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田旋花EPSPS基因启动子的克隆、序列分析及转化



全 文 :黄兆峰,周欣欣,黄红娟,等. 田旋花 EPSPS基因启动子的克隆、序列分析及转化[J]. 杂草科学,2014,32(3):25 - 29.
田旋花 EPSPS基因启动子的克隆、序列分析及转化
黄兆峰1,周欣欣2,黄红娟1,魏守辉1,陈景超1,杨 龙1,陈金奕1,张朝贤1
(1.中国农业科学院植物保护研究所 /中国农业科学院杂草鼠害生物学与治理重点实验室,北京 100193;
2.农业部农药检定所,北京 100193)
摘要:根据已克隆的田旋花(Convolvulus arvensis L.)EPSPS基因 mRNA序列设计引物,通过染色体步移技术
获得了 1 142 bp的 EPSPS - P启动子片段 (GenBank 登录号:KC107822)。对启动子序列分析显示,该片段富含
A/T碱基、TATA - box、CAAT - box及其他作用元件如 GATA - motif、TC - rich repeats、sp1 等。将该启动子与 GUS
报告基因连接以构建植物表达载体,利用农杆菌介导法获得转基因拟南芥;PCR和 GUS组织化学染色分析证明,
EPSPS - P已转化到拟南芥中。
关键词:田旋花;草甘膦;启动子;染色体步移技术
中图分类号:Q785 文献标志码:A 文章编号:1003 - 935X(2014)03 - 0025 - 05
Cloning,Sequence Analysis and Transformation of EPSPS Gene
Promoter from Convolvulus arvensis L.
HUANG Zhao-feng1,ZHOU Xin-xin2,HUANG Hong-juan1,WEI Shou-hui1,CHEN Jing-chao1,
YANG Long1,CHEN Jin-yi1,ZHANG Chao-xian1
(1. Institute of Plant Protection /Key Laboratory of Weed and Rodent Biology and Management,Chinese Academy of Agricultural
Sciences,Beijing 100193,China;2. Institute for the Control of Agrochemicals,Ministry of Agriculture,Beijing 100125,China)
Abstract:Primers were designed according to the cloned EPSPS gene mRNA of Convolvulus arvensis L. A 1 142 bp pro-
moter sequence named EPSPS - P (Genbank accession number:KC107822)was obtained by genome walking technolo-
gy. Sequence analysis of the promoter indicate that the fragment is rich in A /T base,TATA - box,CAAT - box and other
acting elements such as GATA - motifs,TC - rich repeats,and sp1. Connecting this promoter with GUS report gene al-
lowed construction of a plant expression vector. Agrobacterium tumefaciens - mediated transformation was used to trans-
form Arabidopsis thaliana. Analysis of PCR results and GUS histochemical dyeing proved that EPSPS - P was introduced
into A. thaliana.
Key words:Convolvulus arvensis L.;glyphosate;promoter;chromosome walking technology
收稿日期:2014 - 04 - 28
基金项目:公益性行业(农业)科研专项(编号:201303022)。
作者简介:黄兆峰(1983—),男,山东即墨人,博士研究生,研究方向
为杂草抗药性。E - mail:huangzhaofeng666@ 163. com。
通信作者:张朝贤,博士,研究员。E - mail:cxzhang@ wssc. org. cn。
草甘膦是一种广谱灭生性、内吸传导型除草剂,
是国内外防除一年生及多年生杂草的主要药
剂[1 - 6]。草甘膦的作用机制是抑制植物体内 5 -烯
醇式丙酮酸 - 3 -磷酸合成酶(5 - enolpyruvylshiki-
mate - 3 - phosphate synthase,EPSPS)的活性,导致
莽草酸大量积累,并抑制芳香族氨基酸的生物合成,
进而扰乱正常的氮代谢[7]。以往研究表明:植物体
内 EPSPS 基因的过量表达可以有效提高其对草甘
膦的耐药性[8 - 11]。
田旋花(Convolvulus arvensis L.)属旋花科,是一
