
2 材料和方法
2.1 实验材料
菌株:大肠杆菌dnaJ 缺失菌株 MF634及大
肠杆菌DH5α、Rosetta和 W3110为本实验室保
存.
质粒:pET28a、pBAD24由本实验室保存;
pMD19-T购于Takara.
试剂:RNA提取试剂盒、DNA凝胶回收试
剂盒和质粒提取试剂盒购于 TIANGEN;反转录
试剂盒购于TOYOBO;T4DNA连接酶和限制性
内切酶购于Fermentas;western Maker、FastPfu
高保真酶购于 Transgen;Protein A/G PLUS-
Agarose免疫共沉淀试剂购于SANTA CRUZ;二
抗、western blot化学发光试剂和超滤管购于
Milipore;DnaK 蛋白购于 Enzo;anti-DnaK 和
anti-His抗体购于Abcam;anti-σ32抗体购于Neo-
Clone.
2.2 实验方法
2.2.1 载体构建 pET28a-AtDjA5和pBAD24-
AtDjA5重组载体构建.以反转录合成的拟南芥
cDNA为模板,再以表1中AtDjA5 (Sense+An-
tisense)引物PCR扩增AtDjA5基因片段 (去掉
了N端信号肽部分).PCR产物与pMD19-T连接
并转化DH5α,筛选阳性克隆.提取质粒,进行双
酶切验证后测序鉴定.经 NheⅠ和SalⅠ消化的
AtDjA5目的片段和pET28a载体片段进行连接,
获得pET28a-AtDjA5重组载体.再以 NcoⅠ和
SalⅠ消化pET28a-AtDjA5和pBAD24,分别回
收 AtDjA5和 pBAD24片段并进行连接,得到
pBAD24-AtDjA5重组载体.
pBAD24-DnaJ重组载体构建.利用大肠杆菌
W3110基因组作为模板,以表1中DnaJ (Sense
+Antisense)引物,PCR扩增 DnaJ并进行 TA
克隆.利用 NcoⅠ和SalⅠ消化pMD19-DnaJ和
pBAD24,回收相应目的基因和载体片段并连接,
得到pBAD24-DnaJ重组载体.
pBAD24-AtDjA5-J嵌合蛋白重组载体构建.
以 pMD19-AtDjA5 为 模 板, 表 1 中 AtDjA5
(Sense)和 AtDjA5JD (Antisense)为 引 物,
PCR扩增AtDjA5的J-Domain片段,经TA克隆
获得pMD19-AtDjA5JD.以pMD19-DnaJ为模板,
表1中DnaJ70-376 (Sense)和DnaJ(Antisense)
为引物,PCR扩增DnaJ去掉J-Domain剩下的部
分 (DnaJ的70到376位氨基酸残基),TA克隆
获得pMD19-DnaJ70-376.利用BamHⅠ和SalⅠ
消化pMD19-DnaJ70-376和pET28a,回收相应目
的基因和载体片段并连接,获得pET28a-DnaJ70-
376.再利用NheⅠ和BamHⅠ消化pMD19-AtD-
jA5JD和pET28a-DnaJ70-376,回收相应目的基
因和载体片段并连接,获得pET28a-AtDjA5-J重
组质粒.最后利用 NcoⅠ和SalⅠ消化pET28a-
AtDjA5-J和pBAD24,回收相应目的基因和载体
片段并连接,获得pBAD24-AtDjA5-J重组质粒.
2.2.2 细菌生长表型试验 将构建的pBAD24-
AtDjA5、pBAD24-AtDjA5-J、pBAD24-DnaJ 和
pBAD24分别转化大肠杆菌dnaJ缺失菌株.分别
挑取新转化平板上的单菌落,37℃过夜培养,按
1∶100转接至新鲜 LB培养基 (含50μg/mL
Amp)中,培养至 OD600为0.6时,各收集1mL
菌液,用无菌水梯度稀释 (100~10-4),每个梯度
各取5μL滴于含50μg/mL Amp和0.5%L-阿拉
伯糖的2个LB固体培养基上,分别置于37℃和
43℃培养约16h,照相记录菌落生长情况.实验
重复3次.
