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大岩桐GAI同源基因的克隆及功能研究



全 文 :第13卷第5期
2014年9月
杭州师范大学学报(自然科学版)
Journal of Hangzhou Normal University(Natural Science Edition)
Vol.13No.5
Sep.2014
收稿日期:2014-04-15
基金项目:国家自然科学基金项目(31071818);浙江省重点科技创新团队项目(2010R50039).
通信作者:庞基良(1963—),男,教授,主要从事植物发育调控研究.E-mail:pangrenshuiliang@aliyun.com
doi:10.3969/j.issn.1674-232X.2014.05.011
大岩桐GAI同源基因的克隆及功能研究
费 元1,钟 丹 2,韩 雪 1,庞基良 1
(1.杭州师范大学生命与环境科学学院,浙江 杭州310036;2.浙江省绍兴市鲁迅中学分校,浙江 绍兴312000)
摘 要:以大岩桐(Sinningia speciosa)花蕾RNA为模板,利用RACE技术克隆了大岩桐GAI同源基因的
全长cDNA,命名为SsGAI(在 GenBank中登录号为:FJ594773).序列分析表明,SsGAI的 ORF长度为1689
bp,编码562个氨基酸,含有典型的植物DELLA结构域以及GRAS结构域.蛋白同源性分析表明,SsGAI与葡
萄的VvGAI及陆地棉的GhGAI相似性分别为68%、64%.SsGAI基因在花萼中的相对表达量最高,在茎中表
达沉默.将SsGAI置于CaMV35S启动子控制下在烟草中异位表达,转基因烟草表现出植株矮化,花瓣数增加,
花期延迟等新表型,表明SsGAI参与了转基因烟草株高及花器官的发育.
关键词:大岩桐;GAI同源基因;花发育
中图分类号:Q943.2     文献标志码:A
文章编号:1674-232X(2014)05-0509-08
赤霉素(GA)是一种重要的植物激素,它调节许多植物的生长和发育过程,如种子萌发、叶的生长、根
茎的伸长、花的发育以及果实的膨大等[1].赤霉素的信号转导由正向作用因子和反向作用因子调节,GAI
基因是GA信号转导途径中的反向作用因子之一,它编码的蛋白属于GRAS家族的DELLA蛋白,DEL-
LA蛋白在GA信号转导途径中发挥着重要作用,赤霉素通过泛素化降解途径促使DELLA蛋白降解,从
而引起赤霉素反应基因的表达[2].目前已从拟南芥(Arabidopsis thaliana)、豌豆(Pisum sativum)、杨树
(Populus alba)苹果(Malus pumila)、葡萄(Vitis vinifera)[3-7]等多个物种中克隆到GAI的同源基因.
GAI的功能缺失会产生拟南芥突变体ga1-3迟开花的表型,说明GAI起抑制花转变的作用[8].拟南芥的
GAI基因在水稻中过表达会引起植株的矮化,而这可能会产生一系列的水稻高产品种[9].葡萄的VvGAI
突变会引起在原本形成卷须的部位产生花序[10].VvGAI还与葡萄的育性、串重、果实品质相关[11].以上研
究表明GAI基因与株高、花芽分化以及果实发育密切相关.
我们通过在培养基中添加赤霉素和细胞分裂素,建立了离体培养大岩桐花被切块高频率直接再生花
芽的实验体系[12-13].GAI基因既是GA信号转导的反向作用因子,又在花发育中起作用,本研究克隆了大
岩桐的GAI同源基因,并通过农杆菌介导法转化烟草,初步研究了大岩桐GAI同源基因的功能.
1 材料与方法
1.1 供试材料
本实验所用的大岩桐(Sinningia speciosa),种植于杭州师范大学玻璃温室.取新鲜花蕾分装,于液氮
中保存备用.
1.2 方 法
1.2.1 总RNA的提取与cDNA合成
采用异硫氰酸胍法(GT)提取花蕾(直径约5mm)组织的总RNA,取2μg RNA,使用RevertAid
TM
First Strand cDNA Synthesis Kit(ToYoBo,Code:FSK-100)合成cDNA.