种多年生恶性杂草,其繁殖和再生能力极强,是华北
地区小麦、玉米、大豆等旱作物田的重要杂草[12]。
已被世界粮农组织列为世界上 18 种危害最严重的
杂草之一[13]。DeGennaro 等研究发现,无草甘膦用
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药史的田旋花对草甘膦具有天然的耐药性[14];刘延
等发现,北京房山麦田田旋花对草甘膦具有较高的
耐药性,并首次克隆了田旋花 EPSPS基因(GenBank
登录号:EU698030)[12];张猛比较了不同田旋花种
群的耐药性水平,提出草甘膦处理后的 EPSPS 基因
在表达时间和表达量上的差异是其对草甘膦产生耐
药性差异的一个重要因素[13]。
本试验利用染色体步移技术克隆了田旋花
EPSPS基因的启动子序列,并对其结构进行了分析。
用该启动子与 GUS报告基因连接转化农杆菌,花序
侵染法侵染拟南芥,获得转 EPSPS - P 启动子拟南
芥,为进一步了解田旋花 EPSPS 基因的表达调控机
制奠定了基础。
1 材料与方法
1. 1 试验材料
1. 1. 1 植物材料 田旋花种子采自北京市海淀区
上庄镇;拟南芥种子由笔者所在实验室保存。
1. 1. 2 质粒和菌株 大肠杆菌 DH5α 购自全式金
公司;质粒 pBI121、农杆菌 GV3101 由中国农业科学
院畜牧研究所晁跃辉博士惠赠。
1. 1. 3 试验试剂 Genome Walking Kit,T4 连接酶,
限制性内切酶 Hind Ⅲ、XbaⅠ,PMD19 - T 载体,均
购自 TaKaRa公司。
1. 2 试验方法
1. 2. 1 DNA 提取 取田旋花新鲜叶片,用 CTAB
方法提取总 DNA,作为克隆田旋花 EPSPS基因启动
子的模板。产物浓度和纯度用紫外分光光度计检
测,同时在 1%琼脂糖凝胶上电泳检测 DNA 的完整
性,以进一步确定 DNA的质量。
1. 2. 2 启动子克隆 根据 NCBI 上已发表的田旋
花 EPSPS 核苷酸序列设计 3 条特异引物:GW - 1:
5 - AGAGAGATTGCTGGGGCTCAAACGC - 3;
GW -2:5 - GAGGTTTAGAGAGATTGCTGGGGCT -
3;GW - 3:5 - CCCACCAAATTCAATTAAGAGGTTT -
3。引物由北京博迈德科技发展有限公司合成。
根据 Genome Walking Kit 的说明,采用 3 轮嵌
套式反应程序。在第 1 轮反应中,分别以 AP1、
AP2、AP3 为上游引物,GW - 1 为下游引物,反应程
序为:95 ℃预变性 1 min;94 ℃ 30 s、65 ℃ 1 min、
72 ℃ 2 min,5 个循环;94 ℃ 30 s、25 ℃ 3 min、72 ℃
2 min;94 ℃ 30 s、65 ℃ 1 min,72 ℃ 2 min、94 ℃
30 s、65 ℃ 1 min、72 ℃ 2 min,94 ℃ 30 s、44 ℃
1 min、72 ℃ 2 min,15 个循环;72 ℃延伸 10 min。
反应完成后,将上述 PCR 反应产物稀释 10 倍用作
第 2 轮 PCR 扩增的模板,第 2 轮 PCR 反应分别以
AP1、AP2、AP3 为上游引物,GW - 2 为下游引物,进
行 PCR扩增,反应程序为:94 ℃ 30 s、65 ℃ 1 min、
72 ℃ 2 min,94 ℃ 30 s、65 ℃ 1 min,72 ℃ 2 min、
94 ℃ 30 s、44 ℃ 1 min、72 ℃ 2 min,15 个循环;
72 ℃延伸 10 min。第 3 轮 PCR 反应分别以 AP1、
AP2、AP3 为上游引物,GW -3 为下游引物,反应程
序与第 2 轮反应一致。所得最终 PCR产物经 1%琼
脂糖 凝 胶 电 泳 检 测,通 过 胶 回 收 纯 化 后 与
pMD19 - T 连接,转化大肠杆菌后送北京博迈德科
技发展有限公司测序。
1. 2. 3 序列的生物信息学分析 将测序结果在
NCBI(http:/ /www. ncbi. nlm. nih. gov)网站上进行
BLAST 比对。同时在 PlantCARE (http:/ /bioinfor-
matics. psb. ugent. be /webtools /plantcare /html /)上进
行在线预测,分析存在的 TATA - box、CAAT - box
以及其他作用元件。
1. 2. 4 EPSPS - P 启动子和 GUS 基因植物表达载
体的构建 根据已得到的启动子序列设计 2 条特异
性引物:EPS - P - F:5 - AAGCTTAAACCTCTTAAT-
TGAAT -3(含 HindⅢ酶切位点)和 EPS - P - R:
5 - TCTAGAGGTATTTTAAAAGAGGC - 3(含 Xba
Ⅰ酶切位点),将 PMD - EPSPS - P、pBI121 分别用
限制性内切酶 HindⅠ、XbaⅠ进行双酶切,回收启动
子片段,然后用 T4 酶连接至酶切后的 pBI121 中。
使 EPSPS - P 替换 pBI121 中的 35S 启动子,得到
EPSPS - P与载体中 GUS报告基因相连的双元表达
载体 pBI - EPSPS - P。采用氯化钙冻融法将 pBI -
EPSPS - P导入农杆菌后,用农杆菌转化拟南芥。
1. 2. 5 转基因拟南芥 GUS 活性检测[15] 将转基
因拟南芥叶片用无菌水冲洗干净后放入 GUS 染液
