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黄顶菊活性成分的构型及其除草活性作用机制



全 文 :王俊敏,冯 涛,赵 影. 黄顶菊活性成分的构型及其除草活性作用机制[J]. 江苏农业科学,2016,44(6):226 - 228.
doi:10. 15889 / j. issn. 1002 - 1302. 2016. 06. 062
黄顶菊活性成分的构型及其除草活性作用机制
王俊敏,冯 涛,赵 影
(河北农业大学理学院,河北保定 071000)
摘要:黄顶菊提取物中含有除草活性成分,针对这些活性基团合成一些具有除草活性的分子,采用 B3lyp /6 -
311G(d,p)对 7 种化合物进行全参数优化,得到其稳定构型。并对化合物中原子的 NBO 电荷分布、前线分子轨道能
级、静电势等性质进行了分析,结果表明,化合物的除草活性与分子的各种参数存在一定的联系,药物分子与受体作用
时是噻吩环接受电子,苯环、吡啶环或嘧啶环提供电子,达到药物的作用效果,在药物分子发挥药效时主要是连在苯
环、吡啶环或嘧啶环酰胺基这部分提供电子,与蛋白质或酶相互作用形成电子转移过程,从而达到除草效果。
关键词:黄顶菊;除草活性;量子化学研究;前线分子轨道
中图分类号:O621. 13 文献标志码:A 文章编号:1002 - 1302(2016)06 - 0226 - 03
收稿日期:2015 - 12 - 14
基金项目:国家自然科学基金 (编号:31171877);河北省保定市科技
局指导性计划(编号:13ZF080)。
作者简介:王俊敏(1978—),女,河北景县人,硕士,讲师,主要从事物
理化学研究。E - mail:wang_jm12@ 163. com。
黄顶菊也称为“生态杀手”,黄顶菊所分泌和释放的化感
物质对马唐、反枝苋、棉花、玉米等具有很强的抑制作用。对
黄顶菊的研究多集中于光合生理特性,而关于黄顶菊提取物
的研究相对较少,已有报道表明黄顶菊的提取物具有杀虫活
性[1 - 2]和杀菌抗病毒活性[3]。国内对黄顶菊的研究多集中于
生物学、发生特点与危害等方面[4]。已经明确了外来入侵植
物黄顶菊中具有较高除草活性的新型结构,并从黄顶菊的提
取物中分离得到了活性较强的化感物质[5],笔者所在项目组
通过分子设计和衍生合成了 7 种有机分子,并得到这些药物
分子对油菜、马唐的除草活性数据。通过量子化学计算可以
从理论上对药物的活性部位进行分析,为了明确这些药物的
除草活性及作用机制,采用密度泛函理论(DFT)中的 B3LYP
方法,对化合物中原子的 NBO电荷分布、前线分子轨道能级、
静电势等性质与除草活性的关系进行了分析,阐明了这些分
子的构效关系与作用机制,为进一步改造药物结构提供理论
依据,而且也为除草剂的创新提供新的分子源,促进新型除草
剂的研制。
1 计算方法
计算使用 Gaussview软件构建出 7 种待分析化合物的结
构,运用密度泛函理论 DFT /B3LYP 方法,在 6 - 311G(d,p)
基组水平上,化合物进行分子的全参数几何优化,对计算结果
的频率分析显示无虚频,说明已经得到能量最小的稳定构
型[6]。全部计算工作用 Gaussian03[7]程序完成。
2 结果与分析
2. 1 优化后化合物的稳定构型及参数的选取
以分子经过优化后的稳定结构为基础,计算了各分子的
NBO电荷,轨道能量,并从计算结果中提取出 EHOMO(最高占
据轨道能)、ELUMO(最低未占据轨道能量)、ΔE(轨道跃迁能,即
ELUMO -EHOMO),分子的偶极矩、四级矩以及分子的药物活性
数据列于表 1中,各种轨道图以及分子的静电势图见图 1。
2. 2 分子前线轨道能量分析
根据分子轨道理论及福井谦一的前线轨道理论,对分子
活性影响最大的是最高占据轨道和最低未占据轨道,活性分
子与目标分子反应时,主要是在分子前线轨道附近发生。农
药分子的前线轨道能量对分子的活性有较大的影响,EHOMO
过低或 ELUMO过高都可能导致农药分子的活性过强,从而
容易被分解或与其他受体作用,影响效果。所以,对于农药分
子而言,EHOMO或 ELUMO值应该在一定的范围内[8 - 9]。
从表 1 数据来看,EHOMO 能级最高的是化合物 3,化合
物的供电子能力随着 EHOMO 能级的升高而增强,这就会使
分子活性过强,从而在与受体作用时易被分解;ELUMO 能级
最高的是化合物 1,化合物接受电子的能力随 ELUMO能级的
升高而减弱,当药物与受体作用时,化合物接受受体提供的电
子较为困难。此分析结果与实验值相符。根据已经取得的活
性数据,化合物 5、化合物 6 的生物活性较高,这与量子化学
计算结果相吻合,即化合物 5、化合物 6 具有较低的 EHOMO
能级,且 ΔE值相对较低,当药物分子与受体接触时,可以稳
定地给受体提供电子,形成电子转移配合物,以保证药效的发
挥。化合物 2 的 ΔE值较高,为 4. 83,活性较低,这与活性数
据相符合。从偶极矩和四级矩数据看出,其数据规律和前线
轨道数据规律一致,分子的极性也是影响药物活性的因素。
图 2 是通过计算并绘制得到的这 7 种化合物的 HOMO、
LUMO轨道图。从图 2 可以看出,分子的 LUMO 主要由噻吩
环组成,HOMO多集中在苯环、吡啶环、嘧啶环上。这说明药
物分子与受体作用时是噻吩环接受电子,苯环、吡啶环或嘧啶
环提供电子,形成配合物,达到药物的作用效果。从 HOMO
轨道图上可以看出,化合物 5、化合物 6 苯环上电子分布较