1.2.2 GAI基因保守区克隆
通过对已经在GenBank上发布的拟南芥等植物GAI同源基因序列的比对,在其保守区域设计一对
引物,Dela 004:5’-CAC GCC ACC ACG TTGCAG AT-3’,Dela 005:5’-GCACTT CTA CGA GAC
CTG CC-3’,以反转录后的大岩桐cDNA为模板进行PCR,PCR的条件是94℃3min,94℃45s,55℃
45s,72℃1.5min,72℃10min,30个循环.将该PCR扩增产物经1.2%琼脂糖电泳后,利用DNA 胶回
收试剂盒回收,连接到pMD18-T测序载体,送上海生工公司测序.
1.2.3 3’端的克隆
根据测序得到的GAI保守区序列,在序列内部设计两个5’端巢式引物与试剂盒所带引物形成嵌套,
以第一链cDNA为模版进行3’RACE.两个5’端的引物Dela 007(Outer):5’-TTT GGT ATG AAA
CAG GGA ATG C-3’;Dela 008(Inner):5’-CAA GCA TTG GCG TTG AGG C-3’.试剂盒所带引物:
3RACE(Outer):5’ -TAC CGT CGT TCC ACT AGT GAT TT-3’;3RACE(Inner):5’-CGC GGA
TCC TCC ACT AGT GAT TTC ACT ATA GG-3’.
1.2.4 5’端的克隆
根据已知的中间序列,设计两个3’端巢式引物与试剂盒所带引物形成嵌套.以第一链cDNA 为模板
按照试剂盒方法进行5’RACE,将PCR扩增产物回收后,连接到pMD18-T测序载体后,送上海生工公司
测序.两个3’端巢式引物是Dela 012(Outer):5’-TCC AAT GAA ACG AAA AGG GTC-3’;Dela 010
(Inner):5’-CCA CCG TCT CAC CTT CCC TAA-3’.试剂盒所带引物5RACE(Outer):5’-CAT GGC
TAC ATG CTG ACA GCC TA-3’;5RACE(Inner):5’-CGC GGA TCC ACA GCC TAC TGA TGA
TCA GTC GAT G-3’.
1.2.5 GAI基因全长的克隆
用DNAstar软件拼接所得的3段序列(中间序列、3’端序列和5’端序列),根据拼接结果,在两端设
计基因的特异性引物,全长引物是SsGAI001:5’-CGG GAT CCT TTC AAG AAA ATG AAG AGA
GAC CAC-3’;SsGAI002:5’-CGA GCT CCA AAC CAG ACC GGG TTT CAC TC-3’,进行全长PCR
扩增,将PCR扩增产物回收后,连接到pMD18-T测序载体后,送上海生工公司测序.
1.2.6 生物信息学分析
将测序结果通过NCBI网站进行核苷酸序列比对(Blastn)和氨基酸序列比对(Blastp);用DNAman
4.0进行氨基酸序列比对分析;根据同源比对结果,用 MEGA 4.1进行进化树分析.
1.2.7 SsGAI器官特异性表达分析
分别提取大岩桐的根、茎、叶、花萼和直径5mm花芽的总RNA,反转录后得到不同组织的cDNA,以
肌动蛋白(Actin)作为内标对cDNA模板进行半定量,通过对不同的cDNA模板进行RT-PCR,确定Ss-
GAI在不同组织中的表达量.PCR反应程序为:94℃预变性5min;94℃变性45s,60℃退火45s,72℃延
伸60s,扩增30个循环;72℃延伸10min.Actin的引物为ActinF:5’-GGAGAAGATCTGGCATCACA-
3’,ActinR:5’-CCTCCAATAAAGACACTGTA-3’.
1.2.8 SsGAI的载体构建和烟草转化
以pBI121为基础,CaMV 35S为启动子,构建SsGAI同源基因全长 ORF序列的超表达载体.用
BamHI和SacI对克隆载体pMD18-T Simple进行双酶切,所得ORF连接到用相同内切酶进行双酶切的
pBI121载体上,取代GUS基因,获得pBI121-SsGAI表达载体.将重组质粒转化大肠杆菌XL1-Blue.构建
过程中质粒DNA小量提取、酶切、片段回收均参照试剂盒(上海生工公司产品)说明书进行.
015 杭州师范大学学报(自然科学版) 2014年 
使用冻融法(参考分子克隆实验指南第2版)将pBIN19-35S-SsGAI 表达载体导入根癌农杆菌
GV3101中,用叶盘法转化烟草(品种为“黄苗鱼”),在含80μg· mL
-1卡那霉素的 MS培养基上筛选幼
苗,转基因阳性苗经过炼苗后,移栽至花盆中,栽培基质为泥炭∶珍珠岩=3∶1,培养在人工气候室,24
℃,12h/18℃,12h.