8111
第5期 陈 鹏,等:拟南芥 Hsp40蛋白AtDjA5在大肠杆菌中的功能分析
表1 本研究使用的引物
Tab.1 The sequence of the primers used in this study
Primer Name Primer
Restriction Enzyme
Cutting Site
AtDjA5 Sense 5′-CTAGCTAGCGATTTCTATTCTGTCCTTGGAGTCT-3′ NheⅠ
Antisense 5′-ACGCGTCGACTTATCTCCTGCTATTAGCTACCTTG-3′ SalⅠ
AtDjA5JD Antisense 5′-CGCGGATCCATATCTGTCGTATAGAGATCTTTTC-3′ BamHⅠ
DnaJ Sense 5′-CATGCCATGGCTAAGCAAGATTATTACGAGA-3′ NcoⅠ
Antisense 5′-ACGCGTCGACTTAGCGGGTCAGGTCGTCAAAAAAC-3′ SalⅠ
DnaJ70-376 Sense 5′-CGCGGATCCGGTCATGCTGCGTTTGAGCAAGGTG-3′ BamHⅠ
2.2.3 蛋白纯化 将构建的pET28a-AtDjA5重
组载体转化大肠杆菌Rosetta(DE3).活化后的菌
株37℃培养至 OD600为0.6时,加IPTG至终浓
度为0.2mM,16℃诱导培养12h.离心收集菌
体,超声破碎后离心收集上清,用0.22μm滤膜
过滤.按照Ni-NTA树脂纯化手册进行蛋白纯化.
2.2.4 免疫共沉淀 将纯化的1.25μM AtDjA5
与0.5μg的DnaK加入到预冷的300μL buffer K
(30mM Hepes/KOH,pH 7.6,40mM KCl,50
mM NaCl,1mM DTT,7mM 醋酸镁),冰上孵
育30min;加入1μg anti-His抗体,冰上孵育1
h;之后加入20μL protein A/G plus-agarose im-
munoprecipitation reagent,冰上孵育2h;将孵育
后的混合液于4℃下1000g离心5min,弃去上
清,然后用1mL PBS buffer清洗4次.将沉淀重
悬于1×SDS-PAGE上样缓冲液中,利用anti-
DnaK的一抗,按照分子克隆指南 (第三版)的方
法进行蛋白质免疫印迹[7].
2.2.5 Western blot检测σ32和DnaK蛋白表达
量 将构建的 pBAD24-AtDjA5、pBAD24-DnaJ
和PBAD24转化大肠杆菌dnaJ 缺失菌株,分别
挑取新转化平板上的单菌落,37℃过夜培养后按
1∶100转接至新鲜 LB 培养基 (含 50μg/mL
Amp)中,培养OD600至0.6时,添加L-阿拉伯糖
至终浓度为0.5% ,30℃诱导培养1h,测OD600
值,将上述三个菌液OD600值调为一致,4℃收集
等量菌体.加等量上样缓冲液,并分别上样5μL
(检测 DnaK 时,样品均稀释20倍)进行SDS-
PAGE电泳,分别利用anti-σ32和anti-DnaK抗体,
按照分子克隆指南 (第三版)的方法进行蛋白质
免疫印迹[7].
3 结果与分析
3.1 AtDjA5对大肠杆菌dnaJ 缺失菌株的热敏
感表型补偿
本研究选用对温度敏感的大肠杆菌dnaJ 缺
失菌株 (该菌株在43℃下存活率低),以分别转化
pBAD24和pBAD24-DnaJ的dnaJ 缺失菌株作为
阴性和阳性对照,用 AtDjA5回补dnaJ 缺失菌
株,进行生长表型试验.结果显示:43℃热处理条
件下,重组 pBAD24-AtDjA5菌株与阳性对照
(含有pBAD24-DnaJ的菌株)的生存能力没有明
显差异,其克隆子形成率均高出阴性对照 (含有
pBAD24的菌株)两个数量级 (图1).表明AtD-
jA5能够功能性替代DnaJ补偿大肠杆菌dnaJ 缺
失菌株对高温的敏感,使大肠杆菌dnaJ 缺失株
在43℃下能正常生长.