多,所以活性较高。同时,也可以从轨道图上观察到,取代基
种类和位置的不同对分子轨道的组成也有很大影响,从而影
响药物活性。
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表 1 分子生物活性数据和分子参数
化合物
EC50(mg /L)
油菜 马唐
EHOMO
(eV)
ELUMO
(eV)
ΔE
(eV)
Dipole
(debye)
Quadrupol
(e)
1 7. 7 200 - 6. 503 73 - 1. 878 58 4. 615 36 3. 142 1 - 85. 461 9
2 90 220 - 6. 824 27 - 1. 993 95 4. 830 32 2. 541 8 - 78. 549 0
3 13 250 - 7. 154 05 - 3. 043 71 4. 110 34 7. 337 8 - 133. 016 6
4 25 100 - 6. 741 55 - 2. 268 50 4. 473 05 6. 398 7 - 107. 677 7
5 56 5 - 6. 446 59 - 2. 076 12 4. 370 47 3. 172 8 - 89. 815 4
6 51 10 - 6. 492 31 - 2. 167 82 4. 324 49 4. 929 5 - 97. 025 5
7 50 25 - 7. 015 83 - 2. 371 35 4. 644 47 5. 036 9 - 105. 994 1
2. 3 NBO电荷布局分析
表 2 中数据是 7 种化合物进行 NBO 计算后部分原子的
自然原电荷分布,从结果可以看出,噻吩环呈负电性,可能与
受体的正电性区域相结合,且 7 种化合物噻吩环上电荷分布
基本相同,因此噻吩环对药物分子活性的影响不大。化合物
1 的吡啶环和其他化合物电荷相比负电性更强,化合物 1 对
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油菜的除草活性最强,所以吡啶环的 NBO电荷对阔叶类的植
物除草活性影响比较大;化合物 3、化合物 4 和化合物 1 相比
较,吡啶环上的氢原子被三氟甲基取代,化合物 3 的噻吩环上
的氢原子还被烷氧羰基取代,由于三氟甲基和烷氧羰基均为
强的吸电子基,降低了吡啶环上的电子密度,所以活性相比化
合物 1 有所降低,在对油菜进行处理时,化合物 3 比化合物 5
的 50%最大效应浓度低,可能是因为有烷氧羰基的存在,所
以化合物 1、3、4 这 3 种药物分子对阔叶类植物的处理效果较
好;化合物 5 和化合物 6 的苯环的 NBO 电荷最高,苯环上氢
被氟原子取代,在处理马唐时所需剂量较少,所以氟原子的存
在可能会对化合物活性有所提升,在处理尖叶植物时效果较
好;化合物 7 中氮原子取代了苯环上的 1 个碳,在处理油菜时
效果不如化合物 4 好。所以根据活性数据和分析可以得到如
下结论:吡啶环和苯环上氟原子的引入对马唐的处理效果较
好,含有活性基团吡啶环的分子对油菜有较好的处理效果,氢
原子被三氟甲基取代后有助于油菜的处理。
2. 4 静电势分析
静电势是电子密度的反映,红色表明此处电子所处能级
高,电子数量较大,易于给出电子。本研究中根据量子化学的
计算结果,使用 Gaussview绘制出几个化合物的静电势图(图
表 2 目标化合物的 NBO电荷
化合物 噻吩环 吡啶环(或苯环)
cpd 1 - 0. 680 9 - 0. 656 58
cpd 2 - 0. 671 71 - 0. 481 61
cpd 3 - 0. 455 33 - 0. 537 06
cpd 4 - 0. 664 92 - 0. 445 94
cpd 5 - 0. 669 72 - 0. 379 56
cpd 6 - 0. 667 41 0. 142 33
cpd 7 - 0. 650 92 - 0. 571 77
3),从图 3 可以看出,酰胺基的羰基氧上的电荷密度较高,另
外,在吡啶环、三氟甲基上也有较高的电荷密度,反应时主要
是由这一部分给出电子。在静电势图上显示噻吩环呈蓝色,
说明噻吩环上聚集了较多的正电荷,在与受体作用时,主要是
接受受体提供的电子。在化合物 3 中,由于酯基和三氟甲基
的强吸电子作用,导致在这一部分聚集了较多的负电荷,从而
使化合物 3 在与受体作用时,由于活性较高,极易释放电子给
受体,使该分子的活性受到影响。在化合物 5、化合物 6 分子
中,分别有氢被氟取代,因为氟有较强的电负性,使得在这 2
个原子附近聚集了小部分负电荷,容易提供电子给受体,从而
发挥药效。
3 结论
通过对目标化合物数据和能级图的分析,以及与活性数
据的比较,可以得出以下结论:(1)这些药物分子的除草活性
与分子的 HOMO 和 LUMO 分布,以及能量差 ΔE 密切相关,
ΔE越小,除草活性较好,药物分子与受体作用时是噻吩环接
受电子,苯环、吡啶环或嘧啶环提供电子,达到药物的作用效
果。(2)吡啶环和苯环上氟原子的引入对马唐的处理效果较
好,含有活性基团吡啶环的分子对油菜有较好的处理效果,氢
原子被三氟甲基取代后有助于油菜的处理。(3)从静电势图
上可以看出,连在苯环、吡啶环或嘧啶环酰胺基上显红色,为静
电势负区,药物分子在发挥药效时主要是这部分提供电子,与
蛋白质或酶相互作用形成电子转移过程,从而达到除草效果。
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