中,抽真空至材料表面产生少许气泡并被染液完全淹
没为止,37 ℃过夜,用脱色液脱色后在体视显微镜下
观察染色结果。GUS染液配方:50 mmol /L磷酸钠缓
冲液(pH值 7. 0),5 mmol /L铁氰化钾,5 mmol /L 亚
铁氰化钾,0. 1% Triton X - 100,1 mmol /L X - Gluc。
脱色液配方:乙醇 ∶ 乙酸 = 3 ∶ 1。
2 结果与分析
2. 1 EPSPS - P启动子片段的获得
利用染色体步移方法,通过 3 轮 PCR 扩增,得
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到了长约 1. 2 kb 的 DNA 片段,将得到的大片段回
收、测序,结果显示,该 DNA 片段长 1 145 bp,排除
与已知的田旋花 EPSPS基因序列重叠部分,实际获
得的启动子片段为 1 142 bp(图 1),可以看出该序
列富含 A /T,是启动子序列的重要特征之一。
2. 2 启动子的生物信息学分析
通过 PlantCARE 对获得的启动子序列进行分
析,结果(图 2)表明,EPSPS - P 启动子序列中含有
典型的启动子基本元件,如 TATA - box 和 CAAT -
box,其中 TATA - box(RNA 聚合酶 II 结合位点)位
于起始密码子 ATG 上游 - 40 ~ - 36。TATA - box
近端的 1 个胁迫响应元件 TC - rich repeats 区位于
- 692 ~ - 683;此外,还有与光效应有关的元件
Sp1、GATA - motif,以及生理节奏控制元件 circadi-
an,该 EPSPS 基因启动子 GenBank 的登录号
为 KC107822。
2. 3 植物表达载体的构建及转基因拟南芥的获得
将含有启动子的 pMD19 - T 质粒和 pBI121 的
载体分别用 HindⅢ、XbaⅠ双酶切,电泳图谱结果见
图 3 - A;回收启动子片段,然后用 T4 连接酶连接至
酶切后的pBI121上,经酶切鉴定(图3 - B)后转化
大肠杆菌 DH5α。菌落经 PCR 扩增,初步鉴定基因
已连接于载体上。挑选阳性菌落摇菌并提取质粒,
用 Hind Ⅲ和 XbaⅠ进行双酶切鉴定,得到的目的片
段大小与预测一致。经测序表明,得到的序列完全
正确,植物表达载体 pBl121 - EPSPS - P 构建成
功。用冻融法将构建的植物表达载体 PBl121 - EP-
SPS - P导入根癌农杆菌 GV3101 中,挑取阳性菌落
摇菌,提取质粒 DNA 并进行双酶切鉴定,得到 2 个
条带,且大小与预期一致,说明植物表达载体
pBl121 - EPSPS - P 已成功转入农杆菌中。用花序
浸染法侵染拟南芥花序,收获种子后在含 50 mg /L
卡那霉素的培养基上筛选抗性苗,挑取抗性苗移栽
至花盆中继续培养。
2. 4 转基因拟南芥鉴定与 GUS活性检测
为了检测 EPSPS - P 启动子是否转入拟南芥
中,分别提取转基因拟南芥叶片基因组 DNA,进行
PCR验证。琼脂糖凝胶电泳检测结果显示均呈阳
性,而野生型(WT)无特异性条带(图 4)。此外。对
WT和转基因拟南芥叶片进行 GUS 组织化学染色,
由图 5 可以看出,染色后 WT无色,而转基因拟南芥
呈蓝色。表明 EPSPS - P 已成功转化到拟南芥中,
并能启动 GUS报告基因的表达。
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3 讨论与结论
本研究采用染色体步移技术,通过 3 轮嵌套式
PCR,克隆到长度为 1 142 bp 的田旋花 EPSPS 基因
启动子片段,用启动子预测软件 PlantCARE 对该启
动子片段进行分析发现,该片段除了具有启动子保
守元件 TATA - box 及 CAAT - box 外,还有其他一
些作用元件,如 TC - rich repeats(胁迫响应元件)、
spl(光响应元件)、GATA - motif(光响应元件)、
CCAAT - motif(MYBHvl binding site)等。研究表
明,EPSPS主要分布在叶绿体中[16 - 17],而叶绿体是
光合作用的主要场所。在对陆地棉的研究中发现,
EPSPS基因在其成熟叶片中表达量最高[18]。通过
对启动子分析发现,田旋花 EPSPS 启动子含有 2 个
光响应原件,这与 EPSPS 的分布和表达特征相
符合。
很多化学诱导剂对植物的影响都是通过直接或
间接地作用于植物的启动子而调控植物基因的表
达,从而影响植物的生长、发育、生殖,以及植物对内
外环境的反应[19]。以往的研究表明,田旋花在喷施
草甘膦后,EPSPS基因在转录水平明显提高[14]。因
此笔者从田旋花 EPSPS基因启动子入手,克隆并通
过农杆菌介导法得到了转 EPSPS - P 拟南芥,为进
一步探究田旋花耐药性机制,以及 EPSPS 基因的表
达调控提供了试验依据。
启动子驱动基因表达需要多个顺式元件,这些
元件的种类、数量及彼此之间的顺序与距离,都可能
影响基因的转录与否或转录水平[20]。目前,缺失分
析法是研究启动子功能的一种重要的方法。通过
5缺失法获得不同长度的启动子片段,分别与 GUS
报告基因融合构建植物表达载体并转入拟南芥,对
田旋花 EPSPS基因启动子的诱导活性进行研究,从
而明确其在草甘膦等处理条件下的调控元件,将是
下一步的重点研究内容。
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