图1 表达 AtDjA5的大肠杆菌dnaJ 缺失菌株在
43℃下的生长表型分析
Fig.1 The growth phenotype analysis of E.coli
dnaJ mutant expressing AtDjA5at 43℃
3.2 AtDjA5的J-Domain功能
通过对 AtDjA5与DnaJ的J-Domain进行比
对发现,二者一致性为55%,且AtDjA5的J-Do-
main序列中具有标识性的 HPD三联体氨基酸序
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四川大学学报 (自然科学版) 第52卷
列 (图2A).用AtDjA5的J-Domain替换DnaJ的
J-Domain,构建了pBAD24-AtDjA5-J嵌合蛋白重
组载体.利用dnaJ 缺失菌株,进行生长表型试
验,结果显示重组pBAD24-AtDjA5-J菌株与阳性
对照 (含有pBAD24-DnaJ的菌株)生存率一致,
并且均高出阴性对照 (含有pBAD24的菌株)至
少两个数量级 (图2B).表明AtDjA5的J-Domain
能够功能性替换大肠杆菌DnaJ的J-Domain,使大
肠杆菌dnaJ缺失菌株在43℃下能正常生长.
图2 表达 AtDjA5-J嵌合蛋白的大肠杆菌dnaJ 缺
失菌株在43℃下的生长表型分析
A:DnaJ和AtDjA5的J-Domain序氨基酸列比对;B:表达
AtDjA5-J嵌合蛋白的大肠杆菌dnaJ 缺失菌株在43℃下的
生长情况分析.
Fig.2 The growth phenotype analysis of E.coli dnaJ
mutant expressing AtDjA5-J chimera at 43℃
A:An alignment of J-Domain amino acid sequence between
DnaJ and AtDjA5;B:The growth phenotype analysis of E.
coli dnaJ mutant expressing AtDjA5-J chimera at 43℃
3.3 AtDjA5与DnaK相互作用
AtDjA5蛋白纯化结果如图3A,目的条带大
小约45kD与预测一致.为了检测AtDjA5能否与
DnaK相互作用,本研究使用纯化的 AtDjA5和
DnaK与anti-His抗体进行免疫共沉淀实验 (表
达的AtDjA5目的蛋白带有6×His标签,而购买
的DnaK蛋白不含 His标签),并利用anti-DnaK
抗体进行 Western blot检测.结果显示在经anti-
His抗体共沉淀的蛋白中,能够检测到DnaK条带
(图3B箭头所指处),表明AtDjA5与DnaK之间
存在相互作用.
图3 免疫共沉淀分析AtDjA5与DnaK之间的相互作用
A:带 His标签AtDjA5的纯化;B:免疫共沉淀分析 AtD-
jA5与DnaK的相互作用
Fig.3 Co-immunoprecipitation analysis of interac-
tion between AtDjA5and DnaK
A:Purification of His taged AtDjA5;B:Co-immunoprecipi-
tation analysis of interaction between AtDjA5and DnaK
3.4 AtDjA5的表达对大肠杆菌内源蛋白σ32和
DnaK的影响
将分别转化了 pBAD24-AtDjA5、pBAD24-
DnaJ和 pBAD24的大肠杆菌dnaJ 缺失菌株,
30℃诱导培养1h,分别收集等量菌体,分别利用
anti-σ32和anti-DnaK抗体进行westerh blot检测.
结果显示诱导表达 AtDjA5明显提高了热休克转
录因子σ32蛋白的表达量 (利用 Bio-Rad Image
Lab 4.1软件计算条带灰度值,与pBAD24对照相
比,σ32蛋白的表达量提高了12倍),甚至高于诱
导表 达 DnaJ 提 高 的 σ32 蛋 白 的 表 达 量 (与
pBAD24对照相比,σ32蛋白的表达量提高了5
倍);而表达 AtDjA5 和 DnaJ蛋白的菌株与
pBAD24对照菌株相比,内源蛋白 DnaK的蛋白
量均下降 (二者与pBAD24对照的DnaK蛋白量
比值分别为0.55和0.42) (图4).推测 AtDjA5
具有与DnaJ相似的功能,可以稳定热休克转录因
子σ32,并使热激蛋白DnaK的表达量下调.