转基因烟草苗(T0代)移栽30d后,对9株转基因烟草的叶片进行了SsGAI的RT-PCR分析.并于
转基因烟草苗移栽75d后,仔细观察各种花器官的形态变化.
2 结果与分析
2.1 SsGAI基因的序列
根据GAI保守序列设计引物,以大岩桐花蕾cDNA为模板,经PCR扩增获得一条608bp的特异片段,用
RACE法分别获得3’端1150bp和5’端1256bp的目的片段.将已得到的三段序列通过DNAman软件进行拼
接,根据拼接序列在ORF两端设计引物进行PCR扩增,获得SsGAI的全长ORF序列,长度为1689bp.
2.2 SsGAI全长序列生物信息学分析
通过序列拼接得到SsGAI的全长序列.SsGAI的cDNA全长为2147bp,该序列包含一个完整的开放阅
读框(ORF),长度为1689bp,编码562个氨基酸,起始密码子为ATG,在序列的5’端17-18核苷酸处可能有
一段信号肽剪切位点,含有加尾信号AATAA1-3序列和poly(A)11序列(图1).该序列的GenBank登录号为
FJ594773.Blastp分析发现,SsGAI与葡萄的VvGAI及陆地棉的GhGAI相似性分别为68%、64%.
115 第5期 费 元,等:大岩桐GAI同源基因的克隆及功能研究
图1 大岩桐SsGAI基因全长序列和推测的氨基酸序列
Fig.1 Sequence of Sinningia speciosas SsGAI and its deduced amino acid sequence
  经过SignalP 4.0Server分析,结果表明SsGAI无信号肽,通过比对分析发现,SsGAI在37-109个
氨基酸处有一个DELLA结构域,在第172-529个氨基酸处有一个GRAS结构域,含有植物DELLA蛋
白活性中心序列TVHYNP(见图2).
2.3 SsGAI氨基酸序列的系统进化分析
在软件 MEGA 4.1平台上构建系统进化树,对SsGAI基因编码的氨基酸与GenBank记载的13种
GAI蛋白之间构建系统进化树,进行聚类分析.图3结果显示:SsGAI与葡萄的VvGAI及陆地棉的Gh-
GAI相似性分别为68%、64%.大岩桐SsGAI归属于GRAS家族中的双子叶家族的分类群,而与单子叶
植物亲缘关系较远.
2.4 SsGAI基因的器官特异性表达分析
如图4所示,以大岩桐Actin为内参,SsGAI在叶、花萼、直径5mm的花芽、根中都有表达,且在花萼
中表达量较高,但是在茎中表达沉默.
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图2 大岩桐及其他植物GAI氨基酸序列同源性比对
Fig.2 Alignment of amino-acid sequences of GAIin Sinningia speciosaand other plants
315 第5期 费 元,等:大岩桐GAI同源基因的克隆及功能研究
注:系统发育树分析及多序列比对所涉及到的有关基因序列如下:大岩桐的SsGAI(ACM47244.1);杜梨的pbGAI(AFJ23219.1);
苹果的mdGAI(ADW85805.1);玫瑰的RoGAI(AGK07287.1);陆地棉的GhGAI(ACR58455.1);毛白杨的PtGAI(AFP58844.1);
海岛棉的GbGAI(ABG26370.1);胡桃的JrGAI(AEE69074.2);莴苣的LsGAI(BAG71200.1);蓖麻的RcGAI(XP_002527794.1);
猕猴桃的AdGAI(AHB17742.1);可可的TcGAI(XP_007045197.1);葡萄的VvGAI(AEK06229.1)
图3 13种植物的GAI基因氨基酸序列构建出的进化树
Fig.3 Phylogenetic tree of amino acid sequences of GAI gene from 13species of plants
2.5 转SsGAI烟草的表型分析
利用农杆菌介导法将SsGAI基因转化烟草,在转基因苗移栽30d后,对转基因烟草叶片进行了Ss-
GAI表达的RT-PCR检测分析.结果显示,在转基因烟草中检测到了SsGAI的表达,野生型中未检测到
SsGAI的表达(见图5),说明SsGAI已整合进烟草基因组,并成功表达.