图4 Western blot分 析 分 别 转 化 了 pBAD24、
pBAD24-DnaJ或pBAD24-AtDjA5的大肠杆
菌dnaJ缺失菌株的σ32和DnaK蛋白
Fig.4 Western blot analysis ofσ32 and Dnak of E.
coli dnaJ mutant transformed with pBAD24,
pBAD24-DnaJ or pBAD24-AtDjA5
0211
第5期 陈 鹏,等:拟南芥 Hsp40蛋白AtDjA5在大肠杆菌中的功能分析
4 讨 论
J-Domain是 Hsp40与 Hsp70相互作用的主
要区域,替换J-Domain中 HPD三联体中任一残
基将丧失激活 Hsp70ATP酶活力能力[9],替换
DnaJ的J-Domain螺旋Ⅱ和螺旋Ⅲ上的一些残基
(例如:Y25A,K26A和F47A)也导致完全丧失
J-Domain功能[10].体外实验显示单独的J-Domain
不能激活 DnaK的 ATP酶活力;J-Domain连同
G/F区域 (DnaJ12)能够行使部分DnaJ在体内
的功能,体外实验显示DnaJ12能够激活DnaK的
ATP酶活力,表明这一区段是DnaJ分子伴侣功
能最小决定区[11].酵母线粒体 Hsp40Mdj1p能够
抑制大肠杆菌dnaJ 缺失菌株的高温生长缺陷,
能够与大肠杆菌DnaK相互作用,并且在体外实
验中能够替代DnaJ在DnaK系统中重折叠变性的
荧光素酶[12,13].J-Domain替换实验表明,不仅酵
母线粒体 Hsp40蛋白 Mdj1p,还包括人类 Hsp40
蛋白 Hdj1以及噬菌体J蛋白Rki等的J-Domain
都能功能性替换大肠杆菌DnaJ的J-Domain[4,14].
本研究中,AtDjA5是定位于拟南芥叶绿体的
第一类 Hsp40,与大肠杆菌 DnaJ序列相似度为
34.4%,其中J-Domain序列相似度达到55%,并
且AtDjA5的J-Domain包含保守的 HPD三联体.
J-Domain替换实验表明 AtDjA5的J-Domain能
够功能性替代DnaJ的J-Domain,并且细菌生长
表型试验表明 AtDjA5能够替代 DnaJ,使dnaJ
缺失菌株在43℃下恢复正常生长.暗示 AtDjA5
在大肠杆菌中可能行使与DnaJ类似的生理功能.
接下来通过免疫共沉淀实验表明AtDjA5和DnaK
存在相互作用,进一步说明了 AtDjA5可能通过
与DnaK相互作用,实现其在大肠杆菌中的生物
学功能.
DnaK分子伴侣系统的一个重要作用是调控
依赖σ32的大肠杆菌热激反应.正常情况下,DnaK
和DnaJ能够结合σ32并使其被细胞膜锚定的蛋白
酶FtsH降解,从而调节自身以及其他受σ32调控
的热激蛋白的合成.热胁迫条件下,未折叠蛋白与
聚集体蛋白招募DnaK等分子伴侣,σ32与DnaK/
DnaJ分离,从而稳定了σ32,导致σ32结合到RNA
聚合酶,从而引起下游热激蛋白的表达[1].研究表
明大肠杆菌DnaK、DnaJ 或GrpE 任一基因突
变,甚至在非热激条件下也会导致热激基因上调
表达[15,16].Wal等发现在dnaJ突变株中DnaJ12
能够下调热激报告基因的表达[11];Deloche等发
现利用同样的报告菌株,酵母线粒体 Mdj1p
(Hsp40)不能下调热激报告基因的表达[13].
本研究发现,在30℃非胁迫条件下,dnaJ缺
失株中过表达 AtDjA5能够有效下调热激蛋白
DnaK表达量.值得注意的是回补DnaJ不但没有
导致σ32量的下降反而提高了5倍左右,又由于下
游DnaK的表达量明显下降,暗示σ32与RNA聚
合酶的结合受到了抑制.推测过量的DnaJ与σ32结
合,导致DnaK蛋白量相对降低,致使σ32降解速
率降低,从而稳定了σ32.值得注意的是 AtDjA5
甚至高于DnaJ提高σ32的表达量.如何解释导致这
一现象的原因,需要进行进一步的研究.
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