注:L:叶;S:花萼;F:直径5mm花芽;R:根;ST:茎
图4 大岩桐SsGAI基因在各器官表达的RT-PCR分析
Fig.4 Organ-specific expression analysis of SsGAI gene by
RT-PCR in Sinningia speciosa
 
注:M:MarkerⅢ;1-9:转化植物;10:野生型植株
图5 转SsGAI的基因烟草的RT-PCR检测
Fig.5 RT-PCR analysis of SsGAItransformed tobacco
转基因烟草移栽75d后开始观察并记录其表型变化,野生型烟草的花有5个花瓣,转SsGAI烟草的
花表现出了两种新的表型:1)6瓣花,出现频率为18.06%;2)8瓣花,出现频率为30.56%(表1).且转基
因烟草的植株高度显著下降,花期延迟(见图6).
表1 移栽后转基因烟草的花型及株形变化
Tab.1 Changes of flower types and plant morphology of SsGAItransformed tobaccos after transplanting
植株 75d时株高/cm 花型 统计总花数 出现花型变化的花数 表型出现的频率/%
转基因 38.5  6瓣花 72  13  18.06
8瓣花 72  22  30.56
野生型 75.6  5瓣花 / / /
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A.转化SsGAI和野生型的烟草植株,a为转化SsGAI的植株;b为野生型植株;
B.野生型的开放花,花瓣5枚;C.转SsGAI的开放花,花瓣6枚;D.转SsGAI的开放花,花瓣8枚.
图6 SsGAI转化烟草的表型
Fig.6 Phenotype analysis of SsGAItransformed tobacco
3 结 语
DELLA蛋白作为GA信号转导的主要反向作用因子,起着调节植物生长和发育过程的作用.本研究
克隆了大岩桐SsGAI基因,并利用生物信息学对SsGAI进行了系统分析.SsGAI基因推导的蛋白序列与
其他植物有一定差异,但均含有保守的DELLA结构域,且N端都含有酶活性中心区域TVHYNP,表明
在进化中基因功能结构域的稳定性.大岩桐SsGAI编码的多肽链无信号肽酶切位点,表明SsGAI在细胞
中合成后,不进行蛋白转运,其在细胞内的准确定位还有待研究.
SsGAI在根、叶、花萼、花芽中都有表达,但是在茎中表达沉默,推测该基因可能在各个器官中发挥着
不同的调节作用.
SsGAI转化烟草植株株型矮化,花瓣数量增加,这表现为GA缺失的表型,这可能是DELLA蛋白的
过量表达使其抑制功能进一步加强,抑制了赤霉素的作用,使植株矮化、节间变短和花发育发生异常等.
Hani等[14]将一个拟南芥GAI基因转化烟草,结果发现转基因植株也表现花瓣数增加,此外还有雄蕊花瓣
化现象发生.Llewelyn等[15]将35S:GAI转入烟草,转基因植株矮化,花和果荚发育异常.在番茄中过量表
达苹果 Mhgai1,会表现出花器官变小和单性结实的性状[16].
综上所述,本研究克隆得到了大岩桐SsGAI基因的全长cDNA,并对该基因序列,其编码的氨基酸序
列、功能结构域及在器官中的表达区域等进行了初步分析,并将其置于烟草中异位表达,进一步研究了它
对植物生长发育的影响.
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Cloning and Functional Analysis of GAI Homologous Gene in Sinningia Speciosa
FEI Yuan1,ZHONG Dan2,HAN Xue1,PANG Jiliang1
(1.Colege of Life and Environmental Sciences,Hangzhou Normal University,Hangzhou 310036,China;2.Branch Campus of Luxun
Middle School,Shaoxing 312000,China)
Abstract:Taking the floral buds RNA of Sinningia speciosa,the ful-length cDNA of GAI homologous gene is cloned
by rapid-amplification of cDNA ends(RACE)technology,and named SsGAI.The SsGAIhas an open reading frame(ORF)
of 1689bp length encoding 562amino acids as wel as the typical plant DELLAdomain and GRAS domain.The protein
homologous analysis indicates that SsGAIis similar to VvGAI(Vitis vinifera)and GhGAI(Gossypium hirsutum)with the
similarity of 68%and 64%.SsGAIgene expressed highly in the sepals,but is silence in the stem.Placing SsGAI under the
control of CaMV35Spromoter and ectopic expressing in tobaccos,the transgenic tobacco plants exhibit novel phenotypes
with dwarf plant,increased petal number and late flowering.These results indicate that SsGAI is involved in the plant
height and floral organ development of transgenic tobaccos.
Key words:Sinningia speciosa;GAI homologous gene;flower development
615 杭州师范大学学报(自然科学版) 2014年